3起GⅡ.17型诺如病毒突发疫情的分子流行病学分析

目的了解3起学校诺如病毒突发疫情的分子流行病学特征,分析诺如病毒疫情的基因型。方法采用实时荧光定量反转录PCR检测标本诺如病毒RNA,阳性标本进行逆转录PCR扩增、电泳、测序和进化树分析。结果 3起学校疫情的17份肛拭子样本中,诺如病毒GⅡ型阳性12份。10株疫情病毒经序列测定和比对,均为GⅡ.17亚型;与来自Gen Bank数据库的GⅡ.17亚型NV参考株相似性均在98%以上;系统发生树上与GⅡ.17基因亚型在一个进化分支上,属于GⅡ.17基因亚型。结论 GⅡ.17型诺如病毒将是今后疾病预防控制机构进行长效监测和防控的重点。     

一起诺如病毒GⅡ.17引起的成人腹泻病原学基因诊断研究

目的针对一起北京市丰台区2014年10月暴发的急性胃肠炎进行病原基因研究,鉴定其病原体,并对其基因分型做进一步分析。方法应用实时荧光定量PCR对疫情中采集的50份样品进行诺如病毒检测,检测后的阳性样本经逆转录RT-PCR扩增,对其产物测序,进行基因数据库比对,应用Mega 5.0软件构建序列进化树分析。结果 50份疫情样品中,诺如病毒阳性18份。阳性样本基因扩增后测序所得序列与基因数据库比对发现,18份阳性样本均为GⅡ.17型,阳性率为36%。结论本次北京市丰台区暴发的急性胃肠炎疫情是由罕见的诺如病毒GⅡ.17引起。     

无锡一起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对无锡一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因进行分型。方法采用荧光定量PCR法对74份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,在阳性标本中取3份病毒样本和1份日常监测检出的诺如病毒Ⅱ型阳性标本,经RT-PCR扩增,然后纯化、测序和进化树分析。结果 74份疫情样本中的17份样本测出诺如病毒Ⅱ型RNA,阳性率23%;其中3株疫情病毒和1株日常哨点医院腹泻病监测所得的Ⅱ型诺如病毒的ORF1-ORF2连接区序列与DNA Data Bank of Japan(DDBJ)中的GII.4参考株Lordsdale病毒(Lordsdale virus,LV)同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.4型。     

一起GI、GⅡ型诺如病毒混合感染疫情的病原鉴定及基因特征分析

目的 对2018年湖州一起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情进行诺如病毒核酸检测及基因分型。方法 采用real-time RT-PCR方法对送检的疫情标本进行GI和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR方法对阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。综合系统进化分析和重组分析结果判定病毒基因型别。结果 送检的8例病例的粪便标本均为诺如病毒核酸阳性。其中5份标本为GI、GⅡ诺如病毒核酸同时阳性,3份标本为GⅡ诺如病毒核酸阳性。8份阳性标本有5份测序成功。系统进化分析结果显示本次疫情检出的GⅡ型诺如病毒为GⅡ. P17-GⅡ. 17基因型,GI型诺如病毒为GI. P4-GI. 5重组株。结论 该起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情是由GⅡ. P17-GⅡ. 17和GI. P4-GI. 5基因型诺如病毒混合感染所致,推测感染来源来自泰国曼谷旅行期间。     

云南省某中学一起诺如病毒暴发疫情的病原鉴定和基因特征分析

目的明确2022年云南省某中学一起急性肠胃炎暴发疫情的病原和基因特征。方法采集这起暴发疫情中的学生和厨工病例的肛拭子, 使用诺如病毒GⅠ/GⅡ双通道核酸检测试剂盒定性检测。GⅠ和GⅡ阳性的样本分别采用引物G1SKF/G1SKR和MON431/G2SKR进行病毒扩增和测序, 通过在线分型工具及系统进化分析确定病毒基因型别。结果共采集58份肛拭子, 实验室检测阳性率为53.45%(31/58)。其中, GⅠ阳性样本22份, GⅡ阳性样本14份, GⅠ和GⅡ合并感染样本5份。31份阳性样本基因测序获得毒株序列22株, 包括诺如病毒GⅠ型15株, 其中GⅠ.6[P6]型9株、GⅠ6.[P11]型6株;诺如病毒GⅡ.4[P16]型7株。结论本起疫情由诺如病毒GⅠ.6[P6]型、GⅠ.6[P11]型和GⅡ.4[P16]型混合感染引起, 这是云南省首次在诺如病毒暴发疫情中检出GⅠ型。     

