基于TCGA数据库及分子对接探讨黄芪治疗胃癌的作用机制

目的 探讨黄芪治疗胃癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台检索黄芪的化学成分及作用靶点。癌症基因组图谱数据库下载胃癌基因表达谱及临床特征数据,采用加权基因共表达网络分析（weighted correlation network analysis,WGCNA）识别胃癌共表达模块。将黄芪的作用靶点与胃癌共表达模块、差异基因取交集。STRING数据库构建蛋白质–蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络并提取黄芪改善胃癌预后的潜在靶点。通过GSE54129数据集、人类蛋白质图谱数据库、分子对接对潜在靶点进行验证。结果 共检索到黄芪有效活性成分16个及对应靶点190个;筛选得到差异表达基因2694个,其中上调基因1124个,下调基因1570个;构建的WGCNA共表达网络发现青绿色模块与胃癌有显著而稳定的相关性,构建韦恩图得到黄芪改善胃癌预后的27个差异表达基因。PPI网络鉴定得到10个关键基因,其中,微囊蛋白1(caveolin 1,CAV1)、前列腺素E2受体EP3亚型（prostaglandin E2 receptor EP3 su...     

结合生物信息学分析建立前列腺癌预后风险预测模型

目的 基于公共数据库构建前列腺癌的预后风险预测模型。方法 下载TCGA数据库中前列腺癌相关数据及GEO数据库的GSE104131数据集，对GSE104131测序数据进行加权基因共表达网络分析，得到关联前列腺癌(PCa)组织最高的关键模块，并与TCGA测序数据取交集，获得交集基因表达矩阵，进而对其表达量进行差异比较，最后对差异基因进行单因素和多因素cox回归分析，构建前列腺癌的预后风险预测模型，并对模型进行验证。结果 加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析获得棕色模块为关键模块，差异表达基因共有200个，单因素cox回归分析获得16个与总生存率高度相关的潜在基因，多因素cox回归分析获得4个与PCa患者预后相关的基因，且构建了一个四基因风险预测模型。结论 本研究构建的模型对前列腺癌高低风险人群有较好的生存预测能力，为PCa预后风险的研究提供了基础，可为PCa的治疗提供新的方向。     

转移性结直肠癌患者总生存期的相关新基因APOH、KNG1和FGG

目的 通过生物信息学方法探讨结直肠癌转移的分子机制，为结直肠癌转移提供潜在的治疗靶点。方法 从高通量基因表达数据库（GEO）下载GSE41568数据集，用Limma软件包筛选转移性和原发性结直肠癌的差异表达基因；通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）筛选与结直肠癌不同转移部位相关的核心模块和核心基因；使用STRING和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；利用PROGgenesV2数据库进行预后分析。通过基因集富集分析（GSEA）预测基因参与结直肠癌的潜在分子机制。结果 共获得1 159个差异表达基因，由703个上调基因和456个下调基因组成。共表达模块中，前50个核心基因的基因本体（GO）功能富集分析表明，基因主要与创伤反应和急性炎症反应相关。通过PPI网络筛选的3个核心基因APOH、KNG1和FGG对结直肠癌患者的预后有显著影响。结论 APOH、KNG1和FGG与结直肠癌患者的预后呈负相关，这些基因有望成为结直肠癌的诊断生物标志物或治疗靶点。     

先兆子痫及胎儿宫内发育迟缓的胎盘共表达模块分析及基因富集分析

目的:研究先兆子痫(PE)及胎儿宫内发育迟缓(IUGR)致孕产妇及胎儿死亡的致病基因及相关通路。方法:利用加权基因共表达网络分析法(WGCNA)分析正常、PE、IUGR及PE&IUGR胎盘组织的基因测序数据集,寻找有意义的基因模块并构建共表达网络,并针对关键基因集进行富集分析。结果:在PE组中存在323个基因与此性状有关(r=0.42,P<0.05),在IUGR组中存在318个基因与此性状有关(r=0.4,P<0.05)。进一步基于相关基因的富集分析,提示了与PE以及IUGR发生发展有关的重要生物通路。结论:本研究提示了PE及IUGR发生发展的特异性参与基因及相应信号通路,为进一步研究其胎盘发生机制提供了新思路。     

