先天性髋脱位与Hox基因传递不平衡研究

目的: 探讨先天性髋脱位(CDH)与Hox基因是否存在相关性.方法:在Hox基因A,B,C和D簇所在的染色体区域7P14-15,17q21,12q13和2q31内选择4个微卫星DNA标记D7S1808,D17S1820,D12S1686和Hox4EP,应用PCR及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对101个先天性髋脱位核心家系的303名成员进行基因型分析,并进行传递不平衡检验(TDT).结果:在D12S1686多态性标记位点上检测到16个等位基因,TDT分析先天性髋脱位与D12S1686遗传标记位点不存在传递不平衡(χ2=6.171,P=0.965);在D7S1808多态性标记位点上检测到10个等位基因,与D7S1808遗传标记位点的第7个等位基因存在传递不平衡(χ2=6.045,P=0.014);在D17S1820多态性标记位点上检测到12个等位基因,与D17S1820遗传标记位点的第4个等位基因存在传递不平衡(χ2=6.025,P=0.014);在Hox4EP多态性标记位点上检测到16个等位基因,与Hox4EP遗传标记位点的第4个等位基因存在传递不平衡(χ2=6.461,P=0.011).结论:先天性髋脱位与Hox基因 A,B和D簇可能有关联, Hox A,B和D簇基因可能是先天性髋脱位的易感基因.     

白介素-1O启动子区域基因变异与中国人群狼疮发病相关

目的　采用连锁不平衡方法在中国汉族人群中验证白介素 (IL) 10基因是否与系统性红斑狼疮 (SLE)存在显著相关性。方法　在中国汉族人群中 ,对IL 10启动子区内的 3个单核苷酸 (SNP)位点和IL 10G微卫星标记进行分型 ,并采用病例对照结合传递不平衡检验 (TDT)方法分析分型结果。结果　①中国汉族人群与其他人群的IL 10启动子区内的遗传标记多态性分布及配对连锁不平衡检验的差异有显著性。②病例对照研究发现 ,SLE患者IL 10G138等位基因频率(5 2 % )较正常对照组 (4 2 % )显著增高 (P =0 .0 0 9) ;类风湿性关节炎 (RA)患者IL 10G136等位基因频率和IL 10G14 4等位基因频率均较正常对照组显著增高 (P值分别为 0 .0 0 0 2和 0 .0 0 3)。③单位点的TDT检测发现 ,IL 10G138bp从父母优势传递给患病后代 (传递∶不传递 =94∶6 1,P =0 .0 0 81) ;多位点的TDT检测发现 ,某些特定的单倍型从父母优势传递给患病后代。结论　本研究显示IL 10基因是SLE的易感位点 ,IL 10基因的多态性标记或者直接参与SLE的发病过程 ,或者与某个其他致病的SNP位点存在连锁不平衡     

DTNBP1基因P1763位点多态性与精神分裂症传递不平衡研究

目的 探讨DTNBP1基因P1764位点多态性与精神分裂症的关系.方法 100个精神分裂症先证者及其生物学父母组成的100个核心家系纳入本研究.采用CCMD-Ⅱ-R精神分裂症诊断标准,应用聚合酶链反应及聚丙烯酰胺凝胶芯片技术检测DTNBP1基因的P1764位点单核苷酸多态性,采用基于单体型的单体型相对风险(HHRR)、传递不平衡检验(TDT)进行统计.结果 ①HHRR分析发现P1764位点父母传递与不传递给患者的等位基因之间差异无显著性(x2=0.2609,P=0.6095);②TDT分析发现,P1764位点与精神分裂症之间不存在传递不平衡(x2=0.27,P=0.601);③基因型分析发现,父母传递与未传递给患者的基因型之间差异无显著性(P>0.05).结论 本组研究对象中,DTNBP1基因P1764位点(TG)变异频率少;HHRR和TDT结果提示DTNBP1基因P1764位点多态性与精神分裂症无关联.     

