基于全转录组测序分析多形性胶质母细胞瘤增殖及侵袭的相关机制

目的 通过对多形性胶质母细胞瘤(GBM)组织及癌旁组织的转录组测序及生物信息数据进行分析,挖掘导致GBM发生的关键基因并明确其功能,深入探讨GBM细胞增殖、侵袭及迁移的分子调控机制。方法 收集4例GBM患者的癌组织及癌旁组织进行全转录组测序分析,筛选差异表达的mRNA、微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行生物信息学分析[基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析和转录本富集分析等]。构建mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA的关联网络,寻找与脑胶质瘤发生、迁移和侵袭密切相关的目标分子。结果 筛选出3 088个癌组织与癌旁组织差异表达的mRNA,其中表达上调1 375个、表达下调1 713个;差异表达的lncRNA 106个,其中表达上调52个、表达下调54个;差异表达的circRNA 82个,其中表达上调32个、表达下调50个;差异表达的miRNA 15个,其中表达上调8个、表达下调7个。差异表达的mRNA转录本富集共得到显著性通路19条,涉及Shh(Sonic hedgehog)信号...     

急性B淋巴细胞白血病的差异microRNA综合调控网络的生物信息学分析北大核心CSCD

目的通过生物信息分析途径,从系统水平揭示参与急性B淋巴细胞白血病（B—ALL）发病的分子机制,为研究提供新的思路。方法从公共数据库GEO中下载B—ALL的microRNA（miRNA）芯片数据,利用QlucoreOmicsExplorer3．0软件筛选差异表达miRNA,再分析得到差异miRNA与靶基因、长链非编码RNA和转录因子各自的调控数据,然后构建以差异miRNA为中心的综合调控网络。另外,功能富集分析有功能的靶基因。结果共筛选出15个差异miRNA,其中7个miRNA表达上调,8个miRNA表达下调。通过差异miRNA为中心的综合调控网络可知,hsa—miR．126和hsa—miR-486—3p调控大量的靶基因,其中hsa．miR-126的靶基因包括MYC基因。hsa—miR．29a、hsa．miR-130a和hsa—miR-181c调控大量的长链非编码RNA,包括XIST。hsa．miR-181a．2、hsa—miR．18ib-2和hsa．miR-663调控大量的转录因子,包括CDX2、YYl等。hsa—miR．126靶基因的通路分析显示富集到Wnt通路。结论通过生物信息学方法分析得出,hsa—miR-29a、hsa．miR-126和hsa—miR-181家族是B．ALL的核心差异miRNA,及其转录因子CDX2、长链非编码RNAXIST和靶基因MYC基因在B．ALL的发生发展中起重要作用,可能为潜在的治疗靶点。     

骨髓增生异常综合征核心基因及关键通路的生物信息学分析

目的:基于基因表达数据库(GEO)筛选骨髓增生异常综合征(MDS)相关差异基因(DEG),通过分析DEG的生物学功能及相关信号通路,探讨MDS的核心基因及其发病机制。方法:从GEO数据库筛选包含有MDS患者和正常对照组的基因芯片数据集(GSE4619,GSE19429,GSE58831),借助GEO数据库的基因表达分析工具(GEO2R),以|log FC(fold change)|≥1以及P<0.01为标准筛选数据库中的DEG。利用David在线数据库对DEG进行基因本体功能注释(GO);利用Metascape在线数据库对DEG进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用STRING数据库构建蛋白质互作用网络(PPI)并利用Cytoscape的CytoHubba和Mcode插件分析其关键基因簇及核心基因。利用R语言对筛选出的核心基因进行诊断试验分析并绘制ROC曲线。根据LEF1的表达量对GSE19429进行GSEA富集分析。结果:本研究共筛选出74个共同差异基因,其中上调14个,下调60个。GO分析结果显示,下调基因的BP主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子转录及调控、细胞增...     

