基于网络药理学探究桃红四物汤治疗类风湿性关节炎作用机制

目的应用网络药理学方法探究桃红四物汤治疗类风湿性关节炎潜在药效作用机制。方法基于课题组前期UPLC-Q-TOF-MS E数据并结合TCMSP数据库,获取桃红四物汤主要化学成分,将口服生物利用度(OB)、类药性(DL)设定为筛选参数,寻找活性成分,通过PharmMapper数据库进行靶点预测;从OMIM、GeneCards数据库对类风湿性关节炎的靶点进行检索;使用Cytoscape 3.7.1软件构建成分-靶点相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析得到核心活性成分;使用STRING数据库绘制蛋白-蛋白相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析得到核心靶点;对交集靶点基因利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,探讨潜在靶点可能具有的生物学功能及通路。结果从桃红四物汤中筛选出38个活性成分,核心成分11个;治疗类风湿性关节炎的靶点291个,核心靶点33个;GO分析结果显示59个生物过程、32个分子功能、15个细胞组成;KEGG分析结果显示34条信号通路。结论本研究初步证实桃红四物汤通过多靶点、多通路治疗类风湿性关节炎,为类风湿性关节炎的治疗提供思路和参考。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于系统药理学的雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制研究

目的 基于系统药理学方法研究雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制。方法 基于中药系统药理学平台（TCMSP）数据库和文献搜索,建立雷公藤配伍甘草化学成分库。运用DRAR-CPI、中医分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）等在线预测网站,预测成分靶标,并与疾病靶标取交集得到雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用靶标。通过作用靶标反向筛选潜在活性成分,并用超高效液相色谱-飞行时间质谱（UPLC-Q-TOF/MS）分析手段对活性成分进行验证。利用GeneMANIA数据库搜索间接靶标并利用蛋白互作筛选关键靶标,采用分子对接技术（SystemsDock）对潜在活性成分和关键靶标进行匹配,验证前期靶标筛选的可靠性以及反向药效团匹配的正确性。通过GO和京都基因与基因组百科全书通路分析（KEGG）生物学注释分析关键作用通路,探讨雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制。结果 共得到33个化学成分和47个潜在靶标,其中32个成分31个靶标和35条通路与药对治疗类风湿性关节炎有密切关系,主要涉及花生四烯酸代谢通路、白介素（IL）-17信号通路、核因子（NF）-κB信号通路等炎症通路以及T细胞受体信号通路、C型凝集素受体信号通路等与免疫相关的通路。结论 雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎主要通过炎症与免疫调节等多条途径得以实现。     

基于分子网络研究四逆散抗抑郁症作用的潜在生物学机制

目的 基于分子网络研究四逆散治疗抑郁症的潜在生物学机制。方法 借助于中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库筛选四逆散的活性成分,筛选条件为口服利用率、药物相似性和血脑屏障透过率,并挖掘四逆散活性成分靶点和抑郁症的治疗靶点。利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点,对应相应成分定义为四逆散抗抑郁的有效成分。利用String在线数据库进行交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络的预测,并利用DAVID数据库进行交集靶点KEGG信号通路的富集分析。最后使用Cytoscape 3.6软件进行活性成分-靶点网络及有效成分-靶点-信号通路的构建和拓扑分析。结果 筛选出了四逆散107个有效成分和28个重要的抗抑郁症靶点。四逆散抗抑郁症的重要靶点显著富集于神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触、逆行内源性大麻素信号传导、钙信号通路等10个信号通路中。结论 本研究从分子网络的角度初步揭示了四逆散治疗抑郁症的潜在作用机制,其主要的生物学机制可能与以神经活性配体-受体相互作用为中心的信号通路有关。     

基于网络药理学对参麦注射液缓解CIPN作用机制分析

目的 探讨参麦注射液缓解化疗所致周围神经毒性(CIPN)的作用机制。方法 借助ETCM及TCMSP检索红参及麦冬的化学成分和作用靶点,通过OMIM、Disgenet、GeneCards等多个数据库查询与CIPN相关的基因。运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,并利用String工具获得PPI网络筛选出核心靶点,最后通过Metascape对PPICN的靶蛋白进行基因富集分析。结果 参麦-靶点网络包含38个化合物和相应靶点105个;PPI核心网络包含23个蛋白;GO分析得到条目34个,KEGG通路富集筛选得到9条信号通路（P＜0.01）。结论 参麦注射液中对CIPN关键活性成分源自麦冬的组分占比60%;GO富集分析与KEGG通路分析结果显示参麦注射液通过多靶点与多通路的协同作用缓解CIPN。     