第6号染色体短臂HLA-Ⅱ区基因多态性与精神分裂症的关联性

目的：探讨人类第6号染色体短臂HLA-DRB1、DQB1、DQA2和DQB2基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症的关系。 方法：采用聚合酶链式反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法对195例精神分裂症患者及其健康父母组成的核心家系的基因型进行检测,并利用遗传学统计方法进行传递不平衡检验（TDT）、单倍体相对风险（HRR）及单倍型分析。 结果：病例组和对照组中基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律;HRR分析,DQA2基因的SNP(rs2239800:G/A碱基互换)等位基因频数在病例组和对照组中分布差异有显著性（χ²= 5.021,P=0.025）;TDT分析,杂合子父母双亲的2个不同等位基因传递概率没有偏离50%;单倍型分析,HLA-II区可能存在多个与精神分裂症相关联的易感位点。结论：DQA2基因rs2239800位点基因多态性与精神分裂症有关联。     

DQA1、DQB1和DQB2基因多态性与精神分裂症的关系

目的 :探讨 1 1 6个家系的 6号染色体短臂 ( 6p) MHC区 DQA1、DQB1和 DQB2基因多态性与精神分裂症的关系。方法 :PCR技术和限制性内切酶片段长度多态性方法。结果 :DQA1位点G、A等位基因和 DQB2位点 G、C等位基因在病例组和对照组的频数分布差异无显著性( P>0 .0 5 )。DQB1位点 G、C等位基因在病例组和对照组的频数分布差异有显著性 ( P<0 .0 5 )。结论 :DQB1位点的基因多态性与精神分裂症有关联 ,G等位基因的频数分布病例组高于对照组 ,而DQA1和 DQB2位点的基因多态性与精神分裂症无关联 ;DQA1位点的等位基因在 3种不同程度情感迟钝、淡漠的精神分裂症患者中分布差异有显著性 ;DQB2位点的等位基因分布在精神分裂症不同的诊断分型之间的差异有显著性 ,其中的等位基因 C与偏执型和未分型精神分裂症有关联     

HOXA1基因A218G多态与孤独症的关联分析

目的 探讨HOXAl基因A218G多态与中国汉族孤独症的易感性有无关联。方法 入组38个孤独症核心家系，通过PCR—RFLP对A218G多态基因分型，并进行关联分析。结果 A等位基因的频率为0．912，G等位基因0．088，未发现G／G纯合子，A／G杂合子率为0．177。Hardy-Weinberg平衡检验示符合平衡原则，传递不平衡检验(TDT)显示A和G等位基因没有明显偏离的传递趋势。结论 本研究提示HOXA1基因与中国汉族孤独症的易感性无明显关联。     

SLC25A12及SCN2A2基因多态性与孤独症的关系

目的：探讨SLC25A12和SCN2A2基因单核苷酸多态性(SNPs)与孤独症的关系。方法：从日本孤独症患儿和其健康父母组成的105个核心家系取全血提取基因组DNA,应用PCR-SSCP法检测SLC25A12和SCN2A2基因位点rs3770448和 rs3769955的单核苷酸多态性的分布。结果：rs3770448、rs3769955基因型频率的分布均符合Hardy-Weinberg平衡; 传递不平衡检验（TDT）结果显示,父母和受累子女之间不存在显著的传递不平衡(χ²=1, P>0.05; χ²=0.604,P>0.05),即杂合父母传递给受累子女的等位基因无差异。结论：SLC25A12基因位点 rs3770448和SCN2A2基因位点rs3769955可能与孤独症无关,但尚不能排除该基因其他SNPs与孤独症相关联的可能性。     

Hox C簇基因与先天性髋脱位的传递不平衡检验研究

目的 探讨Hox C簇基因与先天性髋脱位(congenital dislocation of the hip，CDH)的相关性。方法 在胚胎发育基因Hox C簇基因所在染色体区域12q13．3内选取微卫星DNA标记D12S1686，应用聚合酶链反应及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对101个核心家系各成员进行基因型检测。并对65个杂合双亲家系进行不平衡检验(Transmission disequilibrium test，TDT)。结果 在D12S1686标记住点处共检测到16个等位基因，TDT分析结果表明CDH与D12S1686标记住点的各等位基因都不存在传递不平衡(x^2=6．171，P=0．965)。结论 Hox C簇基因可能与CDH无明显相关。     

