一起菌痢疫情实验室检测分析

目的查明某校食物中毒事件的原因,为有效控制和处置疫情提供技术支持。方法采集患者粪便、肛拭子、呕吐物;厨师粪便、肛拭子;留样食物和水样进行致病菌检测,对分离的可疑致病菌进行鉴定、药敏试验、PCR毒力基因检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型比较溯源。结果从患者样品中分离出13株宋内志贺菌;经PFGE分子分型证明13株菌为同一带型;所有菌株均带有ipa H基因,11株携带ial基因,3株携带Sen基因,均不带有Set1基因;分离株对磺胺耐药率最高为61.54%。结论结合实验室结果和流行病学调查,可证实宋内志贺菌是引起这次菌痢疫情的病原菌。     

荧光定量PCR和DNA分子分型在菌痢暴发中的应用

[目的]探讨实时荧光PCR快速检测和脉冲肠凝胶电泳（PFGE）分型方法在菌痢暴发流行病学研究中的应用。[方法]采用实时荧光PCR检测技术对一起菌痢患者的24份肛拭增菌液进行快速检测，同时从患者肛拭中分离的5株福氏4型志贺氏菌采用脉冲场凝脉电泳的方法进行了分子分型。[结果]在这一起菌痢疫情中，实时荧光PCR快速检测24份肛拭增菌液．5份阳性，并从PCR阳性的增菌液中分离到5株福氏4型志贺氏菌，而且5株志贺氏菌的脉冲场凝胶（PFGE）图谱显示DNA条带完全一致，具有高度的同源性。[结论]实时荧光定量PCR技术特异性强，灵敏度高，能在采样后数小时内检测到病原菌的DNA，达到快速诊断的目的。PFGE具有分型能力强，重复性好等特点，能直观地判断致病菌的亲缘关系，及时查明暴发流行的传染源从而有效控制疫情的蔓延，在志贺氏菌的分子流行病学研究中具有重要作用。     

一起宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发病原学检测及分子溯源

目的:对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析,并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法:采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便,进行多重病原体核酸检测和分离培养,对分离的宋内志贺菌进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果:56份黏稀样粪便分离...     

福氏志贺菌4c型暴发和散发菌株的脉冲场凝胶电泳分型

目的了解杭州地区福氏志贺菌4c型暴发菌株和散发菌株的分子分型特征。方法对2003和2005年杭州地区的2次食物中毒暴发分离的福氏志贺菌菌株（暴发1和暴发2,菌株数分别为13株和12株）和2005年1例散发腹泻患者分离的福氏志贺菌4c型离株（1株）进行生化鉴定和血清分型,PCR检测侵袭性抗原基因ipaH,改良Kirby-Bauer纸片法检测菌株的耐药谱及脉冲场凝胶电泳（pulse field gel electrophoresis,PFGE）进行分子分型。结果暴发1中分离的13株菌株均为福氏4c型,但检测的6株菌株间的PFGE图谱存在着相当的差异,Dice系数为0．78至0．92。暴发2中分离的菌株有10株福氏4c型和2株福氏x型,所有菌株的PFGE图谱几乎完全一致。暴发2分离株和暴发1的部分分离株可能存在着一定相关性（Dice系数大于0．8）,而散发菌株与2起暴发的绝大部分菌株间的距离较远（Dice系数小于0．8）。暴发1、暴发2的分离株和1株散发菌株对14种抗生素的耐药谱略呈差异,暴发2中分离的福氏4c型和x型菌株的耐药谱一致。结论PFGE能够很好地辨别福氏志贺菌4c型的两起暴发菌株和1株散发菌株。福氏志贺菌4c型菌株具有易变性,可在暴发流行过程中产生PFGE图谱的差异、血清亚型的转换、耐药谱的变化等。     

一起由宋内志贺菌引起的寄宿学校细菌性痢疾暴发病原学和流行病学分析

目的 对安徽省阜阳市某寄宿学校感染性腹泻暴发开展流行病学调查与病原学分析,为有效控制和处置疫情提供科学依据。方法 根据病例流行病学特征对2017年9月13-15日发病病例溯源假设进行检验,采集患者和厨师粪便、肛拭子、水样和食堂食品等进行致病菌分离与检测,对可疑致病菌进行生化鉴定、毒力基因检测、药敏试验、PFGE和多位点序列分型。结果 浅水井供水范围内宿舍楼的罹患率（3.41%）高于深水井（0.98%）,差异有统计学意义（χ²=17.215,P<0.001）。从患者样品中分离到16株宋内志贺菌,均携带ipaH基因且不携带set1基因,其中7株携带sen基因和ial基因。16株宋内志贺菌对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、链霉素高度耐药,9株宋内志贺菌对多西环素耐药。16株宋内志贺菌的PFGE带型相似度为100.0%,ST型均为ST152。结论 本次细菌性痢疾暴发的病原为宋内志贺菌,浅水井水可能为感染来源。     

一起细菌性痢疾暴发疫情的病原检测及分子分型

目的:分析引起一起细菌性痢疾暴发疫情的宋内氏志贺菌菌株生化特征、抗生素抗性、毒力基因携带情况,并用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型、了解遗传相关性。方法:对该起疫情中分离的6株宋内氏志贺菌用K-B法进行药敏试验;用PCR方法检测其四种毒力基因携带情况;用XbaI酶切进行PFGE分子分型,结果用BioNumerics软件UPGMA方法进行聚类分析,观察菌株是否为同源株。结果:6株分离株对诺氟沙星、头孢噻肟、头孢噻吩、阿莫西林均敏感,对氨苄西林、庆大霉素、萘啶酸均耐药;6株菌均携带ipaH基因、均不携带set1基因,其中5株携带ial基因,其中3株携带sen基因;经XbaI酶切后产生同种带型,带型之间的相似性系数≥97.6%。结论:宋内氏志贺菌是引发此次疫情的病原,多重耐药,含毒力基因。菌株间遗传关系紧密,来自同一克隆群。     

