结核分枝杆菌耐利福平和异烟肼相关基因快速检测的应用研究

目的 利用DNA芯片检测技术直接检测痰标本中结核分枝杆菌耐利福平(RFP)、异烟肼(INH)相关的耐药基因(rpoB、katG/inhA),评价DNA芯片检测技术临床应用的可行性.方法 对586份涂阳痰标本使用L-J培养并用终点法确定其耐药性,同时利用DNA芯片检测技术检测痰标觋本中结核分枝杆菌的rpoB、katG/inhA常见基因突变位点的突变情况,比对两种方法的检测结果,对不符合的菌株测定其相应DNA序列,评估上述试验的准确性.结果 (1)586份涂阳痰标本,其中3(+)163份、2(+)204份、1(+)217份,培养阳性584份.耐药结果显示,对INH、RFP敏感的菌株分别为361株和327株,耐药菌株分别为223株和247株,其中低浓度耐药、高浓度敏感菌株分别为93株和59株,低浓度、高浓度均耐药菌株分别为130株和188株.(2)耐药基因特异性片段扩增阳性标本367份(62.8%)、阴性217份(37.2%).对INH耐药相关基因(katG/inhA)突变检出率是28.4%,突发发生位点集中在katG315位密码子(89.8%);对RFP耐药相关基因(rpoB)突变检出率是55.9%(137/247),突变发生位点主要在rpoB 531和rpoB 526位密码子,发生率分别是68.6%和16.1%.(3)对L-J药敏结果与DNA芯片检测结果不符的菌株进行DNA序列分析,发现有漏检现象.结论 DNA芯片技术直接检测样本中结核分枝杆菌的相关耐药基因存在可行性,如直接应用于临床样本检测,关键要解决样本中DNA的提取效率、PCR的扩增效率和试验的质量控制.     

用DNA芯片快速检测结核分枝杆菌对异烟肼的耐药性

本研究采取的方法是针对耐药性基因突变情况设计相应的探针 ,然后将合成好的寡核苷酸探针点阵 ,并固定于玻璃片表面制作DNA芯片 ,通过杂交的方法对结核分枝杆菌(TB)异烟肼耐药性进行检测。报告如下。一、材料与方法1 TB菌株均由上海市肺科医院提供 ,4 0株耐异烟肼菌株 ,5株异烟肼敏感株 ,1株标准株 (敏感株H3 7RV) ,均已通过常规的耐药性检测。2 DNA制备 :采用本实验室自制的标本前处理试剂盒提取DNA。3 探针及引物设计 :TB基因组中与耐异烟肼有关的基因主要有katG结构基因、inhA调节区域、ahpC调节区域 ,分别根据genebank中每个…     

RIFO杂交和限制性片段长度多态性检测耐利福平和异烟肼的结核分枝杆菌

目的评价利福平寡核苷酸探针杂交技术（RIFO杂交）和PCR-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）在结核分枝杆菌（MTB）耐利福平（RIF）和异烟肼（INH）快速检测中的应用价值。方法选取121株北京地区MTB菌株，分别采用RIFO杂交技术和PCR—RFLP检测RIF耐药相关基因rpoB核心区和INH耐药相关基因katG315位点突变，并对所有菌株的rpoB基因核心区进行测序验证。结果RIFO杂交检测发现，91，5％（65／71）的RIF耐药株和92．9％（52／56）的耐多药菌株（至少对RIF和INH耐药）存在rpoB基因核心区突变，而RIF敏感株中未发现突变；RIFO杂交与测序结果完全一致，测序结果中有突变的位点在RIFO杂交中均有相应的野生型杂交信号缺失；PCR-RFLP结果显示，INH耐药株中katG315突变率为60.6％（40／66）。结论rpoB基因核心区可作为RIF耐药检测的分子标志及耐多药的筛选指标；RIFO杂交技术是检测MTB耐RIF的快速、准确的实验方法，具有推广及潜在的临床应用价值；PCR—RFLP可检测出大部分INH耐药株，可作为临床INH耐药性检测的辅助手段。     

聚合酶链反应-测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌KatG基因突变的研究

目的 应用PCR-DNA测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌分离株KatG基因突变,评价其在检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性方面的应用价值.方法 47株耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株及30株结核分枝杆菌敏感分离株用PCR-DNA测序技术检测KatG基因突变.结果 47株耐异烟肼结核分枝杆菌分离株中,有31株KatG基因检出有突变,突变检出率为66.0%(31/47);30株结核分枝杆菌敏感株检出1株KatG基因突变.结论 PCR-DNA测序技术方法敏感、准确、特异,可快速检测结核分枝杆菌KatG耐药基因突变,有利于耐异烟肼结核分枝杆菌耐药性的快速检测.     