5-HT1D基因多态与共患破坏性行为障碍的儿童注意缺陷多动障碍的相关性

目的:探讨共患和不共患破坏性行为障碍(DBD)的儿童注意缺陷多动障碍(ADHD)与5-HT1D受体基因(HTR1D)1350T>C和1236A>G两种多态之间的关联.方法:检测90个共患DBD的ADHD核心家系和182个不共患DBD的ADHD核心家系的1350T>C和1236A>G两种多态,并分别进行传递不平衡(TDT)检验和单体型分析.结果: 在共患DBD的家系中,1350T等位基因(χ2＝3.67,P=0.055)和G/T单体型(χ2＝3.84,P=0.050)优先传递,1350C等位基因(χ2＝3.67,P=0.055)和G/C单体型(χ2＝5.22,P=0.022)传递减少.在不共患DBD的家系中未发现任何等位基因和单体型的传递不平衡现象.结论: ADHD共患DBD与否在HTR1D受体基因多态水平存在遗传差别,遗传在共患DBD的ADHD中具有更重要的作用.     

核心家系5-羟色胺转运体基因第二内含子多态性与自杀未遂的关联分析

目的 探讨5-羟色胺转运体(5-HTT)基因第二内含子多态性(5-HTTVNTR)位点与自杀未遂的关联.方法 收集来自重庆地区汉族人群中,以自杀未遂核心家系作为研究对象,在86个核心家系的258个家系成员中应用聚合酶链反应( PCR)和限制性片段长度多态性方法,对5-HTTVNTR 位点多态性与自杀未遂之间的分子遗传学联系进行了以家系为基础的基于单体型的单体型相对风险分析及连锁不平衡分析.结果 基因型10/10、10/12、12/12在患者组和父母组分别为:13,32,41和21,89,62和等位基因频率10,12在患者组和父母组分别为:58,144和131,213均在自杀未遂患者组和父母组之间差异无显著性(χ2=4.892,P =0.0867;χ2=0.939,P =0.332).未发现5-HTTVNTR 位点多态性与自杀未遂有关联(χ2=2.77,P >0.05),多等位基因TDT 统计分析也未发现存在连锁不平衡(χ2=1.90,P >0.05).5-HTTVNTR位点仅扩增出12 和10 拷贝两种形式的等位基因片段.结论 汉族人群中5-HTTVNTR 位点多态性与自杀未遂间没有明显相关性.     

Case-control study and transmission/disequilibrium tests of the genes encoding GABRA5 and GABRB3 in a Chinese population affected by childhood absence epilepsy

Background Childhood absence epilepsy (CAE) is one of the most frequently recognized syndromes among the idiopathic generalized epilepsies (IGEs). CAE is considered to be a genetic disease, with a possible polygenic inheritance pattern. The genes responsible for CAE have not been identified yet. The object of this study was to investigate whether or not CAE is associated with the gene encoding the gamma-aminobutyric acid (GABA) type-A receptor subunits α5 (GABRA5) and β3(GABRB3) in a Chinese population.Methods Five microsatellite DNA repeats, 69CA, 85CA, 155CA1, 155CA2, and A55CA1, adjoining chromosome 15q11-q13, were used as genetic markers. Both case-control study and transmission/disequilibrium tests (TDTs), as well as fluorescence-based semi-automated genotyping techniques,were used in 90 CAE patient-mother-father trios and 100 normal controls of Han ethnicity to conduct association analysis.Results The frequencies of allele 5 of 69CA, alleles 2 and 8 of 85CA, alleles 6 and 7 of 155CA1,allele 2 of 155CA2, and alleles 1 and 11 of A55CA1 were significantly higher in CAE patients than in normal controls. To prevent spurious associations arising from population admixture,we further conducted TDT tests in the 90 CAE trios. The results of TDT analysis furthersuggested that microsatellite DNA repeats 85CA, 155CA1, and 155CA2 were associatedwith CAE.Conclusions GABA type-A receptor subunit genes GABRA5 and GABRB3 may be either directly involved in the etiology of CAE in the Chinese population or in linkage disequilibrium with disease-predisposing sites.     

