结核分枝杆菌rpoB基因突变的测序研究

目的　了解南通地区耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变特征。 方法　对 36株临床分离菌株rpoB基因 5 0 2～ 5 33位点进行序列测定。结果　耐利福平 (RFP)分离株 93 3% (2 8/30 )存在rpoB基因突变 ,5 31位突变率 5 3 3% (16 /30 ) ,5 2 6位2 3 3% (7/30 ) ,5 16位 6 7% (2 /30 ) ,联合突变 3 3% (1/30 ) ,敏感菌株均无突变。结论　rpoB基因突变与利福平耐药密切相关 ,以 5 31位突变为主。     

DNA芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变

目的建立快速检测结核分枝杆菌利福平（RFP）耐药rpoB基因突变的DNA芯片。方法从34株临床痰样本中提取结核分枝杆菌的基因组DNA,采用聚合酶链反应（PCR）扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段,荧光标记后与芯片上含有特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交,同时与DNA测序法比较。结果用DNA芯片检测出19株耐药株和15株敏感株,且结果与DNA测序相同,准确率可达88．2％,敏感性为78．9％,特异性为100．0％。结论DNA芯片快速检测结核分枝杆菌对RFP的耐药rpoB基因突变是一种操作简便、准确性、敏感性和特异性较高,且易于开展的方法。     

DNA芯片快速检测耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变

目的 开发快速检测耐利福平结核分枝杆菌(结核菌)rpoB基因突变的DNA芯片。方法 根据结核菌rpoB基因序列设计探针并制作基因芯片，从临床样品中分离出结核菌的基因组DNA，PCR扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段，荧光标记后与芯片上含有的检测特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交，同时与DNA直接测序法测定序列比较。结果 35株耐利福平结核菌中有91．4％(32／35)用直接测序法检测出存在rpoB基因突变，DNA芯片的检测效率为71．4％(25／35)。结论 用DNA芯片检测结核菌对利福平的耐药性具有较高的特异性和敏感性，可用于临床结核菌耐药性检测。     

焦磷酸测序技术检测耐多药结核分枝杆菌

目的利用焦磷酸测序技术,建立结核分枝杆菌菌株耐多药检测方法,并与Bactec MGIT 960药敏法进行比较。方法设计rpoB、katG基因PCR扩增引物和焦磷酸测序引物,建立结核分枝杆菌菌株焦磷酸测序检测方法。利用新确立的焦磷酸测序法检测202株临床分离的耐多药结核分枝杆菌的利福平、异烟肼耐药性。结果与BACTEC MGIT 960法检测药物耐药性结果比较,焦磷酸测序检测多耐药结核分枝杆菌临床分离株的敏感性与特异性为72.8%[95%可信区间(confidence in-terval,CI):66.3%~78.4%]及90.0%(95%CI:80.1%~95.1%)。结论新确立的焦磷酸测序技术可快速检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼的耐药性,其可作为耐多药结核分枝杆菌药敏有效的检测工具。     

2013～2015年陕西地区结核分枝杆菌对利福平耐药性及rpoB基因突变的相关研究

目的 分析陕西地区结核分枝杆菌(MTB)对利福平(RFP)耐药性及rpoB基因突变情况。方法 收集2013～2015年陕西省结核病防治研究所和陕西省结核病防治院怀疑为肺结核的患者标本3 739例,采用利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术(Xpert MTB/RIF)对其进行RFP耐药性及rpoB基因突变检测,选取检测为MTB阳性并诊断为结核病患者的结果1 506例进行RFP耐药性及rpoB基因突变情况分析,采用SPSS18.0软件的卡方检验进行统计学分析P<0.05,差异有统计学意义。结果 2013 ～2015年RFP耐药率分别为17.0%,14.1%和12.1%,其中2013年RFP耐药率显著高于2015年,耐药率差异有统计学意义(χ²=4.843,P=0.028); 三年利福平总耐药率为14.4%,其中肺内组RFP总耐药率15.0%,显著高于肺外组8.1%,差异有统计学意义(χ²=4.713,P=0.03); 四个年龄组RFP耐药率差异有统计学意义(χ²=13.684,P=0.03),其中41～60岁年龄组耐药率显著高于其他年龄组(P<0.05)。利福平耐药rpoB基因突变有一定区域性,突变区域主要为529～533区域并存在多位点突变的现象。结论 陕西地区结核分枝杆菌对RFP耐药水平较高,应加强陕西省的结核病耐药监测。     

耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因序列研究

目的 研究杭州地区结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）对利福平（RFP）的耐受与rpoB基因突变的关系。方法 随机挑选了90例结核杆菌感染的病例。选择了利福平作为主要的药物进行药敏实验，PCR扩增39株耐RFP结核分支杆菌的rpoB基因片段（580bp）；测定扩增片段的序列。并与美国国立生物信息中心（www．ncbi．nlm．nih．gov／nucleotide）检索获得结核杆菌野生株（利福平敏感株）序列（登陆号：AJ749948）作对比分析。结果 结果显示PCR结核测序方法得到了39例结核杆菌耐药株。51例敏感株，与药敏实验的方法检测的结果完全一致。测定的11株临床分离的耐药株中，526位或531位有突变，其中526位有突变的有7株，占耐药测定株63．6%，531位突变的有4株。占耐药测定株36．4％。未见两位点同时突变。检测的11株敏感株，未见526位或531位有突变。结论 杭州地区结核分支杆菌耐利福平的发生与rpoB基因的526位或531位突变密切相关，与国外的报告基本相似。但526位突变占耐药测定株高达63．6％。如此高比例目前国内外未见相似报道。PCR扩增和产物测序将是临床检测结核分支杆菌耐利福平和耐多药的一种迅速、准确的方法。     

用PCR—SSCP快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的突变

目的：了解本地区结核分枝杆菌对利福平（RFP）耐药基因的突变情况，探讨利用分子生物学方法直接快速检测结核分枝杆菌耐药基因型的试验方法。方法：针对rpoB基因设计一对引物（扩增产物为189bp)，采用聚合链酶反应－单链构象多态性银染（PCR－SSCP）方法，以标准结核分枝杆菌H38Rv为对照，检测临床分离的35株结核分枝杆菌rpoB基因突变情况并以药敏试验结果做对照分析。结果：以药敏试验结果为对照，35株临床分离株中有9株RFP敏感株的SSCP带与结核分枝杆菌标准株（H37Rv)相同，26株RFP耐药株中有24检测到突变图谱，与药敏试验结果对照阳性率为92．3％，特异性为100％，结论：RpoB基因是一种高度保守序列，结核分枝杆菌耐RFP是由于rpoB基因突变所致。本研究针对其高突变区域设计一对引物，运用PCR－SSCP法具有简便，快速、准确的特点，可以对临床标本中结构分枝杆菌进行检测，以满足临床早期诊治的需要。     

结核分杆杆菌rpoB基因突变的顺序研究

目的 了解南通地区耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变特征。方法 对36株临床分离菌株rpoB基因502-533位点进行序列测定。结果 耐利福平（RFP）分离株93．3％（28／30）存在rpoB基因突变，531位突变率53．3％（16／30），526位23．3％（7／30），526位23．3％（7／30），516位6．7％（2／30），联合突变3．3％（1／30），敏感菌株均无突变。结论 rpoB基因突变与利福平耐药密切相关，以531位突变为主。     

依赖利福平结核分枝杆菌的分子生物学研究

目的　从分子生物学的角度研究依赖利福平结核分枝杆菌 (依R菌 )。方法　采用DNA自动测序仪 ,对菌株rpoB基因片段 ( 319bp)的序列进行分析 ;采用随机扩增DNA聚丙酰胺凝胶电泳 (RAPD PAG)指纹分型法 ,对菌株的DNA指纹进行分型 ;采用SDS聚丙酰胺凝胶蛋白电泳法 ,对菌株的菌体蛋白进行分析。结果　 30株依R菌rpoB基因的突变率为 96 7% ( 2 9/ 30 ) ,37株耐利福平结核分枝杆菌 (耐R菌 )为 81 1% ( 30 / 37) (P <0 0 1) ,依R菌和耐R菌的突变高发位点均为 5 31位( 37/ 5 9,6 3 2 % ;)密码子、突变 ,其次为 5 16位 ( 13/ 5 9,2 2 8% )和 5 2 6位 ( 7/ 5 9,12 3% ) ;依R菌和耐R菌两组菌株的DNA指纹结果可分为 5种类型 ,其中以Ⅱ型 ( 31/ 6 7,46 2 % )、Ⅰ型 ( 2 0 / 6 7,2 9 9% )和Ⅲ型 ( 13/ 6 7,19 4% )为主 ;3种主要类型的指纹在两组菌株中的分布无明显特殊性 ;依R菌在含R管和对照管中的菌体蛋白电泳图谱有 76 7% ( 2 3/ 30 )的不同 ,其在含R管中菌体蛋白表达丰富 ,且在分子量 310 0 0～ 43 0 0 0间有一宽带 ;37株耐R菌其两管的菌体蛋白电泳图谱各自均相同。结论　依R菌和耐R菌的基因型密切相关 ;依R菌的蛋白表达可依赖于R。     

