阪崎肠杆菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的:对19株阪崎肠杆菌分离株和1株阪崎肠杆菌标准菌株进行脉冲场电泳(PFGE)分型分析。方法:利用限制性内切酶Xba1对阪崎肠杆菌基因组DNA进行酶切和PFGE分析,并利用BioNumerics软件进行聚类分析。结果:20株阪崎肠杆菌PFGE带型表现出多样性,在可分成16种PFGE型。BQ9、BQ11、BQ12、BQ13和BQ14相似性系数为100%,属于同一PFGE型别。BQ9、BQ11、BQ13和BQ14是同一生产厂家不同品牌的四种产品。其余各分离株和标准菌株的酶切图谱各不相同,相似性系数均在90%以下,被确定为不同PFGE型。结论:PFGE酶切带型与菌株来源有相关性,可应用于阪崎肠杆菌的分子分型和溯源。     

食品和环境阪崎肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的:阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii)是肠杆菌科肠杆菌属一种革兰阴性菌,是一种条件致病菌,可通过污染婴幼儿配方食品导致严重的婴儿(特别是新生儿)的脑膜炎、坏死性小肠结肠炎和菌血症。对其进行分型研究对阪崎肠杆菌所致疾病的流行病学调查、跟踪和阻断传播途径具有重要的意义。方法:本研究选择7个管家基因atpD、fusA、glnS、gltB、gyrB、infB和pps作为目的基因,对分离自石家庄市售配方米粉、奶粉、婴幼儿食品和环境中分离到的19株阪崎肠杆菌和1株标准株ATCC51329进行了MLST分型检测。结果:20株阪崎肠杆菌可分为12个序列型,分辨率达0.9263,发现9个新ST型。结论:MLST作为阪崎肠杆菌的分型方法,结果准确,分辨率高,对研究该菌的进化趋势和溯源具有重要意义。     

阪崎肠杆菌脉冲场凝胶电泳分型的研究

目的对29株阪崎肠杆菌分离株和2株阪崎肠杆菌模式株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型研究。方法分别利用限制性内切酶XbaⅠ和SpeⅠ酶切阪崎肠杆菌染色体DNA进行PFGE分析,利用BioNumerics软件进行聚类分析。结果31株阪崎肠杆菌使用XbaⅠ和SpeⅠ酶切分别有30种PFGE带型。除ES004和ES005外,其他29株阪崎肠杆菌经XbaⅠ或SpeⅠ酶切后的PFGE条带之间均存在不同程度的差异。来源于同品牌同批次中不同包装的产品中的ES004和ES005分离株XbaⅠ和SpeⅠ酶切图谱完全一致(相似度为100%)。根据BioNumerics软件分析结果可知,除分离株ES004和ES005外,其他分离株的带型和样品来源之间无显著相关性。结论虽然XbaⅠ酶切的PFGE带型平均条带少于SpeⅠ,但对阪崎肠杆菌具有足够的分辨率。两种PFGE分型方法都可应用于阪崎肠杆菌的分子分型和溯源。     

阪崎肠杆菌自动化核糖体分型的研究

目的 对阪崎肠杆菌食品分离株进行核糖体分型,并分析其分型效果.方法采用杜邦RiboprinterTM指纹图谱分析仪对2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株进行核糖体分型,运用BioNumerics数据库软件建立相应的核糖体指纹图谱数据库,进行指纹图谱分析.结果 核糖体分型将2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株分成26种核糖体带型,其中22种带型分别对应1株阪崎肠杆菌试验菌株,其他4种带型分别对应2株试验菌株,不同带型之间的最低相似度为31.58%.所有菌株的酶切条带数为10个左右,酶切条带分子量范围位于1～50 kb之间.同时,使用BioNumerics软件对结果进行分群和多维尺度分析,可见核糖体分型主要分为4个群.结论 自动化核糖体分型可以方便快捷的实现阪崎肠杆菌的分型.     

