结核分枝杆菌的检验与分型

目的 结核患者的结核分枝杆菌检验和分型.方法 采用PCR及琼脂糖凝胶电泳技术,针对124株结核分枝杆菌的6个可变重复位点做了检验,并应用Gel-Proanalyer3.0软件及BioNumerics(Version3.0)软件对检验结果做了相关的基因型分析,又分析了基因检测与分型之间的关系.结果 136株结核分枝杆菌共分为37个不同的VNTR类型,成簇基因型占74.26％(101/136),单一基因型占25.74％(35/136).结论 耐药菌株的检测在分布上存在统计学的差别.     

江苏省结核分枝杆菌14个VNTRs位点的基因分型研究

目的了解江苏省结核分枝杆菌的VNTRs基因分型,发现江苏省流行的结核分枝杆菌的优势菌株,及不同地区流行菌株的基因型别差异。方法选择结核分枝杆菌基因组中14个具有明显多态性特征的VNTRs位点,对江苏省13个市的235株结核分枝杆菌进行VNTR-PCR扩增,通过聚类分析对菌株进行VNTRs基因分型。结果235株结核分枝杆菌菌株共分为8个基因型(Ⅰ～Ⅷ),其中以Ⅱ型为主要的基因型,占49.4%,其次是Ⅰ和Ⅴ型,分别占总数的22.6%和18.7%。不同地区结核分支杆菌VNTRs基因型别分布有统计学意义(P<0.001),其中V型主要分布在苏北(占90.9%),而Ⅰ型在苏南的分布明显高于苏北。结论江苏省的结核分枝杆菌具有明显的VNTRs多态性,Ⅱ型为江苏全省流行的优势菌株,约占全部菌株的1/2,但不同地区流行菌株的基因型别存在明显差异。     

安徽东部地区结核分枝杆菌基因分型及耐药情况的初步分析

目的 了解安徽东部地区结核分枝杆菌基因分型及耐药情况,为本地区肺结核的防治提供依据.方法 对从临床收集的80例结核菌株进行培养,分别通过可变数目串联重复序列分型技术、药敏实验对菌株进行分型、耐药情况分析.结果 单耐药菌株占25.00％,多耐药菌株占23.75％.单耐药菌株以利福平和对氨基水杨酸占多数,分别为28.75％和22.50％;多耐药菌株以对异烟肼和利福平耐药最多,占52.63％.初治病人和复治病人对吡嗪酰胺耐药差异有统计学意义(P =0.032),对其他药物的耐药差异均无统计学意义(均有P＞0.05).15个基因位点均呈现等位基因多态性,QUB11a位点多态性最高为0.85,Mtub31位点仅为0.11.80株菌株可分为33个基因型,仅有16例患者的分离株为单一基因型,其余菌株可归入14个簇.结论 本地区结核分支杆菌的耐药率较高,基因分型复杂.     

宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴定及VNTR分型

 目的 研究宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的多态性和流行特征,揭示该地区结核病的分子流行病学特征,为结核病防治提供科学依据。方法 选择2018年1月-2019年12月具有完整病例信息的结核分枝杆菌298株,进行人型结核分枝杆菌的鉴定,用扩增RD105缺失片段的多重PCR (DTM-PCR)鉴定北京基因型菌株;应用优化的9位点数目可变串联重复序列技术(VNTR)分析北京基因型菌株的多态性。结果 298株结核分枝杆菌中,260株为人型结核分枝杆菌,DTM-PCR鉴定发现北京基因型菌株140株(53.85%),非北京基因型菌株120株(46.15%)。北京基因型菌株耐药率(32.14%)高于非北京基因型菌株耐药率(10.83%),差异有统计学意义(P<0.05)。VNTR-9位点对北京基因型菌株的分辨率为0.998 5,成簇率为12.15%。结论 北京基因型菌株在宜昌地区呈较高流行趋势,且北京基因型菌株耐药率更高。VNTR-9位点基因分型方法用于该地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴别,能准确反映宜昌地区结核分枝杆菌的分子流行病学特征。     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型法分析

