酵母的基因组分型

传统的酵母分型方法具有一定的局限性，分子生物学技术的发展，推动了酵母组分型工作，回顾了近２０年来酵母基因组分型的发展过程，对各种分类方法，如碱基组成，种特异性探针，脉冲电泳核型，重复序列及线粒体ＤＮＡ和核蛋白体ＲＮＡ限制性片段长度多态性等进行了比较。     

比较基因组杂交技术用于诊断皮肤肿瘤

比较基因组杂交技术是在荧光原位杂交基础上结合消减技术发展起来的一种能快速、全面分析染色体基因组增加和缺失的分子遗传学方法。用比较基因组杂交分析皮肤肿瘤高频率的染色体变异,将为相应肿瘤易感基因的筛选提供定位资料。特异性比较基因组杂交的结果有助于皮肤肿瘤的诊断和鉴别诊断,对其分型、分期、预后的判断有辅助作用,并可为皮肤肿瘤的发生、发展提供线索。     

DNA芯片技术在诊断恶性黑素瘤中的应用

人类基因组序列的研究成功,为基因组功能分析奠定基础.而DNA芯片技术允许同时检测上千个基因,成为基因组功能分析的方法之一.从正常的黑素细胞、非典型痣、原位黑素瘤到侵袭性黑素瘤的发展过程,使恶性黑素瘤成为使用DNA芯片技术研究肿瘤发病机制的模型.使用DNA芯片技术根据恶性黑素瘤基因表达谱的不同,对恶性黑素瘤进行新的分型,发现恶性黑素瘤形成过程中的基因表达异常、染色体变异及与恶性黑素瘤转移相关的基因等.     

白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因部分序列的比较研究

目的 通过对白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因部分序列的比较,探讨两相在DNA水平的差异。方法 对5株分离自同一HIV阳性患者的白念珠菌分别进行菌丝相与酵母相培养后,抽提基因组DNA,PCR扩增ERG11基因(包括部分上游和下游非编码区),用下游引物对部分ERG11基因进行测序。结果CA-7菌丝相与酵母相ERG11基因序列存在差异,分别位于第1547,1587和1617位点。结论 白念球菌菌丝相与酵母相在DNA水平存在差异,在进行白念珠菌的病原真菌学研究中菌丝相为适宜的研究对象。     

申克孢子丝菌的分子生物学研究进展

申克孢子丝菌是孢子丝菌病的致病菌 ,为双相致病真菌。发生孢子丝菌病是由于宿主体内酵母细胞增殖所致 ,同时还与宿主防御机制有关。对其基因分型、部分基因的鉴定、分子诊断方法及致病机理的分子基础等方面的研究进展进行了综述     

32株孢子丝菌临床株两种基因分型方法比较

目的 确定哪种孢子丝菌基因分型的方法分辨力更高,所分基因型与临床表现及地域分布相关性更好。方法 以32株不同地区及临床类型的孢子丝菌菌株为研究样本,分别进行mtDNA RFLP分型,基因组DNA RAPD分型和rDNA RFLP-Southern blotting杂交分型,并进行比较。结果 mtDNA-RFLP方法将受试菌株分为5型,分别对应Ishizaki等命名的1,4,6,7,20五种基因型;RAPD方法将受试菌株分为7种基因型（I-VII型）; rDNA RFLP-Southern blotting杂交方法将受试菌株分为15种基因型（A-O型）,且其所分基因型与菌株的南北方分布及临床表现有一定相关性。结论 三种孢子丝菌基因分型方法中,rDNA RFLP-Southern blotting杂交方法分辨力较高,所分基因型与临床表现及地域分布相关性更好。     

