杭州市2020—2022年新报告HIV/AIDS人群病毒基因亚型及治疗前耐药分析

目的了解杭州市新报告HIV感染者/艾滋病患者(HIV/AIDS)抗逆转录病毒治疗(ART)前HIV-1亚型流行特征及耐药情况。方法收集杭州市2020—2022年新确证且未经抗病毒治疗的HIV/AIDS病例血样, 扩增HIV-1pol区基因并测序。使用MEGA7.0软件构建系统进化树判断亚型, 提交序列至斯坦福大学耐药数据库, 确定耐药突变位点及毒株对药物的敏感性。结果获得2 700条pol基因序列, 发现12种HIV-1亚型, 以CRF07_BC (46.8%, 1 263/2 700)和CRF01_AE (34.6%, 933/2 700)为主。ART前HIV-1耐药率8.1%(220/2 700), 其中, 蛋白酶抑制剂(PIs)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药率分别为2.8%(75/2 700)、1.3%(36/2 700)和4.4%(119/2 700)。220例耐药病例中, PIs耐药突变位点为Q58E(21.4%, 47/220), NRTIs耐药突变位点为M184V/I(5.9%, 1...     

嘉兴市男男同性传播HIV-1感染人群分子流行特征分析

目的了解嘉兴市男男同性传播人群(men who have sex with men, MSM)HIV-1型感染的分子流行特征, 为防控提供方法和思路。方法回顾分析2020—2022年所有新报告MSM人群未经抗病毒治疗的病例血样, 扩增HIV-1pol基因, 测序后使用MEGA v6.0软件分析核酸序列, 构建系统进化树判断亚型, 使用校正群体耐药分析程序(CPR)分析耐药突变, 计算基因序列间遗传距离, 使用Cytoscape v3.6.0软件绘制分子传播网络。结果共发现9种基因亚型, 以CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.9%)为主, 未与参考亚型聚类的重组型病例占比5.0%。共检出耐药突变病例21例(7.0%), CRF07_BC和CRF01_AE亚型的耐药突变比率分别为8.2%和7.8%。蛋白酶抑制剂、核苷类逆转录酶抑制剂和非核苷类逆转录酶抑制剂的耐药突变检出率分别为1.7%、0.7%和4.7%。最适分子网络的基因距离为0.018, 入网率43.3%, 共形成38个分子簇(簇内2～...     

我国HIV-1 CRF55_01B感染者抗病毒治疗前耐药分析

目的:了解我国HIV-1 CRF55_01B感染者抗病毒治疗前对蛋白酶类抑制剂(PI)、核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、整合酶抑制剂(INSTIs)的耐药程度以及耐药株的传播关系。方法:对2018年全国抗病毒治疗前HIV耐药监测中CRF55_01B重组亚型感染者的血浆样本提取...     

山西省太原市MSM人群HIV-1毒株传播与耐药特征研究

目的了解山西省太原市男男同性性行为(man who sex with man, MSM)人群新报告I型艾滋病病毒(human immunodeficiency virus-1, HIV-1)感染者毒株传播与耐药特征。方法对山西省太原市2016—2021年MSM人群中部分新报告HIV-1感染者进行调查和采样, 提取病毒RNA并扩增获得pol区序列, 对序列进行亚型判定、耐药位点和分子网络分析, 通过SAS 9.4对数据进行分析。结果共获得505条序列, 发现流行的主要亚型为CRF01_AE(44.0%, 222/505)和CRF07_BC(37.6%, 190/505);2019—2021年较2016—2017年CRF01_AE亚型占比下降13.9%(P=0.007)。该人群的治疗前耐药率为4.6%(23/505), 针对非核苷类反转录酶抑制剂和核苷类反转录酶抑制剂的耐药位点, 2019—2021年种类有所增加。在1.5%基因距离下构建分子网络, 入网率为45.9%(232/505), 发现一个含耐药位点G190A的传播簇。lo...     

合肥市新报告HIV-1感染者传播性耐药特征及分子传播网络研究

目的研究安徽省合肥市2020年新报告HIV-1感染者的传播性耐药(transmitted drug resistance, TDR)及分子传播网络情况。方法收集合肥市2020年1—12月新报告HIV-1感染者, 扩增pol基因区(2 253～3 314 nt), 判定基因型耐药情况, 构建分子传播网络并分析进入网络病例的相关特征。结果成功扩增pol基因区序列376条, 主要的毒株为CRF07_BC(157, 41.8%)和CRF01_AE(136, 36.2%)。新报告感染者TDR为2.7%(10/376), 10例携带监测性耐药突变(surveillance drug resistance mutation, SDRM), 并且毒株CRF55₀1B所占比例较大(4/10)。分别以0.5%作为基因距离阈值构建了分子传播网络, CRF01_AE的大型网络以已婚中年男男性行为者(men who have sex with men, MSM)为主, 而CRF07_BC则以教育水平较高的未婚M...     

