鼻咽癌中与已知基因同源的差异表达cDNA序列

采用新近发展的ｃＤＮＡ代表性差异分析法筛选鼻咽癌中不表达的或表达降低的ｃＤＮＡ序列。结果显示：有９个与已知基因高度同源的ｃＤＮＡ序列。通过对这些已知基因的结构和功能分析,发现有与细胞骨架成分相关的基因：ａ－ａｃｔｉｎｉｎ,ｅｚｒｉｎ和细胞角蛋白１３;     

人成骨肉瘤MG-63细胞雌激素相关基因的分离

目的 :筛查 17β雌二醇 (17β estradiol,E2 )诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞株差异表达cDNA片段 ,寻找雌激素相关基因。方法 :改良的cDNA代表性差异分析法 (cDNArepresentationaldifferenceanalysis,cDNARDA)分离E2 干预MG 6 3细胞株表达上调cDNA片段 ,经Southern和快速Northern杂交证实表达上调的cDNA片段来源后 ,将其克隆到 pGEM Teasy载体 ,蓝白筛选后挑取阳性克隆进行测序和同源比较分析 ,最后选取其中部分克隆行Northern印迹杂交。结果 :第 4轮消减杂交得到 5个E2 诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞表达上调的差异cDNA条带 ,Southern和快速Northern杂交证明表达上调的cDNA片段来自E2 干预的MG 6 3细胞 ;随机选 2 5个克隆测序得到13个序列 ,7个与已知基因高度同源 ;其中 2个克隆经Northern杂交证实E2 干预后表达上调。结论 :cDNARDA能有效筛查差异表达基因 ,人成骨肉瘤MG 6 3细胞中某些基因受雌激素诱导表达上调 ,可能与绝经后骨质疏松的发病相关。     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

A cDNA located on chromosome 7q32 shows loss of expression in epithelial cell line of nasopharyngeal carcinoma

ｅｔｈｏｄｓ　Ｔｈｅｇｅｎｏｔｙｐｅｓｏｆｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｍａｒｋｅｒｓｏｎ 7ｑ32ｉｎＤＮＡｆｒｏｍ 2 4ｂｉｏｐｓｉｅｓｏｆｎａｓｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌｃａｒｃｉｎｏｍａａｎｄｍａｔｃｈｅｄｎｏｒｍａｌｂｌｏｏｄｃｅｌｌｓｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ Ｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｌｅｖｅｌｓｏｆ 2 0ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇｓ (ＥＳＴｓ)ｏｎ 7ｑ32ｂｅｔｗｅｅｎｈｕｍａｎｎａｓｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌｃａｒｃｉｎｏｍａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ 1(ＨＮＥ1)ａｎ…     

IDENTIFICATION OF DIFFERENTIAL GENES IN OVARIAN CANCER USING REPRESENTATIONAL DIFFERENCE ANALYSIS OF cDNA

Objoctive To identify differential genes between normal ovarian epithelium tissue and ovarian epithelial cancer using representational difference analysis of cDNA （cDNA-RDA）. Methods cDNA-RDA was performed to identify the differentially expressed sequences between cDNAs from cancer tissue and cDNAs from normal ovarian tissue in the same patient who was in the early stage of ovarian serous cystadenocarcinoma. These differentially expressed fragments were cloned and analyzed, then sequenced and compared with known genes. Results Three differentially cxpressed cDNA fragments were isolated using cDNA from normal ovarian tissue as tester and cDNA from cancer tissue as driver amplicon by cDNA-RDA. DP Ⅲ- 1 and DP Ⅲ-2 cDNA clone showed significant homology to the cDNA of alpha actin gene; DPⅢ-3 cDNA clone showed significant homology to the cDNA oftransgelin gene. Conclusion cDNA-RDA can bc used to sensitively identify the differentially expressed genes in ovarian serous cystadenocarcinoma. Ovarian serous cystadenocarcinoma involves alteration of multiple genes.     