基于网络药理学探讨麻黄治疗心力衰竭的作用机制

目的 基于网络药理学探讨麻黄治疗心力衰竭的作用靶点及通路。方法 在TCMSP数据库中筛选麻黄有效成分及作用靶点,通过Uniprot数据库对靶点进行标准化处理。通过GeneCards、OMIM、TTD、Drugbank数据库筛选心力衰竭疾病相关靶点,将药物的作用靶点与疾病靶点进行交集,获得药物-疾病共同靶点,利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析（PPI）,并通过Cytoscape3.8.0软件进行拓扑学分析。最后运用Metascape数据平台、David数据库对共同靶点进行GO及KEGG富集分析得出有关信号通路及生物进程。结果 筛选得到麻黄有效成分23个,用来治疗心力衰竭潜在有效成分为木犀草素、槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇、（+）-儿茶素、草质素、柚皮素、飞燕草素、芫花素和乳白蛋白,槲皮素和山柰酚为重要化学成分。麻黄有效成分与心力衰竭共同核心靶点116个,通过PPI拓扑筛选及网络拓扑学分析显示TNF、MAPK1、TP53、IL-6、MAPK3、RELA等16个靶点为主要作用靶点,AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK、PI3K-Akt、TNF、IL-17、HIF-1以及细胞凋亡通路等为主要信号通路。结论 麻黄治疗心力衰竭是通过多靶点、多通路的作用,主要体现在调节免疫及炎症因子、抗氧化应激、调控细胞凋亡。     

基于网络药理学研究柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个（P<0.05）,其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条（P<0.05）,富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学六君子汤治疗胃癌的物质基础与作用机制研究

目的 探讨六君子汤治疗胃癌的药效物质基础与潜在的作用机制。方法 依托TCMSP和TCM-MESH数据库平台对六君子汤中的活性成分进行检索和筛选;利用SwissTargetPrediction,TTD,CTD,GeneCards等数据库对六君子汤活性成分以及胃癌相关靶点进行预测和筛选,进而构建活性成分-靶点网络图。对得到的靶点通过STRING进行蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络构建并筛选核心靶点,进而通过ONCOMINE数据库分析核心靶点在胃癌中的表达。利用DAVID在线数据库对靶点进行基因本体论（gene ontology,GO）和KEGG通路富集分析以探讨靶点的生物学意义。对于得到的活性成分,作用于胃癌的靶点以及所富集的通路,构建六君子汤成分-靶点-通路网络图。结果 从六君子汤中筛选得到21个活性有效成分和43个作用于胃癌的相关靶点。靶点的PPI网络分析得到6个核心靶点,在ONCOMINE数据库的胃癌样本和正常样本中均存在显著的表达差异。对靶点的GO和KEGG通路富集分析结果显示这些靶点富集在生物过程的条目有74个,细胞组分的有9个,分子功能的有15个,而富集的KEGG通路有78条,涉及肿瘤、信号通路、病毒致癌、凋亡、癌症中的蛋白多糖等多种与胃癌密切相关的通路。六君子汤成分-靶点-通路网络图揭示了六君子汤中的药效物质和作用靶点,以及靶点与疾病通路之间的互作关系。结论 本研究初步明确了六君子汤通过多成分-多靶点-多通路治疗胃癌的作用机制,为深入研究六君子汤的药效物质基础和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学和实验验证探究红景天调控颗粒细胞自噬的作用机制

目的 基于网络药理学和实验验证探究红景天调控颗粒细胞自噬的潜在作用靶点和作用机制。方法 借助数据库获取红景天的活性成分、作用靶点以及自噬相关靶点,建立成分-靶点网络图,蛋白质互作网络图,对关键靶点进行基因和信号通路的富集分析并且对活性成分和核心靶点进行分析对接,探究红景天调控颗粒细胞自噬的可能作用机制;使用Western blotting、RT-PCR、透射电镜以及双标腺病毒检测红景天重要活性成分对颗粒细胞自噬的作用。结果 获取红景天有效成分7个,作用靶点441个,细胞自噬相关靶点796个,富集分析得到生物过程834个,细胞成分60个,分子功能69个,以及信号通路150条;分子对接结果表明红景天活性成分与核心作用靶点AKT1、ERBB2、PIK3CA、PIK3R1均能形成稳定靶向结合作用。实验结果表明红景天重要活性成分红景天苷具有促进自噬小体和自噬溶酶体形成的作用,并且抑制了Pl3K/AKT信号通路的活动。结论 红景天调控颗粒细胞自噬具有多成分-多靶点-多通路的作用特点,其机制与红景天苷调控PI3K/AKT信号通路有关。     

