16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析

目的 构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异.方法 利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)、Tajima检验进行基...     

革兰阴性菌中16SrRNA甲基化酶基因的检测

目的 了解大连2所医院临床分离革兰阴性菌中介导高水平氨基糖苷类抗生素耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtB的流行情况,并研究其耐药机制.方法 收集临床分离的耐阿米卡星的革兰阴性杆菌134株.PCR法筛选2种甲基化酶基因armA及rmtB;PCR产物进行测序.质粒提取、接合试验及转化试验确定armA及rmtB基因定位.琼脂稀释法测定阳性菌株、结合子和转化产物对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素3种氨基糖苷抗生素的MIC值.结果 134株耐药菌株中,21株鲍曼不动杆菌检出armA基因,5株大肠埃希菌和5株肺炎克雷伯菌检出rmtB基因.质粒抽提试验及接合试验rmtB阳性菌获得成功.接合子及转化产物DH5a(pMDarmA)均获得高水平耐氨基糖苷类抗生素的特性. 结论 大连2所医院检测到16S rRNA甲基化酶基因armA和rmtB阳性菌株.armA基因存在于鲍曼不动杆菌中;rmtB基因位于大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌的质粒上.armA和rmtB可以导致细菌对氨基糖苷类抗生素的高水平耐药.     

用16S rRNA基因克隆文库研究腹泻粪便中菌群分布

目的 建立16S rRNA基因克隆文库分析菌群的方法,用于临床标本菌群分布的检测.方法 临床标本直接提取核酸,用16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序,建立16s rRNA基因克隆文库,序列与数据库进行比对分析.结果 通过16S rRNA基因克隆文库分析,腹泻标本中检出4种细菌,脆弱拟杆菌为绝对优势菌,占91%;腹泻恢复后的粪便标本中菌群呈多样性,检出12种确定种属的细菌,其中脆弱拟杆菌占14%.结论 16S rRNA基因克隆文库是一种较好地研究粪便标本菌群的方法,可直接进行粪便标本的菌群分析和研究各种细菌在腹泻中的作用.     

血液细菌16S rRNA基因检测的诊断价值

目的探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得475bp扩增产物,而与乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希氏菌。结论16SrRN基因PCR检测细菌感染的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点。     

革兰阴性杆菌16S rRNA甲基化酶基因检测及作用研究

目的分析上海中医药大学附属普陀医院临床分离的革兰阴性杆菌中16S rRNA甲基化酶基因的流行情况及革兰阴性杆菌的氨基糖苷类耐药机制。方法收集临床分离的对阿米卡星和/或庆大霉素耐药的革兰阴性杆菌53株。采用聚合酶链反应（PCR）法检测16S rRNA甲基化酶基因：armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD、npmA;PCR阳性产物测序分析。构建PET32-armA和PET32-rmtB的重组质粒并转化入宿主菌BL21中。纸片扩散法（K-B）检测临床分离16S rRNA甲基化酶基因阳性菌株和重组菌对5种氨基糖苷类药物的敏感性。结果 53株耐药菌中5株鲍曼不动杆菌、2株肺炎克雷伯和1株阴沟肠杆菌检出armA基因,2株大肠埃希菌检出rmtB基因。获得PET32-armA和PET32-rmtB的重组BL21菌株。PET32-armA和PET32-rmtB的重组菌均获得氨基糖苷类抗菌药物耐药性。结论本院临床样本检测到16S rRNA甲基化酶基因armA和rmtB阳性菌株,armA基因存在于鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌中;rmtB基因位于大肠埃希菌中。将armA和rmtB基因转入非耐药的宿主菌中可以诱导其对氨基糖苷类抗菌药物的耐药。     

