分子克隆技术制备4个短串联重复基因座等位基因分型标准物及应用于群体遗传学

目的短串联重复序列(short tandem repeats，STR)分型的准确性和标准性是目前急需解决的关键问题之一，本研究采用分子克隆技术制备优质标准的4个(D1S1676、D2S2735、D11S1977和D22S444)STR基因座等位基因分型标准物，并用于中国成都汉族人群的群体研究，探讨该技术的实用性。方法PCR扩增出4个基因座的各等位基因片段后，将其插人pGEMR—T重组质粒中．DNA测序证实插入片段的大小和结构，等位基因片段按国际标准进行命名后，经转染、扩大培养、扩增及再鉴定后制备出该4个基因座的等位基因分型标准物，进行群体研究。结果这4个基因座的等位基因分型标准物得以大量成功制备，并成功地应用于成都地区汉族群体研究。结论分子克隆技术是制备STR等位基因分型标准物的可靠方法；群体资料显示，D1S1676和D2S2735基因座是一个适合中国成都汉族群体分析和法医学应用的遗传标记，而D11S1977和D22S444基因座在中国成都汉族群体中的应用价值有限。     

两种试剂中D6S474和D5S2500基因座等位基因分型一致性研究

目的观察分析两种STR基因座检测试剂盒中共有基因座D6S474和D5S2500的等位基因分型结果的差异。方法采用Chelex法对20名无关个体的血样提取DNA,并结合DNA参考物质9947A,分别采用Investigator HDplex试剂盒和AGCU21+1试剂盒,经PCR复合扩增STR基因座,毛细管电泳分离扩增产物和激光扫描片段分析,比较两种试剂中共有STR基因座D6S474和D5S2500等位基因分型的差异。结果 HDplex试剂中D6S474基因座等位基因分型与AGCU 21+1试剂中该基因座分型相比均减少一个重复序列;而两种试剂中D5S2500基因座的等位基因分型具有显著差异。结论不同厂商对同一个STR基因座的引物设计上存在差异,导致该基因座等位基因分型结果存在差异。实验室在应用多套STR基因座检测试剂盒检测时,应关注共有基因座分型结果的一致性。     

五核苷酸重复序列D6S957的等位基因序列结构及其群体遗传学

目的分析五核苷酸短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)D6S957每一个等位基因的DNA序列,以了解它们在人类基因组中的结构,并构建等位基因分型标准物,后者对于法医DNA分型是必须的.对德国群体和中国汉族群体D6S957进行调查,以了解D6S957基因型分布和等位基因频率.方法用扩增片段长度多态性对德国群体和中国汉族群体共计230份样本的D6S957基因型分布和等位基因频率进行了分析,等位基因的确定通过与自制的人类等位基因标准物比较完成.对每一等位基因进行了序列分析.结果D6S957STR呈现极少的影子带,使解释分型结果变得容易.总共在这些群体中发现有8个等位基因,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡.在64个已确定的家系中未观察到突变事件,用最大似然率法间接估计该基因座突变率为2.5×10-5.结论D6S957对于法医学个人识别与亲子鉴定是一个有用的遗传标记.     

贵州汉族群体D16S539、D7S820、D13S317基因座遗传多态性研究

目的 了解贵州汉族人群D16S539、D7S820、D13S317基因座的遗传多态性分布。方法 应用聚合酶链反应复合扩增技术，对154名无血缘关系的汉族个体进行D16S539、D7S820、D13S317 3个短串联重复序列（short tandem repeats,STR)基因座等位基因频率进行了调查分析，并与其他汉族人群进行了比较。结果 3个STR基因座基因频率的分布均符合Hardy-Weinberg平衡，3个STR基因座总个体识别率为0.9962，累积多态信息量为0.9879，获得了贵州汉族人群这3个位点等位基因频率数据，且不同地区汉族人群中的分布无明显差异。结论 所得到的等位基因频率数据可为贵州汉族人群法医个体识别、亲子鉴定及遗传学研究提供更多依据。     

成都汉族群体五个短串联重复序列基因频率及其种属特异性研究

目的对成都汉族群体5个短串联重复序列（short tandem repeat，STR）基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究，探讨其在法医学中的应用价值。方法用PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色方法，对100名成都汉族无血缘关系健康个体的5个STR基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究。结果D18S979、D11S2014、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中等位基因个数分别为6、5、5、7、6；基因型个数分别为12、11、13、19、14；基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。通过种属特异性分析发现5个STR基因座中，猴在D18S979、D11S2014和D1S1667基因座均检测出扩增产物，但未在人类基因座分型区内；D18S979位点人类分型区内可检测到牛、狗、鳝鱼有扩增产物，猪、鸭、鼠、兔有微弱扩增产物；D18S548位点人类分型区内只检测到牛有微弱扩增产物；D1S1667位点人类分型区内检测到狗、羊、鳝鱼有扩增产物；GATA164F07位点人类分型区内只检测到狗有微弱扩增产物；泥鳅、鸡、豚鼠在5个基因座均未检测到扩增产物。结论5个短串联重复序列中D18S979、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中具有较好的遗传多态性，D11S2014、D18S548和GATA164F07具有较好的种属特异性，在法医学个人识别和亲子鉴定中有应用价值。     