脓毒症患者外周血中lncRNA和miRNA表达谱及功能分析

目的本研究利用二代测序(next-generation sequencing, NGS)技术, 对脓毒症患者外周血液进行测序分析, 探讨非编码小RNA(microRNA, miRNA)和长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)的差异表达及其功能网络。方法本研究采集2021年6月至9月在盐城市第一人民医院招募的重症医学科7例泌尿系统感染的脓毒症患者和3例健康职工志愿者的全血进行NGS分析, 筛选差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA, 并对差异表达进行生物信息学分析(差异倍数FC>2, P<0.01)。本研究筛选并下载GEO数据库中4个脓毒症患者基因组数据集, 筛选共同差异表达基因, 对筛选基因进行京都基因组百科全书分析。使用Cytoscape 3.7.0进行构建miRNA-mRNA和IncRNA-miRNA-mRNA网络。结果差异表达mRNAs主要富集于炎症反应相关通路。131个差异基因显著富集在PD-1/PD-L1信号通路, 发现调控PD-1/PD-L1信号通路的TLR2、LAT和CD247等靶基因, 以及参与调控的miRNA(hsa...     

基于微小核糖核酸-信使核糖核酸调控网络的骨关节炎病变的相关分子机制研究

目的基于miRNA-mRNA调控网络进行生物信息学分析, 探讨骨关节炎病变的相关分子机制。方法从GEO数据库下载人血清样本miRNA表达数据集, 通过R语言limma包获取差异表达miRNA,采用miRwalk 2.0版数据库预测其对应靶基因(mRNA), 并构建miRNA-mRNA调控网络。对靶基因进行功能GO分析和KEGG信号通路分析, 构建靶基因所编码的蛋白质相互作用网络(PPI), 从中筛选出骨关节炎病变的核心基因。结果共筛选出7个差异表达的miRNA(表达均为下调)和900个mRNA, 这些基因主要涉及蛋白结合、DNA结合、转录等生理过程, 参与Cell cycle、p53、Neurotrophin、PI3K-Akt等信号通路。蛋白相互作用分析表明MAPK1、TP53、MAPK14、CCND1、EP300、POLR2E、POLR2F、ABL1、RAC1、SKIV2L2为该调控网络的核心靶基因。结论 OA的发生和发展涉及多个的miRNA、靶基因和作用途径, 而通过构建骨关节炎相关miRNA-mRNA调控网络, 可为找出骨关节炎病的分子机制和今后临床上诊疗提供新的思路。     

基于系统药理学和分子对接探讨抗炎合剂治疗 脓毒症的分子调控机制

目的:基于系统药理学、分子对接以及GEO数据库差异基因表达分析的方法,解析抗炎合剂治疗脓毒症的分子调控机制。方法:通过TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)和Drug Bank数据库平台获得抗炎合剂的活性成分和对应靶标。基于GEO数据库分析获得脓毒症的差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),并通过David在线分析平台对药物与疾病基因进行了GO(gene ontology)功能和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。同时,利用Biso Genet和Cy to NCA插件对交集靶点进行网络拓扑分析,并将获得的Hub基因与关键活性成分进行分子对接,以证实抗炎合剂发挥治疗效用的分子机制。结果:从抗炎合剂474个化学成分中筛选出73个活性成分,其中45个活性成分被预测为针对54个与脓毒症相关的基因。GO功能、KEGG通路及蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络拓扑分析显示:交集靶点主要参与酶结合、蛋白质均聚活性调控、转录因子结合、细胞凋亡调控、细胞缺氧反应、转录调控、癌症相关途径、细胞周期、TNF信号通路、HTLV-I感染、细胞凋亡和NF-κB信号通路等,并筛选出4个Hub基因。最后,分子对接验证了分子靶标预测网络的可靠性。结论:研究预测了抗炎合剂治疗脓毒症的重要功能活性成分及其作用靶点,揭示了该中药复方的分子调控机制,为抗炎合剂的临床应用及实验研究提供了可靠的证据。     

