化学物质组学与中药方剂研究--兼析清开灵复方物质基础研究

本文在总结中药复方化学研究体系的基础上借鉴系统生物学,提出了一种新的组学研究方法一化学物质组学。化学物质组是指一定条件下输入生物体系的所有化学物质（化学成分）组成的复杂化学体系,而化学物质组学就是研究化学物质组的组成及其相互关系的一种方法。作为新学科萌芽的探讨,作者提出了层次化的化学物质组学的研究策略和相应的技术,应用于中药方剂的研究,并以清开灵为例从三个层次阐述了化学物质组研究方法,介绍了中药方剂化学物质组学研究的过程。作者认为：化学物质组学为复杂化学体系的研究提供了方法支持,是现有系统生物学的发展和补充,为研究生物复杂系统与外部的化学复杂系统的相互作用提供了必要条件;中药方剂作用于人体的过程正是最典型的两个复杂系统的相互作用,因此,化学物质组学的应用对于中药方剂研究将起到重要的推动作用。     

化学物质组学与中药方剂研究——兼析清开灵复方物质基础研究

本文在总结中药复方化学研究体系的基础上借鉴系统生物学,提出了一种新的组学研究方法-化学物质组学。化学物质组是指一定条件下输入生物体系的所有化学物质（化学成分）组成的复杂化学体系,而化学物质组学就是研究化学物质组的组成及其相互关系的一种方法。作为新学科萌芽的探讨,作者提出了层次化的化学物质组学的研究策略和相应的技术,应用于中药方剂的研究,并以清开灵为例从三个层次阐述了化学物质组研究方法,介绍了中药方剂化学物质组学研究的过程。作者认为:化学物质组学为复杂化学体系的研究提供了方法支持,是现有系统生物学的发展和补充,为研究生物复杂系统与外部的化学复杂系统的相互作用提供了必要条件;中药方剂作用于人体的过程正是最典型的两个复杂系统的相互作用,因此,化学物质组学的应用对于中药方剂研究将起到重要的推动作用。     

整合化学物质组学的整体系统生物学——中药复方配伍和作用机理研究的整体方法论

本文以中医药学和系统生物学为基础,探讨建立一个整合化学物质组学的整体系统生物学体系,用于研究外部干预系统(中药复方)与生物应答系统(人体复杂系统)之间“系统-系统”的相互作用。整合化学物质组学的整体系统生物学提供了一个中医药学与现代科学交流融合的平台,有助于全面、系统、深刻的揭示中医方剂的药效物质基础和作用机理,阐明中药复方的配伍规律,指导复方新药研发,更好地传承和发展中医药理论。     

整合化学物质组学的整体系统生物学——中药复方配伍和作用机理研究的整体方法论

本文以中医药学和系统生物学为基础, 探讨建立一个整合化学物质组学的整体系统生物学体系, 用于研究外部干预系统(中药复方)与生物应答系统(人体复杂系统)之间“系统-系统”的相互作用。整合化学物质组学的整体系统生物学提供了一个中医药学与现代科学交流融合的平台, 有助于全面、系统、深刻的揭示中医方剂的药效物质基础和作用机理, 阐明中药复方的配伍规律, 指导复方新药研发, 更好地传承和发展中医药理论。     

基于蛋白质组学、肽组学的中药动物药活性组分的研究

动物药是我国传统中药的重要组成部分,但由于其组成复杂,分离较困难,与植物药相比动物药的研究相对落后。动物药组成中蛋白质占很大比例,目前已从动物药中发现许多蛋白质和多肽类活性组分。蛋白质组学、肽组学技术是快速发展的大规模表征蛋白质、肽的技术,借助蛋白质组学、肽组学快速、高效的特点,将蛋白质组学、肽组学技术应用于动物药中蛋白质和肽类活性组分的研究是动物药新的研究方向。本文综述了近年来应用蛋白质组学和肽组学技术研究动物药中蛋白质和肽类活性组分的进展。     

基于蛋白质组学、肽组学的中药动物药活性组分的研究

动物药是我国传统中药的重要组成部分,但由于其组成复杂,分离较困难,与植物药相比动物药的研究相对落后.动物药组成中蛋白质占很大比例,目前已从动物药中发现许多蛋白质和多肤类活性组分.蛋白质组学、肤组学技术是快速发展的大规模表征蛋白质、肽的技术,借助蛋白质组学、肽组学快速、高效的特点,将蛋白质组学、肽组学技术应用于动物药中蛋白质和肽类活性组分的研究是动物药新的研究方向.本文综述了近年来应用蛋白质组学和肤组学技术研究动物药中蛋白质和肽类活性组分的进展.     

