细菌16SrDNA聚合酶链反应用于败血症诊断的临床研究

目的 :建立用细菌 16SrDNA高度保守区引物聚合酶链反应 (PCR)扩增检测败血症病原菌的方法 ,并与血培养比较在败血症诊断中的价值。方法 :选用病原菌所共有的 16SrDNA基因保守区的一对寡核苷酸序列 91E和 13B为引物 ,对 10 1例疑为败血症的患者和 2 5例同期我院门诊健康查体者的血标本进行PCR检测分析。结果 :10 1例疑败血症的血标本中 ,PCR阳性结果 5 0例 ,阳性率为 4 9 5 % ,血培养阳性结果 2 2例 ,阳性率为 2 1 8% ,经 χ2 检验 ,PCR阳性率显著高于后者 (P <0 0 5 )。 2 5例阴性对照组DNA的PCR分析均为阴性 ,特异性为 10 0 % ;对血培养阳性的 2 2例进行PCR分析 ,结果阳性 2 1例 ,以血培养作为确诊标准 ,PCR的敏感性为 95 5 % ,且检测不受抗生素治疗的影响。结论 :在严格控制污染的条件下 ,细菌 16SrDNA高度保守区PCR具有高度的敏感性和特异性 ,该技术能为败血症提供可靠的病原菌诊断依据     

细菌16SrDNA基因PCR检测在败血症诊断的临床研究

目的建立细菌16SrDNA基因半巢式PCR检测方法,并与血培养方法比较,评估其在临床败血症的诊断价值。方法针对16SrDNA高度保守区设计半巢式PCR引物,并对92例临床疑为败血症的患者血标本同时进行血培养和16SrDNA基因检测。结果 92例疑为败血症患者16SrDNA基因检测阳性45例,阳性率为48.9%;血培养检测阳性标本24例,阳性率为26.1%。经χ2检验,PCR检测的灵敏性明显高于血培养（P〈0.05）。结论半巢式PCR方法检测细菌16SrDNA基因具有高敏感、高特异及快速的优点,是一种易于推广的早期败血病诊断方法。     

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16S rDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株,通过PCR扩增16S rDNA v3-v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB 2.0数据库上已知细菌的16S rDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3-v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16S rDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16S rDNA v3-v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16S rDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16S rDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。     

16SrRNA基因检测在临床细菌学鉴定中的应用

传统的细菌鉴定方法,尽管特异性高,但耗时长、阳性率低,很难满足现代医学发展的需要。而以基因扩增为主的分子生物学方法,不仅能快速、准确检测病原菌,而且在发现新的菌种方面也同样具有非常重要的作用。     

16SrRNA序列分析技术对临床标本中疑难细菌的鉴定

目的：应用16S rRNA序列分析技术鉴定临床少见或疑难细菌,提高细菌鉴定的准确性。方法收集临床少见或疑难细菌44株,提取DNA,采用通用引物进行PCR扩增及目的片段基因测序,并将测序结果在核酸数据库中比对分析以确定菌种。结果44株临床少见或疑难细菌均扩增到16S rRNA目的基因片段并成功测序,40株(90．9%)鉴定到“种”,4株(9．1%)鉴定到“属”;其中常规方法与测序方法在“属”水平一致的有34株(77．3%),不一致的有10株(22．7%)。结论16S rRNA序列分析技术可以准确、快速地鉴定临床少见或疑难细菌,可以作为临床细菌鉴定的重要方法之一。     

16SrDNA测序在细菌性重症肺炎痰液致病菌分析中的应用

目的 采用16S rDNA测序,分析重症肺炎痰液中致病菌构成,探索病原学诊断的新方法.方法 收集细菌性重症肺炎患者的痰液标本,运用聚合酶链反应（PCR）扩增及高通量测序技术,对标本中病原菌16SrDNA V3～V5区进行多样性分析.结果 测序显示痰液样本含有的物种种类相对较多,还存在较多未被测序检测到的物种,优势菌属主要为链球菌属、变性菌属、不动杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、普氏菌属、克雷伯菌属、假单胞菌属、水杆菌属、棒状杆菌属等.结论 细菌性重症肺炎痰液致病菌种复杂多样,物种丰富,16S-rDNA测序是临床实践中一种新的尝试.     

细菌16S rRNA基因芯片的构建及其在细菌鉴定中的应用

目的:构建细菌16S rRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测.方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片.利用所构建的芯片检测相应细菌,并观察其特异性及敏感性.结果:成功构建了相应的基因芯片;所构建的基因芯片能准确检出相应细菌,无交叉阳性现象,检测时间约需6 h;所构建的基因芯片能检测出DNA含量为15 fg的大肠埃希菌基因组DNA.结论:细菌16S rRNA基因芯片可用于细菌的检测,具有良好的特异性及敏感性,且耗时少.     

