人呼吸道合胞病毒北京地区A亚型ON1基因型地方株感染A549细胞转录组学分析

目的应用转录组测序方法, 分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因, 为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞, 提取总mRNA, 通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因, 对其进行GO分析、KEGG通路分析, 同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果以未感染的A549细胞为对照, 筛选出1 632个差异表达基因, 其中807个基因表达上调, 825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程, 并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论 RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相...     

人乳头瘤病毒16整合感染宫颈上皮细胞系恶性转化后的转录组学分析

目的探讨人乳头瘤病毒16(human papillomavirus type 16, HPV16)整合感染宫颈上皮细胞(H8细胞)恶性转化的相关基因、信号通路和可能机制。方法构建H8细胞恶性转化的细胞模型, 采用Transwell试验检测恶性转化后H8细胞的细胞侵袭能力、细胞迁移能力的变化, 平板克隆形成实验法检测恶性转化后H8细胞克隆形成能力的变化。提取恶性转化的H8细胞、H8细胞的总RNA, 采用Illumina Novaseq 6000测序平台对两组细胞进行转录组学测序, 鉴定和分析差异表达基因(DEGs), 并进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析以及蛋白互作网络分析。结果恶性转化的H8细胞侵袭能力[(6 503±62.43)个比(298±32.19)个, P<0.001]、迁移能力[(15 241±93.83)个比[(7 753±76.32)个, P<0.001], 克隆形成能力[(428.3±5.03)个比[...     

良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究

目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO 数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R 在线工具筛选差异表达基因, DAVID 工具富集基因功能和通路。STRING 数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237 个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1 等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。     

不同氧体积分数对人胚胎干细胞基因表达谱的影响

背景：低氧培养人胚胎干细胞的相关研究主要集中在干细胞多能性的维持及分化方面,而低氧对人胚胎干细胞基因表达水平的影响研究甚少。 目的：观察不同氧体积分数对人胚胎干细胞基因表达谱的影响。 方法：分别在低氧(体积分数5%O2)和常氧(体积分数21%O2)的条件下持续培养FY-hES-7细胞,收集晚期(第52代)细胞,运用全基因组表达谱芯片技术检测不同氧体积分数组FY-hES-7细胞的基因表达谱,并进行差异基因的功能富集分析及通路分析。 结果与结论：与常氧组相比,低氧组表达上调(>2倍)的基因1 840个,表达下调(>2倍)的基因1 676个。利用基因本体分析发现低氧组表达上调基因与细胞表面受体信号转导、免疫反应、离子转运、生物代谢及细胞活动等功能相关,而表达下调基因则与转录调控,依赖DNA的转录调控、神经分化、细胞形态、胚胎形态、胚胎器官及各系统发育等功能相关。通路分析发现低氧组表达上调的基因与细胞因子受体的相互作用、免疫反应以及造血系统等通路的改变相关,而表达下调的基因则多与胚胎发育及肿瘤通路改变相关。不同氧体积分数下长期培养的人胚胎干细胞基因表达谱存在明显的差异,低氧组出现差异表达基因的功能分析表明低氧有助于人胚胎干细胞的自我更新,防止分化及降低成瘤性。     

TSTA3基因通过MAPK-ERK通路及下游基质金属蛋白酶2、9促进食管癌侵袭的实验研究

目的探讨TSTA3基因在食管鳞状细胞癌(ESCC)侵袭中的作用及相关机制。方法选择ESCC细胞KYSE150、ECA109, 构建过表达TSTA3基因的KYSE150-TSTA3-WT组和ECA109-TSTA3-WT组, 以及空白对照组(KYSE150-NC组和ECA109-NC组)。对各组细胞进行转录组测序, 依据KEGG数据库进行差异基因的富集分析。蛋白质印迹法和免疫组织化学法检测目标蛋白的表达, 划痕实验检测细胞迁移能力, Transwell实验检测细胞侵袭能力, 明胶酶谱法检测基质金属蛋白酶(MMP)活性。结果 TSTA3基因过表达对ESCC细胞的增殖无明显影响, 但可以增强ESCC细胞的侵袭能力(P<0.05)。TSTA3过表达前后KYSE150细胞的转录组测序共鉴定出817种基因表达上调, 584种基因表达下调, 差异基因主要富集在细胞外基质-受体相互作用、Jak-STAT通路、苯丙氨酸代谢、MAPK信号通路等(P<0.05)。与对照组相比, 过表达野生型TSTA3基因的ECA109和KYSE150细胞中p-ERK蛋白表达水平增高, 用MAPK-ERK通路抑制...     

