PCR微流芯片技术检测HBV基因分型

目的探讨PCR微流芯片技术检测HBV基因分型的临床意义以及沈阳地区慢性HBV感染者基因型的分布.方法应用PCR微流芯片技术对55例慢性HBV感染者血清进行HBV基因分型,HBVDNA定量检测采用FQ-PCR方法.结果55例慢性HBV感染者中,C型38例(69.0%),B型14例(25.5%),3例(5.5%)未检出基因型.B型患者HBV病毒载量为8.43±2.95、C型患者HBV病毒载量为9.14 4±3.48,二者比较差异不显著(P＞0.05).B、C型患者的发病年龄无差异(P＞0.05).结论沈阳地区慢性HBV感染者基因型分布以C型为主.B型和C型患者的发病年龄和病毒复制水平无差异.PCR微流芯片技术灵敏、特异,结果客观,简便易行,可用于临床分型诊断和流行病学调查.     

50例HBV基因分型及P区耐药突变分析

目的:调查温州乙型肝炎患者血清HBV基因分型和P区基因逆转录酶区(RT区)序列的突变情况。方法:选取50例接受核苷类似物治疗后的乙型肝炎患者作为研究对象,采用PCR产物直接测序法,并对扩增产物进行测序,将测序结果与GenBank中的标准序列进行比对分析,同时确定基因型。结果:在50例中C型44例,占88%,B型6例,占12%。存在位点突变者25例(50%)。其中检出以单位点rtM204I/V/S突变为主,9例,占36%,rtA181V/T突变4例,占16%,rtM204I/V/S+rtL180M突变5例,占20%,rtV214A,rtA181V/T+rtV173L,rtM204I/V/S+rtQ215H,rtM204I/V/S+rtL180M+rtV173L,rtM204I/V/S+rtL180M+rtV207I,rtM204I/V/S+rtL180M+rtT184A/G/I/S,rtM204I/V/S+rtL180M+rtT184A/G/I/S+rtA181V/T突变各占1例,占4%。结论:多数乙型肝炎患者在HBV P区可检出突变,突变形式多样,其中以rtM204I/V/S突变为主,应用DNA序列测定法分析HBV P区基因突变,获得的信息全面,对临床评估病情进展和实施抗病毒治疗有参考价值。     

乙型肝炎患者基因分型和耐药情况分析

目的:分析乙型肝炎患者的基因分型及耐药情况。方法:采取临床基因扩增技术和基因测序技术对149例乙型肝炎患者血清进行乙型肝炎病毒基因分型和耐药位点检测。结果:149例乙型肝炎患者基因分型:B型3例,C型133例,13例病毒序列无扩增;114例乙肝患者的相关耐药药物和百分比为拉米夫定(LAM)46.02%、阿德福韦脂(ADV)4.42%、恩替卡韦(ETV)22.12%、替比夫定(LDT)28.31%、替诺福韦脂(TDF)0%。结论乙型肝炎疑似耐药患者其基因型以C型为主;耐药位点以rtL180M、rtA181V/T、rtM204V/I为主;易产生耐药抗病毒药物是拉米夫定(LAM),恩替卡韦(ETV),替比夫定(LDT)次之。     

乙型肝炎患者基因分型和耐药情况分析

目的:分析乙型肝炎患者的基因分型及耐药情况。方法:采取临床基因扩增技术和基因测序技术对149例乙型肝炎患者血清进行乙型肝炎病毒基因分型和耐药位点检测。结果:149例乙型肝炎患者基因分型:B型3例,C型133例,13例病毒序列无扩增;114例乙肝患者的相关耐药药物和百分比为拉米夫定(LAM)46.02%、阿德福韦脂(ADV)4.42%、恩替卡韦(ETV)22.12%、替比夫定(LDT)28.31%、替诺福韦脂(TDF)0%。结论乙型肝炎疑似耐药患者其基因型以C型为主;耐药位点以rtL180M、rtA181V/T、rtM204V/I为主;易产生耐药抗病毒药物是拉米夫定(LAM),恩替卡韦(ETV),替比夫定(LDT)次之。     