027 脉冲场凝胶电泳方法用作淋病奈瑟菌流行病学工具

目前最常用的鉴别淋病奈瑟菌的方法是建立在营养型和血清型特征的基础上的。这些方法存在着局限性。近期已经出现了一些建立在ＤＮＡ特征基础之上的更有力的分型方法。其中一种常用的技术就是用限制性内切酶消化基因组ＤＮＡ ,然后用脉冲场凝胶电泳 (ＰＦＧＥ)得到ＤＮＡ片段 ,通过分析其指纹图谱进行分型。ＰＦＧＥ有可能标识整个基因组 ,并有高度的分辨力。该研究的目的是用ＰＦＧＥ的方法来探讨瑞典淋球菌的主要血清型 (ＩＢ - 2和ＩＢ - 3)的遗传同质性和异质性 ,并将结果与流行病学资料进行比较。同时检测它们之间以及和其它 2 5种淋球…     

申克孢子丝菌的分子生物学研究进展

申克孢子丝菌是孢子丝菌病的致病菌，以双相致病真菌。发生孢子丝菌病是由于宿主体内酵母细胞增殖所致，同时还与宿主防御机制有关。对其基因分型、部分基因的鉴定、分子诊断方法及致病机理的分子基础等方面的研究进展进行了综述。     

须癣毛癣菌基因分型的研究

目的探讨ITS区域的探针与DNA印迹杂交法对须癣毛癣菌的基因分型,并分析基因型与来源地区的相关性。方法用溴化十六烷基三甲铵(CTAB)法提取DNA,以皮肤癣菌的特异性引物NS5[5-′AACTTAAAGGAATT-GACGGAAG-3′]与ITS4[5-′TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′]为引物,以须癣毛癣菌的标准菌株为模板,用PCR法扩增rD-NA部分18S区、ITSⅠ区、5.8 s区和ITSⅡ区为探针,随机引物法将探针标记,EcoR1酶切基因组DNA,按ECL试剂盒标准流程将酶切的基因组DNA与探针杂交;根据杂交的不同带型而分型。结果所试35株须癣毛癣菌分为14型(A~N型),A,B,C,D四型占62.86%。南方株以A和C型为主,北方株以B和D型为主。结论用ITS区域探针与DNA印迹杂交法对须癣毛癣菌基因组分型敏感性强、分辨力较高;南北方须癣毛癣菌DNA分型存在一定差异;DNA分型对须癣毛癣菌病的流行病学调查和菌学的生物学研究具有重要价值。     

基于PCR-LIS-SSCP的白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因比较研究

目的通过对白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因PCR-LIS-SSCP图谱的比较,探讨两相细胞在DNA水平的差异。方法分别抽提16株来自同一亲本且对氟康唑敏感性不同的白念珠菌菌丝相与酵母相基因组DNA,根据ERG11基因序列设计7对引物,对其进行分段PCR扩增,扩增产物经单链变性后,以非变性聚丙烯酰胺凝胶进行SSCP分析。结果16株白念珠菌菌丝相与酵母相均能扩增出目的片段,SSCP图谱显示两相细胞的ERG11基因序列存在多位点差异。结论白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11,基因存在着差异。     

白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因PCR-RFLP比较分析

目的通过对白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因限制性片段长度多态性分析,比较两相细胞在DNA水平的差异。方法分别抽提来自同一亲本、对氟康唑敏感性不同的白念珠菌(CA-1,CA-2,CA-4,CA-6,CA-7,CA-9,CA-11,CA-13~CA-17)菌丝相与酵母相基因组DNA,根据ERG11基因序列设计一对引物,对其进行PCR扩增(包括部分上游和下游非编码区),扩增产物分别用AccⅠ和MunⅠ消化、琼脂糖凝胶电泳后观察。结果各株白念珠菌菌丝相与酵母相均能扩增出约1 734bp大小的目的片段,CA-7,CA-14,CA-16和CA-17株两相细胞ERG11基因RFLP图谱存在差异,其余受试菌株未见差异。结论从DNA全貌来看,白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因存在差异。     