应用抑制消减杂交（SSH）克隆肺腺癌多药耐药细胞特异表达基因

目的 克隆和筛选肺腺癌多药耐药细胞特异性表达基因。方法 将肺腺癌多药耐药细胞（SPC-A-1/CDDP）作为实验组。肺腺癌细胞（SPC-A-1）作为对照组,应用抑制消减杂交技术,构建实验组特异表达cDNA消减文件;用斑点杂交初步筛选cDNA消减文库后,将获得的阳性克隆进行测序序和同源性分析（Genebank）。结果 建立了一个肺腺癌多药耐药细胞（SPC-A-1/CDPP）特异表达cDNA消减文库,斑点杂交初步筛选显示23个克隆中有SPC-A-1/CDPP特异表达cDNA片断,测序和同源性分析表明2个cDNA片断为新序列,其余cDNA片断与已知基因有96%～100%的同源性。结论 2个新的cDNA序列可能为未知肺腺癌多药耐药相关基因序列;抑制消减杂交是克隆特异表达基因的有效方法。     

人小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达基因的克隆研究

目的 构建小细胞肺癌多药耐药细胞(H446/CDDP)差异表达消减cDNA文库.方法 ①以H446/CDDPcDNA为实验方(Tester),小细胞肺癌细胞H446 cDNA为对照方(Driver),应用抑制消减杂交(SSH)技术结合T/A克隆技术构建小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达消减cDNA文库.②通过斑点杂交筛选、测序及同源性分析获取H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段.结果 成功构建了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP差异表达消减cDNA文库,获得21个H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段,经测序及同源性分析表明它们分别代表6个已知基因(同源性为96%～100%).结论 SSH技术是筛选新的功能基因的有效方法;获取的6个差异表达基因可能参与了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP的耐药形成,进一步的功能研究有利于了解它们在小细胞肺癌多药耐药机制中所发挥的作用.     

人鼻咽癌不同部位组织相关基因表达谱的研究

目的 筛选鼻咽癌癌变发生过程中的重要基因。方法 应用显微切割和荧光标记探针基因芯片杂交技术,检测鼻咽癌、癌周组织、癌旁组织及鼻咽炎症组织的基因差异表达,扫描仪扫描荧光芯片,图象处理软件分析结果。结果 在检测的3组标本中,存在大量差异表达基因,涉及基因包括信号与蛋白传递、癌基因与原癌基因、免疫相关基因、凋亡基因,以及DNA结合转录和转录因子等范围。结论 鼻咽癌癌变过程中有多个多种类基因参与,说明鼻咽癌癌变过程是一个复杂、多通路的过程。     

人鼻咽癌不同部位组织相关基因表达谱的研究

目的：筛选鼻咽癌癌变发生过程中的重要基因。方法：应用显微切割和荧光标记探针基因芯片杂交技术，检测鼻咽癌、癌周组织、癌旁组织及鼻咽炎症组织的基因差异表达，扫描仪扫描荧光芯片，图象处理软件分析结果。结果：在检测的3组标本中，存在大量差异表达基因，涉及基因包括信号与蛋白传递、癌基因与原癌基因、免疫相关基因、凋亡基因，以及DNA结合转录和转录因子等范围。结论：鼻咽癌癌变过程中有多个多种类基因参与，说明鼻咽癌癌变过程是一个复杂、多通路的过程。     

直接获得差异表达基因全长cDNA的改良消减杂交方法

目的：探索一种可以直接克隆差异表达基因全长cDNA的方法。方法：结合Clontech公司的“SMART PCR”cDNA合成技术和Promega公司的生物素．磁珠亲和技术．以鼻咽癌耐药细胞系CNE2／DDP及其素代细胞CNE2为研究时象．采用一种基于PCR技术的改良消减杂交方法筛选并克隆耐药相关基因。点杂交鉴定排除假阳性．对部分差异表达片段测序并进行序列分析,RT-PCR对差异表达的基因片段做进一步验证。结果：用此方法建立了可以克隆差异表达基因cDNA全长的双向消减文库。经过对部分差异表达片段测序和序列分析．获得了6个耐药细胞差异表达的基因片断。其中5个有完整的开放读框．可能代表耐药相关的差异表达基因。对此5个序列登录GenBank并获得登录号为AY196929．196933。结论：改良的消减杂交方法是克隆差异表达基因的有效方法。应用此方法研究发现,有多个功能已知和未知的基因通过上调或降低其表达参与了鼻咽癌耐药性的产生。     

Over-expressed genes detected by suppression subtractive hybridization in carcinoma derived from transformed 16HBE cells induced by BPDE