广西黑衣壮族D6S477、D18S865、D19S400、D20S161的遗传多态性

目的:调查广西黑衣壮族人群4个短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因座:D6S477、D18S865、D19S400、D20S161的群体遗传分布资料。方法:应用PCR扩增结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分析180名广西黑衣壮族无关个体。结果:4个STR基因座平均观察杂合度分别为0.8361;平均多态信息总量为0.8047;累积个体识别力达0.999 988 391,累积非父排除率达0.988 207。在D19S400、D20S161基因座上广西黑衣壮族与广西武鸣壮族、广州汉族与青岛汉族的等位基因频率分布差异均无统计学意义;广西黑衣壮族与广西武鸣壮族遗传距离为0.0304。结论:D6S477的等位基因15、D18S865的等位基因11、D19SA00的等位基因12、D20S161的等位基因18可能是广西黑衣壮族群体中相应STR基因座最原始的等位基因。广西黑衣壮族的4个STR基因座属高度遗传多态性标记。同一民族内不同支系的遗传关系近于不同民族间的遗传关系。     

牡丹江地区汉族群体6个STR基因座的遗传多态性研究

目的 调查牡丹江地区汉族群体6个基因座的基因多态性。方法 应用扩增片段长度多态性（Amp-FLP）分型技术，检测牡丹江地区100名无血缘关系汉族个体CSFlPO，TPOX，TH01， D16S539，D7S820，D13S317 6个基因座等位基因频率和基因型分布。结果 经χ2检验表明6个STR基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡；6个基因座的总偶合率为1.98618E-06，总个体识别率达1.000，三联体累计非父排除率OCE=0.9878，二联体累计非父排除率0.9160。结论 6个基因座在牡丹江地区汉族群体中有较高的非父排除率和个人识别机率，可应用于法医学亲子鉴定和个体识别。牡丹江地区的汉族与朝鲜族基因频率相比较，TPOX、TH01和D16S539基因座有显著性检差别，CSFlPO、D7S820和D13S317基因座无显著性差别。     

宁夏汉族人群19个短串联重复序列基因座遗传多态性

目的:分析宁夏地区汉族人群19个短串联重复序列(STR)基因座(D19S433、D5S818、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、Penta E、TH01、D12S391、D2S1338、FGA)的基因频率、期望杂合度、个体鉴别力等法医学参数。方法:收集宁夏籍汉族个体347例为研究对象。用血样卡采集研究对象的外周静脉血,应用GoldeneyeTM DNA(免提取)身份鉴定系统20A对上述19个STR基因座及牙釉基因直接进行复合扩增。采用ABI-3130XL型基因分析仪进行毛细管电泳法检测19个位点基因座的基因型及等位基因。应用HWE精确检验软件对研究对象的19个STR基因座位点的基因型频率分布进行Hardy-Weinberg平衡检验。采用PowerStats分析软件对STR基因座等位基因及基因型数据进行处理。结果:19个STR基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。19个STR遗传比标记具有高度多态性。宁夏汉族19个STR基因座共检出120个等位基因,共775种基因型,等位基因频率分布在0.001至0.503。19个STR基因座的期望杂合度(He)在0.631～0.905之间,匹配概率(Pm)在0.032～0.186,个体鉴别力(DP)在0.814～0.986,非父排除率(PE)在0.330～0.770,亲权指数在1.360～5.260,多态性信息含量在0.590～0.920。结论:19个STR组成的复合检测系统在宁夏汉族人群中具有高度的多态性和鉴别能力,可用于该群体法医学个体识别、亲权鉴定及群体遗传学研究。     

