胃癌相关基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

目的分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因的功能及其编码蛋白的相互作用,筛选出胃癌相关的关键基因。方法从NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)下载胃癌基因芯片数据GSE79973,采用R Bioconductor3.2.4软件对数据进行处理和分析,输出差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape对差异表达基因进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析。结果通过分析GSE79973芯片数据,一共获得567个表达差异明显的基因,其中表达上调的有384个,表达下调的有183个,这些基因主要富集于细胞外区、细胞外基质、胶原蛋白、基底膜等,主要参与细胞增殖、周期以及粘附等生物学过程,并且在细胞外基质受体、局部粘附以及细胞色素P450代谢等肿瘤相关通路明显富集。初步鉴定了COL4A1、IL6、IL8、COL1A2、ITGA2、THBS1、COL5A1、COL3A1、ITGA1、COL2A1、COL4A2、BIRC5为胃癌相关的关键基因。结论基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因,并筛选出胃癌相关的关键基因,为进一步研究胃癌发病的分子机制提供指导。     

基因芯片技术在子痫前期外周血白细胞差异表达基因研究中的初步应用

目的:运用基因微阵列技术研究子痫前期和正常妊娠外周血白细胞差异表达基因。方法:Trizol法抽提外周血白细胞总RNA,经cDNA荧光标记、杂交与清洗后进行芯片扫描和图像分析,获得子痫前期外周血的差异表达基因。结果:在所检测的21 000个基因中,子痫前期组和正常妊娠对照组外周血白细胞存在差异表达基因195个,子痫前期组差异表达上调基因74个,下调基因121个,其中163个功能分类基因,这些基因涉及细胞代谢、信号传导、运输、转录调控、细胞增殖和凋亡等方面的功能,20个未分类基因,12个未知基因表达序列。结论:子痫前期是一种多因素疾病,其发病的分子机制可能涉及了一些基因表达的变化,基因芯片筛选子痫前期差异表达基因具有快速、高通量、高敏度等特点。     

乙肝病毒S基因区反义寡核苷酸对表面抗原表达的抑制作用

目前研究表明，反义寡核昔酸（ASON）在体外能有效抑制乙型肝炎病毒（HBV）基因表达的作用。本文采用卜氰乙基亚磷酸酯法，在HBVmRNAsywl亚型，S基因起始码部位，人工合成了一段16聚硫代ASON。用酶联免疫吸附法检测了作用于2．2．15细胞培养上清液乙肝表面抗原（HBSAg）的产生情况，并观察该段ASON对HBV基因HBSAg表达的抑制作用。一、材料与方法1．2．2．15细胞的培养：2．2．15细胞能转录、翻译HBV基因并产生HBsAg、HBeAg、HBVDNA以及HBV颗粒。采用RPMI1640培养液，含380mg／LG418（Sisma产品），15％新鲜小牛血清…     

寡核苷酸芯片技术检测肠杆菌科食源性感染常见致病菌的研究

目的：建立肠杆菌科食源性感染常见致病菌的快速检测方法。方法：选带正电荷的尼龙膜作为寡核苷酸芯片载体，采用寡核苷酸芯片技术对肠杆菌科食源性感染常见致病菌进行检测和鉴定。结果：在同一条件下运用多重PCR扩增出14种（属）细菌的16SrRNA、23SrRNA基因片段，随后应用寡核苷酸芯片技术对致病菌进行检测得到了相应的特异性杂交图谱。结论：建立的寡核苷酸芯片技术可快速检测肠杆菌科食源性感染常见致病菌，为食源性感染的快速诊断与预防奠定了良好的基础。     

60 mer寡核苷酸芯片制备及杂交系统的优化

[目的]寡核苷酸芯片制备及杂交过程中的影响因素很多,本实验针对其中主要影响因素进行优化,以筛选出最佳的条件,对芯片制备及杂交系统进行优化. [方法]通过改变芯片打印加样量、斑点数和不同探针浓度,挑选出芯片制备的实验条件;采用正交试验法,以信噪比(SNR值)为评估指标,分析芯片杂交的最佳条件. [结果]最佳实验条件为:增加预打印斑点数,探针浓度为1 μg/μl,与纯化后的荧光标记样品在50%甲酰胺,10×SSC,0.2%SDS杂交液中42℃杂交4 h,洗脱液每次洗脱时间为1 min. [结论]此方法适用于60 mer寡核苷酸芯片的制备及杂交效率的提高.     

