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1.
目的研究郑州地区妊娠晚期妇女携带红霉素(ERY)耐药B群链球菌(group BStreptococcus, GBS)的耐药表型、分子分型及耐药基因, 为GBS感染的预防、控制和治疗提供基础数据。方法回顾性收集了河南省妇幼保健院2021—2022年妊娠晚期妇女生殖道分泌物分离获得的86株GBS菌株, 使用纸片扩散法筛选出ERY耐药的GBS菌株, 对其进行10种抗菌药物敏感性试验;全基因组测序确定其分子分型、克隆群分型、耐药基因等分子特征;比较不同克隆群携带耐药基因情况。结果筛选出70株ERY耐药的GBS, 7.14%(5/70)的菌株对大环内酯-林可酰胺-链阳菌素B (macrolide-lincosamide-streptogramin B, MLSB)具有诱导型耐药(inducible MLSB, iMLSB)表型, 84.29%(59/70)的菌株具有结构型耐药(constitutive MLSB, cMLSB)表型, 8.57%(6/70)菌株具有对大环内酯类耐药林可酰胺类敏感(macrolides resistance and lincosamide susceptibilit...  相似文献   

2.
目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在高危孕妇产前诊断中的应用价值。方法选取2018年7月至2019年11月于本院就诊的271例高危孕妇为研究对象。根据无创产前检测(NIPT)的结果, 将271例高危孕妇分为NIPT阳性组(n=83)和其他异常组(高龄、唐筛高风险、NIPT两次检测失败、不良孕产史、超声提示异常、自身表型异常)(n=188), 应用CNV-seq技术对两组孕妇进行羊水细胞DNA的拷贝数变异(CNVs)检测, 同时进行羊水细胞染色体核型分析, 将二者的结果进行比对。结果在271例孕妇中, CNV-seq共检出致病性CNVs 56例(20.66%), 核型分析共发现染色体畸变52例(19.19%), 二者差异有统计学意义(P<0.05)。CNV-seq检测发现两组的CNVs的分型和分布差异具有统计学意义(P<0.05)。与NIPT阳性组相比, 其他异常组的可能致病和意义未明CNVs的占比[2.41%(2/83)vs. 5.32%(10/188)]显著偏高(P<0.05)。结论可将CNV-seq作为高危孕妇的一线产前诊断方法, 并作为羊水细...  相似文献   

3.
目的了解心脏外科术后患者多重耐药菌(multidrug-resistant organism, MDRO)感染的病原学特征以及耐药模式, 指导临床医生合理应用指南推荐的抗菌药物, 提高经验性抗菌治疗的成功率、改善住院患者预后。方法收集2018年1月—2021年10月心脏外科术后409例确诊为医院感染患者的完整病历资料, 根据合格的临床标本阳性培养结果分为多重耐药细菌感染组(MDR=176例)和非多重耐药细菌感染组(non-MDR=233例), 分析MDRO感染的病原学特征以及对临床常用抗菌药物的耐药模式, 同时对不同的外科手术类型和临床感染类型相对应的病原学分布、耐药情况以及临床结局进行统计分析。结果合格的临床标本检出多重耐药细菌306株, 97例(97/176, 55.1%)患者同时存在两种及两种以上多重耐药细菌感染, 主要表现为肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌和(或)铜绿假单胞菌混合感染, 其中包括碳青霉烯类耐药细菌213株(213/306, 69.6%)。无论外科手术类型和临床感染类型如何, 病原学分布均以鲍曼不动杆菌(114/306, 37.3%)最常见, 其次是肺炎克雷伯菌(72/...  相似文献   

4.
目的了解胎儿弯曲菌龟亚种(Campylobacter fetus subsp.testudinum, Cft)的分子流行病学特征。方法对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序, 结合GenBank公布的全球Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建Cft的系统发育树, rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释Cft的耐药及毒力基因;E-test法进行药敏试验, 并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。结果基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析, 共纳入全球41株Cft基因组信息, 其中人类来源24株, 动物来源13株, 未知来源4株。流行病学资料显示, 24株人类来源菌株中, 20株感染对象为黄种人, 1例为白种人(配偶是亚裔), 其余未知, 差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物, 包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示, 中国分离株以ST46为主要序列型, 美国则以S...  相似文献   

