应用SELDI-TOF-MS蛋白质芯片技术筛选肝细胞性肝癌血清标志物的研究

目的:应用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)和蛋白质芯片检测肝细胞性肝癌患者血清蛋白质指纹图谱,筛选特异性候选标志物。方法:应用SELDI-TOF-MS蛋白质芯片技术检测50例肝细胞性肝癌患者和50例性别、年龄匹配的正常健康人血清,获得WCX2蛋白质芯片蛋白表达图谱。用BioMarkerWizard软件分析差异蛋白并经数据库搜索初步鉴定。结果:应用弱阳离子交换芯片(WCX2类)在未经治疗肝细胞性肝癌患者、经介入治疗后的肝细胞性肝癌患者和正常人血清中检测到在不同质荷比处有7个差异蛋白质峰,其蛋白质含量差异有显著性(P<0.01)。经蛋白质数据库搜索,与这七种差异蛋白质分子量最接近的蛋白质分别为:Galanin相关肽、Pro-neuregulin-4蛋白、小诱导细胞因子A15前体、9kDa蛋白、CSL型锌指包涵蛋白1、线粒体铰链蛋白、Actin相关蛋白。结论:应用SELDI-TOF-MS筛选肝细胞性肝癌患者血清特异性生物标志物的方法快速、有效,操作自动化,检测到的这7个差异蛋白质可能是肝细胞性肝癌患者血清特异性生物标志物。     

SELDI-TOF-MS技术在非小细胞肺癌中的应用

表面增强激光解析离子化飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术是一种使用特殊的增强表面直接捕获待测样本中的蛋白质分子,然后经激光解析离子化．飞行时间质谱测定被捕获的蛋白质的相对分子量、丰度的新兴技术。目前该项技术已经成功应用于前列腺癌的诊断、子宫良恶性肿瘤的鉴别等方面。SELDI-TOF-MS技术通过寻找肿瘤病人相关的特异性蛋白用于对非小细胞肺癌的早期诊断,指导治疗及预测预后等方面具有很好的应用前景。     

多维色谱-质谱联用技术分析胰腺癌血清差异表达蛋白

目的：探讨胰腺癌患者血清和健康人血清之间蛋白质的差异表达,寻找特异性的肿瘤生物标志物。方法：应用多维色谱-基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）方法,检测23例胰腺癌患者和30例健康人血清蛋白质谱图表达。结果：与健康人血清比较,胰腺癌患者血清谱图中显示1个特异性蛋白质峰明显增高,相对分子质量为5734D,其特异性和敏感性高。结论：人胰腺癌血清特异性蛋白质的发现,对进一步研究肿瘤发生机理及其临床特异性生物标志物的检测等具有重要意义。     

应用SELDI-TOF-MS技术筛选肺腺癌患者血清诊断标志物

目的 探讨肺腺癌患者及正常人血清中蛋白质质谱的不同,筛选出肺腺癌血清诊断标志物.方法 用WCX2蛋白芯片结合表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术,检测24例肺腺癌和10例正常人血清蛋白质谱,筛选出差异表达蛋白质.结果 本实验共检测到86个有效的蛋白质波峰,其中m/z位于分子质量2000～10 000的波峰有78个.筛选出m/z分子质量为8129.55,2022.18,3271.91,3933.44,3504.49,3811.71的6个血清肿瘤标志物.结论 SELDI-TOF-MS技术是寻找肺腺癌血清诊断标志物的有效工具.利用蛋白组学和生物信息学及相关技术,将有利于建立新的疾病诊断模式--蛋白质指纹图谱.     