野生株阪崎肠杆菌的生化分型与耐药性研究

目的:对从婴儿奶粉中分离得到的23株野生株阪崎肠杆菌进行生化分型,对各型阪崎肠杆菌及非阪崎肠杆菌代表株进行耐药性分析.方法:阪崎肠杆菌生化分型使用APl20E鉴定条,定性耐药性分析采用WS/T125-1999标准中纸片法,定量耐药性分析采用细胞培养板梯度稀释法.结果:23株野生株阪崎肠杆菌根据生化实验结果分成了7型,通过耐药性分析筛选出的对阪崎肠杆菌耐药而对其他非阪崎肠杆菌敏感的抗生素有万古霉素、头孢噻吩.结论:通过对野生株阪崎肠杆菌的生化分型与耐药性研究,可对因阪崎肠杆菌引起的婴儿感染的治疗提供帮助,有利于研制新的阪崎肠杆菌选择性培养基,用于食品安全检测.     

阪崎肠杆菌自动化核糖体分型的研究

目的 对阪崎肠杆菌食品分离株进行核糖体分型,并分析其分型效果.方法采用杜邦Riboprinter~(TM)指纹图谱分析仪对2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株进行核糖体分型,运用BioNumerics数据库软件建立相应的核糖体指纹图谱数据库,进行指纹图谱分析.结果 核糖体分型将2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株分成26种核糖体带型,其中22种带型分别对应1株阪崎肠杆菌试验菌株,其他4种带型分别对应2株试验菌株,不同带型之间的最低相似度为31.58%.所有菌株的酶切条带数为10个左右,酶切条带分子量范围位于1～50 kb之间.同时,使用BioNumerics软件对结果进行分群和多维尺度分析,可见核糖体分型主要分为4个群.结论 自动化核糖体分型可以方便快捷的实现阪崎肠杆菌的分型.     

2010年四川省市售婴幼儿食品中阪崎肠杆菌监测与分析

目的 了解四川省区域内市售婴幼儿食品中阪崎肠杆菌污染状况,为食品安全预警和预防食源性疾病提供科学依据.方法 在四川省区域内采集婴幼儿食品,进行阪崎肠杆菌检测,并对检出菌株运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对进行分子分型,以BioNumerics V5.10软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 在四川省10个市州共采集94份婴幼儿食品样品,检出13株阪崎肠杆菌,通过PFGE分型,共得到10个带型.结论 监测结果表明四川省内市售婴幼儿食品中存在一定的阪崎肠杆菌污染,应进一步加大监测力度.     

三种分子分型技术在嗜肺军团菌分型中的应用与评价

目的对脉冲场凝胶电泳方法 （PFGE）、基因序列分型（SBT）和mip基因分型方法在嗜肺军团菌分型研究中的分辨力和潜在价值进行比较和论述。方法采用PFGE、SBT和mip基因分型方法对29株嗜肺军团菌和1株标准菌株ATCC33153进行分型比较。结果 PFGE可将30株嗜肺军团菌分为5大类群,19个PFGE型,分辨力为0.9586;SBT可分为22个ST型,分辨力为0.9609;mip基因分型可分为9个型别,分辨力为0.8344。血清型LP1和LP14菌株具有相同的PFGE和mip基因型别,相同或相近的SBT型别。结论 SBT较PFGE具有稍高的分辨力,适用于全球数据库比对和进化亲缘关系的研究,结合PFGE和SBT分型方法有利于流行病学溯源分析。     

上海地区分离的大肠埃希菌O157的分子分型研究

目的对2006年-2014年在上海地区分离的大肠埃希菌O157进行分子分型研究。方法通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)技术的联合应用,对来自中国上海地区的16株大肠埃希菌O157分离株和4株标准株进行分子分型研究。结果 PFGE方法可将20株菌株分为12种型别,分辨力为0.921 1。其中14株O157:H7菌株处于同一聚类,其与6株O157:H?菌株为不相关菌株。MLST方法可将20株菌株分为6种ST型,分辨力为0.726 3。7个管家基因的核苷酸多态性范围为0.000 784~0.009 449。其中14株O157:H7菌株分为ST2966型和ST11型,属于同一克隆群。6株O157:H?分离株分为4种ST型,包括3种新的ST型,且与本研究中的O157:H7菌株间的管家基因型别相差至少6个。结论上海地区从动物和患者粪便中分离的大肠埃希菌O157:H7分离株间的遗传谱系接近,与本实验研究中的大肠埃希菌O157:H?菌株间亲缘关系较远。需加强对上海地区大肠埃希菌O157的病原学监测,并进一步比较2种分型技术对大肠埃希菌O157的分型效果。     