目的应用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)方法分析甘肃省结核分枝杆菌临床分离株的分子型别特征。方法用spoligotyping基因分型方法,对甘肃省兰州市肺科医院住院或门诊确诊患者分离的结核分枝杆菌进行分型,采用BioNumerics 4.5软件进行聚类(cluster)分析,对聚类结果与国际间隔寡核苷酸分型数据库(SpolDB4)对比。结果 215株临床分离株被分成3个基因群22种基因型,其中成簇菌株形成11个基因型共204株,独特基因型菌株11株;北京家庭基因型结核分枝杆菌占86.51%(186/215),T4占4.19%(9/215)、H1占1.86%(4/215)、MANU占1.40%(3/215)等基因型;Logistic多元回归分析结果表明,北京家庭基因型与患者性别、年龄、职业、抗结核治疗史、耐药、发病情况和菌种耐药性、来源地等均无关联。结论甘肃省结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,北京家族基因型结核分枝杆菌为该地区主要流行株,其他罕见的基因型结核分枝杆菌也值得重视。     

我国西部贵州地区结核分枝杆菌分子流行病学初步研究

目的 分析结核分枝杆菌临床分离株的基因型特征,估计结核分枝杆菌近期在人群中传播的情况。方法 在肺结核报告发病率高的4个县级结核病门诊收集临床分离结核菌株的相关信息,应用RD105缺失基因和MIRU-VNTR基因分型技术分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果 273株结核菌株中49.1%的菌株属于北京基因型,15 MIRU-VNTR位点组合进行分析,273株结核菌株共被分为262种不同的基因型,其中独特型251株,占91.9%,其余22株（8.1%）菌株属于11个不同的基因型,菌株成簇率为8.1%。结论 15位点组合用于本次分子流行病学研究,能准确反映贵州地区结核分枝杆菌分子流行病学特征,贵州省4个县结核分枝杆菌菌株呈现较高的多态性,其中8.1%的患者是由于近期本地区传播造成。     

中国部分地区结核分枝杆菌北京基因型菌株分布初步分析

目的初步了解结核分枝杆菌北京基因型菌株在中国不同地区的分布情况。方法采用间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)方法对1 603株分离自7个省、市、自治区的结核分枝杆菌进行分型分析,确定北京基因型菌株在不同地区所占的比例。结果根据Spoligotyping分型结果及北京基因型菌株的定义,1 603株结核分枝杆菌中1 158株为北京基因型菌株,占72.24%。北京地区北京基因型菌株所占的比例最高为92.59%,其后依次为西藏(90.38%),吉林(89.88%),陕西(80.00%),新疆(65.36%),广西(55.29%),福建(54.50%)。结论北京基因型菌株为主要的流行菌株,但是不同地区北京基因型菌株所占的比例并不相同,北方地区北京基因型菌株的比例高于南方地区。     

基于DTM-PCR、MIRU-VNTR和耐药基因测序的武汉市耐多药结核分枝杆菌的分子分型

目的描述武汉市耐多药结核(multidrug-resistant tuberculosis, MDR-TB)分枝杆菌基因型分布及成簇特征。方法采用目标缺失多重PCR(Deletion-Targeted Multiplex, DTM-PCR)、24位点MIRU-VNTR(mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat typing)以及耐药基因测序方法,对武汉市149株耐多药结核分枝杆菌进行分子分型,计算Hunter-Gaston分辨指数(Hunter-Gaston discriminatory index, HGDI),成簇率以及近期感染率最小估计值。结果全部MIRU位点的累积HGDI为0.994 4。QUB11b位点的HGDI最高(0.673 8)。联合采用DTM-PCR以及MIRU-VNTR,共鉴定出111个独立基因型和11个成簇基因型(38株),成簇率为25.50%,近期感染率最小估计为18.12%。经过耐药基因测序进一步分型,各簇内共有17(44.74%)个菌株有相同的突变位点,其余21个菌株突变位点不相同。结论联合采用DTM-PCR、24位点MIRU-VNTR分型和耐药基因测序,其基因分型分辨率较高,适合于武汉地区耐多药结核分枝杆菌的基因分型。武汉市MDR-TB的发生大多由于内源性复燃引起,但仍有一定的近期传播率。     