5.
目的应用全基因组测序技术对4例肾脏异常胎儿进行遗传学检测, 以寻找其可能的遗传学病因。方法对4例肾脏异常胎儿的孕妇抽取羊水及胎儿父母外周血进行DNA提取, 行全基因组测序检测, 根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)原则对数据进行判定, 拷贝数变异结果与SNP-array结果进行比对, 致病性点变异行Sanger测序验证。结果全基因组测序技术检测2例胎儿为拷贝数变异致病, 分别为染色体17q12缺失1.45 Mb和1q21.1-21.2重复1.85 Mb;2例胎儿为基因变异致病, 分别为PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)复合杂合变异和BBS12: c.1372dup(p.Thr458Asnfs*5)纯合变异。SNP-array和Sanger测序结果与全基因组测序数据一致。根据ACMG遗传变异分类标准与指南, PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.448...  相似文献   

6.
目的对临床痰液和中段尿标本分离的SQ219和SQ220进行生物学特性、系统进化和临床意义分析。方法观察菌株的培养特性及生理生化特征;用VITEK2全自动微生物鉴定和药敏分析仪及MALDI-TOF质谱仪鉴定细菌;利用相关软件对细菌16S rRNA和核心基因组作系统发育分析及基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析。结果 SQ219和SQ220为革兰阴性杆菌, 专性需氧, 触酶和氧化酶阳性, 无动力;在30℃、pH7和不含NaCl的培养基中生长最佳;SQ220可在血平板上产生黄色素但SQ219不产生;SQ219和SQ220对氨曲南、阿米卡星、妥布霉素、黏菌素耐药, 与金黄杆菌属药敏表型一致。SQ219和SQ220总长分别为5.08 Mb和4.80 Mb, G+C含量分别为36.72%和36.36%, 均预测到β-内酰胺类耐药基因(blaCGA)。16S rRNA系统发育分析表明SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T相似性最高, 分别为98.93%和98.36%;核心基因组进化分析显示SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T的进化关系最近。然而, 两株菌与啤酒神...  相似文献   

7.
目的分析不同年龄段难治性癫痫(RE)患儿的基因变异特征, 为精准诊疗提供一定的数据支撑。方法选取2018年1月1日至2019年11月21日于浙江大学医学院附属金华医院就诊的117例RE患儿为研究对象, 根据发病年龄分为<1岁、1~<3岁、3~<12岁和≥12岁4组。回顾性分析患儿的临床资料、全外显子组测序数据、携带基因变异患儿的父母测序结果等资料。结果本研究纳入RE患者共117例, 其中男性67例, 女性50例。发病年龄范围为4日龄~14岁。117例RE患儿中, 33例携带致病性或可能致病性变异, 检出率为28.21%(33/117)。<1岁组、1~<3岁组和≥3岁组的检出率分别为53.85%(21/39)、12.00%(3/25)和16.98%(9/53), 差异有统计学意义(χ2=19.202, P<0.001)。有、无共患病患儿的检出率分别为33.33%(12/36)和25.93%(21/81), 差异无统计学意义(χ2=0.359, P=0.549)。33例携带基因变异患儿中, 27例为单核苷酸多态性变异(SNV)或插入缺失(InDel)变异...  相似文献   

8.
目的了解我国HIV-1 CRF08BC感染者治疗前耐药情况与基因多态性特征。方法采用横断面调查方法, 收集2018年全国治疗前耐药调查中的HIV感染者血浆样本, 提取RNA, 扩增蛋白酶和逆转录酶(PR/RT)区基因片段并测序, 利用HIVdb软件进行耐药判定, 使用χ2检验分析治疗前耐药与非耐药感染者氨基酸位点突变的差异, 利用CorMut R包分析耐药位点与多态性位点间突变共变异情况, 运用HIV-TRACE软件构建分子传播网络。结果共获得来自25个省市的465个CRF08BC感染者的HIV序列, 总耐药率为17.8%(83/465), 非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)、蛋白酶类抑制剂(PIs)耐药率分别为16.6%(77/465)、1.1%(5/465)、0.9%(4/465), 其中利匹韦林(RPV)的耐药率最高(15.7%, 73/465)。位点E138A耐药突变的频率最高(11.6%, 54/465), 有6个多态性位点(S162C、K102Q、T200A、V179E、I202V、T200...  相似文献   