聚合酶链反应-测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌KatG基因突变的研究

目的应用PCR-DNA测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌分离株KatG基因突变,评价其在检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性方面的应用价值。方法47株耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株及30株结核分枝杆菌敏感分离株用PCR-DNA测序技术检测KatG基因突变。结果47株耐异烟肼结核分枝杆菌分离株中,有31株KatG基因检出有突变,突变检出率为66.0%(31/47);30株结核分枝杆菌敏感株检出1株KatG基因突变。结论PCR-DNA测序技术方法敏感、准确、特异,可快速检测结核分枝杆菌KatG耐药基因突变,有利于耐异烟肼结核分枝杆菌耐药性的快速检测。     

结核分枝杆菌耐异烟肼诊断试验的系统评价

目的评价9种检测结核分枝杆菌耐异烟肼诊断试验方法的准确性。方法计算机检索PubMed、EMbase等数据库和手工检索相关期刊，全面收集结核分枝杆菌耐异烟肼诊断试验的研究，依据QUADAS评价纳入诊断试验的质量，并对结果进行Meta分析。结果最终纳入12个研究。Meta分析结果显示：硝酸盐还原法与比例法相比，以及BACTECMGIT960与BACTEC460TB相比，其敏感度、特异度、阳性似然比、阴性似然比及SROC曲线下面积分别为92％、99％、31．84、0．12、0．9836和98．5％、96％、13．66、0．035、0．9871；其余检测方法，如MODS、MB／BacT、MYDBA和TTC亦显示了较好的敏感度和特异度。结论硝酸盐还原检测法可代替比例法作为结核分枝杆菌耐异烟肼的筛查试验。BACTEC MGIT 960可代替BACTEC460检测系统作为结核分枝杆菌耐异烟肼的确诊试验。     

噬菌体生物扩增法直接检测痰标本中结核分枝杆菌异烟肼耐药性的研究

目的利用噬菌体生物扩增法(PhaB法)直接检测痰结核分枝杆菌(MTB)对异烟肼的耐药性,以建立一种特异性强,敏感性高的MTB药敏试验方法。方法选取临床上初步诊断为耐药肺结核的40例患者痰标本,使用PhaB法直接检测痰MTB对异烟肼的耐药性,同时用绝对浓度法检测异烟肼的耐药性,将两者结果进行比较。结果 40例患者痰标本PhaB法与绝对浓度法异烟肼耐药性检测结果均阳性22例,均阴性11例,两法不相符7例。以绝对浓度法检测结果为判断标准,则PhaB法异烟肼耐药性检测的敏感性、特异性、准确性分别是78.57%(22/28)、91.67%(11/12)、82.50%(33/40);Kappa检验,k=0.63 P=0.00<0.05。结论 PhaB法直接检测痰MTB对异烟肼的耐药性简便快速,具有较高的敏感性、特异性和准确性,且与绝对浓度法有较好的一致性。     

耐多药结核分枝杆菌KatG及rpoB基因变异的研究

目的用聚合酶链反应（PCR）一直接测序法检测肺结核患者临床痰分离株结核分枝杆菌KatG及rpoB基因突变：了解耐药分子机制及探索痰标本结核分枝杆菌耐异烟肼（INH）、利福平（RFP）直接检测的可行性。方法对47例耐INH、RFP的结核分枝杆菌临床痰分离株行PCR一直接测序法检测KatG及rpoB基因突变。结果47例耐INH、RFP分离株结核分枝杆菌KatG及rpoB基因突变阳性分别为29／47（61．7％）、43／47（91．5％），两者同时突变26例（55．3％）。结论PCR一直接测序法敏感、特异，可快速检测结核分枝杆菌KatG及rpoB基因突变，适合于临床肺结核患者痰标本耐药性的快速检测。     

结核分枝杆菌异烟肼耐药基因突变与其他抗结核药物耐药的相关性

目的 探讨不同抗结核药物对结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因突变的影响,以进一步准确理解结核分枝杆菌异烟肼耐药的分子机制。方法 在广州地区分枝杆菌菌株库中选择异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、克拉霉素、左氧氟沙星、莫西沙星、利福布丁、丙硫异烟胺和对氨基水杨酸等11种抗结核药物的药敏性试验临床测定结果明确的结核分枝杆菌分离株进行katG、mabA-inhA、oxy RahpC、kasA和ndh基因测序,以结核分枝杆菌H37Rv标准序列为参照进行基因突变分析,应用卡方检验对比分析H^-(R/F/O)^-与H^-(R/F/O)⁺、H⁺R^-与H⁺R⁺、H⁺F^-与H⁺F⁺和H⁺O^-与H⁺O⁺几大菌群之间5种基因突变发生总频率的差异(其中R、H、F、O...     

