CYP3 A5基因检测质控品制备及其应用研究

目的通过构建体外质粒DNA作为质控样品开展他克莫司代谢基因——细胞色素P450 3A5(CYP3A5)基因检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估参评实验室检测能力及存在的问题,提高临床实验室CYP3A5基因的检测质量。方法利用基因工程技术体外构建含CYP3A5*3(rs776746)位点上、下游序列的重组质粒,筛选CYP3A5*3 AA和GG基因型分别作为野生型和突变型样品,两者等比例混合后作为杂合突变型样品,并制备质控样品盘开展室间质量评价。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样品的总体符合率,并分析不同检测方法的符合率和检测错误类型。结果体外构建的重组质粒经Sanger测序验证分别含CYP3A5*3位点野生型和突变型序列。2017年两次室间质评中成绩满分的实验室分别为93.33%(14/15)和100%(17/17)。两次室间质评中,样品检测的总体符合率分别为96%(72/75)和100%(85/85)。荧光分子杂交法检测的样品符合率均为100%; Sanger测序法检测样品符合率为90%(27/30)和100%(40/40)。结论制备的质控样品能够有效监测试剂检测性能,具有良好的适用性。各实验室在CYP3A5*3基因位点检测总体准确率较高,但个别实验室检测能力有待提高。室间质评计划能帮助实验室发现检测中存在的问题,提高检测质量。     

上海地区表皮生长因子受体基因突变检测室间质量评价

目的分析上海地区临床实验室表皮生长因子受体(EGFR)基因突变检测项目室间质量评价(EQA)的总体情况,对存在问题进行分析,以确保检测质量。方法 2016年2次EQA样本盘各包含5份样本,要求各参评实验室在规定时间内将检测结果上传至上海市临床检验中心数据库。依据回报结果计算各实验室的EQA成绩和样本符合率,并汇总阳性样本和阴性样本的总体符合率。结果 2016年2次EQA分别收到25和30份有效回报结果,分别有20(80%)和26(87%)家实验室检测结果完全正确,分别有0(0%)和1(3%)家实验室EQA成绩80分;10份样本的符合率最高为100%,最低为88%;阳性样本和阴性样本的总体符合率分别为95.76%和97.27%;复合突变漏检是样本不符合的主要原因,达50%(5/10)。结论上海地区临床实验室EGFR基因突变检测总体符合率较高,但仍存在问题,复合突变漏检是主要原因;临床实验室应加强质量控制以保证检测结果的准确性。     

乙型肝炎病毒YMDD突变室间质量评价调查品制备及应用

目的制备乙型肝炎病毒(HBV)YMDD突变室间质量评价(EQA)调查品,评估上海地区临床实验室检测HBV YMDD突变的能力。方法筛选HBV DNA5×104 IU/ML的临床样本,经稀释制成含HBV YMDD不同突变类型的样本盘。采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)、高温连接酶反应(LDR)和测序法筛选EQA候选样本,并采用PCR评估样本均匀性和稳定性。2017年2次EQA各制备5份样本,要求参评实验室在规定时间内检测样本并上报检测结果。对回报结果进行分析。结果 2017年2次EQA分别收到12份和10份有效回报结果,66.67%的实验室检测结果完全正确。HBV YIDD、YVDD、YIDD+YVDD和YMDD不同突变样本的检测符合率分别为90.63%、86.36%、77.27%和88.24%。结论制备的调查品均匀、稳定,可用于EQA;部分临床实验室HBV YMDD突变检测能力尚需提高,应加强质量控制以保证检测结果的准确性。     

上海地区遗传性耳聋基因检测室间质量评价

目的通过开展遗传性耳聋基因检测室间质量评价(EQA),评估上海地区临床实验室遗传性耳聋基因检测能力,以提高检测质量。方法 2017年EQA共涉及4个耳聋相关基因的9个突变位点,样本盘包含5个样本,样本类型为干血斑。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测并上报检测结果。计算各实验室成绩、不同样本的总体符合率及不同检测方法的符合率,统计检测错误类型。结果共收到18份有效回报结果。77.78%的实验室回报结果完全正确,5.56%的实验室出现错误结果但总成绩合格,16.67%的实验室成绩不合格。阴性样本(野生型样本)的检测符合率为100%,阳性样本(突变型样本)的检测符合率为93.59%。共出现检测错误10个,错误类型集中表现为假阴性。结论上海地区临床实验室遗传性耳聋基因检测总体准确率较高,质量控制对于保证检测结果的准确性具有十分重要的作用。     

