人肺癌高低转移细胞株差异表达基因的筛选

目的 筛选高低转移能力人肺癌细胞株PG-BE1和PG-LH7间差异表达基因.方法 进行两次抑制性消减杂交,第一次以PG-BE1细胞株为实验方、PG-LH7株为驱动方构建正向消减文库;第二次以PG-LH7株为实验方、PG-BE1为驱动方构建反向消减文库.筛选出来的阳性克隆进行测序,并在Gene Bank数据库中进行同源性比较.结果 2个消减文库共得到122个阳性克隆,随机选取10个克隆测序并进行同源性分析,发现其中9条序列来自于已知基因,另外1条序列为新的基因序列标签.结论 成功构建了高低转移力人肺癌细胞株的双向消减杂交文库.     

皮质肌动蛋白在不同转移潜能乳腺癌细胞中的表达及意义

目的筛选不同转移潜能的乳腺癌细胞亚系,并探讨皮质肌动蛋白(cortactin)在乳腺癌细胞增殖和侵袭过程中的作用。方法经过连续人工基质膜侵袭实验后获得高、低转移潜能的乳腺癌细胞亚系,通过透射电镜观察比较两系细胞的超微结构,四甲基偶氮唑盐(MTT)法检测两系细胞增殖能力,流式细胞仪检测两系细胞周期,Transwell侵袭小室模型比较两系的迁移能力。应用免疫细胞化学法、反转录聚合酶链反应(RT-PCR)和蛋白质印迹分析法检测cortactin蛋白在两系细胞中的表达。结果利用人工基质膜侵袭实验筛选出高、低转移潜能乳腺癌细胞亚系,并且两系细胞形态上无明显差异。MTT实验显示高转移潜能细胞体外生长速度显著快于低转移潜能细胞(P0.05)。流式细胞仪检测结果显示,高转移潜能细胞亚系与低转移潜能细胞亚系相比,G0/G1期细胞前者比后者少[(52.67±3.69)%vs(64.46±2.79)%],而S期细胞前者比后者多[(30.53±6.19)%vs(24.63±2.04)%]。高转移潜能细胞亚系增殖指数(PI)高于低转移细胞亚系[(47.32±3.69)%vs(35.53±2.80)%,P0.05],侵袭能力显著强于低转移潜能细胞亚系[(61.46±7.08)vs(25.32±4.87)个/视野,P0.05]。免疫组化、RT-PCR和蛋白质印迹分析均显示在高转移潜能细胞亚系中cortactin在基因和蛋白水平的表达均高于低转移潜能细胞亚系(P0.05)。结论 Cortactin的过表达与乳腺癌的增殖和转移过程密切相关。     

用抑制性消减杂交方法筛选人肾癌相关基因

目的 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌差异表达基因文库并进行差异表达基因筛选.方法 以肾癌细胞株RLC-310和肾近曲小管细胞株HK-2互为实验组和对照组,提取mRNA,应用抑制性消减杂交技术进行正反两向消减杂交,获得人肾癌细胞差异表达基因文库,结合反向Northern斑点印迹杂交,筛选差异基因克隆,并进行测序分析.结果 正向和反向文库共包含1200多个阳性克隆,经斑点杂交筛选后,对213个差异克隆进行测序并经BLAST分析,得到144个差异表达基因,与肾癌相关的高表达基因67个,低表达基因77个,其中新EST 14个,未知功能基因21个;对测序基因进行聚类分析发现与细胞生长、黏附、凋亡等肿瘤细胞生物学行为相关.结论 该文库质量可靠,所筛选出的差异基因和新的基因为进一步筛选肾癌特异性相关基因,绘制肾癌差异基因表达谱,最终阐明肾癌发生、发展、转移机制提供了实验材料和研究靶点.     