河南省2011-2014年D群宋内志贺菌病原学监测与分子流行病学研究

目的 分析2011-2014年河南省腹泻患者粪便中分离的216株D群宋内志贺菌毒力基因携带情况、耐药谱及代表性菌株的PFGE指纹图谱特征,为志贺菌病的病原学监测及暴发溯源提供基线数据与方法学参考。方法 采集腹泻患者粪便样本,SS平板分离培养18~24 h,采用克氏双糖铁(KIA)/动力-吲哚-尿素(MIU)与API20E系统进行生化鉴定,利用志贺菌分型血清进行玻片凝集;使用热裂解法制备DNA模板,采用多重PCR鉴定毒力基因种类。根据国际PulseNet细菌性传染病分子分型监测网络公布的宋内志贺菌PFGE分型技术方案进行PFGE分子分型与聚类分析。结果 216株D群宋内志贺菌中,98株为宋内Ⅰ型,118株为宋内Ⅱ型;各菌株均携带不同的毒力因子编码基因,包括SHET-1B、SHET-2、ial、ipaH,具有4种毒力基因组合类型;216株宋内志贺菌均为耐2种以上抗生素的多重耐药菌株,其中耐2~4种为34株(15.7%),耐5~8种为147株(68.1%),耐9~10种为24株(11.1%),耐11种为7株(3.2%),耐13种为4株(1.9%)。100株宋内志贺菌经XbaⅠ酶切与PFGE后共分为31种不同带型,相似度为68.6%~100.0%,各带型包含菌株数为1~13株不等。结论 2011-2014年河南省宋内志贺菌均携带致病性毒力基因,菌株耐药现象比较严重,其PFGE指纹图谱呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与相同的聚集性。     

2006年四川省菌痢暴发疫情分子流行病学分析

目的 了解四川省2006年8起菌痢疫情的传染来源和传播链,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法 分析四川省2006年8起菌痢事件病原菌分子特征、菌痢暴发疫情分离的菌株与菌株之间,各疫情分离的菌株之间的遗传相关性;用PCR检测侵袭性质粒H抗原(ipaH基因)、志贺肠毒素1(Shigella enterotoxin 1,SET1)、志贺肠毒素2(SET2)、志贺菌增殖和侵袭相关的毒力基因(ial基因);脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分子分型,以BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 8起菌痢疫情的20株痢疾SET2、ial、ipaH基因均为阳性,所有菌株的SET1基因均为阴性.对20株菌以Xba Ⅰ酶切后PFGE可分为4个型别.结论 同一暴发疫情分离菌株的PFGE型别相同,暴发疫情分离菌株都存在侵袭性致病大质粒;提示不同时间地点暴发的四川2006年8次暴发疫情可能有共同的传染来源;同一疫情来自相同的污染源;具有地区流行株的特性,应该加强监测,以控制进一步的暴发、流行.     

一起斯坦利沙门菌暴发疫情快速检测诊断分析

目的为快速查明2019-06攀枝花市1起疑似食源性疾病暴发疫情致病因子并追踪溯源,为患者救治、事件处置及疫情防控提供技术支持。方法根据流行病学和卫生学调查信息,采集2019年6月攀枝花市1起疑似食源性疾病暴发疫情可疑食物、厨房相关样本、厨师和患者肛拭样进行致病菌分离鉴定,运用实时荧光定量PCR(RT-PCR)进行可疑株快速鉴定,对分离病原应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术进行溯源分析,运用MIC法进行耐药性分析。结果 2019-06攀枝花市1起疑似食源性疾病暴发疫情2份可疑食物样品(同批号的生牛排和熟牛排)及14份肛拭样(厨师2份,患者12份)检出斯坦利沙门菌,16株分离菌株PFGE带型完全一致。耐药结果显示仅有1例病人分离菌对四环素、奈啶酸耐药,对环丙沙星中度敏感,其余菌株对所测药物均敏感。结论本次食源性疾病暴发事件是斯坦利沙门菌污染食品所致。     

一起不典型症状宋内志贺菌暴发疫情的实验室诊断

目的分析本实验室对1起由宋内志贺菌引起的不典型临床症状、疑似不明原因发热暴发疫情的实验室检测过程,为类似事件的实验室诊断提供参考。探讨通过增菌前后Ct值变化,荧光PCR用作病原菌确诊方法的可能性。方法采用总大肠菌群酶底物法测定总大肠菌群和大肠埃希菌,常规培养法和荧光PCR法测定患者咽拭和肛拭样品以及水样中病原微生物,用MIC法对分离菌株进行体外药敏试验。结果 10份饮用水中6份总大肠菌群和大肠埃希菌,不符合GB5749-2006的要求。常规培养9份肛拭均检出宋内志贺菌,而10份水样均未检出肠道致病菌。荧光PCR结果 9份肛拭和5份水样检出志贺菌核酸,5份水样增菌后Ct值较增菌前有明显下降。肛拭中分离的9株菌对青霉素类抗生素中的阿莫西林、哌拉西林、替卡西林100%耐药,对磺胺类、β-内酰胺类、头孢菌素类(1-4代)、氨基糖苷类等存在不同程度耐药。结论实验室应用指标菌检测、常规培养和荧光PCR技术,48 h即找到引起疫情暴发的原因,为疫情的控制提供了及时科学的依据。药敏试验为患者治疗提供了正确的药物选择依据。