EB病毒核酸检测质控品制备及其应用

目的制备可模拟真实临床标本的EB病毒(EBV)核酸检测质控品用于上海地区临床实验室室间质评,以评估其EBV DNA的检测能力。方法选择整合有EBV基因组的淋巴细胞(NAMALWA)进行培养,收集细胞后观察细胞原液对国内常用商品化试剂盒的适用性,随后用EBV国际标准品对其定值,经血浆稀释制得含有阴、阳性共5份样本的样本盘,随机编码后发送至参加EBV DNA室间质评的临床实验室,并对回报结果进行分析。结果采用不同公司EBV PCR检测试剂盒检测NAMALWA细胞原液,结果全部阳性。EBV国际标准品对NAMALWA细胞原液定值浓度约为2.13×105IU/m L,部分参评实验室出现假阳性和假阴性问题,高浓度样本(105和104IU/ml)的符合率均为100%,低浓度样本(103和102IU/m L)的符合率分别为92%和40%,阴性样本的符合率为90%。重复样本实验室内检测结果的平均变异系数(CV)为4.1%(1.4%~11.3%),实验室间CV为6%;大多数实验室(75%)的检测结果与预期值呈良好的线性相关。结论成功制备可模拟临床标本的EBV PCR检测质控品,并证实其可有效用于临床实验室室间质评。质评结果显示上海地区参评实验室EBV DNA检测质量整体较好,但个别实验室检测能力尚需提高。     

结核病实验室痰检室间质量控制方法及效果评价

目的 掌握结核病实验室痰检室间质量控制(EQA)方法,并对我省2005 EQA实施的效果进行评价.方法 对各市县级实验室结核菌痰涂片开展EQA,省级参比室进行终级质控考核,结果与2002～2004年做比较.结果 我省EQA地区覆盖率已达100%,质控频率为1次/季度;2005年全省复检痰片4 376张,镜检阳性符合率(95.1%)较2002～2004年(99.7%～100%)略有下降,痰片肉眼观察总体符合率较2002～2004年略有下降.但EQA实施期间,2005年各季度的痰片阳性符合率较前一季度都有不同程度的上升(92.6%～97.4%),痰片肉眼观察总体符合率也呈逐季度上升趋势.结论 EQA的双盲法室间质控,可有效地扩大质控范围和质控质量,使室间质控结果更加真实可靠.     

上海地区苯丙酮尿症基因检测室间质量评价

目的通过开展苯丙酮尿症基因检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估参评实验室检测能力,提高检测质量。方法2019年室间质评计划为1年2次,共包含苯丙氨酸羟化酶基因(phenylalanine hydroxylase,PAH)的4个致病变异位点,涉及错义变异和剪接变异2种类型。样本盘包含5支样本,类型为干血斑。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测样本并网络上报检测结果。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率,并分析致病变异位点检测及结果报告错误类型。结果2次室间质评分别收到3份和2份有效回报结果,成绩合格的实验室分别为1家和2家。2次室间质评中,样本检测结果的总体符合率分别为60%(9/15)和100%(10/10)。结果汇总中共出现检测错误6例,错误的类型集中表现为假阴性。剪接变异的检出符合率明显低于错义变异。结论临床实验室在苯丙酮尿症遗传基因致病变异检测及结果分析报告方面能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室发现检测中存在的问题,提高检测质量。     

上海市及其他地区临床实验室B 族链球菌核酸检测室间质量评价分析

目的 通过开展B 族链球菌（group B Streptococcus,GBS）核酸检测室间质量评价计划（简称室间质评）,评价参评实验室检测能力,分析存在的问题,提高检测质量。方法 2021 年GBS 核酸检测室间质评计划为一年两次,每次质评计划样本盘包含4 支由灭活的GBS 培养液稀释而成的不同浓度阳性样本和1 支阴性样本。样本冷链寄送至各参评实验室,并要求其在规定时间内按要求检测并回报结果,依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率。结果 2021 年两次室间质评分别有33 家实验室报名参加,收到有效报告31 份和32 份。所有实验室室间质评成绩均合格,两次结果完全正确的实验室分别有87.10%（27/31）和96.88%（31/32）,样本的总体符合率为97.42%（151/155）和99.38%(159/160)。结果汇总中共出现检测错误5 例,错误类型集中表现为假阴性。结论 各参评实验室GBS 核酸检测能力总体较高,个别实验室检测能力尤其是弱阳性样本检测能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室及时发现问题并持续改进以提高检测质量。     

