HLA-D抗原的本质和HLA-D分型现状

HLA-D抗原是用细胞学方法检出的HLAⅡ类抗原,以前认为D抗原是HLA-D位点基因的产物。现已证明,独立的D 位点是不存在的,HLA 基因图谱上只有DR、DQ 和DP 组成的D 区。D 抗原可能代表DR 和DQ 分子上的某些决定簇,这些决定簇只被T 细胞所识别。传统的HLA-D 分型采用初次混合淋巴细胞培养(MLC)方法,现证明,用T 克隆方法也能检出HLA-D 抗原,因此D 抗原概念和D 分型方法都在原有基础上有新的发展,本文介绍D 抗原本质和HLA-D 分型研究的新进展。     

成都汉族群体五个短串联重复序列基因频率及其种属特异性研究

目的对成都汉族群体5个短串联重复序列（short tandem repeat，STR）基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究，探讨其在法医学中的应用价值。方法用PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色方法，对100名成都汉族无血缘关系健康个体的5个STR基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究。结果D18S979、D11S2014、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中等位基因个数分别为6、5、5、7、6；基因型个数分别为12、11、13、19、14；基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。通过种属特异性分析发现5个STR基因座中，猴在D18S979、D11S2014和D1S1667基因座均检测出扩增产物，但未在人类基因座分型区内；D18S979位点人类分型区内可检测到牛、狗、鳝鱼有扩增产物，猪、鸭、鼠、兔有微弱扩增产物；D18S548位点人类分型区内只检测到牛有微弱扩增产物；D1S1667位点人类分型区内检测到狗、羊、鳝鱼有扩增产物；GATA164F07位点人类分型区内只检测到狗有微弱扩增产物；泥鳅、鸡、豚鼠在5个基因座均未检测到扩增产物。结论5个短串联重复序列中D18S979、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中具有较好的遗传多态性，D11S2014、D18S548和GATA164F07具有较好的种属特异性，在法医学个人识别和亲子鉴定中有应用价值。     

插入缺失位点和miniSTR在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用检测

目的 ：研究插入缺失位点InDel与mini短串联重复序列(STR)遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织应用的价值。方法 ：19份甲醛固定石蜡包埋组织作为疑难检材，应用3种常染色体遗传标记多重扩增系统，即InDel系统(Investigatior^? DIPplex Kit)、miniSTR系统(华夏白金扩增试剂盒)和STR系统(Goldeneye^?20A)，对STR分型不完整或失败的检材，再分别用InDel和miniSTR系统进行DNA分型检测，比较两者的分型质量和检出率。结果 ：19份甲醛固定石蜡包埋组织经Goldeneye 20A试剂盒检测，均分型不完整。应用miniSTR系统检测显示，7份样本的检出率100%，其中，D19S433基因座的检出率为100%,D5S818、D13S817和D1S1656基因座的检出率最小，为36.84%。应用InDel系统检测发现，1份样本InDel位点电泳分型完整，所有样本的位点丢失率均小于50%，其中7份样本的位点丢失率低至10%以下。结论 ：应用遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织这类疑难降解检材进行检测，插入缺...     

家族性乳腺癌线粒体基因组控制区突变研究

目的研究家族性乳腺癌线粒体基因组控制区(D-loop区)突变的情况。方法用PCR技术,对来自21个家系的23例家族性乳腺癌患者和18名正常对照者线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的D-loop区进行扩增并基因测序,分析突变。结果在23例乳腺癌患者mtDNA的D-loop区共发现126个突变位点,4个为新发现的突变;37个突变分别发生在所有23例患者D-loop区的突变热点D310区;在所有突变中,第310位点的T→C,311～312位点的TC插入,522～523位点的CA缺失和527位点的C→G是高发突变位点;同一家系中乳腺癌患者D310区的突变与正常对照不同。结论家族性乳腺癌患者D310区的突变可能提高了其对乳腺癌的易感性。     