基于生物信息学分析的卵巢癌微小RNA调控网络的初步构建

目的在生物信息学分析基础上初步构建卵巢癌微小RNA(miRNA)及长链非编码RNA(lncRNA)调控网络,探讨miRNA在卵巢癌细胞中的分子调控机制。方法通过miRwalk 2.0及HMDD v2.0精准查询与卵巢癌相关且功能明确的miRNA,根据miRwalk 2.0软件出现频次进行筛选,明确其对应靶基因表达情况。在lncRNA疾病数据库中查询与卵巢癌相关的lncRNA,运用starBase v2.0对所得到的miRNA和lncRNA进行综合分析,筛选出与上述miRNA相互作用的且与卵巢癌相关的lncRNA。通过Cytoscape软件绘制miRNA在卵巢癌中的分子调控网络。结果 hsa-let-7a、hsa-mir-21、hsa-miR-16、hsa-mir-17、hsa-mir-19b、hsa-mir-29a、hsa-mir-92a是介导卵巢癌调控的高频miRNA,成功获取了有关miRNA在卵巢癌中的分子调控网络;初步明确了高频miRNA。lncRNA与miRNA匹配分析发现,lncRNA X(染色体)失活特异性转录物(XIST)作为核心调控因子与高频miRNA相互作用介导卵巢癌基因调控。结论利用生物信息学分析技术成功描绘了一张与卵巢癌相关的miRNA分子调控网络,miRwalk、HMDD、starBase等数据库可有效地用于miRNA与疾病关系的研究。     

IRF4通过JAK/STAT信号通路调控糖尿病肾病炎症进展

目的 筛选分析糖尿病肾病（DN）的差异表达基因（DEG）,探讨IFN调节因子4(IRF4)在DN中的作用机制,为DN治疗寻找潜在的分子靶点。方法 经基因表达综合（GEO）数据库下载GSE142025数据集[包含对照组9例与进展期DN(aDN)组21例],进行DEG筛选,行基因集富集分析（GSEA）示DEG参与的分子生物学过程。使用String及Cytoscape软件可视化DEG蛋白质相互作用网络,定量逆转录PCR(RT-qPCR)和过碘酸-希夫（PAS）染色及链霉菌抗生物素蛋白-过氧化物酶（SP）染色并进一步验证主要DEG在6例DN肾组织（DN组）和6例肿瘤切除术后癌旁正常肾组织（NC组）中的表达。结果 GEO数据库筛选出1213个差异表达mRNA,其中684个上调、529个下调。GSEA及京都基因和基因组百科全书分析显示aDN组DEG在酪氨酸激酶/信号转导及转录激活因子信号通路、趋化因子信号通路、Fcγ受体介导巨噬细胞的吞噬作用信号通路、白细胞跨内皮迁移、T细胞受体信号通路明显富集。DN组肾组织中IRF4、信号淋巴细胞活化分子6和IL-2受体α亚基mRNA相对表达量均高于NC组肾组织...     

基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络构建筛选老年胶质母细胞瘤相关lncRNAs

目的:识别老年胶质母细胞瘤患者相关lncRNA(Long non-coding RNA,长链非编码RNA)。方法:从TCGA数据库下载TCGA-GBM RNA-seq、miRNA-seq、clinical数据。将样本按照年龄大于70岁和小于70岁进行分组。利用edgeR软件进行lncRNA、miRNA、mRNA的差异表达分析。利用miRanda软件分别预测miRNA的mRNA靶基因以及miRNA的lncRNA靶基因。针对筛选出的差异lncRNA和差异mRNA,进行表达相关性分析。根据lncRNA-mRNA相关性分析以及miRNA靶基因分析结果,构建ceRNA网络。结果:根据本文的筛选条件共筛选得到48个lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。结论:筛选得到7个lncRNA及48个ceRNA网络可作为老年胶质母细胞瘤患者的生物学标志物进行研究。     