SELDI-TOF-MS蛋白质芯片技术在消化系统肿瘤中的研究进展

 随着蛋白质组学研究技术的飞速发展，集样品分离、纯化、检测和数据分析于一体的SELDI蛋白质芯片技术成为蛋白质组学研究的有力工具，在肿瘤的诊断及防治方面发挥了重要作用。文章就其基本原理、特点及在消化系统肿瘤中的应用作一综述。     

应用SELDI-TOF-MS技术于肺癌中医辩证的初步研究

目的 探讨不同证型肺癌患者血清中蛋白质质谱的差异.方法 用WCX2蛋白芯片结合表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术,分别检测12例气阴两虚肺癌和12例气滞血淤肺癌的血清蛋白质谱,筛选出差异表达蛋白质.结果 共检测到113个有效的蛋白质波蜂,其中m/z位于2 000-10 000的波峰有104个,筛选出m/z为3 952.05、3 772.35、4 170.07、3 679.34、3 156.38、4 293.14的6个血清蛋白质.结论 利用SELDI-TOF-MS技术将有可能建立新的中医肺癌辩证模式--蛋白质指纹图谱.     

应用SELDI-TOF MS技术分析肝癌血清差异表达蛋白

目的应用蛋白质组学技术分析肝癌血清中差异表达蛋白的临床意义。方法应用表面加强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术，对肝癌、肝硬化、慢性乙型肝炎及健康对照组血清蛋白质进行检测，应用Ciphergen公司软件对蛋白质波谱进行分析。结果质荷比(m／z)为11492．92的蛋白质波峰强度仅肝癌组明显增强，与患者的肝功能、AFP等均无相关性。以波峰的信号噪声比(S/N)大于5为标准，该蛋白质诊断肝癌的灵敏度为50.8％，特异性为95．6％。结论质荷比(m／z)为11492．92的蛋白质可能是肝癌的生物学标志物，对AFP阴性患者的实验室诊断可能具有辅助作用。     

非小细胞肺癌患者尿蛋白质组差异表达分析

背景与目的筛查非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者尿液中差异表达蛋白,确定可用于NSCLC早期诊断、监测预后和治疗评估的生物标记物。方法分别收集40例已病理证实初诊NSCLC患者、8例肺部良性疾病患者和22例健康志愿者的尿液样本。利用0.9%一维十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dode-cyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,1D SDS-PAGE)技术和MS-Thermo-Orbitrap-Velos质谱分析仪对NSCLC组和非肿瘤组尿液中蛋白质进行分离、提取及识别,鉴定出NSCLC患者尿液中的差异表达蛋白。应用SPSS 20.0软件中受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)分别对其敏感性、特异性进行分析,并进行实验验证,从而确定出与NSCLC相关的生物标记物。结果 NSCLC患者组和非肿瘤组尿液差异性表达蛋白质集中表现在90 k Da、60 k Da和20 k Da-30 k Da凝胶条带中。在NSCLC患者尿液蛋白分析中发现了4种与NSCLC相关的差异表达蛋白,包括上调蛋白LRG1、CA1和下调蛋白VPS4B、YWHAZ。这4种差异表达蛋白作为独立的NSCLC生物标记物其敏感性较低:LRG1蛋白敏感性83.0%(25/30)、特异性90.0%(18/20);CA1蛋白敏感性60.0%(18/30)、特异性90.0%(18/20);VPS4B蛋白敏感性73.3%(22/30)、特异性90.0%(18/20);YWHAZ蛋白敏感性60.0%(18/30)、特异性95.0%(19/20)。而采用蛋白质组合模式对NSCLC进行筛查、诊断,则其敏感性和特异性分别可高达96.7%(29/30)和85%(17/20)。结论 LRG1、CA1蛋白在NSCLC患者尿液中高表达,而VPS4B、YWHAZ蛋白呈低表达,差异表达蛋白均提示有可能成为用于NSCLC早期筛查、监测预后和治疗评估的生物标记物。LRG1、CA1、VPS4B和YWHAZ尿液蛋白作为单一生物标记物应用于NSCLC筛查和诊断的敏感性较低,而采用蛋白质组合模式明显优于独立模式对NSCLC的筛查和诊断,故蛋白质组合模式在临床诊疗中将更具有良好应用价值和前景。     

