用脉冲场凝胶电泳方法对O139霍乱弧菌分型的研究

目的：利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术探讨O139群霍乱弧菌的分子分型方法。方法：用SfiⅠ酶和NotⅠ酶切O139群霍乱弧菌染色体DNA，经脉冲场凝胶电泳进行片段分离。结果：14株O139群霍乱弧菌经SfiⅠ酶切后电泳分离可得一个PFGE型，用NotⅠ酶切电泳可分为2个PFGE型。结论：脉冲场凝胶电泳技术分析O139群霍乱弧菌，分型发现微小差别有助于分析追踪疫情和来源。     

水产品中副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分型

目的 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对水产品中副溶血性弧菌进行分子分型.方法 采用PFGE技术,对80株分离自11个国家和中国浙江省和山东省的水产品中的副溶血性弧菌进行分子分型;基因组DNA用Not I和Sfi I2种酶进行消化.结果 Not I和Sfi I 2种内切酶均得到68种带型,综合系统树图中分成70种带型;Not I和Sfi I的分辨率分别为78.8％和76.3％;14株来自加拿大的菌株分聚成相似度100％的4组,其中有4株菌和10株菌分别聚成相似度91.8％和93.3％的2组;挪威和新西兰分别有3株和2株菌相似度为100％;其他国家的菌株无与本国相同的菌株.结论 2种酶均适合于副溶血性弧菌的PFGE分型,Not I的效果略好于Sfi I;菌株间的亲缘关系与来源地无明显关联,但具有毒性基因的菌株更易在系统发育树上处于较近的分枝上.     

对一起副溶血性弧菌食物中毒的调查研究

目的:分析副溶血性弧菌菌株之间的相关性,提供食物中毒鉴定的实验室依据。方法:7株副溶血性弧菌基因组DNA经Not Ⅰ酶切,标准菌株用Xba Ⅰ酶切,通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱。结果:7株副溶血性弧菌被分为一种脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)图谱,通过分子量分析显示,在100%的相似性水平,7株细菌谱型属于同一个群,且均为食物中毒患者分离株。结论:研究发现脉冲场凝胶电泳分型技术重复性高,在食物中毒分子流行病学研究中有较大的应用前景,为卫生行政部门提供可靠的实验室依据。     

2014年大连市37株副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分析

目的了解2014年大连市食源性疾病主动监测中检出的副溶血性弧菌PFGE分子分型,为建立大连市副溶血性弧菌DNA指纹图谱基因库提供基础。方法对2014年大连市食源性疾病主动监测中分离的37株副溶血性弧菌,用限制性内切酶Sfi I酶切,进行脉冲场凝胶电泳(PFGE),利用Bio Numerics6.6软件对图谱进行聚类分析。结果 37株副溶血性弧菌基因组DNA经Sfi I酶切、PFGE,DNA条带得到有效分离,在20~700 kb产生12~20个条带,共得到21个PFGE型(PT)。经Bio Numerics6.6软件分析分为6个群(A-F群),各群间相似系数为63.6%~82.8%,其中E群为优势群(占70.3%)。结论 PFGE能发现菌株间的亲缘关系,且2014年大连市食源性疾病主动监测中分离到的副溶血性弧菌亲缘关系较近。     

采用脉冲场凝胶电泳和自动化核糖体分型技术分析MPN法分离出的副溶血性弧菌的同源性

目的对15管MPN法分离的78株副溶血性弧菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)和自动化核糖体分型(RP)研究,以确定其同源性。方法EcoRⅠ酶切DNA进行核糖体分型;限制性内切酶SfiⅠ和NotⅠ在50℃和37℃酶切包被的染色体DNA,进行脉冲场凝胶电泳分析,两者的结果均用BioNumerics软件进行聚类分析。结果78株副溶血性弧菌用EcoRⅠ、SfiⅠ、NotⅠ酶切后各产生64、68、71种带型,同一样品中分离的菌株有的带型完全相同,但大部分带型不同,且划分到不同的群中。结论PFGE是一种快速、有力、重复性好的分型技术,而且分辨能力要高于核糖体分型;在今后的溯源研究中,要考虑对可疑食品采用MPN定量法挑取多个菌落进行亲缘关系分析,防止漏检。     

2007年四川省鼠伤寒沙门菌PFGE分型及溯源

目的 用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术.研究四川省2007年鼠伤寒沙门菌分子流行病学,查找沙门菌污染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法 选择Xba I酶对12株鼠伤寒沙门菌全基因组DNA进行酶切,用PFGE对菌株进行分子分型,Bionumerisc统计软件聚类分析.结果 12株鼠伤寒沙门菌用XbaI限制性酶切后,分成5个PFGE图谱类型,其中1个PFGE图谱类型有7株菌株,其指纹图谱的相似性达到100%,该型别占分析菌株的58.33%.其余4个PFGE图谱类型分别有2株菌和1株菌.含7株菌的PFGE图谱型中,源于成都市的菌株4株,攀枝花、自贡和内江市的菌株各1株.结论 PFGE分子分型与流行病学资料紧密结合可增强对鼠伤寒沙门菌食源性疾病的溯源和预警.     

