2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析

目的 了解2009年度甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过实时(RT)-PCR进行病毒分型及甲型H1N1流感病毒检测,对阳性标本采用狗肾细胞(MDCK)进行病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒效价,用血凝抑制实验进行型别鉴定,通过RT-PCR扩增毒株HA1片段的基因并进行序列测定,利用生物信息学技术进行序列分析.结果 共检测咽拭子样本996份,其中核酸检测阳性病例包括甲型H1N1 337份,季节性H1N1亚型1份,季节性H3N2亚型67份,B型12份,流感核酸检测阳性率为41.87％,其中甲型流感核酸检测阳性率为33.84％.分离出甲型H1N1病毒36株,选择18株.测序成功的10株甲型H1N1流感病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区.结论 2009年度分离到的流感病毒株中以甲型H1N1为绝对的优势毒株,毒株的血凝素基因与世界卫生组织(WHO)提供的疫苗株相比有变异,与疫苗株相比,抗原决定簇B区有改变,但关键位点第222位没有变化.     

2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况.方法 从2009年广东省新型甲型H1N1流感患者中分离到病毒毒株共69株,提取病毒总RNA,RT-PCR扩增NA基因,并测序分析;同时从美国国立生物技术信息中心基因库检索获得 52株不同年代、不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒同源性较高,为87.1%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守;具有8个糖基化位点,其中5个位点有不同程度的氨基酸替换,但与2001年禽H5N1毒株的糖基化位点的氨基酸相同.结论 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒高度同源,与NA抑制剂的特异性结合位点未发生变化.     

上海地区2010年冬季甲型H1N1流行性感冒病毒株变异分析

目的 了解上海地区2010年冬季人群甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒流行株基因及抗原的变异.方法 采集2010年12月至2011年1月间上海地区哨点医院流感样患者咽拭子标本137份,接种犬肾细胞(MDCK),分离流感病毒,直接免疫荧光法(DIF)鉴定流感病毒型,RT-PCR鉴定甲型H1N1,对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因及氨基酸位点变异.结果 共分离到53株人流感病毒,48株为甲型H1N1流感病毒,按简单随机抽样法抽取19株测序.HA进化树分析发现,与2010年6月前分离的甲型H1N1毒株比较,绝大部分不位于同一主干上;HA蛋白的氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生变异.NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,未检测到耐奥司他韦和扎那米韦的变异位点.PB2蛋白第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍是禽源流感病毒特征,但第677位点出现E677G突变.结论 2010年冬季上海地区人群甲型H1N1流感病毒流行株与之前春夏季分离株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和在哺乳动物宿主内的适应性进化.     

甲型H1N1与季节性H1N1流感病毒血凝素基因比较分析

目的分析泰安市2008～2009年度季节性流感与2009年度甲型H1N1流感病原学检测结果 ,比较季节性H1N1与甲型H1N1血凝素基因变异情况。方法选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过RealtimePCR进行病毒检测,用MDCK细胞进行病毒分离,通过RT-PCR扩增血凝素HA1片段的基因并测序,利用生物信息学进行序列分析。结果 2008～2009年共检测鼻咽拭子标本283份,分离出流感病毒33株,分离阳性率为11.67%,其中季节性H1N1亚型31株。2009年5月1日～12月31日,检测鼻咽拭子标本996份,流感核酸检测阳性417份,阳性率为41.86%,其中甲型H1N1337份,季节性H1N1亚型1份。6株季节性H1N1病毒均在多个氨基酸位点上发生变异,与疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)比较,有11个位点发生了突变,其中5个位点位于抗原决定簇上;测序成功的6株甲型H1N1病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区。结论 2008～2009年度季节性H1N1为优势株,甲流暴发后,甲型H1N1成为绝对优势毒株。季节性H1N1分离株有多处氨基酸替换,抗原决定簇B区变异频繁;甲型H1N1病毒分离株的基因有变异,但关键位点第222位仍为D(天冬氨酸),与疫苗株相比抗原决定簇的关键位点变化不大。     

