早期肝癌血清蛋白质组标准模式图谱的建立及应用

目的构建早期肝癌血清蛋白质组标准模式图谱,初步探讨其在肝癌早期诊断中的临床意义。方法 (1)收集正常人、早期肝癌患者血清各12例,分别等量混匀为两组样本,去掉血清中的白蛋白和IgG。取血清各300μg与水化液充分混合,双向凝胶电泳,实验重复3次,银染,图像分析,筛选差异表达的蛋白点,构建早期肝癌血清蛋白质组标准模式图谱。(2)应用该模式图谱盲法对13例慢性肝脏疾病患者和10名健康人进行验证。结果筛选出两组间差异表达的蛋白点共38个,对表达量差异5倍以上的11个蛋白点进行分析,构建早期肝癌血清蛋白质组标准模式图谱。盲法分析示敏感性为92%,特异性90%。结论早期肝癌患者血清2-DE蛋白质图谱与健康人有一定差异,其差异表达的蛋白质及其特定组合构成有望成为早期肝癌诊断与判定预后的模式图谱。     

燃煤污染型砷中毒患者血清差异蛋白的筛选

目的 应用血清蛋白组学技术,对比分析燃煤污染型砷中毒患者与正常人血清中差异蛋白的表达,筛选与燃煤污染型砷中毒发生发展密切相关的蛋白质.方法 2008年收集经临床诊断的贵州燃煤污染型砷中毒患者和健康人空腹血清标本各6例,用双向凝胶电泳(2-DE)分离砷中毒患者血清和健康人血清的总蛋白质,银染显色后经图像分析识别差异表达的蛋白质,再应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质点.结果 两组血清2-DE图谱平均点数分别为779±35和865±30,匹配率为90.1%.筛选出两组间的差异蛋白点60个,砷中毒组表达上调25个,表达下调35个.对其中表达量差异3倍以上的35个蛋白点进行MALDI-TOF-MS分析,鉴定出包括角蛋白10、载脂蛋白A-V、转铁蛋白、α1抗胰蛋白酶、锌α2糖蛋白、细胞外信号调节激酶3、空泡分选蛋白33、O-GlcNAc糖基转移酶等13个蛋白质,其中5个蛋白质在砷中毒组表达上调,8个蛋白质在砷中毒组表达下调.结论 本研究建立了分辨率高、重复性较好的燃煤污染型砷中毒患者血清双向凝胶电泳图谱,识别并鉴定了一些与健康人血清差异表达的蛋白质,为进一步探讨地方性砷中毒发病机制,筛选燃煤污染型砷中毒早期特异性血清分子标志物奠定了初步基础.     

应用液体芯片-质谱技术筛选肺鳞癌患者血清标志蛋白

目的 探讨液体芯片-质谱技术(CLINPROT系统)在肺鳞癌患者血清标志蛋白筛选中的应用.方法 应用CLINPROT系统检测34例肺鳞癌患者(肺鳞癌组)、46例良性肺疾病患者(良性对照组)及44名正常人(正常对照组)的血清蛋白表达谱,应用FlexAnalysis 3.0软件进行数据分析,筛选差异表达蛋白质;采用液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)技术鉴定标志蛋白.结果 分别比较肺鳞癌组与正常对照组以及肺鳞癌组与良性对照组血清蛋白表达谱,在质荷比(M/Z)800～10 000范围内,前者筛选出96个差异表达蛋白峰,其中M/Z为4054.13和4267.46的蛋白峰在2组间差异最大,用这2种差异蛋白建立的坐标系具有良好的区分肺鳞癌与正常人的能力;后者筛选出99个差异表达蛋白峰,其中M/Z为5065.27和4054.02的蛋白峰在2组间差异最大,用这2种差异蛋白建立的坐标系具有良好的区分肺鳞癌与良性肺疾病的能力.取M/Z为1778和1865的蛋白行LC-MS/MS鉴定,结果提示二者可能均为补体C3片段或C3前体.结论 肺鳞癌患者与正常人以及与良性肺疾病患者之间血清蛋白表达谱存在明显差异,应用液体芯片-质谱技术可能从血清中筛选出敏感性高、特异性强的肺鳞癌标志蛋白.     

