先天性小耳畸形环状RNA的差异表达谱分析

目的探讨分析环状RNA(circular RNA,circRNA)在先天性小耳畸形残耳软骨及正常耳廓软骨中表达谱的差异及生物信息学分析。方法采用高通量基因芯片技术检测6例先天性小耳畸形的患者的小耳侧残耳软骨与正常侧耳软骨,获得circRNA差异性表达谱。结果与同一患者对侧正常耳廓软骨比较,残耳软骨中1.1倍以上变化,并且差异有统计学意义(P0.05)的circRNA定义为差异表达的circRNA。结果显示,先天性小耳畸形患者的小耳侧残耳软骨与其正常侧耳廓软骨样本间差异表达的circRNA共896条,其中上调127条,下调769条。结论先天性小耳畸形存在明显的circRNA差异性表达,这些circRNA相互作用在某些信号通路可能对小耳畸形发生和发展中发挥重要作用。     

先天性小耳畸形差异性长链非编码RNA表达谱与生物信息学分析

目的探讨分析先天性小耳畸形差异性长链非编码RNA(lnc RNA)的表达谱与生物信息学分析。方法采用Arraystar高通量lnc RNAs基因芯片研究3例先天性小耳畸形的患者的小耳侧残耳软骨与正常侧耳软骨,获得lnc RNAs差异性表达谱。结果本实验所用的基因芯片包含30 586个lnc RNAs和26 109个m RNAs探针;与正常侧软骨比较,残耳软骨共检测出差异性表达Lnc RNAs共有180条,其中表达上调的Lnc RNAs有74条,表达下调的Lnc RNAs有106条。信号通路分析显示涉及到甘油酯类代谢、破骨细胞分化、肿瘤生长等。结论先天性小耳畸形存在明显的lnc RNAs差异性表达,这些lnc RNAs及某些信号通路可能在小耳畸形发生和发展中发挥重要作用。     

MYH14基因在先天性小耳畸形疾病中的表达研究

目的检测MYH14基因在先天性小耳畸形中的表达情况,进而探讨基因表达的异常与先天性小耳畸形发病之间的关系。方法收集先天性小耳畸形患者的残耳软骨组织及细胞为研究对象,非耳畸形患者的正常耳软骨组织及细胞作为对照。分别提取RNA,利用实时荧光定量PCR技术对各组的基因表达情况进行检测。结果软骨组织实验组与对照组在MYH14基因的表达存在差异,且具有统计学意义。结论 MYH14基因的表达异常可能与小耳畸形的发病相关。     

JUNB基因在先天性小耳畸形中的表达及临床意义

目的检测JUNB在先天性小耳畸形中的表达情况,探讨JUNB基因的异常表达在先天性小耳畸形中的临床意义。方法收集我院30例先天性小耳畸形患者的残耳软骨组及其正常耳软骨组织,分别提取总RNA,并反转录获得cDNA,利用实时荧光定量PCR技术检测两组耳软骨中JUNB基因表达情况。结果 JUNB基因在先天性小耳畸形患者残耳软骨组织中较正常耳软骨组织表达升高,且具有统计学意义(P0.05)。结论 JUNB基因在先天性小耳畸形疾病中表达升高,其异常表达可能在先天性小耳畸形中发挥重要作用,具有一定的临床意义。     

长链非编码RNA-NR_028308在先天性小耳畸形中的表达及临床意义

目的检测长链非编码核糖核酸NR_028308在同一位患者的正常侧耳廓软骨和先天性小耳畸形侧耳廓软骨中的表达水平,比较配对组织间、细胞系之间的表达差异,分析表达上调的NR_028308对先天性小耳畸形的表观遗传学影响,探讨其在小耳畸形中的临床意义。方法提取8对同一位患者的正常侧耳廓软骨和先天性小耳畸形侧耳廓软骨中的总RNA,反转录获得cDNA后通过实时荧光定量PCR方法检测NR_028308的表达量,使用统计学软件分析NR_028308表达的差异性及其表达水平与患者临床特征之间的相关性。结果 NR_028308在先天性小耳畸形的残耳软骨中表达水平明显高于同一患者的正常耳廓软骨中的表达(P0.01)。结论 LncRNANR_028308在先天性小耳畸形的残耳软骨中表达明显上调,提示其和先天性小耳畸形的发生发展有一定的关系。     