酒精性脂肪性肝炎差异表达基因的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法筛选酒精性脂肪性肝炎(ASH)肝组织与正常肝组织间的差异表达基因,为探索ASH的关键基因和分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库下载ASH基因芯片数据集GSE28619和GSE103580,共包括ASH患者肝组织标本28例,正常肝组织标本7例。使用R软件对芯片数据进行整合并筛选出差异表达基因。采用在线DAVID分析软件对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集分析,应用R软件中Clusterprofiler包对差异基因进行KEGG信号途径分析,利用STRING及Cytoscape软件进一步构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件中的CytoHubba插件,综合12种拓扑分析方法筛选出前3个核心基因。结果共筛选出28个差异表达基因,GO富集分析发现,差异表达基因参与了皮质醇反应、Wnt蛋白活性、细胞对细胞外刺激的反应、转录因子活性、转录激活因子活性及RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等功能。KEGG通路分析发现,差异表达基因富集在唯一一个通路——白细胞介素-17(IL-17)信号通路上。PPI分析得到3个核心基因,分别为CCL20、FOS及NR4A2,并且CCL20与FOS均富集在IL-17信号通路上。对PPI网络中的节点进行富集分析发现,其功能主要富集在信号转导上。结论通过生物信息学分析,预测CCL20、FOS及NR4A2可能是介导ASH的核心基因,其中CCL20可能通过作用在IL-17信号通路上,被诱导激活后促进巨噬细胞、中性粒细胞等炎症细胞的募集,从而介导ASH炎症发生。靶向调控IL-17信号通路有望成为ASH治疗的新型疗法。     

类风湿关节炎患者滑膜组织lncRNA表达及基于CeRNA网络的生物信息学分析

目的:通过生物信息学分析来识别类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)滑膜组织病变进展相关的差异表达基因。方法:通过NCBI GEO数据库获取GSE55235和GSE55457的基因表达谱。采用Perl语言对下载的数据进行样本数据合并及基因重注释;采用R语言进行批次矫正及差异分析,根据差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络及进行GO富集分析和KEGG通路分析;使用cytoHubba插件筛选Hub基因,分析与差异LncRNA的相关性。结果:分析显示与正常滑膜组织对比,RA患者滑膜组织143个mRNA、3个lncRNA存在明显差异表达。根据差异基因构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络,网络由2个LncRNA节点,16个miRNA节点、17个mRNA节点以及44个边组成。GO功能富集分析主要集中在细胞死亡的正调控、成纤维细胞增殖的调节、免疫应答调节细胞表面受体信号通路等功能。KEGG通路分析显示35条通路被富集,其中涉及IL-17代谢通路、MAPK信号通路、WNT信号通路、TNF信号通路等。其中Hub基因MYC,CDKN1A,JUN,FOS与LncRNA MEG3在RA滑膜组织中均呈低表达,且lncRNA MEG3与MYC,CDKN1A,JUN,FOS表达具有相关性。结论:通过生物信息学网络分析,lncRNA MEG3可能作为ceRNA在RA的疾病发展中发挥着重要作用,为RA提供一些新的候选诊断生物标志物或潜在的治疗靶点。     

基于GEO数据库整合miRNA-mRNA表达谱筛选卵巢癌的关键基因分子及生物信息分析

目的　卵巢癌是妇产科恶性肿瘤死亡的主要原因之一,但其致病分子机制还未被清晰阐明。该研究通过整合生物信息学方法,旨在挖掘其潜在的关键基因分子及生物学功能,以便更全面地揭示其发病机制。方法　从GEO (Gene Expression Omnibus) 数据库下载miRNA和mRNA表达谱芯片集。通过R语言“limma”包筛选差异表达的miRNA和mRNA。通过FunRich软件对筛选的差异miRNA进行靶标预测,并与筛选的差异mRNA取交集得到共有差异基因。通过R语言“clusterProfiler”包对共有差异基因进行富集分析和通路注释以挖掘其生物学功能。 运用string数据库和cytoscape软件进一步构建miRNA-靶基因调控网络,并鉴定分子网络中的关键基因分子。结果　共筛选鉴定出167个共有差异基因。富集分析表明共有差异基因主要涉及细胞外组织、胚胎器官发育、突触后特化、胶原三聚体和DNA结合转录激活等生物过程;通路注释表明共有差异基因主要参与蛋白质的消化吸收和松弛素信号通路行为。分子网络分析筛选鉴定了10个候选关键基因,并发现miR-29c-3p,miR-1271-5p和 miR-133b抑癌分子与共有差异基因存在最广泛的靶向关系,处于调控中枢核心地位。上述关键基因分子在卵巢癌发生发展中扮演了重要角色。结论　该研究采用的系统整合方法学和鉴定的关键基因分子有助于揭示卵巢癌的潜在致病机制,也为卵巢癌的早期筛查提供新的候选标志物。     

