DHRS4L1基因选择性剪接亚型的克隆及分析

目的 检测分析DHRS4基因簇新命名基因DHRS4L1的RNA选择性剪接亚型和转录特点,并预测其功能.方法 cDNA末端快速扩增克隆DHRS4L1转录本剪接亚型的全长序列,Jellyfish软件比对RNA亚型的外显子组成,RNAStructure和在线开放读码框预测其二级结构和蛋白编码功能,定量PCR检测DHRs4L1...     

人p100蛋白:可增强STAT6基因转录活性的新因子

目的：建立可稳定表达人类p100蛋白的细胞株，研究细胞内p100蛋白参与STAT6介导的基因转录调控的机制。方法：利用免疫共沉淀法检测蛋白与蛋白问结合，荧光素酶法测定STAT6基因转录活性。结果：p100既可与STAT6结合，亦可与RNA多聚酶Ⅱ结合，并能增强STAT6介导的基因转录活性。结论：p100蛋白是STAT6共激活因子，可桥连STAT6和基本转录调控元件，促进STAT6介导的基因转录活性。     

RNA结合蛋白作为氯福克酚药靶的机制初探

目的探索氯福克酚靶向RNA结合蛋白的抗胶质瘤机制。方法Biotin pull-down实验检测RNA结合蛋白N-ras上游蛋白(UNR)与靶基因Krüppel样因子13(KLF13)mRNA各片段的结合,以及氯福克酚对UNR与下游靶基因KLF13 mRNA片段结合能力的影响;氯福克酚靶点稳定性的药物亲和反应(DARTS)样品质谱检测结果与转录组芯片分析相结合,筛选其他RNA结合蛋白作用靶点,并对其他下游靶基因进行预测分析。结果氯福克酚可以增强UNR与KLF13 mRNA片段的结合;氯福克酚还可与其他RNA结合蛋白相互作用,参与mTOR信号通路以及由肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)激活的凋亡信号通路。结论氯福克酚可通过作用于RNA结合蛋白而起到抗胶质瘤的效果。     

K562细胞DHRS4 L1基因新选择性剪接亚型的克隆及二级结构预测

目的： K562细胞DHRS4L1[ dehydrogenase／reductase （ SDR family） member 4 like 1]的表达及其二级结构分析。方法以K562细胞cDNA为模板, PCR扩增DHRS4[ dehydrogenase／reductase （ SDR fami-ly） member 4]基因簇Ea2转录本。将PCR产物A-T克隆至pGEMT-Easy质粒,对质粒进行DNA Sanger测序。将测序所得序列用NCBI ORF finder分析是否存在编码区,用Clustal Omega分析RNA序列系统树,用RNAfold web server分析RNA最小自由能二级结构。结果用RT-PCR和Sanger测序方法发现, K562表达DHRS4L1 Ea2转录本,未检测到其表达DHRS4L2[dehydrogenase／reductase （SDR family） member 4 like 2] Ea1转录本。 K562表达的DHRS4L1 Ea2至少有8种选择性剪接亚型（ KU058702、 KU058703、 KU058704、KU058705、 KU058706、 KU058707、 KU058708、 KU058709）,其中6种为首次发现。 KU058702、 KU058703、KU058704、 KU058705和KU058707第二外显子受到多种形式的选择性剪接,恰好仅影响第2臂的二级结构,不影响其他臂的二级结构,提示这些不同亚型的二级结构有一定相似性,第二外显子所对应的二级结构臂可能在区分不同 DHRS4L1亚型功能中发挥关键作用。结论研究发现 K562细胞至少表达8种DHRS4L1选择性剪接亚型,为长链非编码RNA。其二级结构分析为后续研究DHRS4L1在白血病细胞中的潜在功能奠定基础。     