四川省致病性钩端螺旋体脉冲场电泳分型分析

目的建立和应用脉冲场电泳(PFGE)分型技术,研究四川省致病性钩端螺旋体的分子流行病学。方法应用DNA限制性内切酶NotⅠ,对钩体野生株染色体DNA酶切后,用PFGE进行分子分型。利用BiOnurericsV3.0建立数据库和相似性聚类。结果来自四川省不同地区的140株钩体可分为64个PFGE型,菌株相似值在67%～100%之间。同一地区患者和宿主动物分离株有相同的图谱。结论PFGE分型分析可用于钩端螺旋体遗传学分类研究,在分子流行病学研究中有较大意义。     

福建省志贺菌PFGE分型研究

目的了解福建省志贺菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型情况,描述基因群的流行及分布特征,探讨优势血清群的变迁规律。方法收集2005-2010年志贺菌96株,分离自临床患者。选择NotⅠ进行酶切,H9812作为脉冲场凝胶分子量标准。采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,运用BioNumer-ics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度可将34株福氏志贺菌酶切图谱分为27种PFGE型别;将62株宋内志贺菌酶切图谱分为43种PFGE型别。根据TENOVER原则,福氏志贺菌有2个优势基因群G1-G2,宋内志贺菌有4个优势基因群GI-GIV。优势基因群集中分布于7～10月,其他PFGE型别分布比较分散,无明显时间和地区的聚集性。结论福建省志贺菌分子分型呈现多样性,宋内和F4c的某些基因群可能逐渐演变为福建省优势且稳定的志贺菌流行菌株。     

龙岩市水产品中副溶血性弧菌污染状况及分子特征研究

目的了解龙岩市水产品中副溶血性弧菌污染状况及菌株毒力基因携带和分子分型特征。方法 2013年6月-10月分别从福建省龙岩市某2家超市采集鱼、贝壳和海藻等标本,参照GB/T 4789.7—2008分离、鉴定副溶血性弧菌;对副溶血弧菌分离株进行tlh、tdh和trh基因检测;并用限制性内切酶SfiⅠ酶切后进行PFGE分子分型,用Bio Numerics4.0软件进行聚类分析。结果从287份水产品中检出副溶血性弧菌97株,检出率为33.8%,其中贝壳类的带菌率最高,为42.4%;97株副溶血性弧菌tlh基因均为阳性,tdh和trh基因均为阴性。经SfiⅠ酶切后电泳,97株副溶血弧菌分为88个不同的PFGE型。结论龙岩市水产品副溶血性弧菌污染较严重,卫生部门应采取有效措施防止由水产品引起的副溶血性弧菌食源性疾病;PFGE结果显示水产品中分离的副溶血性弧菌分型呈多态性,与水产品种类、采样时间、采样地点没有关联。     

应用脉冲场凝胶电泳分型技术溯源副溶血弧菌食物中毒

目的应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对副溶血弧菌食物中毒进行分析。方法采用限制性内切酶NotⅠ,对一起广州市某餐厅副溶血弧菌食物中毒中30株副溶血弧菌进行PFGE分子分型,用BioNumerics Version4．0软件（复选Dice相关系数和UPGMA方法）进行聚类分析。结果分离的30株副溶血弧菌特异性toxR基因均为阳性,毒力基因tdh阳性,而trh阴性。30株副溶血弧菌PFGE型别相同。结论PFGE分型可揭示人、食品和公用具分离的副溶血弧菌菌株之间的流行病学联系,为疫情溯源提供分子流行病学证据和支持。     

广东省2007年度非伤寒沙门菌监测及病原学特征分析

目的 了解广东省腹泻病患者中非伤寒沙门菌感染情况和菌株的血清型别、分布、耐药性变化.方法 对纳入研究的腹泻病患者进行非伤寒沙门菌检测,对分离到的菌株进行血清分型、药物敏感性试验和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型.结果 2007年度共检测1128份腹泻粪便标本,分离到71株沙门菌,阳性检出率为6.29%;共分得29种血清型,肠炎和鼠伤寒沙门菌居多;大多数沙门菌对常用的头孢类和喹诺酮类抗生素敏感,鼠伤寒沙门菌的耐药率普遍较肠炎和斯坦利沙门菌高;除肠炎沙门菌外,其余的血清型没有同一PFGE型别的菌株;用Xba Ⅰ酶切17株肠炎沙门菌可分为PFGE-XbaⅠ 1～8型,其中PFGE-XbaⅠ 4型为优势型别.用Sfi Ⅰ和Not Ⅰ酶对12株肠炎沙门菌进行再分型,综合用Xba Ⅰ/Sfi Ⅰ/Not Ⅰ三种酶的结果 发现仍有三组菌的PFGE图谱是完全一致的.结论 2007年度广东省非伤寒沙门菌的感染多数为散发病例,头孢类和喹诺酮类抗生素是治疗非伤寒沙门菌感染的首选药物.     