下咽癌相关血浆肿瘤标志物的蛋白质组学筛选

目的分析下咽癌患者与健康人血浆中差异表达的蛋白质组,筛选潜在的与下咽癌诊断密切相关的血浆肿瘤标志物。方法取下咽癌患者与健康人空腹血浆标本各6例分别等量混合成2组样本,去除血浆高丰度蛋白后,利用双向电泳(2-DE)进行分离,经软件分析后找出表达量变化2倍以上的差异蛋白点,接着利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)进行差异蛋白质鉴定,然后利用Western blotting对α2-HS-糖蛋白的表达量进行验证。结果下咽癌患者与健康人血浆相比较,筛选出表达量差异2倍以上的差异蛋白点共11个,其中表达上调的有5个,表达下调的有6个,进行质谱分析后,表达上调的蛋白有α2-HS-糖蛋白、结合珠蛋白;表达下调的蛋白有免疫球蛋白κ链C结构域、载脂蛋白A1。Western blotting结果表明,α-2-HS-糖蛋白的表达上调,与双向电泳结果一致。结论下咽癌患者与健康人血浆的蛋白质表达谱表现出一定差异,这些差异蛋白有可能成为下咽癌患者早期诊断的特异性血浆肿瘤标志物。     

新生儿神经管畸形的血清蛋白组学研究

目的 寻找神经管畸形新生儿血清中异常表达的蛋白质。 方法 通过二维凝胶电泳分离神经管畸形新生儿及正常新生儿血清,用PDQuest图像软件比较电泳图谱中的异常蛋白质点,用MALDI TOF/ TOF串联质谱仪分析蛋白质,所得的质谱图通过GPS软件在Mascot数据库中检索并鉴定蛋白质。结果 筛选出35个表达差异的蛋白质点,其中有8个蛋白质点表达上调,27个蛋白质点表达下调。选取四个蛋白质点进行鉴定,其中结合珠蛋白前体表达升高, HP protein, 血清载脂蛋白A-1前体及immunoglobulin heavy constant gamma 1三种蛋白表达均降低。 结论 神经管畸形可以导致血清中多种蛋白的的异常表达。     

早期肺鳞癌患者与正常人血清表达差异蛋白筛选

目的:应用蛋白质组学方法来比较早期肺鳞癌患者和健康人血清蛋白质的差异,筛选与肺鳞癌发生发展密切相关的蛋白质.方法:以6例1期肺鳞癌患者血清和健康正常人血清为研究对象,运用比较蛋白质组学方法,用双向凝胶电泳(2-Pi-mentional electrophoresis,2-DE)分离肺鳞癌患者血清和正常人血清的总蛋白质,...     

用双向电泳及蛋白质印迹技术筛选乳腺癌相关抗原

目的：应用双向电泳及免疫印迹技术分析乳腺癌MCF-7细胞总蛋白,寻找乳腺癌相关抗原。方法：提取乳腺癌MCF-7细胞总蛋白,双向电泳技术（2-DE）对总蛋白进行分离后转膜,将健康人血清（对照组）和乳腺癌患者血清（实验组）作为一抗进行蛋白质印迹（Western blotting）分析,寻找杂交蛋白点的差异。结果：MCF-7总蛋白双向电泳考马斯亮蓝染色图谱共检测到248个蛋白质斑点,Western blotting显示实验组抗原抗体反应点23个,对照组为13个,找到10个差异蛋白点。结论：乳腺癌患者血清中的抗体表达水平有改变,这10个差异蛋白点有可能是乳腺癌相关抗原。     

