患者血液和温泉水中阿尔卑斯浴者菌的分离及鉴定

目的通过对患者血液来源的阿尔卑斯浴者菌(Balneatrix alpica)分离株X117和该患者所在小区天然温泉水的分离株GN-1进行菌种鉴定与微生物学特征分析, 为该菌作为罕见病原体引起临床相关感染的病原学诊断提供实验依据。方法以阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T作为参考, 对分离株X117和GN-1进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析、单核苷酸多态性(SNP)距离以及全基因组相关指数分析, 以准确确定其分类学地位和同源性;微量肉汤稀释法进行药敏试验;VFDB毒力因子数据库进行毒力基因注释和分析。结果分离株X117和GN-1在哥伦比亚血琼脂平板和巧克力平板上培养4 d可见菌落呈淡黄色或棕黄色, 菌落表面呈斑驳状, 革兰染色阴性杆菌, 氧化酶和吲哚试验阳性, 与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T特征一致。16S rRNA系统发育分析表明分离株X117和GN-1均为阿尔卑斯浴者菌, 其与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T平均核苷酸一致性(ANI)值为98.44%和98.41%, 基因组DNA-DNA杂交值(dDDH)均为87.1...     

杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌耐药特征与基因组分析

目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征, 并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序, 并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描, 并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义, 多重耐药率为76.7%(46/60);所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7;60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别, 除1株为ST3220型外, 其余均为ST40型;基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示:部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近, 提示可能存在跨境传播, 食品株主要来自猪肉和水产类;其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近, 提示可能存在跨省传播, 食品株...     

一株脓液分离的海岸嗜半胱氨酸菌的鉴定及毒力基因分析

目的通过对1株从1名被海虾刺伤的患者脓液分离的致病菌株JM-1进行准确鉴定、药敏试验和毒力基因分析, 为海岸嗜半胱氨酸菌(Cysteiniphilum litorale)作为罕见病原体引起临床相关感染的筛检及改善预后提供实验依据。方法对分离株进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析, 以及基于全基因组序列的平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)、平均氨基酸一致性(average amino acid identity, AAI)分析和系统发育分析, 以准确确定其分类学地位;以E-test法进行药敏试验, 并依据CLSI M45-A3土拉弗朗西斯菌解释标准进行结果判读;以VFDB毒力因子数据库对全基因组进行毒力基因注释和分析。结果分离株JM-1在哥伦比亚血平板上培养3 d可见灰白色、中等大小、光滑、圆形、凸起的溶血菌落。革兰染色为着色较淡的阴性球杆菌。API NH鉴定结果提示为卡他莫拉菌(生化编码:3010);Vitek2系统NH卡鉴定无鉴定结果(生物编码:02...     

一株副猪链球菌的鉴定及生物学特征分析

目的对从一患者脑脊液中分离的副猪链球菌菌株进行病原学鉴定, 并了解其生物学特征。方法对该菌株使用分离培养、生化鉴定、16S rRNA和管家基因recN基因分析、平均核苷酸一致性分析(ANI)、药敏实验、耐药基因、毒力基因分析等方法进行分析。结果该菌为革兰阳性球菌、在血平板上草绿色溶血, 经16S rRNA、recN基因及全基因组序列分析为副猪链球菌, 对多种抗生素敏感, 并携带有黏附类等多种毒力基因。结论副猪链球菌可导致人类感染, 可通过基因测序方法进行诊断。     

胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析

目的了解胎儿弯曲菌龟亚种(Campylobacter fetus subsp.testudinum, Cft)的分子流行病学特征。方法对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序, 结合GenBank公布的全球Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建Cft的系统发育树, rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释Cft的耐药及毒力基因;E-test法进行药敏试验, 并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。结果基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析, 共纳入全球41株Cft基因组信息, 其中人类来源24株, 动物来源13株, 未知来源4株。流行病学资料显示, 24株人类来源菌株中, 20株感染对象为黄种人, 1例为白种人(配偶是亚裔), 其余未知, 差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物, 包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示, 中国分离株以ST46为主要序列型, 美国则以S...     