PCR扩增16S rRNA基因检测幽门螺杆菌的特异性研究

为了评估 PCR扩增 1 6S r RNA基因检测幽门螺杆菌的特异性 ,对 Hp和非 Hp临床分离菌株、胃活检组织、胃黏液、大便、淋巴细胞及其它非胃组织进行了 Hp的检测。 49株 Hp均出现 1 0 9bp特异扩增条带 ,而 7株非 Hp菌株为阴性 ;77份胃活检组织中 ,细菌培养阳性 48份 ,PCR阳性 50份 ;550份吞线取样的胃黏液标本 PCR扩增 Hp阳性 2 61份 (47.5% ) ;2 0份淋巴细胞、2 0份大便、5份乳房组织、4份肌肉组织、7份肺组织、2份脾组织和 3份肝组织标本 ,PCR扩增均阴性。结果显示 ,PCR法扩增 1 6S r RNA基因有较高的特异性 ,可用于临床标本 Hp的检测。     

16SrRNA甲基化酶基因在产ESBLs肠杆菌科细菌中的分布

目的了解临床分离的产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）的革兰阴性肠杆菌科细菌中16SrRNA甲基化酶基因的分布情况。方法对临床分离的70株革兰阴性肠杆菌科细菌用VITEK．32型全自动微生物分析系统进行细菌鉴定,用纸片扩散法检测ESBLs,并用聚合酶链反应（PCR）检测armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD和npmA6种16SrRNA甲基化酶基因,对检测的阳性产物进行测序,并通过GenBank比对DNA序列。结果70株产ESBLs革兰阴性肠杆菌中,9株16SrRNA甲基化酶基因阳性,其中5株检出armA基因,4株检出rmtB基因,2株同时检出armA和rmtB基因,rmtA、rmtC、rmtD、npmA4种基因扩增均为阴性。结论不同地区医院16SrRNA甲基化酶基因的分布情况各不相同。     

阴沟肠杆菌16SrRNA甲基化酶基因分布

目的：了解湖南邵阳地区耐氨基糖苷类抗菌药物的阴沟肠杆菌中16S rRNA甲基化酶基因分布特点及其与氨基糖苷类抗菌药物耐药性的关系。方法收集2012年8月至2014年5月邵阳地区新宁县人民医院、武岗市人民医院、邵阳县人民医院和邵阳医学高等专科学校附属医院临床样本中分离的241株阴沟肠杆菌,采用API20E进行菌种鉴定,同时用纸片扩散法进行体外药物敏感性试验。采用聚合酶链反应（ PCR）进行armA、npmA、rmtA、rmtB、rmtC和rmtD基因检测,分析耐药基因与耐药表型的关系。结果241株阴沟肠杆菌中200株对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素和奈替米星4种氨基糖苷类抗菌药物耐药,其耐药率分别为41．9％、68．5％、70．1％和63．5％。基因检测结果提示,241株阴沟肠杆菌检出2种16S rRNA甲基化酶基因,分别为armA（96株,39．8％）和rmtB（17株,7．1％）,未检出npmA、rmtA、rmtC和rmtD基因。结论16S rRNA甲基化酶与氨基糖苷类抗菌药物的耐药性有相关性。不同地区分离的对氨基糖苷类药物耐药的阴沟肠杆菌菌株携带16S rRNA甲基化酶的基因型有一定差异,湖南邵阳地区阴沟肠杆菌以携带armA基因为主。     

16S rRNA基因序列分析在感染性心内膜炎瓣膜内病原菌检测中的应用

目的探讨16S rRNA基因序列法在感染性心内膜炎(IE)患者瓣膜赘生物内致病原检测中的应用价值。方法对129例IE患者术中赘生物进行DNA提取、PCR扩增及测序分析,并与传统血培养及赘生物培养进行比较分析。结果配对卡方检验显示16S rRNA基因序列分析法检测阳性率明显高于血培养[83.53%(71/85)vs 28.24%(24/85),P0.05]和赘生物培养[77.5%(100/129)vs 18.6%(24/129),P0.05],可检出苛养菌及立克次体、巴通体、支原体等特殊病原体。结论应用16S rRNA基因序列分析法可提高IE患者瓣膜赘生物致病原的检出率。     

Usefulness of a direct 16S rRNA gene PCR assay of percutaneous biopsies or aspirates for etiological diagnosis of vertebral osteomyelitis