四君子汤治疗肝硬化的转录学机制分析

目的 探讨四君子汤改善肝硬化病理改变的作用,并且研究四君子汤对肝细胞的转录组学改变情况,探索潜在的分子作用机制。方法 采用四氯化碳（CCl₄）诱导大鼠产生肝硬化,并用标准剂量的四君子汤灌胃治疗肝硬化大鼠12周,通过肝组织HE染色、Masson染色,从病理学改变评估四君子汤治疗肝硬化效果。随后采取Illumnia高通量测序,同步对转录组学测序结果筛选差异表达基因（DEG）,并进行生物聚类分析、KEGG信号通路聚类分析。结果 与正常SD大鼠相比,CCl₄诱导的肝硬化SD大鼠肝组织出现广泛的假小叶,转录组学测序共筛选出402个DEG。GO富集分析发现DEG主要富集于细胞周期相关生物学功能。KEGG分析提示DEG明显富集于细胞增殖、分化通路。CCl₄诱导肝硬化大鼠在经过四君子汤治疗后,肝脏组织中的假小叶明显减少,共有411个DEG。GO以及KEGG分析提示DEG分别富集于细胞周期生物学功能以及细胞增殖、肿瘤相关信号通路。结论 四君子汤可有效缓解CCl₄所诱导的肝硬化,其中细胞增殖相关Wnt通路受到明显调控,可能是四君子汤治疗肝硬化的分子机制。     

非编码RNA在脓毒症心肌细胞中表达及分析

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)及微RNA(miRNA)在脓毒症心肌细胞中的表达情况.方法 采用基因芯片筛选对照组与脓毒症组小鼠心肌细胞中lncRNA与miRNA的差异基因,通过基因本体和京都基因与基因组百科全书对差异基因进行分析以判定差异基因主要参与的生物学功能及相关通路.通过starbase数据库及NCB...     

铁死亡相关lncRNA结肠癌预后风险模型的构建及临床应用

目的 基于肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库筛选铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA),建立结肠癌预后风险模型,并探讨其临床应用价值。方法 选取行结肠癌根治术的患者48例,收集术中切除的癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织边缘2～3 cm)。从TCGA数据库中收集结肠癌的转录组数据(结肠癌组织428例、正常结肠组织41例)及对应患者的临床资料。筛选结肠癌组织与正常结肠组织差异表达的铁死亡相关基因,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析。筛选与结肠癌预后相关的铁死亡lncRNA,采用共识聚类分析对结肠癌患者进行分组,并比较总体生存率。采用LASSO-Cox回归分析建立预后风险模型。建立用于预测结肠癌患者总体生存率的列线图。采用细胞学实验分析关键lncRNAITGB1-DT在结肠癌中的生物学功能。结果 从TCGA数据库中筛选出72个差异表达的铁死亡相关基因,其中表达上调47个、表达下调25个,GO和KEGG通路分析结果显示这72个基因广泛参与了铁代谢和脂肪酸氧化等生物学过程。共筛选出20个结肠癌组织与正常组织有差异的铁死亡lncRNA。根据共识聚类分析...     