两株临床分离的金黄杆菌的鉴定和系统发育分析

目的对临床痰液和中段尿标本分离的SQ219和SQ220进行生物学特性、系统进化和临床意义分析。方法观察菌株的培养特性及生理生化特征;用VITEK2全自动微生物鉴定和药敏分析仪及MALDI-TOF质谱仪鉴定细菌;利用相关软件对细菌16S rRNA和核心基因组作系统发育分析及基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析。结果 SQ219和SQ220为革兰阴性杆菌, 专性需氧, 触酶和氧化酶阳性, 无动力;在30℃、pH7和不含NaCl的培养基中生长最佳;SQ220可在血平板上产生黄色素但SQ219不产生;SQ219和SQ220对氨曲南、阿米卡星、妥布霉素、黏菌素耐药, 与金黄杆菌属药敏表型一致。SQ219和SQ220总长分别为5.08 Mb和4.80 Mb, G+C含量分别为36.72%和36.36%, 均预测到β-内酰胺类耐药基因(blaCGA)。16S rRNA系统发育分析表明SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T相似性最高, 分别为98.93%和98.36%;核心基因组进化分析显示SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T的进化关系最近。然而, 两株菌与啤酒神...     

一株脓毒血症患者血液分离的罕见螺原体鉴定和生物学特性分析

目的对一株自脓毒血症患者血液中分离的罕见螺原体DGKH1进行菌种鉴定和生物学特性分析。方法对DGKH1进行常规细菌培养、染色与形态学观察、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析, 以及基因组测序和基因组相关指数分析, 从而确定其分类学地位;参考人型副支原体和解脲脲原体进行药敏试验。结果分离株DGKH1可以在哥伦比亚血平板、巧克力平板和嗜血巧克力平板上微弱生长, 在含有四环素(4 μg/ml)、多西环素(1 μg/ml)、米诺环素(1 μg/ml)、交沙霉素(2 μg/ml)、罗红霉素(1 μg/ml)、克拉霉素(1 μg/ml)和特利霉素(1 μg/ml)的支原体液体培养基中不生长。在商品化的支原体固体培养基上, DGKH1可形成"油煎蛋样菌落", 与人型副支原体相类似。采用常规革兰染色, DGKH1不着色;以磷酸盐缓冲液为基质进行透射电镜观察, 其菌体呈螺旋形。16S rRNA基因测序显示, 分离株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170T相似性最高(99.85%), 但尿素分解试验阳性, 与已知螺原体属菌种存在差异。全基因组系统发育分析显示, 该菌株与中华绒螯蟹...     

食品与环境中豚鼠气单胞菌系统发育分析以及毒力和耐药性研究

目的食品与环境中49株豚鼠气单胞菌菌种鉴定、毒力与耐药性检测。方法VITEK、API 20NE生化鉴定,gyrB、rpoD系统发育分析;PCR检测act、alt、ast、lip、ahp、aerA、hlyA、ompA1、fla基因;AST-GN16药敏试验。结果生化鉴定为豚鼠/嗜水气单胞菌株54株,经系统发育分析豚鼠气单胞菌49株,嗜水气单胞菌4株,中国台湾省气单胞菌1株。毒力基因alt、lip、ompA1、fla、act、aerA、hlyA检出率依次为100.00%、100.00%、79.59%、14.29%、2.04%、2.04%、2.04%,未检出ast、ahp;存在4种毒力基因组合,优势组合为alt/lip/ompA1(32/49)。豚鼠气单胞菌氨苄西林、头孢唑林、头孢西丁、阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、复方新诺明、安曲南耐药率依次为79.59%、14.29%、10.20%、6.12%、4.08%、4.08%、2.04%,哌拉西林/他唑巴坦、亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、左氧氟沙星、替加环素、呋喃妥英均敏感;2株多重耐药菌株。结论gyrB、rpoD可有效鉴定豚鼠/嗜水气单胞菌,rpoD可区分近亲缘关系豚鼠与中国台湾省气单胞菌;所有豚鼠气单胞菌均携带2种以上毒力基因,1株环境源菌携带7种毒力基因;青霉素类普遍耐药,产生β-内酰胺酶是最主要耐药机制;未发现碳青霉烯类、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、四环素类、呋喃类耐药菌株;食品和生活饮用水存在多重耐药菌。     