结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药基因突变快速检测方法的建立

目的建立结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药基因突变的快速检测方法。方法根据结核分枝杆菌标准株H37Rv序列，自行设计覆盖rpoB、katG、inhA基因突变区的系列寡核苷酸探针，并检测临床样品中结核分枝杆菌的基因突变情况，以此来判断耐药结果。结果在56个利福平耐药菌株中，有50个菌株都在rpoB基因上榆出有突变，利福平耐药突变检出率为89．3％（50／56）；有30个利福平敏感菌株rpoB基因上都未检出突变。有58个异烟肼培养的耐药菌株中有47个在katG或inhA基因上检出有突变，异烟肼耐药突变检出率为81．0％（47／58）；有30个异烟肼敏感菌株katG或inhA基因上未检出突变。结论用膜芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性，具有较高的特异性和敏感性，可用于临床结核分枝杆菌耐药性的检测。     

结核分枝杆菌katG、inhA、ahpC等突变与异烟肼耐药关系的研究

目的：了解结核分枝杆菌katG、inhA、ahpC、fabG1、sodA及sodC基因突变的特征及其与耐异烟肼的关系。方法对127例活动性肺结核患者痰标本进行菌型鉴定及结核分枝杆菌药敏试验,提取结核分枝杆菌菌株DNA,应用PCR扩增katG、inhA及ahpC、fabG1、sodA及sodC基因片段,并进行DNA序列分析。结果结核分枝杆菌药物敏感试验显示127株结核分枝杆菌中,其中47株耐异烟肼,80株对异烟肼敏感,耐异烟肼率为37.01%。47株耐异烟肼中,29株存在katG和（或）inhA基因突变,其中22株（46.81%,22/47）存在katG基因单位点突变,3株（6.38%,3/47）存在inhA基因单位点突变,4株（8.51%,4/47）存在katG及inhA基因联合位点突变。22株katG基因单位点突变中,20株为AGC315ACC、AGC315AAC （42.55%,20/47）突变,2株（2.13%,1/47）分别为CTG378CCG（Leu378Pro）、ACG394ATG（Thr394Met）突变,该突变位点及突变形式尚未见文献报道。18株katG及inhA未突变结核分枝杆菌均未检测到ahpC、fabG1、sodA及sodC基因突变。结论结核分枝杆菌对异烟肼耐药主要与katG和inhA基因突变有关。耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株378和394新突变位点的发现为进一步研究耐药机制以及耐药结核病的快速检测提供了依据。     

基因芯片技术检测结核分支杆菌耐利福平基因突变的研究

目的建立基因芯片检测结核分支杆菌耐利福平基因突变，结合基因测序和常规药物敏感性试验进行比较，探讨其实用价值。方法根据结核菌rpoβ基因突变特点，设计不同的寡核苷酸探针，点样制备可检测rpoβ基因突变的芯片，检测利福平（Rifompicin，RFP）株的rpoβ变异情况。结果137株临床分离结核菌，49株耐RFP，占35．8％，平均MIC为179．6&#177;135．0ug／mL。Rpop突变率为95．7％（47／49），主要为点突变。突变点依次为531 Ser（TCG）→Leu（TTG）（40．8％）、531 Ser（TCG）→Trp（TGG）（12．2％）、526 His（CAC）→Tyr（TAC）（6．1％）、526His（CAC）→Asp（GAC）（6．1％）。526 His（CAC）→Asn（AAC）（6．1％）、526 His（CAC）→Pro（CCC）（8．2％）、516Asp（GAC）→Val（GTC）（12．2％）、533 Leu（CTG）→Arg（CGG）（4．1％）和513 GIn（CAA）→Pro（CCA）（2．1％）。结论本研究建立的检测结核菌rpoβ基因突变的基因芯片技术敏感性高，特异性强，可应用于结核菌耐RFP基因的检测。     

