IL-6基因单核苷酸多态性与腰椎间盘疾病的关联研究

目的： 研究汉族人白细胞介素6（IL-6）基因启动子G-597-A、G-572-C和G-174-C、5号外显子T15-A和C132-T单核苷酸多态性与腰椎间盘疾病关系。 方法： 采用聚合酶链反应技术，扩增81例腰椎间盘疾病患者和101例正常对照者中分别包含启动子G-597-A、G-572-C、G-174-C和5号外显子T15-A、C132-T位点的片段，直接测序法检测其中的单核苷酸多态性情况，并比较两组中单核苷酸多态性与腰椎间盘疾病的关系。同时，利用MRI检测两组的椎间盘退变情况，并分析其中小于45岁者单核苷酸多态性与椎间盘退变的关系。 结果： 腰椎间盘疾病病例组及对照组中均未检测到启动子G-597-A和G-174-C、5号外显子T15-A和C132-T单核苷酸多态性情况，仅启动子G-572-C位点存在GG、CG和CC 3种表型。但启动子G-572-C单核苷酸多态性与腰椎间盘疾病及椎间盘退变严重程度无关。 结论： 在汉族人中，IL-6基因仅存在G-572-C单核苷酸多态性，但G-572-C单核苷酸多态性与椎间盘病变及其发病基础椎间盘退变并无关联。     

单核苷酸多态性与疾病易感性

连锁分析方法的发现给基因研究带来巨大进展 .任何易感基因的探测都应被已知基因组学图谱的基因标记 .研究人员必须建立一张包含有数百对作为标记物基因的基因图谱 .在随后发现的更精确的标记物包括Alps(限制断片长度多态性 ) ,Vntrs(变数串联重复体 )和最近发现的Snps(单核苷酸多态性 ) .将来 ,更多数量更有价值的基因标记物在不断发现 .同时 ,遗传流行病学已发展新的更有效的统计学方法和生物信息处理工具来分析基因数据 ,这些先进的研究方法的高效率在以往是不能想像的 .这能让我们从有限的研究对象中得到更多的有用数据 .将来 ,可望基…     

单核苷酸多态性与疾病易感性

连锁分析方法的发现给基因研究带来巨大进展. 任何易感基因的探测都应被已知基因组学图谱的基因标记. 研究人员必须建立一张包含有数百对作为标记物基因的基因图谱. 在随后发现的更精确的标记物包括Alps(限制断片长度多态性),Vntrs(变数串联重复体)和最近发现的Snps(单核苷酸多态性). 将来,更多数量更有价值的基因标记物在不断发现.     

补体系统基因单核苷酸多态性及其与疾病的关系

天然免疫系统在病原微生物入侵的初始阶段发挥着重要的防御作用,其中补体系统可快速识别、杀伤和清除病原微生物,对疾病的发生、发展和转归起着重要的作用.文章综述了补体系统各成份单核苷酸多态性与疾病的关联研究进展,在DNA水平上揭示了补体系统遗传多态性对疾病发生、发展和转归的影响,对疾病的预防和个体化治疗具有重要的意义.     

IL-10基因单核苷酸多态性与疾病易感性的研究进展

白细胞介素10(IL-10)是一种重要的细胞因子,它处于免疫调节的中心环节,具有免疫抑制和免疫刺激的双重调节能力。体内IL-10的水平直接影响着某些疾病的易感性和严重性。现就IL-10的生物学功能做了简要的介绍,并对近些年来IL-10单核苷酸多态性(SNP)及IL-10 SNP与疾病易感性和严重性的研究进展进行了简单的回顾。     

高密度脂蛋白代谢相关基因单核苷酸多态性研究

目的探讨中国人群高密度脂蛋白代谢相关基因单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)的分布特征。方法对象选自中国西部5省区健康汉族个体209人,男132名、女77名,平均年龄(59±10)岁。以蛋白酶K消化、苯酚及氯仿抽提以及异丙醇沉淀的方法提取全基因组DNA。应用聚合酶链反应、限制性内切酶片段长度多态性结合测序的方法检测ATP结合盒转运体(ATP-bindingcassettetransporter,ABCA1)、胆固醇酯转运蛋白(cholesteryleastertransferprotein,CETP)以及脂蛋白脂酶(lipoproteinlipase,LPL)等高密度脂蛋白代谢相关基因SNP。结果该研究群体等位基因ABCA1-A和G的基因频率分别为53.4%和46.6%;CETP-B1和B2分别为59.0%和41.0%;LPL-H(-)和LPL-H(+)分别为18.9%和81.1%;LPL-P(+)和LPL-P(-)分别为66.0%和34.0%,符合Hardy-Weinberg平衡定律。LPL基因多态位点Hind(+)与Pvu(+)之间存在显著的连锁不平衡。将性别因素作分层分析提示CETPTaq1B基因型频率存在明显的性别差异(χ2=9.94,P=0.0075)。测序表明上述限制性内切酶片段长度多态性均系内切酶识别区域内的单核苷酸碱基替换。中国人种与白人种基因多态性分布频率对照研究发现,CETP-Taq1B等位基因频率接近,而其余3种等位基因频率分布存在显著性差异。结论中国汉族人     