大蜡螟感染模型在肺炎克雷伯菌毒力研究中的应用北大核心CSCD

目的 评价肝脓肿相关肺炎克雷伯菌的大蜡螟感染模型,建立肺炎克雷伯菌毒力检测的新方法.方法 收集无锡市第二人民医院2016年1月至2017年12月分离肝脓肿相关肺炎克雷伯菌12株,痰液、尿液中分离的20株肺炎克雷伯菌作为经典非高毒力肺炎克雷伯菌（经典组）;所有菌株进行黏液丝试验,PCR检测肺炎克雷伯菌常见的高毒力的荚膜血清型（K1、K2、K5、K16、K20、K54、K57）,大蜡螟毒力试验测定同一时间段不同血清荚膜型的80％致死量（80％lethal dose,LD80）以及在同一浓度下达到80％幼虫死亡的时间（80％lethal time,LT80）.结果 肝脓肿组荚膜血清型主要为K1、K2、K5、K20、K57,分别占41.7％（5/12）、8.3％（1/12）、8.3％（1/12）、8.3％（1/12）、33.4％（4/12）;经典组未检出高毒力荚膜血清型.肝脓肿组黏液丝试验阳性率为75％（9/12）,经典组的黏液丝试验的阳性率为10％（2/20）.大蜡螟毒力试验显示在浓度为1×105 CFU/ml至1×108 CFU/ml时,不同的菌株对大蜡螟幼虫的致死率呈现浓度依赖性,接种12 h后,K1、K57组的死亡幼虫数量显著高于K2、K5、K20组及经典组;接种96 h肝脓肿组的LD80分别为：1×106 CFU/ml（K1、K57）;1×107 CFU/ml（K2、K5、K20）.结论 我院分离的肝脓肿相关肺炎克雷伯菌均为高毒力菌株,大蜡螟模型菌液接种后12 h可进行肺炎克雷伯菌毒力的检测.     

产ESBL肺炎克雷伯菌中16S rRNA甲基化酶的分布与相关耐药性的研究

目的 调查我院产ESBL肺炎克雷伯菌临床分离株16S rRNA甲基化酶基因的分布以及与耐药谱的关系,并初步探讨其在分子流行病学分析中的作用.方法 收集我院临床2010年3月至9月分离出69株非重复产ESBL肺炎克雷伯菌,采用PCR法检测16S rRNA 甲基化酶基因,并对阳性菌株进行ESBL基因及整合子基因分析,通过DNA直接测序确定.质粒接合试验和质粒消除试验确定16S rRNA甲基化酶基因的传播途径,利用ERIC-PCR技术进行基因分型.结果 69株产ESBL肺炎克雷伯菌中有rmtB阳性菌株20株(28.9％),其中2株同时携带有rmtB和armA.在20株产16SrRNA甲基化酶菌株中,均携带有CTX-M基因,测序显示14株CTX-M-14基因,6株CTX-M-15基因;14株携带有TEM-1基因;8株携带有SHV基因,测序显示5株SHV-12基因,3株SHV-11基因;3株携带有OXA-10基因;3株携带有VBE-1基因.另有12株携带有int1阳性,含有5种不同的耐药基因盒,分别携带drfA25、drfA1、drfA12、aadA1、aadA2、sat和blaVEB-1基因.ERIC-PCR法显示20株16SrRNA甲基化酶基因阳性的肺炎克雷伯菌主要分为5型,A型为优势流行克隆株.质粒接合和消除试验发现A型克隆株KP5和KP16 rmtB均位于一质粒上并通过接合传播.结论 本院产ESBL肺炎克雷伯菌临床分离株中存在16S rRNA甲基化酶基因rmtB的普遍流行,导致对多种氨基糖苷类抗生素高水平耐药.rmtB可通过水平基因传播和克隆传播的两种方式进行播散,并且存在同时产ESBLs、16S rRNA甲基化酶和Ⅰ类整合子的肺炎克雷伯菌的传播.     