人小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达基因的克隆研究

目的 构建小细胞肺癌多药耐药细胞(H446/CDDP)差异表达消减cDNA文库.方法 ①以H446/CDDPcDNA为实验方(Tester),小细胞肺癌细胞H446 cDNA为对照方(Driver),应用抑制消减杂交(SSH)技术结合T/A克隆技术构建小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达消减cDNA文库.②通过斑点杂交筛选、测序及同源性分析获取H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段.结果 成功构建了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP差异表达消减cDNA文库,获得21个H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段,经测序及同源性分析表明它们分别代表6个已知基因(同源性为96%～100%).结论 SSH技术是筛选新的功能基因的有效方法;获取的6个差异表达基因可能参与了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP的耐药形成,进一步的功能研究有利于了解它们在小细胞肺癌多药耐药机制中所发挥的作用.     

Suppression subtractive hybridization for identifying differentially expressed genes in renal cell carcinoma

Objective To construct a renal cell carcinoma (RCC) cDNA subtractive library using suppres sion subtractive hybridization.Methods Polyadenylated RNA ［Poly (A)(+) RNA］ was isolated from tissues of RCC and norm al kidney, and single- strand cDNAs and double-strand cDNAs were synthesized in turn. RCC cDNAs were divided into two groups and ligated to the specific adaptors l and 2, and then h ybridized with normal kidney cDNA twice with two rounds of suppression PCR. Sec ond round PCR products were cloned to T/A plasmid vectors to set up the subtract ive library. One hundred clones were randomly picked to perform enzyme digest a nalysis, and some underwent sequence analysis and Northern blot to identify RCC specifically expressed genes. SMART RACE procedure was operated to clone full l ength novel RCC specifically expressed genes.Results A human RCC subtractive library with high subtractive efficiency was successfull y set up. The amplified library contains 350 positive clones. Random analysis of 100 clones with enzyme restriction showed that 85 plasmids in the clones cont ained 50-400 bp inserts. Sequence analysis was performed for 10 clones. All t he 10 sequences were unknown before and derived from 6 unique, novel genes among which the cDNA insert RCC18 had five copies. Northern blot analysis showed tha t RCC18 cDNA was highly expressed in RCC, but no signal could be detected in nor mal kidney. Using SMART RACE technique, we obtained the full length of the nove l gene RCC18.Conclusions The constructed cDNA subtractive library of human RCC is a highly efficient one and lays a solid foundation for large scale screening and cloning new and speci fic oncogenes or tumor suppressor genes of RCC. The novel specifically expresse d genes provided an important clue for studying the mechanisms of occurrence and development of RCC.     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

应用抑制性消减杂交技术分析涎腺腺样囊性癌转移相关基因

目的：克隆涎腺腺样囊性癌转移相关的基因。方法：应用mRNA抑制性消减杂交技术，研究涎腺腺样囊性癌高、低转移细胞系基因表达上的差异。结果：以高转移细胞ACC-M为测试子，低转移细胞ACC-2为驱赶子，获得高表达的基因序列有7个，均为已知序列同源基因。其中XAGE-1b基因为肿瘤睾丸抗原家族中的一个重要基因。结论：与ACC-2相比ACC-M中部分基因的高表达与涎腺腺样囊性癌高转移特性的获得有关，此结果为进一步探索腺样囊性癌肿瘤转移分子机理以及肿瘤转移控制和基因治疗提供了重要的依据。     

人膀胱癌异质性表型相关基因的筛选与鉴定

目的 筛选和鉴定膀胱肿瘤异质性生物学表型相关的基因。方法 以已建立的两株同一来源、不同生物学表型的膀胱移行细胞癌细胞系为材料,采用抑制性削减杂交技术筛选差异表达的基因片段,构建cDNA文库;挑取克隆进行筛选,获得差异表达片段,测序并与Genbank比对,Northernblotting验证差异片段在两株细胞系的不同表达。结果 建立了两个消减文库,分别含有168和206个白色克隆,白色克隆含有约200～700bp的插入片段,对这些克隆进行筛选,获得35个差异表达基因片段,其中15个对应于细胞骨架蛋白、细胞代谢酶基因等已知基因,另外19个为未知功能基因,1个为新EST片段,注册Genbank（注册号为DR008207）。结论 抑制性消减杂交技术是筛选、克隆差异表达基因的有效手段;keratin7、Vimentin等细胞骨架蛋白的不同表达,与细胞形态的表型差异有关;DDH等代谢基因的不同。与细胞的药物敏感性差异相关;筛选到的新基因片段为进一步克隆其全长、研究基因功能提供了实验基础。     

