肿瘤相关基因启动子甲基化在非小细胞肺癌细胞株中的作用研究

目的探讨基因甲基化在肺癌发生中的作用。方法南京医科大学附属南京第一医院呼吸科、复旦大学附属中山医院肺科和上海市肿瘤研究所于2004年10月至2005年12月应用甲基化特异性的多聚酶链反应（MSP）和RT—PCR检测甲基化的发生和mRNA的转录水平。结果肺癌细胞株A549部分甲基化的靶点包括p16^INK4a、p73、RASSF1a和CDH1等，完全甲基化的靶点包括MGMT、CDH13等；SH-77部分甲基化的靶点包括p16^INK4a、p73、WT1和CDH1等，完全甲基化的靶点包括RASSF1a和MGMT；SPC—A1部分甲基化的靶点包括p16^INK4a、p73、CDH1、MYOD1和CDH13等，完全甲基化的靶点包括WT1和RAR—β。RASSF1a、WT1、MYOD1、MGMT和RAR—β等5个基因发生甲基化的细胞株其mRNA的转录水平均低于未发生甲基化的细胞株甚至完全不转录。结论NSCLC细胞株中抑癌基因经常发生启动子CpG岛的甲基化，并且甲基化可能与抑癌基因mRNA转录水平下降相关。     

肿瘤相关基因启动子甲基化在非小细胞肺癌细胞株中的作用研究

目的探讨基因甲基化在肺癌发生中的作用。方法南京医科大学附属南京第一医院呼吸科、复旦大学附属中山医院肺科和上海市肿瘤研究所于2004年10月至2005年12月应用甲基化特异性的多聚酶链反应(MSP)和RT-PCR检测甲基化的发生和mRNA的转录水平。结果肺癌细胞株A549部分甲基化的靶点包括p16INK4a、p73、RASSF1a和CDH1等,完全甲基化的靶点包括MGMT、CDH13等;SH-77部分甲基化的靶点包括p16INK4a、p73、WT1和CDH1等,完全甲基化的靶点包括RASSF1a和MGMT;SPC-A1部分甲基化的靶点包括p16INK4a、p73、CDH1、MYOD1和CDH13等,完全甲基化的靶点包括WT1和RAR-β。RASSF1a、WT1、MYOD1、MGMT和RAR-β等5个基因发生甲基化的细胞株其mRNA的转录水平均低于未发生甲基化的细胞株甚至完全不转录。结论NSCLC细胞株中抑癌基因经常发生启动子CpG岛的甲基化,并且甲基化可能与抑癌基因mRNA转录水平下降相关。     

肺癌细胞株抑癌基因启动子CpG岛甲基化与转录的关系

基因特别是抑癌基因肩动子区CpG岛甲基化与非小细胞肺癌(NSCLC)发生发展关系的研究正受到越来越多的重视。本研究用甲基化特异性的PCR(MSP)测NSCLC细胞株中12个肿瘤相关基因的甲基化发生情况，并观察甲基化与mRNA转录之间的关系，以进一步阐明抑癌基因甲基化在NSCLC中的作用。     

胃癌维甲酸信号通路相关基因启动子区协同高甲基化的研究

背景：启动子区高甲基化与胃癌中多种抑癌基因表达沉默密切相关。目的：探讨维甲酸信号通路相关基因维甲酸受体B（RAR13）、细胞维生素A结合蛋白1（CRBP1）和他扎罗汀诱导基因1（TIG1）启动子区高甲基化与胃癌的关系。方法：以甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）检测40例胃癌标本、10例正常胃黏膜标本和6株胃癌细胞株的RAR13、CRBPI和TIG1基因启动子区甲基化状态，分析i者甲基化状态的相关性及其与胃癌1晦床病理特征的关系。以逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）检测胃癌细胞株RAR13、CRBP1和TIG1mRNA表达。结果：40例胃癌组织的RAR13、CRBPI和TIG1基因甲基化率分别为45．0％、32．5％和57．5％，10例正常胃黏膜组织均未检测到上述基因甲基化（P〈0．05）。胃癌组织中RAR13的甲基化状态与CRBP1和TIG1的甲基化状态显著相关（P〈0．05），但三者的甲基化状态与胃癌临床病理特征无相关性。启动子区高甲基化胃癌细胞株相应基因mRNA表达缺失或减弱。结论：胃癌组织常发生维甲酸信号通路相关基因RAR13、CRBP1和TIG1启动子区高甲基化，高甲基化可能是相应基因转录失活的重要原因。     