多巴胺受体D2型基因启动区多态性与精神分裂症关联研究

目的探讨湖北武汉地区汉族人群中多巴胺受体D2型基因(dopamine receptor D2, DRD2)启动区-141位点胞嘧啶插入/缺失多态性与精神分裂症的关联关系.方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对120例精神分裂症患者、100名健康对照者进行基因分型.对精神分裂症患者的 DRD2 -141位点胞嘧啶插入/缺失多态性进行了相关分析.结果 DRD2型基因启动区-141位点的等位基因、基因型频率在精神分裂症组与对照组之间的分布差异有统计学意义(P<0.05).在精神分裂症组中,-141C缺失的等位基因频率为0.11,对照组为0.18(比值比为0.55,95%可信区间为0.30～0.96,P <0.05).结论 -141位点胞嘧啶插入/缺失多态性非独立性地对精神分裂症与 DRD2基因的相关性产生修饰作用.-141位点胞嘧啶缺失可能是湖北武汉汉族精神分裂症患者的保护因素之一.     

广东汉族人群TLR2基因的多态性研究

目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随机抽取其中24例样品,对TLR2基因的启动子区、3个外显子以及它们周围的部分内含子序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和直接测序,找出多态性位点,对剩余176例样品分别用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)及PCR技术对发现的单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(INDEL)多态性位点进行基因分型,分型结果进行Hardy-W e inberg平衡分析、中性进化分析以及连锁不平衡分析。结果:发现5个SNPs位点,其中2个位于启动子区的SNPs是首次发现,位于编码区的3个SNPs位点均为同义突变,频率最高的SNP是rs3804099,其次要等位基因频率为26.3%;在第1外显子区发现1个长度为22bp的INDEL多态位点(-196到-174),其缺失等位基因所占的频率为31.8%。所有多态性位点均符合Hardy-W e inberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR2基因符合中性进化假说。连锁不平衡分析显示位于调控区的-18945 C/T和-18883 C/G 2位点之间完全连锁,而位于编码区的rs3804099和rs3804100两位点之间紧密连锁。结论:本研究首次建立了汉族正常人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,并研究了其分布频率,发现了一些种族特异性的多态性位点,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究以及人群进化研究提供了重要资料。     

小扩增子基因分型方法在检测XRCC1 Arg194Trp多态性分析中的应用

目的 应用小扩增子基因分型方法检测正常人宫颈癌易感基因XRCC1 Arg194Trp位点多态性改变.方法 提取10例健康人外周血基因组DNA;PCR扩增XRCC1 基因 Arg194Trp位点,扩增产物进行小扩增子基因分型分析.并应用测序方法对分析结果进行验证.结果 HRM检测结果分别显示3种基因型:XRCC1 Arg194Arg(C/C)、XRCC1 Arg194Trp(C/T)和XRCC1 Trp194Trp(T/T).测序结果与小扩增子基因分型方法分析结果完全一致.结论 应用小扩增子基因分型方法可以对XRCC1 Arg194Trp进行准确分型.     

小扩增子基因分型方法在检测XRCC1 Arg194Trp多态性分析中的应用

目的 应用小扩增子基因分型方法检测正常人宫颈癌易感基因XRCC1 Arg194Trp位点多态性改变.方法 提取10例健康人外周血基因组DNA;PCR扩增XRCC1 基因 Arg194Trp位点,扩增产物进行小扩增子基因分型分析.并应用测序方法对分析结果进行验证.结果 HRM检测结果分别显示3种基因型:XRCC1 Arg194Arg(C/C)、XRCC1 Arg194Trp(C/T)和XRCC1 Trp194Trp(T/T).测序结果与小扩增子基因分型方法分析结果完全一致.结论 应用小扩增子基因分型方法可以对XRCC1 Arg194Trp进行准确分型.     