血浆Septin9基因甲基化检测质控品制备及其应用

目的制备可模拟临床标本的血浆Septin9基因甲基化(mSEPT9)质控品并用于室间质量评价。方法选择Septin9区域已发生/未发生甲基化的HeLa/Jurkat细胞进行培养,收集并抽提细胞基因组DNA,经mSEPT9试剂盒检测,依据检测Ct值用阴性血浆稀释分装成含有不同浓度的质控品,对质控品均匀性和稳定性进行评价后,将5个样品随机编号后发送至参评实验室,分析评价回报结果。结果抽提得到的细胞基因组DNA纯度和浓度均可满足使用需求,且可用作mSEPT9检测的质控品。均匀性和稳定性均符合中国合格评定国家认可委员会对能力验证样品要求。部分参评实验室出现假阳性和假阴性情况,仅有约55.6%实验室的检测结果(Ct值)呈良好线性相关。9家参评实验室中,7家实验室(77.8%)成绩优秀,1家实验室(11.1%)成绩合格,1家实验室(11.1%)成绩不合格。结论成功研制血浆mSEPT9检测的质控品并应用于室间质评,有利于评估并提升临床实验室检测能力。     

结直肠癌Septin9基因甲基化检测质控品制备及其应用

目的制备可模拟临床标本的血浆Septin9基因甲基化(mSEPT9)质控品并用于室间质量评价。方法选择Septin9区域已发生/未发生甲基化的HeLa/Jurkat细胞进行培养,收集并抽提细胞基因组DNA,经mSEPT9试剂盒检测,依据检测Ct值用阴性血浆稀释分装成含有不同浓度的质控品,对质控品均匀性和稳定性进行评价后,将5个样品随机编号后发送至参评实验室,分析评价回报结果。结果抽提得到的细胞基因组DNA纯度和浓度均可满足使用需求,且可用作mSEPT9检测的质控品。均匀性和稳定性均符合中国合格评定国家认可委员会对能力验证样品要求。部分参评实验室出现假阳性和假阴性情况,仅有约55.6%实验室的检测结果(Ct值)呈良好线性相关。9家参评实验室中,7家实验室(77.8%)成绩优秀,1家实验室(11.1%)成绩合格,1家实验室(11.1%)成绩不合格。结论成功研制血浆mSEPT9检测的质控品并应用于室间质评,有利于评估并提升临床实验室检测能力。     

表皮生长因子受体（EGFR）基因突变检测质控品制备及应用

目的　制备模拟临床样本的表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor EGFR）基因突变检测质控品,评估其临床适用性。方法　选择含EGFR 不同突变位点和无EGFR 突变位点细胞,培养收集后制作成蜡卷。用三种临床常用试剂盒检测,并评估其均一性和稳定性。将含不同突变型5 份样本的样本盘,随机编码后发送至参评实验室,评价回报结果。结果　三种不同试剂检测样本盘结果一致。结果显示质控品均匀, 室温放置可稳定12 个月。28 家实验室5 个样本符合率分别为92.88%,96.43%,78.57%,96.43% 和100%,突变型样本和野生型样本的符合率分别为91.07%（102/112）和100%（28/28）。结论　研制的EGFR 基因突变质控品具有较好的临床适用性,可用于室内质量控制和室间质量评价。     

Sanger测序技术在检测肺癌吉西他滨化疗耐药敏感基因CDA中的应用

目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分别采用qPCR法和Sanger测序法检测CDA基因G208A和A79C突变情况,评价Sanger测序法检测的敏感度和特异度。结果 255例ⅢB和Ⅳ期晚期NSCLC外周血样本Sanger测序法和qPCR法检测CDA基因突变的成功率分别为98.04%(250/255)和97.25%(248/255)。以qPCR法为参照,Sanger测序法检测的敏感度和特异度分别为92.50%和99.52%,两种方法检测出的突变分型完全吻合。结论采用Sanger测序法可有效检测耐药基因CDA突变,实现了突变分型,可准确、高通量、高效检测CDA突变位点,为临床NSCLC对吉西他滨用药敏感提供一种有效检测手段。     