双向电泳联合串联质谱技术筛查人胃癌血清蛋白质标记物

目的:通过血清蛋白质组学技术寻找胃癌标记物,是目前肿瘤研究的热点.文中比较胃癌患者与正常人血清蛋白质的差异,以寻找候选血清标记物. 方法:①随机选取20例胃癌患者(胃癌组)血清,pTNM分期(Ⅰ～Ⅳ期)各5例,10例正常人(对照组)血清作对照.②血清样品处理:通过蛋白亲和柱去除血清清蛋白和IgG两种高丰度蛋白.③通过双向电泳进行差异比较,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱(MALDI/TOF/TOF/MS)鉴定差异蛋白点.④利用免疫印记方法对筛选的标记物蛋白质进行验证. 结果:发现胃癌患者较正常人存在多个蛋白质点差异,差异蛋白质点质谱鉴定结果显示,补体 C4-B 前体在胃癌血清中含量明显增高;补体因子Ⅰ前体和血清结合珠蛋白前体则含量显著降低(P＜0.01). 结论:利用血清蛋白质组学技术可筛选出胃癌血清蛋白标记物,为胃癌的血清学诊断提供依据.     

重症急性胰腺炎患者血清差异蛋白质的表达

目的：用蛋白质组学技术比较重症急性胰腺炎（SAP）与轻症急性胰腺炎（MAP）患者血清的差异蛋白,探讨SAP特异蛋白的表达。方法：血清标本取自10例急性胰腺炎（AP）患者,其中5例SAP,5例MAP,用双向凝胶电泳检测两类患者的蛋白表达,并将这些差异表达蛋白点进行质谱鉴定,Mascot数据库检索。结果：比较双向电泳图谱发现15个差异表达蛋白点,经质谱分析,成功鉴定出10种蛋白质,在SAP患者其中4种表达上调,6种表达下调。数据库查询结果,4个表达上调蛋白分别为补体4A、结合珠蛋白亚型2、结合珠蛋白和载脂蛋白L1;6个表达下调蛋白分别为四连接素、谷胱甘肽过氧化物酶3、丝氨酸蛋白酶抑制剂亚型F1、丛生蛋白亚型-1、转甲状腺素蛋白、丝氨酸蛋白酶抑制剂A1亚型2。结论：SAP患者血清有差异蛋白质表达,这可能和SAP发病机制相关。     

SELDI-TOF-MS蛋白芯片技术在宫颈癌早期诊断和鉴别诊断中的应用

目的 采用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片技术检测宫颈浸润癌和原位癌患者血清蛋白质指纹图谱,通过差异蛋白组学筛选特有的蛋白标记物.方法 应用SELDI-TOF-MS技术和WCX2(弱阳离子)芯片采集74例宫颈癌(44例宫颈浸润癌和30例宫颈原位癌)患者和51例健康人血清蛋白质指纹图谱,采用Biomarker Wizard软件筛选差异蛋白,应用Biomarker patternsoftware 5.0.2版建立诊断模型,并盲法验证其诊断效率.结果 宫颈癌患者与对照组血清蛋白质指纹图谱有12个差异表达的蛋白质峰(P<0.05),筛选出分子量分别为5642、5912、5905、5660、2288和8700 Da 6个标志蛋白,将125例血清随机分为30例宫颈癌和30例健康人血清作为训练组用于建立人工神经网络(ANN)模型,44例宫颈癌和21例健康人血清作为验证组,其对宫颈癌的诊断敏感性为95.45%,特异性为95.23%.宫颈浸润癌与原住癌血清蛋白质谱有16个差异表达的蛋白质(P<0.01),筛选出分子量分别为13776、2796、2697、2070、2768和9222 Da 6个标志蛋白,随机将15例宫颈浸润癌和15例原位癌血清分为训练组,29例浸润癌和15例原位癌作为验证组,其鉴别宫颈浸润癌的敏感性为93.10%.特异性为93.33%.宫颈原位癌患者与对照组血清蛋白质谱比较有6个差异表迭的蛋白质(P<0.05),分别随机选取15例宫颈原位癌和15例健康人血清作为训练组,15例原位癌和36例健康人血清作为验证组,其诊断宫颈原位癌的敏感性为60%,特异性为98.08%.结论 血清蛋白质谱技术可望用于宫颈浸润癌和原位癌的鉴别,标志蛋白的鉴定可能对宫颈癌浸润机制的探讨和新的治疗手段的开展具有重要的指导意义.     

