沙棘籽渣黄酮诱导人乳腺癌细胞凋亡相关基因的表达谱变化

背景与目的:研究显示,沙棘含有多种黄酮类化合物,具有抗氧化、防辐射等作用。cDNA基因表达谱芯片技术具有高通量、高效、快捷的特点,本实验拟利用cDNA基因表达谱芯片研究沙棘籽渣黄酮(flavonoidsfromseedresiduesofHippophaerhamnoidesL.,FHR)诱导人乳腺癌细胞Bcap鄄37凋亡相关基因的表达谱变化。方法:抽提FHR作用前后的Bcap鄄37细胞总RNA,经逆转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与含有13824个cDNA基因的人14K基因表达谱芯片杂交,利用Genespring软件分析实验组和对照组之间差异表达的基因,对所获得的基因进行生物信息学分析。结果:实验组与对照组中表达上调的基因有305条,表达下调的基因有361条。差异表达的与细胞凋亡相关的基因有32条,占芯片基因总数的0.23%,其中表达上调的有25条(平均Ratio值为3.071),下调的有7条(平均Ratio值为0.418)。生物信息学分析表明,FHR在对Bcap鄄37细胞作用的过程中,该32条差异表达基因与Bcap鄄37细胞凋亡有关,其中包括CTNNB1、TSSC3、IGFBP4、IGFBP6、GADD34、TNFRSF10B、Caspase鄄9和PCNA等。结论:FHR诱导Bcap鄄37细胞凋亡的机制是由多基因协同,并通过胞内和胞外信号转导途径共同调节完成。     

乳腺癌相关基因差异表达分析

目的:分析乳腺癌与正常乳腺组织中癌基因、抗癌基因的差异表达,为乳腺癌发生的分子病因学提供线索.方法:选择288条已知人肿瘤相关基因制备寡核苷酸探针芯片,提取16例乳腺癌与相应正常乳腺组织mRNA,通过逆转录制备荧光标记的cDNA探针并与芯片杂交,经扫描获取图像,计算机分析两组表达差异.Cy3/Cy5＞3.5为表达显著性增高;Cy3/Cy5＜0.25为表达显著性降低.结果:16例乳腺癌组织与对照组比较,共有84条基因表达存在差异,表达显著性上调的6条,显著性下调的4条.结论:乳腺癌组织与正常乳腺组织相比,存在部分差异表达的基因,乳腺癌的发生与这些基因表达差异密切相关.     

胃癌患者原癌基因和抑癌基因的表达谱研究

目的：用基因表达谱苡片对人正常胃和胃癌组织原癌和抑癌基因表达的差异进行研究比较。方法：利用胃和胃癌组织的mRNA通过逆转录方法，将Cy3和Cy52种荧光分别标记到2组cDNA上制成探针，然后和表达谱芯片进行杂交后扫描，通过计算机分析判定2种基因是否在上述组织中存在差异表达。结果：在195条原癌及抑癌基因中，存在差异表达的共13条，表达上调的6条（0.071%)。表达下调的7条（0.083%)。结论：认为应用这种方法识别出的2种基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值。     

抗癌生物活性肽对BGC-823 细胞基因表达的影响*

目的:利用基因芯片技术分析一种新型抗癌生物制剂- 抗癌生物活性肽对人胃癌BGC-823 细胞的基因表达谱调控的影响,并对部分差异表达基因进行RT-PCR 检测,从而验证芯片的有效性。方法:订制表达谱芯片,分别将400 条和648 条人类基因的PCR 产物点样于特殊处理后的玻璃片上制备基因表达谱芯片。以加入不同浓度抗癌生物活性肽及处理不同时间的BGC-823 细胞为实验组,以生理盐水处理的BGC-823 细胞作为对照组,当确定最佳作用时间及抗癌生物活性肽有效作用浓度后,分别提取实验组与对照组细胞的总RNA,反转录成cDNA ,以两种荧光素Cy5 和Cy3 标记后作为探针,与制备好的表达谱芯片进行杂交,以生物信息学方法进行数据的处理和分析,并将其中的差异表达基因p15和HSP 701B 进行RT-PCR 的验证。结果:两张芯片上差异表达的基因共47个,其中上调27个,下调20个。这些基因按照功能分类涉及细胞周期、代谢酶、免疫相关、细胞凋亡、抑癌基因等类别,包括HSP 701B、HSP 75、HSP 90、磷脂酶D2（PLD 2）、凋亡抑制基因（IEX-1L）、人类杆状病毒IAP 重复序列3、E2 泛素耦联酶Ubch5c、人类缺氧诱导因子1 α 亚基、γ- 干扰素、TNF 诱导因子、人类黑色素瘤抗原p15基因等。同时RT-PCR 结果验证了芯片的检测的有效性。结论:抗癌生物活性肽具有调控人胃癌BGC-823 细胞基因表达的作用,其中对抑癌基因、热休克蛋白家族基因等有较明显的影响;基因芯片可以为阐明抗癌药物的作用机制提供有力的分子基础。      