To screen the over differentially expressed genes in carcinoma induced by BPDE-transformed 16HBE cells （16HBE-C cells）. Methods The suppression subtractive hybridization （SSH） method was performed to profile differentially expressed genes between 16HBE-C cells and 16HBE cells. The cDNA fragments of differentially expressed genes were inserted into TA cloning vector and transformed competent E. coli strain. Positive clones were randomly picked up and identified by the colony PCR method. Dot blot was used to test the same source with the tester. The differentially expressed cDNA fragments were sequenced and compared with known genes and EST database in Genbank. Results Eight known genes were over-expressed in 16HBE-C cells including eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1, HIF-1 responsive RTP801, ribosomal protein L10 （RPL10）, ribosomal protein S29 （RPS29）, mitochondrion related genes, and laminin receptor 1. Three differentially expressed cDNA fragments could not be matched to the known genes but to the EST database. Conclusion The SSH method can detect differentially expressed genes between 16HBE-C and 16HBE cells. BPDE-induced carcinogenesis may be related to alteration of at least eight known genes and three unknown genes. These expression data provide a clue to further cloning novel genes and studying functions in BPDE-induced carcinoma.     

转染人pIgR的小鼠鼻咽上皮细胞在EBV感染前后基因表达谱差异

目的 应用cDNA阵列技术研究转染人多聚免疫球蛋白受体(hpIgR)的二亚硝基哌嗪(n，n′-dinitrosoperazine，DNP)转化的小鼠鼻咽上皮(TMNE)细胞系在：EBV感染前后基因表达谱差异，探索EBV在鼻咽癌发病过程中的作用及鼻咽癌的发病机制。方法提取转染hpIgR的TMNE细胞在EBV感染前后的总：RNA，逆转录成α-^32p-dATP标记的cDNA探针，与Atlas^TM mouse cancer array 1．2阵列膜进行杂交。利用AtlaslmageTM软件分析基因表达差异。结果 共有25个基因表达水平发生了改变．有23个基因表达上调，2个基因表达下调。结论 EBV感染可使转染细胞的多个基因表达发生改变，这些基因可能与鼻咽癌的发生、发展有关。     

新生大鼠大脑特异表达基因的初步筛选

目的 获得新生大鼠大脑特异表达的cDNA序列,筛选与新生大鼠大脑发育相关的未知的表达序列标签（expressed sequence tag,EST）。方法 以新生大鼠的大脑mＲＮＡ逆转录cDNA作为实验组（tester）,成年大鼠大脑mRNA逆转录cDNA作为对照组（driver）,经抑制消减杂交（suppression subtractive hybridization,SSH)方法消除同成年大鼠大脑相同的cDNA,并富集低丰度基因,克隆建立新生大鼠大脑特异表达的cDNA文库。结果 获得11个cDNA基因片段,同时将测序结果与Genebank进行同源性比较,发现5个首次在大鼠大脑中检测到的基因序列。结论 SSH是目前寻找差异表达基因的最为简便有效的方法,为寻找大鼠大脑发育差异表达基因提供了一些线索。     

人肝脏高凝状态相关基因的筛选

目的 筛选人肝脏高凝状态（PTS）相关基因的全长cDNA序列。方法 采用差异筛选法对本室建立的PTS大鼠肝脏差异表达基因消减cDNA文库进行筛选；以获得的差异cDNA克隆为模板，采用PCR方法扩增目的片段；以PCR产物作探针，用噬菌斑原位杂交法筛选人肝脏cDNA文库，经初筛、二筛和三筛后，将获得的阳性克隆转入E．coli BM 25．8，使λTripIEx环化成质粒pTripIEx，经酶切鉴定后进行DNA测序。结果 从人肝脏cDNA文库中筛选获得4条全长cDNA序列，经序列测定及生物信息学分析发现，其中3条的表达产物分别为纤维蛋白原、纤维蛋白原相关蛋白、10号染色体开放阅读框架104mRNA；另1条与氨基甲酰磷酸合成酶1同源。结论 以PTS大鼠肝脏差异表达基因cDNA为探针，从人肝脏cDNA文库中筛选获得4条PTS相关cDNA全长序列。     