结肠癌组织中RASSF1A基因启动子甲基化状态、mRNA表达变化及意义

目的观察结肠癌组织中RAS相关区域家族1A（RASSF1A）基因启动子甲基化状态、mRNA表达变化,并探讨其意义。方法分别采用甲基化特异性PCR（MSPCR）和RT-PCR技术检测80例结肠癌及癌旁正常结肠组织中RASSF1A基因启动子甲基化、mRNA。结果 80例正常结肠组织中RASSF1A基因启动子未见甲基化,80例结肠癌组织中RASSF1A基因启动子出现甲基化者58例,两者相比,P〈0.05。正常结肠组织均可检测到RASSF1A基因mRNA,结肠癌组织中RASSF1A基因启动子甲基化者未检测到RASSF1A基因mRNA、未甲基化者可检测到RASSF1A基因mRNA。RASSF1A基因启动子甲基化与结肠癌病理分型、淋巴结转移、远处转移和Dukes分期有关（P均〈0.05）。RASSF1A基因mRNA的表达与结肠癌Dukes分期有关（P〈0.05）。结论结肠癌组织中RASSF1A基因启动子出现甲基化,RASSF1A基因启动子甲基化者RASSF1A基因mRNA表达缺失,这可能与结肠癌的发生发展及转移有关。     

非小细胞肺癌患者血清O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶基因异常甲基化检测及其临床意义

目的 探讨非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者血清中O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶(O6-methylguanine-DNA-methyhransferase,MGMT)基因启动子区域甲基化的改变状况及其临床意义.方法 基因测序法检测62例NSCLC患者、30例肺部良性疾病患者和16例健康体检者血清中MGMT基因启动子区域甲基化状况,并分析其与临床特征的关系.结果 NSCLC患者血清MGMT基因甲基化检出率为27.42%(17/62),而肺部良性疾病患者和健康体检者血清未检出MGMT基因甲基化(Fisher精确概率法,P＜0.01).MGMT基因甲基化检出率与NSCLC患者年龄、性别、病理类型、分化程度无明显相关,但在晚期患者中检出率较高(P＜0.05).MGMT基因甲基化患者吸烟指数(年·支)明显高于非甲基化患者(P＜0.01).结论 MGMT基因异常甲基化可能在NSCLC发生、发展中起重要作用,有望成为NSCLC辅助诊断的分子标记.     

胃癌形成过程中p16IN4a、Runx3和O-6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶基因甲基化及其表达研究

目的 研究胃癌形成过程中p16INK4a、Runx3和O-6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)基因启动子区的高甲基化状态,同时检测MGMT的蛋白表达情况.探讨抑癌基因启动子区高甲基化与胃癌发生的关系.方法 选择经透明帽法进行首次黏膜病变切除者43例,其中异型增生27例,早期胃癌16例.选择胃镜活检证实为慢性萎缩性胃炎伴肠上皮化生者14例.另取20例正常胃黏膜活检组织作为对照.采用甲基化特异聚合酶链反应(MSP)检测每例组织中p16INK4a、Runx3和MGMT基因启动子区的甲基化状态,对所有甲基化p16INK4a产物进行测序,免疫组化检测MGMT蛋白表达情况.结果 肠上皮化生、异型增生和早期胃癌中p16INK4a基因甲基化率依次为14.3%(2/14)、22.2%(6/27)和37.5%(6/16);Runx3基因甲基化率依次为14.3%(2/14)、48.1%(13/27)和50.0%(8/16);MGMT基因甲基化率依次为7.1%(1/14)、48.1%(13/27)和50.0%(8/16).20名正常对照均未检出基因甲基化,与异型增生和早期胃癌相比差异有统计学意义(P＜0.05).Runx3和MGMT两种基因在异型增生和早期胃癌中的甲基化率显著高于肠上皮化生组(P＜0.05).各组病变中三种基因甲基化联合分析发现,异型增生和早期胃癌中甲基化的基因种类高于肠上皮化生组.差异有统计学意义(P＜0.01).基因甲基化与息者年龄、性别、幽门螺杆菌感染以及病变部位无相关性,但p16INK4a和MGMT基因甲基化与血清癌胚抗原水平升高显著相关(P值分别为0.003和0.039).MGMT基因启动子区高甲基化与其蛋白失表达密切相关(χ2=12.821,P=0.001).结论 抑癌基因启动子区高甲基化是基因失活的主要机制,可能是胃癌发生的早期分子事件.p16INK4a、Runx3和MGMT基因启动子区高甲基化在胃癌形成过程中起着重要的作用.     