肺癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

目的:应用人类14K cDNA基因表达谱芯片筛选肺癌淋巴结转移相关基因,探讨肺癌淋巴结转移发生过程中相关基因群的表达及初步功能.方法:分别抽取肺癌组织和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录方法,制成cDNA链,并以2种荧光Cy5和Cy3标记做探针,与含有14 784条人类14K cDNA基因表达谱芯片进行杂交.以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上2种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出肺癌淋巴结转移组织中差异表达基因,并用RT-PCR实验对部分差异表达基因进行验证.结果:在14 784条基因中,肺癌组织和淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共40条,有21条基因出现显著表达上调,19条基因出现显著表达下调.经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致.结论:肺癌淋巴结转移发生过程中有多基因的参与,肺癌组织与淋巴结转移组织共同差异表达的40条基因可能与淋巴结转移的发生、发展有关.     

人胃腺癌BGC823细胞Midkine高表达前后基因表达谱芯片分析

目的：用基因芯片技术分析、筛选Midkine高表达前后胃腺癌相关基因谱的差异表达。方法：建立Midkine高表达BGC823胃腺癌细胞系,提取细胞总RNA,逆转录Cy3、Cy5标记cDNA探针,应用晶芯唧表达谱芯片,分析差异表达的基因。结果：发现Midkine高表达前后BGC823胃腺癌细胞有显著性表达差异的基因共有550个,其中上调基因407个,下调基因143个。对550条差异表达基因进行初步功能分类分析,结果表明这些基因与Midkine促进胃腺癌发病机制存在相关性。结论：Midkine高表达前后BGC823胃腺癌细胞部分功能基因存在显著的表达差异,多数差异表达的基因参与细胞黏附、细胞骨架形成、细胞周期以及细胞代谢等过程。     

胃癌患者原癌基因和抑癌基因的表达谱研究

目的 :用基因表达谱芯片对人正常胃和胃癌组织原癌和抑癌基因表达的差异进行研究比较。方法 :利用胃和胃癌组织的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到 2组cDNA上制成探针 ,然后和表达谱芯片进行杂交后扫描 ,通过计算机分析判定 2种基因是否在上述组织中存在差异表达。结果 :在 195条原癌及抑癌基因中 ,存在差异表达的共 13条 ,表达上调的 6条 (0 0 71% ) ,表达下调的 7条 (0 0 83% )。结论 :认为应用这种方法识别出的 2种基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值     

p27kip1高表达乳腺癌细胞株MCF-7基因表达谱的差异分析

目的:利用基因芯片技术筛选p27kip1转染乳腺癌MCF-7细胞的差异表达基因,探讨p27kip1调控肿瘤细胞增殖和细胞周期的分子机制。方法:将含p27cDNA的质粒在脂质体介导下体外转染乳腺癌MCF-7细胞,利用Affy-metrix公司的人类基因组基因芯片U133A分别检测表达p27kip1蛋白和空载体的乳腺癌细胞株的基因表达谱,用生物信息学软件进行比较分析,对差异表达基因进行功能分类。结果:在含22277个基因cDNA的芯片上差异表达的基因有1379条,其中表达谱发生明显变化(2倍以上)的基因173条,占总检测基因的0·78%。157条基因表达明显上升(SLR>1),占总检测基因的0·705%;16条基因表达明显下降(SLR<-1),占总检测基因的0·072%。基因表达差异主要集中在物质代谢、细胞增殖、细胞周期调控、细胞分化与凋亡、免疫反应、信号传导、蛋白转运、调节转录等方面。结论:多基因共同参与了p27kip1抑制肿瘤细胞过度增殖以及促进细胞凋亡的作用。对于p27kip1相关基因群的研究有助于认识p27kip1蛋白在细胞周期调控乃至整个细胞癌变过程中作用的分子机制。     