基于16S rRNA序列鉴定临床不常见细菌

目的以16S rRNA基因为靶序列,建立核糖体测序方法鉴定临床不常见细菌。方法利用通用引物聚合酶链反应(PCR)扩增细菌16S rRNA基因,对PCR产物进行测序,在GenBank中对测序结果进行Blastn分析。结果10株临床常见细菌测序结果与表型鉴定符合,检测出4株临床不常见细菌。结论 16S rRNA基因测序可以作为鉴定临床不常见细菌的重要方法之一。     

药敏试验结果在细菌鉴定中的应用

随着对细菌耐药性研究的不断进展，抗菌药物敏感试验结果与细菌种类之间的关系亦越来越密切。通过一些药敏试验结果可以修正或者确认某些菌种；同样，利用已知的菌株鉴定亦可以推测所试菌株的抗生素敏感表型，现总结如下。     

16S rRNA基因序列鉴定标本中病原细菌的方法学研究

目的研究16S rRNA基因序列鉴定标本中病原微生物的关键技术,评价序列分析技术作为病原微生物检测方法的可行性和实用件。方法对117份不同来源的临床标本分别采用形态学、细菌培养、16S rRNA基因扩增与测序分析,比较不同方法对病原菌检出的灵敏度与特异性。分子技术通过改良的微量核酸提取方法,扩增16S rRNA基因两个区域（BSF8-BSR534和BAK11 w-BAK2）。结果细菌培养和PCR检测的阳性率分别是49％（57／117）和72％（84／117）,63％（53／84）的PCR产物通过直接测序鉴定到种;60例（52％）培养阴性标本中有7例（12％）经序列分析再次鉴定出病原菌;形态学检查阳性率为64％（75／117）,与PCR结果接近,两者结合可提供推测性报告。第1对引物（扩增区：BSF8-BSR534）较适合革兰阳性细菌分类,第2对引物（扩增区：BAK11w-BAK2）对临床常见病原菌均可获得理想的序列。结论改进核酸提取技术、筛选恰当的引物、优化基因扩增和测序流程,通过16S rRNA基因序列直接鉴定标本中病原微生物有着广阔的应用前景。     

Identification of Streptococcus species and Haemophilus influenzae by direct sequencing of PCR products from 16S-23SrDNA intergenic spacer regions

目的：利用16S-23SrRNA间区的特征建立一种简单、快速的细菌分类方法。方法：以化脓性链球菌16SrRNA的3'端和23SrRNA的5'端的保守区中合成3对引物,PCR扩增16S-23SrDNAISRs,纯化后直接测序,在GenBank上查找对应细菌的ISRs序列。用DNAMAN软件进行系统进货分析。结果：链球菌属为单拷贝16S-23SrRNAISRs片段,编码1个tRNA^Ala基因。流感嗜血杆菌各生物型出现2个大小相似的ISRs片段。与GenBank上的资料比较,7株链球菌归属5个种,流感嗜血杆菌均为b型。结论：ISRs作为细菌分类新的目标基因具有属、种、型和株特异性与灵敏性。     

16S rRNA基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究

目的建立以16S rRNA基因序列分析为基础的细菌鉴定方法,并初步将其应用于临床常规细菌的鉴定。方法选择临床微生物实验室不能准确鉴定的细菌,以16S rRNA为靶序列,在两端保守区设计引物,PCR反应扩增目的片段,测序后与数据库中已知细菌的16S rRNA序列进行序列比对。结果 13株菌中,有11株与数据库中的已知16S rRNA序列相似性达99.0%以上,成功鉴定到种的水平。结论 16S rRNA基因序列分析的方法可快速、准确地鉴定不典型菌株,可作为细菌常规鉴定的补充方法。     

Application of ion chromatography to identification of anaerobic bacteria

The fatty acids of anaerobic bacteria were detected by ion chromatography (IC). The results showed that 11 kinds of standard fatty acids could be analyzed within 15 min, and just needed 1 injection sample. The fatty acids patterns of 40 strains of anaerobic bacteria detected by IC were essentially the same as that by gas chromatography (GC) reported by VPI. In comparison with GC, IC has further advantages: pretreatment is simpler, both volatile and non-volatile fatty acids can be analyzed at the same time, and formic and lactic acid can be well analyzed.