用激光捕获显微切割联合蛋白质芯片筛选肺鳞癌和腺癌组织差异蛋白

目的 应用激光捕获显微切割(LCM)联合表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片及支持向量机(SVM)方法筛选肺鳞癌和腺癌差异表达蛋白质,探讨二者在蛋白水平的差异,为筛选肺癌分型标志物提供依据.方法 将6例新鲜肺鳞癌及7例腺癌组织标本用LCM选择性获取1.4×105个同质鳞癌细胞和1.2×105个同质腺癌细胞.经PBS Ⅱ+型SELDI-TOF-MS分析仪(IMAC芯片)分析鳞癌及腺癌细胞蛋白质表达谱,比对差异峰;应用SVM筛选并验证候选标志蛋白的判别效能.结果 比较鳞癌和腺癌细胞的SELDI谱图,共筛选出87个蛋白峰.将差异最明显的10个蛋白峰作为候选标志蛋白.与腺癌相比,4种蛋白(相对分子质量分别为2505、4004、4847及11 412)在鳞癌中呈高表达;与鳞癌相比,6种蛋白(相对分子质量分别为3333、3592、3848、5036、5191及5211)在腺癌中呈高表达.其中相对分子质量为4847的蛋白在鳞癌和腺癌中表达差异有统计学意义.用SVM建立分类预测模型并评价各模型效能,筛选出一个由3种蛋白质(相对分子质量分别为4847、11 412和3592)组成的分型标志蛋白组合模式,其敏感度和特异度均为100%.结论 肺鳞癌和腺癌在蛋白水平存在差异;LCM联合SELDI蛋白质芯片技术有可能筛选出敏感性高、特异性强的肺癌分型标志蛋白组合模式.     

表面增强激光解析离子化飞行时间质谱技术筛选的肺腺癌血清标志蛋白与传统肿瘤标志物的比较

目的比较表面增强激光解析离子化飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)筛选的肺腺癌血清标志蛋白与传统肿瘤标志物癌胚抗原(CEA)、神经元特异性烯醇化酶(NSE)、糖类抗原(CA125)和细胞角蛋白19片断(CYFRA21-1)对肺腺癌诊断价值的差异。方法肺腺癌组和健康对照组各71例,按性别、年龄配对,采用SELDI-TOF-MS检测血清蛋白质质谱,筛选出血清肺腺癌标志蛋白。采用化学发光法检测血清CYFRA21-1、CEA、CA125和NSE水平。并比较联合检测对肺腺癌的诊断价值。结果①SELDI-TOF-MS检测结果:肺腺癌组有5个蛋白质峰明显呈高表达,该5个峰的相对分子质量分别为4047.79±1.60、4203.99±1.91、4959.81±2.13、5329.30±2.55和7760.12±4.11。②肺腺癌组血清CEA、CA125、NSE和CYFRA21-1水平分别为(54.38±12.79)μg/L、(130.45±54.36)mg/L、(16.85±4.65)μg/L和(23.45±5.75)μg/L,均显著高于健康对照组[(5.26±1.74)μg/L、(21.01±8.1 6)mg/L、(8.53±3.08)μg/L和(2.48±1.23)μg/L,P值均<0.05]。③5个蛋白质峰联合检测中,以3项指标阳性对肺腺癌的诊断效率最高(灵敏性、特异性分别为92.96%、90.14%);CEA、CAl25、NSE和CYFRA21-1联合检测中,2项指标阳性对肺腺癌的诊断效率较高(灵敏性、特异性分别为63.38%、56.34%)。结论SELDI-TOF-MS技术是一种快速、简便易行且高通量的分析方法,可直接筛选出相对特异的肿瘤标志蛋白,与传统肿瘤标志物相比,更利于肺腺癌早期诊断和筛查。     

SELDI蛋白质芯片技术在肺癌早期诊断中的研究进展

随着人类基因组计划的完成,分子医学的研究领域已转移到蛋白质组学研究。蛋白质组学为发现肿瘤诊断标志物及可能的新型治疗靶分子提供了可能,肿瘤发生早期的蛋白质变化有可能成为临床早期诊断指标。表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术是一种操作简单、敏感性高、特异性强的高通量蛋白组学方法,是基于蛋白质芯片和质谱技术联用的多种肿瘤标志物筛选的分析平台。现主要对SELDI蛋白质芯片技术在肺癌早期诊断中的应用研究现状予以简要综述。     

