肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析

目的 探讨2008年山东省流行的肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法 以2008年山东省分离的一株EV71(JN200804)为样本,采用RT-PCR方法扩增并测定全基因组核苷酸序列,进行同源性比较和种系发生分析。结果 JN200804株的全基因组序列长度为7404个核苷酸,与其他EV71毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,5′ UTR和3′ UTR的长度和序列有差异。核苷酸同源性比较结果表明,JN200804株与安徽株(Fuyang/17.08/1)、浙江株(Zhejiang08)和北京株(BJ08)的核苷酸同源性均大于95%,与国际标准株BrCr的同源性仅为79.8%。氨基酸同源性比较结果表明,JN200804株与Fuyang/17.08/1同源性高达99.6%,与TW/2086/98同源性最低(94.5%)。根据P1、P2和P3区基因序列构建了种系进化树: JN200804株与C4亚型各毒株(Fuyang/17.08/1、Zhejiang08、BJ08、SHZH03、N3340-TW-02和SHZH98)同属一个分支,核苷酸同源性都在91%以上。结论 JN200804株属于EV71的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和BJ08的进化关系最为密切。     

肠道病毒71型河南分离株2株全基因组序列分析

目的:了解2011年河南洛阳和南阳地区流行的肠道病毒71型(EV71)基因特征。方法:分离洛阳和南阳地区EV71病毒各一株,分别进行全基因测序和基因进化分析。结果:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011的VP1区序列在进化树上均属于C4亚型,与国内流行株都具有较高同源性,与2008年广东流行株亲缘关系最近。这2株全基因核苷酸序列同源性为99.3%,氨基酸序列同源性为97.6%,并且氨基酸均没有发生明显改变。结论:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011属于C4亚型,与我省及我国既往流行株相比,未发生大的变异。     

2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析

目的分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对。结论从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT-PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析。结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08最高(97.7%)。结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基因型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性。     

河南省2010年肠道病毒EV71型分离株全基因组序列分析

目的:了解2010年河南省流行的肠道病毒(EV)71型基因特征.方法:筛选2010年河南省分离的EV71型病毒株1株(EV71/Henan/DC/2010),进行全基因组序列测定和基因进化特性分析.结果:EV71/Henan/DC/2010与其他EV71病毒株相比,编码区无核苷酸的缺失或插入,5'UTR区和3'UTR区...     

1株肠道病毒71型南京分离株的全基因组序列的测定及遗传进化分析

［摘要］目的: 对肠道病毒71型（enterovirus 71,EV71）南京分离株EV71-NJ2012全基因组核苷酸序列进行测定,并与基因库中的代表性序列进行分析比对。方法: 登录基因库,选取不同国家和地区的EV71全基因组序列,设计8对覆盖病毒整个基因组且首尾部分重叠的引物,采用RT-PCR扩增出8个基因片段,通过测序和拼接获得全基因组序列,并与国内外其他EV71分离毒株一起用MEGA 4.0软件进行进化树分析,用DNAStar进行同源性分析。结果： EV71-NJ2012株的基因组长度为 7 404 bp, 其中5′非编码区(UTR)长742 bp, 3′UTR长82 bp,病毒基因组开放阅读框(ORF) 全长6 582 bp, 编码一个含有2 193个氨基酸残基的多聚蛋白。病毒序列在分型上属于C4a基因型,与上海株的核苷酸同源性最近,而与我国台湾、湖北等分离株的核酸序列差异较大。结论： EV71-NJ2012株基因组的组成和结构符合肠道病毒特征,与上海株亲缘关系最近,而与我国台湾、湖北分离株的差异较为明显。EV71-NJ2012株可能与上海株来源于EV71病毒株的同一种系。     