利用加权基因共表达网络分析识别胆道闭锁相关的枢纽基因

目的:通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别胆道闭锁（BA）发病相关的枢纽基因。方法:从基因表达汇编（GEO）数据库下载BA基因芯片数据集GSE46960,利用WGCNA构建基因共表达网络,识别与BA相关的模块与枢纽基因,对关键模块进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果:通过WGCNA分析构建了20个基因共表达模块,确定与BA显著相关的模块为黄色模块（r=0.69,P＜0.05）,将黄色模块中的基因按基因连通性及基因显著性的不同阈值进一步筛选出16个枢纽基因。对黄色模块进行GO及KEGG分析显示,与BA显著相关的基因主要富集在细胞外基质（ECM）、细胞黏附分子、色氨酸代谢、甘油磷脂代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路。结论:利用WGCNA方法识别出与BA相关的关键模块和16个枢纽基因,其中新发现有12个基因可能与BA发病相关,可能帮助阐明BA发病的机制。     

基于转录组学的中药药理机制分析方法及其在金花清感颗粒药理机制研究的应用

目的：结合高通量转录组测序技术提出一种中药药理机制分析方法,并以金花清感颗粒为例探究其发挥药效作用的关键机制。方法：对中药作用于细胞系进行高通量转录组测序,获得中药作用转录组表达谱;设计一种基于基因共表达网络的生物信息学分析技术,即依次进行差异表达基因的识别、药效作用相似化合物的筛选、基因共表达网络的构建、基因模块的识别、GO富集分析、蛋白互作网络的构建、 HUB基因的识别、 HUB基因的验证。利用以上方法分析金花清感颗粒的药理机制。结果和结论：通过该方法发现金花清感颗粒对于新冠肺炎（COVID-19）患者具有治疗作用,且对病毒感染后血小板脱颗粒、血液高凝状态引起的多器官氧化应激损伤具有潜在的治疗修复作用,为进一步阐明金花清感颗粒的作用提供了证据。该方法适用于大多数中药药理机制的分析,为中医药现代化研究提供了方法学支撑。     

通过加权基因共表达网络分析法探索胰腺癌特异表达的关键基因及表达网络

目的 通过使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法研究胰腺癌潜在的分子机制,并寻找关键基因。方法 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中获得胰腺癌和对照组的基因表达数据。通过limma包在R中识别差异表达的基因(DEGs)。采用WGCNA构建胰腺癌的基因共表达网络,并识别共表达模块,进行蛋白质相互作用(PPI)分析,及进行关键基因的筛选。结果 共鉴定出胰腺癌106个DEGs,通过WGCNA分析,确定了一个关键模块(MEpurple)。进一步筛选出10个关键基因,包括PKP3, EPCAM, RAB25, CBLC, AP1M2, PRP15L, B3GNT3, ESRP1, AGR2, ARHGEF16。结论 WGCNA法可以识别出与胰腺癌相关的模块和基因,为进一步研究胰腺癌发生发展的分子机制以及靶向治疗提供理论依据。     

基于网络药理学对三才封髓丹组方治疗复发性口腔溃疡的作用机制研究

目的：研究三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的网络药理学作用机制。方法：利用TCMSP、BATMAN数据库预测和筛选出三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的潜在靶点,采用CTD和DisGeNET数据库对口腔溃疡相关基因和靶标筛选,并与前面数据库筛选的靶标整合,缩小范围。基于Cytoscape插件对获得的靶点蛋白进行GO富集分析和KEGG通路注释,绘制蛋白相互作用网络和“活性成分-靶点-信号通路”网络图确定组方的作用机制。结果：组方中71个活性成分被筛选出。通过交叉验证55个靶蛋白显著富集28条GO功能术语中,最后划分为8个类别功能。靶蛋白主要通过JAK-STAT信号通路、细胞因子-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等通路作用。基于草药-成分-靶蛋白-通路构建网络药理学网络,最终构建网络共122个节点,363条关系对,其中化学成分节点27个,靶蛋白节点73个,通路相关靶蛋白节点35个,通路节点17个。结论：本研究结果初步预测了三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的主要活性成分、靶点和相关通路,为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