胰腺癌细胞系BxPC3及胰腺癌组织Ras相关区域家族1A启动子CpG岛的甲基化状态

目的 检测Ras相关区域家族1A(Ras association domain family 1A,RASSF1A)在胰腺癌细胞株BxPC3及胰腺癌组织中的甲基化状态,探讨其启动子异常甲基化在胰腺癌发病机制中的可能作用.方法 采用结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法(combined bisulfite restriction analysis,COBRA)检测胰腺癌细胞株BxPC3、5例正常胰腺组织、13对胰腺癌及相应癌旁正常胰腺组织中RASSF1A启动子CpG岛的甲基化状态,计算其甲基化率.以甲基化酶抑制剂5-Aza-dC(5-Aza-2-deoxycitydine)处理BxPC3,观察处理前后甲基化率变化情况及RASSF1A mRNA表达变化.结果 在BxPC3细胞株中,RASSF1A启动子的CpG岛甲基化率为62.90%;正常胰腺、癌旁及癌组织中平均分别为9.14%、53.79%和55.82%.与正常胰腺组织相比,胰腺癌旁及癌组织的RASSF1A启动子甲基化率明显增高(P值<0.01),而癌旁及癌组织之间无明显差异(P>0.05).BxPC3经5-Aza-dC处理后,RASSF1A的CpG岛甲基化率显著下降至42.50%(P<0.05),同时RASSF1A mRNA表达增强.结论 RASSF1A启动子CpG岛异常甲基化是胰腺癌发生发展中的早期事件,可能参与胰腺癌的发病过程.     

宫颈癌C-33A细胞RASSF1A基因启动子CG位点甲基化及其临床意义

目的检测宫颈癌C-33A细胞RASSF1A基因启动子CG位点甲基化状态及mRNA,并探讨其临床意义。方法提取正常健康人宫颈上皮细胞和宫颈癌C-33A细胞总DNA和RNA,分别进行重亚硫酸氢盐测序（BSP）和RT-PCR扩增,检测RASSF1A基因启动子CG位点甲基化状态和RASSF1A基因mRNA。结果 C-33A细胞RASSF1A基因启动子CG位点呈现高甲基化状态,显著高于正常宫颈上皮细胞（P〈0.01）;C-33A细胞RASSF1A mRNA表达量明显低于正常宫颈上皮组织（P〈0.01）。结论宫颈癌C-33A细胞RASSF1A基因启动子CG位点呈高度甲基化状态,其RASSF1A mRNA表达明显受到抑制。RASSF1A基因启动子CG位点甲基化在宫颈癌发生过程中发挥重要作用。     

骨肉瘤组织中RASSF1A基因启动子区甲基化状态观察及意义

目的 观察骨肉瘤组织中Ras相关区域家族1A(RASSF1A)基因启动子区域的甲基化状态,并探讨其临床意义.方法 应用甲基化特异性PCR(MSP)技术检测30例骨肉瘤组织及瘤旁组织中RASSF1A基因启动子区域的甲基化状态.结果 骨肉瘤组织中RASSF1A基因启动子区域发生甲基化14例(46.7％),瘤旁组织中4例(13.3％),两者比较,P＜0.05.RASSF1A基因启动子区甲基化与骨肉瘤患者的性别、年龄及血清碱性磷酸酶水平有关(P均＜0.05).结论 骨肉瘤组织中RASSF1A基因启动子区甲基化发生率高,其可能在骨肉瘤的发生发展中发挥重要作用.     

Coexpression network analysis of platelet genes in sickle cell disease

Platelets play important roles in vascular health. Activation of platelet may contribute to coagulation and inflammation. Evidence suggests circulating platelets are chronically activated in sickle cell disease (SCD) patients with steady state and further activated in vaso-occlusive crisis. However, the molecular basis of sickle platelet dysfunction remains obscure. Here, we used weighted gene coexpression network analysis combined with differentially expressed genes (DEGs) analysis to further investigate this basis. We found 57 DEGs were closely related to platelet dysfunction in SCD. Enrichment analysis showed that these 57 genes were mostly related to protein synthesis, adenosine triphosphate (ATP) synthase activity and inflammation, suggesting a hyperactivation status of platelets in SCD. We identified six hub genes from the 57 DEGs according to their Gene Significance value ranking, including CRYM, CCT6P1, SUCNR1, PRKAB2, GSTM3 and FCGR2C. Altogether, our results offered some new insight into platelet activation and identified novel potential targets for antiplatelet therapy in SCD.     