一家系先天性秃发的基因定位

目的:通过定位克隆或定位后选克隆技术识别先天性秃发的致病基因。方法:将家系成员外周血基因组DNA,利用微卫星标记技术,对文献报道过的与毛发和外胚层发育有关的5,6,7,8,17,18号染色体进行基因组扫描,采用Genescan和Genotyper软件进行基因分型,采用Linkage软件包进行连锁分析,初步确定致病基因所在的染色体的位置。结果:未发现与5,6,7,8,17,18号染色体连锁的微卫星标记。结论:先天性秃发可能具有基因异质性。     

红色毛癣菌的基因分型研究

目的 探讨探针与DNA印迹杂交法对红色毛癣菌的基因分型并分析其基因型与来源地区的相关性。方法 用溴化十六烷基三甲铵（CTAB）法提取DNA，以皮肤癣菌的特异性引物NS5[5′-AACTAAAGGAATTGACGGAAG-3′]与ITS4[5′-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′]为引物，以红色毛癣菌的标准菌株为模板，用PCR法扩增出其rDNA部分18S区，ITSI区，5.8S区和ITSⅡ区为探针，用随机引物法将探针标记^32P，用EcoRI酶切基因组DNA，采用DNA印迹的标准流程将酶切的基因组DNA与探针杂交；显示的不同带型，以此作为红色毛癣菌基因分型的依据。结果 所试49株红色毛癣菌（南京21株，大连26株，北京2株）分为20型（A-T型），其中A-C型占48.98%。南京株绝大多数为3条带，大连株大部分为4条带。结论 用ITS区域探针与DNA印迹杂交法对红色毛癣菌基因组分型敏感性强，分辨力高；南京与大连两地区红色毛癣菌DNA分型具有明显差异，DNA分型对红色毛癣菌病的流行病学，临床疗效的判定以及指导用药均具有重要价值。     

麻风病

2006188150株麻风菌基因分型的初步研究/翁小满(首都医大附属北京友谊医院北京热带医学研究所),温艳,田秀君…∥中华流行病学杂志.-2006,27(5).-402~405从云南省文山州的37例、其他省市的13例麻风患者的皮损活检中,提取麻风菌DNA。以麻风菌基因组内的可变数目的串联重复序列(VNTR)为基因分型的基础,对11个位点进行聚合酶链反应,确定其重复序列的拷贝数。中国麻风菌株多数位点的基因型与印度、菲律宾的菌株一致,提示中国麻风菌株与印度和菲律宾的菌株相近;12-5位点可作为区别中国与周边国家麻风菌株基因分型的标志物;VNTR基因分型方法可…     

角化性皮肤病

20051038 播散性浅表汗孔角化病的基因定位/王霍英(山东省立医院皮肤科),张莉,孙志坚…//中华皮肤科杂志.-2004,37(10).-563-565 收集山东籍一家系6代共254人中的现症者14 例,采到11例患者及21例正常人的血样,分离抽提基因组DNA,选用382对来自常染色体的荧光标记引物, 进行全基因组扫描,基因分型后进行连锁分析,明确了致病基因区域,对其中10对引物进行精细定位。结果     

沙眼衣原体标准株不同型之间的差异性分析

目的鉴定从ATCC购买的标准株是否为正确型别并比较它们之间的差异。方法沙眼衣原体标准株连续多次传代培养,每次培养后用卢戈氏碘液染色观察并进行包涵体计数,提取基因组DNA进行PCR-RFLP分型鉴定。结果经分型鉴定后,从ATCC购买的标准株为相应的D型、F型、I型;同样的接种剂量400μL,D型随传代次数的增加包涵体数(反应感染率)直线增加,F型、I型随传代次数的增加包涵体数维持在一定的水平并没有明显增多,即感染率没有明显增加。结论从ATCC购买的标准株分型后均为正确的型别,但不同型之间感染率增长的差异明显,为理解沙眼衣原体不同型别致病性的不同提供了一定的理论依据。     