熟肉制品受染阪崎肠杆菌情况调查

目的:了解熟肉制品中阪崎肠杆菌的受染情况,为预防和控制阪崎肠杆菌在人类感染疾病,为卫生监管提供科学依据。方法 :按照GB4789.40-2010《食品微生物学检验阪崎肠杆菌检验》和实时荧光PCR法进行检验并统计分析。结果 :152份熟肉制品检出阪崎肠杆菌14株,检出率为9.2%;染菌量在20MPN/100g浓度范围以下的占92.9%(13/14)。结论 :熟肉制品受染阪崎肠杆菌的情况应引起警惕。     

肺炎克雷伯菌脉冲场凝胶电泳及多位点序列分型技术的联合应用

目的 联合使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)及多位点序列分型(MLST)对肺炎克雷伯菌进行分型研究.方法 参照美国疾病预防控制中心及亚太地区PulseNet提供的PFGE相关标准化操作程序,优化相关电泳条件,对某儿童医院于2005-2006年分离到的59株菌分型分析,对其中高度相似性菌株进行MLST分型分析.结果 59株菌经PFGE分型分析,可分成47个PFGE型,19个PFGE群,具有高度相似性的菌株经MLST分型,其型别分别为ST-340、ST-342、ST-343、ST-344、ST-345,其中ST-342、ST-343、ST-344、ST-345为MLST数据库中中国新发现的ST型.结论 具有PFGE高度相似性的肺炎克雷伯菌可以通过MLST进一步确认或区分.     

杭州市2002-2008年甲型副伤寒沙门菌分子分型研究

目的研究2002-2008年杭州市甲型副伤寒疫情分离株的亲缘性,并探讨脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点序列分型（MLST）在甲型副伤寒沙门菌分子分型中的应用。方法对404株甲型副伤寒沙门菌运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,并用K-B法测定菌株抗生素敏感性。挑选9株甲型副伤寒沙门菌进行多位点序列分型（MLST）以及稳定性试验。结果 404株甲型副伤寒沙门菌可分为6个PFGE型和4个耐药型,P1型和P2型属于同一个克隆系,该克隆系菌株占试验菌株数的99%,分离自临安市的310株菌均为P1型,分离自杭州市西湖区的主要菌型是P2型和P1型。9株甲型副伤寒沙门菌根据SucA位点的差异可分为2个MLST型。结论杭州市2002-2008年的甲型副伤寒疫情由同一克隆系的菌株主导。PFGE、MLST分型方法各有侧重,可互为补充。     

多位点序列分型和脉冲场凝胶电泳在肠炎沙门菌分子分型的比较

目的 比较多位点序列分型技术和脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术在肠炎沙门菌菌株间分型的分辨率。方法 分别建立肠炎沙门菌的6个管家基因thrA、pure、sucA、aroC、hemD、dnaN和一个特异性的DNA标记Sdf Ⅰ的多位点序列分型技术，及以寡切点的XbaⅠ、SpeⅠ作为限制性内切酶的PFGE方法，并应用上述方法对食品中的分离株进行分型，比较两种方法的分辨率。结果 PFGE可以将50株肠炎沙门菌分为11个型。并且通过双酶系统的双重PFGE分型，还可以将PFGE型别再精细划分为亚型；MLST则揭示了在同一血清型内部，各菌株之间的管家基因碱基序列高度保守，而在沙门菌不同血清型的核苷酸序列之间，则分别存在不同数量的碱基差异。即MLST方法只能用于血清型之间，不能在血清型内部进行分型研究。结论 与MLST比较，PFGE方法在肠炎沙门菌的分型方面显示了比较高的分辨率。     