52株O139群霍乱弧菌脉冲场凝胶电泳分析

目的:为探讨宁波市不同地区、不同年份、不同来源的霍乱病原菌之间的分子分型和遗传相关性,研究宁波市霍乱分子流行病学特点。方法:采用限制性内切酶NotⅠ对2004~2006年宁波地区霍乱疫情中分离的52株O139群霍乱弧菌进行脉冲场凝胶(PFGE)分子分型研究。结果:52株O139群霍乱弧菌基因组DNA经NotⅠ酶酶切、PFGE图谱分析,DNA条带得到有效分离,在20~500 KB区间产生约20条带。所有菌株按条带数量和位置的不同分为5个型别。结论:PFGE对来自不同地区、不同年份、不同来源的霍乱弧菌遗传相关性有较好的分辨能力。     

副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的用脉冲场凝胶电泳方法绘制副溶血性弧菌食物中毒分离株的DNA指纹图谱,分析各菌株间的同源性关系。方法 55株食物中毒来源的副溶血性弧菌基因组DNA经限制性内切酶NotI酶切,用脉冲场凝胶电泳方法获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果实验得到55株副溶血性弧菌的DNA指纹图谱,可大致分为30种PFGE图谱。聚类分析显示,在大约90%的相似性水平上,有38株菌的PFGE图谱属于同一个克隆群,为2007-2008年引起闵行区食物中毒的优势流行菌型。结论闵行地区存在遗传谱系密切相关的副溶血性弧菌流行克隆。脉冲场凝胶电泳方法是分析副溶血性弧菌同源性的有效方法 ,有助于追溯传染源。     

深圳市志贺菌脉冲场电泳分子分型分析

目的 分析深圳市2001-2006年分离志贺菌菌株之间的相关性,初步建立志贺菌的脉冲场电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型监测网络.方法 55株志贺菌基因组DNA经Xba Ⅰ酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析.结果 55株志贺菌被分为41种PFGE图谱,聚类分析显示32株细菌谱型属于同一个群,其余菌株谱型差异较大.结论 深圳地区存在遗传紧密相关的志贺菌流行克隆,也存在遗传不相关克隆.PFGE分子分型监测网络的建立,有助于细菌性痢疾的主动监测、暴发调查和传染源追踪.     

实时荧光定量PCR和PFGE在检测海产品中副溶血性弧菌的应用

目的 应用实时荧光定量PCR(RT-PCR)筛检海产品中副溶血性弧菌,结合常规培养以提高检出率;应用PFGE对32株副溶血性弧菌进行分子分型分析。方法 在常规培养的基础上,应用RT-PCR对96件样品增菌液进行初筛,再用常规培养法确证阳性;用阳性似然比与阴性似然比、符合率与Kappa值做为指标,评价RT-PCR筛检的真实性和可靠性;用限制性内切酶 SfiⅠ对32株菌进行PFGE分子分型,用BioNumerics Version 5.01软件对图像进行聚类分析。结果 96件样品常规培养法检出率24.00%,RT-PCR/常规培养法检出率33.33%。阳性似然比为3.88,阴性似然比为0.06。符合率为80.21%,中、高度一致(Kappa值=0.57);32株菌得到31个PFGE图谱类别,相似性在62.1%~100.0%之间,可分5个聚类群。结论 RT-PCR在检测海产品中副溶血性弧菌有很好的初筛作用,RT-PCR /常规培养法使用价值高;海产品中副溶血性弧菌亲缘关系较远,显示高度多态性。     

2013年北京市西城区沙门菌的监测、溯源及PFGE分型

目的用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术,研究本区2013年肠道多病原监测标本中的沙门菌分子流行病学,查找沙门菌污染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法选择XbaⅠ酶对14株沙门菌全基因组DNA进行酶切,用PFGE技术对菌株进行分子分型,Bionumerisc统计软件聚类分析。用Kirby-Bauer法(KB)进行药敏试验,分析沙门菌耐药情况及同源性分析。结果沙门菌用XbaⅠ限制性酶切后,分成14个PFGE图谱类型。虽然表现出较大的遗传多样性,但部分菌株有相关性。14株受试菌株对绝大部分常用的头孢类抗生素敏感,但个别菌株对青霉素类、四环素、复方新诺明、庆大霉素产生了耐药。结论 PFGE分子分型与传统实验室检测技术紧密结合可增强沙门菌的溯源和预警。     