Screening and analysis of differentially expressed genes of dermal papillae cells with aggregative behavior

Objective: To screen and clone differentially expressed genes of dermal papillae cells (DPC) with aggregative behavior, and to explore the molecular mechanism of their aggregation. Methods: Total RNAs were extracted from DPC with and without aggregative behavior and double strand cDNAs were synthesized by using SMART cDNA synthesis, respectively.The cDNA fragments of differentially expressed genes in DPCs with aggregative behavior were isolated by suppression subtractive hybridization. Positive clones were screened by PCR method and verified by cDNA dot blot, Northern blot and then analyzed through homologous retrieving. Results: A subtractive cDNA library of DPC with aggregative behavior has been successfully constructed. The result of screening and cloniog of the library showed that, DPC with aggregative behavior could expresse genes related to homologous aggregation, proliferation and cycle control, including known genes (capping protein,paladin, vascular endothelial growth factor), hematopoietic stem/progenitor cells (HSPC) related clone ( HSPC011 and HSPC016) and a new gene. Conclusion: The construction of subtracted library of DPC lays solid foundation for screening and cloning new and specific genes related to aggregative behavior of DPC. Several genes might be cooperatively involved in the homologous aggregation, proliferation and cycle control of DPC.Among these genes, capping protein and palladin might be closely related to the aggregative behavior of dermal papilla cells, and VEGF and HSPC related clone would be responsible for the status of higher proliferation of dermal papilla cells.     

应用抑制消减杂交技术克隆人大肠癌转移相关新基因

目的 克隆新的大肠癌转移相关基因,为进一步阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 利用抑制消减杂交技术,以1对来自同一亲本、转移能力不同的大肠癌细胞株SW620和SW480为研究对象,构建2种大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的cDNA消减文库。随机挑取文库克隆进行差异筛选,对所得的差异片段进行测序和同源性分析,利用Northern Blot对新基因的表达情况进行验证。结果 两种消减文库分别含有235和232个白色克隆,90%以上的白色克隆含有插入片段。随机挑取约200个阳性克隆进行差异筛选。共获得29个差异片段。测序及同源分析发现15个为未知基因,GenBank登陆号为CD485499-CD485513。其中与5号染色体序列同源的基因有6个。结论 抑制消减杂交技术是筛选、克隆大肠癌转移相关新基因的有效手段;5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点;筛选到的新基因片段为进一步克隆其全长、研究基因功能提供了实验基础。     

抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白相互作用蛋白编码基因C1的反式调节基因

目的：筛选、克隆与乙型肝炎病毒（HBV）核心抗原（HBcAg）相互作用的蛋白基因C1的反式激活基因,探索该基因可能的生物学功能．方法：以分子生物学技术构建C1真核表达载体pcDNA3．1（-）-C1,以表达质粒pcDNA3．1（-）-C1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3．1（-）转染的HepG2细胞为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应（PCR）,将产物与pGEM—Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选阳性克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析．结果：成功构建人类新基因C1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库．文库扩增后挑选40个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到200～1000bp插入片段,随机挑选含有插入片段的30个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列,结果共获得18种编码基因．结论：筛选到的cDNA全长序列,包括一些与细胞周期及代谢、肿瘤发生发展及肝脂肪变及肝纤维化发生发展密切相关的蛋白编码基因,推测了C1在体内可能存在的调控机制的线索．     

应用抑制性消减杂交筛选失血性休克所致大鼠心肌差异表达基因

目的：失血性休克可导致大鼠心肌的缺血,缺氧,进而对心肌细胞造成严重损伤,本实验将利用抑制性消减杂交技术（Suppression subtractive hybridization SSH)研究失血性休克大鼠心肌的差异表达基因,以期通过基因线索寻找其损伤机制,方法：建立失血性休克大鼠模型,选其心肌,提取总RNA,构建cDNA文库,应用抑制性消减杂交技术筛选其差异表达基因,通过反向Northern杂交验证差异表达基因阳性克隆,并进行测序分析,登陆Genbank寻找同源性基因。结果：获得42个阳性结果,25个为高表达基因,17个为低表达基因,其中发现5个新的cDNA片段,结论：SSH技术是一种高效的筛选差异基因的方法,本实验发现失血性休克可导致大鼠45S rDNA基因转录起始区域,鼠半胱氨酸富含蛋白61及鼠血清诱导激酶等基因的差异表达,今后的工作中我们将进一步研究它们与失血性休克所致损伤的关系。     