提高我国疾病相关基因单核苷酸多态性研究的水平

1 我国的疾病遗传多态性研究 上一世纪80年代我国即开始了一些与疾病相关的遗传多态性研究[1,2].其后随着DNA分析的普及,针对已知致病基因及其紧密连锁位点的多态性研究迅速增多,其目的大多是为了包括连锁分析在内的遗传诊断[3-6].     

SNaPshot技术检测乙型肝炎病毒基因组P基因区单核苷酸多态性的研究

目的　建立SNaPshot技术对乙型肝炎病毒(HBV)基因组P基因区单核苷酸多态性(SNP)的分析。方法　针对HBVYMDD变异位置的上、下游设计引物,用PCR方法进行DNA扩增,产物直接测序或克隆测序。再针对变异位点74 1A G变异型(YVDD)和74 3G T变异型(YIDD)的紧邻上游设计高度特异的SNaPshot检测引物,用不同荧光标记的ddNTP对PCR产物进行一步延伸,然后置于310型DNA测序仪上观察荧光信号,可直观的检测上述两位点的单核苷酸多态性。结果　在拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者中,经测序证实P基因区不仅存在74 1、74 3位点的变异,还存在5 14C A、5 2 3C A、5 6 2T A、6 6 7C A等位点的变异。对已证实P基因区变异的13例患者血清用SNaPshot技术检测YMDD结果与测序结果完全相同,显示SNaPshot技术高度的特异性。结论　SNaPshot技术检测HBV基因组SNPs具有快速、简便、准确特异的特点,还检测到野生株和变异株的混合存在。     

FcRL3基因单核苷酸多态性与中国汉族强直性脊柱炎相关性研究

目的 探讨Fc受体样基因3(FcRL3)部分单核苷酸多态性(SNP)在中国汉族强直性脊柱炎(AS)发病中的作用.方法 选取AS患者160例,健康对照组170例.用Mass-ArrayTM SNP检测仪对FcRL3基因上的SNP位点:FcRL3-1(rs0158440)、FcRL3-2(rs2225828)、FcRL3-3(rs7528684)、FcRL3-4(rs11284799)、FcRL3-5(rs945635)、FcRL3-6(rs3761959)、FcRL3-7(rs2210913)、FcRL3-8(rs2282284)、FcRL3-9(rs2282283)SNP进行检测.单倍型构建采用PHASEv2.1软件完成.结果 在AS组中FcRL3-1-1651C、FcRL3-3-169C、FcRL3-6 Intron3A、FcRL3-7 Intron3A等位基因频率病例组高于对照组;FcRL3-2-641C、FcRI3-4-110A、FcRL3-9 Intron15A等位基因频率病例组低于对照组;FcRL3-6、FcRL3-5和FcRL3-8SNP等位基因两组比较差异无统计学意义.AS组中单倍型FcRL3-1→9 CTCGCAAAA、CCCGGGGAA、CCCGCAAAC、CTCGCAAAC频率明显高于对照组;FcRL3-1→9 CCTGGGGAA和TCCACAAGA频率明显低于对照组.结论 FcRL3基因与中国汉族AS的易感性相关.     

高分辨熔解曲线技术鉴定多药耐药基因外显子单核苷酸多态性

目的高分辨熔解曲线技术（HRM）检测多药耐药基因（MDR1）外显子12单核苷酸多态性（SNP）。方法采用高分辨熔解技术对MDR1基因外显子12的SNP C1236T位点进行基因分型,以其-401C〉T位点为例设计PCR扩增引物,按PCR扩增效率和熔解曲线进行退火温度、升温速度等条件的优化,并用此优化体系基因分型20例外周血标本,以测序验证。结果 20例标本经测序与检测结果一致。结论高分辨熔解曲线技术检测SNP是一种低成本、简便易行、常规化,高通量的基因分型方法,能用于大规模临床筛查。     