微型寡核苷酸芯片检测脑脊液病原菌研究与应用

目的建立快速检测脑脊液标本中常见病原菌的微型寡核苷酸芯片。方法根据脑脊液中常见病原菌16S rRNA基因序列设计通用引物和检测探针;探针固定于尼龙膜上制成寡核苷酸芯片;通用引物扩增病原菌DNA并标记生物素,产物与芯片进行反向杂交检测;对该体系的敏感性和特异性进行了测试,并检测了32例临床病原菌感染的脑脊液标本。结果所有实验菌株均只与芯片上相应探针杂交。该法最低可检测出10 CFU/ml的大肠埃希菌;32例临床本的检测结果与常规鉴定法完全一致。结论该寡核苷酸芯片法能够准确、敏感、快速地检测脑脊液标本中的病原菌。     

微流控芯片技术在基因分析研究中应用

20世纪90年代初,以微机电加工技术(micro-electrome-chanical systems,MEMS)为基础的微型全分析系统(miniatur-ized total analysis systems,或micro total analysis systems,μ-TAS),在近10余年中已经发展为当前世界上最前沿的科技领域之一。     

nm23基因在原发性胃癌浸润转移中的作用

目的研究ｎｍ２３基因在原发性人胃癌组织中的表达状况及其与肿瘤转移的关系。方法采用ｍＲ ＮＡ印迹杂交技术。结果在淋巴结已出现转移的患者中,有６９％的病例其肿瘤组织中ｎｍ２３ｍＲＮＡ表达水平低;而在淋巴结无转移的患者中,则有８０％表达较高水平的ｎｍ２３ｍＲＮＡ。在不同分化程度的瘤组织中,分化程度较差者其ｎｍ２３ｍＲＮＡ表达水平较低。短期随访资料表明,ｎｍ２３ｍＲＮＡ水平与患者的预后有关。结论ｎｍ２３基因的表达水平可以作为预测胃癌患者预后的一个新的指标。     

晕船与能量代谢相关基因的差异表达

目的探讨部分能量代谢相关基因的表达与发生晕船的可能机制。方法利用实时荧光定量PCR技术检测部分能量代谢相关基因在晕船差异个体脑干中的表达。结果与有氧氧化相关的细胞色素氧化酶、ATP合酶和还原型辅酶I(NADH)脱氢酶在晕船大鼠和晕船易感大鼠脑干中低表达;与无氧酵解有关的磷酸果糖激酶在晕船大鼠和晕船易感大鼠脑干中高表达。结论晕船刺激可能导致机体脑部组织缺血或缺氧。     

应用cDNA微阵列芯片检测人乳头瘤病毒16相关的宫颈癌基因

目的 研究感染人乳头瘤病毒16（human papillomavirus，HPV16）的宫颈癌组织中差异表达的基因，并探讨HPV16致富颈癌发生的分子机制。方法 采用杂交捕获Ⅱ代技术，筛选出3例感染HPV16的宫颈癌病例，取其癌组织及自身正常宫颈组织标本，用含14112条人类全长基因的eDNA微阵列芯片。筛选出差异表达的基因并进行分析。结果在3例富颈癌组织中。共同差异表达的基因有244条，其中136条上调，108条下调。这些基因涉及原癌基因和抑癌基因、细胞周期蛋白类、细胞信号和传递蛋白、代谢、免疫相关、细胞受体、蛋白翻译合成，以及其他一些未知功能的基因（ESTs）。绪论HPV16引发宫颈癌，是多因素、多基因共同作用的结果，它们通过相互调节，网络调控直接或间接地导致富颈癌的发生发展，可望进一步分析证实以明确HPV引发宫颈癌的精确分子机制。     

SOCS-1基因启动子区甲基化与胃癌的关系

[目的]探讨细胞因子信号转导抑制分子-1（SOCS-1）基因启动子区甲基化在胃癌发生和发展过程中的意义。[方法]收集南京市原发性胃癌患者102例为胃癌组;采用1：1病例-对照研究方法,随机选取非消化系统疾病、非肿瘤患者102例为对照组。取外周血提取DNA,采用甲基化特异性PCR检测胃癌组及对照组外周血DNASOCS-1基因启动子区甲基化状态。[结果]胃癌组SOCS-1基因启动子区甲基化率为38.24％（39／102）,对照组为12.75％（13／102）。两组OR=4.2381（95％CI：2.0924-8.5840）。两组中年龄及性别亚组问的甲基化率差异均无统计学意义（P〉0.05）。[结论]SOCS-1基因启动子区异常甲基化可能是肿瘤特异性的,在胃癌的发生、发展中可能具有一定的作用。     