核心家系5-羟色胺转运体基因启动子区多态性与自杀未遂的关联分析

目的:探讨5-羟色胺转运体(Serotomn transporter,5-HTT)基因启动子区多态性(Serotonin transporter gene-linked polymorphic region,5-HTTLPR)位点与自杀未遂之间关联系.方法:以重庆地区汉族人群中自杀未遂核心家系作为研究对象,应用聚合酶链...     

先天性髋脱位与HOXD9基因传递连锁不平衡研究

目的：探讨先天性髋脱位是否与HOXD9基因存在关联。方法：选择HOXD9基因所在染色体区带的D2S333遗传标记，对27例先天性髋脱位患儿及其父母外周静脉血DNA进行PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳等位基因检测分析，并通过传递连锁不平衡（TDT）方法对等位基因频率进行x^2检验。结果：先天性髋脱位与D2S333遗传标记不传递连锁不平衡（P＞0.05）。结论：HOXD9基因与先天性髋脱位无明显相关性。     

ZNF804A基因外显子4区域单核苷酸多态性在中国汉族精神分裂症患者核心家系中的传递不平衡检验

目的 研究ZNF804A基因外显子4区域中的单核苷酸多态性位点(SNPs)和精神分裂症的相关性.方法 在69个中国汉族精神分裂症患者的核心家系中,采用MassARRAY等位基因分型技术对位于ZNF804A基因外显子4的7个SNPs以及2个侧翼的遗传标记进行基因分型和传递不平衡检验(TDT).结果 (1)存在4个罕见(少数等位基因频率＜1％)的SNPs(rs79776875、rs78816540、rs79082132和rs62198467),因其不符合分析要求,予以排除.(2)对其余5个SNPs( rs4667000、rs61739290、rs61739288、rs1366842、rs3731834)的分析表明,遗传标记rs3731834的传递不平衡结果具有统计学意义(P＜0.05).(3)在连锁不平衡分析中,对5个SNPs构建的单倍型分析显示其传递差异具有统计学意义(整体P＜0.05).结论 ZNF804A基因外显子4区域的SNPs与中国汉族人群精神分裂症的遗传易感性相关.     

Association of the GLI gene with ventricular septal defect after the susceptibility gene being narrowed to 3.56 cM in 12q13

Background Our previous research has suggested that genes around D12S1056 in 12q13 may confer susceptibility to ventricular septal defect （VSD） in humans. The present study was to define the chromosome region assignment by transmission disequilibrium test （TDT）, and to identify the important candidate gene by family-based association study and haplotype analysis. Methods Surrounding D12S1056, ten microsatellite markers including D12S329, D12S305, D12S1662, D12S1056, D12S1293, D12S334, D12S102, D12S83, D12S1655 and D12S1691 were chosen, and TDT was performed in 62 nuclear family trios each consisting of an affected child and two healty parents. Subsequently, the GLI gene, a positional candidate gene that maps to the target region, was selected for further analysis. Three single nucleotide polymorphisms （SNPs）, G11888C, G11388A, and G11625T, were selected for family-based association study and haplotype analysis. Results VSD was significantly associated with all selected markers except D12S1691 [72.2 centi morgen （cM）] and D12S1700 （75.76 cM）. VSD was also significantly associated with G11888C （X^2 = 5.918, P = 0.015）, G11388A （X^2 = 8.067, P = 0.005）, and G11625T （X^2 = 11.842, P = 0.001）. Haplotype analysis showed a strong linkage disequilibrium between G11888C and G11388A （D＇=0.999）, but in significant （X^2 = 1.035, df = 2, P 〉 0.05）. Conclusions The susceptibility gene of VSD was mapped to 3.56 cM in 12q13 by TDT, and the GLI gene, an important candidate in the target region, was associated with VSD.     

