基于网络药理学探讨温胆汤治疗哮喘作用机制

目的 基于网络药理学探讨温胆汤治疗哮喘作用机制.方法 基于TCMSP数据库获取温胆汤中主要药物的化学成分及其对应靶点,基于OMIM、Gene Cards数据库获取哮喘相关靶点,利用Cytoscape3.6.1软件构建中药-靶点网络及应用STRING平台构建蛋白相互作用网络(PPI),应用R语言软件对关键靶点进行GO富集...     

基于网络药理学探讨温胆汤治疗高血压分子机制

目的运用网络药理学探讨温胆汤治疗高血压的分子机制。方法通过TCMSP和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)筛选温胆汤的潜在活性成分和作用靶点,通过药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库收集高血压疾病靶点,STRING数据库进行蛋白相互作用分析,采用Cytoscape v3.7.1构建网络,再用ClueGO进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后以适合的分子和靶点进行分子对接。结果共筛选出温胆汤141个潜在活性成分和108个潜在治疗靶点;通过cytoHubba中MCC算法筛选出排位前20的核心靶点,GO分析包含164条显著性条目,包括生物过程133条、分子功能24条、细胞定位7条。KEGG通路富集筛选出7条枢纽通路,且活性成分与靶点间对接良好。结论温胆汤可通过多途径、多靶点治疗高血压,可为其临床应用提供数据。     

基于网络药理学预测大蓟治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学方法研究中药大蓟治疗高血压的潜在作用机制。方法：利用TCMSP数据库收集大蓟的所有化学成分及作用靶点,通过Cytoscape3.6.1软件构建“成分-靶点”核心网络,利用CluGO插件对关键靶点进行GO功能和通路富集分析并构建“靶点-信号通路”网络,利用Merge功能进一步构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果：筛选得到11种药效成分和29个关键靶点,GO功能富集分析涉及21项生物过程和6项分子功能相关条目,KEGG通路富集分析发现13条信号通路。结论：大蓟可能通过油酸、豆甾醇、刺五加苷等药效成分,作用于PTGS2、PTGS1、NCOA2、CHRM3、ADRβ2、CHRM1等关键靶点,参与调控精氨酸和脯氨酸代谢、脂肪细胞中的脂肪分解、钙信号通路等发挥抗高血压效应。     

基于网络药理学探究杜仲治疗高血压作用机制

目的采用网络药理学方法探究杜仲治疗高血压的作用机制。方法利用TCMSP数据库,对影响杜仲吸收、分布、代谢和排泄行为的活性成分进行筛选,并运用Uniport数据库预测作用靶点,利用GeneCards数据库获取高血压作用靶点;采用Cytoscape3.6.1软件将药物作用靶点和疾病靶点进行映射,运用STRING11.0数据库构建映射靶点蛋白互作网络;最后利用R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果通过对杜仲活性成分、作用靶点查找与筛选,获得杜仲有脂醇二葡萄糖苷、槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等27个主要活性成分,作用靶点181个,并绘制出杜仲的活性成分-作用靶点网络图;用GeneCards数据库获取高血压相关靶点703个,经在线工具分析,获取75个杜仲的活性成分与高血压共同作用靶点;GO和KEGG富集分析提示:杜仲参与多种生物学过程调控,其可能通过抑制cAMP活性和钙离子内部流量、调节NO和肾素-血管紧张素系统,舒张血管并增加冠脉流量来发挥降压活性。结论杜仲可通过多成分协同作用,实现多通路、多靶点的降血压作用。     

基于网络药理学探讨白果治疗哮喘作用机制

目的 基于网络药理学探讨白果治疗哮喘作用机制.方法 基于TCMSP数据库获取白果化学成分及其对应靶点,基于OMIM、Gene Cards数据库获取哮喘相关靶点,利用Venny2.1绘制白果靶点与哮喘疾病靶点的韦恩图,利用Cytoscape3.6.1软件构建中药-靶点网络及应用STRING平台构建蛋白相互作用网络(PPI...     

基于网络药理学探讨火麻仁治疗便秘的作用机制

目的：基于网络药理学探讨火麻仁治疗便秘的作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库和分析平台检索火麻仁的活性成分及相关靶点;利用DisGeNET数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、Drugbank数据库筛选便秘相关靶点;利用Draw Venn Digram在线工具将火麻仁活性成分靶点与便秘疾病靶点进行映射,交集靶点即为火麻仁治疗便秘的潜在靶点;应用STRING平台构建潜在靶点蛋白相互作用网络图;利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析;使用R软件进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape3.6.0软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络图。结果：共获得火麻仁有效成分6个,活性成分相关靶点199个;便秘靶点742个,潜在作用靶点32个;蛋白相互作用网络得到核心靶点蛋白有1型胶原(collagen type 1,Col1a1)、张力蛋白同源基因(phosphatase and tensin homology deleted on...     

