GEO数据库架构、申请及数据提取方法与流程

基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus),简称GEO数据库,由美国生物技术信息中心(NCBI)开发的一个完全公开的高通量基因分子丰度数据库,是一个公共功能基因组数据存储库,接受基于数组和序列的数据。该数据库主要储存基因表达数据,涵盖多个生物学领域的高通量实验数据,其提供工具帮助用户查询和下载实验和管理基因表达谱,为生物信息学研究提供了大量与疾病相关的基因表达谱信息。研究者通过对基因芯片提供的大量基因表达谱数据信息的深度挖掘和分析,有助于了解基因的功能以及基因间的相互作用关系,解读基因表达的代谢过程,分析基因的遗传特征和功能,研究疾病的发生发展规律,为疾病的诊断与治疗提供科学参考。本文旨在介绍GEO数据库的架构、申请方式及公开数据的提取方法。     

Oncomine数据库的申请及基因信息挖掘

近年来,蛋白组学、转录组学、高通量测序技术得到飞速发展,在肿瘤研究领域产生了大量的基因组学数据。Oncomine数据库是目前最丰富的癌基因芯片数据库,也是肿瘤研究领域中的经典数据库。Oncomine数据库可进行癌基因信息的整合数据挖掘,可分析肿瘤组织和正常组织中的差异表达基因,进行基因共表达分析及靶基因与肿瘤临床指标的相关性分析等,直接生成可视化图片结果,其高效能的分析能力和大量储存样本保证分析结果具有极大的参考价值。Oncomine数据库对广大研究者开放,本文旨在对该数据库的申请方式及基因信息挖掘方法进行介绍。     

eICU合作研究数据库申请及数据提取流程

重症医学的循证医学研究必须要基于大量的临床诊疗数据。在危重症患者病情复杂多变以及ICU工作紧张繁重等特点的多重作用下,医务工作者想要收集大样本量的数据开展临床研究存在一定的困难。eICU合作研究数据库(eICU-CRD)是由飞利浦集团与麻省理工学院(MIT)计算生理学实验(LCP)合作创建的大型公共数据库,收集了大量高质量的临床信息,很好地解决了医务工作者缺少大数据进行临床研究的现状。本文通过介绍eICU合作研究数据库的使用申请及数据提取流程,帮助医务工作者更方便快捷的获取需要的数据。     

CHNS数据库架构及数据申请提取方法与流程

中国居民健康与营养调查(China Health and Nutrition Survey,CHNS)是由美国北卡罗来纳大学教堂山分校人口中心与中国疾病预防控制中心营养与健康所(NINH)联合开展的国际合作的连续性的队列研究。该研究旨在探讨近30年来中国社会经济转型和计划生育政策开展如何影响国民健康和营养状况,主要体现为疾病模式和卫生服务状况的持续变化,为社会新时期相关政策调整提供参考依据。CHNS项目信息及研究数据在CHNS网站公布且持续更新,面向公众开放。研究者可在CHNS网站申请获取CHNS研究数据并开展相关研究。本文将介绍CHNS项目研究背景,CHNS网站架构,CHNS数据申请获取及数据读取等。     

HRS数据库的申请及数据提取方法与流程

老龄化带来的问题严重威胁了人们的生命健康和生活质量,受到社会及医学界的广泛关注。HRS数据库是1990年美国密歇根大学在国家老龄研究所和社会保障管理支持下成立的关于健康和退休研究的调查,收集了50岁以上具有代表性的约20 000名美国人关于身心健康,保险,经济、劳动力市场状况、家庭支持系统和退休计划的相关资料,提供了越来越多的宝贵的多学科数据,研究人员可以使用它来解决关于老龄化面临挑战和机遇的重要的问题。该数据库通过HRS网站向研究人员和分析师免费提供数据进行相关研究。本文旨在对该数据库的申请方式以及公开数据的提取方法进行介绍。     

SEER数据库的申请及数据提取方法与流程

肿瘤一直是严重威胁人类生命和社会发展的重大疾病之一,受到医学界长期且广泛的重视。SEER数据库是美国国立癌症研究所于1973建立的北美最具代表性的大型肿瘤数据库之一,收集了美国部分州县肿瘤患者的发病率、患病率、死亡率及其它相关数据,为广大的利益相关者提供了宝贵的肿瘤疾病相关的资料。该数据库是一个开放的状态,感兴趣的研究者可以申请其中的数据进行相关研究,本文旨在对该数据库的申请方式以及肿瘤数据的提取方法进行介绍。     

