1例基因芯片筛选青少年特发性脊柱侧凸骨髓间充质干细胞成脂分化相关差异表达基因

[目的]应用基因芯片技术筛选青少年特发性脊柱侧凸(AIS)骨髓间充质干细胞(hBMSCs)成脂分化相关的差异表达基因.[方法]收集AIS及同性别年龄正常对照骨髓标本,密度梯度离心法分离MSCs并培养传代,取第3代MSCs进行成脂诱导2周后,提取各标本的总RNA,反转录成cDNA,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针与人类全基因组表达谱基因芯片杂交,扫描芯片荧光信号图像后用基因图像分析软件进行数字化处理和分析.[结果]筛选出显著表达差异基因1 380条,其中表达上调基因874条,表达下调基因506条.[结论]AIS来源MSCs成脂分化相关差异表达的1 380条基因可能参与了AIS的发生和发展.     

胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用

目的探讨胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的构建,初步验证其在检测胰腺癌基因表达谱方面的应用。方法有目的地筛选胰腺癌相关基因,采用合成后点样的方法,制成寡核苷酸基因芯片。TRIzol法抽提组织总RNA,在cDNA第一链合成过程中,通过反转录酶将CyDye标记核苷酸直接掺入到eDNA中制备荧光探针,其中用Cy3-dCTP标记胰腺癌组织,cy5-dCTP标记正常胰腺组织。将荧光标记探针与芯片杂交16—18h。用Agilent扫描仪进行扫描,Imagene3．0软件进行图像分析,计算两种荧光Cy3与cy5信号强度的比值。挑选差异基因CDC25B和TUSC3进行荧光定量PCR（Sybrgreen方法）验证,PCR产物的定量方法采用比较Ct法。结果芯片杂交扫描图像信号清晰,具有较低的整体背景和较高的信噪比,各阳性质控点信号均匀一致,阴性质控点和空白点信号低。与正常组织相比,胰腺癌组织中差异表达基因24条,占全部基因的25．5％,其中上调基因17条（18．1％）,下调基因7条（7．4％）。荧光定量PCR验证,CDC25B和TUSC3基因在胰腺癌中的表达趋势与芯片实验的结果一致。结论本研究制备的胰腺癌相关基因芯片可同时、并行检测多种胰腺癌相关基因的表达改变,具有一定的特异性和敏感性。胰腺癌组织与正常胰腺组织相比,基因表达谱具有明显差异。     

基因芯片在筛选胆管癌相关基因差异性表达的应用研究

目的　应用cDNA芯片技术进行肝外胆管癌相关基因表达谱差异分析 ,筛选胆管癌相关基因。方法　按一步法分别抽提 6例胆管癌和正常人胆管黏膜总RNA、纯化 ,逆转录合成掺入荧光分子的cDNA链探针 ,与 10 68条人PCR微矩阵芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析比较二种组织基因表达谱差异。结果　胆管癌与正常胆管黏膜的基因表达谱分析 ,发现有 194条基因表达差异 ,6组标本 47条与肿瘤相关的基因一致向上或向下表达 ,2 3条表达上调 ,2 4条表达下调。结论　基因芯片能快速筛选胆管癌相关基因 ,分析这些差异表达的基因能够阐明胆管癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系 ,并识别肿瘤的标记物。     

应用高密度寡核苷酸(Oligo)基因芯片筛选胶质瘤相关基因

目的应用高密度寡核苷酸（Oligo）基因芯片技术筛选胶质瘤相关基因。方法抽提5例胶质瘤和10例正常脑组织的总RNA并逆转录为cDNA，其中Cy5、Cy3的dNTP分别掺人胶质瘤和正常脑组织的cDNA，混合后杂交含22000个人类基因人类高密度Oligo基因芯片，经过洗片和扫描，获得荧光信号图像并用计算机分析，随机抽取3种差异表达基因用PCR验证它们胶质瘤和正常脑组织中的差异表达。结果从22000条基因中筛选出差异表达基因242条，其中123条表达上调，119条表达下调，包括细胞周期蛋白、细胞凋亡、细胞骨架和运动蛋白等相关基因。结论基因芯片技术的胶质瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胶质瘤相关基因，并高效对基因功能进行研究，有助于认识肿瘤发病机制。     

应用基因表达谱芯片研究人腹主动脉瘤细胞周期和细胞凋亡相关基因

目的：筛选腹主动脉瘤发生过程中与正常组织差异表达的细胞周期和细胞凋亡相关基因并作初步功能分析。方法：应用Trizol一步法抽提2块腹主动脉瘤壁及2块正常主动脉组织总RNA后,Oligotex mRNA Spin-Column操作法分离纯化组织mRNA;经逆转录合成荧光分子（Cy3/Cy5）标记cDNA探针,与微矩阵排列的含有4096种cDNA基因的表达谱芯片杂交,利用GenePix Pro3.0软件分析动脉瘤与正常组织中差异表达的基因,对所获得的基因进行分子生物信息学分析。结果：腹主动脉瘤与正常组织间差异表达的细胞周期和细胞凋亡基因有18条,占芯片基因总数的0．44％。其中与细胞周期相关的基因11条,与细胞凋亡相关的基因7条。在动脉瘤组织中表达上调的基因9条,平均Ratio值为3．860,表达下调的9条,平均Ratio值为0．294。生物信息学分析显示,该18条差异表达细胞周期和细胞凋亡基因与腹主动脉瘤中平滑肌细胞的生长和凋亡有关。结论：腹主动脉瘤的发生、发展过程中存在多基因表达调控的改变,细胞周期和细胞凋亡基因与腹主动脉瘤中平滑肌细胞等的生长和凋亡有相关性,对于该相关基因群的进一步研究有助于阐释腹主动脉瘤的发病机制。     