基于网络药理学探讨“胡毓恒降压方”治疗高血压病的作用机制

目的：基于网络药理学探讨“胡毓恒降压方”治疗高血压病的作用机制。方法：借助数据库获取“胡毓恒降压方”靶基因与高血压病发病基因的交集基因,利用Cytoscape 3.9.1软件构建中药化合物-靶点网络及蛋白质与蛋白质相互作用（PPI）网络筛选关键靶点,对关键靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选获得木犀草素、槲皮素、山柰酚和黄芩素等主要功效成分23个,获得“胡毓恒降压方”治疗高血压病的潜在靶点117个,PPI分析筛选得到类固醇受体共激活因子基因（SRC）、磷脂酰肌醇-3-激酶p85基因（PI3KR1）、蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型11基因（PTPN11）、蛋白激酶B基因（AKT1）等59个核心基因。GO分析得出生物过程29条,涉及靶点较多的生物过程有G蛋白偶联受体信号通路、蛋白质磷酸化、蛋白激酶B信号的正向调节、正调节MAP激酶活性、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、炎症反应等。KEGG分析获得相关信号通路44条,涉及靶点较多的信号通路有神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、氮代谢、内分泌抵抗等。结论：“胡毓恒降压方”主要通过木犀草素、槲皮素、山柰酚和黄芩素等成分经多靶点、多途径、多通路发挥降血压的作用,该方治疗高血压病的机制可能与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路相关。该结论仍需通过细胞实验、动物实验等予以进一步验证。     

基于网络药理学探讨生脉散治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的通过网络药理学探讨生脉散治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法在中药数据库TCMSP和BATMANTCM筛选生脉散的成分和靶点,并通过OMIM、TTD、CTD、DisGenet数据库检索动脉粥样硬化疾病相关靶点。采用韦恩图得到生脉散和动脉粥样硬化的共同靶点,Cytoscape软件建立生脉散成分-疾病-靶点互作网络,在STRING数据库中进行蛋白相互作用分析,在David数据库里面进行GO和KEGG富集分析。结果筛选出生脉散45个有效成分和418个预测靶点,动脉粥样硬化靶点254个,韦恩图得到生脉散和动脉粥样硬化共同靶点46个,涉及脂质代谢、胰岛素分泌调节、炎症反应等生物学过程,以及过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胰岛素抵抗、肿瘤坏死因子信号通路等22条信号通路。结论生脉散可能通过改善胰岛素抵抗,调节脂质代谢、抗氧化应激,抑制炎症反应等机制治疗动脉粥样硬化。     

基于网络药理学和分子对接探讨十味温胆汤治疗心绞痛的作用机制

目的：采用网络药理学及分子模拟对接的研究方法探讨十味温胆汤治疗心绞痛的潜在作用机制。方法：通过TCMSP、TCMID数据库获取十味温胆汤组方(半夏、陈皮、茯苓、黄芪、人参、熟地黄、酸枣仁、五味子、远志、枳实)的有效成分及对应的靶蛋白;使用GeneCard、OMIM数据库筛选出与心绞痛密切相关的作用靶点。运用CytoScape软件构建中药-组分-靶点网络图,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。利用R软件对中药-疾病交集靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：十味温胆汤治疗心绞痛的核心药物成分是柚皮素、山柰酚、β-谷甾醇、槲皮素、川陈皮素等;核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等;十味温胆汤主要通过晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)、脂质代谢、流体剪切应力、前列腺癌、乙型肝炎等信号通路来治疗心绞痛;分子模拟对接结果显示,十味温胆汤中槲皮素、山柰酚与Akt1、TNF均能实现较好的结合。结论：十味温胆汤可能通过调控细胞增殖与凋亡、血管生成、炎症反应、抗氧化应激等作用协同治疗心绞痛。     

基于网络药理学探讨酸枣仁汤的作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨酸枣仁汤的作用机制.方法:借助TCMSP平台预测酸枣仁汤中药成分的作用靶点与通路,利用Cytoscape软件分别构建成分-靶点网络、PPI网络,使用DIVID数据库进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果:经筛选获得酸枣仁汤中五味中药酸枣仁、川芎、知母、茯苓、甘草含有的135种活性成分,332个相应靶点;PPI网络包括293个节点;GO条目146个,其中生物过程为94个,分子功能条目34个,细胞组成条目18个;KEGG通路22条.结论:酸枣仁汤不仅可以用于治疗失眠、焦虑等精神系统疾病,还可以用于治疗肿瘤、循环系统等疾病,同时参与5-羟色胺、氮素代谢等生物过程,揭示了酸枣仁汤多成分、多靶点、多通路的药理作用特点.     