CTD数据库架构及数据获取查询与提取方法

CTD即比较毒物基因组学数据库,CTD是一个强大的、公开的研究资源,是用于描述化学物质、基因和人类疾病之间关系的科学数据。这些数据与功能和通路数据相结合,以帮助建立关于环境影响疾病的机制的假说,其主要目标是促进对环境化学品对人类健康影响的理解。CTD收录了许多描述跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据,这些研究结果有助于了解潜在、可变的易感性和环境影响疾病的分子机理,还有助于了解化学基因和蛋白质之间复杂的相互作用网络。感兴趣的研究者可以申请其中的数据进行相关研究,本文旨在对CTD数据库的结构以及毒性与基因数据查询和获取进行介绍。     

ω-3多不饱和脂肪酸的结构、代谢及与动脉粥样硬化的关系

ω-3多不饱和脂肪酸可以通过调节血脂谱、改善内皮功能、抗炎、稳定斑块等多种机制发挥抗动脉粥样硬化作用。本研究综述了ω-3多不饱和脂肪酸的结构、代谢及抗动脉粥样硬化可能的机制和进展。     

高血压合并PAF患者左心功能、心脏结构特点及与BNP、ET水平的关系

目的探讨高血压合并阵发性心房纤颤(PAF)患者左心功能、心脏结构特点及与脑钠肽(BNP)、内皮素(ET)的关系。方法选取2015年1月~2016年1月于西安市第九医院确诊的高血压合并PAF组(即PAF组70例)、原发性高血压(即高血压组70例)、同时期健康体检者(即对照组70例),采用超声心动图检测三组左室射血分数(LVEF)、左房内径(LAD)、左室收缩末期内径(LVESD)、左室舒张末期内径(LVEDd)、舒张末期室间隔厚度(IVSTd)、舒张末期左室后壁厚度(LVPWTd)、左室质量指数(LVMI)、每搏输出量(SV)、心输出量(CO),检测血清BNP和ET水平,分析其相关性。结果 PAF组的LAD、LVESD、LVEDd、IVSTd、LVPWTd、LVMI显著的高于高血压组、对照组(P0.05),PAF组的LVEF显著的低于高血压组、对照组(P0.05);高血压组的LAD、LVESD、IVSTd、LVPWTd、LVMI显著的高于对照组(P0.05),高血压组的LVEF显著的低于对照组(P0.05);三组研究对象的SV、CO水平差异无统计学意义(P0.05);高血压伴PAF患者血浆BNP、ET水平与LAD、LVESD、LVEDd、IVSTd、LVPWTd、LVMI呈显著的正相关关系(P0.05),与患者的LVEF呈显著的负相关关系(P0.05),与SV、CO的相关性不显著(P0.05)。结论高血压合并PAF患者的左心功能下降、发生较为明显的心肌重构,且与患者血浆BNP、ET关系密切。     

前列腺的组织结构、功能与疾病的关系

前列腺是男性最大的附属性腺,也是老年男性常患疾病的器官之一。在人生命的不同时期,前列腺的变化有“神秘性”,尤其到老年之后前列腺不像其他器官发生萎缩性改变,相反在组织上可能发生增生,体积增大,而引发疾病。随着国人预期寿命的增长,老年社会的到来,前列腺疾病,特别是前列     

对氧磷酶的结构、活性及基因多态性与冠心病的关系

对氧磷酶又称对氧磷脂酶(PON),普遍存在于哺乳动物中,不存在于鸟类和鱼类中。对氧磷酶家族包括三个成员:PON1、PON2、PON3,它们均为内酯酶,能够分解从花生四烯酸衍生的二十二碳六烯酸〔1,2〕。三种PON基因均位于7q 21.3～22.1〔3〕,上述基因序列很大程度上具有相似性,结构也相近,可能是由同一个原始基因进化而来。     

美国国家卫生研究院机构的设置及研究课题资助申请

美国国家卫生研究院机构的设置及研究课题资助申请刘永斌Ｙｕｎｇ－ＰｉｎＬｉｕ美国国立癌症研究所癌变机制研究室主任教授国家卫生研究院（ＮＩＨ）始建于１８８７年，当时只有简单的一个实验室．目前，已成为全球最先进的生物医学研究中心之一和美国生物医学研究的联合...     

