2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离及HA基因序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。     

2017 - 2018年山东省甲型H1N1流感病毒耐药性分析

目的 调查山东省2017 - 2018流感监测年度甲型H1N1流感病毒对神经氨酸酶抑制剂（NAI）的耐药情况,分析其神经氨酸酶（NA）基因特征。方法 选取山东省2017 - 2018流感监测年度分离的20株甲型H1N1流感病毒进行生物学耐药实验,检测病毒对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性。提取病毒核酸后对NA基因进行测序,利用生物信息学软件分析NA基因上与耐药有关的氨基酸位点及其基因变异情况。结果 选取的20株甲型H1N1流感病毒全部对奥司他韦和扎那米韦敏感,对奥司他韦的IC50平均数为0.37 nM（0.15～0.89 nM）,对扎那米韦的IC50平均数为0.28 nM（0.14～0.78 nM）。NA基因测序结果也没有发现导致耐药的突变位点。结论 山东省的甲型H1N1流感病毒对NAI敏感,临床上可继续使用此类药物对流感患者进行治疗。     

甲型H1N1流感病毒基因组序列分析及其特性研究

目的 分析甲型H1N1流感病毒的基因组序列特征,阐明该毒株的遗传变异及分子特性.方法 GenBank中获取流感病毒全序列,对各段基因与已知序列进行分析比较,绘制进化树,并分析和预测甲型毒株的致病性、药物敏感性和现有疫苗的预防保护作用.结果 甲型H1N1病毒的HA、PB2、PB1、PA、NP、NS基因与美国本土的猪流感病毒序列具有高度同源性,NA和M基因具有典型的欧亚株系猪流感病毒特征.该病毒具有人传人的分子基础,HA上HA1和HA2裂解位点序列为PSIQSR↓+GLFGAI,尚不具备高致病性流感病毒的特征.病毒对金刚烷胺类药物耐药,而对达菲和扎那米韦敏感.HA片段5个抗原决定区氨基酸序列与人用流感疫苗具有较大差异,推测现有疫苗对预防本次疫情基本无效.结论 甲型H1N1是一种北美和欧亚两种猪流感病毒的混合体,开发针对本病毒的流感疫苗有助于进一步控制疫情蔓延.     

安徽省早期甲型H1N1流感病毒的血凝素基因序列分析

目的检测、分析安徽省甲型H1N1流感早期病例的病毒血凝素（HA）基因的序列特征。方法RT-PCR方法扩增我省早期流感样病例的病毒核酸并对其HA基因序列进行分析比对。结果我省早期甲型H1N1流感病例的病毒HA基因与2009年全球流行的甲型H1N1流感病毒高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧洲和亚洲分离的A/H1N1猪流感和A/H1N1禽流感亲缘关系较远。结论我省早期流行的甲型H1N1流感毒株HA基因可能由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能并不敏感。     

2009-2017年烟台地区甲型(H1N1)pdm09流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 分析2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒流行情况及神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进化特征。方法 收集2009年8月~2017年8月烟台地区两家哨点医院流感样病例咽试子标本10 236份,狗肾细胞（Madin-Darby canine kidney cell,MDCK）分离流感病毒,血凝抑制实验进行病毒分型。选取甲型（H1N1）pdm09流感毒株43株,扩增NA基因全序列并测序,应用分子生物学软件分析其遗传变异特征。结果 系统发生分析表明大部分烟台分离株属于2、7、6C、6B.1和6B.2基因型;NA蛋白分子多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株相比,6、7基因型增加了44位糖基化位点;6B.1和6B.2基因亚型,减少了386位糖基化位点;运用固定效应似然比模型和内部固定效应似然比模型发现34和386两个正向选择压力位点,NA蛋白酶活性中心位点及周围辅助位点均未发生变异。结论 2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒NA基因持续发生变异,仍对神经氨酸酶抑制剂敏感,未来仍应加强流感流行状况和病原基因特征监测。     

甲型H1N1流感的研究进展

甲型H1N1流感病毒是猪流感病毒（swine influenza virus，SIV）的一种新型变异株，它属正黏液病毒科甲型流感病毒属的单股RNA病毒，其与1918年引发人类浩劫的流感病毒对人类的免疫系统造成相似的反应。根据其外部糖蛋白血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）的不同抗原特性可将甲型流感病毒分为多个亚型，     

河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的分析河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的变异情况,了解其变异现状及特点。方法对35株甲型H1N1流感病毒毒株提取病毒总RNA,设计引物运用RT-PCR技术扩增编码NA蛋白的基因序列,测序分析核酸序列并用MEGA4.1软件构建进化树,用BLAST进行比对分析。结果分离株NA基因316位G/A和742位A/G(N端106位V/I和248位N/D)发生变异,2个突变位点同时存在;同时,通过BLAST分析,发现我国多个省份和亚洲其它多个地区病毒株NA基因存在945位A/G和1 338位T/C突变,进化树分析发现,这两个位点的突变可能来自于中国猪-人之间相互感染。结论甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因在中国内地传播期间个别核酸位点发生了突变,其氨基酸抗原区有一位点发生变异(106 V/I)。     

陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒基因特征分析

目的分析陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EA H1N1 SIV)的基因特征。方法采集患者咽拭子标本, 接种MDCK细胞进行病毒分离获得毒株, 采用全基因组深度测序方法获得分离株的8个基因节段序列, 通过GenBank数据库中Blast程序进行核苷酸同源性分析, 构建系统进化树, 分析病毒基因特征。结果病例咽拭子标本经实验室确诊为EA H1N1 SIV, 后分离毒株命名为A/Shaanxi-Weicheng/1351/2022(H1N1v)。同源性分析显示, 该分离株的PB2、NP、HA、NA和M基因均与A/swine/Beijing/0301/2018(H1N1)核苷酸同源性最高, 分别为98.29%、98.73%、97.41%、97.52%和99.08%。进化树显示, 该分离株属于G4基因型EA H1N1 SIV, 其中PB2、PB1、PA、NP和M基因来自pdm/09 H1N1, HA和NA基因来自EA H1N1, NS基因来自三源重配H1N1。其HA蛋白裂解位点为IPSIQSR↓G, 为低致病性流感病毒的分子特征。NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸...     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

Characterization of the neuraminidase of the H1N1/09 pandemic influenza virus

In this study, we compared properties of the neuraminidase (NA) of the H1N1/2009 pandemic virus (H1N1pdm) and N1 NAs of other influenza viruses. The H1N1pdm NA was more active than NAs of seasonal H1N1 viruses, hydrolyzed Neu5Acα2-3Gal linkage as efficiently as did avian viruses and cleaved Neu5Acα2-6Gal linkage as efficiently as classical swine viruses. To assess the functional balance between heterologous NAs and pandemic virus HA, we generated four recombinant viruses that shared seven genes of A/Hamburg/5/09 and contained the NA gene from representative avian, swine and human viruses. The viruses harboring NA from avian, Eurasian avian-like swine and seasonal human viruses eluted more slowly from red blood cells, were more sensitive to neutralization by human airway mucins, and replicated less efficiently in differentiated human tracheo-bronchial epithelial cultures as compared with the viruses containing the NA of H1N1pdm and the NA of the North American classical swine virus lineage. Our data suggest that functional properties of the NA of H1N1pdm could be closer to those of classical swine viruses than to those of avian, avian-like swine and seasonal human viruses.     

郴州市2009年流感病原学监测及A(H1N1)NA基因特征研究

[目的]了解2009年郴州市流感病毒流行株的病原学特征,为流感防控提供科学依据。[方法]采集哨点医院ILI咽拭子标本,用MDCK细胞进行病毒分离,采用HA和HI试验对流感病毒进行分型鉴定;采集暴发疫情ILI咽拭子用PCR法检测流感病毒核酸;随机抽取4、10月份的季节性A(H1N1)流感毒株进行NA基因测序,测序结果与国内各省市流行株及WHO推荐的北半球疫苗株作同源性比对,绘制种系进化树。[结果]分离哨点医院监测标本2284份,阳性254份:其中季节性A(H1N1)109株、A(H3N2)97株、甲型H1N130株、B型18株;PCR检测3024份标本,甲型H1N1核酸阳性1002份,阳性率33.13%;BLAST比对结果显示,4、10月份的季节性A(H1N1)毒株与2009年WHO推荐的北半球疫苗毒株A/Brisbane/59/2007的核酸同源性分别为99%和98%;种系进化分析结果表明4月份分离株与疫苗株亲缘关系最近,而10月份分离株较4月份分离株已明显发生变异。[结论]2009年郴州市甲型流感病毒异常活跃,其中1～6月季节性A(H1N1)为优势毒株,7～9月A(H3N2)为优势毒株,10～12月甲型H1N1为优势毒株,且出现甲型H1N1流感大流行。季节性A(H1N1)病毒在流行过程中NA基因已经发生了一定的变异,有必要持续跟踪和监测其变异情况。     

Reassortant Pandemic (H1N1) 2009 virus in pigs, United Kingdom

Surveillance for influenza virus in pigs in the United Kingdom during spring 2010 detected a novel reassortant influenza virus. This virus had genes encoding internal proteins from pandemic (H1N1) 2009 virus and hemagglutinin and neuraminidase genes from swine influenza virus (H1N2). Our results demonstrate processes contributing to influenza virus heterogeneity.     

