重庆市医疗机构HIV-1感染者/AIDS病人HIV-1遗传分化和耐药突变研究

目的调查重庆市医疗机构中艾滋病病毒(HIV)1型(HIV-1)感染者/艾滋病(AIDS)病人中的HIV-1基因亚型、群体动力学及耐药性。方法收集2013年12月至2016年4月重庆多家医疗机构HIV-1感染者/AIDS病人血浆,通过提取核糖核酸(RNA)、反转录、巢式聚合酶链式反应(PCR),系统发育学和群体遗传学的方法,扩增及分析HIV基因组pol区序列,并检测耐药相关突变。结果共收集657份HIV-1感染者/AIDS病人静脉血样本,扩增及测序得到256份有效的pol基因片段,HIV基因亚型分析显示,重庆医疗机构中流行的HIV-1毒株以CRF07_BC(43.8%,112份)、CRF01_AE(34.8%,89份)为主要基因型;随后依次为CRF08_BC(8.2%,21份)、B(3.5%,9份)、CRF55_01B(2.7%,7份)、CRF68_01B(0.4%,1份)和CRF86_BC(0.4%,1份)。检出耐药基因突变者94例(占36.7%),无耐药基因突变者162例(占63.3%)。不同基因亚型间,pol基因蛋白酶区和反转录酶区的基因突变位点差异无统计学意义(P0.05)。对优势群体CRF07_BC、CRF01_AE和CRF08_BC的群体遗传学分析,证实重庆市医疗机构中的HIV-1部分基因型群体正在经历扩张。结论重庆市医疗机构中HIV-1病毒基因突变和重组普遍存在。HIV-1CRF07_BC、CRF01_AE和CRF08_BC基因亚型正在经历缓慢扩张的过程。需持续研究和监控重庆地区HIV-1在感染者中的遗传分化及耐药进展。     

上海市浦东新区HIV-1感染者基因亚型分析

目的了解浦东新区艾滋病病毒1型(HIV-1)感染者的病毒亚型分布特征,为该区制定针对性的艾滋病防治策略和措施提供科学依据。方法采用分层抽样的方法选取浦东新区242例HIV-1感染者的血浆标本,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,将PCR产物测序分析,确定基因亚型,并结合现场流行病学调查资料进行分析。结果获得186份pol区基因片段,HIV-1亚型分布显示,CRF01_AE比例最大,为52.69%,其次为CRF07_BC,31.72%,B,5.91%。CRF08_BC未在同性性传播者中发现,在异性性传播者中占5.36%。CRF01_AE与B亚型重组体在25岁以下年龄组和外地户籍感染者中相对较高,分别为12.20%和6.25%。在同性性传播者中发现2例CRF01_AE和CRF07_BC的重组体。结论浦东新区HIV感染者HIV-1型流行株呈现多样化的特点,且分布与年龄、户籍、文化程度以及传播途径相关。     

河南驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV亚型分析北大核心

目的分析河南驻马店市经性传播的艾滋病病毒(HIV)感染者中,HIV流行毒株亚型及其毒株特征。方法通过专业问卷调查,了解驻马店地区经性传播HIV感染者的基本状况。采集感染者的EDTA抗凝静脉血,检测其CD+4T淋巴细胞(简称CD4细胞)计数,提取外周血浆中病毒核糖核酸(RNA),使用反转录巢式荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法扩增病毒全长gag和部分pol基因,利用Clustal软件比对序列,利用BioEdit软件手工校对,利用NCBI网站HIV分型工具分析病毒亚型,利用MEGA软件构建NJ树,分析病毒系统进化关系。结果共收集到HIV感染者血液74份,全部经性传播感染HIV。经过测序,共获得HIV全长gag基因56条(75.7%),全长pol基因38条(51.4%)。对61例HIV感染者感染病毒亚型进行了分析,其中B亚型毒株47例(77.0%),CRF01_AE毒株6例(9.8%),CRF07_BC毒株4例(6.6%),C亚型毒株2例(3.3%),新型重组毒株2例(3.3%)。系统进化分析显示,所有的B亚型毒株均为Thai B毒株。38例获得pol区序列的样本中,有4例具有耐药突变。结论驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV毒株构成复杂,Thai B亚型毒株是优势毒株,CRF01_AE、CRF07_BC、C等亚型毒株均已进入该人群,而且出现了新型重组毒株。针对该人群的HIV流行毒株监测至关重要。     