基于蛋白质组学和代谢组学的HIV/AIDS肺脾气虚证的研究

现在已经进入了系统生物学高速发展的时代了,蛋白组学和代谢组学作为系统生物学的组成部分,对中医证候本质的研究将会更加客观化、标准化。采用i TRAQ-MS技术对HIV/AIDS肺脾气虚证患者血清进行了蛋白质组学检测,发现差异表达蛋白APOA-II、APOB、AZGP1;采用LC-MS技术对HIV/AIDS肺脾气虚证患者尿液和血液进行了代谢组学分析,比对出了9种可能的潜在标志物,包括TG、天冬氨酸、葡萄糖、磷脂酰乙醇胺等。对蛋白质组和代谢组学结果进行探讨,以期寻找HIV/AIDS肺脾气虚证的物质基础,为证候诊断提供量化依据。     

组学技术在中药抗骨质疏松机理研究中的应用北大核心CSCD

骨质疏松为常见的全身性骨代谢疾病,其临床基础与治疗研究一直是临床医学和药学研究的热点。许多中药及复方对防治骨质疏松切实有效,但其成分的复杂性及研究方法的局限性导致该领域研究进展缓慢。组学技术的应用与发展从认识论和方法论上为此提供了新的思路,其系统化、整体性的特点契合了中医药的整体观,不仅可更精准、更客观地分析中药及复方的物质基础,还为从多个互相关联的层面揭示复杂药物体系干预疾病的机理提供了重要技术支撑。本文回顾了近年来转录组学、蛋白质组学和代谢组学在中药干预骨质疏松机理研究中的应用和主要发现,为相关研究提供参考。     

多组学技术在中药毒性及解毒研究中的应用

系统生物学的飞速发展为中医药深入研究提供了思路和手段,其可以全面系统地分析中药及复方多成分多靶点治疗疾病的分子机制。基于整合多组学策略研究中药毒性和解毒作用已成为中药安全性研究的方向和热点。对基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和多组学整合技术在中药毒性及解毒作用和机制研究中的思路、方法和进展进行综述,为多组学技术在中药毒性及解毒作用深入研究中的应用提供参考。     

基于组学的中药炮制研究

建立行之有效的现代中药炮制研究体系,是中医药现代化进程中亟待解决的关键问题之一。本文遵循中医与中药相结合、系统论和还原论相结合、整体与部分研究相结合、体内和体外研究相结合的原则,以中药化学组学作为主要技术支撑,尝试提出包括化学物质基础研究、现代药理学研究、代谢组学研究在内的现代中药炮制研究体系,并结合中药炮制的具体研究实例,对该研究体系指导下的中药炮制现代化研究进行了初步探讨。本文提出的中药炮制研究体系为中药复方的现代研究提供了方法论,将有助于系统、深入地揭示中药炮制的科学内涵,指导新的中药炮制方法研发,更好地传承和发展中医药理论。     

蛋白质组学是中医药现代化研究的重要工具

蛋白质是生命功能的最终执行者,是理解生理、病理和药理作用机理的关键。蛋白质组学是分析一个基因组、一种生物或组织或细胞表达的全部蛋白质。蛋白质学组技术和策略为复杂的中医证候学说和方药体系研究带来了希望, 为中医药现代化及深刻系统的理解中医药作用机理的物质基础提供了良好的契机。     

蛋白质组学是中医药现代化研究的重要工具

蛋白质是生命功能的最终执行者，是理解生理、病理和药理作用机理的关键。蛋白质组学是分析一个基因组、一种生物或组织或细胞表达的全部蛋白质。蛋白质学组技术和策略为复杂的中医证候学说和方药体系研究带来了希望，为中医药现代化及深刻系统的理解中医药作用机理的物质基础提供了良好的契机。     

蛋白质组学在中医证候学研究中的应用进展

对中医证候微观物质基础的研究是中医学现代化研究的重要方面,"证"的整体性、模糊性、动态性、差异性、复杂性的特点,又使得中医"证"通过现代实验室检查所得到的单一理化指标缺乏足够的特异性。以蛋白质组学为代表的系统生物学技术的出现使现代医学由还原论思维走向了整体思维,也使得中医的理念有了数理化的可能。蛋白质组学在中医学证候的研究中取得了一系列的进展,在动物证候模型及中医"病证结合"的研究中的得到了广泛的应用,为中医证候学的研究提供了大量的研究数据及广阔的视野。     

基于iTRAQ技术的慢性心力衰竭气虚血瘀证及气阴两虚证组差异蛋白质组学研究

目的:寻找慢性心力衰竭(CHF)(Chronic Heart Failure,CHF)气虚血瘀证及气阴两虚证的相关蛋白质组学特征,探讨证候发生发展机制的可能生物学通路。方法:研究设计分为CHF气虚血瘀证、气阴两虚证、健康对照组,利用i TRAQ标记定量结合串联质谱技术分析CHF气虚血瘀证及气阴两虚证的相关表达差异蛋白质,为蛋白质组学层面的疾病与证候生物学基础提供实验依据,可以在一定层面上揭示证的内涵。结果:与健康对照组比较,在CHF气虚血瘀证组表达差异蛋白质有16个,其中载脂蛋白E、半乳糖凝集素-3结合蛋白等11个蛋白质表达上调,维生素D结合蛋白、胰蛋白酶抑制剂等5个蛋白质表达下调;与健康对照组比较,在CHF气阴两虚证组表达差异的蛋白质有15个,其中补体9、间-α-胰蛋白酶抑制剂家族重链相关蛋白等10个蛋白质表达上调,前血清淀粉样蛋白P、维生素D结合蛋白等5个蛋白质表达下调。结论:蛋白质组检测结果能够反映CHF气虚血瘀证及气阴两虚证的生物学基础,从而能客观的评价证候特征,为病证结合的研究开拓了新的视野。     