应用激光捕获显微切割和蛋白质组学技术筛选鼻咽癌的差异表达蛋白质

目的:筛选鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)的差异表达蛋白质,为寻找NPC的分子标志物提供科学依据. 方法:采用激光捕获显微切割技术(laser capture microdissection,LCM)分别从NPC组织和正常鼻咽上皮组织(normal nasopharyngeal epithelial tissue,NNET)中纯化NPC细胞和正常鼻咽上皮细胞(normal nasopharyngeal epithelial cells,NNEC),应用二维凝胶电泳(2-DE)分离LCM 纯化细胞的蛋白质,图像分析识别差异表达的蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和电喷雾电离串联质谱(ESI-Q-TOF-MS)鉴定差异蛋白质点,Western 印迹和组织芯片(tissue microarray,TMA)免疫组织化学验证差异蛋白鳞状细胞癌抗原1(SCCA1)在两种组织中的表达水平.结果:建立了LCM 纯化的NPC细胞和NNEC的2-DE图谱,质谱鉴定了36个差异蛋白质,其中20个蛋白只在NPC表达或表达上调,16个蛋白在NPC中表达下调或缺失. Western 印迹和组织芯片免疫组织化学结果显示:SCCA1在NPC中的表达水平较NNET明显下调,与比较蛋白质组学结果一致.结论:36个差异蛋白可能与NPC的发病有关,为筛选NPC分子标志物奠定了基础.     

激光捕获显微切割技术纯化的肺鳞癌原发灶与淋巴结转移灶肿瘤细胞的比较蛋白质组学

目的：筛选肺鳞癌淋巴结转移相关的蛋白质。方法：采用激光捕获显微切割技术（lasercapture microdissection,LCM）分别从肺鳞癌原发灶组织和匹配的淋巴结转移灶癌组织中切割纯化鳞癌细胞;应用二维凝胶电泳（two-dimensional electrophoresis,2-DE）分离LCM纯化细胞的蛋白质;图像分析识别差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点,Western印迹验证差异蛋白Rho-GDIα在LCM纯化的肺鳞癌原发灶肿瘤细胞（lung primary tumor cells,LPTC）和匹配的淋巴结转移灶肿瘤细胞（lymph node metastatic tumor cells,LNMTC）中的表达。结果：建立了LCM纯化的LPTC和匹配的LNMTC的2-DE图谱,质谱鉴定了22个差异蛋白质,与LPTC相比,8个蛋白质在LNMTC中表达明显增高。结论：22个差异蛋白可能与肺鳞癌淋巴结转移有关,为筛选肺鳞癌转移标志物奠定了基础。     

疾病蛋白质组学在肺癌早期诊断中的作用

蛋白质组学(proteomics)的产生与基因组研究的局限性密切相关。基因组学不能回答蛋白质的表达、翻译后修饰、蛋白质和蛋白质分子或其他生物分子间的相互作用等问题[1,2]。1994年澳大利亚学者首次提出了蛋白质组(pro-teome)概念,定义为“蛋白质组指的是由一个细胞或一个组织的基因组所表达的全部相应的蛋白质”,这个概念很快得到了国际生物学界的认可[3]。蛋白质组学研究是指蛋白质组学的技术及这些研究所得到的结果。蛋白质组学所测得的蛋白质组以一系列峰的形式呈现,这些特异的峰可看成此类疾病的指纹图谱,即蛋白质组指纹图谱(protein pro-…     