大连地区在食源性腹泻病例中检出GⅡ.17诺如病毒

目的了解大连地区流行的GⅡ型诺如病毒基因特征及其分布,为预防控制诺如病毒流行提供依据。方法采用荧光定量RT-PCR方法对2015年大连地区哨点医院上送的1 253份食源性腹泻病例粪便标本进行GⅡ型诺如病毒检测,对部分阳性标本进行亚型检测和基因特征分析。结果 1 253份标本中,检出GⅡ诺如病毒20份,阳性率为1.6%,其中8株GⅡ型诺如病毒经ORF1和ORF2连接区扩增和测序,发现5株为GⅡ.17,3株为GⅡ.4。进化树分析发现,本次大连地区检出的GⅡ.17和GⅡ.4分别与2015年韩国株和2015年中国台湾株亲缘关系密切。结论大连地区存在GⅡ.17和GⅡ.4诺如病毒流行,GⅡ.17诺如病毒在大连地区首次被检出。GⅡ.17是否是大连地区的优势流行株,还有待进一步跟踪监测。     

诺如病毒GII.17和GI.3基因型引起急性胃肠炎疫情的病原分析

目的对安庆市某中学暴发的急性胃肠炎疫情进行病原鉴定,并进一步对部分基因序列测序分析,以确定其基因亚型。方法对采集的13份肛拭子,3份生活饮用水标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法进行诺如病毒GI/GII型检测,对阳性标本的病毒VP1区部分核酸序列测序和基因库数据比对,并采用MAGA5.0软件构建进化树。结果在13份肛拭子样本7份诺如病毒阳性中,6份属于GI.3型,1份属于GII.17型;3份生活饮用水样本GI.3和GII.17型均有检出。结论该起疫情由诺如病毒感染引起,为GI.3和GII.17基因亚型。     

上海婴幼儿病毒性腹泻的病原学研究

目的研究上海5岁以下婴幼儿病毒性腹泻的病原学情况。方法采集2012年1月-2013年5月复旦大学附属儿科医院5岁以下腹泻患儿粪便标本160份,对病毒的VP1区等易于分型的特征序列扩增后进行测序比对,检测样本中是否含有诺如病毒(NV)、札如病毒(SAV)、轮状病毒(RV)、星状病毒(ASV)、腺病毒(ADV)以及包括脊髓灰质炎病毒(PV)、柯萨奇病毒(COX)和埃可病毒(ECHO)在内的肠道病毒(EV)。结果 160份腹泻标本中共检出含有上述病毒的样本45份,检出率为28.13%。除ADV外,其他7种病毒均有检出,其中检出NV 23例、SAV 5例、RV A 11例、ASV 3例、COX 2例、PV和ECHO 30各1例,其中1例为NV和ECHO 30混合感染。检出的NV均为GⅡ型,其中78.3%为GⅡ.4型,21.7%为GⅡ.3型;11例RV A中,G3P[8]6例,G2P[4]4例,G1P[8]1例;3例ASV阳性样本中,2例为ASV 1,1例是ASV 5。PVⅡ、ECHO 30、COX A4和COX A9各1例。结论上海地区婴幼儿病毒腹泻的感染致病病毒以NV GⅡ和RV A为主。     

广西首起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对广西首起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因分型。方法采用荧光定量PCR法对8份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,取其中4份阳性标本再经RT-PCR扩增,然后纯化、克隆、测序和进化树分析。结果8份标本均测出诺如病毒RNA,阳性率100%;其中4株病毒的N/S区序列与GenBank中的雪山病毒参考株同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实广西大新县的急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.2型。     

一起急性胃肠炎暴发疫情的病原分子特征分析

目的 了解合肥市一起急性胃肠炎疫情的病原分子特征.方法 采用实时荧光PCR(Real-time PCR)对13份肛拭标本同时进行札如病毒、诺如病毒、星状病毒核酸检测,检出的札如病毒核酸阳性标本采用传统RT-PCR扩增VP1基因片段,并测定基因序列,构建系统进化树.结果 Real-time PCR检出8份札如病毒核酸PCR阳性标本,诺如病毒、星状病毒核酸结果均为阴性.1份RT-PCR扩增产物测序成功,基因序列比对和进化分析显示为札如病毒GⅡ.3基因亚型.结论 引起该起急性胃肠炎疫情的病原体为GⅡ.3型札如病毒.     