生物信息学方法筛选鼻咽癌的7个关键基因

目的:通过基因芯片技术及生物信息学方法筛选鼻咽癌的7个关键基因,帮助了解鼻咽癌的发生发展的分子机制。方法:通过差异基因分析、加权共表达基因的构建以及蛋白互作网络的分析筛选出与鼻咽癌显著相关的基因。结果:经过对基因组GSE12452的差异基因分析得出838个差异基因,将该结果纳入另一数据集GSE13597中构建加权基因共表达网络,最后分析蛋白互作网络,综合两者的结论得出7个相关性最显著的核心基因。结论:本研究为鼻咽癌提供了更多的潜在生物标记物,对鼻咽癌发生发展的分子机制提供了有效指导。     

于WGCNA的尿道下裂相关基因鉴定分析

目的 利用基因共表达权重网络（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）探索与尿道下裂发病相关的潜在基因。方法 利用WGCNA算法将数据集GSE35034处理并构建基因共表达权重网络,筛选出与尿道下裂相关性最高的模块,通过基因本体论（gene ontology,GO）、京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）对模块中的基因进行富集分析。同时进行差异分析,筛选差异基因。将差异基因导入String数据库,利用Cytoscape软件,找出网络中枢纽基因。将以上3 种方法的结果系统分析,筛选出交集中的核心基因。利用外部数据集对核心基因进行mRNA表达变化及受试者操作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线诊断验证。结果 基于WGCNA方法得到15个共表达模块。通过差异分析获得了93个满足条件的共同差异基因。通过Cytoscape软件分析最终得到10个核心基因。最后3种方法得到2个交集基因：FBXL16、SYNDIG1。ROC曲线验证了交集基因在尿道下裂患者与正常人中表达存在差异。结论 本研究通过WGCNA获得了2个与尿道下裂具有显著相关性的关键基因,可用于尿道下裂发病及治疗的探索。     

评刊之感

欣逢《中国医院》创刊6周年、公开发行两周年之际,谈点评刊之感,以兹庆贺、纪念。 从2001年7月起,我有幸担任本刊评刊员,真诚感谢给我这一“老有所学”机会,期期通读,收获甚丰。24期,千篇文章(含动态、短讯),颇有走进没设课桌的动态医院管理大学之感。《中国医院》杂志突出特点,一是政策性强,紧跟党中央、国务院、卫生部对医院改革发展,乃至整个卫生改革发展的部署,传递信息,答疑释惑;二是科学性强,理论阐述,经验介绍,感悟体会,都遵循经济社会规律和医学科学规律;三是权威性高,政府官员,学会领导,院士、博士专家,优秀院长、主任,国内国际名士,均为本刊撰稿。本刊对医院管理者和卫生管理者及时而良好的指导作用,已为业内人士所公认和赞许。     

依从性预测研究进展

依从性差是一个普遍存在的现象,也是疾病得不到有效控制的重要因素,其对临床效果及疾病康复有重要的影响; 早期预测患者依从性状况并找出重要的影响因素,将有助于医护人员采取有针对性的干预措施,从而提高患者的依从性, 改善预后。对依从性的定义和测量工具、依从性预测模型及评分系统等系列问题进行综述,以期为开展特定疾病的依从 性预测研究提供依据。     