大鼠C6胶质瘤细胞的基因表达谱

目的:筛选比较大鼠C6胶质瘤细胞与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:利用Illumina Hi Seq4000技术对大鼠C6胶质瘤细胞和正常星形胶质细胞进行转录组测序并对测序结果进行功能注释。以|log2 Fold Change|≥1和q值0.05为标准筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库分析其功能和参与的信号通路。结果:较之正常星形胶质细胞,大鼠C6胶质瘤细胞中共筛选得到4363个差异表达基因,其中1603个基因表达上调,2760个基因表达下调;GO富集结果表明:4109个差异表达基因共映射到906个GO term,主要与GTP酶活性正性调节、基因表达正性调节、蛋白结合和钙离子结合等功能相关;KEGG富集结果表明:1535个差异表达基因共参与106条通路,富集最多的是PI3K-Akt信号通路和癌症发生通路。结论:成功获取大鼠C6胶质瘤细胞与正常胶质细胞的基因表达谱,并对其差异基因进行GO和KEGG注释,结果有助于胶质瘤发生发展的研究。     

模拟失重后骨髓来源巨噬细胞转录组高通量测序及分析北大核心CSCD

目的探索模拟失重对小鼠骨髓来源巨噬细胞基因表达的影响。方法采用尾悬吊法构建模拟失重小鼠模型,对照组不做尾吊处理。模拟失重28 d后提取小鼠骨髓来源巨噬细胞并将其分别诱导为M0型和M1型巨噬细胞。随后,提取细胞总RNA进行转录组测序及分析,并通过实时定量RT-PCR验证重要基因的差异表达。结果转录组测序结果显示,模拟失重组与对照组之间的M0型巨噬细胞共有807个基因差异表达;模拟失重组与对照组之间的M1型巨噬细胞共有898个基因差异表达。GO分析表明,M0型巨噬细胞差异表达基因主要集中于免疫应答、趋化等生物学过程中;M1型巨噬细胞差异基因主要富集于炎症反应、细胞迁移的正调控和单核细胞趋化等生物学过程中。KEGG通路分析发现M0型巨噬细胞的差异基因主要涉及趋化因子、细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路;M1型巨噬细胞的差异基因主要涉及造血细胞谱系、流体剪切应力等信号通路。进一步分析发现,尾吊组与对照组在M0或M1型巨噬细胞中的差异基因均在细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中富集,其中尾吊组的M0与M1型巨噬细胞中调节单核细胞/巨噬细胞迁移和浸润的关键趋化因子Ccl2均显著高表达,并进一步通过RT-PCR实验得到验证。结论模拟失重可显著影响小鼠巨噬细胞中以Ccl2为代表的与炎症发生和加重密切相关的基因表达水平,这些改变的基因富集于多个生物学过程,可能对巨噬细胞的黏附、迁移等功能产生影响。     

沙眼衣原体感染对HeLa细胞MHCⅠ、Ⅱ类分子表达的影响

目的　探讨沙眼衣原体 (Chlamydiatrachomatis ,Ct)K型感染对HeLa细胞MHCⅠ、Ⅱ类分子表达的影响。方法　用免疫荧光法和流式细胞术等方法 ,对Ct感染和未感染的HeLa细胞MHCⅠ类分子表达水平和IFN γ诱导的HeLa细胞MHCⅡ类分子表达水平进行检测 ,同时对IL 10抗体的影响也作了研究。结果　Ct感染细胞MHCⅠ类分子表达水平和IFN γ诱导的感染细胞MHCⅡ类分子表达水平 ,随Ct感染剂量增加和感染时间延长而下降 ,与正常未感染细胞比较上述差异均具有统计学意义 (P <0 .0 1)。IL 10抗体能部分抑制感染细胞MHCⅠ类分子表达下调 ,但对IFN γ诱导的感染细胞MHCⅡ类分子表达下调无显著影响。结论　Ct感染可下调感染细胞MHCⅠ类分子和IFN γ诱导的细胞MHCⅡ类分子表达水平 ,这可能是造成衣原体持续感染的重要原因。感染过程中分泌的IL 10在下调感染细胞MHCⅠ类分子表达过程中起一定作用 ,而对IFN γ诱导的感染细胞MHCⅡ类分子表达水平下调无显著性影响     