不同临床期别宫颈鳞癌患者血清差异蛋白质的表达

目的寻找不同临床期别宫颈鳞癌患者之间的血清差异蛋白质。方法采用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱仪（SELDI-TOF-MS）和弱阳离子结合芯片（CM10）,检测宫颈鳞癌患者可手术治疗组（Ⅰa期、Ⅰb期、Ⅱa期）与不能手术治疗组（Ⅱb期、Ⅲa期、Ⅲb期、Ⅳ期）的血清蛋白质、以及血清鳞状细胞癌抗原（SCCA）≥4.5ng/ml组与SCCA〈1.5ng/ml组之间有分类意义的差异蛋白质。结果相对分子质量在1002～18369范围内,共有43种蛋白质质谱峰值有显著性差异（P〈0.05）,其中质荷比（M/Z）为11523.83、11679.13、5841.076、7971.04、16109.71、15932.17的蛋白质,在宫颈癌可手术治疗组的含量显著低于不能手术治疗组（P〈0.01）。SCCA≥4.5ng/ml组与SCCA〈1.5ng/ml组之间获得相同的差异蛋白质。以单个差异蛋白质11679.13（M/Z）作为分类变量建立宫颈癌手术组与不能手术组的诊断树模型,分类正确率为93.18%（41/44）。结论宫颈癌早中期可手术治疗组与中晚期不能手术治疗组血清中存在差异蛋白质,SCCA组≥4.5ng/ml与SCCA〈1.5ng/ml组之间存在相同的差异蛋白质;以单个差异蛋白质作为分类变量建立的诊断树模型,给临床分期提供重要的参考。     

应用抗体芯片筛选上皮性卵巢癌患者血清的差异表达蛋白

目的 通过检测健康妇女与上皮性卵巢癌患者血清间蛋白质组表达谱,筛选出差异表达蛋白质,分析异常表达蛋白质的生物学功能.方法 选取11例上皮性卵巢癌患者术前血清混合样品及其配对健康妇女血清混合样品经Cy3和Cy5双色荧光标记后与同一型号的单克隆抗体芯片杂交.根据杂交荧光信号强度,计算内源标准化信噪比(INR),并以INR>2.0或<0.7为临界值,筛选健康妇女与卵巢癌患者术前血清间差异表达的蛋白群.结果 发现27名健康妇女与卵巢癌患者术前血清间明显差异表达的蛋白质,含高表达蛋白16个和低表达蛋白11个.结论 蛋白抗体芯片的研究样品可以是组织,血清等.筛选出的"关键蛋白群",有助于认识卵巢癌发生的分子机理,寻找用于监测卵巢癌进展、判断疗效和预后的分子标志物以及新的治疗靶标.     

应用差异凝胶电泳及质谱技术筛选肺癌患者血浆差异蛋白

目的 建立健康者、肺部炎症患者和肺癌患者的血浆蛋白表达谱,寻找与肺癌早期发生相关的差异蛋白.方法 应用差异凝胶电泳（DIGE）和基质辅助激光解吸飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）对健康者、肺部炎症患者和I期肺癌患者血浆进行蛋白质组学比较研究,寻找肺癌相关差异蛋白.结果 应用DIGE进行分离后,成功获得了蛋白质组分辨率高、重复性好的双向凝胶电泳图谱;Decyder 6.5软件分析获得差异大于2倍的蛋白质点共有72个;质谱鉴定去冗余后确定了12种蛋白质,其中7种与肿瘤相关,分别为酰基辅酶A合成酶家族成员3、抗血小板膜糖蛋白I b特异性抗体、γ-纤维蛋白原、4型血清淀粉样蛋白A、补体因子H、钙结合微丝蛋白、载脂蛋白I.结论 应用DIGE及MALDI-TOF-MS分离并初步鉴定了12种蛋白质,筛选出7种在肺癌患者血浆中高表达的肿瘤相关蛋白.     