We performed a prospective study to evaluate the clinical usefulness of a direct 16S rRNA gene (16S rDNA) PCR assay of percutaneous biopsies or aspirates for the etiological diagnosis of vertebral osteomyelitis. During May 2009 to December 2010 and November 2011 to August 2012, consecutive patients with suspected vertebral osteomyelitis who underwent a percutaneous biopsy or aspiration were enrolled. Of 45 patients with vertebral osteomyelitis, 16S rDNA PCR was positive in 24 (53.3%), whereas culture was positive in 13 (28.9%) (P = 0.027). Three of PCR-positive cases (12.5%, 3/24) and 1 of culture-positive case (7.7%, 1/13) were considered to be false-positives. Of 16 patients without prior antimicrobial exposure, 75% of cases (12/16) were positive by either culture (7/16, 43.8%) or PCR (9/16, 56.3%). A 16S rDNA PCR assay with sequencing was more sensitive than routine culture for the etiological diagnosis of vertebral osteomyelitis.     

Loop-mediated isothermal amplification assay for 16S rRNA methylase genes in Gram-negative bacteria

Using the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method, we developed a rapid assay for detection of 16S rRNA methylase genes (rmtA, rmtB, and armA), and investigated 16S rRNA methylase-producing strains among clinical isolates. Primer Explorer V3 software was used to design the LAMP primers. LAMP primers were prepared for each gene, including two outer primers (F3 and B3), two inner primers (FIP and BIP), and two loop primers (LF and LB). Detection was performed with the Loopamp DNA amplification kit. For all three genes (rmtA, rmtB, and armA), 10² copies/tube could be detected with a reaction time of 60 min. When nine bacterial species (65 strains saved in National Institute of Infectious Diseases) were tested, which had been confirmed to possess rmtA, rmtB, or armA by PCR and DNA sequencing, the genes were detected correctly in these bacteria with no false negative or false positive results. Among 8447 clinical isolates isolated at 36 medical institutions, the LAMP method was conducted for 191 strains that were resistant to aminoglycosides based on the results of antimicrobial susceptibility tests. Eight strains were found to produce 16S rRNA methylase (0.09%), with rmtB being identified in three strains (0.06%) of 4929 isolates of Enterobacteriaceae, rmtA in three strains (0.10%) of 3284 isolates of Pseudomonas aeruginosa, and armA in two strains (0.85%) of 234 isolates of Acinetobacter spp. At present, the incidence of strains possessing 16S rRNA methylase genes is very low in Japan. However, when Gram-negative bacteria showing high resistance to aminoglycosides are isolated by clinical laboratories, it seems very important to investigate the status of 16S rRNA methylase gene-harboring bacilli and monitor their trends among Japanese clinical settings.     

16S rRNA 测序鉴定1株条件致病性人苍白杆菌

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床未知病原菌的诊断及治疗提供科学依据。方法对临床患者的痰标本分离培养纯菌落,直接以菌液为模板,以通用引物 PCR 扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序。将测序结果进行 BLAST 比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果未知病原菌经本实验鉴定为人苍白杆菌,经 ABI 细菌快速鉴定板条检测,确认结果一致。结论该研究简化了临床标本未知病原菌分离培养鉴定的步骤,建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定病原菌的简便方法。     

54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株（共9种4组）分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株（共41种）分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

嗜麦芽寡氧单胞菌临床株与环境株的16S rRNA基因序列及系统发育分析

目的:比较嗜麦芽寡氧单胞菌临床株与环境株16S rRNA基因序列,构建系统发育树,分析其进化关系.方法:对选取的3株嗜麦芽寡养单胞菌临床株和1株环境株的16S rRNA基因进行PCR扩增并测序.将上述及从GenBank中挑选出的其他32株不同来源的嗜麦芽寡养单胞菌的16S rRNA基因序列进行对比分析.并绘制系统发育树.结果:系统发育分析表明大部分菌株可根据来源分为3个簇,序列分析显示某些高度可变区可能存在可区分临床株与环境株的关键序列.结论:嗜麦芽寡养单胞菌基因型及表现型具有多样性:大部分嗜麦芽寡氧单胞菌临床株与环境株可根据16S rRNA基因序列进行鉴别.     

