山西人群MTHFR基因rs1801133位点多态性与非综合征性唇腭裂的关联性研究

目的:研究亚甲基四氢叶酸还原酶(methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因rs1801133位点多态性与非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的关系。方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,检测334例非综合征性唇腭裂患者和314例正常对照组的MTHFR基因rs1801133位点的多态性。结果:MTHFR基因rs1801133位点基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MTHFR基因rs1801133位点基因型及等位基因的分布在NSCL/P组与对照组之间均无统计学意义(P>0.05)。结论:MTHFR基因rs1801133位点多态性与山西人群非综合征性唇腭裂的发生无关。     

TCN2基因与非综合征性唇腭裂的关系

目的研究叶酸代谢相关基因TCN2与中国人群中非综合征性唇腭裂的关系。方法通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性,在108例非综合征性唇腭裂患者和184名正常对照个体中,对TCN2基因2个单核苷酸多态性（SNP）（rs10418和rs1801198）进行检测。利用拟合优度卡方检验,分析基因型分布频率是否符合Hardy-Weinberg平衡定律;应用UNPHASED软件包分析单个单核苷酸多态性位点以及两个位点单倍型与非综合征性唇腭裂的相关性。结果 2个SNP位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡;等位基因分布和单倍型组合在非综合征性唇腭裂患者与对照组之间无显著性差异;rs10418 TT基因型能增加非综合征性唇腭裂患病风险。结论 TCN2基因rs10418 TT基因型是非综合征性唇腭裂的危险因素。     

亚甲基四氢叶酸还原酶C677T多态性与非综合征性唇腭裂的关系

目的研究亚甲基四氢叶酸还原酶基因C677T多态性与非综合征性唇腭裂的关系。方法利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法（PCR-RFLP）,在168例非综合征性唇腭裂患者和192名正常对照中,对MTHFR基因C677T单核苷酸多态性（SNP,rs1801133）进行检测。利用拟合优度卡方检验,分析基因型分布频率是否符合Hardy-Weinberg平衡定律;应用UNPHASED软件包分析多态性位点与非综合征性唇腭裂的相关性。结果MTHFRC677T多态性基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MTHFR C677T等位基因分布在NSCL／P组与对照组之间有显著性差异（P〈0.05）,正常组中T等位基因的频率明显高于NSCL／P组。结论MTHFR C677T多态性位点在中国人群中与非综合征性唇腭裂形成的发生相关联。     

叶酸代谢相关基因多态性与山西地区非综合征性唇腭裂的相关性研究

目的:研究叶酸代谢相关基因MTHFR基因rsl801133、MTHFD1基因rs2236225位点多态性与非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的关系。方法:通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,检测265例NSCL/P患者和276例正常对照者的MTHFR基因rsl801133、MTHFD1基因rs2236225位点的多态性。结果:MTHFR基因rsl801133位点、MTHFD1基因rs2236225位点的基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MTHFR基因rsl801133位点、MTHFD1基因rs2236225位点的等位基因频率分布在NSCL/P组与对照组之间差异无统计学意义(P>0.05)。结论:MTHFR基因rsl801133位点、MTHFD1基因rs2236225位点的多态性与NSCL/P的发生无关。     

MSX1基因多态性与山西地区非综合征性唇腭裂的相关性研究

目的:研究MSX1基因外显子区rs13127820(M146L)、rs62636562(A274V)位点多态性与非综合征性唇腭裂(non-syn-dromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关系。方法:通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,检测243例非综合征性唇腭裂(NSCL/P)患者和292例正常对照者全血标本中MSX1基因rs13127820(M146L)、rs62636562(A274V)位点的多态性。结果:MSX1基因位点rs13127820(M146L)、rs62636562(A274V)基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MSX1基因位点rs13127820(M146L)、rs62636562(A274V)等位基因频率分布在NSCL/P组与对照组之间差异有统计学意义(P<0.05)。结论:结果显示MSX1基因位点多态性与NSCL/P的发生有关。     

MTR基因Rs1805087多态性与非综合征性唇腭裂的相关性研究

目的研究5-甲基四氢叶酸-高半胱氨酸甲基转移酶（5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase,MTR）SNPs位点Rs1805087多态性与非综合征性唇腭裂的关系。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,检测174例非综合征性唇腭裂患者和169例正常对照组的MTR基因Rs1805087的多态性。结果 MTR基因Rs1805087位点基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MTR基因Rs1805087位点基因型及等位基因的分布在NSCL/P组与对照组之间均无统计学意义（P〉0.05）。结论结果未显示MTR基因Rs1805087多态性与非综合征性唇腭裂的发生有关。     