小扩增子基因分型方法在检测XRCC1 Arg194Trp多态性分析中的应用

目的 应用小扩增子基因分型方法检测正常人宫颈癌易感基因XRCC1 Arg194Trp位点多态性改变.方法 提取10例健康人外周血基因组DNA;PCR扩增XRCC1 基因 Arg194Trp位点,扩增产物进行小扩增子基因分型分析.并应用测序方法对分析结果进行验证.结果 HRM检测结果分别显示3种基因型:XRCC1 Arg194Arg(C/C)、XRCC1 Arg194Trp(C/T)和XRCC1 Trp194Trp(T/T).测序结果与小扩增子基因分型方法分析结果完全一致.结论 应用小扩增子基因分型方法可以对XRCC1 Arg194Trp进行准确分型.     

慢性阻塞性肺疾病发病易感性与单核苷酸多态性相关

目的 探讨慢性阻塞性肺疾病(COPD,慢阻肺)的基因单核苷酸多态性与发病易感性的关系。方法 选择444例慢阻肺患者及434例健康人群作为研究对象,对壳三糖苷酶/几丁质酶1(CHIT1)上的4个位点：rs771576027、rs1402870472、rs61745299和rs527497633以及磷酸二酯酶4D(PDE4D)上的1个位点rs117292391进行Sequenom MassARRAY检测分型,通过数据统计判断单核苷酸多态性(SNP)与慢阻肺发病风险的关系。结果 rs61745299(CHIT1)位点的基因型CG和等位基因C提示慢阻肺的发病风险较高,并且分布频率存在显著性差异(P<0.05);rs117292391(PDE4D)位点的基因型AG和等位基因G同样提示慢阻肺的发病风险较高,并且分布频率存在显著性差异(P<0.05);此外,吸烟也会增加慢阻肺的发病风险。结论 CHIT1的rs61745299位点和PDE4D的rs117292391位点可能成为COPD的潜在生物标志。     

CD5阳性B1细胞增殖易感基因的定位

目的 :定位NZB、NZW及NZB WF1小鼠外周血B1细胞增殖的易感基因。方法 :建立 (NZB×NZW )F1×NZB回交小鼠模型 ,用覆盖小鼠全部常染色体的多态性微卫星遗传标记数量性状位点 (QTL)分析进行基因定位。结果 :B1细胞增殖的易感基因与小鼠的第 2、4、17号染色体上的微卫星遗传标记D2Mit 10 1、D4Mit 11及D17Mit 6 1肯定连锁 (Lods值 >3) ,其中D2Mit10 1、D4Mit11位点来源于NZB ,D17Mit 6 1位点来源于NZW。在D2Mit10 1位点附近存在Ltk、Rag1、2基因 ,在D4Mit 11位点附近存在Lck基因 ,在D17Mit6 1位点附近存在H 2及TNF α基因。结论 :NZB、NZW及NZB WF1小鼠外周血B1细胞增殖受多基因调控 ,易感基因分别位于NZB的Ltk、Rag1、2及Lck基因编码区和位于NZW的H 2、TNF α基因编码区 ,这些易感基因之间有相互促进的叠加效应。     

河南地区汉族人群20个短串联重复序列位点遗传多态性分析

目的探讨河南地区汉族人群CSF1PO、D12S391、D13S317、D16S539、D18S51、D19S433、D1S1656、D21S11、D2S1338、D3S1358、D5S818、D6S1043、D7S820、D8S1179、FGA、Penta D、Penta E、TH01、TPOX、vWA共20个短串联重复序列(STR)位点的遗传多态性分布情况。方法选取河南地区无血缘关系汉族个体94例,其中男性46例,女性48例;年龄18～40岁,平均年龄29岁。用磁珠法提取受试者的外周血DNA样本,采用多重聚合酶链反应扩增技术和荧光检测技术对20个常染色体STR基因座进行复合扩增,并使用ABI 3500遗传分析仪进行基因分型。GeneMapper v3.2软件进行等位基因数据分析。结果 20个STR位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,具有群体代表性(P 0.05)。20个STR位点的个体识别率、多态性信息含量、非父排除率、杂合度分别为0.785 2～0.978 6、0.547 9～0.916 6、0.296 2～0.775 3、0.604 4～0.890 1,其中Penta E位点的个体识别率和非父排除率最高,分别为0.978 6和0.775 3。20个STR位点的累计个体识别率和累计非父排除率均 99.999 999%。结论 20个STR位点在河南地区汉族人群中具有群体代表性,且其具有较高的个体识别率和非父排除率,在法医学和群体遗传学研究中具有一定的应用价值。Penta E位点具有高度个体识别能力和鉴别能力,可作为核心位点用于法医个体识别和亲权关系鉴定中。     