8种不同转移潜能人癌细胞系中nm23基因的表达

目的:探讨肿瘤转移抑制基因nm23在人前列腺癌细胞、肺癌细胞和人黑色素瘤细胞系中的转移抑制作用.方法:应用Northern blot杂交法检测8种不同转移潜能人癌细胞中(PC3,PC3M,PAa,PG,WM35,WM1341b,WM983a和WM451) nm23基因的表达.结果:nm23 mRNA在8种不同转移潜能的人癌细胞中都有表达,且nm23表达水平也未见差异.结论:nm23基因可能与这些细胞系(前列腺癌细胞、肺癌细胞及黑色素瘤) 的转移抑制无关.     

应用抑制消减杂交（SSH）克隆肺腺癌多药耐药细胞特异表达基因

目的 克隆和筛选肺腺癌多药耐药细胞特异性表达基因。方法 将肺腺癌多药耐药细胞（SPC-A-1/CDDP）作为实验组。肺腺癌细胞（SPC-A-1）作为对照组,应用抑制消减杂交技术,构建实验组特异表达cDNA消减文件;用斑点杂交初步筛选cDNA消减文库后,将获得的阳性克隆进行测序序和同源性分析（Genebank）。结果 建立了一个肺腺癌多药耐药细胞（SPC-A-1/CDPP）特异表达cDNA消减文库,斑点杂交初步筛选显示23个克隆中有SPC-A-1/CDPP特异表达cDNA片断,测序和同源性分析表明2个cDNA片断为新序列,其余cDNA片断与已知基因有96%～100%的同源性。结论 2个新的cDNA序列可能为未知肺腺癌多药耐药相关基因序列;抑制消减杂交是克隆特异表达基因的有效方法。     

食管癌相关基因片段的筛选与鉴定

目的 :从已构建的中国人食管癌特异的消减cDNA文库中 ,初步筛选与鉴定食管癌相关基因片段。方法 :随机挑选 48个片段作反Northern印迹杂交分析 ,将杂交信号有差别的 15个片段送测序公司进行测序 ,用Gen BankBlast程序检索 ,以同源性很小的cDNA片段作为新基因的候选基因 ,观察其在食管癌组织和正常食管粘膜组织中的表达情况。结果 :所获得的 7个序列中 :3y5 9与已知基因同源性很小 ,且 3y5 9在 30例食管癌及其配对正常食管粘膜组织中 ,19例 (6 3.3 % )表达有差别 ,11例 (36 .7% )表达无差别 (P <0 .0 5 )。 3y88与已知基因geminin基因部分同源。另外 5个片段 3y2 0 ,3y14,3y90 ,3y91和 3y92分别与核糖体蛋白RpL7a,TLH2 9蛋白驱动子 ,Hsp70 /Hsp90 organizingprotein ,Keratin6 (KRT6C)和内膜蛋白等已知基因序列高度同源。结论 :3y5 9可能是与食管癌的发生、发展有关的新的候选基因。首次发现 ,geminin基因 ,核糖体蛋白RpL7a,TLH2 9蛋白驱动子 ,Hsp70 /Hsp90 organizingpro tein ,Keratin6 (KRT6C) ,内膜蛋白等已知基因可能与食管癌的发生发展有关     