HBV耐药基因的实验研究

目的:利用多色荧光PCR技术,建立快速检测HBV耐药基因的方法,并与基因测序法进行对照研究。方法:建立2个反应体系,每个反应体系包含四个耐药位点。对新建的多色荧光PCR法进行灵敏度和特异性分析,并对42例临床收集的服药患者血清进行耐药检测。结果:构建了多色荧光PCR检测HBV耐药位点的体系,其特异性较好,分析灵敏度可达1×103copies/ml。42例样本中检测到YVDD 3例(占7.14%),YIDD 1例(占2.38%);1896变异7例,占总数的16.67%。其他位点未检测到耐药突变。结论:所构建的多色荧光PCR检测体系为临床医院提供快速、简便的HBV耐药位点突变检测手段,较基因测序法方便、快捷。     

甲氧西林耐药表皮葡萄球菌的耐药基因检测及RAPD分型

目的:了解本地区耐甲氧西林表皮葡萄球菌(MRSE)的耐药基因存在状况,并对MRSE菌株进行基因同源性分型,为临床治疗及感染控制提供依据。方法:应用聚合酶链反应(PCR)对39株MRSE的6类耐药基因进行检测,并采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对菌株进行基因同源性分型。结果:39株MRSE的mecA、ermB、ermC、msrA、tetM、tetK、Aac(6')/aph(2″)、aph(3')-III和mupA耐药基因的阳性率分别为100.0%(39/39)、12.8%(5/39)、94.9%(37/39)、43.6%(17/39)、5.1%(2/39)、2.6%(1/39)、82.1%(32/39)、25.6%(10/39)和12.8%(5/39),未检测出er-mA、tetO、tetL、ant(6')-I、vanA和vanB耐药基因;RAPD将39株MRSE分为11型,其中A型占48.7%(19/39)。结论:本地区的MRSE存在高比例的mecA、ermC、Aac(6')/aph(2″)耐药基因,RAPD分析提示MRSE的流行株以A型为主。     

幽门螺杆菌vacA基因分型和cagA基因检测

〔目的〕建立检测幽门螺杆菌（Ｈｐ）的ｃａｇＡ、ｖａｃＡ基因及其基因型的方法,观察ｖａｃＡ基因型与ｃａｇＡ状态的相关性。〔方法〕应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）对１７２份Ｈｐ阳性标本进行Ｈｐ ａｃｇＡ和ｖａｃＡ基因检测及其基因型分析。〔结果〕１７２份Ｈｐ阳性标本中,ｖａｃＡ阳性数１７２（１００％）,ｃａｇＡ阳性数９３（５４．０７％）;４９例萎缩性胃炎患者中,ｃａｇＡ阳性菌株感染４７例（９５．９２％）,６４例浅表性胃炎患者中,ｖａｃＡ阳性菌株感染２８例（４３．７５％）,两者有显著差异（ｐ〈０．０５）;ｖａｃＡ中间区域型ｍ１和ｍ２分别为８０和９２例,两者无明显差异（ｐ〉０．０５）,信号序列型ｓｌａ、ｓｌｂ、ｓ２分别为８２、６８、２２例,ｓｌａ与ｓｌｂ无明显差异（Ｐ〉０．０５）,ｓｌａ、ｓｌｂ、ｓｌ（ｓｌａ＋ｓｌｂ）均显著多     

测序仪对乙型肝炎病毒耐药突变基因的检测与分析

目的:研究测序仪对乙型肝炎病毒耐药突变基因的检测结果。方法:从2017年1月~2018年12月,本院收治的患者中选择连续服用拉米夫定、阿德福韦酯等核苷酸类药物2年以上,临床表现为病毒学突破,且HBVDNA>3×10~3IU/mL的慢乙肝患者中选取104例参与研究,进行乙肝病毒突变基因检测,分析突变位点,并对病毒进行基因分型。结果:研究组患者的104例慢性乙型肝炎血清当中,使用测序法进行检验有B型和C型两种基因型。两种基因型数量分别为11例和93例,所占比重分别为10.58%和89.42%。测序法能够检出12个突变位点,主要耐药的药物为拉米夫定。结论:测序仪能够很好的检验乙型肝炎病毒耐药突变基因。     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌SCCmec基因分型研究与耐药基因检测