CASP3基因单核苷酸多态性与中国儿童川崎病的相关性研究

目的 分析半胱氨酸蛋白酶3基因(caspase-3,CASP3)多态性与中国儿童川崎病(Kawasakidisease,KD)临床表型的潜在相关性,以寻找中国儿童KD发生发展的高风险分子标记.方法 采用病例对照研究,实验组包括238例KD患儿,对照组包含年龄与性别组成匹配的364名非KD儿童.同时应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性与DNA测序技术,对研究对象的CASP3基因包括功能性单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphism,SNP)rs113420705在内的3个多态位点进行基因分型,分别比较KD组与对照组、继发与不继发冠状动脉损伤(coronary artery lesions,CALs)以及静脉注射免疫球蛋白(intravenous immunoglobulin,IVIG)治疗敏感与抗性情况下这些SNP位点等位基因与基因型频率.结果 KD组中rs113420705的T等位基因频率与该等位基因携带者频率均显著高于对照组.在3种常见的单倍型中,2种包含SNP rs113420705风险等位基因的单倍型更常见于KD患者组.3个SNP位点的等位基因、基因型与次等位基因携带者频率在继发与不继发CALs患者组,以及IVIG治疗敏感与不敏感患者组之间差异均无统计学意义.结论 CASP3基因rs113420705与中国人群川崎病的发生存在显著的相关性,提示该SNP的风险等位基因有希望成为判断中国儿童川崎病易患性的分子遗传标记.CASP3基因风险单倍型的证实为该基因在KD发生中的作用提供了新的证据.     

APOA5基因单核苷酸多态性与冠心病相关性研究

目的　探讨APOA5基因多态性与冠状动脉粥样硬化性心脏病 (coronaryheartdisease ,CHD)的相关性、与血脂关系及其在中国汉族人群中的分布。方法　用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析APOA5与APOA4交界区域的T/C单核苷酸多态。结果　T/C单核苷酸多态位点等位基因T、C频率在CHD组和正常对照组分别为 0 .43 5、0 .5 65和 0 .3 74、0 .62 6。等位基因频率和基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡定律。T/C基因多态性基因型频率 ,等位基因T、C频率在两组间差异有显著性(P <0 .0 5 ) ,且基因型CC的冠心病患者其血浆高密度脂蛋白水平显著高于其他基因型患者 (P <0 .0 1)。中国人T/C单核苷酸多态位点T、C等位基因频率与欧洲白人比较 ,差异存在非常显著性 ( 0 .3 74vs 0 .663、0 62 6vs 0 .3 3 7;P <0 .0 0 1)。结论　T/C单核苷酸多态性与CHD存在相关性 (P <0 .0 5 ) ,患者组CC基因型与血浆高密度脂蛋白水平密切相关 (P <0 .0 1)。     

VEGF基因单核苷酸多态性与中国北方汉族人SLE易感性的相关性研究

目的:研究血管内皮生长因子(VEGF)基因单核苷酸多态性(SNP)与中国北方汉族人系统性红斑狼疮(SLE)易感性的相关性。方法:应用Sequenom飞行时间质谱技术检测44例SLE患者和100例正常对照者外周血VEGF基因的SNPs,选择6个VEGF基因的SNP位点:rs2010963、rs3024994、rs3025000、rs3025010、rs3025035和rs833070进行基因分型,用SPSS 11.5软件对数据资料进行统计分析。结果:SLE患者VEGF多态性位点rs2010963、rs3024994、rs3025000、rs3025010、rs3025035的基因型频率及等位基因频率与正常对照组比较差异无统计学意义(P0.05);VEGFrs833070 A等位基因频率明显高于对照组(31.2%vs20%,χ2=4.547,P=0.033,OR=1.818,95%CI 1.045-3.162)。rs833070 G等位基因在SLE组中关节炎与无关节炎组中频率有显著差异(56%vs80.4%,χ2=5.613,P=0.018,OR=0.336,95%CI 0.134-0.843),rs833070 GG基因型频率明显低于无关节炎组(GGvsAG+AA:28%vs65.2%,χ2=6.684,P=0.010,OR=0.207,95%CI 0.061-0.705),而VEGF rs833070位点基因型、等位基因型的频率与患者血清中ds-DNA抗体、抗Sm抗体、狼疮性肾炎、间质性肺疾病的发生无相关性(P0.05)。结论:VEGF基因SNP点rs833070与北方汉族人SLE发病易感性相关,rs833070位点A等位基因可能增加了SLE患病的易感性,而rs833070 GG基因型及G等位基因型可能是SLE合伴关节炎的保护性基因。     