肠道病毒71型基因组5'非编码区序列分析

目的 了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)基因组5 '非编码区(5'UTR)序列特征,探讨基因组中引起神经毒性作用的候选位点.方法 从手足口病患者的粪便标本中分离EV71,运用一步法逆转录聚合酶链反应扩增8个病毒株的5 'UTR区,运用DNAstar和MEGA 4软件进行序列分析.结果 8个病毒株5'UTR区核苷酸为741 ～745 nt,核苷酸序列同源性介于97.0％～99.9％,8个病毒株的5'UTR区与C4亚型的同源性最高.序列比对发现,在5'UTR区第265 nt及703 nt处出现了核苷酸的突变(G265A,G703T).遗传进化分析显示,8个病毒株序列与C4亚型的亲缘关系最为密切.结论 此8个病毒株为C4亚型,核苷酸突变(G265A,G703T)可能与EV71的致神经毒性作用有关.     

1株肠道病毒71型毒株的分离与鉴定

目的 探讨手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)的分离与鉴定方法。方法 采集手足口病疑似病例的咽拭子标本1份接种于人横纹肌肉瘤细胞(rhabdomyosarcoma cell, RD细胞),通过观察病毒的细胞病变效应(cytopathic effect, CPE)来分析EV71的分离效果。分别利用荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)及免疫印迹分析(Western Blotting)方法来鉴定EV71病毒特异性核酸和蛋白。扩增EV71VP1区全长基因,对其序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 手足口病疑似病例咽拭子标本接种RD细胞传代至第2代后出现CPE。RT-PCR和Western Blotting检测结果均显示,感染组RD细胞中有EV71病毒特异性条带,暂命名为EV71分离株2016SHYP001。序列分析结果显示,2016SHYP001株病毒的VP1区核苷酸与C型代表株的同源性较高,为93.1%~98.3%;其中与C4a亚型代表株的同源性最高,为98.3%。进化树分析发现本地流行株与深圳地区流行株的亲缘较近。结论 成功分离出一株新的EV71病毒株2016SHYP001,其株型为C4a亚型。     

汉坦病毒西安分离株基因组全序列测定及分析

目的：测定分离自西安地区黑线姬鼠携带的的汉滩病毒毒株XAAal0091712全基因组序列,对各片段进行进化分析。方法：设计各片段引物,采用反转录-聚合酶链反应,分节段扩增各基因片段,直接用PCR产物或克隆入pMDl8-T载体后进行测序分析。结果：汉坦病毒毒株XAAal0091712全基因组由11845个碱基构成,其中A为3800（3l-99％）,C为2085（17．55％）,G为2551（21．47％）,T为3444（28．99％）;分s、M、L3个片段,各片段进化分析显示其与汉滩病毒贵州分离株高度同源。结论：该毒株属汉滩型病毒,与我国贵州地区汉坦病毒同源性较高,分型属于S2／M9／L4。     

2例EV71死亡病例的病理特征及EV71宁波分离株全基因组序列分析

目的探讨2例感染EV71手足口病(HFMD)死亡病例的病理特征及其病原体的分子生物学特征。方法系统分析2例HFMD病例的临床资料及尸检病理结果,并对EV71的PCR结果进行序列分析。结果死者年龄均<3岁,病情进展快,最终出现肺水肿和肺出血死亡。尸检显示:病变主要在中枢神经系统、肺脏以及肠道。大脑及脑干可见明显充血、水肿、炎症、坏死及软化灶等,脑脊膜炎症明显;肺脏显著充血,主要为水肿和出血,肺间质及小血管周围少量炎细胞浸润;肠黏膜充血,空肠及回肠部分区域肠黏膜、黏膜下层、平滑肌层、浆膜均坏死,细胞核消失,胞质及间质溶解,肠壁变薄,肠系膜淋巴结肿大,肠系膜及肠黏膜下淋巴滤泡增生,生发中心坏死;心肌纤维细胞结构正常,心肌间质充血,心肌细胞水肿,心外膜少量炎性细胞浸润;肝、脾、肾、胰腺病理改变不明显。肠内容物及总肠道组织EV 71病毒核酸检测均为阳性。EV 71病毒全基因共7414个碱基,该2株EV71均为C4亚型。结论危重型HFMD(EV 71感染)患者神经系统、呼吸系统病变明显,严重的脑干脑炎、脑膜炎和神经源性肺水肿、肺出血是死亡的主要原因;C4亚型EV71感染的重症HFMD患儿肠道的损害亦极为显著,肠道功能保护不容忽视。     