江苏农村地区结核杆菌基因分型及耐药性分析

目的 研究江苏省农村地区分离的结核分枝杆菌基因多态性,从而了解菌株基因型与耐药之间的相关性。方法 采用罗氏培养基分离来自结核病患者痰标本中的结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)和比例法进行4种一线抗结核药物的药敏试验。经统计学分析,P<0.05为差异具有统计学意义。结果 547株结核分枝杆菌的Spoligotyping分型结果通过与SpolDB4.0数据库比对后显示,试验菌株被分为18个簇,57个基因型,以北京基因型菌株为主,占79.89%,非北京家族菌株包括T(T1、T2)、U、H、 MANU2、LAM10-CAM和CAS-DELH1等型别,各占11.15%、0.91%、0.37%、0.91%、0.18%和0.18%,以及26个型别(35株菌)为“新型”。药敏试验发现,总耐药率为21.94%,耐多药率为7.68%;单药耐药中,主要以链霉素和异烟肼耐药为主。经χ2检验和Fisher确切概率法分析发现,北京基因型与非北京基因型菌株的耐多药性方面差异具有显著统计学意义。结论 江苏省农村分离的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,北京基因型为主要流行型,并且北京家族菌株与耐多药之间具有一定的相关性。     

三种不同的DNA分型技术在158株结核杆菌研究中的应用

目的评价IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及分枝杆菌散在重复单位(MIRU)三种分型方法在结核病流行病学研究中的应用。方法对158株结核分枝杆菌临床分离株应用IS6110RFLP、Spoligotyping及MIRU三种分型方法进行鉴定。结果应用三种分型方法产生的类型数分别为118、20和105个。IS6110RFLP的分辨率大于Spoligotyping,MIRU的分辨能力与IS6110RFLP接近。在MIRU的12个区中,重复区4、10、26、40具有较高的多态性。广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义(P<0.05),广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论应用IS6110RFLP、Spoligotyping及MIRU三种分型方法进行结核病流行病学研究具有重要意义且非常有效,可以发现中国不同地区菌株的不同特点。     

MIRU-VNTR技术对源于河南的北京基因型结核分枝杆菌分型研究

目的:研究MIRU-VNTR技术对结核分枝杆菌北京基因型家族的分辨能力。方法:用检测RD105区缺失的多重PCR(DTM-PCR)方法对河南省源的结核分枝杆菌进行北京基因型鉴定,鉴定后的菌株检测基因分型方法VNTR-7和VNTR-16位点的分辨能力。结果:DTM-PCR获得98株结核分枝杆菌北京基因型家族菌株,VNTR-16和VNTR-7分辨率指数(Hunter-Gaston指数,HGI)为0.9983、0.9953,菌株的成簇率分别为3.1%、11.2%。结论:VNTR-16和VN-TR-7位点基因分型方法用于北京基因型家族的分析有较高的分辨能力,操作简便,适于结核病控制工作中北京基因型家族菌株占优势地区的分子流行病学研究。     

辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同

目的探讨辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同。方法选取辽宁省各市结核病防治所经菌种鉴定得到的144株结核分枝杆菌菌株,以及84株来自日本神奈川县卫生研究所的结核分枝杆菌菌株,采用以聚合酶链式反应(PCR)为基础的分型方法鉴定是否为北京基因型结核分枝杆菌。对引物4扩增辽宁省北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌的条带进行双向测序并比较。结果 144株辽宁省结核分枝杆菌中,北京基因型结核分枝杆菌129株(89.58%),非北京基因型结核分枝杆菌7株(4.86%),北京基因型结核分枝杆菌和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染8株(5.56%)。引物4扩增辽宁省7株非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308bp条带,扩增129株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌菌株,116株(89.92%)北京基因型结核分枝杆菌出现270 bp左右条带。随机对3株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌的270 bp左右条带进行双向测序,序列一致,与非北京基因型结核分枝杆菌的308 bp条带序列不同。84株日本神奈川县的结核分枝杆菌菌株中,北京基因型结核分枝杆菌53株(63.10%),非北京基因型结核分枝杆菌31株(36.90%),引物4扩增日本神奈川非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308 bp条带,扩增北京基因型结核分枝杆菌无条带。结论辽宁省以北京基因型结核分枝杆菌菌株流行为主,存在北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染。辽宁省流行北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。     

多位点可变串联重复序列技术用于西藏地区结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的初步探讨多位点数目可变串联重复序列(MLVA)技术在西藏地区结核分枝杆菌基因分型中的应用和初步了解西藏地区结核分枝杆菌数目可变串联重复序列(VNTR)基因型种类及其分布。方法在拉萨、山南、林芝、日喀则、那曲、昌都6个地区结核病防治中心收集结核分枝杆菌临床分离菌株,设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌20个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 4.5软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果共收集到217株结核分枝杆菌,分为19个不同的VNTR基因型,其中以Ⅺ型为主要基因型占87.6%(属于北京家族),其次Ⅵ型、ⅩⅤ型、ⅩⅥ型各占1.38%,Ⅰ型、Ⅶ型、ⅩⅢ型各占0.92%,12株结核分枝杆菌为单一的基因型。不同地区之间,以Ⅺ型为主要基因型,分别占各地区的86.8%、91.3%、78.95%、88.2%、95.05、89.3%。结论西藏地区的结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为VNTRⅪ型(即北京家族基因型),初步研究结果显示北京家族基因型与卡介苗接种和耐药性无相关性。MLVA分型方法简单、快速,可以有效地用于结核分枝杆菌的基因分型和病原监测。     

结核分枝杆菌传播的分子流行病学特征

目的探讨结核分枝杆菌传播的基因型特征及其对于耐药结核菌近期传播的影响。方法选取13个社区作为监测点,应用分枝杆菌散在重复单位(MIRU)技术分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果 558株结核分枝杆菌的12个MIRU位点检测产生143个基因型,其中成簇基因型66个,成簇率86.2%;74.6%的菌株属于北京家族,177个菌株(31.7%)属于山东基因型;耐多药菌株的近期感染估计值(46.7%)明显低于全敏感菌株(72.7%)。结论山东基因型菌株具有较强的在人群中传播的能力、较高的耐药性以及对抗督导化疗的能力;利用基因分型技术开展结核病监测可以有效促进结核病控制工作。     

391株结核分枝杆菌基因分型研究和耐药性分析

目的探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)用于安徽省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解安徽省结核分枝杆菌的基因型特征。方法连续收集安徽省胸科医院391株结核分枝杆菌临床分离菌株,进行Spoligotyping,采用Bio Numerics软件进行聚类分析。结果北京家族占86.19%(337/391),非北京家族占13.81%(54/391),54株非北京家族基因型中,T家族36株(包括T1 22株、T2 10株、T3 5株、T4 1株),占9.72%;H(Haarlem)家族4株,占1.02%;另有14株(3.58%)为New Found型,北京家族菌株对一线药物总的耐药率为23.14%(78/337),非北京家族菌株为27.78%(15/54),经卡方检验两者间的差异无统计学意义(P0.05)。结论安徽省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族,北京家族与耐药无明显相关性。     

甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌DNA分型初步研究

目的了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征,并评价两种基因分型方法的应用价值。方法收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株,分别采用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)和间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)技术进行基因分型,用BioNumerics软件进行聚类分析后,进行结果综合分析、比对。结果利用MLVA分型方法,228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型;Spoligotyping可将228株结核分枝杆菌分为4个基因群,8个主要基因型,其中最大的基因型为北京家族基因型。两种方法在基因型分型方面经卡方检验差异无统计学意义(χ2=0.06,P0.05)。结论两种方法对结核分枝杆菌的分型效果良好,重复性高,操作简便,可试用于大规模分子流行病学调查。北京家族是甘肃最主要的流行基因群。     

天津地区临床分离结核分枝杆菌分型的初步研究

目的探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征。方法连续收集天津市海河医院2005年8月16日11月25日就诊患者痰培养阳性的结核分枝杆菌100株，采用间隔区寡核苷酸分型（spoligotyping）和多位点可变串联重复序列（VNTR）两种方法进行基因分型，并运用软件对二者的结果进行分析。依据北京分化支的定义，运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌／典型北京家族菌株和非典型北京菌株，Χ^2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系。结果排除污染菌株，共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型，spoligotyping结果91．7％为北京基因型（含3株类北京基因型）结核分枝杆菌（88／96）。VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型。在北京分化支结核分枝杆菌中，W菌／典型北京家族菌株占93．2％（82／88）。两种北京分化支亚群与患者年龄及耐药性之间差异无统计学意义（P〉0．05）。结论天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中，北京基因型呈现较为明显的优势。VNTR的分辨率明显高于spoligotyping。北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均有流行，但以W菌／典型北京家族菌株为主。     

北京市昌平地区2011-2015年结核分枝杆菌的流行特征

目的 了解昌平地区结核分枝杆菌不同基因型流行特征,以及不同基因型和耐药性的关系,探讨基因分型用于评价本地区结核病控制中的应用价值。方法 选取北京市昌平区2011-2015年所有培养阳性结核分枝杆菌1 099株,采用Spoligotyping和Gao等推荐的12位点VNTR进行基因分型,同时检测上述菌株对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星和氧氟沙星的耐药性。结果 2011-2015年,昌平地区结核对氧氟沙星耐药率提高（2.9%比8.9%,P=0.01）。在所有菌株中,北京基因型菌株总计976株,占88.8%,非北京基因型菌株总计123株,占11.2%,其中北京基因型菌株中还包括189株（17.2%）古代北京基因型和787株（71.6%）现代北京基因型。北京基因型所占比例在5年期间无显著性变化,从2011年的81.1%到2015年的82.0%。采用VNTR基因分型后,仅有2株菌成簇,成簇率为0.1%。北京基因型对阿米卡星的耐药率（1.7%）低于非北京基因型（4.9%,P=0.02）;而古代北京基因型对链霉素耐药率（28.0%）高于现代北京基因型（15.7%,P=0.01）。结论 近5年来,昌平地区结核对氧氟沙星耐药率提高。北京基因型所占比例在5年期间无明显变化,且菌株成簇率较低,提示近期传播率低。     

甘肃省228株结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型研究

目的利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对甘肃省结核分枝杆菌流行株进行分型研究,了解目前甘肃省结核分枝杆菌流行株基因型的基本情况,为甘肃省结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用Spoligo-typing对甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌进行基因分型,结果使用Bionumerics-5.01软件统计、分析,并与SpolDB4数据库进行比对,得出菌株分型结果。结果228株结核分枝杆菌被分为北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily)2大基因群,其中北京家族基因群占88.6%(202/228)。非北京家族基因群为11.4%(26/228),228株结核分枝杆菌构成23个基因簇,其中独立基因型12个。结论北京家族基因群菌株在甘肃省结核分枝杆菌流行株中占据绝对优势地位,对该基因群菌株引发的结核病应给予密切关注并应加强对北京家族基因型菌株生物学特性研究。