应用SELDI-TOF-MS蛋白质芯片技术筛选正常和肝癌小鼠血清差异蛋白

[目的]应用蛋白质芯片及表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术筛选正常和肝癌小鼠血清差异蛋白。[方法]采用小鼠肝癌细胞株Hepa1-6建立小鼠肝癌模型．分别于接种肝癌细胞后5d、10d、20d处死小鼠,测量肿瘤体积,分离血清,采用弱阳离子蛋白质芯片CM10及SELDI-TOF—MS技术．对正常和肝癌小鼠血清进行蛋白质谱分析。采用BioMarkerWizard软件分析差异蛋白．并经数据库搜索分子量接近的蛋白。[结果]质谱分析共检测出181个蛋白峰．获得13个差异蛋白．其中6个蛋白在肝癌模型小鼠血清中高表达,随肿瘤体积的增大而逐渐升高．7个蛋白在肝癌模型小鼠血清中低表达。随肿瘤体积的增大而逐渐降低。经蛋白质数据库搜索．有14个蛋白的分子量与这些差异蛋白的分子量最为接近。[结论]检测到的13个差异蛋白质可能是肝癌血清特异性生物标志物。     

食管鳞癌中差异表达的lncRNA的筛选及分析

目的:筛查及分析食管鳞癌中长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA的差异表达谱,以及这些差异lncRNAs的功能、互作分子.方法:通过对3对食管鳞癌/癌旁组织的基因芯片筛选及生物信息学分析,预测这些差异表达的lncRNAs潜在靶点、通路,及其与临近编码基因、转录因子的相关性.结果:按FC 值≥2.0且P值≤0.05的标准,共筛选得到癌及癌旁组织差异表达的lncRNA 182个,mRNA 108个,GO聚类和KEGG分析发现差异lncRNAs潜在靶标基因与细胞周期调控、细胞分化、细胞外基质等活性密切相关,进一步生物分析得到lncRNA NONHSAT015779、NONHSAT08197、NONHSAT112918和NONHSAT115190等17个lncRNAs可能与食管鳞癌发生发展密切相关.结论:与癌旁组织相比,lncRNAs在食管鳞癌组织中显示不同的表达模式,这些差异表达的lncRNAs可能在食管鳞癌发生和发展中发挥重要作用.     

应用IMAC3蛋白芯片分析食管鳞癌患者血清蛋白质谱的变化

背景与目的:血清蛋白指纹图谱技术有助于筛选与食管上皮癌变相关的分子变化。本研究通过比较食管鳞癌患者与正常对照血清蛋白表达谱的差异,筛选食管鳞癌相关血清蛋白标志物并建立诊断模型,同时探讨其在食管鳞癌血清学诊断中的意义。方法:收集68例食管鳞癌患者和44例正常对照的血清,其中建模型组90例(55例为食管鳞癌,35例为正常对照),盲法筛选组22例(13例为食管鳞癌,9例为正常对照)。采用固定金属亲和表面(immobilized metalaffinity capture,IMAC3)芯片,经表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)测定得到蛋白质谱,通过Biomarker Wizard软件比较两组人群的血清蛋白质谱的差异,经生物信息学分析得到决策树模型并进行盲法验证。结果:在质荷比(m/z)1.5～20ku范围内,共检测到78个有效蛋白峰,其中25个峰差异有统计学意义(P<0.001)。对建模型组的蛋白质谱数据,通过1000次随机抽样,得到1000个决策树。结合3倍交叉证实方法,构建了"食管鳞癌-正常对照"分组诊断的20个决策树模型。用这20个决策树来对22个盲法筛选样本进行归类预测,预测正确的样本为18个,盲法验证的灵敏度为92.31%,特异度为66.67%。结论:应用SELDI-TOF-MS技术可以筛选出食管鳞癌相关的血清蛋白标志,建立的决策树模型可以对食管鳞癌做出较为准确的预测判断。     