COL18A1基因在先天性小耳畸形疾病中的表达研究

目的检测COL18A1基因在先天性小耳畸形中的甲基化及其RNA表达情况,进而探讨基因表达的异常与先天性小耳畸形发病之间的关系。方法收集先天性小耳畸形患者的残耳软骨组织及细胞为研究对象,非耳畸形患者的正常耳软骨组织及细胞作为对照。应用Spectro CHIP芯片对COL18A1基因的Cp G岛进行各个Cp G位点的检测,筛选出存在甲基化水平差异的Cp G位点;提取RNA,利用实时荧光定量PCR技术对各组的基因表达情况进行检测。结果 COL18A1_2_Cp G_17的位点存在统计学上的甲基化水平差异;软骨组织实验组与对照组在COL18A1基因的表达存在差异,且具有统计学意义。结论 COL18A1基因的表达异常可能与小耳畸形的发病相关。     

利用基因芯片筛查大肠癌肿瘤相关基因

目的探讨大肠癌肿瘤相关基因的差异表达。方法采用含有8064个人类靶基因的基因表达谱芯片筛选大肠癌组织同正常大肠黏膜的差异表达基因,并用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对其中4条差异表达基因加以验证。结果大肠癌差异表达基因有1807条,发现上调表达的基因有936条,下调表达的基因有871条,其中癌基因及抑癌基因共57条。这57条基因中,36条基因表达上调．21条基因表达下调。结论大肠癌的发生发展与多个原癌基因及抑癌基因的差异表达有关。     

胃癌癌变相关基因表达的cDNA微阵列研究

目的 建立胃癌基因表达谱,筛选胃癌相关基因。方法 用含10000个已知基因和7000个ESTs(expressed sequence tags)的cDNA微阵列分析胃癌和癌旁正常胃黏膜基因表达谱的变化,半定量RT-PCR研究差异表达基因与胃癌的关系。结果 二倍以上的差异表达基因359个,其中在胃癌组织中表达上调271个,表达下调88个;二倍以上的差异表达ESTs 28个,其中在胃癌组织中表达上调24个,下调4个。RT-PCR进一步证实碳酸酐酶Ⅱ在胃癌组织中存在表达下调,胰岛素样生长因子结合蛋白4在胃癌组织中存在表达上调。结论 发现碳酸酐酶Ⅱ、胰岛素样生长因子结合蛋白4可能与胃癌发生有关,为进一步寻找和克隆胃癌相关基因提供了重要的研究线索。     

分娩活跃期子宫体部与子宫下段平滑肌差异基因表达谱的筛选

目的: 建立分娩活跃期子宫体部与子宫下段平滑肌差异基因表达谱，并探讨其意义。方法: 应用8 064条人类基因cDNA表达谱芯片，筛选20例足月妊娠，分娩活跃期产妇子宫体部与子宫下段平滑肌组织差异表达基因，用RT-PCR验证HSPA1B和CACNA1C的表达。结果: 分娩活跃期，子宫体部与子宫下段的显著性差异表达基因有483条，上调表达的279条基因中以HSP，ZNF145，NMBR，IL-2Rγ，PLC及ATPase等上调表达为主；下调表达的204条基因中以CSDA,MT2A,IL-6及SELE等下调表达为主。 HSPA1B和CACNA1C在子宫体部和子宫下段平滑肌组织的相对表达量分别为0.80±0.75,0.69±0.82和 0.40±0.39,0.38±0.42。子宫体部HSPA1B的相对表达量明显高于下段（P＜0.05），CACNA1C的表达则无显著性差异（P＞0.05）。HSPA1B和CACNA1C在子宫体部与子宫下段的差异表达比值，在cDNA表达谱和RT-PCR实验中分别为2.03，1.82和2.41，1.45,差异表达的趋势一致。结论: 子宫体部与子宫下段平滑肌在分娩发动中具有不同的基因表达谱，基因表达谱的差异为二者功能的协调奠定了分子基础。     