基于TCGA 数据库构建三阴性乳腺癌预后相关的ceRNA 调控网络及分析

目的 通过分析癌症基因组图谱（the cancer genome atlas,TCGA）数据库构建三阴性乳腺癌(triple negativebreast cancer,TNBC）预后相关的竞争性内源性核糖核酸（competitive endogenous RNA, ceRNA）调控网络。方法 从TCGA 数据库中下载TNBC lncRNA 表达RNAseq 数据,对TNBC 患者的 mRNA,miRNA 和lncRNA 进行差异表达分析,并进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的mRNA,miRNA 和lncRNA。同时构建 lncRNA- miRNA - mRNA 相关 ceRNA 调控网,再对生存相关 lncRNA 所相关的 mRNA 进一步功能富集和注释,并构建蛋白质互作网络最终用关键基因通过人类蛋白质图谱（the human protein atlas,HPA）数据库进行验证。结果 在TCGA 中共找到TNBC 差异表达mRNA 2 331 个、差异miRNA 100 个和差异lncRNA 1 269 个。ceRNA 调控网中的 mRNA 在细胞黏附、唾液分泌和血小板活化、用于IgA 产生的肠道免疫网络、补体和凝血级联反应等信号通路中明显富集。生存分析中,1 个差异mRNA(NMUR1）,1 个差异表达miRNA(hsa-miR-6832-3p),2 个差异表达的lncRNA（AC104809,LINC01297）的表达量均与TNBC 患者的预后相关,差异具有统计学意义（P ＜ 0.05）。最后利用HPA数据库对NMUR1 蛋白水平和生存分析验证,NMUR1 的高表达患者的总生存期显著高于NMUR1 低表达组,差异有统计学意义（P ＜ 0.05）。结论 成功构建了促进TNBC 发生发展的 lncRNA-miRNA-mRNA 调控网络,筛选得到生存相关的差异mRNA,miRNA 和lncRNA 为TNBC 发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据。     

核黄素光化学处理与未处理后不同贮存时间血小板miRNA表达谱的差异分析

目的分析核黄素光化学技术(VB_2-PRT)处理与否的贮存d1和d5血小板微小RNA(miRNA)表达谱的变化,探讨VB_2-PRT处理miRNA参与调控血小板发生贮存损伤(PSL)的分子机制。方法留取无偿献血者单采血小板20(人)份(5 mL/份),混合摇匀后均分为2等份,1份为VB_2-PRT处理组(E组):使用终浓度为50μmol/L VB_2和6.24 J/mL紫外线(UV)B光处理8 min;另1份为对照组(C组):不做处理;2组皆贮存于(22±2)℃恒温血小板振荡保存箱中。在贮存d1和d5分别取样(5 mL),分别命名为E1、E5、C1和C5组,采用纳米球(DNB)测序技术对其做血小板miRNA组测序,采用DEGseq和MA-plot分析软件筛选E和C组间差异表达的小RNA,当E和C组间的血小板miRNAs表达差异≥2倍(P0.01)时,对这部分血小板miRNA做靶基因预测及GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。结果 E1和C1组血小板miRNA的表达谱相比:在E1组中筛选出487个表达差异明显(P0.01)的miRNAs,包括220个miRNAs表达上调,如miR-146a和let-7b等,267个表达下调,如miR-7和miR-1260等;E5和C5组血小板miRNA的表达谱相比:在E5中筛选出229个表达差异明显(P0.01)的miRNAs,包括80个miRNAs表达上调,如miR-423和miR-378等,149个表达下调,如miR-451和miR-30等。E1与C1组以及E5与C5组的差异表达miRNAs靶基因呈明显富集的GO条目(term)数相似,包括细胞组分、细胞器、细胞膜等细胞结构,黏附、催化、分子转换、运输、转录因子和受体活性等分子功能,细胞加工、代谢、生物调节、应激等生物过程。E5与C5组相应的KEGG富集前10的通路中,较E1与C1组不同的是缺少涉及环境适应、翻译和黏蛋白合成信号通路,却增加了肌醇磷酸代谢、磷脂酰肌醇信号系统和趋化因子信号通路。结论经VB_2-PRT处理的血小板贮存一段时间其miRNAs表达谱发生明显变化;功能预测提示这些miRNA可能参与VB_2-PRT处理下血小板发生PSL的调控。     