德宏傣族景颇族自治州报告的HIV-1新感染者中耐药情况及其影响因素

目的了解云南省德宏傣族景颇族自治州(简称德宏州)新报告的艾滋病病毒(HIV)感染者中新近感染者HIV-1耐药情况及其影响因素,为HIV的预防和治疗提供参考依据。方法采用横断面的方法,对德宏州在2015-2018年期间报告的HIV感染者的首次确证剩余血浆,运用限制性抗原亲和力酶联免疫法(LAg-Avidity EIA)检测发现的新感染者,提取核酸并扩增HIV-1 pol基因片段。将pol基因片段序列提交斯坦福大学的耐药数据库,并根据2014年世界卫生组织耐药监测指南的推荐标准,确定耐药突变位点以及HIV毒株对抗病毒药物的敏感性。结果共有227例成功获得HIV-1 pol基因序列,其中HIV-1毒株C亚型为26.4%(60例),CRF01_AE亚型为21.1%(48例),CRF07_BC亚型12.3%(28例),CRF08_BC亚型6.6%(15例),URF占24.7%(56例),其他占8.8%(20例);HIV-1传播性耐药率为11.5%(26例),包括17例男性,14例农民,16例≤30岁,14例未婚,13例傣族,22例性传播,12例中国籍感染者。非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)和蛋白酶抑制剂(PI)耐药率分别为19例、12例和1例。HIV-1传播性耐药率中国籍为9.6%,缅甸籍为13.7%,两者之间差异无统计学意义(P=0.334)。有8例携带耐药位点K103N同时针对依非韦伦、奈韦拉平高度耐药。多因素Logistics回归分析结果显示,与C亚型相比,CRF08_BC亚型的HIV-1耐药风险更高[调整比值比(aOR)=5.88,95%可信区间(CI):1.16～29.71]。结论德宏州报告HIV感染者中新感染者的HIV-1传播性耐药率较高,应当继续加强德宏州传播性耐药的监测工作。     

河南驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV亚型分析

目的分析河南驻马店市经性传播的艾滋病病毒(HIV)感染者中,HIV流行毒株亚型及其毒株特征。方法通过专业问卷调查,了解驻马店地区经性传播HIV感染者的基本状况。采集感染者的EDTA抗凝静脉血,检测其CD+4T淋巴细胞(简称CD4细胞)计数,提取外周血浆中病毒核糖核酸(RNA),使用反转录巢式荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法扩增病毒全长gag和部分pol基因,利用Clustal软件比对序列,利用BioEdit软件手工校对,利用NCBI网站HIV分型工具分析病毒亚型,利用MEGA软件构建NJ树,分析病毒系统进化关系。结果共收集到HIV感染者血液74份,全部经性传播感染HIV。经过测序,共获得HIV全长gag基因56条(75.7%),全长pol基因38条(51.4%)。对61例HIV感染者感染病毒亚型进行了分析,其中B亚型毒株47例(77.0%),CRF01_AE毒株6例(9.8%),CRF07_BC毒株4例(6.6%),C亚型毒株2例(3.3%),新型重组毒株2例(3.3%)。系统进化分析显示,所有的B亚型毒株均为Thai B毒株。38例获得pol区序列的样本中,有4例具有耐药突变。结论驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV毒株构成复杂,Thai B亚型毒株是优势毒株,CRF01_AE、CRF07_BC、C等亚型毒株均已进入该人群,而且出现了新型重组毒株。针对该人群的HIV流行毒株监测至关重要。     

广西柳州16～25岁HIV-1感染者中流行毒株亚型及耐药分析

目的通过对广西壮族自治区柳州市,2011-2013年艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)新近感染者毒株基因特征的研究,了解当地HIV毒株流行及耐药毒株发生传播的情况。方法采集当年新确证的、16~25岁未接受抗病毒治疗的HIV-1感染者的血浆样本,共176份。提取病毒核糖核酸(RNA),通过扩增HIV-1 pol区片段,进行测序和耐药基因变异分析。结果 3年共获得pol区序列176条,主要以CRF01_AE为主(86.9%,153/176);其次也发现了少量CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型。共有5例(2.8%,5/176)出现耐药突变,4例为异性性传播,1例为注射吸毒传播,其中1例针对蛋白酶类抑制剂(PI),3例针对非核苷类抑制剂(NNRTIs),另有2例针对核苷类抑制剂(NRTIs)发生耐药突变。结论当地主要流行毒株为CRF01_AE,广西柳州HIV-1新近感染者耐药传播目前处于低度传播水平,但仍要进一步加强对新近感染者的耐药监测和病人的治疗管理。     