15个短串联重复序列位点与大骨节病传递不平衡分析及与低硒暴露的交互作用

摘要：目的寻找大骨节病（KBD）的易感基因,探讨低硒暴露与KBD易感基因的交互作用。方法在陕西省麟游县KBD
病区收集23个KBD核心家系,应用聚合酶链反应技术及GeneScan Analysis 3.7和Genotyper3.7软件进行基因分析。对
核心家系进行单体型相对风险分析（HRR）和传递/不平衡检验（TDT）。采用原子荧光光谱法测定血清硒水平,用二项
Logistic回归模型分析低硒暴露与KBD可疑易感基因的交互作用。结果23个核心家系的HRR和TDT分析发现3个等
位基因（位点D2S151的等位基因248 bp、位点D2S305的等位基因320 bp和位点D11S4094的等位基因194 bp）与KBD关
联（P<0.05）。被研究人群的平均血硒浓度为0.037 μg/ml,未发现低硒暴露与多态性STR位点的交互作用（P>0.05）。结
论D2S151、D2S305和D11S4094位点或其附近位点的多态性可能与KBD发病有关,可疑易感基因和低硒暴露在研究人
群中无交互作用。     

ROR2 gene is associated with risk of non-syndromic cleft palate in an Asian population

Background  The receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 2 (ROR2) gene has been recently shown to play important roles in palatal development in animal models and resides in the chromosomal region linked to non syndromic cleft lip with or without cleft palate in humans. The aim of this study was to investigate the possible association between ROR2 gene and non-syndromic oral clefts.

Methods  Here we tested 38 eligible single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in ROR2 gene in 297 non-syndromic cleft lip with or without cleft palate and in 82 non-syndromic cleft palate case parent trios recruited from Asia and Maryland. Family Based Association Test was used to test for deviation from Mendelian inheritance. Plink software was used to test potential parent of origin effect. Possible maternally mediated in utero effects were assessed using the TRIad Multi-Marker approach under an assumption of mating symmetry in the population.

Results  Significant evidence of linkage and association was shown for 3 SNPs (rs7858435, rs10820914 and rs3905385) among 57 Asian non-syndromic cleft palate trios in Family Based Association Tests. P values for these 3 SNPs equaled to 0.000068, 0.000115 and 0.000464 respectively which were all less than the significance level (0.05/38=0.0013) adjusted by strict Bonferroni correction. Relevant odds ratios for the risk allele were 3.42 (1.80–6.50), 3.45 (1.75–6.67) and 2.94 (1.56–5.56), respectively. Statistical evidence of linkage and association was not shown for study groups other than non-syndromic cleft palate. Neither evidence for parent-of-origin nor maternal genotypic effect was shown for any of the ROR2 markers in our analysis for all study groups.

Conclusion  Our results provided evidence of linkage and association between the ROR2 gene and a gene controlling risk to non-syndromic cleft palate.

     

核心家系多巴胺受体D3基因Ser9Gly多态性与精神分裂症关联研究

目的：探讨多巴胺D3受体（DRD3）基因第一外显子Ser9Gly多态性与精神分裂症易感性的关联．方法：对河南省精神病院2001—10／2003—12住院的124个本地汉族核心家系（精神分裂症患者及父母）采用限制性片段长度多态性技术测定基因型．应用传递不平衡检测、单体相对危险度检测判断基因多态性与精神分裂症的关联．结果：在所收集的124个家系中有101可用于TDT,HRR检测,Ser9Gly多态性存在传递不平衡,Gly等位基因较多地传给下一代,这种传递不平衡存在按性别分组的男性患者家族中,而不存在女性患者家族中;按有无家族史分组,两组患者中TDT均无传递差异,HRR检测有家族史的家系有统计学差异,无家族史的家系无传递差异．结论：DRD,受体基因第一外显子Ser9Gly多态性可能与精神分裂症易感性存在关联,且可能与男性精神分裂症关系更密切,无明显的证据说明和家族史不同存在不同的传递差异．