我国HIV-1感染者耐药突变的流行性研究

目的 掌握我国大规模用药前耐药突变在我国HIV-1感染者中流行情况的本底资料。方法 在第二次全国HIV流行病调查2002年样本中随机选取20％，对于蛋白酶(PR)基因区全长和逆转录酶(RT)20～230氨基酸位点进行PCR扩增、测序并使用HIVdb-Drug Resistance Algorithm软件进行分析，检测耐药相关突变。结果 分别得到164份PR基因区样本和138份RT基因区样本。PR基因区样本中发现1份(0．61％)样本存在蛋白酶抑制剂(PI)主要相关突变，163份(99．39％)样本存在P1次要耐药相关突变。RT基因区样本中发现8份(5．80％)具有核苷类逆转录酶抑制剂(NRTI)耐药相关突变，2份(1．45％)存在非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTI)耐药相关突变。结论 我国未用药HIV感染者中耐药相关突变尚处于低流行状态，应当在用药过程中定期监控以减少耐药突变的产生与传播。     

北京市2006年新确认HIV-1感染者耐药突变的流行性研究

目的 研究北京市2006年新确认HIV-1感染者毒株的耐药突变本底数据.方法 随机选取北京市2006年新确认HIV-1感染者抗凝全血标本50份,提取血浆病毒RNA,用逆转录聚合酶链反应扩增HIV-1 pol区基因片段,并进行序列测定及耐药基因型分析.结果 成功扩增出34份标本的pol区基因;在1例样本的蛋白酶编码区检测出1个主要耐药突变,7例样本检测出7个次要耐药突变,主要耐药突变为M46L,毒株是CRF01_AE亚型,次要耐药突变有4种,出现的频率分别为A71T(2个)、A71V(3个)、Q58E(1个)、V11IV(1个).在14例样本逆转录酶编码区检测出一种或多种核苷类和(或)非核苷类逆转录酶抑制剂耐药突变,9例标本检出核苷类逆转录酶抑制剂耐药突变,出现频率分别为:V118I(42.9%)、M184V(7.1%)、A62V(7.1%)、K70T(7.1%)、K65R(7.1%)、K219N(7.1%)、T69d(7.1%)、V75LV(7.1%)、K219R(7.1%);10例标本检出核苷类逆转录酶抑制剂耐药突变,出现的频率分别为V1061(35.5%)、Y181C(15.4%)、K103KR(7.7%)、K103R(7.7%)、L100LV(7.7%)、V1081(7.7%)、V179D(7.7%)、V179DV(7.7%).结论 北京市2006年新确认HIV-1感染者毒株中已经存在一定比例耐药突变,有必要定期进行耐药性监测研究.     

重庆市渝北区新报告HIV-1基因型及分子传播网络特征分析

目的分析重庆市渝北区新报告病例的Ⅰ型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)基因型及分子传播网络特征, 为该地区有效干预HIV传播提供科学参考依据。方法采用横断面调查的方法, 选取2020—2021年新报告的HIV/AIDS作为研究对象, 收集流行病学信息, 并采集血液样本用于基因分析, 通过计算pol区基因距离构建分子网络。使用χ2检验比较计数资料的组间差异。结果获得370条pol区基因序列, 共检测出8种HIV-1基因型, CRF07_BC是最主要的传播亚型, 占61.6%(228/370), 其次为CRF08_BC和CRF01_AE, 各占14.1%(52/370), 其他基因型包括CRF85_BC、CRF55₀1B、C亚型、B亚型和独特重组型。共有183条序列进入网络, 入网率为49.5%, 形成42个簇, 簇内的节点数介于2～19个之间。入网者中首次CD4+ T淋巴细胞计数<200个/μL和基因型为CRF0...     