基于网络药理学的丹参川芎嗪注射液入血成分治疗脑梗死机制分析

目的 应用网络药理学方法研究丹参川芎嗪注射液入血成分治疗脑梗死的作用机制。方法 通过文献挖掘确定丹参川芎嗪注射液入血成分,在TCMSP、Swiss Target Prediction数据库检索入血成分靶点,通过Gene Cards数据库搜集脑梗死靶点,将两者靶点筛重得到入血成分治疗脑梗死的作用靶点,借助Cytoscape软件构建入血成分-治疗脑梗死靶点网络;应用STRING平台构建入血成分靶点相互作用网络,并导入Cytoscape软件计算拓扑参数,筛选关键靶点;利用DAVID数据库进行KEGG通路富集分析。结果 丹参川芎嗪注射液中丹参素、丹酚酸B、川芎嗪等14种入血成分主要作用于NOS3、VEGFA、IL4、IL2、F2等关键靶点,调控PI3K-Akt信号通路、VEGF信号通路、TNF信号通路、雌激素信号通路和血小板激活等。结论 丹参川芎嗪注射液主要通过改善微循环、抗凝、保护血管内皮细胞等药理作用,发挥治疗脑梗死作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨健骨注射液治疗骨质增生及类风湿性关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学方法研究健骨注射液治疗骨质增生及风湿性关节炎的作用机制。方法 采用超快速高效液相色谱串联三重四级杆飞行时间质谱（UFLC-Triple TOF-MS/MS）对健骨注射液的化学成分进行分析,通过中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）、Swiss Target Prediction数据库检索并预测健骨注射液有效成分对应靶点。通过Genecards数据库检索疾病相关靶点。利用cytoscape软件进行网络构建,将潜在作用靶点录入STRING平台构建靶点间的蛋白相互作用（PPI） 网络。采用DAVID数据库对潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果 通过筛选得到15种活性成分,检索并预测得到261个对应靶点。利用在线网站Venny 2.1.0筛选出53个成分和疾病的交集靶点,涉及信号通路包括癌症通路、美洲锥虫病、TNF信号通路、T细胞受体信号通路等。分子对接结果显示,健骨注射液关键成分与核心靶蛋白均能较好结合。结论 本研究发现健骨注射液通过多成分多靶点对疾病进行调控,为后续研究提供了指导意义。     

黄芩汤配伍使用白芍、赤芍抗溃疡性结肠炎作用比较

目的 基于网络药理学分析和动物实验比较黄芩汤配伍使用白芍、赤芍抗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用差异。方法 从TCMSP数据库和文献中检索白芍与赤芍活性成分,通过Swiss Target Prediction预测潜在靶点;以Ulcerative Colitis为关键词在DisGenet、OMIM、Genecard数据库检索疾病靶点;利用Venny 2.1.0获取交集靶点,Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分”靶点网络,STRING平台进行蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析,Metascape数据库进行GO/WIKI分析。采用葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium,DSS)诱导建立UC小鼠模型,观察分别黄芩汤配伍使用白芍(HQT-BS)和赤芍(HQT-CS)对UC的防治作用,并比较异同。结果 HQT-BS、HQT-CS治疗UC的活性成分别有7,11个,其中共有成分5个;靶点分别有146,157个,其中共有靶点106个,HQT-BS核心靶点为SRC、HSP90AA1、PIK3...     

基于网络药理学与GEO芯片探究痹祺胶囊治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学、分子对接方法和GEO芯片探究痹祺胶囊治疗类风湿关节炎的网络调控机制.方法 使用TCMSP数据库和SwissTarget Prediction平台收集和筛选痹祺胶囊的活性成分及其作用靶点.使用GEO数据库收集类风湿关节炎差异基因.将痹祺胶囊作用靶点与类风湿关节炎差异表达基因取交集确定痹祺胶囊治疗类风...     

基于网络药理学探讨调神攻坚汤治疗肝纤维化的作用机制

目的 基于网络药理学研究方法探讨调神攻坚汤治疗肝纤维化的作用机制。方法 检索 TCMSP 和BATMAN-TCM数据库得到调神攻坚汤的有效活性成分及其相关作用靶点；并与检索OMIM和Genecards数据库得到的肝纤维化疾病作用靶点利用R语言筛选共同靶点；通过STRING数据库构建靶点间的蛋白互作PPI网络，随后利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析；利用 Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-活性成分-疾病”靶点网络图，并经Cytohubba插件的MCC算法筛选出核心蛋白；再将其导入Genecards数据库中获得亚细胞分布。结果 通过筛选共计获得调神攻坚汤有效活性成分166个，作用靶点596个；经匹配后此方剂治疗肝纤维化的潜在靶点为193个；其中核心包括FN1、MMP2、TNF、IL-6、STAT3、CTNNB1等；GO以及KEGG分析显示调神攻坚汤可能通过调控炎症反应、脂质代谢、细胞凋亡等生物学过程治疗肝纤维化，并且涉及HIF-1、Foxo、PPAR等细胞信号转导通路。结论 通过网络药理学方法初步验证调神攻坚汤治疗肝纤维化是一个“多组分-多靶点-多通路”的过程，并预测其潜在作用机制，为后续临床及基础研究提供理论依据。     

