石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的:了解石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒流行情况,研究2009年分离H3N2亚型流感病毒株血凝素重链(HA1)的基因特性及变异情况。方法:用MDCK细胞分离流感病毒,采用血抑实验分型鉴定。随机选取24株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取、逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因序列测定,之后用DNAStar软件的MegAlign功能进行序列比对和分析。结果:经MegAlign将24株毒株与WHO疫苗推荐株A/Wisconsin/67/200(07～08)、A/Bris-bane/10/2007(08～10)进行比对,发现与同年疫苗株同源性较高,为98.2%～98.6%,仅有个别位点出现氨基酸替换。结论:2009年石家庄市H3N2亚型流感毒株HA1区与同年疫苗株基因序列符合率较高,尚未形成一个新的变异株。     

2007-2008年吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因序列分析

目的了解2007-2008年间吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因的演变特征。方法采用MD-CK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果①2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为98.9%～100%,与同期WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比有10～14个氨基酸位点发生变化,并且在122位增加了一个糖基化位点;②长春市11月与12月分离的病毒株在进化树上处于不同的两个侧枝;③在同一流行高峰吉林省8个市州分离的流感病毒株在进化树上形成不同的两簇。结论2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比已经发生一定变化;不同时间及市州流行的病毒株也有差异。     

河北省2005～2006年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征研究

[目的]研究2005～2006年河北省分离的H1N1型流感病毒毒株HA1基因特性。阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。[方法]用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。[结果]2005～2006年在河北省流行的H1N1型流感病毒HA1基因核苷酸和氨基酸序列与同时期的H1N1亚型疫苗株A/NewCaledonia/20/1999相比已发生较大变异,核苷酸同源性为97.0%～98.1%,氨基酸同源性为97.9%～98.7%,有5～7个氨基酸发生了替换,但均不在抗原表位。种系进化结果显示A/河北南市/37/2005与A/河北新市/56/2005和A/河北新市/129/2006位于2个小分支,均距A/NewCaledonia/20/1999较远,A/河北南市/37/2005与A/NewYork/221/2003有较近的亲缘关系。[结论]H1N1型流感病毒HA1基因已发生明显变异,但对抗原性改变意义不大;近几年H1N1持续低流行使人群易感性得以积累是今年H1N1型流感流行的主要原因;2005～2006年河北省同时流行着至少2支种系发生距离较远的H1N1型流感病毒。     

天津市2007-2010年流感监测及H3亚型毒株HA1基因特性分析

目的 了解2007-2010年天津市流感流行特点及季节性流感H3N2亚型HA1基因变异特性.方法 采用MDCK细胞培养法分离流感病毒,选取14株H3亚型流感毒株进行RT-PCR扩增HA1片段,产物纯化后进行核苷酸序列测定,测定结果与WHO全球流感疫苗株序列进行同源比对,绘制种系发生树.结果 采集咽拭子标本4220份,分...     

成都市2009年流感病毒H3N2亚型血凝素基因分析

[目的]了解某市流行的H3N2流感病毒分子生物学特征、进化情况,及其血凝素基因与猪流感病毒血凝素基因的关系。[方法]对该市分离的2009年H3N2亚型流感病毒40株血凝素基因进行逆转录-聚合酶链(RT-PCR)扩增,然后测序,分析该市流感病毒H3N2亚型的核酸序列和氨基酸序列,与2009年疫苗推荐株及四川省猪流感病毒基因序列比对分析。[结果]该市2009年流感病毒H3N2亚型的流行株,与2009年的疫苗株比较,碱基同源性为99.5%,抗原性有一定的差异,但不是重组变异病毒,其流行强度有限。与A/swine//Sichuan/1/2006(H3N2)比较,同源性为94.4%,说明人源流感病毒A/H3N2与猪源流感病毒A/H3N2具有一定的同源性,但抗原决定簇区和受体结合位点具有差异,在种间互相流行的可能性较低。[结论]该市流感A/H3N2流行株虽然有一定的变异,但没有大流行的预警提示出现。长期监测具有必要性。     

湖南省2007-2008年A/H3N2亚型流感病毒血凝素基因特性研究

目的了解2007-2008年湖南省流感病毒优势流行毒株A(H3N2)亚型的基因变异特征。方法取病原学监测中分离到的29株A(H3N2)亚型流感病毒毒株,对其血凝素基因进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),扩增产物纯化后测序;测序结果与WHO全球流感疫苗株序列进行同源比对,绘制种系发生树。结果2007年的分离株与2007-2008年北半球疫苗株A/Wisconsin/67/05比较,变异位点主要为G50E,S138A,K140I,R142G以及N144D。2008年分离株与北半球疫苗株A/Wisconsin/67/05比较,变异位点主要为G50E,S138A,K140I,L157S;而与2008-2009年北半球疫苗株A/Brisbane/10/07比较显示,变异位点主要为K140I,L157S。结论湖南省2007-2008年A(H3N2)亚型流感流行毒株的HA1基因发生了变异,可能是导致其流行的重要原因。     