9.
目的评估8E5细胞和CD19-CAR-Jurkat细胞作为慢病毒载体整合位点检测方法的系统适应性对照品的可行性。方法选择8E5细胞和CD19-CAR-Jurkat细胞, 通过有限稀释法挑选单克隆;建立数字PCR法检测8E5细胞内HIV-1的拷贝数和CD19-CAR-Jurkat细胞内CAR的拷贝数;采用高通量测序技术(全基因组重测序法、改良的基因组测序法和探针杂交捕获法)对8E5细胞和CD19-CAR-Jurkat细胞的整合位点进行检测, 并采用光学基因组图谱技术(optical genome mapping, OGM)对整合位点进行确认。结果经有限稀释法, 挑选出3个8E5细胞克隆和6个CD19-CAR-Jurkat细胞克隆。通过数字PCR及流式细胞术检测基因拷贝数, 确定8E5-D8和CD19-CAR-Jurkat 2-6作为候选细胞, 并扩增冻存。数字PCR检测结果显示, 8E5-D8细胞含有约1拷贝/细胞, CD19-CAR-Jurkat 2-6细胞含有约13拷贝/细胞;高通量测序结果显示, 8E5-D8细胞有1个整合位点, CD19-CAR-Jurkat 2-6细胞有13个整...  相似文献   

10.
目的评估低深度全基因组测序技术(copy number variations sequencing, CNV-seq)在鼻骨发育不良胎儿遗传学病因中的诊断价值。方法选择2017年12月至2020年12月本院发现的217例鼻骨发育不良胎儿为研究对象, 分为孤立型鼻骨发育不良组及合并其他异常组, 进行CNV-Seq检测, 并分析拷贝数变异(copy number variations, CNVs)的情况。结果在217例胎儿中共检出40例异常, 异常率为18.4%, 其中包括31例非整倍体(14.3%, 31/217)和9例CNVs(4.1%, 9/217)。孤立组共检出5例21三体(3.5%, 5/144)和2例临床意义未明CNVs(1.4%, 2/144)。合并组检出26例非整倍体(35.6%, 26/73), 包括19例21三体、6例18三体及1例13三体, 另发现5例致病性CNVs(6.8%, 5/73)以及2例临床意义未明CNVs(2.7%, 2/73)。经卡方检验, 两组差异具有统计学意义(P<0.01)。结论 CNV-Seq技术对于鼻骨发育不良的胎儿的染色体异常具有较高的...  相似文献   

11.
目的研究2018年4月至2019年3月济南市急性呼吸道感染病例中人鼻病毒、呼吸道合胞病毒及人腺病毒的感染情况及流行病学特点, 并对分离出的人腺病毒做全基因组序列分析。方法采集2018年4月至2019年3月济南市第四人民医院、山东大学齐鲁儿童医院、章丘区人民医院的急性呼吸道感染住院病例患者的鼻/咽拭子样本共计1 969份, 采用实时荧光定量PCR的方法检测样本中呼吸道相关病原体, 包括人鼻病毒、呼吸道合胞病毒及人腺病毒的阳性率, 并对分离出的7株腺病毒阳性标本进行测序, 以确定腺病毒型别, 并构建基因进化树进行分析。结果在收集的1 969份标本中, 3种呼吸道病毒阳性病例共计242例, 阳性检测率为12.30 %(242/1969), 鼻病毒阳性率为3.00%(59/1969)、呼吸道合胞病毒阳性率为6.30 %(124/1969)、腺病毒阳性率为3.86%(76/1969)。不同年龄段间鼻病毒检出率差异无统计学意义(Fisher精确检验值8.376, P=0.720), 不同年龄段间呼吸道合胞病毒、腺病毒检出率差异均有统计学意义(χ2=19.28、12.16;P=0.001、0.016...  相似文献   