应用等位基因多重聚合酶链反应检测结核分枝杆菌katG基因315位点突变

目的 建立等位基因特异性多重聚合酶链反应（MAS-PCR）方法，检测katG基因315位点的突变。方法 根据结核分枝杆菌的katG序列，分别设计出3条特异性寡聚核苷酸引物，采用MAS-PCR技术，检测katG基因315位点的突变以间接判断对异烟肼的耐药性。同时与常用的RFLP方法进行比较。结果 对临床分离异烟肼敏感株（30株）及异烟肼耐药株（54株）分别采用MAS-PCR和PCR．RFLP方法同时进行扩增，敏感株均未见有突变。MAS-PCR对耐药株的检出率为88．9％（48／54）。对于RFLP方法无法检出的S315N类型的突变亦能检出。结论 MAS-PCR方法有较高的敏感性及特异性，快速、经济、操作简便。     

katG基因二个不同区域基因变异与结核分枝杆菌异烟肼耐药的相关性研究

目的 分析结核分枝杆菌katG基因2个不同区域的基因变异,并确定与INH耐药的相关性.方法 从痰液分离并鉴定结核分枝杆菌耐INH菌株53株,用PCR扩增katG基因的2个区域:区域1为第1位密码子至150位密码子,区域2为第227位密码子至470位密码子,并分别测序.结果 3株对INH耐药但2个区域都不发生突变.14株区域1存在突变,其中5株只在区域1存在突变,5株在区域1出现缺失突变,并呈现高度耐药.点突变是区域2的主要特点,特别是S315位密码子,60.4%(32/53)S315发生突变,最常见的是S315N(AGC→AAC)(18株);katG S315在高度INH耐药和低度INH耐药的结核分枝杆菌中突变率分别是84.4%(27/32)、15.6%(5/32),两组间差异有统计学意义(x2=30.25,P＜0.01).27株S315突变呈高度耐药,占S315突变菌株总数的84.4%,其余18株至少有一个非S315点突变的耐药株中高度耐药只有5株,占27.7%,两组间差异有统计学意义(x2=16.02,P＜0.01).对INH耐药的结核分枝杆菌区域2的突变发生率为84.9%.5株只在区域1存在突变,通过检测基因突变诊断INH耐药的检出率上升至94.3%.结论 S315突变发生率最高,突变类型和位置与耐药程度密切相关,分析区域1能使检出率提高9.4%.

Abstract：

Objective To analyze and compare the mutations in two different regions of the katG gene and study the relevance of Mycobacterium tuberculosis isoniazid-resistance and mutations in two different regions of the katG gene. Methods Fifty-three INH-resistant Mycobacterium tuberculosis strains isolated in cultures of sputum samples obtained from Zhejiang province were analyzed. PCR was used to amplify two regions of the katG gene (GenBank accession no. U06258) region 1 (from codon 1 to codon 150) and region 2 ( from codon 227 to codon 470) which were then sequenced in order to identify mutations. Results Three strains resistant to INH did not contain mutations in either region. Fourteen strains carried mutations in region 1. Among them 5 strains barbered deletions, and showed high-level resistance to isoniazid. Five strains had mutations only in region 1. Region 2 carried multiple point mutations, especially at codon 315, and there were S315 N ( AGC→AAC ) substitution in 18 of those cases. The frequency of mutations in the katG S315 of high-level INH-resistance isolates ( 84. 4%, 27/32) was significantly higher than those of low-level INH-resistance isolates( 15.6%, 5/32 ), there was statistically significant difference (x2 = 30. 25, P ＜ 0. 01 ).katG S315 mutations in high-level INH-resistance frequency (84. 4%, 27/32) was significantly higher than the other mutations of katG gene of high-level INH-resistance frequency (27. 7%, 5/18 ), there was significant difference (x2 = 16.02, P ＜ 0. 01 ). The analysis of region 2 allowed INH resistance to be diagnosed in 84. 9% of the strains. Five strains had mutations only in region 1 ,which allowed the proportion of INH-resistant strains identified to be increased to 94. 3%. Conclusions The number of mutations at codon 315 was high. Mutation type and location closely related with drug resistance and the analysis of region 1 resulted in a 9. 4% increase in the rate at which mutations were identified.     

等位基因特异性PCR法快速检测结核分枝杆菌常见耐药突变基因

摘要：目的：建立一套同步检测结核分枝杆菌(MTB)常见耐药突变基因的等位基因特异性PCR（AS-PCR）检测体系,以间接判断对利福平（RFP）与异烟肼（INH）的耐药性。 方法：用AS-PCR技术同步检测58株MTB临床分离株rpoB基因516位、526位和531位,katG基因315位及inhA基因-15位密码子突变,并与DNA测序结果进行比对。 结果：AS-PCR法对RFP耐药株检出率为95.1%（39/41）,其中rpoB基因531位、526位、516位点突变分别检出28株、10株、2株,包括531位与526位联合点突变1株;未检出突变的2株RFP耐药株经测序验证1株未发生突变、1株发生533位点突变;RFP敏感株均未检测到突变。AS-PCR法对INH耐药株检出率为86.5%（45/52）,其中katG基因315位点突变43株、inhA基因-15位点突变2株,未检出突变的7株INH耐药株经测序验证未见突变;INH敏感株均未检测到突变。 结论：等位基因特异性PCR能够快速检测MTB常见突变基因,具有较高的敏感性与特异性,快速经济、操作简便。     