荧光聚合酶链反应检测血液标本快速方法的建立及其在ADRB1单核苷酸多态性分型中的应用

目的:建立一种荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测血液标本的快速方法 ,并将其应用到ADRB1(1165GC)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分型检测中。方法:建立可直接利用血液样本进行荧光PCR扩增法,与传统血液样本的基因SNP检测方法不同,本所建立的方法无需进行血液基因组DNA的提取。选取1 051份临床乙二胺四乙酸(ethylene diamine tetraacetic acid,EDTA)抗凝全血样本,利用本研究建立的采用血液标本直接扩增的荧光PCR方法,进行ADRB1的SNP分型,并将分型结果与Sanger测序法这一"金标准"进行对比,评估两者之间的符合率和一致性。结果:本研究建立的方法与传统DNA提取加荧光PCR方法相比,具有较好的扩增性能;与Sanger测序法相比,本研究建立的方法在ADRB1(1165GC)基因SNP分型检测中的总体符合率达到98.98%,Kappa一致性系数达到0.971,具有较高的准确率。结论:与传统方法相比,本研究建立的方法可省略基因组DNA提取步骤,其操作简便、成本较低,且准确率高,适合在基因分型相关临床检验工作中推广和使用。     

湖南省肿瘤标志物项目(体液类)检测质量现状分析

[目的]通过对湖南省各级临床实验室肿瘤标志物(TM)项目(体液类)检测室间质量评价情况与室内质控的数据分析,评估全省实验室该项目分析性能,提高检测结果的准确性、可重复性和可比性,促进实验室质量改进.[方法]对2008年至2012年肿瘤标志物项目(体液类)检测的室间质量评价(EQA)回报数据和室内质控(IQC)回报的相关情况进行分析.[结果]TM项目EQA参评实验室合格率逐年上升;各项目检测试剂分组数据和方法学分组数据经无重复双因素方差分析,不同方法分组各项目统计结果合格率及变异系数(CV)值的组间差异有统计学意义(P＜0.05),不同试剂分组的CV值差异亦有统计学意义(P＜0.05).IQC图回报率均值12.75％,呈逐年上升趋势.[结论]本省TM EQA参评实验室过少,EQA样本的靶值代表性待提高;TM项目EQA的能力验证(proficiency testing,PT)得分和CV均值与实验室选择的检测系统有关;分组测定EQA结果以电化学发光组准确度最好,试剂分组以进口试剂EQA结果精密度较好.全省各实验室应加强室内质量控制工作.     

人乳头瘤病毒16和18型核酸检测用质控品制备及其应用

目的制备可模拟真实临床标本的HPV-16和HPV-18核酸检测用质控品,并用于上海地区临床实验室的室间质量评价。方法分别选择整合有HPV-16和HPV-18 L1基因的宫颈癌细胞系(Siha和Hela)进行培养,收集细胞后用HPV国际标准品定值并分装,对其均匀性和稳定性进行评价,然后将样本盘发送至参评实验室,对回报结果进行分析评价。结果均匀性评价结果显示质控品间均匀性良好,稳定性评价结果表明质控品检测结果随时间延长无明显趋势变化。参评实验室对高浓度样本的检测符合率较高,低浓度样本的检测符合率较低。对于不分型项目,26%参评实验室由于上报假阴性结果导致出错。对于分型项目,不同检测方法的结果间没有显著差异,样本检测出错主要是因为错检或漏检某一亚型所致。结论制备的核酸检测用质控品的均匀性和稳定性良好,可有效用于临床实验室室间质量评价。质评结果显示上海地区参评实验室HPV核酸检测质量整体较好,个别实验室检测能力尚需提高。     

广西地区葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症检测实验室室间质量评价分析

目的分析评价广西地区葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症的实验室检测情况,以提高G6PD检测质量。方法 2015年3月和10月向广西地区197家开展G6PD检测的实验室发放两批冻干品和新鲜血质控品,分别用于定量与定性试剂检测。所有数据通过Clinet EQA网络回报,并按照规定格式上报定量结果,根据各实验室建立的参考范围上报定性结果及方法学、试剂、仪器等相关信息。按照试剂分组,采用Clinet EQA程序、Microsoft Excel 2007软件对各参评实验室检测结果进行统计分析。结果目前该地区G6PD定量试剂盒检测内容、检测单位及同种方法学的参考范围不一致。定量试剂检测G6PD缺乏质控品及正常质控品符合率均为100.0%,定性试剂检测缺乏质控品平均符合率为77.1%。各定量试剂组检测缺乏质控品变异系数(CV)较大,平均CV为17.06%,检测正常质控品CV较小,平均CV为10.10%。第2次室间质量评价各试剂组平均CV(10.81%)均低于第1次(14.89%)。结论通过参加广西地区G6PD室间质量评价计划,能帮助实验室减少误差、改进质量,更好地为G6PD缺乏症高发区的临床诊断服务。     