染色体10q25位点多态性与中国非综合征性唇腭裂的关联研究

目的:研究染色体10q25上2个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点rs7078160、rs4752028与中国人群非综合征性唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)发病的相关性。方法:收集180例NSCL/P患者作为病例组,并按照表型分为单纯唇裂组、唇腭裂组、单纯腭裂组,将单纯唇裂组和单纯腭裂组合并为唇/腭裂组;选取360名健康人作为对照组。采集病例组和对照组的外周血血样并提取DNA。对上述2个SNP设计引物,PCR扩增其序列,通过二代测序进行基因型分型。利用SPSS19.0软件包中的χ2检验对病例组与对照组的基因型以及等位基因频率进行分析。结果:rs7078160的等位基因频率在唇/腭裂组与对照组中的差异最为显著(P=0.008,OR=1.500,95%CI=1.116~2.016),rs4752028位点的等位基因频率在唇/腭裂组和对照组间亦存在显著差异(P=0.028,OR=1.424,95%CI=1.041~1.948)。结论:染色体10q25区域的rs7078160和rs4752028位点与中国人群非综合征性唇腭裂的发病相关。     

DHFR基因rs11742688位点单核苷酸多态性与中国东北人群唇腭裂相关性研究

目的：探讨二氢叶酸还原酶（DHFR）基因 rs11742688位点单核苷酸多态性与中国东北部人群的非综合征唇腭裂（NSCL／P）的相关性。方法：采用聚合酶链－限制性片段长度多态性方法检测东北地区220例 NSCL／P 及其父母（其中包括138例完整的核心家系）,180例正常儿童作为对照组,进行 HW 平衡检验,用 SPSS 统计学软件对病例组和对照组进行检验及计算 OR 值和95％可信区间。结果：病例对照研究结果显示,东北地区单纯唇裂和唇腭裂 rs11742688位点的 TT 基因型频率差异无显著性（χ2＝0．439,P ＞0．05）。结论：DHFR rs11742688位点 T 等位基因与东北人群的 NSCL／P 无相关性。     

非综合征性唇腭裂与亚甲基四氢叶酸还原酶基因A1298C相关性的研究

目的 研究亚甲基四氢叶酸还原酶基因(methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)A1298C多态性与中国华北人群非综合征性唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关系.方法 通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性,在158例NSCL/P患者和192名健康对照中,对MTHFR基因A1298C单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)rs1801131进行检测.利用拟合优度卡方检验分析基因型分布频率是否符合Hardy-Weinberg平衡定律;应用Unphased软件分析等位基因频率与NSCL/P的相关性.结果 MTHFR基因A1298C多态性基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;等位基因和基因型频率在唇裂合并或不合并腭裂组和健康对照组之间差异无统计学意义;基因型分布单纯腭裂(AA 78%、AC+CC 22%)与健康对照组(AA 74%、AC+CC 26%)比较,差异有统计学意义(χ2＝4.256,P=0.039),AC+CC基因型频率健康对照组(26%)高于单纯腭裂组(22%)(OR=0.8,95%CI=0.381～1.683).结论 MTHFR A1298C多态性位点可能与中国人群非综合征性单纯腭裂的发生有关.

Abstract：

Objective To investigate the association between a polymorphism of methylenetetrahydrofolate reductase with Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate(NSCL/P)in Chinese population. Methods The polymerase chain reaction (PCR)-based restriction fragment length polymorphism(RFLP)technique was used to detect a single nucleotide polymorphism(SNP), rs1801131, at the methylenetetrahydrofolate reductase(MTHFR)gene in both 158 patients with NSCL/P and 192 healthy individuals. The Hardy-Weinberg equilibrium for genotypic distributions was estimated by the goodness-of-fit test. The UNPHASED program was applied to perform the association analysis. Results The genotypic distribution of A1298C was not deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium in both controls and patients. No association was found between cleft lip with or without palate(CL/P)and controls. There was significant difference of cleft palate only(CPO)and the healthy individuals(χ2＝4.256, P=0.039). The frequency of AC+CC genotype was higher in control group than that in CPO group(OR=0.8, 95%CI=0.381-1.683),26 among 100 healthy individuals carried AC+CC genetypes,which were carried by 22% of CPO patients. Conclusions The polymorphism of MTHFR A1298C may be involved in the occurrence of non-syndromic cleft palate only in Chinese population.     