采用MALDI-TOF MS和全基因组测序鉴定和分析动弯杆菌属及其亲缘关系北大核心CSCD

目的用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术结合16S rRNA基因测序鉴定动弯杆菌,并通过全基因组测序分析动弯杆菌的耐药基因及该菌属种间亲缘关系。方法将65例细菌性阴道病（bacterial vaginosis,BV）患者的阴道分泌物标本厌氧培养获得25株动弯杆菌,采用MALDI-TOF MS及16S rRNA基因测序鉴定细菌种属,并提取细菌全基因组DNA进行二代测序,测序后得到的原始数据根据SPAdes软件进行拼接组装,并与ARGD耐药基因库比对得到这些细菌含有的获得性耐药基因,最后通过Harvest软件对所有菌株进行核心基因组多样性比较,构建进化树。结果采用MALDI-TOF MS鉴定动弯杆菌属仅能获得柯氏动弯杆菌的鉴定结果;采用16S rRNA基因测序能将动弯杆菌属菌株区分为柯氏动弯杆菌和羞怯动弯杆菌;全基因组分析显示动弯杆菌主要含有四环素耐药基因tet（o）及大环内酯类耐药基因erm（x）,其中tet（o）基因的检出率为84.7%,erm（x）基因的检出率为61.5%;动弯杆菌属两个种内亲缘关系相近,种间亲缘关系甚远。结论本实验结果表明目前MALDI-TOF MS不能鉴定出动弯杆菌属中的羞怯动弯杆菌;动弯杆菌对四环素类及大环内酯类抗生素具有潜在的耐药性;动弯杆菌在种内进化缓慢,暂无新种出现的趋势。     

一株同时产KPC-2和NDM-5碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌耐药基因特征分析

目的分析一株同时产KPC-2和NDM-5碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌耐药基因特征。方法肺炎克雷伯菌KPN-hnqyy分离自我院血液科一位患者的粪便标本, 使用仪器BD Phenix-M50鉴定菌株并测定最小抑菌浓度;酶联免疫层析试验和PCR方法检测碳青霉烯酶基因型;接合试验检测相关质粒的转移性;PacBio和Illumina平台对菌株全基因组测序, 并在BacWGSTdb数据库中检索菌株MLST分型、耐药基因和质粒类型, 使用软件Easyfig₂.2.3比对基因组和开放读码框序列, BRIG v0.95生成可视化质粒圈图。结果肺炎克雷伯菌KPN-hnqyy对碳青霉烯类抗生素耐药, MLST分型为ST11型, blaKPC-2和blaNDM-5碳青霉烯酶基因阳性;接合子blaKPC-2基因阳性, blaNDM-5阴性;全基因组测序显示菌株含有1个染色体和3个质粒;肺炎克雷伯菌KP69和KP19-2029等与本研究菌株染色体基因组相似性大于99.9%, 且其各自携带的不同种类的质粒上含有相似的IncR和IncFⅠ耐药基因融合区, blaKPC-2基因位于此融合区中一个由T...     

桂西地区幽门螺杆菌对克拉霉素的耐药性分析

目的 分析桂西地区幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)菌株对克拉霉素的耐药情况,并探讨Hp对克拉霉素耐药与23S rRNA基因点突变的关系.方法 分离培养Hp,纸片扩散法进行药敏实验,PCR方法扩增23S rRNA基因,用聚合酶链反应.限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)检测克拉霉素耐药菌株的点突变,同时进行基因测序确定突变位点.结果 桂西地区Hp菌株对克拉霉素耐药率为22.2%(28/126);PCR-RFLP检测10株对克拉霉素耐药的Hp,均存在23S rRNA基因的A2143G、A2144G点突变,10株敏感菌株均无23S rRNA的点突变,基因测序显示耐药菌株有A2143G、A2144G突变,其他位置未发现突变.结论 桂西地区Hp菌株对克拉霉素耐药率(22.2%)略高于北京、上海等地区;Hp的23S rRNA基因A2143G、A2144G点突变与克拉霉素的耐药相关.     