试验性法医DNA数据库的研究

目的 通过对大规模样本的DNA分型，探讨DNA数据库的建库指标；评估手动系统与自动系统DNA分型的兼容性；探讨DNA数据库计算机管理和需要立法解决的有关问题。方法 对1000份样本包括血液、血痕、唾液斑、精斑、混合斑，肌肉组织进行D3S1358、D9S1118、vWA、D5S818、D16539、D8S1179、CSF1PO、D20S161等8个STR基因座的DNA分型，构建8个STR基因座的人类等位基因分型标准物；PCR扩增8个STR基因座。样本PCR产物与等位基因分型标准物同步电泳，比较样本PCR产物的电泳谱带对应分型标准物所处的位置，确定样本基因型。采用Microsoft的Access编写DNA数据库计算机管理软件。结果 完成了对1000份样本D3S1358、D9S1118、vWA、D5S818、D16S539、D8S1179、CSF1PO、D20S161等8个STR基因座的DNA分型。构建了成都市试验性法医DNA数据库。结论 明确了法医DNA数据库建立的核心目的是为侦查提供犯罪嫌疑人的线索；所选择的8个STR基因座累积个人识别能力大于0.99999999,适合在成都群体中用于建立法医DNA数据库。用于DNA分型的手工电泳银染和自动激光荧光检测系统具有可重复性和兼容性，手工电泳银染更易向基层单位推广。设计的计算机管理软件允许现场生物检材DNA分型数据缺项检索；允许DNA数据库容量任意扩大，积累的经验提示法医DNA数据库建库应首先立法确定入库的对象和解决保护个人隐私问题。为建设适合中国国情的法医DNA数据库提供了一个参考模式。     

云南藏族四个短串联重复序列基因座的基因频率

目的：了解云南藏族D21S11、D8S1179、D16S539和LPL4个短串联重复序列基因座的基因频率。方法：采用4个STR基因座引物在同一反应体系中互不干扰的复合扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染法显色技术，对105名云南藏族个体4个STR基因座进行了基因频率调查。结果：观察到D21S11基因座的13个等位基因和33个基因型；D8S1179基因座的8个等位基因和21个基因型；D16S539基因座的7个等位基因和16个基因型；LPL基因座的6个等位基因和9个基因型。结论：4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律，且在藏族群体中有较好的多态性分布，适用于法医个体识别和亲权鉴定、遗传学及人类学的相关研究。     

Evaluation of a method for typing the microsatellite D12S391 locus using a new primer pair and capillary electrophoresis

We describe a modified method for typing a polymorphic microsatellite D12S391 locus by PCR using a newly designed primer pair. This primer pair produces shorter D12S391 amplified fragments (104-156 bp) than the primer pair originally described by Lareu et al. (209-261 bp). The detection system for the D12S391 locus using the new primer pair and capillary electrophoresis (CE) analysis was evaluated using various forensic samples. The typing results from 70 DNA samples using the new primer pair and the original primer pair were completely identical. One hundred twenty-five amplified fragments from D12S391 alleles were sized correctly within +/- 0.25 bp of the D12S391 allelic ladder. A rare allele, 19.3, previously found only in Caucasians, was found for the first time in a Japanese subject, and it was clearly distinguished from allele 20 by the CE analysis. This detection system was sensitive and could detect D12S391 types from 16 pg of genomic DNA, and from a minor component at a ratio of 1:10 in mixed samples. This system was more useful for the analysis of degraded DNA than was the method using the original primer pair, and could detect D12S391 types from bloodstains that had been stored for 26 years. In addition, the specificity of the method was demonstrated using nonhuman DNA.     

Behavior of loci D1S1656 and D12S391 in a sample from Maracaibo,Venezuela

Two recently reported short tandem repeat polymorphisms characterized by PCR, D1S1656 and D12S391, were investigated in a sample from Maracaibo, an admixed population of Venezuela, in order to evaluate their application in forensic and population genetics studies. The unbiased heterozygosities were 0.9011 and 0.8444 for locus D1S1656 and D12S391, respectively. The joint discrimination power and joint probability of exclusion were 0.99972 and 0.93287. When allele frequencies of locus D1S1656 from Maracaibo were compared with eight other populations, our group clustered with the European or European‐derived samples, mainly from Spain. In the comparison of locus D12S391 with 16 populations, Maracaibo clustered with 3 Asian samples. The high heterozygosity and discrimination power make these two loci important candidates to be considered for STR packages for forensic and population genetic purposes. Am. J. Hum. Biol. 15:68–71, 2003. © 2002 Wiley‐Liss, Inc.     

中国成都地区汉族群体5个STR基因座的遗传多态性研究

目的获得Ｄ６Ｓ３６６、Ｄ６Ｓ４７７、Ｄ１２Ｓ３７５、Ｄ１２Ｓ３９１和ＰＬＡ２Ａ基因座在中国成都汉族群体中基因型及等位基因频率数据，初步探讨其在遗传学研究及法医学应用中的意义。方法随机抽取１０８名成都地区汉族群体无血缘关系个体的静脉血，ＥＤＴＡ抗凝，酚／氯仿提取ＤＮＡ。应用ＰＣＲ技术，扩增上述５个短串联重复序列基因座，聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳分型。结果中国成都汉族群体Ｄ６Ｓ３６６基因座发现７个等位基因，Ｄ６Ｓ４７７基因座发现９个等位基因，Ｄ１２Ｓ３７５基因座发现５个等位基因，Ｄ１２Ｓ３９１基因座发现９个等位基因，ＰＬＡ２Ａ基因座发现７个等位基因；５个基因座的基因型分布均符合Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡（Ｐ＞０．０５）。各基因座的杂合度分别为：０．６９、０．７８、０．８１、０．６８和０．７９，非父排除概率分别为：０．３６２１、０．６００４、０．４５８１、０．７０１４和０．５５８９，个人识别机率分别为：０．７９、０．９３、０．８６、０．９６和０．９１。结论５个基因座在中国成都汉族群体中具有较高的非父排除率与个人识别机率，在法医学应用和群体遗传学研究中有较高的价值。     