目的了解耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的葡萄球菌盒染色体(SCCmec)基因型分布特点和耐药基因的携带状况。方法采用多重聚合酶链反应(PCR)对医院分离的125株MRSA进行SCCmec基因型分型,普通PCR对其中的50株MRSA进行6种耐药基因扩增。结果检测的125株MRSA中124株SCCmec基因型为Ⅲ型,1株不能分型,6种耐药基因的阳性率分别为aac(6′)/aph(2″)98%、aph(3′)Ⅲ基因46%t、etM基因72%、erm基因86%,未扩增出TEM和ant(4′、4″)基因。结论引起感染的MRSA的基因型基本为SCCmecⅢ型,SC-CmecⅢ型的MRSA对氨基糖苷类、红霉素类、四环素类耐药基因有较高的携带率,多重PCR法可以有效的用于大批量临床分离的MRSA的SCCmec分型研究。     

克拉玛依地区HBV基因分型及进化分析

目的：研究克拉玛依地区乙肝病毒（HBV）的基因分型，并且进行进化分析。方法：利用限制性片段多态性分析的方法对272例慢性乙型肝炎患者血清进行基因分型，采用限制性内切酶MboI、Earl酶切扩增产物，以A、B、c、D基因参照品作为对照，12例扩增产物进行测序证实其基因型。结果：272例样品有241例成功分型。C型44．8％，B型36．9％，D型4．2％，B／C型10．8％，B／D型3．3％。少数民族c型40．4％，B型30．8％，D型9．6％，B／C型11．5％，B／D型7．7％，未检测到A型。12例测序结果与39例GenBank中已发表的B、C、D型的同源性在97．8％～98．7％，96．9％～99．3％，97．5％～99．0％。结论：克拉玛依地区HBV基因型主要是C型和B型，其次是D型和混合型，未见A型。进化树分析图显示12例B、C、D型毒株与GenBank序列毒株分别属于同一分支。克拉玛依地区2例D型与新疆哈密地区D型进化距离最近。     

武汉地区263例乙型肝炎患者HBV分型及耐药分析

目的应用基因测序技术检测武汉地区慢性乙型肝炎患者的乙型肝炎病毒(HBV)基因型并分析其耐药情况。方法收集2015年1月—2016年12月武汉大学人民医院感染科263例乙型肝炎病毒基因(HBV-DNA)阳性的慢性乙型肝炎患者血浆标本,通过Sanger测序法测定HBV P基因RT区的基因序列,与NCBI genebank数据库中HBV基因型数据进行比对,分析患者HBV基因型。同时分析P基因RT区的突变位点和耐药情况。结果共检测出5种HBV基因型,分别是B型181例(68.82%),C型76例(28.90%),D型3例(1.14%),B/C混合型1例(0.38%)和B/F/G混合型2例(0.76%)。共检出耐药株109例(41.44%),HBV B基因型耐药突变发生率高于C基因型,以L180M+M204V/I和M204V/I耐药模式最为常见。结论武汉地区HBV基因型以B型为主,其次为C型;耐药形式复杂多样,耐药发生率与基因型别存在一定关系。     