2012 - 2013 年长春地区甲 3( H3N2) 亚型流感病毒 HA1 基因序列分析

目的了解2012—2013年长春地区流感病毒优势流行甲3（H3N2）亚型流感病毒HA1基因序列的特性。方法采用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录和聚合酶链式反应（RT—PCR）,扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序,用Mega5．10软件中NeighborJoining方法进行基因种系发生树分析。结果（1）2012—2013年吉林省长春地区流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为95．8％-100．0％,2012年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2011—2012年疫苗株A／perth／16／2009相比有15个氨基酸发生了变异;2013年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2012—2013年疫苗株A／Victoria／361／2011相比有13个氨基酸发生了变异。（2）2012年2—3月分离的毒株与2012年11月-2013年3月分离的毒株在进化树上处于两个不同的侧枝上。结论2012—2013年长春地区流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A／peah／16／2009、A／Victoria／361／2011相比HA1基因已经发生了一定的变化,不同时间流行的病毒株也有差异。     

2009甲型H1N1亚型流感病毒血凝素重链(HA1)基因分析

[目的]从基因层面初步探讨近8个月甲型H1N1流感病毒HA1基因变异情况。[方法]收集19株2009年5～12月欧美及亚洲最新上传的甲型H1N1流感流行株血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,分析其与墨西哥城第一株流感病毒分离株A/MexicoCity/001/2009在HAl以及HAl抗原决定簇区域的氨基酸差异。[结果]与A/Mex-icoCity/001/2009比较,HA1区氨基酸序列的同源性为96.98%～99.7%;并且,A/Pennsylvania/09/2009、A/Fukuoka-C/1/2009和A/Milan/UHSR1/20093株流感流行株HA1区抗原决定簇B区197位氨基酸出现了A﹥T替换。[结论]2009甲型H1N1流感流行的近8个月HA1基因存在一定的变异。     

南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征研究

目的了解南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征。方法随机选取4株从哨点医院分离到的季节性H1N1流感毒株,进行核酸提取和RT-PCR扩增,获得HA1基因片段,测定核苷酸序列,分析其基因特征。结果 4株季节性H1N1流感病毒与A/California/01/2009（H1N1）高度同源,同源性高达99.1%;相对于当前疫苗代表株A/Brisbane/59/2007（H1N1）,其HA1区出现V131A、S141N、I184V、G185A、N186D、A189T和F260Y的氨基酸位点的改变;糖基化位点未发生改变。结论南平市2009年分离的季节性H1N1流感病毒抗原性发生一定的突变,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对毒株的免疫效果。     

珠海市2008年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征分析

目的了解2008年珠海地区流行的H1N1亚型流感病毒血凝素重链区HA1基因特征。方法按照时间不同选取7株2008年珠海市分离到的H1N1亚型流感毒株,选取的毒株进行血凝素HA1片段序列测定并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析。结果H1N1亚型流感毒株为珠海市2008年的优势株,与该年WHO推荐疫苗株比较有多个氨基酸发生了替换,造成抗原性发生一定的变化。结论2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年珠海市H1N1亚型流感预防效果并不理想,导致2008年珠海市H1N1亚型的流行强度增加。     

郴州市2007年流感病原学监测及A/H3N2亚型血凝素基因特性研究

目的对郴州市2007年流行性感冒的病原学监测结果进行分析,了解流感病毒优势流行毒株A(H3N2)亚型的基因变异特征。方法采用流感样病例(ILI)的咽拭子标本用狗肾细胞(MDCK)进行病毒分离培养,采用血凝(HA)及血凝抑制(HI)方法进行流感病毒初筛及分型鉴定;取病原学监测中分离到的4株A(H3N2)亚型毒株,对其血凝素基因进行逆转录-聚合酶链反应,扩增产物纯化后测序,测序结果与WHO全球流感疫苗序列进行同源比对。结果共检测4所哨点医院ILI咽拭子标本1435份,分离到流感病毒277株;阳性率19.30%,其中A(H3N2)亚型毒株156株。2007年分离株与北半球疫苗株A/Wisconsin/67/05比较,发生了变异。结论 A(H3N2)亚型流感病毒为郴州市2007年优势毒株,A(H3N2)亚型流感流行株的HA1基因发生了变异,可能是导致其流行的重要原因。     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

2009年深圳新甲型H1N1流感病毒分离鉴定及分离株特征分析

目的比较新甲型H1N1流感病毒对MDCK细胞和鸡胚的敏感性差异,了解病毒分离株特征,为疫苗制备和开展实验室常规监测等奠定基础。方法用MDCK细胞和鸡胚进行流感病毒分离[1],收获病毒后提取病毒RNA,逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增,阳性扩增产物纯化后测序,测序结果使用Clustal和MEGA4.1软件进行比较分析,通过与NCBI数据库中不同时间和地区的流感病毒H1N1株同源比对后,绘制种系发生树。结果从334份患者呼吸道标本中,用MDCK细胞分离法分离出134株新甲型H1N1病毒,分离率为40.12%,用鸡胚分离法分离出150株新甲型H1N1病毒,分离率为44.91%;所测10株新甲型H1N1毒株HA1区的344个氨基酸,与2009年新甲型H1N1国际代表株A/California/07/2009相比,只有少数位点发生氨基酸替换,并且这些位点都不在抗原决定簇上;种系发生树显示,10株新甲型H1N1和国际代表株同源性较大,形成一簇,与A/Swine/guangxi/13/2006较为接近。结论新甲型H1N1病毒对MDCK细胞和鸡胚的敏感性相差不大;新甲型H1N1病毒未发生变异,短期内不会产生新变种。     