激光捕获显微切割技术纯化的肺鳞癌原发灶与 淋巴结转移灶肿瘤细胞的比较蛋白质组学

目的：筛选肺鳞癌淋巴结转移相关的蛋白质。 方法：采用激光捕获显微切割技术(laser capture microdissection,LCM)分别从肺鳞癌原发灶组织和匹配的淋巴结转移灶癌组织中切割纯化鳞癌细胞;应用二维凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)分离LCM纯化细胞的蛋白质;图像分析识别差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点,Western印迹验证差异蛋白Rho-GDIα在LCM纯化的肺鳞癌原发灶肿瘤细胞（lung primary tumor cells, LPTC）和匹配的淋巴结转移灶肿瘤细胞（lymph node metastatic tumor cells, LNMTC）中的表达。结果：建立了LCM纯化的LPTC和匹配的LNMTC的2-DE图谱,质谱鉴定了22个差异蛋白质,与LPTC相比,8个蛋白质在LNMTC中表达明显增高。结论：22个差异蛋白可能与肺鳞癌淋巴结转移有关,为筛选肺鳞癌转移标志物奠定了基础。     

表面增强激光解吸/离子化蛋白质芯片技术在肝细胞癌早期诊断研究中的应用

随着蛋白质组学研究技术的飞速发展,集样品分离、纯化、检测和数据分析为一体的表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱蛋白质芯片技术已成为蛋白质组学研究的有力工具,它可以快速、简便地直接检测各种体液及分泌物,具有标本用量少、高通量分析等特点,并在筛选、鉴定肿瘤标志物及临床疾病的诊断、防治方面发挥了重要作用。本文介绍了该技术的特点和分析步骤,以及该技术在肝细胞癌早期诊断中的应用情况,并对其前景进行展望。     

SELDI蛋白质芯片技术在结直肠癌临床诊断中的应用研究

目的：利用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱（SELDI-TOF—MS）技术及蛋白质芯片检测结直肠癌病人血清蛋白质指纹图谱,初步探讨其用于结直肠癌诊断的临床价值。方法：利用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱（SELDI—TOF—MS）技术及弱阳离子交换表面CM10蛋白芯片监测70例结直肠癌患者和48例良性病变对照及25例正常对照的血清蛋白质谱。分为训练集（40例患者40例对照）和验证集（30例患者和33例对照）,前者用于筛选结直肠癌的差异蛋白标志物并建立人工神经网络（ANN）诊断模型,后者用于诊断效度的盲法验证。结果：结直肠癌患者和对照组血清蛋白指纹图谱共有148个明显表达差异的蛋白峰,筛选质荷比（m／z）为2957、2974、2982、3016、3282、5928、5948、6647、6661的9个蛋白质峰作为标志蛋白（P〈0．01）建立人工神经网络诊断模型,利用该模型对结直肠癌进行盲法预测,结果表明该诊断模型检测结直肠癌的灵敏度为94．2％,特异度为91．3％。结论：应用蛋白芯片技术检测到对结直肠癌有鉴别意义的血清蛋白标志物,可能为结直肠癌的早期诊断提供了新的手段。     

SELDI飞行质谱技术检测结直肠癌患者血清肿瘤转移相关蛋白

结直肠癌的淋巴结转移和远处转移是决定患者预后的主要原因,早期结直肠癌的5年生存率明显优于中晚期患者.目前对大肠癌侵袭转移的分子机制仍不清楚.     

应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱筛选大肠癌血清特异标志物

目的 采用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测大肠癌患者与健康对照者血清中蛋白的差异,为大肠癌的早期诊断提供理论依据.方法 应用SELDI-TOF-MS技术及弱阳离子蛋白质芯片(WCX2)检测36例健康成人(对照组)和36例大肠癌患者(大肠组)血清中蛋白含量.结果 在质荷比为2 000Da～30 000Da的范围内,两组样本检测到了对照组82个蛋白峰.其中3 604.240 Da蛋白峰大肠癌组明显高于对照组(P＜0.05),而12 861.368 Da的蛋白峰对照组明显高于大肠癌组(P＜0.05).利用这两个蛋白筛查大肠癌的特异度为86.11%(31/36),敏感度为77.78%(28,36),阳性预测值为87.5%.结论 质荷比为3 604.240 Da与12 861.368 Da的两个蛋白峰可以作为大肠癌早期诊断的备选标志物.     