基于细胞焦亡与免疫相关基因构建及验证肝细胞癌预后风险模型

目的：利用生物信息学方法构建并验证细胞焦亡与免疫相关基因的肝细胞癌预后风险模型,根据其风险评分探索免疫相关性特征,以指导个性化免疫治疗。方法：从TCGA、GEO官网分别下载TCGA-LIHC和GSE14520基因表达谱,从INNATEDB和IMMPORT官网下载免疫相关基因。以TCGA为训练组,GEO为测试组,对训练组细胞焦亡基因表达谱采用Cox回归分析,筛选预后相关基因进行共识聚类分组,提取分组间差异基因与免疫相关基因的交集基因,对交集基因应用单因素Cox和Lasso回归分析,得到预后相关风险评分模型。根据训练组风险中位值划分高低风险组,利用测试组验证模型可行性,最后探索训练组富集分析（GO、KEGG、GSEA）、免疫相关性分析及模型基因蛋白表达情况。结果：共筛选出9个可靠的风险模型基因（ICAM1、S100P、FABP3、CCL20、HRG、IGHM、SPP1、C4BPA、C6）。GO富集分析显示风险差异基因主要参与各种代谢过程。KEGG富集分析显示风险差异基因主要参与补体和凝血级联信号通路。GSEA富集分析显示高风险组与致癌途径的激活密切相关。在免疫浸润、免疫相关通路及免疫检查点...     

儿童新诊断与慢性免疫性血小板减少症差异基因分析

目的筛选儿童新诊断与慢性免疫性血小板减少症(ITP)之间的差异表达基因(DEGs)并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库中下载芯片表达谱GSE46922数据集,利用BRB-ArrayTools软件鉴定DEGs,然后分别对差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析、Pathway富集分析和互作网络分析。结果共筛选出1225个DEGs,其中上调基因665个,下调基因560个。GO富集分析发现DEGs主要参与转录调控、小分子代谢、蛋白泛素化、凋亡调控、固有免疫反应、病毒复制等生物学过程。Pathway富集分析发现DEGs显著富集于代谢通路、内质网蛋白加工、破骨细胞分化、MAPK信号通路、病毒感染、凋亡等。网络分析鉴定出的核心基因有CHD4、UQCR10、AP2M1、SIRPγ和GPR180,核心Pathways包括MAPK信号通路、细胞周期和细胞凋亡。结论明确了儿童新诊断与慢性ITP的基因表达谱不同,为进一步阐明儿童ITP发生发展的分子机制和指导早期治疗干预提供了基础。     

人疱疹病毒6型感染HSB-2细胞的lncRNA表达谱变化分析

目的运用高通量测序技术检测人疱疹病毒6型(human herpesvirus 6, HHV-6)感染人淋巴细胞系HSB-2后长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)表达谱的改变, 探究lncRNA在HHV-6感染复制中的作用。方法 HHV-6感染HSB-2细胞72 h后, 提取对照细胞和病毒感染细胞的RNA进行测序, 筛选差异表达的lncRNA;通过生物信息学方法对预测的lncRNA靶基因进行GO注释和KEGG信号通路分析, 构建共表达网络图。qRT-PCR检测差异表达lncRNA的变化倍数。结果共筛选到612个显著差异表达lncRNA, 其中420个为表达上调, 192个表达下调。通过对lncRNA靶基因进行GO和KEGG富集分析显示, 差异表达lncRNA的靶基因与表观染色体调控、免疫应答及细胞代谢等生物学过程密切相关。qRT-PCR确定10条上调IncRNAs表达变化趋势与高通量测序数据一致。结论本研究对HHV-6感染HSB-2细胞的lncRNA表达谱进行分析, 为深入探索lncRNA在HHV-6复制增殖及相关疾病中的作用奠定基础。     