老年高血压左室肥厚病人虚证中医分型与心脏结构、心功能指标及Hcy、hs-CRP的关系

目的探讨老年高血压左室肥厚病人虚证中医分型与心脏结构、心功能指标及同型半胱氨酸(Hcy)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)的关系。方法将118例老年高血压左室肥厚病人中医辨证分为阴虚组、阳虚组、阴阳两虚组,比较3组心脏超声结构指标[左心室舒张末期内径(LVEDD)、左心房内径(LAD)、左心室质量指数(LVMI)]、心功能指标[左室射血分数(LVEF)、二尖瓣舒张早期峰值血流速度与舒张晚期峰值血流速度比值(E/A)]以及血Hcy、hs-CRP水平。结果阴阳两虚组、阳虚组LVEDD、LVMI均较阴虚组明显升高,E/A较阴虚组明显降低,差异均有统计学意义(P0.05);阴阳两虚组LAD较阴虚组明显升高,LVEF较阴虚组明显降低,LVMI较阳虚组明显升高,差异均有统计学意义(P0.05)。阴阳两虚组、阳虚组Hcy、hs-CRP均较阴虚组明显升高(P0.05),阴阳两虚组Hcy、hs-CRP均较阳虚组明显升高(P0.05)。结论对于老年虚证高血压左室肥厚病人,阳虚病人较阴虚病人左心室扩张及左室肥厚更明显,其中左心房扩大可能是老年高血压左室肥厚病人心阳受损的心脏结构表现,LVMI大小可能提示心阳虚病程的长短;阴虚、阳虚、阴阳两虚证病人hs-CRP、 Hcy水平逐渐增加,说明整个左室重构、心功能损害的过程伴随炎症的激活,高血压左心室肥厚中医证型出现阴损及阳的改变。     

高血压病人左心室结构及功能与血色素的关系

名为“糖尿病心血管病缬沙坦高血压终点减少试验”（LIFE）研究864例高血压并左室肥厚病人（其中359例女性）的血色素浓度与多普勒计算心搏出量及心脏结构关系（Hypertension，2006，47：868—873）。女性血色素（Hgb）浓度与左室（LV）内腔大小、室间隔及后壁厚度、左室质量（LVM）、心内膜与室壁中段缩短分数、A波高度正相关，与全身周围血管阻力指数、E／A比、减速时间、等容舒张时间呈负相关。男性病人Hgb浓度与左室内径（LVD）、     

高血压左室结构、功能与心率变异关系的分析

目的：探讨高血压患左心室结构和功能对心率变异性(HRV)的影响。方法：检测122例高血压患的24小时动态心电图心率变异性和多普勒超声心动图的资料，采用逐步回归分析方法对这两种检测指标进行了多因素逐步回归分析。结果：超声心动图检测的E／A、EF、LVIDs指标与HRV多项指标存在显的相关性。结论：高血压患左心室舒张、收缩功能及结构的变化均能显影响HRV。     

高血压患者的脉压、脉压指数与颈动脉结构的关系

颈动脉结构主要指颈动脉内膜中层厚度(IMT)是反映患者全身动脉粥样硬化的早期指标,也是心血管事件的独立危险因子。脉压(PP)是反映血管硬化的指标也是心血管事件的独立危险因素。由于PP在同一个体存在可变性,在不同个体存在相关性,有医者就提出了脉压指数(PPI),其定义为PP与收缩压的比值,由于它能综合的反映血管的动态顺应性和故有顺     

应力负荷与骨骼结构及骨重建的关系

应力负荷是骨质量和骨骼几何形状的主要调节因子.骨细胞信号网络通过感知骨骼力学负荷而发挥作用,是应力负荷的主要传感器.骨细胞死亡后发生骨重建,骨骼力学负荷减小或丧失.骨折后所致长期卧床、局部制动导致骨细胞凋亡和骨吸收,引起严重的骨质疏松.通过分析骨骼适应应力负荷的机制,骨细胞感受机械刺激和骨骼的力学负荷,力学负荷对骨骼的作用和应力负荷与骨重塑过程的分子调控等,可以探讨应力负荷与骨骼结构及与骨重建的关系.     

血脂异常与超重、高血压病、冠心病、糖耐量低下及糖尿病关系分析

本文就我院1998年下半年641例中老年干部门诊血脂测定值与体重超重,高血压、冠心病、糖耐量低下、糖尿病的关系作一系统分析。1　对象及方法1.1　病例选择本组对象为本市市直中老年干部血脂检查者,共641例,其中男性395例(61.%),平均64.8岁,女性246例(38.4%),平均59.6岁。1.2　方法所有体检均由主治医师以上人员担任。内容包括常规体检项目、血脂、心电图、B超检查。最后由主任医师综合分析。根据血脂情况分为TC及TG都升高组、单纯TC升高组、单纯TG升高组、HDL降低组及血脂完全正常组,就各组并发症与相对血脂正常组作比较,最后经统计学…     

WBC、NE%、ASO在精神分裂症中表达水平及关系

目的 探讨精神分类症患者血清中白细胞(WBC)、中性粒细胞百分比(NE%)、抗链球菌溶血素(AS)O与发病的相关性。方法 选取精神分裂症患者100例为研究组,同期在体检中心选取100例健康患者为对照组,检测并对比两组WBC、NE%、ASO,然后进行相关性分析。结果 研究组WBC、ASO水平显著高于对照组,NE%研究组显著低于对照组(P<0.05)。单因素方差分析结果显示,两组文化程度、家族史、婚姻状态、药物依赖性、WBC、NE%、ASO差异显著(P<0.05),多因素分析结果显示,WBC、ASO是精神分裂症的独立危险因素。结论 细菌感染可能与精神分裂症的发病机制有关。