一例未经抗病毒治疗的HIV-1 CRF07BC患者中和敏感性时序进化特征

本研究追踪了一例长期不进展的HIV-1 CRF07_BC感染者体内病毒进化的特征, 并分析了该病毒中和敏感性的变化。在2016年至2020年间采集患者四个时点的血浆, 所有血浆样本对Global panel假病毒的中和宽度均为100%。基于四个时点血浆, 扩增了59个全长env基因片段, 并成功构建了24株功能性假病毒。患者的env基因序列显示, V1和V5中潜在的N-连锁糖基化位点(PNGS)随着时间的推移显著增加。所有24株假病毒对同期和后期的自体血浆以及bNAbs(包括10E8、VRC01和12A21)敏感, 但自体血浆和bNAbs对后期采样时点构建的假病毒的中和敏感性下降。本研究发现Env的V5区S465T突变与VRC01中和敏感性下降相关。     

2015—2019年南京市HIV-1 CRF07BC毒株流行特征及分子进化分析

目的了解2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC的流行史、进化模式和传播特征, 为精准防控该毒株的传播提供科学依据。方法对南京市319例HIV-1 CRF07_BC患者的pol区基因序列扩增测序并构建最大似然树。使用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)算法生成MCC树(Maximum Clade Credibility tree), 使用BSP(Bayesian Skyline Plot)法重塑有效人口规模数变化趋势。采用成对基因距离法构建分子网络探究其传播特征。结果 319名HIV-1 CRF07_BC感染者中, 95.0%为男性, 多性伴(2个及以上)比例达82.8%, 仅4.4%病例自报一直使用安全套, 男男同性性行为(MSM)为最主要的感染途径(77.4%)。进化树结果显示, HIV-1 CRF07_BC呈现两大流行簇:Cluster1和Cluster2, Cluster1以MSM感染病例为主, Cluster2以异性性行为感染病例为主。Cluster1和Clu...     

中国东北地区未经抗病毒治疗的HIV/AIDS患者HIV毒株的耐药基因变异研究

目的　研究我国东北地区未接受抗逆转录病毒治疗的HIV AIDS患者HIV毒株的逆转录酶和蛋白酶耐药变异情况 ,为开展大规模临床抗病毒药物治疗提供本底数据。方法　RT PCR和套式PCR扩增HIVpol区基因 ,双脱氧法测定逆转录酶和蛋白酶基因序列 ,与国际耐药数据库比对辨别耐药变异。结果　 (1) 5 3例患者毒株亚型分析结果 :B′亚型 4 7例 ,B′ C亚型 4例 ,A、B亚型各 1例 ;(2 )未发现逆转录酶和蛋白酶原发耐药变异存在 ,但发现存在逆转录酶抑制剂继发变异 :M4 1L(1.9% )、I6 3M (1.9% )、L74I (1.9% )、S6 8G (1.9% )、V75L (3.8% )、V10 6I (1.9% )、I135L T (5 .7% )、V179D (7.5 % )和V189I (1.9% ) ,无症状感染者RT继发耐药变异出现率为 11.8% ,而艾滋病患者为5 2 .6 % (P <0 .0 1)。存在大量蛋白酶耐药继发变异V77I (88.7% )、L6 3P (86 .8% )、E35D (81% )、A71V(2 4 .5 % )、R4 1K (15 .1% )、L10I (9.4 % )、R5 7K (9.4 % )、D6 0E (9.4 % )、N37D (5 .7% )、G16E (3.8% )、I15V (1.9% )、M36I (1.9% )、K5 5R (1.9% )和L89M (1.9% )。未发现明显的亚型特异性耐药变异。结论　在中国东北地区未接受抗逆转录病毒治疗的HIV AIDS患者中未发现毒株逆转录酶和蛋白酶耐药原发变异 ,但大量继发耐药变异的存在提     

北京市2016年新确证未治疗HIV感染者传播性耐药突变研究

目的 分析北京市2016年新确证HIV感染者HIV病毒pol基因传播性耐药突变特征.方法 利用一步法逆转录PCR和巢式PCR扩增感染者体内HIV病毒的pol基因,并对扩增产物进行测序.对得到的序列信息进行分析,分别获得病毒的亚型分布、耐药突变类型和构成.结果 2016年北京市新确证HIV感染者传播性耐药突变比例为4.2％.712名感染者中,CRF01_AE亚型为主要流行亚型,占49.3％,CRF07_BC亚型占28.8％,B亚型占10.3％.结论 与往年的研究相比,北京市未治疗的HIV感染者耐药率有所下降,总体上属于低水平的HIV耐药流行.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.