HBV基因型与耐药变异的关系

目的探讨乙型肝炎病毒（HBV）基因型与核苷（酸）类似物耐药变异的关系。方法湖南省衡阳地区122例慢性乙型肝炎患者接受拉米夫定治疗（100mg／d）48-96周,发生耐药变异者改用阿德福韦酯治疗（10mg／d）96周。采用直接测序法进行HBV基因分型,同时检测拉米夫定、阿德福韦酯和恩替卡韦耐药变异位点。结果122例慢性乙型肝炎患者中,B基因型86例（70．49%）,C基因型24例（19．67％）,未分型12例（9．84％）。42例检出拉米夫定变异株,其中B基因型32例,C基因型10例,B、C基因型拉米夫定耐药变异率分别为37．21％（32／86）和41．67％（10／24）,差异无显著性（x^2=0．16,P=0．69）;42例经阿德福韦酯治疗48周和96周的变异发生率分别为0．00％（0／42）和2．38％（1／42）,B、C基因型阿德福韦酯耐药变异率分别为3．13％（1／32）和0．00％（0／10）。拉米夫定耐药变异类型主要为rtM204V＋rtL180M（35．71％）和rtM204I（38．10％）;B、C基因型比较,拉米夫定耐药变异类型差异无显著性（x^2=17．44,P=0．23）。结论湖南省衡阳地区HBV基因型以B型为主,C型次之;HBV基因型对拉米夫定耐药变异发生率及变异类型无明显影响。     

唐山地区CHB患者HBV基因型与耐药种类和耐药位点的分析研究

目的探讨唐山地区慢性乙型肝炎病毒(CHB)患者乙型肝炎病毒(HBV)基因分型,核苷酸类抗病毒药物的耐药种类分布和耐药位点的相关性。方法选择2009年10月-2014年4月就诊于唐山市传染病医院门诊和住院的467例慢性乙型肝炎病毒患者,通过使用毛细管电泳仪采用双脱氧终止法测序技术,对患者血清进行HBV基因分型和耐药位点的检测,使用统计学软件对数据进行统计分析。结果唐山地区CHB患者的467例样本中检测出HBV基因型445例,其中B基因型64例占14.38%,C基因型380例占85.39%,D基因型1例占0.22%;共检出耐药患者283例,其中对恩替卡韦、拉米夫定和替比夫定多药耐药的160例占56.54%;对阿德福韦酯的主要耐药位点是rtA181V/T/S突变,其次是rtA181V/T/S和rtN236T同时突变,B基因型与C基因型对阿德福韦酯的耐药位点突变分布比较差异有统计学意义(P<0.05);对拉米夫定、恩替卡韦和替比夫定多药耐药的主要耐药位点是rtL180M和rtM204I/V/S同时突变,其次是单独rtM204I/V/S突变。结论唐山地区HBV感染者的基因型主要以C基因型为优势基因型;通过对耐药位点的分析,B基因型CHB患者应用阿德福韦酯不易耐药,HBV基因型B型和C型的CHB患者对拉米夫定、恩替卡韦和替比夫定耐药的多药耐药位点分布无差异。     

新疆地区鼠类汉坦病毒核酸检测和基因分型

目的 了解新疆地区鼠类中汉坦病毒感染状况及其基因分型.方法 于2010年对新疆3个区域(阿拉山口、石河子、乌鲁木齐)捕获鼠类(沙鼠、田鼠、褐家鼠)采集肺脏提取总RNA,经反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增汉坦病毒M基因片段;将扩增片段克隆和测序分析,确定病毒基因型.结果 在312份沙鼠和31份田鼠样本中均未检测到目标基因,在72份褐家鼠样本中,检出阳性样本11份,占15.28％,其基因型均为汉城型.结论 首次发现新疆乌鲁木齐市褐家鼠携带汉城型汉坦病毒,应加强该地区肾综合征出血热病例监测和防治工作.     

肠道病毒基因分型检测研究进展

采用传统细胞培养、中和试验对肠道病毒进行分型费时、费力,而分子生物学技术,包括限制性内切酶片断长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP）、核酸杂交、基因序列分析、多重PCR、基因芯片等,更加快速、敏感、特异,越来越多应用于肠道病毒的分型检测。本文对肠道病毒的型别、基因分型依据及分子生物学分型检测方法进行综述。     