DNA修复酶基因多态性与胃癌易感性关系的研究进展

癌症的发生不但与癌基因激活、抑癌基因失活、代谢酶基因异常有关,与修复酶基因可能也有关系,因而也日益受到关注。DNA修复酶基因在维持DNA的稳定性中发挥着重要作用,若其出现异常,则不能正确地识别及修复DNA的损伤,最后可能导致肿瘤的发生。     

SELDI-TOF-MS技术筛选胃癌血清标志物研究

[目的]筛选胃癌患者血清肿瘤标志物,用于胃癌早期诊断。[方法]应用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱技术(Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry,SELDI-TOF-MS),检测32例胃腺癌、22例消化性溃疡、32例胃炎患者和30名正常人(对照)的外周血清标本,筛选胃癌相关特异蛋白峰。[结果]与正常对照相比较,发现质荷比为2953、3267、5341、5912、5927的蛋白质分子在胃癌患者血清中上调,质荷比为4059、4213、4270、7160的蛋白质在胃癌患者中下调。4059、5341、5912、3267、4059及5341的蛋白质组成的波谱模型可以准确鉴别胃癌与正常对照。其中质荷比为5912的蛋白质在胃癌患者血清中有很高的表达,敏感性为81．25％,特异性为56．67％。4059的波谱峰可以在正常组中显示,但在胃癌组中几乎消失。[结论]SELDI-TOF-MS技术是一种快速、简便、易行且高通量的分析方法。本研究筛选出的4059、5341、5912、3267、4059及5341低分子量蛋白质有可能成为潜在的诊断胃癌的血清生物标志物。     

Association of Sarcopenia and Expression of Interleukin-16 in Gastric Cancer Survival

We designed the present work to explore the connection between sarcopenia and interleukin-16 (IL-16) expression and their integrated relation with gastric cancer (GC) survival. We deemed the sex-specific third lumbar vertebra skeletal muscle index cutoffs for sarcopenia to be ≤40.8 and ≤34.9 cm²/m² in male and female patients, respectively. Immunohistochemistry was carried out to detect IL-16 levels among GC tissues of the patients. We determined overall survival (OS) and relapse-free survival (RFS) by univariate and multivariate analyses. This study included 225 GC cases, with an average age of 62.7 years. There were 41 (18.2%) female patients, and 107 (47.5%) patients had sarcopenia. Sarcopenia and high IL-16 expression were identified as independent factors to predict OS (hazard ratios [HR] = 1.64 and 1.79, 95% confidence interval [CI] = 1.25–2.23 and 1.16–2.78, respectively) and RFS (HR = 1.43 and 1.60, 95% CI = 1.15–2.95 and 1.10–2.37, respectively). There were more cases showing high IL-16 expression detected in the sarcopenia group (55.7% vs. 37.3%, p = 0.003). Later, we grouped the patients with sarcopenia and IL-16 expression and discovered that the patients with sarcopenia and IL-16 upregulation displayed the poorest OS (HR = 3.02; 95% CI = 1.64–5.91) and RFS (HR = 2.34; 95% CI = 1.47–4.69). In conclusion, more IL-16 upregulation was noted in GC patients with sarcopenia. Sarcopenia accompanied by high IL-16 expression remarkably indicates a dismal prognosis in GC patients. This suggests that these biomarkers may be able to identify patients with GC with poor prognosis and enhance prognostication.     

胃癌胃全切患者预后的影响因素

目的探讨接受胃全切治疗的胃癌患者预后的影响因素。方法回顾性分析接受胃全切手术治疗的胃癌患者的临床资料。观察患者1年死亡率,采用单因素分析法比较不同临床病理特征的胃癌患者死亡率的差异,采用Logistic回归分析法分析影响患者生存情况的因素。结果参与本项研究的210例患者中,1年内死亡28例,死亡率为13.3%;年龄≥65岁,肿瘤部位位于上部,直径≥4 cm,临床分期为Ⅲ~Ⅳ期,分化程度为中、低分化,癌胚抗原(CEA)、糖链抗原125(CA125)和高糖链抗原19-9(CA19-9)水平较高的患者死亡率较高,差异具有统计学意义(P0.05,P0.01);而不同性别的患者死亡率差异不显著;将单因素分析有意义的年龄、肿瘤部位、肿瘤直径、临床分期、分化程度、CEA、CA125和CA19-9水平为自变量,以患者是否死亡为因变量进行Logistic回归分析,结果表明,患者的临床分期、分化程度和CA19-9水平进入回归方程,OR分别为4.356、5.238和3.562,(P0.05,P0.01)。结论临床分期、分化程度和CA19-9水平是影响胃癌胃全切患者生存率的独立危险因素。     