两种蛋白芯片筛选血清蛋白标志物的对比分析

目的从CM10、IMAC3-Cu这两种芯片中选择适合应用于血清蛋白质指纹图谱研究的芯片种类。方法选择慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和健康人血清各13例,采用CM10、IMAC3-Cu两种蛋白芯片,经SELDI-TOF-MS技术对样本进行检测比较。结果在2000-50000Da范围内,CM10和I-MAC3-Cu芯片在各实验组捕获的有效蛋白峰数的差异均有统计学意义（P〈0.05）。结论CM10能得到更多慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和健康人的有意义的蛋白峰值,能更好的应用于血清蛋白组学的实验研究。     

表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术筛选蕈样肉芽肿血清生物标志物

目的 应用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)筛选蕈样肉芽肿患者血清中的生物标志物.方法 采用CM10蛋白质芯片捕获14例蕈样肉芽肿患者(研究组)和17例对照者(对照组)血清中的蛋白质,结合BiomarkerWizard软件进行分析.结果 所有标本在相对分子质量0～50000范围内均能检测出131个左右的蛋白峰.两组血清样本的蛋白质指纹图谱存在14个差异表达蛋白质峰,其中相对分子质量为7670的蛋白质峰与C-C基序趋化因子22相符.结论 SELDI-TOF-MS可用于蕈样肉芽肿患者血清生物标志物的筛选.     

基因芯片联合激光捕获显微切割技术在脊髓背根神经节基因表达研究中的应用

目的探索联合激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)与基因芯片技术在大鼠脊髓背根神经节的感觉神经元基因表达研究中的可行性。方法取大鼠L4、L5、L6节段脊髓背根神经节,用LCM技术获取神经细胞,提取总RNA,甲醛变性凝胶电泳鉴定RNA质量,检测纯度和产量,并以实时RT-PCR方法进行验证。结果总RNA的完整性较好,经单轮T7线性扩增后得到足量的aRNA,可用于实时RT-PCR研究和进一步基因芯片杂交实验。结论结合有效的RNA保护方法和线性扩增,LCM可以分离出纯净的背根神经节的感觉神经元,满足下游基因芯片研究的要求。     

血清蛋白质指纹图谱与人工神经网络模型在肺癌诊断中的应用

目的筛选肺癌相关标志物并建立诊断肺癌的蛋白质谱模型。方法应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术检测了86例肺癌、80例健康对照样本的血清蛋白质质谱,结合人工神经网络建立肺癌诊断模型。结果从肺癌组与健康对照组中筛选出了4个蛋白质荷比峰建立肺癌诊断模型,该诊断模型的特异性为 100％（95％的置信区间为93.9％～100.0％）,敏感性为93.6％（87.6％～96.4％）,准确率为96.7%（88.1％～98.3％）。结论成功建立了肺癌诊断模型,该模型在肺癌的诊断中具有较高的敏感性和特异性。     

表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱技术在神经管缺陷胎儿母亲血清、尿液和羊水蛋白质标志物筛查中的研究

目的 探讨利用表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术结合分类与回归树分析(classification and regression tree analysis,CART)在筛选神经管缺陷胎儿母亲血清和尿液蛋白质标志物的应用.方法 孕母血清样本31例,尿液样本35例和羊水样本20例用于检测.采用PBSIIC型蛋白质芯片阅读机读取数据.SELDI数据结果采用分类与回归树分析(CART)建立血清和尿液诊断模型,用于区分神经管缺陷组与正常对照组.结果 与正常组比较,神经管畸形组血清中有8种蛋白质高表达,4种蛋白质低表达;尿液中有4种蛋白质高表达,1种蛋白质低表达;羊水中有6种蛋白质高表达,1种蛋白质低表达.4种蛋白质峰用于建立决策分类树诊断模型,血清诊断灵敏度88.20%,特异度100%;尿液诊断灵敏度80.00%,特异度93.33%.结论 血清和尿液蛋白质谱的高灵敏度和特异度提示表面增强激光解析/离子化飞行时间质谱结合分类与回归树分析能够筛选神经管缺陷胎儿和正常对照.     

电离飞行时间质谱技术在肺癌早期诊断中的应用现状及前景

肺癌是最常见的肿瘤相关性死亡原因,预后较差,胸部X线及痰细胞筛查不能有效提高生存率。表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)具有分析速度快、高通量、样品用量少、敏感度高和特异性强等特点,能直接分析组分复杂的生物样品。该技术也成功地用于研究肺癌的肿瘤标志物,在肺癌的早期诊断、治疗和预测预后等方面获得了明显进展。