河北省汉族人群六个短串联重复序列基因座的遗传多态性

目的 对河北汉族群体6个短串联重复序列(short tandem repeat，STR)基因频率研究，以期得到河北汉族群体D7S820、D19S253、D12S391、D5S818、D16S539和D8S1179基因座的群体遗传学数据。方法 随机抽取173名河北省汉族人群无血缘关系个体的静脉血，应用PCR技术扩增上述6个短串联重复序列基因座，采用高分辨的聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳，银染显色分析。结果 得到了河北汉族这6个位点的遗传多态分布。D7S820、D19S253、D12S391、D5S818、D16S539、D8S1179基因座的杂合度分别为：0．828、0．757、0．769、0．837、0．785、0．852。个体识别率分别为：0．914、0．919、0，940、0．909、0．917、0．944。非父排除率分别为：0．618、0．740、0．801、0．557、0，655、0．696。遗传多态性信息量分别为：0．771、0．760、0、762、0．708、0．776、0．794。结论 上述6个STR基因座基因频率分布与Hardy-Weinberg平衡吻合良好，在河北汉族群体中具有较高的非父排除率与个体识别率，在群体遗传学研究及法医学应用中有较高价值。     

温州地区汉族群体D13S317基因座的遗传多态性研究

目的研究STR位点D13S317在温州地区的遗传多态性,获得相应的群体遗传学数据。方法在温州地区随机抽取128名无血缘关系汉族个体的静脉血,EDTA抗凝,用chelex-100法提取DNA。用Beckm an CEQ 8800毛细管测序仪测定序列,应用PCR技术和聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳分型。结果温州地区汉族群体D13S317基因座发现7个等位基因及19种基因型,其基因型分布符合Hardy-W e iberg平衡(P>0.05)。其个人识别能力(Dp)、其杂合度(H)、非父排除率(PE)和多态性信息含量(PIC)分别为0.921、0.875、0.745和0.77。其重复序列为[TATC]n。结论D13S317在法医学应用和群体遗传学研究中有较高的价值。     

河南汉族群体D18S51基因座的遗传多态性研究

目的　研究人类短串联重复序列D18S5 1在河南汉族人群中的遗传多态性 ,并探讨该基因座在法医学和基因诊断中的应用可能性。方法　采集河南无血缘关系汉族个体血样 ,应用Chelex法提取DNA ,聚合酶链式反应扩增 ,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型 ,统计学计算。结果　得到D18S5 1在河南汉族群体中的基因频率 ,有 11个等位基因 ,2 9个基因型 ,杂合度为 0 84,个体识别率为 0 98,非父排除率为 0 5 8。结论　在河南汉族人群中D18S5 1基因座多态性较好 ,分布符合Hardy -Weinberg平衡 ,可以用于个体识别和亲权鉴定     

河南汉族群体D22S684基因座的遗传多态性研究

目的了解河南汉族人群中STR基因座D22S684的遗传多态性,并探讨该位点在法医学以及其他领域中的应用可能性。方法采集河南无血缘关系汉族个体血样,酚-氯仿法提取基因组DNA,聚合酶链式反应扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型,统计学计算。结果首次获得河南汉族人群中D22S684的分布情况。该基因座检出7个等位基因,21种基因型,杂合度0.772,个体识别率0.911,多态性信息含量0.74。结论在河南汉族人群中D22S684基因座多态性较好,分布符合Hardy-Weinberg平衡,在法医学和人类遗传学研究中是很好的遗传标记。     

河南汉族人群六个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的对河南汉族人群6个短串联重复序列(shorttandemrepeats,STR)基因座等位基因频率进行研究并获得群体遗传数据。方法对140名无血缘关系河南汉族个体的EDTA抗凝血样用酚-氯仿法提取DNA,应用多重PCR扩增技术结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对D12S391、D5S818、D18S51、PAHI3、D8S1179、D3S1358共6个基因座在河南地区人群中的基因型分布进行分析。结果6个基因座的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,各基因座的观察杂合度分别为0.871、0.769、0.871、0.773、0.901、0.722,6个位点的累积个体识别率为0.9999998,累计非父排除率为0.99845,累计个体匹配率为2.39×10-7。结论6个基因座在河南汉族群体中具有较高的非父排除率和个体识别率,在法医学和群体遗传学研究中有一定的应用价值。