云南省3株柯萨奇病毒A组10型分离株全基因组序列分析

目的 分析手足口病相关的柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)云南省分离株的基因组特征.方法 对云南省2009年和2015年3例手足口病患儿临床样本中分离到的3株CV-A10分离株A103/YN/CHN/2015、A72/YN/CHN/2015和R09191/YN/CH N/2009...     

漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征分析

目的了解漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征。方法对2010年漳州市的5株肠道病毒71型分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4．0软件构建系统发生树。结果5株肠道病毒71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891bp,且与2008年安徽阜阳流行株Fuyang．Anhui．P．R．C-17．08-2的VP1区核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高,分别为98．2％-98．8％和99．7％-100．0％。5株肠道病毒71型分离株间的核苷酸序列同源性为97．2％-99．8％．氨基酸序列同源性为99．3％～100．0％。氨基酸在98位和218位这两个位点发生了特异性变异。VP1区基因遗传进化分析表明,漳州市所有分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论5株肠道病毒71型分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支．与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型完全-致。     

广州地区儿童肠道病毒71型分离与鉴定

目的 调查广州地区2004年度EV71感染的流行病学特征.方法 采集可疑为肠道病毒感染患者粪便、疱疹液、咽拭子和脑脊液标本,进行病毒分离和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)特异性扩增进行鉴定,随机选取其中4株EV71分离毒株,对其VPI区进行核苷酸序列测定,并参考EV71各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析.结果 全年EV71病毒检出率3.09%(13/421),主要集中在该年度4月份,13株均来自手足口病患者.4株EV71病毒株之间同源性高达97.5%～99.6%;与A、B基凼型代表株比较,同源性在83.2～84.7%,83.4%～84.7%之间,差异大于15.3%;与EV71病毒C基因型代表株比较,同源性在89.3%～95.1%,较为接近,差异小于12%;与国内以往分离到的Il株CA亚型毒株的核苷酸同源性可达91.9%-97.5%.结论 广州地区2004年度EV71感染的检出率较低,以手足口病的方式.未见其它的并发症,基因型属C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上可能属于同一基因.     

宁夏2011年肠道病毒71型VP1区域序列分析

目的 分析2011年宁夏肠道病毒71型分离株VP1的遗传特征.方法 对宁夏40株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析.结果 2011年宁夏40株分离株与A、B、C型基因型代表株的核苷酸同源性分别为80.9%～82.7%、81.4%～84.8%、87.2%～93.7%,氨基酸同源性分别为94%～95%、96.6%～98%、97.7%～99.7%,与C4a亚型同源性最高;VP1区遗传进化分析表明,这40株同属于C4a亚型.结论 2011年宁夏流行的肠道病毒71型均为C4a亚型,病毒未产生明显的变异,其流行存在多条传播链.     

人副流感病毒广州分离株ZYMgz01全基因组序列测定及分析

目的探讨广州地区副流感病毒的基因组结构和基因型。方法参照GenBank副流感病毒(U51116)全基因组序列设计11对引物,覆盖副流感病毒基因组的全长。以副流感病毒cDNA为模板分段扩增病毒基因组的全长,各片段克隆到T载体上,并进行序列测定和分析。结果人副流感病毒ZYMgz01株全基因组核酸序列为15462bp,提交到GenBank的序列号为EU326526,与3型副流感病毒保守基因同源性为94.0%,具有3型副流感病毒的结构特征。基因组序列同源性比较结果显示,ZHYMgz01株病毒与兰州的LZ22(FJ455842)病毒株的同源性最高,为99.1%;与美国突变病毒株(U51116)同源性为95.1%;与美国病毒株(Z11575)同源性为95.2%;与日本(ABO12132)病毒株的同源性为94.8%,而与加拿大(EU424062)病毒株的同源性为94.8%。系统进化树显示ZHYMgz01病毒株与兰州的LZ22病毒株同属一个进化分支。结论广州地区儿童呼吸道感染的副流感病毒ZHYMgz01全基因组为15462bp,与3型副流感病毒的同源性最高,确定ZHYMgz01是3型副流感病毒。3型副流感病毒系统进化可能与地域差异有一定的关系。     