广西壮族自治区首次检出的GⅡ.4型诺如病毒N/S区基因特征

目的 了解广西壮族自治区一起感染性腹泻疫情中GⅡ.4型诺如病毒(Norovirus)的基因特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应,对采集于这起疫情的34份粪便标本进行诺如病毒核糖核酸(RNA)的检测,并对随机选取的1份阳性样本进行N/S区核苷酸序列测定和分析,并构建系统进化树.结果 34份粪便标本中,有29份检测诺如病毒RNA阳性,阳性率为85.3%.随机选取的1株诺如病毒株(LC17株)的N/S区核苷酸序列与GⅡ型所有亚型参考株相比,其与第4亚型(GⅡ.4型)的参考株--Lordsdale/1993/UK株的核苷酸序列同源性为93.3%,在遗传进化树图中,与GⅡ.4型株病毒在一簇.与早年流行的GⅡ.4型流行株同源性为94.7%～96.5%,与国内外2006年流行株同源性为98.2%～98.6%,但与1株广州株相比,同源性仅为94.7%.结论 此次感染性腹泻疫情是由诺如病毒GⅡ.4型感染所致,其病毒基因型在广西壮族自治区是首次发现和报导.GⅡ.4型毒株在不断的进化,并在核甘酸序列特征和毒株地域分布上表现出多样性,需加强对诺如病毒的分子流行病学研究,了解基因型的分布,鉴别其来源和传播途径,对控制诺如病毒感染有重要意义.     

2011年-2013年珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的病毒分子流行病学分析

目的研究珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征及流行株基因型的演化情况。方法收集珠海市2011年-2013年28起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本619份,采用荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)定性检测诺如病毒RNA,按要求选取部分诺如病毒RNA阳性标本扩增诺如病毒衣壳蛋白,进行测序及同源性分析。结果其中17起疫情由诺如病毒感染引发,检测阳性率为19.55%(121/619);选取诺如病毒RNA阳性标本57份进行测序分型,成功分型的标本为47份,全部为No V GⅡ,14株为GⅡ.4型(其中5株为GⅡ.4 2006b,另外9株为GⅡ.4/Sydney_2012);12株属于GⅡ.3型;3株属于GⅡ.5型;18株属于GⅡ.6型。结论珠海市诺如病毒引起的食物中毒流行株属于GⅡ组,但基因亚型存在多样性,并且在短时间内造成多处暴发疫情,提示该状况将是今后防控监测的重点。     

南宁市2007～2008年诺如病毒感染所致成人腹泻散发病例的流行病学特征和诺如病毒基因型分布

目的研究诺如病毒(Norovirus,NV)感染所致成人腹泻散发病例的流行病学特征和NV基因型分布。方法对南宁市2007～2008年某医院门诊696例成人腹泻散发病例资料进行流行病学分析,并采集粪便标本,应用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应检测NV及其基因组别。随机选择部分阳性标本进行NV衣壳蛋白N/S区核苷酸序列测定,确定基因型。结果NV所致散发性成人腹泻在冬春季节呈现高发。在696份散发成人腹泻的粪便标本中,NV核酸检测阳性183份,总阳性率26.30%。其中180份(98.36%)NV属于基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ),另外3份(1.64%)为基因Ⅰ组(GⅠ)。随机选择10株GⅡNV进行核苷酸序列分析,它们均属于GⅡ.4基因型,而3株GⅠNV分属于GⅠ.2、GⅠ.4、GⅠ.8基因型。结论NV是南宁市2007～2008年成人腹泻散发病例的主要病原体,优势毒株为GⅡ.4型,也存在GⅠ型NV感染。     

南宁市散发性腹泻诺如病毒分子流行病学分析

目的 研究广西南宁市散发性腹泻病例中诺如病毒( norovirus,NV)感染的分子流行病学特征.方法 对2007年1月- 2008年12月南宁市某医院门诊696例散发腹泻病例进行流行病学资料分析,并应用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应对其粪便标本进行NV及其基因组别检测;随机选择部分阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型.结果 在696份粪便标本中,NV核酸检测阳性183份,总阳性率26.30％,其中180份(98.36％)属于基因Ⅱ组(genogroupⅡ,GⅡ),另外3份(1.64％)为基因Ⅰ组(GⅠ);随机选择30株GⅡ组NV进行核苷酸序列分析,绝大多数属于GⅡ.4基因型(26株),其余为GⅡ.12(2株)、GⅡ.7(1株)、GⅡ.16(1株);3株GⅠ组NV分属于GⅠ.2、GⅠ.4、GI.8型;NV所致散发性腹泻在冬春季节呈现高发.NV阳性检出率无性别和年龄组差异.结论 NV是南宁市散发性腹泻病例的主要病原体,优势毒株为GⅡ.4型,同时存在多种其他基因型感染.     