人VMAT_2基因RNA探针制备及其在COS-7细胞中的表达

本研究目的在于制备人 型囊泡单胺转运体 (VMAT2 )基因的反义和正义 RNA探针 ,以检测 VMAT2 基因能否在真核细胞表达。从携带 p GEM-Easy-T-VMAT2 克隆载体中通过限制性酶切反应得到 VMAT2 基因 ,与 p BK-RSV载体重组构建真核表达载体 p BK-RSV-VMAT2 ;分别以 T7和 T3聚合酶制备反义和正义探针 ,通过斑点杂交检测探针浓度。转染猴肾成纤维细胞COS-7,原位杂交及免疫荧光细胞化学检测 VMAT2 的表达。结果证明 ,反义和正义探针浓度分别为 80 ng/μl及 12 0 ng/μl;原位杂交及免疫组织化学证实重组的真核表达载体 p BK-RSV-VMAT2 在 COS-7的表达阳性率为 (10 .6± 1.2 ) %。本研究结果表明获得 VMAT2 基因反义链及正义链 RNA探针 ,并检测到 VMAT2 基因在真核细胞中表达     

正、反义β-1,4半乳糖基转移酶Ⅱ和Ⅴ地高辛标记RNA探针的制备和应用

目的　为了探讨 β1 ,4半乳糖基转移酶 Ⅱ和Ⅴ (β1 ,4 galactosyltransferaseI,β 1 ,4 GalT ⅡandⅤ )表达定位 ,本实验通过分子生物学手段 ,制备正、反义 β 1 ,4 GalT Ⅱ和Ⅴ地高辛标记的RNA原位杂交探针。 方法　设计引物 ,提取小鼠脑总RNA ,通过RT PCR方法 ,得到 β 1 ,4 GalT Ⅱ和Ⅴ基因序列 ,将其克隆到pGEM T载体。根据其多克隆酶切位点和Sp6及T7位置 ,分别酶切后作为转录模板 ,通过Sp6及T7RNA聚合酶 ,得到正、反义 β 1 ,4 GalT Ⅱ和Ⅴ地高辛标记的RNA原位杂交探针。检测标记探针的效价后 ,最后通过原位杂交分析标记探针的特异性和杂交效果。结果　本实验得到了高效价的正、反义 β 1 ,4 GalT Ⅱ和Ⅴ地高辛标记的RNA原位杂交探针 ,并表现出很好的杂交效果。结论　正、反义β 1 ,4 GalT Ⅱ和ⅤRNA原位杂交探针的制备 ,为进一步研究 β 1 ,4 GalT Ⅱ和Ⅴ在组织中的表达 ,尤其在神经组织的定位奠定基础     

个体性反义RNA对乳腺癌细胞突变p53基因表达的特异性封闭作用

目的研究针对p53基因突变的个体性反义RNA对乳腺癌突变p53基因的特异性封闭作用。方法通过免疫细胞化学LSAB法染色、聚合酶链反应-单链构象多态性分析及测序确定人乳腺癌细胞系MDA-MB-231中p53突变位点,构建针对该突变点的反义表达载体并制备其反义RNA。原位杂交技术检测反义RNA与细胞内突变p53基因的特异性结合;在阳离子脂质体介导下将反义RNA转染细胞;以免疫细胞化学LSAB法染色及细胞生长抑制率观测反义RNA作用时效;Western blot检测p53蛋白的表达;四甲基偶氮唑盐法检测转染细胞的生长活性;流式细胞术检测转染细胞的细胞周期分布;原位缺口末端标记法检测转染细胞的凋亡情况。结果人乳腺癌细胞系MDA—MB-231的p53第8外显子（exon8）有突变,据此位点构建反义表达载体[pGEM3zf（＋／-）p53exon8]。原位杂交结果显示反义RNA（ASp53exon8＇RNA）在细胞质内有阳性杂交信号;于转染后48h反义RNA封闭效果最显著,突变p53蛋白（mt-p53）的表达受抑制,细胞增殖能力下降,G2／M期阻滞。结论针对p53基因突变位点制备的个体性反义RNA可特异性封闭乳腺癌细胞突变p53基因的表达。     