应用基因表达谱芯片观察小鼠心肌缺血后基因表达的变化以及四逆汤对其影响

目的:应用基因表达谱芯片观察小鼠心肌缺血后基因表达的变化以及四逆汤对其影响。方法:昆明种小鼠,随机分为对照组、缺血组、缺血加四逆汤组。提取各组心肌组织总RNA,纯化mRNA,与含有2304条小鼠基因的cDNA表达谱芯片进行杂交。结果:小鼠缺血后有33条基因表达下调,70条基因表达上调;服用四逆汤后,相对单纯缺血组而言,有23条基因表达下调,52条基因表达上调。结论:运用基因芯片技术能快速地检测出缺血心肌及四逆汤治疗后心肌基因表达谱的改变,对差异表达基因的研究将有助于进一步了解心肌缺血及四逆汤治疗的分子机制。     

应用基因芯片分析妇科恶性肿瘤的基因表达

目的应用基因微矩阵芯片研究妇科恶性肿瘤相关基因表达.方法分别提取癌组织和正常对照组织mRNA,经反转录分别用Cy3-dCTP和Cy5-dCTP荧光标记cDNA,获得两组探针,混合后与基因芯片H40s(基因点数为4096点)杂交,经严格洗片后用GenePix4000B扫描仪进行扫描,获得荧光信号图像,用图像处理软件:GenePix Pro3.0对图像进行处理,获得两种组织中差异表达的基因信息.结果在4种癌组织中同时出现表达差异的基因有35条,占0.85%.其中4种癌组织中都下调表达的基因6条,没有均上调表达的基因,在前3种癌组织中都上调表达而在乳腺癌中却下调表达的基因12条,在前3种癌组织中都下调表达而在乳腺癌中却上调表达的基因12条,其它5条.结论 1.肿瘤的发生过程比我们已了解的要复杂的多,它是多种基因表达失衡的结果.每种肿瘤的每个患病个体其肿瘤的发生和发展都具有自己一系列独特的基因表达谱,即使是同一肿瘤的不同个体之间,基因表达谱可能差异也很大.2.子宫颈癌、乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌这四种癌组织中具有相同表达行为的基因只有6个,它们是:AB023136(编码人类蛋白 KIAA0919)、AF080158(丝氨酸、苏氨酸K激酶基因)、S79522(蛋白质合成延长因子EF-1基因)、NM_000984(核糖体蛋白基因)、M32110(细胞增殖核抗原蛋白P120基因)、NM_000978(核糖体蛋白RPL23)基因,并且均下调表达.3. 子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌基因表达谱的一致性较高,而与乳腺癌基因表达谱的差异很大,说明3种内生殖器肿瘤发生的机理与乳腺癌的发病机理可能完全不同,有12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中上调表达而在乳腺癌中下调表达;同时另外12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中下调表达而在乳腺癌中上调表达.4.基因芯片是筛查妇科恶性肿瘤相关基因表达的有力工具.     

膀胱移行细胞癌免疫相关基因的研究

目的 探讨人膀胱移行细胞癌组织中免疫功能相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与免疫功能相关的差异表达的基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与免疫功能相关的基因有17个，明显上调基因8个，明显下调基因9个。结论膀胱肿瘤的发生、发展与多种免疫功能相关基因的异常表达有关。     

应用肿瘤基因芯片筛选早期肺鳞癌相关基因

目的： 研究人早期肺鳞癌发生相关基因表达谱, 探讨肺鳞癌发生的分子机制。方法:选取人早期肺鳞癌组织以及相应正常组织，提取RNA, 与含480个与肿瘤相关基因的芯片杂交, 结果经SuperArray Image 软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果:共筛查出差异表达基因192 条，其中表达上调基因127 条, 下调基因65条; 按照基因功能可分为运输载体、代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子基因。结论:基因芯片可用于早期肺鳞癌相关基因表达谱的筛查，可为明确早期肺鳞癌发生机制提供重要参考。     

卵巢良性肿瘤组织和卵巢上皮癌组织基因表达差异的研究

目的 探讨卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.方法 采用含384条肿瘤相关基因的cDNA阵谱检测了卵巢上皮癌组织及卵巢良性肿瘤的基因谱,分析卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.结果 在384条候选基因中,与卵巢癌相关的差异表达基因36条,其中23条表达上调,13条表达下调.结论 cDNA阵谱技术是筛查卵巢癌相关基因的有效方法.     