宫颈鳞癌组织转移相关基因的初步筛查

目的: 应用基因芯片检测盆腔淋巴结转移组和无转移组宫颈鳞癌组织中差异表达基因,从中筛选肿瘤转移相关基因。方法: 利用基因芯片技术对4例盆腔淋巴结转移组和6例无转移组宫颈鳞癌组织标本进行差异表达基因检测,并用Real-time PCR对部分差异表达基因进行验证。通过基因库检索、PUBMED文献检索和基因本体分析从差异表达基因中筛选肿瘤转移相关基因。结果: 从盆腔淋巴结转移组及无转移组宫颈鳞癌组织中筛选出表达差异明显的基因329个,通过Real-time PCR验证,基因芯片结果可靠。从差异表达基因中筛选出与肿瘤转移相关基因44个。结论: 通过基因芯片筛查,初步建立了宫颈鳞癌转移相关差异基因表达谱,说明宫颈鳞癌的转移过程受多基因调控。     

下咽癌相关血浆肿瘤标志物的蛋白质组学筛选

目的分析下咽癌患者与健康人血浆中差异表达的蛋白质组,筛选潜在的与下咽癌诊断密切相关的血浆肿瘤标志物。方
法取下咽癌患者与健康人空腹血浆标本各6 例分别等量混合成2 组样本,去除血浆高丰度蛋白后,利用双向电泳（2-DE）进行分
离,经软件分析后找出表达量变化2倍以上的差异蛋白点,接着利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF/TOF）
进行差异蛋白质鉴定,然后利用Western blotting 对α2-HS-糖蛋白的表达量进行验证。结果下咽癌患者与健康人血浆相比较,
筛选出表达量差异2倍以上的差异蛋白点共11 个,其中表达上调的有5个,表达下调的有6个,进行质谱分析后,表达上调的蛋
白有α2-HS-糖蛋白、结合珠蛋白;表达下调的蛋白有免疫球蛋白κ链C结构域、载脂蛋白A1。Western blotting结果表明,α-2-HS-
糖蛋白的表达上调,与双向电泳结果一致。结论下咽癌患者与健康人血浆的蛋白质表达谱表现出一定差异,这些差异蛋白有可
能成为下咽癌患者早期诊断的特异性血浆肿瘤标志物。
     

下咽鳞癌蛋白质谱鉴定及预后靶分子筛选

目的 利用非数据依赖性采集(DIA)蛋白质组学技术筛选下咽鳞癌晚期肿瘤预后相关的特异性靶分子。 方法 选取2016年1月至2018年9月在上海市第一人民医院确诊的5对晚期下咽鳞癌的癌组织和癌旁组织,对蛋白组织进行裂解研磨、蛋白电泳、组织酶解、肽段标记、分级标记、高效液相色谱系统分离,采用Q-Exactive质谱仪完成质谱分析。定量分析及生物信息学分析、筛选预后相关蛋白分子。 结果 建立下咽鳞癌蛋白组学数据库:蛋白质7 395个,肽段63 190个,筛选出的差异蛋白上调36个、下调43个,差异表达蛋白质总数79个。完成层次聚类分析基因本体论和京都基因与基因组百科全书信号通路富集分析、蛋白互做分析,筛选出关键蛋白MRPS5,为下咽鳞癌预后的特异性靶分子。 结论 MRPS5可能为下咽鳞状细胞癌的预后靶分子。     

Screening disease-associated proteins from sera of patients with rheumatoid arthritis: a comparative proteomic study