麻风菌基因分型及流行病学应用的研究

虽然麻风病在全世界不再是一个公共卫生问题，但是在一些国家和地区，麻风病的发现率仍旧没有明显下降。既往认为，麻风菌不能体外培养，缺乏对麻风菌的深入了解。基因组测序的成功，为麻风菌的分型提供依据。迄今为止，VNTR和SNP是麻风菌分型的基础，VNTR是由于核苷酸在复制过程中的滑动链错配引起，麻风菌的基因分型和麻风菌的地理分布和历史变迁有一定的关系，其中以VNTR为基础的地理分型和麻风病的短传播链有关，而且对于复发和再感染的鉴别具有积极意义。并探讨VNTR稳定性的意义。     

白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因差异性分析

目的 探讨白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因间的差异.方法 将16株同一亲本来源、对氟康唑敏感性不同的白念珠菌(CA-1～CA-9、CA-11～CA-17)进行菌丝相与酵母相培养后,分别抽提基因组DNA,设计引物扩增ERG11基因,扩增产物分别用Acc I、Mun I、Afl Ⅱ消化,电泳后比较两相细胞RFLP图谱,同时用下游引物P₂对ERG11基因扩增产物进行反向测序.结果 Acc I、Mun I、Afl Ⅱ RFLP图谱及基因测序结果均显示菌株CA-7、CA-8、CA-14、CA-16、CA-17的菌丝相与酵母相间存在差异,两相细胞ERG11基因在1547、1587、1617三位点存在差异,位点编号按照基因库中ERG11基因序列编号(登录号X13296).结论 白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因间存在差异,在进行白念珠菌体外研究时,选用其菌丝相更能反映体内真实情况.     

真菌病

20 0 2 1490　酵母相马尔尼菲青霉菌体外抗真菌药敏试验研究 /梁伶 (广西医大一附院皮肤科 )…∥中国皮肤性病学杂志 .- 2 0 0 1,15 (4 ) .- 2 4 3～ 2 4 5对 6株马尔尼菲青霉菌 (PM)的酵母相 ,采用M2 7- P方案中的 E- test法测定对伊曲康唑、酮康唑、氟康唑、 5 -氟胞嘧啶、二性霉素 B的 MIC值。结果显示伊曲康唑敏感性最强 ,其次是酮康唑和5 -氟胞嘧啶 ,二性霉素 B敏感性相对较弱 ,氟康唑 MIC值较其它 4种药物要大。酵母型 PM对 5种抗真菌药物敏感性存在差异。图 6表 1参 7　(王冬云 )2 0 0 2 1491　红色毛癣菌随机扩增 DNA多态性分型研究 /成晓茹 (一军大南方医院惠侨科 )…∥中华皮肤科杂志 .- 2 0 0 1,34 (6) .- 4 4 8～ 4 4 9研究发现 ,三地 4 6株红色毛癣菌可分为五个基因亚型 ,基因分型与表型分型间并无对应关系 ,同一表型可呈不同的基因型 ,不同的表型又可呈同一基因型。然而 ,红色毛癣菌的基因型与地区来源却有较密切的关系 ,表明不同的地理环境、气候特征、生活习性等因素对红色毛癣菌的遗传...     

遗传性对称性色素异常症一家系致病基因的定位和突变研究

目的 探讨遗传性对称性色素异常症家系的致病基因。方法 明确先证者的临床诊断后,收集该家系成员的血样抽提基因组DNA,应用基因分型和连锁分析的方法进行基因定位,并对该定位区域内DSRAD基因直接测序,分析其突变位点。结果 基因分型和连锁分析将该家系的致病基因定位于1号染色体,和已知报道的区域一致。突变研究发现该家系所有患者的DSRAD基因2号外显子均携带CAA→TAA的突变,使得517位氨基酸由谷氨酰胺变成中止密码子。结论 该遗传性对称性色素异常症家系中的患者存在DSRAD基因的无义突变。