Chemomics and Its Application in Traditional Chinese Medicine Formula ————Using Formula Qingkailing as An Example

A novel ＂omics＂ approach, chemomics, was presented here on the basis of the experience in studies of Traditional Chinese Medicine （TCM） Formulas and systems biology. Chemomics represents a novel approach to investigate the composition of a chemome and the relationships among the elements of the chemome. A chemome is defined as the whole chemical system that consists of all of the chemical substances and/or chemical constituents input into the biological system being investigated. A multi-level solution for chemomics study with corresponding technology was proposed. When its application in TCM formula, investigations may be conducted on three-level chemomes step by step and then the development on TCM Qingkailing was introduced as an example. Chemomics is the development and supplement of current systems biology, providing an approach for the assay of chemical complex system and facilitating the study of the interaction between the biological complex system and external chemical complex system. Since the therapy of TCM formula just represents the interaction between such two complex systems, application of chemomics approach will greatly promote its research and development.     

蛋白质组学技术及其在中药复杂体系研究中的应用

系统生物学在中药复杂体系研究中的可行性和合理性已经获得了中药研究者的认可。在后基因组时代,蛋白质组学是系统生物学研究的重要组成部分,蛋白质组学在中药研究中的应用也已经有了一些成功的实例。作者在近年来部分研究工作的基础上,对蛋白质组学的主要研究技术及蛋白质组学在中药复杂体系研究中的应用思路进行了综述和探讨。     

蛋白组学在中医心系病症证候的研究进展

蛋白组学是在大规模水平上研究蛋白质表达水平、蛋白与蛋白相互作用、翻译后修饰等,以获得蛋白质水平上关于细胞代谢、疾病发生等过程全面整体的认识。其动态性、复杂性、整体性与中医理论高度相似,且和中医证候学都以整体作为研究对象,可利用其技术充分发扬中医理论价值和中医临床价值。通过检索中国知网、Pubmed等数据库,归纳分析近5年应用蛋白组学技术研究中医心系病症证候的文献,以期为中医心系病症证候研究提供更广阔的思路。     

蛋白质组学与中医药现代化研究

结合中医药的历史发展与现状,说明在探讨复杂生命现象时,蛋白质组学技术在对机体的整体性认识与中医理论上的认识有一定的趋同性,显示了两者结合的必然性和重要性,从蛋白质组学在揭示中医证候研究、中药作用机理研究、中药药效评价方面的作用,说明将蛋白质组学技术应用于中医药现代化研究,对于加快传统中医药与现代生命科学技术的结合,推动中医药现代化、国际化必将产生重大影响。     

Screening and identification of potential biomarkers and establishment of the diagnostic serum proteomic model for the Traditional Chinese Medicine Syndromes of tuberculosis

Ethnopharmacological relevance

Chemotherapy is the mainstay of modern tuberculosis (TB) control. Traditional Chinese Medicine (TCM) can enhance the effect of anti-TB drug, promote the absorption of the foci in the lung and reduce drug toxicity. In TCM, the determination of treatment is based on ZHENG (also called TCM syndrome). To establish a diagnostic model by using proteomics technology in order to identify potential biomarkers for TCM syndromes of TB.

Materials and methods

The surface-enhanced laser desorption ionization time of flight mass spectrometer (SELDI–TOF MS) combined with weak cation exchange (WCX) magnetic beads was used to screen serum samples from 71 cases of deficiency of lung yin syndrome (DLYS), 64 cases of fire (yang) excess yin deficiency syndrome (FEYDS) and 45 cases of deficiency of both qi and yin syndrome (DQYS). A classification model was established by Biomarker Pattern Software (BPS). Candidate protein biomarkers were purified by reverse phase-high performance liquid chromatograph (RP-HPLC), identified by MALDI–TOF MS, LC–MS/MS and validated by ProteinChip Immunoassays.

Results

A total of 74 discriminating m/z peaks (P<0.001) among three TCM syndromes of TB were detected. A diagnostic model for the TCM syndrome of TB based on the five biomarkers (3961.7, 4679.7, 5646.4, 8891.2 and 9416.7 m/z) was established which could discriminate DLYS, FEYDS and DQYS patients with an accuracy of 74.0%, 72.5%, and 96.7%, respectively. The candidate biomarker with m/z of 9416.7 was identified as a fragment of apolipoprotein C-III (apoC-III) by MALDI–TOF-MS and LC–MS/MS.

Conclusion

The TCM syndrome diagnostic model of TB could successfully distinguish the three TCM syndromes of TB patients. This provided a biological basis for the determination of treatment based on different TCM syndromes of TB. ApoC-III was identified as a potential biomarker for TCM syndromes of TB and revealed the biochemical basis and pathogenesis of TCM syndromes in TB.