基于SMART-seq2测序分析结直肠癌外周血DNT细胞转录组的表达差异及功能初探北大核心CSCD

目的 探讨结直肠癌患者外周血中双阴性T细胞差异基因及功能。方法 选取2例结直肠癌患者和2例健康体检者,首先采用流式细胞术分选外周血双阴性T细胞,然后利用单细胞全长转录组（SMART-seq2）测序技术获得测序数据,筛选差异表达基因,并对筛选出的差异表达基因进行基因本体富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)途径富集分析。利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,并通过Cytoscape软件鉴定关键基因。采用RT-qPCR验证差异表达基因。结果 与健康体检者相比,结直肠癌患者外周血双阴性T细胞差异基因共有1 276个,其中141个上调基因,1 135个下调基因。GO分析显示差异基因主要参与甲基化、代谢过程以及转移酶活性等生物学功能。KEGG通路分析显示差异基因主要涉及自噬、P53信号通路和磷酸肌醇代谢等信号通路。蛋白质互作网络包含1 154个节点和1 022条边,并鉴定出10个Hub基因：PIK3C3、WIPI1、ATG101、PIK3R4、DDX10、RBM28、SDAD1、ATG16L1、UVRAG、ATG7。RT-qPCR验证10个差异表达基因,其中7个差异基因表达变化趋势与测序结果一致,3个基因表达与测序结果不符。结论 DNT细胞可能通过甲基化、P53信号通路和自噬等作用参与了结直肠癌的发生发展,同时,DNT细胞可能通过对基因的调控抑制结直肠癌的发生发展。本研究为进一步探讨DNT细胞在恶性肿瘤中的功能提供理论依据。     

利什曼原虫感染树突状细胞早期基因表达差异分析及关键基因筛选

目的:分析利什曼原虫感染树突状细胞(DCs)早期的基因表达与信号通路变化,探究DCs感染后应答,寻找利什曼原虫感染后基于DCs的免疫治疗方法。方法:GEO数据库下载利什曼原虫感染前后DCs基因芯片数据,RStudio软件筛选差异表达基因(DEGs),STRING构建DEGs蛋白质相互作用网络(PPI),Cytoscape筛选差异表达蛋白质的核心模块,RStudio软件对DEGs进行GO和KEGG富集分析。结果:共筛选出DEGs 129个,其中IL12B与CXCL10差异最为显著,GO分析共富集23个过程,主要涉及病毒感染过程相关细胞反应及Ⅰ-IFN相关免疫反应;KEGG分析共富集3条信号通路,分别为甲型流感、麻疹及DNA复制信号通路。结论:利什曼原虫感染DCs前后Ⅰ-IFN信号通路和TLR4/NF-κB信号通路激活,影响IL12表达,提示Ⅰ-IFN/IL12信号通路与TLR4/NF-κB/IL12信号通路可作为利什曼原虫感染治疗的靶点,CXCL10也有望成为潜在的治疗靶点;利什曼原虫感染后,出现类似病毒感染现象,推测抗病毒免疫疗法可能在对抗利什曼原虫感染中具有一定疗效。     

IL-17调控溃疡性结肠炎分子机制的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析溃疡性结肠炎(UC)的枢纽基因和关键通路。方法 通过基因表达数据库(GEO)下载UC表达谱芯片GSE134025。利用R语言的Limma包筛选UC组与正常组肠黏膜细胞差异表达基因，对这些基因进行GO和KEGG分析；利用STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)并将结果导入Cytoscape筛选出核心基因；利用KEGG mapper绘制核心基因所在的信号通路图。结果 筛选出190个差异表达基因，其中147个上调，43个下调。GO分析结果表明，差异表达基因主要涉及炎症反应、细胞增殖的正调控等生物学过程，主要富集于细胞膜、质膜等细胞成分，具有肝素结合、生长因子等分子功能。KEGG分析显示差异基因主要富集于趋化因子信号通路，细胞因子受体相互作用等相关信号通路。从PPI网络中筛选出10个枢纽基因：白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、CXCL10、CXCL1、CXCL9、膜联素A1(ANXA1)、IL-1β、CC趋化因子配体20(CCL20)、CXCL2、CXCL11,其中多个基因位于IL-17调控的信号通路下游。结论 发现了10个与UC发病...     