基于网络药理学探讨中药金银花治疗痤疮的作用机制

目的：基于网络药理学的研究思路及方法探索中药金银花治疗痤疮的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选金银花活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库进行检索得到与痤疮有关的靶点基因,通过Venny 2.1.0得到药物与疾病的共同靶点。借用Cytoscape 3.9.0绘制金银花活性成分-相关靶点网络图,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,将药物-疾病共同靶点通过Metascape数据库分别进行基因本体论（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：本研究共筛选得出槲皮素、木犀草素、豆甾醇、山柰酚以及β-谷甾醇等23个活性成分,药物靶点211个,痤疮相关靶基因612个,主要涉及主要涉及肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、白蛋白（Albumin,ALB）、白细胞介素（Interleukin,IL）-6、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、IL-1β、基质金属蛋白酶9(Matrix Metallopeptidase 9,MMP9)等43...     

基于网络药理学探讨黄连温胆汤中黄连、半夏治疗代谢综合征的作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨黄连温胆汤中黄连、半夏治疗代谢综合征的作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)筛选黄连、半夏的有效活性成分及作用靶点,同时利用Genecards数据库、OMIM数据库获取代谢综...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗类风湿关节炎的作用机制

文章采用网络药理学方法探讨玉屏风散治疗类风湿关节炎(RA)的作用及其作用机制。以TCMSP查询并筛选玉屏风散的成分及靶标,通过DAVID查询玉屏风散可能治疗疾病的类型,通过TTD、Drugbank、Polysearch等多个数据库查询治疗RA的相关靶标,依据多个相互作用数据库的数据,构建玉屏风散体内对抗RA的蛋白相互作用网络,通路富集分析玉屏风散治疗RA的可能通路。相关结果采用Cytoscape 3.3.0进行可视化研究。疾病分析结果表明玉屏风散可治疗RA和一些过敏及炎症相关疾病,玉屏风散靶标与TTD数据库中RA靶标的映射表明玉屏风散对目前治疗RA的靶标中的19.4%有调控作用,玉屏风散对抗RA体内蛋白质反应网络结果表明玉屏风散主要可通过RELA、TP53、IKBKB、JUN等蛋白治疗RA。通路富集表明玉屏风散可通过MAPK、T细胞受体信号通路等发挥抗炎及免疫调节作用治疗RA。可见,玉屏风散对RA可发挥治疗作用,其主要机制为调控RELA、TP53、IKBKB、JUN等蛋白通过MAPK、T细胞受体等信号通路从抗炎和免疫调节方面来治疗RA。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制.方法:本研究通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取黄芪中含有的活性成分及成分所对应的靶点,通过GeneCards数据库挖掘糖尿病肾病疾病靶点,结合化合物及疾病靶点,构建成分-靶点网络图,并针对靶点进行基因本体(GO)富集分析及KEGG通路富集分析.结果:黄芪中含有24...     

基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎的作用机制

目的：基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎(VMC)的主要活性成分及其潜在作用机制。方法：运用本草组鉴数据库(HERB)初步获取生脉散的活性成分,结合SwissADME和SwissTargetPrediction平台筛选其中的主要活性成分,并预测其靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库筛选VMC相关靶点。取药物靶点与疾病靶点交集,获得生脉散治疗VMC的潜在治疗靶点。运用STRING数据库构建潜在治疗靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并通过Cytoscape 3.7.1软件挖掘PPI网络中的核心靶点。运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-靶点-疾病”相互作用网络图,将潜在治疗靶点导入DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：本研究共筛选出生脉散治疗VMC的有效活性成分151个,涉及55个潜在治疗靶点,405个生物过程,36个细胞组分,55个分子功能和147条代谢通路。结论：生脉散可通过调控细胞因子、蛋白激酶、天然免疫基因等多靶点、多途径干预VMC的进程,为其临床应用提供了理论...     

基于网络药理学探讨苦参治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学方法分析苦参治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的潜在作用机制,以期为苦参的进一步研究及UC的新药研发提供参考。方法:运用中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选苦参中有效成分作用靶点,通过TTD、Drugbank、Uniprot、DisGeNET数据库收集UC相关的靶点,使用R软件筛选出共同靶点,运用STRING数据库分析蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)关系,利用Cytoscape3.6.1软件中的Network Analyzer模块及cytoHubba App筛选出核心靶点。最后通过DAVID进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析研究其作用机制。结果:苦参中共有82个有效成分,对应靶点973个,与UC疾病靶标映射后获得108个共同靶点,主要富集在116个生物过程和55条信号通路中。结论:苦参可能通过IL1B、IL6、IL10、EGFR、TP53、CTNNB1、CAT、TNF、ESR1等多个靶点调控HIF-1、TNF、NF-κB、FoxO、NLRs、PI3K-Akt、VEGF、AA等多个通路,进而对消化系统、免疫系统等多系统进行干预,抑制UC炎症损伤。     