同时产ArmA型16S rRNA甲基化酶及KPC-2型β-内酰胺酶泛耐药阴沟肠杆菌的研究

目的 探讨上海交通大学医学院附属瑞金医院分离的5株泛耐药阴沟肠杆菌产碳青霉烯酶及16S rRNA甲基化酶的情况及两者之间的相关性.方法 用E test法检测5株泛耐药阴沟肠杆菌对10种抗菌药物的MIC值.PCR扩增16S rRNA甲基化酶基因armA、mtA、rmtB、rmtC、rmtD、npmA,β-内酰胺酶基因TEM、SHV、CTX-M-1、CTX-M-2、CTX-M-8、CTX-M-9、CTX-M-25、PER-1、VEB-1.鸟枪克隆法克隆碳青霉烯酶基因,并对克隆片段进行测序.质粒接合试验验证碳青霉烯酶基因及16S rRNA甲基化酶基因是否具有转移性.脉冲场凝胶电泳(PFGE)法对5株菌进行分子分型.等电聚焦电泳法检测β-内酰胺酶等电点.Southern杂交法对耐药决定因子进行定位.结果 5株阴沟肠杆菌对10种抗菌药物的MIC值均＞32 mg/L.克隆的碳青霉稀酶基因为blaKPC-2,酶编码基因上游为一转座酶基因,两侧为复制靶位,下游为ISKpn6的插入序列,该序列包括一个重复序列和tnpA转座子,酶编码基因位于54.2 kb的一个非接合性大质粒上.等电聚焦电泳显示5株菌均产4种β-内酰胺酶(TEM-1,pI5.4;KPC-2,pI6.7;SHV-12,pI8.2;CTX-M-14,pI8.4).16S rRNA甲基化酶基因位于接合性质粒上,而blaKPC-2基因则位于非接合性质粒上,5株菌PFGE型别一致.结论 5株泛耐药阴沟肠杆菌对碳青霉烯类耐药由产碳青霉烯酶KPC-2所介导.blaKPC-2与armA型16S rRNA甲基化酶基因由两条不同的质粒编码,不存在相关性.临床医院应加强监控,以防止交叉感染.     

2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

目的了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征, 为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本, 过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序, 测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列, 其中BA.5.2占比12.22%, 与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点, 其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个;常见缺失位点有ORF1a基因的3 675～3 677位、ORF9b基因的27～29位和S基因的69～70位等;未发现插入变异。系统发育分析显示, 北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支, 与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传...     

贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片对其他胞内寄生菌基因组DNA检测结果分析

目的用建立的贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片研究贝氏柯克斯体与其致病性相似的专性胞内寄生菌（立克次体、埃立克体、新立克次体）,以及与其密切相关的兼性胞内寄生菌（巴通体和肺炎军团菌）等病原菌的毒力基因的差异。方法贝氏柯克斯体国际标准株-九里株作为本研究参考株,从全基因序列中选取166个毒力及毒力相关基因进行PCR扩增,纯化后的产物制备基因芯片。采用双色荧光标记,待测DNA（即用于分析的各菌株基因组DNA）用Cy5标记,贝氏柯克斯体九里株参照基因组DNA用Cy3标记。芯片杂交后,采用软件GenePixPro4.1,辅助以软件Excel,进行图片处理和数据分析。结果芯片的166个基因片段中有165个存在于所有贝氏柯克斯体属的6个分离株中,另一锚定蛋白（AnkI）基因（CBU1213）仅存在于九里株及Grita株;立克次体属的5株菌株均与CBU1631和CBU1125杂交;埃立克体属的3种菌株与新立克次体属的3种菌株均含有基因CBU1125;东方属的1株菌株具有基因CBU1449,而巴通体属的菌株,军团菌和大肠杆菌与基因芯片均无杂交。结论贝氏柯克斯体种内基因组具有高度保守性,它的专性细胞内寄生菌的毒力相关基因与胞外寄生菌的毒力相关基因有非常显著差异。     