No role for human papillomavirus in esophageal squamous cell carcinoma in China

Certain regions of China have high rates of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC). Previous studies of human papillomavirus (HPV), a proposed causal factor, have produced highly variable results. We attempted to evaluate HPV and ESCC more definitively using extreme care to prevent DNA contamination. We collected tissue and serum in China from 272 histopathologically‐confirmed ESCC cases with rigorous attention to good molecular biology technique. We tested for HPV DNA in fresh‐frozen tumor tissue using PCR with PGMY L1 consensus primers and HPV16 and 18 type‐specific E6 and E7 primers, and in formalin‐fixed paraffin‐embedded tumor tissue using SPF₁₀ L1 primers. In HPV‐positive cases, we evaluated p16^INK4a overexpression and HPV E6/E7 seropositivity as evidence of carcinogenic HPV activity. β‐globin, and thus DNA, was adequate in 98.2% of the frozen tumor tissues (267/272). Of these, 99.6% (95% confidence interval (CI) = 97.9–100.0%) were negative for HPV DNA by PGMY, and 100% (95% CI = 98.6–100%) were negative by HPV16/18 E6/E7 PCR. In the corresponding formalin‐fixed paraffin‐embedded tumor specimens, 99.3% (95% CI = 97.3–99.9%) were HPV negative by SPF₁₀. By PGMY, 1 case tested weakly positive for HPV89, a noncancer causing HPV type. By SPF₁₀, 2 cases tested weakly positive: 1 for HPV16 and 1 for HPV31. No HPV DNA‐positive case had evidence of HPV oncogene activity as measured by p16^INK4a overexpression or E6/E7 seropositivity. This study provides the most definitive evidence to date that HPV is not involved in ESCC carcinogenesis in China. HPV DNA contamination cannot be ruled out as an explanation for high HPV prevalence in ESCC tissue studies with less stringent tissue procurement and processing protocols.     

OGT蛋白在食管鳞状细胞癌中的表达及其临床意义

目的:探讨OGT蛋白在食管鳞状细胞癌（ESCC）组织中的表达及其与临床病理的关系。方法:收集66例ESCC组织标本及其癌旁组织标本,免疫组化法测定OGT蛋白的表达。结果:OGT在ESCC组织的表达明显高于癌旁组织(P<0.05),OGT的高表达与TNM 分期、病理分级相关(P<0.05),而与性别、年龄及淋巴结转移无相关性(P>0.05)。结论:OGT在食管癌组织中表达增高,提示OGT的异常高表达在食管癌的发生发展中起重要作用。     

人食管鳞状细胞癌中miR-424的差异表达及生物信息学分析

目的:探讨hsa-miR-424（miR-424）在人食管鳞状细胞癌发生发展机制中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测总结分析,为最终研究miR-424的功能提供有利的线索。方法:通过实时荧光定量PCR方法,检测食管鳞状细胞癌患者石蜡标本和癌旁组织,以及人食管鳞状细胞癌细胞株kyse520、kyse410和正常人食管上皮细胞系Het-1A中miR-424相对表达水平。应用MIRDB、miRanda、Target Scan三种在线工具预测miR-424的靶基因,取三者预测结果的交集,并结合DIANALAB-TarBase7.0数据库和miRTarBase数据库两个已经实验证实的基因数据库,确定miR-424的靶基因范围。最后通过使用在线数据库metascape对has-miR-424预测的靶基因集合进行基于GO、KEGG数据库的功能注释分类和通路富集分析。结果:miR-424在食管癌细胞系kyse520和kyse410中的表达显著高于正常食管上皮细胞系Het-1A的表达（P＜0.01）。与对应的癌旁组织相比较,鳞癌组织中miR-424的表达均显著增高,其中,约77.8%(56/72)的患者癌组织中miR-424的表达较癌旁组织上调了超过50%。miR-424在物种进化上具有高度保守性,其靶基因功能主要集中在调控细胞生长、增殖和正负向调控细胞凋亡;参与蛋白质脱磷酸和泛素化,组蛋白修饰和甲基化,DNA损伤修复等生物学过程（P＜0.01）。主要参与的信号通路有p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和酪氨酸激酶信号通路（P＜0.01）。结论:miR-424在食管鳞状细胞癌中是高表达状态,提示miR-424可以作为癌症促进子参与食管癌的发生发展。     

The Expression of RECK mRNA and Protein in Esophageal Squamous Cell Carcinoma and Its Clinical Significance