颞叶癫痫大鼠海马差异表达基因和蛋白质的筛选研究

目的：寻找颞叶癫痫大鼠海马组织的差异表达基因和蛋白质，以期为进一步探讨颞叶癫痫的发病机制，寻找新的治疗靶点和研发新的治疗手段奠定基础。方法:运用cDNA微阵列、二维电泳和MALDI-TOF-MS技术，分析氯化锂-匹罗卡品（LiCl-PILO）致痫大鼠模型海马组织的基因表达谱和蛋白质表达谱，并对发现的差异表达基因和差异表达蛋白质进行分析和鉴定结果和。结论：发现LiCl-PILO致痫大鼠海马组织中192个基因差异表达，159条可在GenBank中登陆，其中表达上调的基因84条，表达下调的基因75条；筛选到78个差异表达蛋白质斑点，其中31个在癫痫组表达下调，47个在癫痫组表达上调。有5个蛋白质最终鉴定确认。本研究结果为运用蛋白质组学方法寻找癫痫治疗新靶点研究提供实验依据。     

先兆子痫胎盘的基因表达谱研究

目的： 利用cDNA芯片分析先兆子痫胎盘中基因表达的变化情况,寻找新的先兆子痫相关基因。方法: 建立含12 000个与代谢、凋亡、细胞黏附、信号转导、转录因子等有关基因的cDNA表达谱芯片,将先兆子痫及正常胎盘mRNA与cDNA芯片进行杂交,得到先兆子痫的基因表达谱;对部分差异表达基因进行Northern验证。结果: 在4例先兆子痫胎盘组织中发现均有差异表达的基因44个,其中表达上调有30个,表达下调有14个,Northern杂交鉴定的结果与芯片结果相符合。结论: 重度妊娠高血压疾病的基因表达谱存在明显差异,差异的基因可能涉及信号转导、细胞代谢、炎性细胞因子等方面,这些基因可能与妊娠高血压病的发病相关。     

大鼠受损视神经去分化相关基因表达谱的变化及移植预变性腓总神经的作用

为检测受损视神经基因表达谱的变化以及移植预变性周围神经的调节作用,SD大鼠随机分为正常组、损伤组和神经移植组,术后7 d取眶内段视神经,用Aglient Oligo芯片检测其基因表达谱的变化,并用实时荧光定量PCR、免疫组织化学、Western Blot验证芯片检测结果。损伤组与正常组相比,1340条基因上调,940条基因下调;去分化相关基因如神经发育早期基因表达上调,转录、凋亡、增殖、生长、分化和细胞内信号转导类差异表达基因较多,基因差异表达的变化以有利于神经再生为主,但也存在显著抑制神经再生的差异表达变化。神经移植组与损伤组相比,106条基因上调,14条基因下调,部分差异表达基因与细胞去分化有关。总之,视神经损伤早期约1/10的基因差异表达,其中包含与神经胶质细胞去分化密切相关的基因;移植预变性周围神经可调控受损视神经中部分基因的表达,促使胶质细胞去分化趋势增强,有利于视神经再生。     