Evaluation of the zoonotic potential of a novel reassortant H1N2 swine influenza virus with gene constellation derived from multiple viral sources

In 2011–2012, contemporary North American-like H3N2 swine influenza viruses (SIVs) possessing the 2009 pandemic H1N1 matrix gene (H3N2pM-like virus) were detected in domestic pigs of South Korea where H1N2 SIV strains are endemic. More recently, we isolated novel reassortant H1N2 SIVs bearing the Eurasian avian-like swine H1-like hemagglutinin and Korean swine H1N2-like neuraminidase in the internal gene backbone of the H3N2pM-like virus. In the present study, we clearly provide evidence on the genetic origins of the novel H1N2 SIVs virus through genetic and phylogenetic analyses. In vitro studies demonstrated that, in comparison with a pre-existing 2012 Korean H1N2 SIV [A/swine/Korea/CY03-11/2012 (CY03-11/2012)], the 2013 novel reassortant H1N2 isolate [A/swine/Korea/CY0423/2013 (CY0423-12/2013)] replicated more efficiently in differentiated primary human bronchial epithelial cells. The CY0423-12/2013 virus induced higher viral titers than the CY03-11/2012 virus in the lungs and nasal turbinates of infected mice and nasal wash samples of ferrets. Moreover, the 2013 H1N2 reassortant, but not the intact 2012 H1N2 virus, was transmissible to naïve contact ferrets via respiratory-droplets. Noting that the viral precursors have the ability to infect humans, our findings highlight the potential threat of a novel reassortant H1N2 SIV to public health and underscore the need to further strengthen influenza surveillance strategies worldwide, including swine populations.     

Efficacy of inactivated swine influenza virus vaccines against the 2009 A/H1N1 influenza virus in pigs

The gene constellation of the 2009 pandemic A/H1N1 virus is a unique combination from swine influenza A viruses (SIV) of North American and Eurasian lineages, but prior to April 2009 had never before been identified in swine or other species. Although its hemagglutinin gene is related to North American H1 SIV, it is unknown if vaccines currently used in U.S. swine would cross-protect against infection with the pandemic A/H1N1. The objective of this study was to evaluate the efficacy of inactivated vaccines prepared with North American swine influenza viruses as well as an experimental homologous A/H1N1 vaccine to prevent infection and disease from 2009 pandemic A/H1N1. All vaccines tested provided partial protection ranging from reduction of pneumonia lesions to significant reduction in virus replication in the lung and nose. The multivalent vaccines demonstrated partial protection; however, none was able to prevent all nasal shedding or clinical disease. An experimental homologous 2009 A/H1N1 monovalent vaccine provided optimal protection with no virus detected from nose or lung at any time point in addition to amelioration of clinical disease. Based on cross-protection demonstrated with the vaccines evaluated in this study, the U.S. swine herd likely has significant immunity to the 2009 A/H1N1 from prior vaccination or natural exposure. However, consideration should be given for development of monovalent homologous vaccines to best protect the swine population thus limiting shedding and the potential transmission of 2009 A/H1N1 from pigs to people.     

2009甲型H1N1流感病毒的血凝素和神经氨酰酶基因变异分析

目的探讨2009新型甲型流感病毒H1N1的血凝素和神经氨酰酶基因的进化规律。方法通过NCBI数据库下载最新收录的A/H1N1的基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version4.0(MEGA4.0)软件来排列和修剪流感病毒各段基因序列并构建进化树。结果不同地区分离到的2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶编码基因均具有高度同源性,同一国别的亲缘关系更近,不同国别的亲缘关系稍远。结论说明此次新型甲型H1N1流行病毒来自同一传染源,且病毒到目前还没有变异。     

几种甲型H1N1流感病毒SYBRGreenI荧光RT—PCR检测方法的验证

目的比较和验证5种甲型H1N1流感病毒SYBRGreenI荧光RT—PCR检测方法。方法首先使用美国NCBI网站的Primer—BLAST程序验证5种甲型H1N1流感病毒SYBRGreenI荧光RT—PCR检测方法引物的理论特异性,然后使用猪流感H1N1病毒核酸、2009年新甲型H1N1流感病毒核酸、H5N1禽流感核酸、能力验证样品作为试验样品验证方法的实验特异性。结果理论验证结果显示5对来源于文献的引物均适合于猪流感的检测,前3对可用于新型甲型H1Nl流感的检测,但只限于个别来源的毒株,与预期略有差别。实验验证结果显示,方法l可正确检出甲型流感病毒;方法2可正确检出猪流感H1N1亚型病毒、新甲型H1N1流感病毒核酸;方法3检测新甲型H1N1流感核酸时未获得阳性结果;方法4可以正确检测出猪流感H1病毒核酸;方法5可以正确检测出猪流感H1N1病毒核酸,但检测新甲型H1N1流感核酸、禽流感H5N1核酸时也为阳性。结论方法1可用于猪甲型流感和新甲型H1N1流感病毒的初筛;方法2可用于猪流感H1N1亚型病毒和新甲型H1N1流感病毒核酸的初筛;方法3不适合新甲型H1N1流感病毒核酸的检测;方法4可用于猪流感H1亚型的检测;方法5不适合于猪流感H1N1亚型病毒的检测。采用SYBRGreenI荧光RT—PCR方法检测甲型H1N1流感病毒核酸,特异性普遍不十分理想,只能用于初筛检测。     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。