长链非编码RNA在肺癌中的研究进展

长链非编码RNA（LncRNA）是一类转录本长度超过200nt的RNA,不编码蛋白,大多数位于细胞核,以RNA的形式在多层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。其广泛参与机体的生理和病理过程,在恶性肿瘤的发生和发展中起着重要作用。     

反义端粒酶RNA对SMMC7721细胞P16、P21表达的增强作用

目的 观察反义端粒酶RNA对SMMC7721细胞周期的影响,检测P16和P21的表达,探讨端粒酶与细胞期调控间的关系及反义端粒酶RNA在肝癌基因治疗中的意义。方法 经脂质体介导,将反义端粒RNA真核表达载体pBBS212－hTR导入SMMC7721细胞中。细胞克隆转移扩大培养后,采用流式细胞仪、TRAP－PCR－ELISA及免疫组化技术,结合图像分析,在检测SMMC7721／pBBS212－hTR细胞端粒酶活性的同时,检测P16和P21的表达。结果 与对照组相比较,反义端粒酶RNA在抑制SMMC7721／pBBS212－hTR细胞端粒酶活性的同时,检测P16和P21的表达。结果 与对照组相比较,反义端粒酶RNA在抑制SMMC7721细胞端粒酶活性的同时,P16和P21蛋白的表达水平显著增高。结论 转染反义端粒酶RNA在封闭细胞端粒活性表达的同时,伴发P21与P16表达水平的升高。本实验研究为探讨肝癌发病机制及治疗提供了一定的依据。     

神经母细胞瘤SK-N-SH细胞内DHRS4L2基因一种新选择性剪接亚型S4的克隆和亚细胞定位

目的 神经母细胞瘤SK-N-SH细胞系脱氢酶/还原酶(SDR家族)成员4类2[dehydrogenase/reductase(SDR family)member 4 like 2,DHRS4L2]基因的一种新的选择性剪接亚型克隆、生物信息学分析及其亚细胞定位.方法 以SK-N-SH细胞cDNA为模板,PCR扩增DHRS4基因簇Ea1转录本.将PCR产物A-T克隆至pGEMT-Easy质粒,对质粒进行DNA Sanger测序.将测序所得序列用NCBI ORF finder分析其编码区,用Motif Scan分析预测蛋白氨基酸序列.用Clustal Omega进行蛋白序列比对分析.将新亚型完整编码框cDNA以及删除偶核定位信号的编码框分别插入pEGFP-C1质粒,所得质粒和空质粒分别转染SK-N-SH细胞,在荧光显微镜下观察转染表达蛋白亚细胞定位.结果 用RT-PCR和Sanger测序方法发现,SK-N-SH表达DHRS4L2 Ea1转录本,未检测到其表达脱氢酶/还原酶(SDR家族)成员4类1[dehydrogenase/reductase(SDR family)member 4 like 1,DHRS4L1]的Ea2转录本.DHRS4L2 Ea1表达一个新的选择性剪接亚型DHRS4L2-S4(KU141377),由AY616183基础上在Ea1与E2外显子之间插入新外显子Ej形成,外显子Ej含有新亚型翻译起始密码子ATG.转录本KU141377预测蛋白羧基端具有偶核定位信号(bipartite nuclear localization signal,NLS),提示其可能定位于细胞核.绿色荧光蛋白融合蛋白实验显示,在SK-N-SH细胞该蛋白定位于细胞核.该蛋白还含有一个甘氨酸密集区(glycine-rich region)和阿片样生长因子受体重复(opioid growth factor receptor repeat)序列.结论 研究发现SK-N-SH细胞表达的一种DHRS4L2新选择性剪接亚型KU141377,其预测编码蛋白含有细胞偶核定位信号,融合荧光蛋白实验显示该新亚型定位于细胞核,这为后续研究DHRS4L2在神经母细胞瘤中的潜在功能奠定基础.