慢性移植肾肾病患者外周血差异表达基因的分析

分析慢性移植肾肾病(CAN)患者与移植物功能稳定肾移植受者外周血基因表达差异,探索CAN免疫致病机制。从GEO数据库获取GSE12187和GSE22229两个肾移植受者外周血的基因芯片表达谱数据集,选取其中13个CAN样本为实验组,15个移植物功能稳定的样本为对照组。以SAM筛选两组样本的差异表达基因。应用DAVID及GENECODIS网络工具对差异基因进行功能富集分析。通过Cytoscape软件的MiMI插件进行差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。SAM筛选出上调基因168个,下调基因141个。基因富集结果显示,上调基因主要为调控转录和翻译过程的基因,而下调基因参与广泛信号传导通路以及基因表达的调控。Cytoscape软件的PPI分析筛选出19个CAN相关核心基因。CAN患者与移植肾功能稳定受者的免疫功能状态存在显著差异;CAN致病机制涉及免疫细胞复杂的基因表达调控及细胞增值、凋亡、迁移等广泛的信号传导通路变化;免疫细胞在基因的转录、RNA加工、翻译及蛋白质代谢等环节的改变可能在CAN的致病中发挥了关键作用;TAGAP、EIF3F、NUDT21、PAPOLA、RPL等CAN核心基因的免疫调控机制需要深入探索。     

大鼠C6脑胶质瘤模型的基因表达谱分析

目的:筛选和分析大鼠胶质瘤模型与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:构建大鼠C6颅内胶质瘤模型,利用Illumina Hi Seq 4000技术对大鼠胶质瘤模型的胶质细胞和正常星形胶质细胞进行转录组测序并对测序结果进行功能注释。以q值0. 05为标准筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库分析其功能和参与的信号通路。结果:较之正常星形胶质细胞,大鼠胶质瘤模型组细胞共筛选得到9221个差异表达基因,其中4604个基因表达上调,4617个基因表达下调; GO富集结果表明:这些差异表达基因共映射到575个GO term,与各类结合相关的分子如蛋白结合、离子结合、小分子结合、核苷酸结合等功能富集显著; KEGG富集结果表明:差异表达基因共参与22条通路,富集最多的是癌症发生通路、MAPK通路、胞吞通路和黏着斑通路。结论:成功获取大鼠胶质瘤模型细胞与正常胶质细胞的基因表达谱,差异表达基因富集在癌症发生通路、MAPK通路、胞吞作用通路和黏着斑等生物学通路,这些信号通路可能在胶质瘤发生发展过程中发挥重要作用,对其进一步分析将为临床治疗胶质瘤提供新的靶点。     

通心络对同型半胱氨酸损伤的内皮细胞的基因表达谱的影响

目的: 探讨通心络对同型半胱氨酸(Hcy)损伤的人脐静脉内皮细胞(HUVECs)的基因表达谱的影响。方法: 原代培养的HUVECs,随机分为对照组、Hcy组和通心络组,提取总RNA并纯化,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,采用高通量Affymetric人类全基因组寡核苷酸微阵列芯片(含47 000个基因或基因片段)杂交,杂交信号经扫描和数字化处理,通过生物信息学数据分析推测通心络对同型半胱氨酸损伤的HUVECs细胞功能的影响以及可能的信号通路。结果: 与对照组相比,Hcy组有4 343个基因表达上调,316个基因表达下调;与Hcy组相比,通心络组有3 409个基因表达上调,121个基因表达下调。这些共同的差异基因生物功能涉及转录因子调控、激酶、细胞骨架与蛋白合成、转运功能、细胞因子、细胞-细胞受体相互作用和细胞黏附因子等。参与的信号通路主要是与血管新生、凋亡、氧化应激、凝血纤溶和炎症等相关的信号通路,如mTOR信号通路、MAPK信号通路和Toll样受体信号通路。结论: 通心络能导致同型半胱氨酸损伤内皮细胞基因表达谱的改变,这些基因改变可能参与了细胞凋亡、氧化应激和凝血纤溶等过程。     