基因表达谱芯片胃癌差异表达基因的筛选

目的:利用基因表达谱芯片研究胃癌组织中差异表达的基因,从多基因角度研究胃癌发生的分子机制.方法:抽提6例胃癌组织和相应的癌旁组织的总RNA,反转录成cDNA同时进行标记.将标记的cDNA与基因表达谱芯片杂交,经过芯片的扫描和数据处理,分析出胃癌组织和癌旁组织之间差异表达的基因.结果:通过对胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱的比较分析,发现在胃癌组织中表达差异＞2倍的基因共有696个,其中表达上调的基因318个,表达下调的基因378个.差异表达的基因主要参与信号转导、免疫反应和细胞运动等生物学过程.结论:胃癌组织与癌旁组织的表达谱存在较大差异,利用基因表达谱芯片可筛选出胃癌差异表达的基因,从而有利于在临床上对肿瘤的诊断和治疗.     

应用cDNA微阵列芯片筛选胃癌相关基因

目的 :应用cDNA微阵列芯片技术筛选人胃腺癌和相对应正常胃黏膜间的差异表达基因。方法 :将 8192条人类基因PCR产物按微阵列排列点样于化学涂层的载玻片上 ,即制成cDNA微阵列芯片 ;抽提胃腺癌和相对应正常胃黏膜组织的RNA并纯化mRNA ;将等量的胃腺癌和相对应正常胃黏膜组织的mRNA分别逆转录合成荧光分子标记的cDNA做探针 ,混合后杂交上述cDNA微阵列芯片 ;经严格洗片后扫描芯片荧光信号图象 ,计算机分析后比较 2种组织中差异表达的基因。结果 :在 8192条基因中 ,共有 3 2 7条基因在胃腺癌和相对应正常胃黏膜组织间差异表达 ,其中 179条基因下调 ,14 8条基因上调。结论 :胃腺癌发生过程中有多基因的参与 ;cDNA微阵列芯片技术是筛选人胃腺癌相关基因的有效方法。     

胃癌及癌前病变差异表达基因的初步研究

目的:寻找胃癌、癌前病变中差异表达的基因,以确定胃癌发生前胃粘膜的分子变化方法:应用荧光mRNA差异显示技术分析胃癌(3例)、癌前病变(3例)和正常胃粘膜(3例),鉴别并分离差异表达的基因片段,进行PCR再扩增将扩增的cDNA片段克隆后测序,测序结果提交GenBank,经BLASTN软件检索以进行同源性分析.差异条带经Northern印迹验证.结果:发现2个差异表达的cDNA片段,1个在正常组织和癌前病变中高表达的cDNA片段在GenBank数据库中未找到同源序列,获得GenBank登陆号CB833297,并由UNIGENE基因库收录,为新基因片段.另1个在正常胃粘膜组织中高表达的cDNA片段,在GenBank数据库中与RP11-315A19克隆高度同源,但其功能目前尚不清楚.结论:本研究发现的2个在胃癌、癌前病变及正常胃粘膜组织中差异表达的基因,它们可能参与了胃癌的发病过程.     

全反式维甲酸诱导胶质瘤细胞基因的差异表达

 目的 分析全反式维甲酸诱导胶质瘤细胞所致的差异表达基因,为研究胶质瘤进展的基因通路及机制提供依据。 方法 运用cDNA微阵列技术比较全反式维甲酸处理前后胶质瘤SHG-44细胞（WHO Ⅳ级）的基因表达谱,鉴定与胶质瘤进展相关的差异表达基因。随机选择数个差异表达基因进行Northern杂交以验证cDNA微阵列结果的可靠性。 结果 鉴定出42个差异表达基因,其中表达上调28个、下调14个;按功能有凋亡类、细胞侵袭与转移类、细胞周期与生长调节类、细胞骨架类、细胞代谢类等。 结论 初步揭示SHG-44细胞基因的差异表达,开展对这些基因的研究有可能阐明胶质瘤进展的基因通路及机制。     

基因表达谱芯片筛选宫颈癌放疗抵抗差异表达基因

目的 探讨基因表达谱芯片筛选宫颈癌放疗残留癌组织与放疗前宫颈癌组织的差异表达基因。方法 收集接受根治性放疗的宫颈癌患者3例,分别获取放疗至50 Gy残留癌组织和放疗前癌组织,通过基因表达谱芯片筛选出放疗前后的差异表达基因,应用荧光定量PCR对部分基因进行验证。结果 基因表达谱芯片检测显示,放疗后残留癌组织表达上调3倍以上的基因有111个,表达下调3倍以上基因有127个。这些基因主要涉及DNA损伤修复、细胞周期调控、细胞粘附、细胞凋亡及自噬、细胞能量代谢、血管生成以及细胞信号转导等功能。荧光定量PCR证实CXCL12、CD74、FGF7、COL14A1、ATM和CD44基因在放疗后表达明显上调（P＜0.05）,而PRC1、RAD54L基因在放疗后表达明显下调（P＜0.05）。结论 基因表达谱芯片能筛选出宫颈癌放疗抵抗差异表达基因,为放疗敏感性的研究提供参考。     