肺癌诊断基因的初步筛选

目的 筛选肺癌细胞恶性转化不同时期差异表达的基因，以期用于肺癌的诊断。方法 应用抑制消减杂交技术(SSH)、测序、cDNA芯片(cDNA Miemarray)、northern blot。结果 利用SSH建立了永生化人支气管上皮细胞(BEP2D)恶性转化不同时期差异表达基因的cDNA文库，其中，A消减文库(BEP2D细胞的cDNA为tester，α粒子照射BEP2D细胞后35代恶性转化细胞R15Hp35的cDNA为driver)有416个克隆，B消减文库(α粒子照射BEP2D细胞后20代转化细胞R15Hp20的cDNA为tester，BEP2D和R15Hp35细胞的cDNA混合后为driver)有301个克隆，C消减文库(R15Hp35细胞的cDNA为tester，BEP2D细胞的eDNA为driver)有586个克隆。对文库中107个克隆单向测序发现：19个克隆在GenBank中没有查到对应的同源序列，其它88个克隆共代表了76个不同的已知基因。然后，将3个文库中全部克隆的cDNA制作成cDNA芯片，用该芯片筛选了15例肺癌组织、5例肺癌旁组织和其他8种癌组织(肝癌、胃癌、食管癌、乳腺癌、白血病、子宫内膜癌、脑神经角质瘤和结肠癌)中mRNA的表达差异。结果，获得肺癌组织高于肺癌旁组织表达的eDNA26个，肺癌旁组织高于肺癌组织表达的31个，2者高于其他8种癌组织的分别为：肺癌旁组织中63个，肺癌组织中87个。将这208个具较大差异表达的基因重新制作成cDNA芯片，再选用临床上同一鳞癌病人鳞癌和鳞癌癌旁组织各1例与该芯片杂交，发现这些筛选出的基因的确在癌组织和癌旁组织中存在较大差异。结论 这些初步筛选出的差异表达基因有望成为肺癌诊断的侯选基因。     

人胃印戒细胞癌组织cDNA消减文库的构建

目的 构建人胃印戒细胞癌组织cDNA消减文库。方法 采用抑制性消减杂交技术，以胃印戒细胞癌组织为检测子，正常胃黏膜组织为驱动子，分离胃印戒细胞癌组织特异性表达的基因片段，并与T载体连接，构建人胃印戒细胞癌组织cDNA消减文库。结果 成功构建高消减效率的人胃印戒细胞癌组织cDNA消减文库，获得200多个阳性克隆，随机挑取50个克隆鉴定均有长度为100～750bp插入片段。结论应用抑制性消减杂交技术构建人胃印戒细胞癌组织cDNA消减文库，为进一步筛选和克隆人胃印戒细胞癌组织特异性表达基因奠定基础。     

高密度脂蛋白诱导内皮细胞系差异表达基因的研究

目的：研究高密度脂蛋白（HDL）抗动脉粥样硬化（AS）的分子机理,克隆并分析血管内皮细胞在HDL作用下差异表达的已知和未知基因。方法：应用差异显示逆转录聚合酶链反应技术,分析人脐静脉内皮细胞系（ECV）304经高密度脂蛋白诱导后表达明显差异的cDNA。对差异基因进行序列测定和同源性比较,Northern印迹分析部分差异基因的表达情况。结果：HDL诱导ECV304细胞出现一些上调和下调表达的cDNA,差异表达明显的书籍基因有9个,其中上调表达的基因包括STE20样激酶、PBK1蛋白、转谷氨酰胺酶、肌球蛋白轻链、apobec-1结合蛋白、DAP蛋白;下调表达的基因有核糖体蛋白L7a（RPL7A）、线粒体外膜电压依赖性阴离子通道蛋白基因、甘氨酰胺核糖核苷酸甲酰基转移酶。差异表达明显的未知基因4个。Northern印迹证实,转谷氨酰胺酶基因表达上调50％,apobec-1结合蛋白基因表达上调70％。结论：HDL可诱导ECV304细胞转谷氨酰胺酶、apobec-1结合蛋白表达水平上调。这两个基因表达水平的升高可能与HDL抗动脉粥样硬化作用相关。     

用荧光差异显示法分离新的肝细胞癌相关基因

目的 :寻找新的肝细胞癌 (hepatocellularcarcinoma ,HCC)相关基因。方法 :应用荧光 差异显示 (fluorescentdifferentialdisplay)技术分析人HCC、配对非癌肝、胎肝、正常肝等组织之间的基因差异表达 ,差异表达cDNA片段 ,经测序后 ,再用RNA狭缝杂交对部分差异片段在上述 4种组织中的表达进行验证。结果 :共得到差异表达cDNA片段 110条。经狭缝杂交筛选 ,获得了 4条阳性片段 ,未知cDNA片段L2和与人醛缩酶B 99.5 %同源的cDNA片段L7在部分HCC中特异性低表达 ,未知cDNA片段LC2 7和与人Nip3基因 99.4%同源的cDNA片段LC2 0在部分HCC中特异性高表达。结论 :确认了 4条HCC相关基因。其中L2和人醛缩酶B基因可能为阻抑HCC发生、发展的基因 ,而人Nip3基因和LC2 7可能为促进HCC发生、发展的基因。L2和LC2 7为目前未知的新基因。