基于网络药理学附子泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究

目的探究附子泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选附子泻心汤4味中药的活性成分及相应靶点;利用DisGeNet数据库筛选慢性萎缩性胃炎相关靶点,运用Cytoscape软件构建疾病–药物–靶点网络;通过STRING数据库进行蛋白互作网络(PPI)分析,得到核心靶点。利用R语言"clusterprofiler"包进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果共得到附子泻心汤87个活性成分,216个作用靶点,得到慢性萎缩性胃炎相关靶点639个,药物与疾病交集靶点85个,其中核心靶点包括AKT1、TP53、VEGF、TNF、PTGS2、IL6、JUN、CASP3等。附子泻心汤主要参与脂多糖应答、对细菌起源的分子应答、活性氧化物代谢、氧化应激、金属离子应答、信号通路调节等生物过程,通过调节PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎等通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎的作用。结论附子泻心汤可通过多靶点、多机制、多途径治疗慢性萎缩性胃炎。     

康妇炎胶囊联合头孢噻肟钠治疗子宫内膜炎的临床研究

目的探讨康妇炎胶囊联合头孢噻肟钠治疗子宫内膜炎的临床疗效。方法选取2018年5月-2019年5月在眉山市人民医院治疗的子宫内膜炎患者84例,根据用药的差别分为对照组(42例)和治疗组(42例)。对照组静脉滴注注射用头孢噻肟钠,2.0 g/次加入生理盐水100 mL,2次/d;治疗组在对照组基础上口服康妇炎胶囊,1.2 g/次,3次/d。两组均治疗2周。观察两组患者临床疗效,同时比较治疗前后两组患者临床症状积分,GQOLI-74、FSFI和VAS评分,及血清C反应蛋白(CRP)、白细胞介素-4(IL-4)、白细胞介素-8(IL-8)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和基质金属蛋白酶-2(MMP-2)水平。结果治疗后,对照组临床有效率为80.95%,显著低于治疗组的97.62%,两组比较差异具有统计学意义(P<0.05)。经治疗,两组患者症状评分均显著下降(P<0.05),且治疗组比对照组下降更明显(P<0.05)。经治疗,两组患者GQOLI-74评分明显升高(P<0.05),而FSFI和VAS评分均明显降低(P<0.05),且治疗组GQOLI-74、FSFI和VAS评分明显好于对照组(P<0.05)。经治疗,两组患者血清CRP、IL-4、IL-8、TNF-α、MMP-9水平均显著降低(P<0.05),且治疗组患者明显低于对照组(P<0.05)。结论康妇炎胶囊联合注射用头孢噻肟钠治疗子宫内膜炎患者可有效改善患者临床症状,降低机体炎症反应,提高患者性生活质量,具有一定的临床推广应用价值。     

基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤（Chinese Starjasmine Stem）治疗类风湿关节炎（RA）的可能机制。方法 首先利用数据库检索中药“络石藤”的化学成分,并通过TCMSP平台的DL（类药性指数）和OB（药物口服生物利用度）划定范围,从该药物成分中进一步筛选其中的有效活性成分。再通过Genecards、OMIM数据库获取尽可能全面的RA靶点基因,从而确定药物与疾病可能存在的交集靶点,以此构建络石藤中活性成分与类风湿关节炎靶点的关系网络,筛选治疗疾病的核心靶点。最后,对络石藤治疗RA的潜在作用靶点进行富集分析,同时对核心靶点及其结合性良好的活性成分进行分子对接。结果 最终筛选得到络石藤9个活性成分,其中包括木犀草素、植物甾醇、伊博格碱等;涉及67个RA相关靶点,核心靶点包括RB1、MAPK1、AKT1、JUN、IL6、RELA等;分子对接显示络石藤某些活性成分与RA核心靶点具有较好的结合活性。结论 络石藤可以作用于疾病核心靶点,发挥抗炎、调节免疫功能及调控细胞凋亡等作用。