基于多组学的儿童系统性红斑狼疮与皮肌炎相关共病基因分析

目的基于生物学信息多组学技术对儿童系统性红斑狼疮和皮肌炎共病患者相关基因的特征进行分析。方法从GEO数据库下载儿童系统性红斑狼疮(childhood-onset systemic lupus erythematos, cSLE)与皮肌炎(juvenile dermatomyositis, JDM)相关基因芯片表达谱, 将两者的差异基因取交集后进行GO功能富集及KEGG信号通路分析, 通过Cytoscape软件构建蛋白质互作网络, 筛选hub基因;使用CIBERSORT反卷积法分析关键基因和免疫细胞浸润的相关性, 将经验证的关键基因导入Coremine Medical数据库筛选出治疗cSLE和JDM共病药物。结果差异表达基因功能主要富集于I型干扰素通路以及抗病毒反应等;网络拓扑学分析、经外部数据集验证后共筛选出5个关键基因STAT1、ISG15、MX1、OASL、DDX58, (P均<0.05)免疫浸润细胞相关性分析显示JDM和cSLE患者的M1巨噬细胞显著上调时与关键基因呈正相关, (P均<0.05)干扰素免疫调节、抗病毒制剂与JDM和cSLE共病患者的治疗存在密切关联, ...     

果糖诱导斑马鱼肝脏脂肪变性的转录组学分析

目的非酒精性脂肪肝(NAFLD)的发病呈低龄化趋势,本研究旨在建立一种模拟低龄人群的高糖诱导的NAFLD模型,揭示其基因表达谱特征,为疾病的机制研究和药物筛选提供基础。方法采用高果糖饮食诱导斑马鱼产生肝脏脂肪变性,油红O染色分析肝脏脂肪变性率,组织病理学方法观察肝脏脂质堆积,并分析肝脏生化指标变化。利用转录组测序观察基因表达谱变化,通过基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)数据库进行差异基因功能富集,分析其可能影响的信号通路与生物过程。结果斑马鱼幼鱼高果糖喂养10 d后发生肝脏脂肪变性,肝脏切片HE染色和油红O染色结果发现,果糖喂饲的幼鱼肝脏出现微小脂质空泡,呈大面积红色着色。肝脏甘油三酯、葡萄糖含量显著高于正常对照组。经转录组测序发现果糖喂饲的幼鱼肝脏表达谱发生明显改变,共发现485个差异表达基因(变化倍数 3,P 0.05)。差异基因KEGG分析表明,PPAR信号通路为显著富集通路,real-time PCR结果确认PPAR通路中fads2、fabp7b、plin2、adipoqa基因水平显著上调。下调基因的GO分析结果显示,病毒防御为显著富集的生物学过程。结论建立了一种果糖诱导的斑马鱼NAFLD模型,可应用于斑马鱼幼体肝脏脂肪变性的机制研究和药物筛选。能量代谢相关基因表达的变化可为果糖致NAFLD的作用机制研究提供依据。     

高致病性禽流感病毒H5N1安徽株A/Anhui/1/2005感染人肺癌上皮细胞(A549)的差异表达分析

目的 筛选人细胞中与高致病性禽流感病毒致病相关的基因,探讨高致病性禽流感病毒的致病机理.方法 分别用高致病性禽流感病毒安徽株和普通人流感病毒H1N1株分别感染人肺癌上皮细胞,通过人类全基因表达谱芯片技术对不同时段感染细胞进行差异表达分析,筛选出与高致病性禽流感病毒感染相关的候选基因,以实时定量荧光PCR法验证差异表达基因.结果 获得了不同致病性流感病毒感染细胞后的差异表达谱,验证了细胞凋亡通路、mTOR通路中以及与免疫相关的16个基因的差异表达.结论 H5N1感染后与普通人流感病毒H1N1相比具有促进细胞凋亡的趋势.