2011-2012年杭州市肠道沙门菌临床分离株的分子型别分析

目的研究2011-2012年杭州市肠道沙门菌临床分离株的型别,了解本地菌株分子流行病学特征。方法对66株肠道沙门菌临床分离株进行血清分型和多位点序列分型(MLST)。对其中主要血清型:鼠伤寒、甲型副伤寒、萨雷甲尼和肠炎沙门菌菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。结果分布于21个血清型的66株沙门菌分成26个ST型别。发现一株纽波特沙门菌为新型ST1690。菌株血清型与MLST型别数据库中所对应的血清型符合率为100.00%。9株甲型副伤寒沙门菌的PFGE带型完全一致(P7型),与先前杭州流行菌株有差异(P1-P6型)。6株肠炎沙门菌分成4个PFGE型,型间最小相似性为92.70%。13株鼠伤寒沙门菌分为11个PFGE型,型间最小相似性为71.70%。7株萨雷甲尼沙门菌分成4个PFGE型别,型间最小相似性为91.00%。结论近年杭州腹泻病人中流行的肠道沙门菌菌株主要血清型为鼠伤寒、甲型副伤寒、萨雷甲尼和肠炎等。甲型副伤寒沙门菌菌株在杭州出现了新PFGE型别。MLST数据可以对沙门菌血清学鉴定提供一定的帮助。     

中国2000-2008年间甲型副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳和多位点序列分析

目的 分析我国2000-2008年间甲型副伤寒沙门菌流行株的分子分型及病原进化上的特征.方法 应用以Spe Ⅰ为限制性内切酶的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)方法 和基于9个管家基因位点(aroC、thrA、hisD、purE、sucA、dnaN、hemD、adk和purA)的多位点序列分析(multilocus sequence typing,MLST)分型方法 ,对我国2000-2008年间分离自10个地区的118株甲型副伤寒沙门菌流行株进行分析.结果 应用PFGE方法 将118株甲型副伤寒沙门菌分为32个型,其中包含5株以上的优势PFGE带型有5种.而应用MLST方法 ,所有菌株只分出了2个序列分型(sequence type,ST),各菌株的管家基因序列高度保守,呈现高度克隆化.结论 中国2000-2008年间甲型副伤寒沙门菌菌株应用MLST这种分型方法 很难区分,MLST不适于甲型副伤寒沙门菌的暴发调查和流行病学监测.目前中国的甲型副伤寒是由高度克隆化的菌株引起全国范围的扩散 流行.随着年份的变迁,也积累了散在的变异.     

Molecular epidemiological typing of Enterobacter cloacae isolates from a neonatal intensive care unit: three-year prospective study.

Since 1992, there has been an increase in the incidence of Enterobacter sepsis in the neonatal intensive care unit (NICU) of the authors' hospital. From 1995 to 1997, a prospective molecular epidemiological survey of the colonizing and infecting strains isolated from neonates was conducted. Enterobacter cloacae was the most frequent cause of neonatal sepsis, accounting for 19.2% of all neonatal infections, reaching a peak incidence of 2.2/1000 during 1996. Fifty isolates from the NICU and four epidemiologically unrelated strains were characterized by pulse-field gel electrophoresis (PFGE), ribotyping, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR and plasmid profiling. PFGE was the most discriminatory technique and identified 13 types (two of them classified into two and three subtypes) compared with ERIC-PCR, plasmid profiling and ribotyping that identified 11, 11 and seven types, respectively. A good correlation was found between all techniques. Five different clones caused 15 cases of sepsis. Clones A and B were prevalent in 1995 and 1996, but they were not isolated in 1997. An outbreak caused by clone G in 1997 was controlled by cohort nursing and hygienic measures, without changing the antibiotic policy. Strains were characterized by their antibiotic resistance pattern and divided into three groups. Group I correlated with PFGE types A, B1 and B2, which hyperproduced Bush type 1 chromosomal beta-lactamase and expressed extended-spectrum ?-lactamases (ESBLs). Group II only hyperproduced Bush type 1 chromosomal beta-lactamase and correlated with PFGE-types D1, D2, D3 and I. Finally, Group III, with inducible beta-lactamases, correlated with the rest of PFGE types. The sudden disappearance of E. cloacae after reinforcement of hygienic measures confirms the importance of patient-to-patient transmission.     