Solexa测序法研究肺炎克雷伯菌质粒基因组的耐药基因

目的 通过Solexa高通量测序法研究肺炎克雷伯菌的质粒与耐药性的关系.方法 菌株为7年临床分离的206株肺炎克雷伯菌.提取所有菌的全部质粒DNA,Solexa高通量测序获得大规模的短序列.SOAP软件对质粒基因进行分析拼接,分析结果与相关数据库进行比对.MAQ软件分析质粒基因组包含的超广谱β-内酰胺酶(ESBL)多样性及单核苷酸多态性(SNP)情况.结果 肺炎克雷伯菌质粒基因组中已知的直接与耐药相关的基因就有13种.质粒基因组中存在多个ABC主动外排转运系统.发现4种编码β-内酰胺酶的ORF,其中SHV型ESBLs分布最广.系统分析了206株肺炎克雷伯菌质粒基因组中SHV型ESBLs的SNPs位点,发现存在着大量的非同义替换SNPs位点.结论 发现质粒中SHV型ESBLs基因可能受到选择压力,存在着大量的非同义替换SNPs位点.肺炎克雷伯菌质粒存在外排药物耐药方式,从而形成低水平的非特异多重耐药.     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌脂多糖修饰相关的多黏菌素耐药机制研究

目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)脂多糖修饰相关的多黏菌素耐药机制。方法通过接合转移和mcr基因的检测探究是否存在质粒介导的耐药基因;利用实时荧光定量PCR检测多黏菌素耐药相关基因的相对表达量, 并进行全基因组测序分析;采用SDS-PAGE银染试验和MALDI-TOF-MS质谱分析检测脂多糖的改变。结果未扩增出mcr-1～8基因且接合转移试验结果为阴性, 未检测到与耐药性相关的可移动元件。7株多黏菌素耐药CRKP中pmrA、pmrB、pmrC基因的相对表达量均增高, 其中6株phoP/phoQ基因的相对表达量增高;3株crrA/crrB基因的相对表达量降低;4株mgrB基因的相对表达量降低。耐药株发生的错义突变位点主要位于KPHS₀9430、KPHS₃5900、KPHS₃9520、KPHS₅2420等基因上, 在CRKP-6菌株中检测到ISKpn14插入序列。MALDI-TOF-MS观察到耐药菌株脂多糖中天然脂质A有L-Ara4N修饰。结论染色体介导的双组分调节系统突变引起脂多糖修饰是本研...     

鲍曼不动杆菌armA基因的分布与耐药性的研究

目的 调查我院鲍曼不动杆菌中16S rRNA甲基化基因armA的分布以及与鲍曼不动杆菌耐药谱的关系,并初步探讨其在分子流行病学分析中的作用.方法 收集72株鲍曼不动杆菌,采用K-B法对鲍曼不动杆菌进行药物敏感试验,后采用PCR筛选鲍曼不动杆菌的16S rRNA甲基化基因armA,并利用随机扩增多态性DNA法(RAPD)技术进行基因分型.统计各鲍曼不动杆菌菌株对多种氨基糖苷类药物的药敏结果,并分析基因型与耐药性的关系.结果 根据PCR产物片段大小,72株鲍曼不动杆菌共有armA基因阳性菌株20株(27.8%).含有armA基因型鲍曼不动杆菌菌株对庆大霉素、妥布霉素和阿米卡星的耐药率均为90%;随机扩增多态性DNA法显示20株armA基因阳性的鲍曼不动杆菌主要分为7型,A型为优势克隆株.结论 产16S rRNA甲基化基因armA的鲍曼不动杆菌菌株可对多种氨基糖苷类抗生素高水平耐药.同一克隆菌株在病房内和病房间的传播为我院armA基因传播的主要方式.     

细菌直接PCR和双引物策略鉴定16S rRNA基因技术的建立

目的探索一种基于16S rRNA基因的快速鉴定细菌方法,为临床诊断治疗及耐药菌的分子遗传分析提供科学依据。方法对卫生部室间质评菌株和临床病人标本分离培养纯菌落,用双蒸水稀释菌落,然后直接以菌液为模板优化反应体系PCR扩增16S rRNA基因片段,再测序扩增片段。将测序结果在细菌Ribosomal数据库中进行同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果本实验鉴定的卫生部质评菌株结果与卫生部报告结果一致。本实验能够一次性鉴定出临床病人标本分离的菌株。结论本研究优化了一种免纯化细菌核酸直接PCR鉴定细菌16S rRNA基因的方法。本研究建立的基于病原细菌16S rRNA基因鉴定方法可用于细菌的快速诊断。