Ventromedial hypothalamic lesions change the expression of cell proliferation-related genes and morphology-related genes in rat pancreatic islets

Studies in normal rats and ob/ob mice indicated that islet neogenesis does not occur in the intact rodent pancreas. We previously reported that ventromedial hypothalamic (VMH) lesions stimulated cell proliferation of rat pancreatic islet B and acinar cells primarily through a cholinergic receptor mechanism and examined how gene families involved in cell proliferation in total pancreatic tissue are regulated after VMH lesions formation. This study examined how gene families involved in cell proliferation in pancreatic islets alone are regulated after VMH lesions formation. Pancreatic islet RNA was extracted, and differences in gene expression profiles between rats at day 3 after VMH lesioning and sham-VMH-lesioned rats were investigated using DNA microarray and real-time polymerase chain reaction. VMH lesions regulated genes that were involved in functions related to cell cycle and differentiation, growth, binding, apoptosis and morphology in pancreas islets. Real-time polymerase chain reaction also confirmed that gene expression of polo-like kinase 1 (Plk1) and topoisomerase (DNA) II α 170 kDa (Top2a), and stanniocalcin 1 (Stc1) were upregulated at day 3 after the VMH lesions. Ventromedial hypothalamic lesions may change the expression of cell proliferation-related genes and morphology-related genes in rat pancreatic islets.     

非小细胞肺癌差异基因的筛选及预后分析

目的利用生物信息学方法分析非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片,筛选差异基因,分析其与预后的关系。方法从GEO数据库下载芯片数据(GSE19804、GSE27262、GSE18842),利用GEO2R软件筛选差异基因,通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行差异基因的功能及通路富集分析,用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,Cytoscape筛选出核心基因。Kaplan-Meier plotter数据库进行预后分析,采用实时荧光定量PCR(QPCR)检测目的基因在NSCLC组织中的表达。结果共筛选出401个差异表达基因,GO分析结果表明差异基因主要参与血管生成、细胞粘附、调节细胞增殖等生物学过程。通过Cytoscape软件筛选出29个核心基因。预后分析显示ASPM低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长。QPCR显示ASPM在NSCLC组织中高表达,差异有统计学意义。结论ASPM在NSCLC组织中高表达,与患者的预后相关,可能是NSCLC潜在的治疗靶点。     

胃癌细胞凋亡相关基因、PCNA与细胞凋亡的关系

目的探讨细胞凋亡相关基因、增殖细胞核蛋白(PCNA)与胃癌细胞凋亡的相关性。方法采用原位末端标记法及免疫组化技术,检测115例胃癌及癌前病变患者和正常人胃黏膜上皮细胞凋亡指数bcl-2、bax、PCNA的表达。结果正常人、浅表性胃炎、萎缩性胃炎、不典型增生、胃癌的细胞凋亡指数分别为(4.58±1.92)%、(10.14±2.56)%、(24.6±35.19)%、(19.35±4.04)%、(19.81±4.66)%;bcl-2蛋白表达分别为0、18.5%、20.3%、44.6%、58.5%;bax蛋白表达分别为20.4%、51.5%、55.2%、27.6%、16.8%;PCNA分别为(3.93±1.02)%、(13.58±4.65)%、(20.16±4.89)%、(24.30±4.44)%、(39.79±6.37)%、(54.79±10.6)%。结论胃黏膜癌变过程中,起初三个阶段细胞凋亡指数、bcl-2、bax和PCNA同时增加,而至萎缩性胃炎后,细胞凋亡指数、bax表达显著减少,bcl-2、PCNA表达显著增加,说明以上因素在胃癌演变过程中可能起重要作用。     

非小细胞肺癌组织中耐药相关基因的表达及意义

目的探讨耐药相关基因在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达及意义。方法应用RT-PCR半定量法检测60例未行化放疗的NSCLC患者癌组织及癌旁组织中耐药相关基因[多药耐药相关蛋白1（MRP1）、肺耐药蛋白（LRP）、乳腺癌耐药蛋白（BCRP）、切除修复交叉互补基因1（ERCC1）]mRNA的表达。结果与癌旁组织比较,癌组织中MRP1、LRP、ERCC1 mRNA表达显著升高,BCRP mRNA显著降低（P〈0.05）;BCRP mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达呈正相关（rs=0.339,P=0.008）,癌组织中MRP1 mRNA与LRP mRNA、BCRP mRNA与ER-CC1 mRNA呈正相关。COX多因素回归分析示,MRP1 mRNA高表达是影响预后的独立因素（RR=4.784,P=0.026）。结论检测MRP1 mRNA对预测NSCLC患者生存期、协助临床选择化疗方案可能具有一定意义。     