应用聚合酶链反应-寡核苷酸探针快速检测结核菌耐药基因突变

目的应用聚合酶链反应(PCR)-寡核苷酸探针快速检测结核菌耐药基因突变，建立一种新的分子药敏试验方法。方法以传统药敏试验、PCR-单链构象多态性和PCR-直接测序方法为对照，对利福平、链霉素(SM)和乙胺丁醇耐药的结核菌基因rpoB、rpsL、ITS和embB的寡核苷酸探针，通过反向斑点杂交检测78株结核菌临床分离株PCR产物。结果18株结核菌药物敏感株的4种耐药基因均为野生型。60株结核菌耐药分离株中，59株为耐RFP株，rpoB基因突变率为93．2％，最常见的突变位点为531位和526位密码子，33株为耐SM株，rpsL基因突变率为75．8％，均为43位密码子AAD AGG突变，ITS基因突变率为9．1％，均为513位A→C突变，rpsL和ITS基因总突变率为84．8％；43株为耐EMB株，embB基因突变率为58．1％，均为306位密码子突变。结论应用PCR一寡核苷酸探针反向斑点杂交技术可简便、快速、准确地分析大多数结核菌耐药基因突变，检测其耐药性。     

耐异烟肼结核杆菌KatG463condon点突变的分子信标快速检测

目的应用分子信标探针检测结核杆菌耐异烟肼kat G463condon点突变,并与测序结果比较以验证该检测方法。方法运用软件对Beacondesigner设计,katG基因包含463condon的分子信标,建立其扩增体系及分子信标芯片检测方法;对扩增产物测序并作比较。结果通过CDC相机观测到结核标准株及耐异烟肼PCR产物与分子信标杂交后荧光信号区别明显;16株耐异烟肼组与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,耐异烟肼组463condon突变检出率为37％,分子信标检测方法与测序法符合率达93％。结论分子信标技术是一种具有高灵敏核酸点突变检测技术;分子信标芯片检测方法与测序法符合率较好。     

基因芯片技术在结核分支杆菌耐药突变基因检测中的应用

目的通过基因芯片检测系统，快速检测临床样品中结核分支杆菌耐药突变情况。方法根据结核分支杆菌标准株H37Rv序列，设计了覆盖rpoB、katG，inhA基因突变区的系列寡核苷酸探针，制作膜芯片，检测临床样品中结核分支杆菌基因突变情况，以此判断耐药结果。结果在305例临床病例中，共检出阳性病例125例，其中阳性敏感病例64例，阳性突变病例61例，阳性率为40．98％，在125例阳性样品中，共发现有8种突变类型，其中10例531L，占7．94％，19例315M，占阳性样品中总数的15．08％。结论PCR与膜芯片杂交技术可临床检测结核分支杆菌对利福平和异烟肼的耐药性，并具有快速、简便、敏感的特点。     

耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因突变特征分析

目的了解中国耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因的分子特征。方法对138株耐多药结核分枝杆菌和45株敏感菌的耐药相关基因inhA、katG和oxyR-ahpC间隔区(异烟肼)、rpob(利福平)、gyrA(氧氟沙星)和rrs(卡那霉素)进行序列测定,分析其基因突变特点。结果 138株耐多药结核分枝杆菌中,14.4%的菌株inhA基因发生突变,72.5%菌株的katG基因发生突变,15.9%菌株的oxyR-ahpC基因发生突变,同时考虑这3种基因,异烟肼耐药相关基因突变检出率可达90.6%;94.2%菌株的rpoB基因发生突变,74.5%菌株的gyrA基因发生突变,61.1%菌株的rrs基因发生突变,主要的突变位点为katG315(66.7%),inhA-15(9.4%),oxyR-ahpC-10(5.1%),rpoB516(13.8%),526(26.1%)和531(49.3%),gyrA90(21.6%)和94(51%),rrs1401(61.1%)。结论我国耐多药结核菌异烟肼、利福平、氧氟沙星和卡那霉素耐药相关基因最常见突变为katG315、inhA-15,rpoB531、526和516,gyrA94和90,rrs1401。