MicroRNA-4521基因在非小细胞肺癌中的表达分析研究

目的:初步探索非小细胞肺癌中差异表达microRNA,并对其靶基因进行预测及相关生物信息学分析。方法:通过mirExtra2.0数据库筛选非小细胞肺癌中差异表达microRNA,采用miRDB、miRWalk和TargetScan7三个数据库预测候选分子靶基因,并利用Metascapes数据库对预测靶基因进行功能注释、KEGG通路富集以及蛋白质网络互作分析。结果:非小细胞肺癌组织及对照组织表达谱中共筛选出634个差异microRNA,依据fold change比值及文献筛选microRNA-4521为候选基因。通过靶基因预测软件共获得235个潜在靶基因,其功能主要富集在细胞增殖和分裂及中心碳代谢信号通路等方面;蛋白质网络互作分析显示主要集中在非小细胞肺癌及中心碳代谢过程中。结论:筛选目标microRNA-4521在非小细胞肺癌中显著高表达,并可能通过参与中心碳代谢信号通路的调控从而影响非小细胞肺癌的发生发展。     

多囊卵巢综合征中环状RNA差异表达的生物信息学分析

目的 利用生物信息学探讨多囊卵巢综合征中环状RNA(circular RNA,circRNA)的差异表达,并预测与之相结合的微RNA(microRNA,miRNA)。方法 通过基因表达综合数据库查找多囊卵巢综合征的卵丘细胞基因芯片表达谱,采用数据库自带的GEO2R工具筛选出差异circRNA,并利用DAVID 6.8数据库对差异circRNA基因进行基因本体分析及京都基因和基因组数据库信号通路分析,使用Circular RNA interactome预测潜在调控的miRNA,并利用Cytoscape软件建立circRNA-miRNA网络图,预测差异最显著的上调和下调的circRNA潜在调控的miRNA各5个。结果 共获得多囊卵巢综合征差异circRNA 247个,预测到与上调circRNA基因结合的miRNA共277个,与下调circRNA基因结合的miRNA共125个,前10个能够与多个差异circRNA结合的miRNA分别为hsa-miR-557、hsa-miR-507、hsa-miR-224、hsa-miR-136、hsa-miR-127-5p、hsa-miR-579、hsa-m...     

神经源性异位骨化相关差异基因的筛选及生物信息学分析

目的:基于GEO数据库筛选神经源性异位骨化的差异基因并进行生物信息学分析,寻找疾病相关基因和通道。方法:从GEO数据库中下载关于神经源性异位骨化的基因表达谱芯片,通过R软件的Limma包以调整后的P0.05和|Log2(fold-change)|2作为阈值筛选异位骨化组和健康对照组的差异基因,使用Matascape在线工具对差异基因进行GO富集及KEGG通路富集分析,并构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络,利用Cytohubba和MCODE算法寻找关键基因。结果:共筛选出276个差异基因,其中上调基因150个,下调基因126个,差异表达基因的生物学过程(BP)主要在化学突触传递、跨突触信号的调控、骨化等过程富集;分子功能(MF)主要在细胞外基质结构成分、肝素结合、糖胺聚糖结合富集;细胞成分(CC)主要在胶原三聚体、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞外基质富集。KEGG信号通路分析主要富集在补体和凝血级联、IL-17、Wnt、蛋白的消化吸收等通路。PPI网络共鉴别出EGF、GPR18、ADRA2C、CXCL1、C3、CXCL6、ADRB2、PENK、CXCL2、CDH1共10个hub基因和CXCL2、PTH2、EPHB1、HTR2B共4个种子基因。结论:通过对基因芯片的生物信息学分析,发现了可能与神经源性异位骨化相关的基因及分子调控机制。