柯萨奇病毒B5河南分离株全基因组序列测定及分析

目的:了解柯萨奇病毒B5( CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系.方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析.结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7 401 bp.与原型株Faulkner...     

SARS冠状病毒PUMC01分离株的基因组序列分析

目的 对北京协和医院分离的SARS冠状病毒(SARS-CoV)PUMC01株的基因组序列进行变异及系统发育分析。方法 利用随机引物法构建SARS-CoV-PUMC01分离株的cDNA文库,随机挑选质粒克隆进行大规模测序,测序反应经过组装后获得全基因组序列(Genbank Accession No．,AY350750),对该序列与SARS-CoV的参考序列相比进行系统发育及变异分析。结果 与参考序列(SARS-CoV-Tor2及SARS-CoV-Urbani)相比较,在SARS-CoV-PUMC01上共发现10个变异位点;与其他的17株SARS-CoV进行系统发育分析后发现,18株SARS-CoV分为两类,两类之间及每一类的各株病毒间具有不同的分化时间。结论 了解不同地区SARS-CoV之间的系统发育关系,为系统了解不同SARS-CoV分离株之间的临床关系以及SARS-CoV的传播链提供了进化上的证据。     

一株肠致病性大肠杆菌的全基因组序列分析

目的 分析并找出肠致病性大肠杆菌Deng(Enteropathogenic Escherichia coli Deng,EPEC Deng)的全基因组序列特点.方法 EPEC Deng来源于我国婴幼儿腹泻患者的粪便标本,菌株采用诊断血清鉴定血清型,通过自动细菌鉴定仪,使用微量肉汤法进行药敏试验.进一步提取细菌总DNA,构建测序文库,通过Illumina 2000仪器测序,然后利用多引物PCR等方法进行补缺口及拼接,最终获得完整的全基因组.采用相关软件获得基因序列,通过对比已知的蛋白数据库进行基因功能注释及生物信息学分析.结果 EPEC Deng菌株归属O119:H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星、氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦耐药,对其余的抗菌药物均敏感.EPEC Deng基因组包含5 233 046 bp,GC含量50.48％.基因组通过注释后总共有5 347个编码蛋白序列,80个tRNA的编码基因,以及22个完整的rRNA基因编码的操纵子.EPEC染色体基因组中含有致病岛,大小约为40Kb左右,与数据库中的一个37Kb的致病岛(AF200363.1)序列极为相似,相似度达到99％.结论 完成了肠致病性大肠杆菌基因组精细测序分析,PAI是EPEC致病的关键,为进一步研究菌株的进化关系提供了基因数据.     

肠道病毒71型的研究进展

肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)感染主要引起手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD).此外,还能引起无菌性脑膜炎、脑干脑炎和脊髓灰质炎样麻痹等多种神经系统疾病[1].     

肠道病毒71型分子生物学研究

就有关EV71病毒生物学特征、病毒的复制、诊断技术、EV型别鉴定及分子流行病学等方面作一综述。     

肠道病毒71型感染研究进展

肠道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）属于小RNA病毒科（Picomaradae）肠道病毒属（Enterovirus）,同一属的病毒还有脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒和埃可病毒等。这类病毒通过在人体的消化道组织中侵袭与繁殖,后经过血液循环传播,而最终导致多种临床病征。EV71最初于1969年由Schmidt等从美国加利福尼亚州1名9个月大的脑炎患儿的脑脊液中分离出,1972年定出血清型,并于1974年首次报道。其后,在全世界发现各种各样的临床表现和很多致命性感染与EV71相关。