运用系统进化分析技术研究全国献血人群HIV感染特征

目的了解献血人群中艾滋病病毒(HIV)感染者的病毒亚型分布及流行毒株特征,为无偿献血者的招募、健康征询提供科学数据。方法对来自全国13个省市献血人群中的HIV阳性样本进行分子流行病学调查。对pol区基因进行扩增和测序。基于系统进化分析技术构建贝叶斯(BI)和最大似然(ML)系统树,确定毒株亚型,并针对亚型地理分布进行统计分析。结果来自全国13个省市的115例HIV阳性献血者标本中,成功扩增并获得pol区基因序列89例,发现HIV-1基因亚型9种,其中,亚型CRF01_AE和CRF07_BC所占比例最高,分别占46.1%(41/89)和37.1%(33/89);亚型CRF08_BC、B分别占2.2%(2/89)、5.6%(5/89);其他亚型CRF65_CPX、CRF55_01B、CRF59_01B、CRF68_01B、CRF62_BC各占1.1%(1/89)。系统进化进一步分析显示,所占比例最高的是CRF01_AE中的Cluster 4和Cluster 5亚簇以及CRF07_BC中的msm亚簇,所占比例分别达到23.6%(21/89)、21.3%(19/89)和33.7%(30/89),这3个均是全国男男性行为者(MSM)传播途径中的主要流行亚簇。结论全国献血途径检测出的HIV-1基因型呈现复杂的多样性特征,尤其在MSM传播HIV感染者中占绝对优势毒株的CRF01_AE(C4和C5簇)和CRF07_BC-msm簇也是本次在献血人群中发现的主要流行毒株。     

123株人类免疫缺陷病毒-1重组亚型主要耐药性突变的基因屏障

目的 比较HIV-1 CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC毒株发生蛋白酶抑制剂(PI)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)主要耐药性突变的基因屏障,分析不同亚型耐药模式的差异.方法 纳入在广西壮族自治区南宁、柳州两市未经治疗的HIV感染者190例,采集外周静脉血,从血浆中提取HIV-1 RNA,扩增pol区并测序,用系统进化树分析序列的亚型,统计各序列每个主要突变位点由野生型密码子突变为耐药密码子所需的碱基转换和颠换的数量,根据转换与颠换发生概率约2.5:1的规律,将每个转换赋值设为1,每个颠换赋值设为2.5,计算各突变赋值之和,即为基因屏障值,采用Kruskal-Wallis检验法和Nemenyi法比较不同亚型的基因屏障差异.结果 共获得CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC毒株123株.CRF08_BC发生T/S69D的基因屏障低于CRF01_AE和CRF07_BC(χ2=107.501,P＜0.01),CRF01_AE和CRF07_BC发生V118I和L210W的基因屏障低于CRF08_BC,CRF07_BC发生V106M的基因屏障低于CRF01_AE和CRF08_BC.结论 在相同的选择压力下,CRF01_AE和CRF07_BC比CRF08_BC易发生V118I和L210W,CRF08_BC比CRF01_AE和CRF07_BC易发生T/S69D,CRF07_BC比CRF08_BC和CRF01_AE易发生V106M.     

广西柳州16～25岁HIV-1感染者中流行毒株亚型及耐药分析北大核心

目的通过对广西壮族自治区柳州市,2011-2013年艾滋病病毒Ⅰ型（HIV-1）新近感染者毒株基因特征的研究,了解当地HIV毒株流行及耐药毒株发生传播的情况。方法采集当年新确证的、16~25岁未接受抗病毒治疗的HIV-1感染者的血浆样本,共176份。提取病毒核糖核酸（RNA）,通过扩增HIV-1 pol区片段,进行测序和耐药基因变异分析。结果 3年共获得pol区序列176条,主要以CRF01_AE为主（86.9%,153/176）;其次也发现了少量CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型。共有5例（2.8%,5/176）出现耐药突变,4例为异性性传播,1例为注射吸毒传播,其中1例针对蛋白酶类抑制剂（PI）,3例针对非核苷类抑制剂（NNRTIs）,另有2例针对核苷类抑制剂（NRTIs）发生耐药突变。结论当地主要流行毒株为CRF01_AE,广西柳州HIV-1新近感染者耐药传播目前处于低度传播水平,但仍要进一步加强对新近感染者的耐药监测和病人的治疗管理。     

2010-2013年新疆HIV亚型和耐药传播研究

目的通过对新疆艾滋病病毒(HIV)感染者的病毒基因序列分析,了解2010-2013年新疆HIV亚型和耐药传播情况。方法采集当年新报告的16~25岁未接受抗病毒治疗的HIV-1感染者的血浆样本,提取病毒核糖核酸(RNA),通过扩增HIV-1 pol区片段,进行测序和耐药基因变异分析。结果 4年共获得pol区序列150条,主要以CRF07_BC为主(96.7%,145/150),共有3例出现耐药,分别针对非核苷类抑制剂(NNRTIs)和核苷类抑制剂(NRTIs)。耐药株主要出现在性传播人群中。结论各传播途径中仍主要流行CRF07_BC,新疆HIV-1耐药传播目前处于低度传播水平,但仍需进一步加强对感染者的耐药监测和病人的治疗管理。