12.
目的 了解并确定2002-2008年杭州地区伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌优势菌株的分子特征.方法 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点串联重复序列分析(MLVA)或多位点序列分型(MLST)对2002-2008年杭州地区分离的31株伤寒沙门菌、404株甲型副伤寒沙门菌进行分型并分析.结果 404株甲型副伤寒沙门菌可分为6个PFGE型,P1型和P2型属于同一个克隆系,99.0% (400/404)菌株属于该克隆系,其中P1型菌株占该克隆系菌株的93.3% (373/400).31株伤寒沙门菌株存在高度多样性,可分为14个PFGE型、28个MLVA型(分辨率90.3%)、3个MIST型.根据MLVA各型靶位点多态性差异,本地区流行的伤寒沙门菌株与东南亚地区菌株相近,但与欧洲菌株差距较大,呈高度多态性的可变串联重复序列(VNTR)位点TR1、TR2、Sal02可作为本地区伤寒沙门菌株的检测标志.伤寒沙门菌株MLST型别包括了目前国际上发现的所有3个型别,但以ST2型为主(23/31,74.2%).结论 近年杭州地区甲型副伤寒疫情由同一亚系菌株感染所致,但本地区流行的伤寒沙门菌株呈现高度多样性.  相似文献   

13.
目的 分析Turner综合征嵌合体核型患者额外小标记染色体(small supernumerary marker chromosomes,sSMC)的来源与形态。方法 对1例常规G显带分析核型为45,X[26]/46,X,+mar[43]嵌合体的患者进行荧光原位杂交、高通量全基因组测序、SRY基因Sanger测序分析,明确其sSMC片段来源和存在形态。结果 患者G显带核型为45,X[26]/46,X,+mar[43]。荧光原位杂交结果核型为45,X的细胞37个;核型为46,X,+mar的细胞63个。sSMC有两种形态:一种整条染色体两端各可见一个清晰红色信号,提示该sSMC来源于有双着丝粒Y染色体且同源;另一种只见到一个红色信号,提示该sSMC来源于有一个着丝粒Y染色体。C显带显示Y染色体异染色质缺失。Y染色体AZF区微缺失筛查分析SRY存在。SRY基因突变检测未发现异常。高通量测序检测染色体基因组微缺失微重复结果,Y染色体q11.221q12位置存在约42.88 Mb缺失。患者核型最终定为45,X[26]/46,X,del(Y)(q11.22q12)[24]/46,X,pus idi...  相似文献   

14.
目的探讨1例扩张型心肌病(DCM)患儿的临床表型及遗传学特征。方法收集2020年4月28日就诊于郑州儿童医院的1例患儿的临床资料, 并对其进行家系全外显子组测序(trio-WES), 对候选变异进行Sanger测序验证。以FHL2作为关键词, 检索1997年1月1日至2021年10月31日PubMed数据库收录的文献, 同时在ClinVar数据库中检索FHL2变异作为补充支持, 分析基因变异与临床特征的对应关系。结果患儿为女性, 就诊时为5月龄, 临床特征为左心室增大、收缩功能减低。基因测序发现其FHL2基因存在杂合错义变异c.391C>T(p.Arg131Cys), 其父母未携带相同的变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异相关指南, c.391C>T(p.Arg131Cys)被升级为可能致病性变异(PS2+PM2Supporting+PP3+PP5)。通过文献检索, 共发现10例FHL2基因变异的患者, 其中6例表现为DCM, 2例表现为肥厚型心肌病(HCM), 2例表现为不明原因猝死(SUD)。变异位于FHL2蛋白LIM 3结构...  相似文献   

15.
目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径, 证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术, 对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序, 应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点, 利用进化分析软件构建系统发育树, 结合流行病学调查数据, 综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列, 序列长度为29 770~29 839 bp, 基因组平均覆盖度为99.53%;病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株, 但分属3种BA.2亚分支;序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似, 另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7~14个、氨基酸突变位点差异5~7个);进化分析结果表明3例病毒...  相似文献   

16.
目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)脂多糖修饰相关的多黏菌素耐药机制。方法通过接合转移和mcr基因的检测探究是否存在质粒介导的耐药基因;利用实时荧光定量PCR检测多黏菌素耐药相关基因的相对表达量, 并进行全基因组测序分析;采用SDS-PAGE银染试验和MALDI-TOF-MS质谱分析检测脂多糖的改变。结果未扩增出mcr-1~8基因且接合转移试验结果为阴性, 未检测到与耐药性相关的可移动元件。7株多黏菌素耐药CRKP中pmrA、pmrB、pmrC基因的相对表达量均增高, 其中6株phoP/phoQ基因的相对表达量增高;3株crrA/crrB基因的相对表达量降低;4株mgrB基因的相对表达量降低。耐药株发生的错义突变位点主要位于KPHS09430、KPHS35900、KPHS39520、KPHS52420等基因上, 在CRKP-6菌株中检测到ISKpn14插入序列。MALDI-TOF-MS观察到耐药菌株脂多糖中天然脂质A有L-Ara4N修饰。结论染色体介导的双组分调节系统突变引起脂多糖修饰是本研...  相似文献   