相同多态性位点对结核分枝杆菌北京家族菌株多位点可变数目串联重复序列基因型构成的影响

目的 探讨多态性相同的位点对北京家族结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)基因分型的影响,为合理选择分型位点提供科学依据.方法 分别选取9个及12个位点,构成4组MIRU-VNTR位点组合,其中,9位点组成的两个组合中,分别有两个不同位点(MIRU40/MIRU16)多态性一致,其余为相同位点;12位点的两个组合则分别包括另外两个多态性相同的位点(MIRU39/MIRU31).进行聚类分析,比较含有相同多态性的不同位点组合的分辨能力、成簇能力以及基因型特点.结果 9位点两个组合都将菌株分为三群,其中,Ⅲ群菌株仅有1株相同,分别占组合1、2的2.0％和1.6％.12位点组合也将菌株分为三群,第Ⅱ群菌株组成差异非常明显,完全没有相同的菌株.结论 多态性相同的位点对北京家族菌株MIRU-VNTR基因分型影响较大.在选择MIRU-VNTR分型位点时,应不仅仅检验位点的分辨能力和对成簇的影响,还应考虑有相同/相近多态性的位点对基因型构成的影响.     

bcl-6基因5'非编码区突变与弥漫性大B细胞淋巴瘤生发中心亚型的相关性

目的 分析弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中bcl-6基因5'非编码区突变频率及与其生发中心B细胞(GCB)型的相关性.方法 对60例DLBCL行套式PCR检测t(14;l8)易位,并经免疫组织化学EnVision两步法进行GCB和非GCB分子分型.PCR扩增bcl-6主要突变区,测序检测突变位点.结果 60例中7例(11.7%)发生t(14;18)易位,为主要断裂点发生转位;联合免疫组织化学分析和t(14;18)易位检测,筛选出GCB型18例和非GCB型42例;5'非编码区总突变率为20.0%(12/60),GCB型突变率为7/18,非GCB型突变率为11.9%(5/42);+363和+469位点频繁发生突变.结论 DLBCL的bcl-65'非编码区发生突变频率较国外低,突变多发生于GCB型中.t(14;18)易位检测有助于DLBCL的分子分型.     

HLAⅡ类基因和产物:HLA-D区

六十年代后期了解到在HLA A、B、C抗原相同细胞之间作混合淋巴细胞培养(MLC)时所表现的异常增殖,是由于HLA-D区不同所致.后来证明HLA-D区产物可以用血清学方法检出,而且了解到在用抗体(Ia)和用T淋巴细胞(LD)识别的D区产物决定簇之间可能不同.现在,HLA A、B、C抗原称Ⅰ类MHC产物,而D抗原为Ⅱ类产物.现在我们对D区的了解,不仅是以血清学和T淋巴细胞对Ⅱ类产物的应答为基础,同时也是基于蛋白质和DNA的研     

利用短串联重复序列产前基因诊断唐氏综合征

目的探索用STR-PCR方法进行唐氏综合征产前基因诊断的可行性。方法收集经羊水细胞培养、核型分析已确诊为唐氏综合征的孕妇羊水标本,提取其中的胎儿DNA,并利用聚合酶链反应扩增21号染色体上4个STR位点（D21S11、D21S1411、D21S2039、D21S2055）,根据扩增产物聚丙烯酰胺凝胶电泳分型结果诊断唐氏综合征患者。结果与核型分析结果对比。结果运用STR-PCR电泳分型技术对10例唐氏综合征孕妇的羊水进行诊断,结果与染色体核型分析一致。结论联用4个位点对唐氏综合征标准型患者进行诊断结果准确度高,适宜产前诊断临床应用。     