目的:探讨食管鳞癌组织中RECK mRNA和蛋白的表达情况及其与临床病理因素的关系。方法:应用RT-PCR和免疫组化SP法检测62例食管鳞癌组织、31例癌旁不典型增生组织及62例正常食管粘膜组织中mRNA和蛋白的表达。结果:在食管鳞癌癌变过程中RECK在癌组织、癌旁不典型增生组织及正常粘膜组织中mRNA的含量依次增高,分别为1.052±0.078、1.274±0.235、1.306±0.121,组间比较有明显差异(F=49.936,P<0.05);不同分化程度、不同浸润深度及有无淋巴结转移的食管鳞癌组织之间RECK mRNA相对含量差异均有统计学意义(F=5.081,F=26.084,U=24.011,P均<0.05)。食管鳞癌组织及癌旁不典型增生组织中RECK蛋白表达均低于正常粘膜组织,表达量分别为59.7%(37/62)、71.0%(22/31)、85.5%(53/62),组间比较有明显差异(χ2=10.331,P<0.01);食管鳞癌组织中RECK蛋白表达与癌组织的分化程度、不同浸润深度及有无淋巴结转移密切相关(P<0.05)。结论:食管鳞癌组织中RECK mRNA和蛋白表达均降低,其低表达可能与食管鳞癌发生有关。检测RECK mRNA及蛋白的表达可望成为食管鳞癌早期诊断和判断预后的分子指标之一。     

食管鳞癌患者血清细胞质胸苷激酶表达的临床研究

目的：探讨食管鳞癌患者血清细胞质胸苷激酶（TK1）的表达水平及其与临床特征的相关性。方法：选择具有完整临床病理及随访资料结果的50例食管鳞癌患者,采用增强化学发光法（ECLA）检测其血清TK1的表达水平,同时随机检测50例健康体检者（正常对照组）血清TK1的含量。对患者术前、术后1周及术后1月TK1水平进行监测。结果：截止2012年3月31日,人组50例食管鳞癌患者均存活,5例出现局部区域复发。尚未发现远处转移患者食管鳞癌组TK1水平[2.35（1.24—3.75）pm／L],显著高于正常对照组[1.06（0.58—1.26）pm／L]（P〈00.5）,食管鳞癌患者术前TK1水平[2.35（1.24—3.75）pm／L]高于术后1周组[2.05（1.15—2.87）pm／L]、术后1月组[1.35（0.76—1.86）pm／L],差异有统计学意义（P〈0.05）。影像学或内镜确诊患者复发前均发现TK1水平动态上升。结论：血清TK1检测在食管鳞癌的早期诊断、疗效监测、判断预后等方面具有一定的临床应用价值。     

Decreased expression of WWOX in the development of esophageal squamous cell carcinoma

The WW domain‐containing oxidoreductase (WWOX) gene, located on chromosome 16q23.3–24.1 in the region recognized as the common fragile site FRA16D is considered to be a tumor suppressor gene involved in various carcinomas. The present study was to investigate the alterations of WWOX expression and its correlation with polymorphism, the level of WWOX loss of heterozygosity (LOH), and methylation status in esophageal squamous cell carcinoma (ESCC). Immunohistochemistry and RT‐PCR methods were used, respectively, to examine the protein and mRNA expression of WWOX in ESCC tissues. PCR‐RFLP, PCR‐SSLP, and MSP approach were used, respectively, to detect polymorphisms of rs3764340, rs2548861, and rs1079635 site, the level of LOH, and WWOX methylation status. Family history of upper gastrointestinal cancer (UGIC) significantly increased the risk of developing ESCC. Protein and mRNA expression of WWOX was reduced in ESCC tumor tissues and was associated with LOH and hypermethylation of the gene. The G allele of rs3764340 significantly elevated the risk of developing ESCC and was associated with TNM stage. LOH at the WWOX loci was observed in 41.4% tumors. The hypermethylation of promoter and exon1 of WWOX was found to be occurred in dysplastic tissues and the methylation frequency of WWOX in ESCC tumor tissues was significantly higher than that in corresponding normal tissues and was associated with UGIC family history. In all, these results indicate that the WWOX gene may play an important role in the development of ESCC especially in individuals with UGIC family history. © 2011 Wiley Periodicals, Inc.