应用荧光差异显示法对胃癌及癌前病变相关基因的研究

背景与目的：一般认为胃癌是由癌前病变(慢性萎缩性胃炎、肠化生和不典型增生)逐步发展形成的。mRNA差异显示法是筛选肿瘤发生、发展中差异表达基因的有用方法。在胃癌、癌前病变中寻找差异表达的基因将有助于确定胃癌发生前的胃粘膜组织的分子变化。方法：应用荧光mRNA差异显示技术分析胃癌(2例)、癌前病变(2例)和正常胃粘膜(2例)组织,鉴别并分离差异表达的基因片段,进行PCR再扩增。将扩增cDNA片段克隆后进行测序,测序结果提交GenBank,经BLAST软件检索以进行同源性分析。RT-PCR检测血影蛋白基因在胃癌(7例)、癌前病变(7例)和正常胃粘膜(7例)的表达。结果：发现4个差异表达的cDNA片段,其中3个cDNA片段在胃癌中高表达,1个cDNA片段在正常组织和癌前病变组织中高表达。1个在胃癌组织中高表达的cDNA片段与血影蛋白基因(SPTANl)同源,RT-PCR检测也发现血影蛋白基因在胃癌组织中高表达。另外3个与GenBank中已知的基因序列同源,但其功能目前尚不清楚。结论：所发现的4个差异表达的基因有3个在胃癌组织中高表达,其中SPTAN1基因在胃癌组织的表达比正常胃粘膜及胃异型增生组织表达明显高。     

胃腺癌差异表达基因的cDNA微阵列研究

目的:应用cDNA基因芯片研究筛选人胃腺癌相关差异表达基因, 探讨胃癌发生、发展的分子机制。方法: 运用含18 000个基因克隆的cDNA膜基因芯片,对6 对胃腺癌及正常胃组织标本分别进行杂交检测并对比分析。结果: 6 对人胃腺癌与相对应的胃正常组织相比较,筛选出在3~6 对标本中有2 倍以上改变的基因克隆共有103条(1 条在所有标本中均差异明显),其中胃癌组织表达上调基因56条, 胃癌组织表达下调基因47 条。结论: 人胃腺癌癌变是一个多基因参与的过程, 基因芯片技术是一种快速有效的筛选人胃腺癌差异表达基因的方法。     

mdm2／p53通路相关的乳腺癌差异表达基因分析

目的比较乳腺癌和正常乳腺组织的基因表达差异，探讨与mdm2／p53通路相关的差异表达基因。方法提取11例乳腺癌和将5例正常乳腺组织等比例混合的组织总RNA进行芯片杂交，用SAM软件筛选差异表达基因，用GoMiner软件检索差异表达基因的功能，挑选参与细胞周期和凋亡的基因，通过Pathway分析方法检索与mdm2／p53通路相关的差异基因；用免疫组化方法验证差异基因cyclin A2及其相关基因CDK2在乳腺癌（38例）和正常乳腺组织（16例）中的表达。结果乳腺癌与正常乳腺组织的差异表达基因共548个，其中参与细胞周期的基因有35个，参与凋亡的基因有23个；与mdm2／p53通路相关的差异基因有4个，分别是cyclin A2，cyclin B1，PCNA，YWHAZ；经免疫组化验证的38例乳腺癌和16例正常乳腺组织的cyclin A2表达阳性率分别为42．1％（16／38，和6．25％（1／16）；CDK2表达阳性率分别为47．3％（18／38）和6．25％（1／16），两者均有统计学差异（P〈0．05）；在乳腺癌中cyclin A2与CDK2的表达呈正相关，特别值得一提的是如果以≥2^＋为阳性在乳腺癌cyclin A2为26．3％，CDK2为31．5％，而在正常组几乎看不到≥2^＋的表达。结论乳腺癌组织与正常乳腺组织相比存在着差异表达基因，与mdm2／p53通路相关的差异基因的异常高表达促进细胞增殖，与乳腺癌的发生密切相关，而cyclin A2和CDK2在乳腺癌共表达并明显高于正常组织其意义还不清楚。