湖南省甲型H1N1流行性感冒大流行后乙型流行性感冒病毒的特征

目的 分析湖南省甲型H1N1流行性感冒(流感)大流行后乙型流感的流行情况和病毒基因特征,并探究可能造成其流行的原因.方法 对湖南省2010年23家哨点医院门诊流感样病例中采集的咽拭子标本使用犬肾传代细胞进行病毒分离,阳性毒株使用血凝抑制实验进行型别鉴定,对选取的10株乙型流感病毒进行全基因组测序,对序列进行进化树和分子特征分析.结果 随着甲型H1N1流感分离毒株的减少,乙型流感病毒在2010年上半年成为优势毒株,以B/Victoria系(BV系)为主,两种型别共存.2010年11起已知型别的聚集性疫情中,7起为乙型流感.在除核蛋白(NP)外的其他聚合酶(PB2、PB1、PA)、血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、NB蛋白、膜蛋白(M1)、乙型流感病毒M2蛋白(BM2)、非结构蛋白(NS1、NS2)10个蛋白的基因进化树中,10株病毒均按照其系的分类分在BV和B/Florida系(BY系)两个分支中,而NP进化树10株病毒均在BY分支中.与世界卫生组织疫苗株比较,10株病毒11个蛋白的氨基酸同源性均较高,为97.2％～100.0％,但仍发现有一些碱基位点的改变.未发现对NA抑制剂类药物耐药位点的突变.相对于日常监测病毒,2株聚集性疫情毒株编码NA、NB、PB1、PB2和NS2的碱基有一些突变.结论 乙型流感病毒有一些基因位点发生插入和重配,显示病毒持续进化,这可能是湖南省甲型H1N1流感大流行后B型流感病毒成为优势毒株的原因.     

上海地区2004年至2008年甲型流行性感冒病毒亚型的分布

目的 分析近5年上海地区甲型流行性感冒(流感)病毒亚型的分布并探究其原因.方法 对上海地区流感监测哨点流感样患者和聚集性流感暴发患者,采集咽拭子标本接种犬肾细胞(MDCK),直接荧光免疫法鉴定阳性分离株型别,多重RT-PCR鉴定亚型.结果 2004年至2005年初的季节性流感以A/H3N2为主;2005年末至2006年中期的季节性流感以A/H1N1为主;2006年末到2007年10月份分离到的流感毒株基本为A/H3N2亚型;2008年1月至5月份,人群流感病毒分离株仍以A/H3N2处于优势地位,但从2008年7月开始的季节性流感则以A/H1N1占绝对优势.结论 近5年上海地区季节性流感主要为甲型流感病毒H3N2和H1N1亚型,但在不同年份的季节性流感中流行强度有所不同.     

福建省2009年甲型H1N1流感病毒NA基因特征及对达菲的耐药性

目的监测福建省甲型H1N1流感病毒NA基因的变化以及对达菲的耐药情况,为临床诊疗和疾病控制提供参考依据。方法从福建省流感监测网络中随机选取23株甲型H1N1流感病毒,经病毒核酸提取和一步法RT-PCR扩增,获得NA基因片段,双向测定核苷酸序列,分析NA基因序列和重要氨基酸位点特征。结果 23株甲型H1N1流感病毒NA片段基因与A/California/07/2009(H1N1)代表株的核苷酸序列进行比较,同源性高达98.1%以上;23株毒株NA蛋白第275位氨基酸均为组氨酸。结论随机选取的23株甲型H1N1流感病毒NA基因片段保持高度同源并且对达菲仍然敏感。随着国内外达菲耐药株的不断出现,应加强耐药性监测,为制定应对甲型H1N1流感流行措施提供参考。     

2009-2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒基因变异分析

目的了解2009～2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）的基因变异情况。方法选取2009～2013年哨点医院分离的新甲型H1N1流感病毒，进行HA和NA核苷酸序列测定，用Bioedit和MEGA version4．0分析软件进行基因种系进化特性分析。结果无锡地区2009～2013年种型H1N1流感病毒HA基因序列的同源性为98．9％～99．5％；氨基酸序列分析显示，无锡地区分离株第203位与国内、国际代表株比较发生氨基酸替换：S→T；第83位和321位与国内代表株相同，而与国际代表株不同，分别为S→P、V→I。NA基因序列与国内、国际代表株同源性为99．2％～99．8％；第87位和349位与国内代表株相同，而与国际代表株不同，分别为R→Q、D→G。结论通过对HA和NA基因序列的比对分析，2009-2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒流行株基因序列与国内、国际代表株高度同源。表明该地区近期不会发生新甲型H1N1流感大流行。     