宫颈癌易感基因单核苷酸多态性研究进展

宫颈癌是严重危害妇女健康的一种疾病,研究其易感基因单核苷酸多态性(SNP),对其基因诊断提供分子标记有十分重要的意义。现就近两年宫颈癌易感基因的SNP研究做一综述。     

山东地区汉族人 HLA-DPB1基因单核苷酸多态性

使用第十一届国际组织相容性会议提供的HLA－DPB1引物序列，由PCR技术扩增人HLA－DPB1基因第二外显子。产物纯化后，直接核酸序列分析确定个体的HLA－DPB1外显子核酸序列。使用基因定型软件与国际上公布的HLA－DPB1核酸序列构建的基因型核酸序列数据库进行比较，确定个体的基因型别、确定等位基因类型。研究结果提示中国人HLA－DPB1第二外显子基因序列与国际上公布的序列基本一致，但有不同之处，多处存在单核苷酸多态性（SNP），提示存在有新的等位基因。对51例个体研究显示，出现频率最高的等位基因是DPB1＊02012。     

PRKCI基因单核苷酸多态性与神经管畸形的相关性研究

目的探讨PRKCI基因单核苷酸多态性（SNP）与中国山西省神经管畸形（NTDs）发生的相关性。方法采用病例对照研究,利用MassARRAY分子量阵列分析平台,检测133例NTDs标本和135例非病理性胎儿标本PRKCI基因中17个标签SNPs的基因分型,分析其与NTDs发生的相关性。结果 17个SNPs位点中,16个的微效等位基因频率（MAF）与HapMap或dbSNP数据库的结果基本一致。除rs9876082外,其余SNPs位点的基因型分布和等位基因频率在病例组和对照组均无明显差异。rs9876082位点为纯合的微效等位基因A时,NTDs的发病率增加（P=0.035,比值比=2.135,95%可信区间=1.846-2.471）,但是调整其它变量后进行logistic回归分析,这种相关性不再明显（P=0.057）。结论 PRKCI基因rs9876082位点与NTDs的发生有弱的相关性,这种相关性需进一步加大样本进行验证,PRKCI基因可能不是通过其SNPs影响NTDs的易感性。     

TNF-α基因单核苷酸多态性与肺炎的相关性研究

目的： 以中国南方汉族人群为研究对象，探讨肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)基因启动子区单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)与肺炎易感性以及肺炎严重程度的相关性。方法: 以67例肺炎患者和50例健康人群为研究对象，应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对TNF-α基因启动子区5个位点(-1 031、-863、-857、-308、-238)进行基因分型，用SPSS统计软件分析各多态性位点与肺炎严重程度的相关性。结果: TNF-α基因启动子区总突变频率在肺炎患者中高于健康体检者(56.7%，38.0%，P<0.05)，-863A在重症肺炎患者与非重症肺炎患者中出现频率分别为〖JP2〗44.4%与15.5%，P<0.05；-308A在重症肺炎患者与非重症肺炎患者中出现频率分别为44.4%与12.1%，P<0.05，〖JP〗在死亡与存活病例中的频率分别为75.0%与12.7%，P<0.01。结论: TNF-α基因启动子区多态性可能是肺炎易感以及肺炎进展为重症肺炎、增加重症肺炎患者死亡率的因素。     

IL基因单核苷酸多态性与放射性肺损伤的关系研究

目的研究IL基因上rs16944(IL1-511C/T),rs1800587(IL1-899C/T),rs1800796(IL6-634C/G)位点单核苷酸多态性与放射性肺损伤之间的关系。方法 2010年3月至2012年6月期间接受胸部三维适形放疗的肺癌患者170例,抽取患者静脉血,提取基因组DNA,应用实时荧光定量PCR方法进行基因单核苷酸多态性的基因分型(IL1、IL6)。所有患者放疗后放射性肺损伤评价按NCI CTC 3.0急性放射性肺炎标准评价,SPSS13.0软件包进行数据分析。结果实验分为放射性肺损伤组和未发生放射性肺损伤组,IL1-511C/T、IL1-899C/T和IL6-634C/G的基因型分布频率在两组之间差异无统计学意义(P>0.05),IL1基因上等位基因T和C发生放射性肺损伤的风险相比差异无统计学意义(P>0.05),IL6基因上等位基因C和G发生放射性肺损伤的风险相比差异无统计学意义(P>0.05)。结论本研究未发现北方汉族人群中IL基因单核苷酸多态性与放射性肺损伤的发生相关。