Background Rheumatoid arthritis （RA） is an autoimmune disease characterized by chronic inflammation at the synovial membrane. Although great progress has been made recently in exploring the etiology and pathogenesis of RA, its molecular pathological mechanism remains to be further defined and it is still a great challenge in determining the diagnosis and in choosing the appropriate therapy in early patients. This study was performed to screen candidate RA-associated serum proteins by comparative proteomics to provide research clues to early diagnosis and treatment of RA. Methods Sera isolated from 6 RA patients and 6 healthy volunteers were pooled respectively and high-abundance proteins were depleted by Plasma 7 Multiple Affinity Removal System. The protein expression profiles between the two groups were then compared by two-dimensional gel electrophoresis （2-DE） and the proteins over/under-expressed by more than 3-fold were identified by mass spectrometry analysis. To validate the differential expression levels of the identified proteins between the two groups, ELISA was performed in two of the identified proteins in individual sera from 32 RA patients and 32 volunteers. Results Eight proteins which over/under-expressed in sera of RA patients were identified. Among them, chain A of transthyretin （TTR） was under-expressed, while serum amyloid A protein, apolipoprotein A （ApoA）-IV, ApoA-IV precursor, haptoglobin 2, ceruloplasmin （Cp）, immunoglobulin superfamily 22 and HT016 were over-expressed. ELISA test confirmed that Cp expressed remarkably higher while TTR obviously lower in RA group compared with volunteer group. Conclusion There were 8 identified proteins differentially expressed between RA group and volunteer group, which might be candidate RA-associated proteins and might be promising diagnostic indicators or therapeutic targets for RA.     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的：利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱，并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较，筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因，及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因，为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法：用含4096个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果：肺鳞癌差异表达基因591个，其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因476个，上调的有293个，下调的有183个；肺腺癌差异表达基因524个，其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因460个，上调的有214个，下调有246个；有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论：肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱，筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

双向凝胶电泳进行肾癌与健康人血清中差异表达蛋白的筛选和鉴定

目的 应用双向凝胶电泳(2-DE)结合基质辅助激光解析电离化/飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对小肾癌与健康人的血清蛋白进行差异蛋白质的筛选和鉴定,以寻找潜在的肾癌肿瘤标志物.方法 选取20例小肾癌患者和20名健康人,各抽取少量静脉血,分离出血清,应用2-DE结合MALDI-TOF-MS技术测定血清蛋白质表...     

乳腺癌血清标志物的TMT标记定量蛋白质组学筛选及分析

目的 探讨乳腺癌患者血清中蛋白的表达变化,筛选并分析乳腺癌诊断的生物学标志物.方法 采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对68例Ⅱ期乳腺癌患者及62例健康女性的血清蛋白进行检测,并进行蛋白质定量分析,筛选乳腺癌患者血清中发生显著变化的差异蛋白.利用UniProt数据库和Proteome Discoverer软件及在线工具STRING对差异蛋白进一步行生物信息学分析,应用蛋白质印迹法和qPCR对变化倍数显著的差异蛋白VIME(上调为健康对照女性的3.918倍)和RAF1(下调为健康对照女性的0.251)进行验证.结果 共获得67种差异蛋白,其中26种表达上调,41种表达下调.基因本体论(GO)注释分析和功能聚类分析显示上述差异蛋白与肿瘤的血管生成、新陈代谢进程、生物黏附能力等相关.蛋白质印迹法和qPCR验证结果显示RAF1蛋白和mRNA在Ⅱ期乳腺癌患者血清中的表达水平均低于健康对照女性,而VIME蛋白和mRNA的表达均高于健康对照女性,与筛选结果一致.结论 定量蛋白质组学TMT法能有效筛选Ⅱ期乳腺癌患者血清中的差异蛋白,其中VIME和RAF1蛋白有望成为乳腺癌淋巴结转移的候选血清标志物.