Comparison of the DNA sequences and secondary structure of the mitochondrial 16S rRNA gene of Ixodes kingi,Ixodes sculptus and Ixodes angustus

The DNA sequences and predicted secondary structure of domains IV and V of the mitochondrial (mt) 16S rRNA gene were compared for three species of Ixodes: Ixodes kingi, Ixodes sculptus and Ixodes angustus. Each species had a unique set of DNA sequences for the 16S gene. Many of the differences in DNA sequence within and among species occurred in a “hypervariable” region of domain V, and either represented partial or full compensatory base pair changes that maintained the helices within the secondary structure, or nucleotide alterations at unpaired positions that had no effect on the secondary structure. The results of the phylogenetic analyses revealed that I. kingi, I. sculptus and I. angustus were placed in a clade with some other species of the subgenera Pholeoixodes and Ixodiopsis. In addition, individuals of I. sculptus from Saskatchewan (Canada) and Colorado (USA) did not form a monophyletic clade, suggesting the possible existence of cryptic species.     

Utility of high-performance liquid chromatography analysis of mycolic acids and partial 16S rRNA gene sequencing for routine identification of Mycobacterium spp. in a national reference laboratory

High-performance liquid chromatography analysis of mycolic acids and partial gene sequencing for the first 500-bp 5′ end of the 16S rRNA gene were used singularly and in combination to evaluate the final identification of species. Examination of 200 cultures revealed 100 strains of slowly growing mycobacteria (SGM), 91 strains of rapidly growing mycobacteria (RGM), and 9 strains of other genera. SGM were discriminated in complexes with both methods for 56 strains, composed primarily of the Mycobacterium spp.: Mycobacterium avium, Mycobacterium terrae, and Mycobacterium simiae–Mycobacterium lentiflavum. For RGM, 73 strains were associated with complexes designated as Mycobacterium abscessus–Mycobacterium chelonae, Mycobacterium fortuitum–Mycobacterium peregrinum, and Mycobacterium mucogenicum–Mycobacterium phocaicum. Consistent identification of all the isolates differentiated to single species within the Mycobacterium genus was not possible with either test method. Sequencing results often distinguished complexes containing fewer species, and combining the results from each method increased the confidence of identifying the correct species.     

16S rRNA甲基化酶导致的氨基糖苷类抗生素高水平耐药研究进展

16S rRNA甲基化酶能够造成对包括阿贝卡星在内的所有氨基糖苷类抗生素耐药,并且为高水平耐药。自2003年在革兰阴性杆菌临床分离株中发现第一个质粒介导的16S rRNA甲基化酶ArmA以来,已发现7种质粒介导的16S rRNA甲基化酶,包括ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、RmtD、RmtE和NpmA。16S rRNA甲基化酶基因通常和ESBL基因位于同一可转移的质粒上,造成多重耐药。世界各地在革兰阴性杆菌临床分离株中检测出16S rRNA甲基化酶,而我国分离的临床分离株中只检测出ArmA和RmtB。16S rRNA甲基化酶是导致革兰阴性杆菌临床分离株对氨基糖苷类药物高水平耐药的主要原因。     

介导氨基糖苷类高水平耐药16SrRNA甲基化酶armA基因的基因环境分析

目的探讨介导氨基糖苷类高水平耐药基因armA在不同种属中的基因环境。方法 BLASTN比对分析GenBank数据库中armA基因所处的基因环境。分析armA基因分布的种属、地域及其侧翼序列特征。结果所有的armA基因均位于插入序列ISCR1的下游。armA基因在肠杆菌科细菌中广泛检出,在肠杆菌科细菌中其侧翼序列结构保守。结论不同国家、地区,不同菌属中报道的armA基因环境有极大的相似性。