THADA基因多态性与非综合征性唇腭裂的相关性研究

目的:探讨中国北方人群甲状腺腺瘤相关基因(THADA) rs7590268、rs13035011和rs6729902位点单核苷酸多态性(SNPs)与非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法:应用聚合酶链式反应-连接酶检测反应(PCR-LDR)检测方法,在335例NSCL/P患者和525例健康体检者中,对THADA基因的rs7590268、rs13035011和rs6729902位点进行检测。结果:rs7590268和rs6729902多态性位点等位基因频率在唇裂组与对照组间的分布差异有统计学意义(P＜0.05),rs13035011位点基因型及等位基因频率在病例组和对照组间的分布差异无统计学意义。结论:THADA基因的rs7590268和rs6729902位点单核苷酸多态性可能与中国北方人群非综合征性唇腭裂的发生相关。     

Association Between PAX9 Single-Nucleotide Polymorphisms and Nonsyndromic Cleft Lip With or Without Cleft Palate

ABSTRACT: The purpose of this study was to investigate the contribution of PAX9 gene to the risk of nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (NS-CL/P). The samples consisted of 142 Korean NS-CL/P families (90 males and 52 females; 9 cleft lip, 26 cleft lip and alveolus, and 107 cleft lip and palate; 76 trios and 66 dyads). A total of 10 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were tested for association with Korean CL/P case-parent trios using transmission disequilibrium test (TDT) and conditional logistic regression models. The minor allele frequency, heterozygosity, and a χ test for Hardy-Weinberg equilibrium at each SNP were computed between parents. Pairwise linkage disequilibrium was computed as both D' and r for all SNPs. Both allelic and genotypic TDTs were performed for individual SNPs using family-based association test program. Sliding windows of haplotypes consisting of 2 to 8 SNPs were tested using haplotype-based association test program. Genotypic odd ratios were obtained from conditional logistic regression models using STATA software. The family-based TDT using individual SNPs and 2- to 8-SNP haplotypes of the gene indicated a significant association at rs17104928 (P = 0.014). The haplotype analysis revealed that the association was most significant for the haplotype consisting of 3 SNPs (rs2073247, rs17104928, and rs17176643; P = 0.007). G/A heterozygote at rs17104928 had a significantly increased association with NS-CL/P (genotypic odd ratio, 2.88; 95% confidence interval, 1.42-5.84; P = 0.0014, dominant model). The high-risk SNP and genotype may provide a better understanding of the etiologic role of PAX9 gene in NS-CL/P and potential options for genetic counseling.     

MTHFR基因单核苷酸多态性与新疆地区维吾尔族非综合征性唇腭裂的相关性研究

目的:探讨MTHFR基因rs1801133、rs3818762、rs1801131、rs1476413、rs1994798位点单核苷酸多态性与新疆地区维吾尔人群非综合征型唇腭裂的相关性。方法:研究对象均为新疆地区世居维吾尔族,病例组非综合征性唇腭裂患者100例,对照组为60例因上呼吸道感染而住院的儿童,用DNA二代测序技术对目标区域进行测序,进行遗传学分析。结果:在新疆维吾尔人群中,与对照组相比,NSCL/P组rs1801133、rs3818762、rs1801131、rs1476413、rs1994798位点基因型及等位基因频率分布差异无统计学意义。连锁不平衡分析显示:以上5个位点位于同一个单倍体域,rs3818762和rs1476413等2个位点存在较强的连锁不平衡(r²=0.938,D’=1)。单倍型分析可推测出最常见的单倍体型共5种:GCTAA>GCTAG>CTGGG>GCTGG>GCGGG,5种单倍体型在病例组与对照组间分布差别无统计学意义。结论:MTHFR基因rs1801133、rs3818762、rs1801131、rs1476413、rs1994798等5个位点基因型及等位基因频率在患儿与正常人之间比较没有统计学意义。     

New evidence for the role of cystathionine beta-synthase in non-syndromic cleft lip with or without cleft palate

Orofacial clefts have a multifactorial aetiology encompassing both genetic and environmental components. While there is wide agreement on the importance of both genetic and nutritional factors, genetic influence in particular has not been well defined. As genetic variants in folate and homocysteine metabolism have been reported to influence the risk of orofacial clefts, an Italian cleft lip with or without cleft palate (CL/P) data set was enrolled for an analysis based on family association to test betaine-homocysteine methyltransferase (BHMT and BHMT2) and cystathionine beta-synthase (CBS) variants. No significant level of association was found between BHMT and BHMT2 variants, while evidence of an allelic association with CL/P was found for the single nucleotide polymorphism rs4920037, mapping at the CBS gene. A log-linear approach indicated that the best genetic model takes into account both mother and child genotypes. This suggests that human orofacial development is influenced by CBS genotypes that possibly operate through intergenerational fetal-maternal interaction.     