用基因芯片研究同一血管瘤增生和消退期差异表达基因

目的 利用基因表达谱芯片技术寻找血管瘤增生期到消退期之间差异表达的基因，初步探索血管瘤增生与自然消退的分子机制。方法 将4096条cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片；将同一血管瘤患儿的增生期和消退期瘤体组织的mRNA逆转录为cDNA、分别标记Cy3和Cy5两种荧光，制备成cDNA探针，与表达谱芯片杂交，通过计算机扫描、数据处理筛选出差异表达的基因。结果 差异表达的基因有194条，其中115基因条上调，79条下调：①增生期一些细胞因子和生长因子高表达；②消退期细胞凋亡因子表达增加；③血管形成和原癌基因参与血管瘤的增生；④线粒体激活的细胞凋亡通路和Writ／β-catenin通路可能与血管瘤的发生和发展有关。结论 血管瘤的发生可能是细胞增殖和凋亡比例失调所致。     

人类乳腺癌基因表达分析

目的研究乳腺癌发生和发展相关基因群的表达及其初步功能。方法用4096种人类基因多聚酶链反应(PcR)产物制成BioDoor4096型表达谱芯片，分离纯化正常乳腺组织和乳腺癌组织mRNA，制备表达谱探针，用ScanArray3000荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像，利用计算机分析正常乳腺组织和乳腺癌组织之间差异表达的基因。结果在4096种基因中，正常乳腺组织和乳腺癌组织之间差异表达的基因有619条(15．11％)。生物信息学分析显示，这些差异表达的基因可能与乳腺癌的发生和发展密切相关。结论乳腺癌的发生、发展中存在多基因表达调控的改变，对于相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制，并为乳腺癌个体化治疗提供依据。     

大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响

目的：研究大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响及分析大黄对糖尿病肾病在基因水平上的作用机制。方法：20只雄性SD大鼠随机分为4组：正常对照组、用STZ诱导的糖尿病肾病组、糖尿病肾病大鼠给予大黄提取物治疗的大黄治疗组和糖尿病肾病大鼠给予安慰剂的阴性对照组。从4组SD大鼠的肾皮质中抽提mRNA,分别用Cy3、Cy5荧光标记，经反转录分别合成正常对照组与糖尿病组、大黄治疗组和对照组动物来源的cDNA探针；同时将Cy2,Cy5荧光标记的cDNA探针等量地与BioDoor基因表达谱芯片杂交，结果与扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果：正常对照组与糖尿病肾病组之间差异表达的基因有335条，占芯片基因总数的8．4％，其中12条基因在糖尿病肾病时表达量明显下降，而323条基因在糖尿病肾病时表达量明显上升。大黄治疗组和阴性对照组之间差异表达的基因有128条，占芯片基因总数的3．3％，其中有8条基因在大黄治疗以后明显上升，而120条基因在大黄治疗以后明显下降。并且，在糖尿病肾病中部分基因的表达变化在大黄治疗后可被逆转。结论：大黄能上调或下调部分差异表达的基因，并在一定程度上能逆转STZ诱导的基因表达谱。     

特发性高草酸尿症大鼠肝脏差异表达基因的筛选研究

目的 从基因水平探索特发性高草酸尿症(IH)的发病机制,筛选可能导致其发病的相关基因.方法应用含有26 962条大鼠全基因组寡核苷酸芯片,研究3只IH模型大鼠和3只正常大鼠肝脏组织基因表达谱的差异性,同时进行生物信息学分析.结果 在IH模型大鼠与正常大鼠肝脏组织之间存在差异表达基因147条,其中上调基因123条,下调基因24条,包括细胞受体、免疫相关、细胞信号和传递蛋白、代谢蛋白、发育相关等多种基因.结论 基因芯片能有效筛选出IH模型大鼠肝脏中的差异基因,显著的基因差异表达与其发病机制可能存在相关性.     

特发性高草酸尿症大鼠肝脏差异表达基因的筛选研究

目的 从基因水平探索特发性高草酸尿症(IH)的发病机制,筛选可能导致其发病的相关基因.方法应用含有26 962条大鼠全基因组寡核苷酸芯片,研究3只IH模型大鼠和3只正常大鼠肝脏组织基因表达谱的差异性,同时进行生物信息学分析.结果 在IH模型大鼠与正常大鼠肝脏组织之间存在差异表达基因147条,其中上调基因123条,下调基因24条,包括细胞受体、免疫相关、细胞信号和传递蛋白、代谢蛋白、发育相关等多种基因.结论 基因芯片能有效筛选出IH模型大鼠肝脏中的差异基因,显著的基因差异表达与其发病机制可能存在相关性.