人毛乳头细胞凝集性生长差异表达基因cDNA文库的构建

目的 构建毛乳头细胞凝集性生长状态下差异表达基因的消减cDNA文库。方法 分别提取凝集性生长和非凝集性生长状态下毛乳头细胞中的总RNA，应用SMART cDNA合成技术和抑制性消减杂交技术分离毛乳头细胞凝集性生长状态下差异表达基因的cDNA片段并建立消减cDNA文库；利用PCR对随机挑选的100个白色菌落进行插入片段的验证，对其中证实有插入片段的30个克隆进行cDNA斑点杂交验证。结果 所构建的消减cDNA文库扩增后得到320个阳性克隆，随机挑选的100个阳性克隆中95％的均有长度在100—600bp的插入片段，cDNA斑点杂交验证显示27个(90．0％)克隆为阳性。结论 结合SMART cDNA合成技术，应用抑制性消减杂交成功地构建了毛乳头细胞凝集性生长差异表达基因消减cDNA文库，为进一步筛选和克隆毛乳头细胞凝集性生长相关基因奠定了基础。     

正加速度重复暴露大鼠脑差异表达基因的筛选

目的 筛选大鼠经正加速度(Gosiliveacceleration, Gz)重复暴露后脑的差异表达基因,探讨 Gz重复暴露致脑损伤的分子机制。方法 应用抑制性消减杂交技术,构建高消减效率的 Gz重复暴露大鼠脑cDNA消减文库;用差异筛选技术筛选阳性克隆;用序列分析确定阳性克隆的性质;用RT—PCR证实阳性克隆的可靠性。结果 从消减库中获得70个阳性克隆;经差异筛选后,选取其中10个阳性克隆,序列分析表明,7个克隆与已知基因高度同源,3个为新的候选基因。RT—PCR证实了差异表达基因在 Gz重复暴露大鼠脑中高表达。结论 用抑制性消减杂交技术筛选发现的3个新的cDNA可能在 Gz脑损伤的病理过程中起重要作用。     

Preliminary observation of genes specifically expressed in brain tissues during stroke-like episodes in rats

Apoplexyisacomplexdisordercausedbyacom-binationofgeneticandenvironmentalfactors,whichleadstoneurondeath,lossofmotor,sensoryand/orsomeotherfunctions,withahighestmortality.Clini-calandepidemiologicalstudieshaveprovidedstrongevidencefortherelationshipbetweenhypertensionandstroke.Hypertensionisgenerallyacceptedasadiseaseresultingfrommultiplefactorswithcomplexinteractions[1].Weestablishedaratmodelofstroke,andthegenesspecificallyexpressedinbraintissuesofratsoftheapoplexygroupandthecontrolwerestud-ie…     

白血病原代骨髓基质细胞诱导Jurkat细胞基因差异表达研究

目的研究白血病骨髓基质细胞(bone marrow stromal cells,BMSCs)诱导Jurkat细胞相关基因表达的变化.方法采用Percoll体外分离正常人、初治急性白血病患者BMSCs;采用抑制性消减杂交技术建立白血病BMSCs诱导Jur-kat细胞差异表达基因的cDNA文库;并对差异表达的基因进行初步鉴定与分析.结果成功地建立了白血病BMSCs诱导的Jurkat细胞上调和下调差异表达基因的cDNA文库;初步筛选克隆到30个上调差异表达基因和22个下调差异表达基因cDNA片段;这些基因功能主要与细胞周期调控、细胞凋亡、细胞能量代谢有关.结论白血病BMSCs能诱导Jurkat细胞基因发生差异表达.     

休止期毛乳头细胞差异表达基因的分析

目的筛选休止期毛乳头细胞差异表达基因,探讨脱发机制.方法从同一斑秃患者头皮获得脱发区和非脱发区毛乳头,应用SMART cDNA和抑制性消减杂交建立消减文库,对部分克隆进行杂交筛选、测序及同源性检索分析.结果成功构建了休止期(斑秃脱发区)毛乳头cDNA消减文库,代表毛乳头在休止期表达上调的基因,测序发现1条与甲状腺相关的自身抗原基因,还发现脱发区毛乳头差异表达与抑制性信号转导途径有关的基因.这些基因多是首次发现在毛囊中有表达.结论斑秃毛乳头可能由于表达自身抗原基因而导致针对其的自身免疫反应的启动,后者通过多种信号转导途径影响毛乳头的生长和功能发挥.