副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分型研究

目的通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型研究在河北省建立副溶血性弧菌DNA指纹图谱基因库，以便将来对不同来源的副溶血性弧菌DNA图谱进行即时比较，确定同源性，进而确定食源性疾病的传染源、传播途径、流行范围等，为从根本上防止食源性疾病的发生提供技术基础。方法对从各类水产品中分离出的副溶血性弧菌NotⅠ进行脉冲场凝胶电泳。结果65株副溶血性弧菌经PFGE方法分型共跑出64个DNA指纹图谱，按照各图谱在聚类图所成的自然类别及亲缘关系的远近，将64个图谱分为11个大的聚类群。并且各群间相似性系数〈56．6％。提示各菌株间亲缘关系较远，同源污染的可能性较小。结论PFGE分型结果与菌株的水产品种类、采样时间、地点都没有任何相关，说明当时当地以及在水产品种类上都不存在流行趋势。     

1997-2010年宁夏回族自治区小肠结肠炎耶尔森菌致病性的基因特征

目的 了解宁夏回族自治区小肠结肠炎耶尔森菌主要毒力基因分布情况和致病性小肠结肠炎耶尔森菌分子分型特征。方法 于1997-2010年在宁夏回族自治区共分离得到283株小肠结肠炎耶尔森菌,用PCR法分析其黏附侵袭位点基因(ail)、耐热肠毒素A基因（ystA）、ystB、黏附素基因（yadA）、毒力活化因子基因（virF）;应用限制性内切酶Not Ⅰ酶切致病性小肠结肠炎耶尔森菌染色体DNA进行脉冲场凝胶电泳(PFGE),利用BioNumerics软件进行聚类分析。结果 209株O∶3、O∶9血清型小肠结肠炎耶尔森菌中ail、ystA、yadA、virF毒力基因阳性,ystB为阴性的占97.6％( 204/209);O∶8血清型和未开展血清分型的菌株5种毒力基因全部阴性;11株O∶5血清型有9株5种毒力基因全部阴性。将致病性菌株进行PFGE分型,根据染色体DNA的Not Ⅰ酶切图谱,将29株O∶3血清型分成12个PFGE带型,包含5株以上的优势PFGE带型有2种。180株O∶9血清型菌株分成13个PFGE带型,包含10株以上的优势PFGE带型有4种,各自是从同一地区猪与家鼠、猪与犬、猪与野兔分离。结论 宁夏地区O∶3、O∶9血清型小肠结肠炎耶尔森菌具有致病性,O∶3逐步成为如今的优势血清型;O∶5、O∶8与血清未分型的菌株无致病性。     

副溶血弧菌脉冲场凝胶电泳技术分子分型分析

目的分析副溶血弧菌菌株之间的相关性,建立深圳市副溶血弧菌的DNA指纹图谱数据库。方法56株副溶血弧菌基因组DNA经NotI酶切,通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果56株副溶血弧菌被分为34种脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）图谱,聚类分析显示,在90%的相似性水平上,28株细菌谱型属于同一个群,其中27株均为食物中毒患者分离株,并各年度均有分离。结论深圳地区存在遗传谱系紧密相关的副溶血弧菌流行克隆。建立DNA指纹图谱数据库为建立分子分型监测网络打下了良好的基础,有助于副溶血弧菌所致食源性疾病的及时主动监测和传染来源追踪。     

2013-2014年大连市食源性疾病主动监测中分离的副溶血性弧菌病原特征

目的了解2013-2014年本地区副溶血性弧菌的病原学特征,为临床用药提供依据;同时与各地优势脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别进行比较,揭示其流行与发展趋势的规律。方法依据GB/T 4789.7-2008进行副溶血性弧菌生化鉴定,同时用荧光定量PCR方法进行复核;采用微量稀释法进行药敏实验;菌株基因组DNA经限制性内切酶Sfi I酶切,用PFGE方法获得电泳图谱,利用Bio Numerics软件对图谱进行同源性分析。结果 88株副溶血性弧菌荧光定量PCR均检出副溶血性弧菌核酸;所有菌株对8种抗生素均敏感;88株菌的DNA指纹图谱可大致分为38种PFGE图谱,经Bio Numerics软件分析分为A~H 8个群,其中F群为优势群。结论荧光定量PCR方法与常规培养法结合是缩短副溶血性弧菌检出时间、提高检出率的有效方法;从大连市患者粪便中检出的副溶血性弧菌对临床常用的8种抗生素尚无耐药情况且亲缘关系较近。