Defective DNA repair genes in a primary culture of human renal cell carcinoma

Purpose: Genomic stability is maintained by error-free DNA replication, repair, and recombination. To determine if repair genes contribute to genomic instability, we used a newly established cell line RCC-AJR (from clear-cell renal cell carcinoma) to examine hMSH2 (a mismatch-repair gene) and the gene encoding DNA β polymerase (polβ; a known contributor to base-excision repair). Methods: Coding sequences of hMSH2 and polβ were amplified by the polymerase chain reaction (PCR) using RNA from RCC-AJR cells and matched normal kidney (NK) cells from the same patient. Nucleotide sequences of the PCR products were determined by the dideoxy-DNA method and direct sequencing. Expressions of repair genes were assayed by Western blotting. Microsatellite stability in RCC-AJR cells was assayed by alteration in (CA) _n repeats. Results: In the RCC-AJR cells, we detected (a) a deletion of 1476 bp encoding 492 amino acids of hMSH2 cDNA, (b) an 87-bp deletion in the polβ coding sequence, (c) truncated forms of hMSH2 and polβ proteins, and (d) microsatellite instability. Conclusions: This study provides evidence of alterations in hMSH2 and polβ in the homogeneous cell population of an RCC-AJR tumor culture. The data indicate that repair genes may help preserve genomic stability in this cell line. We believe that this new primary RCC-AJR cell line will prove a useful model for investigating the cascade of genetic events in renal cells that leads to renal carcinogenesis. Received: 16 August 1999 / Accepted: 15 October 1999     

幽门螺杆菌对AGS细胞DNA错配修复基因表达的影响

目的体外观察幽门螺杆菌对AGS细胞DNA错配修复（mismatch repair，MMR）基因蛋白和mRNA表达的影响，以确定不同疾病来源幽门螺杆菌对MMR基因表达的影响是否存在差异。方法AGS细胞分别与5株分离自胃癌和5株分离自胃炎患者的幽门螺杆菌共培养。逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）和Western印迹法检测hMSH2和hMLH1基因mRNA和蛋白表达，同时以肠道致病性大肠杆菌作为细菌对照。结果胃炎菌株和大肠杆菌基本不影响hMLH1和hMSH2基因mRNA和蛋白表达，而所有胃癌菌株都能下调hMLH1和hMSH2基因mRNA和蛋白表达。结论胃癌菌株与胃炎菌株对胃癌细胞MMR的影响存在差异，提示部分幽门螺杆菌菌株可能通过损害细胞MMR功能促进胃黏膜上皮细胞内DNA突变累积，增加幽门螺杆菌长期感染时胃癌发生的危险性。     

基因芯片技术在食管鳞癌转移相关基因表达谱筛选中的应用

目的 研究人食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌的转移机制。方法 选取392个与肿瘤转移相关的基因克隆,制备成肿瘤转移基因芯片。提取食管鳞癌组织以及正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray 3．0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果 共筛查出差异表达基因58条,其中表达上调基因36条、下调基因22条,包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论 基因芯片筛查食管鳞癌转移相关基因表达谱可为明确食管鳞癌转移机制提供重要参考。     

Model establishment of prognostic-related immune genes in laryngeal squamous cell carcinoma

Background:Laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) is one of the most common malignant tumors of the head and neck in the world. At present, the treatment methods include surgery, radiotherapy, and chemotherapy, but the 5-year survival rate is still not ideal and the quality of life of the patients is low. Due to the relative lack of immunotherapy methods, this study aims to build a risk prediction model of related immune genes, which can be used to effectively predict the prognosis of laryngeal cancer patients, and provide targets for subsequent immunotherapy.Methods:We collected the 111 cases of laryngeal squamous cell carcinoma and 12 matched normal samples in the The Cancer Genome Atlas Database (TCGA) gene expression quantification database. The differentially expressed related immune genes were screened by R software version 3.5.2. The COX regression model of immune related genes was constructed, and the sensitivity and specificity of the model were evaluated. The risk value was calculated according to the model, and the risk curve was drawn to verify the correlation between related immune genes, risk score, and clinical traits.Results:We selected 8 immune-related genes that can predict the prognosis of LSCC in a COX regression model and plotted the Kaplan–Meier survival curve. The 5-year survival rate of the high-risk group was 16.5% (95% CI: 0.059–0.459), and that of the low-risk group was 72.9% (95% CI: 0.555–0.956). The area under the receiver operating characteristic (ROC) curve was used to confirm the accuracy of the model (AUG = 0.887). After univariate and multivariate regression analysis, the risk score can be used as an independent risk factor for predicting prognosis. The risk score (P = .021) was positively correlated with the clinical Stage classification.Conclusion:We screened out 8 immune genes related to prognosis: RBP1, TLR2, AQP9, BTC, EPO, STC2, ZAP70, and PLCG1 to construct risk value models, which can be used to speculate the prognosis of the disease and provide new targets for future immunotherapy.