磁共振横向弛豫时间测量方法的研究

目的研究磁共振横向弛豫时间测量方法,使病变诊断定量计算更为简便。方法本文拟在T2测量方面借助Matlab进行测算,依据T2的数学表达式特征,采用单双指数曲线拟合法、最小二乘法对测量数据进行处理,并对三种处理方法进行比较研究。结果通过Origin9．0软件评估,数值波动双指数拟合最小、最稳定;最小二乘法较大;单指数拟合最大。但最小二乘法和单指数拟合地更快。结论三种方法均可以测出横向弛豫时间T2的值。     

子宫输卵管造影的相关影响因素分析

目的:分析子宫输卵管造影(Hysterosalpingography,HSG)中使用双腔球囊导管置管和注药过程中影响诊断的相关因素,并分析预防措施。方法:搜集2007年1月至2010年11月在本院行HSG的患者2 308例,均使用双腔球囊导管。比较不同球囊大小、导管顶端插入深度和不同通液速度对HSG的影响。结果:不同球囊大小造影剂外溢、导管脱出、发生人工流产综合征和宫腔显影不全的比例有明显差异,部分差异有统计学意义(P<0.05);导管顶端位于输卵管开口处者82.69%(640/774)同侧输卵管、宫角不显影,经调整后71.45%(553/774)同侧宫角显影,55.17%(427/774)同侧输卵管显影;导管顶端位于宫腔内、宫颈管内者有37例和7例宫腔部分显影或不显影,经调整后宫腔均正常显影;不同通液速度疼痛和输卵管再通的比例有显著的统计学差异(P<0.05),而淋巴静脉返流的比例无显著的统计学差异。结论:在子宫输卵管造影中,根据宫腔大小和位置选用适当的球囊大小、导管位置和通液速度,获得最好的显影效果同时预防手术并发症的发生。     

中药蛇床子的研究进展

概述近年来有关蛇床子的化学成分、药理作用和临床应用和研究进展。     

国外医院患者入院过程概述

合理有效的做好患者人院安排是医院面临的一个比较重要的问题,笔者简单介绍了国外医院的入院过程,并提出改进患者人院过程应准确的记录患者信息、有效的使用各种技术、以及最优化医院的资源等策略,以期为中国医院患者入院以及挂号过程提供一些借鉴。     

葛根素对高血压性头颈痛疗效观察

目的：观察葛根素对高血压性头颈痛治疗效果。方法：对76例高血压头颈痛病例,随机分为治疗组34例（葛根素治疗）、对照组42例（β体阻滞剂治疗）。结果：5天内总的症状消失率治疗组82．4％,对照组57．1％,两组比较有显著性差异（P＜0．01）;总的停药反跳率分别为8．8％和42．9％,二者有显著性差异（P＜0．05）;不良反应峡谷组也有显著性差异（P＜0．01）。结论葛根素对高血压性头颈痛疗效优于β受体阻滞剂而且稳定,无不良反应。     

基于文献计量方法的免疫血小板减少症研究现状分析

目的 分析国际免疫性血小板减少症(ITP)的研究现状与研究热点.方法 检索科学引文索引扩展板(SCI-E)数据库2006-2016年ITP主题领域的文献,基于文献计量方法,应用Cite Space软件分析国际ITP研究的作者合作关系、时间分布、地域分布、发文机构分布及主题分布情况,重点对目前ITP的国际研究热点主题进行分析.结果 共检索到期刊论文936篇,2006-2015年ITP主题领域的文献量呈稳固上升趋势;研究主要分布于东亚、欧洲及北美洲地区,文献发文排名靠前的国家分别为美国、中国、日本、加拿大和英国;论文产出最多的机构为美国康奈尔大学.动物模型、血小板生成素受体激动剂、幽门螺杆菌根除、系统评价、T淋巴细胞增殖为研究热点;大剂量地塞米松、基因多态性、相关性、反应等高频关鍵词为最新研究方向.结论;本文明确了ITP主题领域研究的作者合作关系、地域分布,以及研究的热点与趋势,可以为我国ITP科研领域的发展提供参考.