天津市胃癌的营养病因研究

<正> 天津市胃癌死亡率仅决于肺癌而居第二位。为研究胃癌发病与饮食、营养及其他因素的关系,我们进行了病例对照调查研究,结果如下:     

实时荧光定量PCR检测IGFBP4在胃癌组织中的表达

目的探讨胃癌中胰岛素样生长因子结合蛋白4（insulin-like growth factor binding protein4,IGFBP4）的表达情况及其与临床病理参数的关系。方法应用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）技术检测2008至2011年间100例胃癌术后标本中IGF-BP4的表达,并探讨IGFBP4表达及其与临床病理参数的关系。结果 RT-qPCR结果显示,100例中53例（53/100,53%）患者较配对的癌旁正常组织,癌组织中IGFBP4 mRNA表达下调（P=0.0148）,且在低分化胃癌、T4a/b、及Ⅲ/Ⅳ期胃癌患者中表达下调明显。结论 IGFBP4在胃癌组织中表达下调,且分化越低,分期越晚,表达下调越明显,提示IGFBP4可能为胃癌的抑癌基因。     

120例食管癌、胃癌危险因素的病例对照研究

目的：探讨食管癌、胃癌发病的危险因素及保护因素。方法：采用1：3配比的病例对照研究方法并建立了Logistic回归模型,共调查120例食管癌,胃癌病例及360例对照。结果：单因素分析提示,长期或大量吸烟、饮酒、喜食酸菜、豆辣食,经常出现呕吐,吞咽困难,黑便,消瘦及隐血珠筛查阳性与食管癌,胃癌的发生有关,而文化水平和喜食水果是保护因素,经多因素分析发现,吞咽困难,隐血珠筛查阳性,饮酒史,黑便及吸烟年限为食管癌,胃癌发生的主要危险因素。结论：改变不良饮食生活习惯,经常食用新鲜蔬菜和水果,对经常出现呕吐,吞咽困难,黑便,消瘦及隐血球筛查阳性的高危人群定期进行筛查,可减少食管癌,胃癌发生的危险性。     

不良嗜好及胃慢性疾病与胃癌

目的：研究吸烟、饮酒等不良嗜好和胃慢性疾病与胃癌的关系。方法：采用病例对照方法对３６１ 例胃癌病例和１ ５２５ 例人群对照的既往暴露史进行回顾性调查，用Ｌｏｇｉｓｔｉｃ 回归模型估计各因素与胃癌的联系强度。结果：经混杂因素调整后，吸烟可以增加胃癌危险性４８％ ，吸烟年限越长、日吸烟量越大、开始吸烟年龄越小其危险性越高。饮酒增加胃癌危险性８２％ ，饮白酒的作用最明显。有胃慢性疾病史者明显增加胃癌危险性，并有随患病年限越长其危险性越大的时间效应关系。吸烟、饮白酒和胃慢性疾病史既是作用很强的独立因素，亦有明显的相乘作用。结论：吸烟、饮酒和胃慢性疾病史是胃癌的主要危险因素，戒除不良嗜好，早期、彻底根治胃慢性疾病是降低胃癌发生的重要措施之一     

早期胃癌的超声内镜诊断及内镜下治疗效果观察

目的:观察早期胃癌的超声内镜诊断及内镜下治疗效果。方法:选取本院2017年1月~2018年12月收入的90例早期胃癌患者,均实施超声内镜诊断以及CT检查,以病理结果为参照,对其诊断价值进行分析。利用随机数字表法将其分为实施内镜治疗的观察组及实施开腹手术治疗的对照组各45例,对比两组治疗效果。结果:病理结果证实,90例早期胃癌患者T0期10例、T1期45例、T2期25例、T3期10例,超声内镜诊断符合率>CT检查,差异有统计学意义(P<0.05);观察组手术相关指标优于对照组、并发症发生率低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:在早期胃癌诊断中超声内镜能够取得理想的效果,内镜治疗更有助于降低并发症发生率。