The molecular epidemiology of serial Candida tropicalis isolates from ICU patients as revealed by multilocus sequence typing and pulsed-field gel electrophoresis

The genetic profiles of 50 Candida tropicalis isolates serially collected from 14 patients during a prospective surveillance study in adult intensive care units (ICUs) were characterized by multilocus sequence typing (MLST) and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of NaeI restriction fragments. A total of 21 diploid sequence types (DSTs) and 43 genotypes were differentiated by MLST and PFGE, respectively. Significant correlations were found between PFGE genotypes and DST types (P < 0.05). Dendrograms generated by either MLST or PFGE-NaeI showed that most isolates from the same patient co-clustered with high similarity regardless of the anatomical source of isolation. Maintenance, microvariation or replacement of C. tropicalis isolates could be observed within the individual patients by further analysis of variations in MLST sequence data. Antifungal susceptibility testing revealed that 17 (34%) of 50 isolates presented high MICs to flucytosine (MIC ≥ 8 μg/mL). Sixteen (94%) of these isolates belonged to DST 164, and these were collected from four patients with different PFGE genotypes. Isolates sharing the same DST may represent a common clone that underwent extensive mutation over time to cope with drug selection pressure, different hosts or different geographic environments.     

寿司制品中阪崎肠杆菌污染情况调查

目的:了解寿司制品中阪崎肠杆菌的污染状况。方法:采用常规培养鉴定方法、实时荧光PCR方法对40份样品进行阪崎肠杆菌分离鉴定。结果:从40份市售寿司制品中检出4株阳性株,阳性率为10%。2种鉴定方法结果相符。结论:阪崎肠杆菌的污染造成寿司制品存在安全隐患。     

青岛地区医院内感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子分型研究

目的 探讨青岛地区医院内感染的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分子流行病学特征及脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别与菌株表型、一般临床资料间的关系.方法 收集2003-2007年间青岛地区主要医院内感染MRSA 360株,Sma Ⅰ酶切菌株染色体DNA后,进行PFGE电泳,用Bionumericus 2.0软件对电泳图谱进行比较和聚类分析,绘制进化树.同时对患者的性别、年龄、菌株来源等进行多变量统计分析.应用纸片扩散法测定分离菌株的药物敏感谱,并与PFGE型别进行比较分析.PCR扩增不同PFGE型别MRSA代表株25株分离株的7个管家基因进行序列测定和多位点测序分型分析(MLST).结果 所有菌株经PFGE电泳后共分为5型(M0～M4型),其中M1型为优势菌型,M2型次之,M4型相对少见,M0为独特型,明显不同于其他已知PFGE型别.统计学分析发现5种PFGE型别在患者性别、年龄分布上的差异无统计学意义,但在菌株分离部位、来源有统计学的差异:M2型多分离自伤口感染,而M3型菌株多来自ICU病房,5种PFGE型在不同医院间及医院内的分布存在差异.M1与M2两型构成各医院分离菌株的主要型别.抗生素敏感性测定中未发现万古霉素耐药菌株,亦未发现某种PFGE型别与某种特定抗生紊抗性之间的直接相关性.MIST分型发现优势型M1与M3共属于国内常见ST239型,M2型则归类于ST5,M4型属于ST240,独特型中的2种PFGE谱型则分属于ST45及ST398.结论 ST239菌株为青岛地区医院内感染MRSA优势菌株;医院内MRSA的PFGE分型与菌株来源明显相关,与患者年龄、性别无关,MRSA感染普遍存在于各年龄人群中.