SUMO-1基因rs7580433多态性与非综合征性唇腭裂的关联研究

目的：研究SUMO-1基因rs7580433的多态性与中国人群非综合征性唇腭裂（NSCLP）的相关性。方法：从国际人类基因组单体型图计划（HapMap）选取来自中国北京汉族人群的多态位点rs7580433为研究位点,在183名NSCLP患者和162名健康正常人对此位点进行基因分型从而进行病例-对照研究。结果：NSCLP患者的GA基因型频率比正常对照组明显降低,其差异有统计学意义（P=0.025）。结论：SUMO-1基因rs7580433位点的基因多态性与中国人群NSCLP易感性相关。     

飞行时间质谱法检测干扰素调节因子6单核苷酸多态性的研究

目的研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix assisted laser desorption ionization time of flightmass spectrometry,MALDI-TOF-MS）技术检测唇腭裂相关基因干扰素调节因子6（interferon regulatory factor 6,IRF6）单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）的效果。方法样本来自201名健康志愿者,利用PCR扩增出IRF6基因含rs2235371和rs642961位点片段作为模板,并以位点特异引物进行单碱基延伸反应,产物纯化后利用MALDI-TOF-MS技术对rs2235371和rs642961的多态性进行检测。结果 201名健康志愿者IRF6基因rs2235371和rs642961位点的基因型和等位基因的分布频率与HAPMAP基因库中中国人群同一基因位点的分布频率相近。结论 MALDI-TOF-MS技术是一种高通量快速检测基因SNPs的方法。     

RA诱导小鼠腭裂动物模型的实验研究

目的 :分析维甲酸 (RA)在胚胎发育期间对胎鼠和母孕鼠的毒性作用 ,建立RA诱导腭裂动物模型。方法 :将C5 7BL近交系小鼠分为对照组和用药组 ,在GD8d、GD10d和GD 12d分别口饲灌胃植物油和RA ,其中在GD 10d用药组按照三种不同的剂量口饲灌胃给药。结果 :RA在不同的发育阶段均可诱导腭裂畸形 ,GD10d不同剂量的RA诱导胎鼠腭裂形成的比率不同。结论 :在GD 10d 10 0mg/kg维甲酸诱导C5 7BL近交系小鼠腭裂是一种较为理想的腭裂动物模型     

1320例唇腭裂患者临床统计分析

目的:了解唇腭裂的最新流行病学情况,寻找与唇腭裂发生相关的可能因素,为唇腭裂病因研究及预防提供临床资料.方法:对我院自2001年1月至2006年12月收治的1320例唇腭裂患者进行回顾性临床统计分析.结果:本组病例中,男性920例(69.70%),女性400例(30.30%);唇裂410(31.06%)、唇裂伴腭裂782例(59.24%)、单纯腭裂128例(9.70%) ;全部病例中合并牙槽突裂895例,占67.80%;单侧唇裂伴或不伴腭裂明显多于双侧者,两者之比为3.26:1,其中左侧多于右侧(1.71:1);有家族遗传史的病例占总病例的4.47%,其中唇裂伴或不伴腭裂有遗传史者占唇裂伴或不伴腭裂病例总数的3.86%,单纯腭裂有遗传史者占单纯腭裂病例总数的10.16%;唇腭裂患者母亲孕3个月经历危险因素者共267例,占唇腭裂总数的20.23%,其中唇裂伴或不伴腭裂患者224例,占唇裂伴或不伴腭裂患者总数的18.79%,单纯腭裂患者43例,占单纯腭裂患者总数的33.59%;所有患者中出生于7～9月者均少于其它其它季度.结论:唇腭裂发病以唇裂合并腭裂居多,且以单侧发病多于双侧,男性发病多于女性发病.多基因遗传和胚胎所处的环境因素是唇腭裂的重要病因.     

小泛素化修饰基因-1多态性与非综合征型唇腭裂的相关性研究

目的探讨小泛素化修饰基因-1（SUMO-1）rs6709162、rs7599810和rs7580433位点单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂（NSOC）的相关性。方法收集宁夏地区NSOC患者208例、患者父亲189例、患者母亲176例、完整核心家系（患者及其父母）172个进行研究,并收集正常新生儿284例作为对照。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测SUMO-1基因多态位点rs6709162、rs7599810和rs7580433基因型,并进行病例对照分析、传递不平衡检验（TDT）和以家系为基础的相关性检验（FBAT）。结果病例对照研究发现：SUMO-1基因rs7599810位点的TT基因型频率在唇裂、腭裂组与对照组比较有统计学差异（P=0.01,P=0.01）。TDT分析结果：rs7599810位点的T等位基因在唇腭裂组中存在过传递（P=0.00）;rs6709162位点的C等位基因在腭裂和唇腭裂组中存在过传递（P=0.00,P=0.01）;rs7580433位点的G等位基因在唇裂组中存在过传递（P=0.05）。FBAT分析结果：rs7599810位点TT基因型和T等位基因的分布具有统计学意义（P=0.00,P=0.00）。结论SUMO-1基因多态性与NSOC存在相关性。