2016年福建省B型流感病毒基因特征分析

目的 分析2016年福建省B型流感病毒(Influenza Virus)血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuramidinase,NA)的基因变异。方法 从中国疾病预防控制信息系统采集日期2016.1.1至2016.12.31的福建省流感监测数据。毒株来源2016年福建省流感网络监测流感样病例,提取病毒(犬肾传代细胞或鸡胚培养分离)核酸进行RT-PCR扩增HA和NA基因片段并测序,MEGA5.0分析基因特征。结果 测序51株B型流感病毒HA、NA片段,与疫苗株核苷酸同源性在97.8%~100%。 研究发现2株重配株(BY-NA/BV-NA)、耐药株1株、Victoria系HA片段新增一个糖基化位点(197),酶活性中心和周围的相关位点氨基酸仍保持高度保守。结论 2016年福建省B型流感毒株少数发生变异与疫苗株不匹配。     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析。结果 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的血凝素基因(Hemagglutinin HA)和神经氨酸酶基因(Neuraminidase NA)均在核苷酸进化树6B.1分支上。海南分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018 HA基因核苷酸和氨基酸同源性范围分别为98.5%~99.1%和97.7%~99.1%,对神经氨酸酶抑制剂敏感,HA基因在Sa抗原决定簇NQT162-164有共同变异位点,N162位点的变异增加了1个潜在糖基化位点。Sb抗原决定簇K156位点发生变异的分离株为参考血清A/Brisbane/02/2018的低反应株,其余分离株均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。结论 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗组分匹配。     

2014-2015年商洛市流感病毒H3N2亚型血凝素(HA1)基因进化研究

目的分析2014-2015年度商洛市流感监测病毒血凝素(HA)基因变异情况并研究与推荐疫苗的匹配性。方法收集2014-2015年商洛市流感监测平台用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离的H3N2亚型毒株,利用RT-PCR方法扩增分离HA片段,进行核苷酸序列测定,应用clustax2.1软件进行序列比对后,用Mega6.0软件构建系统发育进化树,系统进化树采用Neighboring-joining方法进行分析。结果 2014-2015年度分离的流感H3N2毒株同源性在97.2%~99.9%,与推荐疫苗株A/Texas/50/2012同源性为97.3%~98.5%;将分离毒株的HA1基因氨基酸与疫苗株比较,发现2014年毒株主要抗原决定簇氨基酸变异点有B区Y159F、S198P;2015年主要抗原决定簇氨基酸变异点有A区G142R,B区S159F、S198P。结论2014-2015年度商洛市流感H3N2亚型毒株关键抗原决定簇已经出现改变,A/Texas/50/2012作为疫苗组分已经不是最佳,亟需对我国流感H3N2亚型疫苗组分进行更新,应密切关注流感H3N2基因进化趋势。     

人甲型H1N1流行性感冒病毒全基因组分析与反向遗传载体的克隆

目的 明确一株人甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的遗传背景,建立流感病毒反向遗传的平台.方法 对分离自汕头市儿童的一株人甲型H1N1流感病毒进行空斑纯化;利用甲型流感病毒通用引物,对该病毒全基因组的8条片段(PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M和NS)进行RT-PCR全长克隆、DNA测序及初步生物信息学分析;将其8条全长基因组片段分别插入反向遗传通用载体,构建人甲型H1N1流感病毒的反向遗传系统.结果 RT-PCR克隆得到该H1N1毒株的8条全长片段,经测序分析确认该毒株的基因序列,该毒株与2006年至2008年分离的人甲型H1N1流感病毒具有很高的同源性,未出现奥司他韦或金刚乙胺抗药性的遗传突变.PCR与测序证实,插入该菌株8个全长基因组片段的载体序列完全正确.结论 成功构建了该毒株的感染性克隆.获得了该毒株全基因组序列,为明确病毒遗传信息、提供流行病学监测数据、建立流感病毒反向遗传平台奠定了研究基础.