一起养老院急性胃肠炎疫情的病原学分析

目的明确一起养老院感染性腹泻疫情的病原体及其基因型别。方法通过流行病学调查,查明罹患率。对发病老人和部分工作人员进行肛拭子采样,采用细菌培养检测常规肠道致病菌,应用胶体金法检测轮状病毒,采用实时荧光定量RT-PCR进行诺如病毒核酸检测,应用常规RT-PCR扩增部分NoV阳性株衣壳蛋白的N/S区,PCR产物纯化回收、测序,利用Clustal X、MEGA4.1软件分析其基因序列。结果 21份病例及工作人员肛拭子样本,肠道致病菌和轮状病毒均为阴性,19份样本诺如病毒核酸阳性,毒株排除重组株的可能,测序样本均属GⅡ.4型诺如病毒,其与Hu/NSW696T/2006/AUS（EF684915）的同源性高达99%。结论经诺如病毒核酸序列分析,该疫情是一起由GⅡ.4-2006b型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发。     

一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原学诊断及基因型分析

目的 了解合肥市某工地一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原及其基因型。方法 采用实时荧光PCR方法对16份肛拭子标本和7份水样标本进行诺如病毒、札如病毒和星状病毒核酸筛查,对诺如病毒核酸阳性标本采用RT-PCR扩增Rd Rp-VP1区基因,并进行基因序列测定,在线比对确定病毒基因亚型,运用MEGA软件构建基因进化树,进行基因比对和进化分析。结果 14份肛拭子和2份水样标本诺如病毒核酸阳性,札如病毒和星状病毒核酸均阴性,获得9条诺如病毒Rd Rp-VP1区基因序列,均为GⅡ. P17-GⅡ. 17型。结论 这是一起因饮用水污染GⅡ. P17-GⅡ. 17型诺如病毒引发的急性胃肠炎暴发疫情。     

宁波市食源性腹泻患者中3种相关病毒的检测与分型

目的了解腹泻患者中食源性相关病毒感染情况与流行特征,为防控病毒性胃肠炎提供依据。方法采集2 129份食源性腹泻患者粪便标本,用实时荧光定量PCR法检测轮状病毒、诺如病毒和甲型肝炎病毒核酸;用NSP4和VP1基因对轮状病毒和诺如病毒流行株分别测序。结果检出轮状病毒核酸52份,阳性率为2.44%,以A组感染为主;检出诺如病毒核酸113份,阳性率为5.31%,以Ⅱ型为主。VP1基因将诺如病毒分为GⅠ.2、GⅡ.6和GⅡ.17 3个型;A组轮状病毒均带NSP4毒力基因。全年均可检出病毒,秋冬季是发病高峰;全人群均可检出,5岁~及其以下年龄组的阳性率高于18岁~年龄组,差异有统计学意义(P0.05)。结论检测发现A组轮状病毒和GⅡ.17型诺如病毒是本市病毒性胃肠炎主要流行病原。病原感染途径多样、带毒者多、人群普遍易感、全年均可检出,本市人群随时有暴发疫情的可能。应加强关注,强化检测,以减少疾病的流行。     

丽水市一起学校暴发诺如病毒疫情的实验室基因检测分析

目的测定丽水市一起学校病毒性胃肠炎暴发疫情诺如病毒的RNA聚合酶区(RdRp)和衣壳蛋白区(VP1)基因序列,从分子水平对病原进行分型鉴定。方法收集疫情现场现症患者肛拭子、呕吐物、各类饮用水、可疑食物留样标本总计98份,采用荧光定量PCR方法检测诺如病毒,将阳性标本通过测序引物RT-PCR扩增RdRp和VP1基因序列并测定,通过生物信息学软件进行基因分型鉴定和序列分析。结果共检出诺如病毒阳性4份,阳性检出率为4.08%(4/98),均为GⅡ基因型;RdRp和VP1序列BLAST和种系发生分型结果均显示为诺如病毒GⅡ.4亚型。结论诺如病毒优势流行株GⅡ.4亚型是本次学校病毒性胃肠炎暴发疫情的重要病原体。