湖南省2004年流感病毒优势流行毒株甲3亚型基因特性分析

目的：了解2004年湖南省流感病毒优势流行毒株甲3亚型的基因特性变异特征。方法：取病原学监测中分离到的13株甲3亚型流感病毒毒株，经鉴定后用鸡胚传代，收获尿囊液提取病毒RNA，进行逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR），扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序；测序结果使用Flu Sequence DatasetExplorer工具进行比较，通过与NCBI数据库中2000-2005年中国的流感病毒H3N2株同源比对后，绘制种系发生树。结果：所测13株甲3（H3N2）亚型毒株的HA1区的320个氨基酸，与甲3亚型国际疫苗株A／wuhan／359／1995相比，抗原决定簇E区、A区、D区、B区及受体结合位点（RBS）后壁和左壁均有多个位点发生氨基酸替换。与2002年流行的A／Fujian／411／2002甲3亚型代表株相比，抗原决定簇及受体结合位点亦有单个或多个位点氨基酸发生了替换。种系发生树显示，13株甲3亚型人流感病毒中有9株同源性较大，独立形成一簇，与A／Fujiart／52／2004较为接近。另外1株与我省2002年分离的毒株最为接近。最后3株则整合进2003～2004年其他省分离到的毒株所形成的簇中。结论：湖南省2004年流感优势流行毒株甲3亚型流感病毒的HA1基因特性发生了变异，可能是导致其流行的主要原因。在HA1基因进化上，时间比地理分布起着更重要的作用。     

浙江省近几年甲3型流行性感冒病毒株HA1基因特性分析

为了研究近几年浙江省甲3 型流行性感冒 (流感 )流行株血凝素 (HA)基因的特性 ,阐明HA基因的变异与流感流行的关系。对浙江省 1998～ 2 0 0 2年流感流行期间分离的甲3 型代表性毒株 ,提取病毒核糖核酸 (RNA) ,采用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增病毒HA1基因 ,纯化产物进行核苷酸序列测定 ,并用DNAMAN和BioEdit软件作分析处理。结果显示 :浙江省近几年流感流行期间分离到的甲3 型流感病毒中的 8株代表毒株 ,其在HA1区域的核苷酸长度均为 987bp ,由此推导的氨基酸数为 32 9个。A/浙江 / 2 5 / 98与当时世界卫生组织 (WHO)推荐的流感疫苗株A/武汉 / 35 9/ 95株在HA1区域的核苷酸同源性为 97 4 % ,氨基酸同源性仅为 94 8% ;HA1区的抗原性已发生了一定的变异。A/浙江 / 11/ 0 2株与同期WHO推荐的流感疫苗株A/莫斯科 / 10 / 99相比 ,两者的氨基酸同源性仅为 96 1% ;且氨基酸的改变发生在抗原决定簇A区和B区的有 4个位点 ,与 1998年的流行株A/浙江 / 2 5 / 98的氨基酸同源性也只有 96 1%。说明A/浙江 / 11/ 0 2株与A/莫斯科 / 10 / 99和A/浙江 / 2 5 / 98株相比 ,其HA1区的抗原性也发生了变化 ,在基因进化树上远离A/莫斯科 / 10 / 99株和A/浙江 / 2 5 / 98株。表明由于甲3 型流感病毒HA1区域的抗原漂移导     

浙江省1998--2009年H3N2亚型流感流行株基因组全序列分析

目的 从基因组全序列分析探讨浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒的基因变异与流感流行的关系.方法 选择浙江省1998-2009年流感流行期间分离到的H3N2亚型流感病毒流行代表株19株,采用RT-PCR方法扩增其8个基因片段后进行序列测定,并与近十余年间使用的疫苗株序列进行比较.结果 H3N2亚型流感流行株HA和NA基因的氨基酸变异率最高,分别为13.98%和10.00%;其他6个内部基因所表达的蛋白中,除NP、M2和NS1(氨基酸变异率分别为6.43%、6.19%和3.48%)外,其他蛋白的氨基酸变异均＜3.00%;在H3N2亚型流感存在较大范围流行的年份,除HA和NA基因外,流感病毒其他6个内部基因也会发生不同程度的变异.此外,在以往一些年份中,WHO推荐的H3N2流感病毒疫苗株与浙江省同期流行株之间,在许多基因上存在着滞后现象.结论 在加强对H3N2亚型流感毒株表面HA与NA基因监测的同时,也应注意到其他内部基因的变异,为新一轮流感流行株的出现提供重要的预警信息.