恶性肿瘤患者UGT1A1基因启动子多态性检测结果分析

目的 应用基因测序技术检测分析UGT1A1基因启动子多态性特点,并探讨UGT1A1*28和UGT1A1*6基因多态性在武汉地区的分布。方法 收集2013年1月～2014年12月武汉大学人民医院肿瘤内科230例肿瘤患者外周血,通过Sanger测序法测定靶片段的基因序列,分析患者UGT1A1基因启动子区TA盒多态性。结果 研究检测的230例肿瘤患者中,TA6/TA6野生型198例(86.1%),TA6/TA7杂合型29例(12.6%),TA7/TA7变异型3例(1.3%)。结论 武汉地区恶性肿瘤患者UGT1A1基因TA6/TA6野生型最常见。     

定量PCR室间质量评价可接受范围的统计分析

经过近几年参加全国临床实验室聚合酶链反应(PCR)测定室间质量评价活动,我们发现当质量评价行样本靶值接近定量检测下限时,参评实验室符合率就很低;而靶值越高,参评实验室符合率就越高.Mancini C等[1]报道一些实验室对检测下限附近的样本(3.00 log IU/mL)准确定量有困难.Raggi CC等[2]也报道28.6%的实验室对最低浓度的样本不能定量.     

上海地区氯吡格雷药物代谢基因检测室间质量评价

目的通过开展氯吡格雷药物代谢基因——细胞色素P450 2C19(CYP2C19)*2、*3、*17位点检测室间质量评价(简称室间质评)项目,评估参评临床实验室的检测能力及存在的问题。方法 2015年2次室间质评样本盘均分为2组,每组各包含5支样本。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测样本并网上上报检测结果。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同位点的总体符合率,并分析检测方法和试剂的符合率。结果 2015年2次室间质评分别收到16份和17份有效回报结果,成绩满分的实验室分别占93.75%和88.24%,CYP2C19*2、*3和*17检测总符合率分别为95.00%、95.00%、100.00%和98.82%、98.82%、95.00%。2次室间质评中,使用自配试剂进行检测的实验室分别占37.5%和35.3%,满分实验室占83.33%和83.33%。使用注册试剂检测实验室成绩为满分的分别占100%和90.91%。结论各实验室在CYP2C19基因各位点检测总体准确率很高,但个别实验室检测能力有待提高。临床实验室的质量控制对于保证检测结果准确性具有十分重要的作用。     

运用高灵敏度COLD-PCR法检测胰腺癌和结直肠癌患者KRAS基因突变

目的 评价COLD-PCR法检测胰腺癌和结直肠癌患者KRAS基因突变的价值.方法 采用COLD-PCR/Sanger测序法与普通PCR/Sanger测序法检测KRAS基因野生型结直肠癌细胞系SW116中混有的KRAS基因突变型和结直肠癌细胞系SW480中的KR4S基因突变,确定两种方法 的灵敏度,并采用两种方法 分别检测20例胰腺癌和39例结直肠癌患者石蜡包埋组织的KRAS基因突变,并评价两种方法 的符合率.结果 细胞系检测结果 显示,普通PCR/Sanger测序法和COLD-PCR/Sanger测序法检测KRAS基因突变的灵敏度分别为1∶20和1∶100(突变型:野生型).COLD-PCR/Sanger法检测20例胰腺癌患者KRAS基因突变率[75%(15/20)]高于普通PCR/Sanger测序法[40%(8/20),x2=5.013,P<0.05];COLD-PCR/Sanger测序法检测39例结直肠癌患者的KRAS基因突变率[44%(17/39)]高于普通PCR/Sanger测序法[31%(12/39),x2=1. 372,P=0.174)].两种方法 检测胰腺癌标本的符合率为65%,但一致性较差(Kappa=0.364,P<0.05);而两种方法 检测结直肠癌标本的符合率为87%,且一致性较好(Kappa=0.730,P<0.05).结论 COLD-PCR/Sanger测序法是一种高灵敏性检测胰腺癌和结直肠癌患者KRAS基因突变的方法 .