基于网络药理学探讨通冠胶囊治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的：利用网络药理学方法探讨通冠胶囊对动脉粥样硬化性疾病的作用机制。方法：采用TCMSP 数据库和文献挖掘方法对通冠胶囊的药物化合物及靶点进行筛选;通过GeneCards 及DisGeNET 数据库检索动脉粥样硬化性疾病的相关靶点;通过Cytoscape 3.8.0 软件构建通冠胶囊药物-靶点-疾病网络及核心网络,通过STRING 数据库构建其PPI 网络。截取通冠胶囊作用于动脉粥样硬化性疾病潜在靶点于DAVID 网站进行KEGG 及GO 富集分析。采用R 软件对将上述信号通路、生物学过程、分子功能、细胞组成信息进行可视化处理。结果：共获得通冠胶囊化合物123 个,通冠胶囊药物靶点272 个,对应化合物111 个;动脉粥样硬化性疾病靶点576 个。形成通冠胶囊药物与动脉粥样硬化靶点交集图,共有NR3C1、DPP4、ESR1、MAPK14、PPARG、PTGS2 等61 个共同靶点,相应化合物101 个。PPI 网络中共得到56 个相互连接的节点,288 条边。KEGG 与GO 分析后得到通冠胶囊可能作用于动脉粥样硬化的NOD 样受体信号通路、癌症的途径、VEGF 信号通路等22 条通路。结论：通冠胶囊可通过作用于NR3C1、DPP4、ESR1、MAPK14、PPARG、PTGS2 等61 个共同靶点,调节胰岛素信号通路,发挥抑制炎症反应,调节代谢,抗氧化应激等作用,干预动脉粥样硬化发生及发展进程。     

基于网络药理学的小青龙汤治疗变应性鼻炎作用机制探讨

目的：通过网络药理学方法探讨小青龙汤治疗变应性鼻炎（Allergic Rhinitis,AR）的作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得小青龙汤的活性成分及作用靶点,在疾病靶点数据库GeneCards、OMIM获得变应性鼻炎的靶点集,通过R语言将其与中药靶点相映射,从中筛选出共同活性靶点,运用Cytoscape软件、BisoGenet插件构建中药-活性成分-靶点多维网络及小青龙汤-变应性鼻炎蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,运用CytoNCA插件、R语言分别进行网络拓扑分析、进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：获得核心药对“麻黄-甘草”,核心活性成分槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芩素、柚皮素等,核心作用靶点NTRK1、MCM2、CUL3、ESR1、TP53等,涉及通路为AGE-RAGE信号通路、KSHV、TNF信号通路、人巨细胞病毒感染、乙肝、IL-17信号通路、Th17细胞分化等。结论：小青龙汤可通过干预AGE-RAGE等信号通路抑制核因子κB核基因表调节基因转录,通过介导IL-17细胞因子调节Th17细胞分化进一步调节Th1/Th2平衡达到抗炎、调节免疫作用。     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗过敏性紫癜的作用机制

目的：基于网络药理学方法探讨玉屏风散治疗过敏性紫癜(HSP)的作用机制。方法：利用TCMSP、Pubchem、Swiss target prediction等数据库平台,对玉屏风散的有效活性成分和有效靶点基因进行检索、收集和筛选。通过Genecards、Disgenet、OMIM数据库查询和挖掘HSP的相关基因和玉屏风散治疗HSP的交集靶点,STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建活性-成分-靶点可视化网络和可视化分析。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：筛选出45个玉屏风散活性成分,212个药物靶点,294个疾病靶点和35个交集靶点,对关键靶点进行蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络构建,涉及的主要基因有肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6、血管内皮生长因子A、白细胞介素-1β、肿瘤蛋白p53、基质金属蛋白酶-9、趋化因子c-c配体2、白细胞介素-10、丝氨酸蛋白酶抑制因子肽酶抑制因子、CXC趋化因子配体8等。GO功能富集分析得到条目数337个,其中生物过程条目284个,分子功能条目35个,细胞组成条目22个。KEGG通路富集分析得到信号通路101条,主要涉及高级糖基化终末产物-受体信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路、脂质和动脉硬化信号通路、疟疾信号通路、白细胞介素-17信号传导通路、TNF信号通路、核因子-κB信号通路等。结论：玉屏风散可能通过多成分、多靶点、多通路治疗HSP。