敲减PTGS2对皮肤成纤维细胞基因表达谱的作用

 目的 运用RNAi干扰正常皮肤成纤维细胞前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)基因的表达,应用基因芯片技术研究其对成纤维细胞全基因组表达谱的影响,在基因水平上探索防治瘢痕疙瘩的新途径。方法 对成纤维细胞PTGS2基因进行siRNA干扰,利用RealTime RT-PCR验证siRNA沉默效果;应用全基因组芯片检测基因表达谱变化。结果 成纤维细胞的PTGS2基因经siRNA干扰后,其mRNA表达水平明显下调;全基因组芯片表达谱检测到的差异表达基因,按1.5倍差异共189个（115个上调,74个下调）,按2倍差异共14个（9个上调,5个下调）;基因表达谱的变化与瘢痕疙瘩基因表达谱的变化相吻合,可能促使正常皮肤成纤维细胞向瘢痕疙瘩方向进展。结论 检测到与PTGS2基因相关的、在瘢痕疙瘩形成中可能共同发挥作用的相关基因,证明PTGS2与瘢痕疙瘩的发病机制有着密切的关系,为治疗瘢痕疙瘩提供了一个潜在的候选靶点。     

K562细胞VEGF基因表达下调后的基因表达谱改变

目的探讨血管内皮细胞生长因子（vascular endothelial growth factor，VEGF）基因VEGF表达下调对白血病K562细胞株基因表达谱的影响。方法采用脂质体介导的方法将抗VEGF发夹状核酶基因真核表达载体pcDNA-RZ转染白血病细胞株K562、G418抗性筛选获得阳性克隆；抽提基因组DNA，用PCR方法验证核酶基因已转入K562细胞；荧光定量PCR和免疫印迹反应检测白血病细胞中VEGF mRNA和蛋白表达量的改变；应用cDNA微阵列技术检测VEGF基因表达下调对白血病K562细胞株基因表达谱的影响。并用逆转录PCR验证PCNA、GSN基因的表达改变。结果抗VEGF发夹状核酶基因真核表达载体pcDNARZ转入白血病细胞株K562、G418筛选两周获得阳性克隆，PCR检测证实核酶基因整合入白血病细胞基因组DNA；与K562及K562／PC细胞（转染空质粒的K562细胞）相比，转染VEGF核酶基因的K562／RZ细胞VEGF mRNA和蛋白的表达量明显降低，芯片中共有表达差异的基因191条，包括周期相关基因、细胞凋亡相关基因、癌基因以及细胞信号和传递蛋白等基因，其中104条表达下调，87条表达上调。逆转录PCR证实GSN基因表达上调，PCNA基因表达下调。结论VEGF基因表达下调能引起白血病K562细胞株基因表达谱的改变，这些基因的改变可能对白血病细胞增殖、分化和凋亡等生物学行为产生了一定的影响。     

口腔鳞状细胞癌及癌旁正常组织基因表达谱芯片检测

背景：近年在整体水平上以高通量分子扫描手段为基础的基因组学、蛋白质组学以及计算机辅助设计等技术的整合及相互关联的“技术链”的应用已在乳腺癌、肺癌、胃癌、结肠癌、卵巢癌、黑色素瘤等的研究中取得了丰硕的成果,但关于口腔鳞状细胞癌的研究较少。 目的：实验通过基因表达谱芯片检测口腔鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织的基因表达谱。 方法：收集广东省口腔医院2013年手术切除的口腔鳞癌及癌旁正常组织各2例,采用Roche NimbleGen全基因组表达谱芯片进行口腔鳞癌及癌旁正常组织的基因表达谱检测。 结果与结论：按差异基因筛选标准,从32 448条检测基因中筛选出口腔鳞癌肿瘤组织的差异基因共有7 872条,占筛选基因总数的24%;其中上调表达的基因有3 800条,下调表达的有4 072条。结果证实,通过基因表达谱芯片检测并根据表达差异1倍以上的筛选标准得到了7 872个表达差异的基因。由此可见肿瘤的发生发展不是单个或几个基因的作用结果,以往实验往往针对某个或某几个基因的研究有很大的局限性。同时也说明了肿瘤的产生是多基因成网络相互调节作用的结果,而且这个网络的作用关系是非常复杂的。 中国组织工程研究杂志出版内容重点：肾移植;肝移植;移植;心脏移植;组织移植;皮肤移植;皮瓣移植;血管移植;器官移植;组织工程