17.
目的分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus, WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本, 利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养, Sanger测序获得全基因组, 结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果 WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659), 并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高, VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10-4个氨基酸替换/位点, 种群动态在近十年内趋于平缓。结论本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株, 为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。  相似文献   

18.
目的确定临床分离菌株产气克雷伯菌整合子、质粒介导的喹诺酮耐药(PMQR)基因的分布, 并分析整合子与临床常用抗菌药物耐药性的关系。方法收集2015年11月至2021年3月上海市奉贤区中心医院分离自临床样本中的产气克雷伯菌91株, PCR筛查第1、2类整合酶基因(intI1、intI2), 分析启动子类型和可变区基因盒组成结构。同时对分离株PMQR基因进行检测, 并分析整合子与临床常用抗感染治疗药物间的关系。结果 91株产气克雷伯菌对氨曲南耐药率>40.00%, 对其余常用抗菌药物耐药率均<35.00%。91株产气克雷伯菌中30株检出intI1, 未检出intI2。第1类整合子检出7种可变区基因盒组合, 在产气克雷伯菌中检出基因盒组合aac(6′)-11C-ΔereA2-IS1247-aac3-arr-ΔereA2。第1类整合子可变区启动子以活性较弱的PcH1启动子为主。intI1阳性菌株与intI1阴性菌株在ICU、神经外科和临床其他科室的检出率差异有统计学意义(P<0.05)。intI1阳性菌株对部分临床常用抗菌药物耐药率明显高于intI1阴性菌株(P<0.0...  相似文献   

19.
目的了解陕西省某三甲医院住院腹泻患者中艰难梭菌(Clostridioides difficile, Cd)分子流行特点及耐药情况。方法收集2018年10月—2021年12月425份住院腹泻患者的粪便标本进行艰难梭菌分离鉴定, 检测其毒素基因并进行多位点序列分型和E-test药敏试验。结果 425份标本中分离到49株艰难梭菌, 产毒艰难梭菌37株, 占75.5%(37/49), ≥65岁腹泻患者Cd检出率为14.0%(25/179), 肾内科Cd检出率为36.4%(4/11), A-B+CDT-有7株, 占18.9%(7/37), A+B+CDT-有29株, 占78.4%(29/37), A+B+CDT+有1株, 占2.7%(1/37);共有24个ST型别, 其中ST2、ST3和ST54为主要检出型别, 各占比为12.2%(6/49)。所有菌株对甲硝唑和万古霉素均敏感, 对环丙沙星耐药率较高为93.9%(46/49), 对利福平和美罗培南耐药率较低, 分别为12.2%(6/49)和10.2%(5/49)。结论产毒株以A+B+CDT-为主要型别, ST2、ST3和ST54为主要型别, 各S...  相似文献   

20.
目的确定环腺苷酸(cAMP)受体蛋白(CRP)对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)肠杆菌素铁载体相关基因entC的调控机制。方法以CRKP-27野生株构建crp基因缺失株Δcrp和回补株c-Δcrp。利用铬天青S(CAS)定量试验观察CRP对CRKP铁载体分泌量的影响。RT-qPCR试验和lacZ报告基因融合试验研究CRP对entC表达及对其启动子的调控。凝胶阻滞试验(EMSA)确定CRP是否与entC启动子区结合, DNaseⅠ足迹试验进一步确定结合序列。结果成功构建Δcrp和c-Δcrp菌株;在正常条件和缺铁条件下, Δcrp菌株的铁载体分泌量均高于野生株和c-Δcrp菌株, 但仅在正常环境中有统计学意义(P<0.05);正常条件和缺铁条件下, Δcrp菌株中entC基因的mRNA相对表达量较野生株和c-Δcrp菌株明显降低(P均<0.05);正常条件和缺铁条件下, Δcrp菌株中entC基因的启动子活性低于野生株和c-Δcrp菌株(P均<0.05);EMSA结合试验显示随着CRP蛋白量的增加, entC探针朝正极移动的距离都相应缩短, 出现阻滞现象;DNas...  相似文献   

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