一个对HLA-DQβ位点特异的短cDNA探针的克隆化:用于DQW特异性的分型

HLA-D区抗原在人体免疫应答,同种移植物排斥反应,和几种自身免疫疾病的关联中,皆起重要作用。D区抗原是由HLA-DR,DQ和DP三个位点编码,在个体内和个体间呈高度多态性。在DNA水平,D区基因已能被RFLP,寡核苷酸分型及基因序列分析等分子技术确认,用放射性标记全长DNA探针,对DR,DQ和DP,α和β链基因进行的RFLP分析,曾用于对HLA-D区等位基因的区分,但因对不同的D区基因间呈交叉反应,结果产生复杂的RFLP图谱,很难辩认出一个位点或一对等位基因的RFLP。 Bidwell和Jarrold(1986)曾用较短的cDNA探针(517bp,360bp,198bp)(相应于DRβ链基因特定外显子)产生较简单的RFLP图谱,可更精确地将特异带认定为     

载脂蛋白E基因启动子区多态性分布在新疆哈汉民族冠心病患者之间差异性研究

目的:研究新疆地区哈、汉民族冠心病患者载脂蛋白E基因启动子区rs405509(G-T)、rs449647(A-T)、rs7259620(G-A)位点多态性的分布在两民族之间是否存在差异。方法:纳入病例201例,利用酚-氯仿法抽提提取DNA,再将PCR产物进行纯化。SNaPshot多重单碱基延伸反应纯化后得到的延伸产物在ABI3130XL基因分析仪上进行测序。结果:新疆地区哈萨克族与汉族患者中载脂蛋白E基因启动子区rs449647(A-T)位点基因型及等位基因在两民族之间差别具有统计学意义(P<0.05),rs405509(G-T)位点及rs7259620(G-A)位点基因型及等位基因在两民族之间差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:载脂蛋白E启动子区rs449647(A-T)位点基因型及等位基因多态性分布在新疆地区哈、汉冠心病病人中有统计学差异,其余两个位点多态性在哈、汉民族间的分布无统计学差异。     

HLA新等位基因HLA-B~*5145的确认

背景:作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能。目的:发现和认定1个HLA新等位基因。方法:采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列。结果与结论:PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A*02XX,A*33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1*1202,DRB1*1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B*44XX,B*53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂(Dynal,PCR-SSO)分型方法进行分析,也显示无法判定的结果。等位基因HLA-B*5145是HLA-B*5106的变异体,该基因和B*5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N(天冬酰胺,Asn)→D(天冬氨酸,Asp),346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y(酪氨酸,Tyr)→S(丝氨酸,Ser),362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K(赖氨酸,Lys)的变化。该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B*5145。     

SNaPshot技术检测乙型肝炎病毒基因组P基因区单核苷酸多态性的研究

目的　建立SNaPshot技术对乙型肝炎病毒(HBV)基因组P基因区单核苷酸多态性(SNP)的分析。方法　针对HBVYMDD变异位置的上、下游设计引物,用PCR方法进行DNA扩增,产物直接测序或克隆测序。再针对变异位点74 1A G变异型(YVDD)和74 3G T变异型(YIDD)的紧邻上游设计高度特异的SNaPshot检测引物,用不同荧光标记的ddNTP对PCR产物进行一步延伸,然后置于310型DNA测序仪上观察荧光信号,可直观的检测上述两位点的单核苷酸多态性。结果　在拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者中,经测序证实P基因区不仅存在74 1、74 3位点的变异,还存在5 14C A、5 2 3C A、5 6 2T A、6 6 7C A等位点的变异。对已证实P基因区变异的13例患者血清用SNaPshot技术检测YMDD结果与测序结果完全相同,显示SNaPshot技术高度的特异性。结论　SNaPshot技术检测HBV基因组SNPs具有快速、简便、准确特异的特点,还检测到野生株和变异株的混合存在。