宁夏地区朝觐人员HBV感染者基因分型研究

目的了解宁夏地区朝觐人员乙型肝炎基因分布特点,为探讨宁夏地区朝觐人员乙肝流行趋势提供科学依据。方法采用ELISA法对宁夏地区2010至2012后采用荧光PCR检测方法,对乙肝病毒感染者进行基因分型。结果 90例乙型肝炎HBs Ag阳性者HBV DNA经荧光PCR方法分型,B型5例(5.56%),C型82例(91.11%),其他型3例(3.33%),经统计学分析不同基因型分布有统计学意义;HBV DNA基因型在性别中分布无差异,因此,认为性别与乙肝基因型不具有相关性。结论宁夏地区朝觐人员乙型肝炎患者HBV基因型分布基本符合我国北方的分布特点,以C型为主。     

阿克苏地区耐药结核杆菌基因分型及耐药性分析

目的:初步了解新疆阿克苏地区耐药结核杆菌基因分型状况及影响耐多药产生的危险因素,为耐多药结核病防治提供有价值的信息.方法:收集阿克苏地区结核病专科医院(阿克苏第二人民医院)痰涂片阳性的维吾尔族肺结核病患者,从患者痰中分离并培养结核分枝杆菌并进行药物敏感试验,从186例临床分离株中筛选出65株耐药结核分枝杆菌,采用12个...     

一次性完成结核分枝杆菌鉴定与利福平耐药突变基因检测的新方法

目的建立一种可同时进行结核分枝杆菌鉴定并检测结核分枝杆菌利福平耐药突变基因的分子方法。方法以"TGTTCTTCAAGGAGAAGCG"、"TCGTCGGCGGTCAGGTA"为上下游引物对101株结核分枝杆菌复合群及52株非结核分枝杆菌临床分离株进行rpo B基因扩增及序列测定,并应用BLAST数据库和DNAMAN软件进行菌种与rpo B基因突变分析。结果在153例分枝杆菌临床分离株中,104例鉴定为结核分枝杆菌复合群,49例被鉴定为非结核分枝杆菌,与16Sr DNA基因序列鉴定方法符合率为96.73%,与传统分枝杆菌菌种鉴定方法符合率为83%;在104例鉴定为结核分枝杆菌复合群菌株中,54例被检测到rpo B基因突变,与比例法检测利福平耐药表型的符合率为96.15%。结论应用本引物进行rpo B基因序列分析可以一次性完成结核分枝杆菌鉴定与利福平耐药突变基因检测工作,有较大的临床应用价值。     

HBV多药耐药变异检测试剂的研制和初步评价

目的研制一种基于反向点杂交技术检测HBV多药耐药变异的核酸检测试剂并对其临床应用进行初步评价。方法针对HBVP开放阅读框逆转录酶编码区的相对保守序列,设计引物探针,并设计内标和对照探针,制备HBV检测膜条,构建克隆,最后采用已构建好的克隆和50例临床样本进行检测并与测序做比较。结果克隆和50例临床样本均成功检出,反向点杂交检测结果与DNA测序结果符合率分别为100%和98%。结论本试剂具有低成本、准确度好等优点,在HBV感染辅助诊断和合理用药方面具有较好的应用前景。     

临床产ESBLs细菌的耐药特征和基因分型的研究

目的了解产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)细菌的流行和耐药特点,初步对产ESBLs细菌进行基因分型,确立耐药基因的位点和种类.方法收集分离鉴定菌株,通过K-B法药敏实验初筛以确认产ESBLs菌株,并对ESBLs基因进行初步分型.结果分离到产ESBLs细菌88株,检出率为38.9%,其中肺炎克雷伯菌阳性率为43.1%、大肠埃希菌阳性率为33.3%;产ESBLs细菌对青霉素类、氨曲南及头孢菌素类耐药率约为90%～100%,加用酶抑制剂克拉维酸或他唑巴坦后耐药率降为18.7%～46.8%;PCR初步分型结果表明:大多数产ESBLs细菌携带TEM型和SHV型β-内酰胺酶基因,其中单独携带TEM型基因的占42%,单独携带SHV型基因的占12.5%,携带两种基因的占31.8%.结论产ESBLs细菌具有多重耐药的特点;产ESBLs的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌大都携带TEM和(或)SHV型β-内酰胺酶基因,其中绝大部分产TEM型β-内酰胺酶.