RIFO杂交和限制性片段长度多态性检测耐利福平和异烟肼的结核分枝杆菌

目的评价利福平寡核苷酸探针杂交技术（RIFO杂交）和PCR-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）在结核分枝杆菌（MTB）耐利福平（RIF）和异烟肼（INH）快速检测中的应用价值。方法选取121株北京地区MTB菌株，分别采用RIFO杂交技术和PCR—RFLP检测RIF耐药相关基因rpoB核心区和INH耐药相关基因katG315位点突变，并对所有菌株的rpoB基因核心区进行测序验证。结果RIFO杂交检测发现，91，5％（65／71）的RIF耐药株和92．9％（52／56）的耐多药菌株（至少对RIF和INH耐药）存在rpoB基因核心区突变，而RIF敏感株中未发现突变；RIFO杂交与测序结果完全一致，测序结果中有突变的位点在RIFO杂交中均有相应的野生型杂交信号缺失；PCR-RFLP结果显示，INH耐药株中katG315突变率为60.6％（40／66）。结论rpoB基因核心区可作为RIF耐药检测的分子标志及耐多药的筛选指标；RIFO杂交技术是检测MTB耐RIF的快速、准确的实验方法，具有推广及潜在的临床应用价值；PCR—RFLP可检测出大部分INH耐药株，可作为临床INH耐药性检测的辅助手段。     

武汉地区耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变分析

摘要：目的：探讨武汉地区结核分枝杆菌（MTB）利福平耐药株rpoB基因的突变特征。 方法：对76例MTB临床分离株包括rpoB核心区域81 bp碱基在内的428 bp碱基进行PCR测定,并进行DNA序列分析。 结果：76例临床分离MTB中利福平耐药株56例,敏感株20例。耐药株中92.9%（52/56）存在突变,共涉及10个密码子的18种突变类型。 531、526为常见突变位点,其突变率分别为57.7%(30/52)、19.2%(10/52);联合突变率为13.5%（7/52）;同时发现了509位（AGC→AGA）新的突变类型和国内少见的517位CAG缺失类型。 结论：rpoB基因突变在武汉地区利福平耐药MTB中广泛存在,并存在新的突变位点。     

反相斑点杂交快速检测结核分枝杆菌rpoB基因突变

目的 建立以聚合酶链反应(PCR)为基础的寡核甘酸探针反相斑点杂交方法快速检测对利福平耐药的结核菌相关的rpoB基因突变，并评价其临床应用价值。方法 应用PCR-反相斑点杂交方法对利福平耐药的62株结核菌和对其敏感的40株结核菌进行检测，所得结果与传统药敏试验结果以及102株结核菌的直接测序结果进行比较。结果 62株对利福平耐药的菌株中，54株碱基突变被准确鉴定，灵敏度为87．1％(54／62)，阳性预测值为：100％；40株对利福平敏感的菌株均被准确鉴定，特异性为100％，阴性预测值为83．3％(40／48)；准确度为92．2％(94／102)。与测序法结果符合率为99％。结论 以PCR为基础的反相斑点杂交方法其敏感度和特异性均高，无假阳性结果，因此适用于大批量结核菌对利福平耐药性的初筛。     

首次复治肺结核病结核分枝杆菌对利福平耐药性与rpoB基因RRDR突变的研究

目的：研究分离自首次复治肺结核病患者的结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis, Mtb）临床菌株对利福平的耐药性, 及其与rpoB基因利福霉素耐药决定区（rifampicin resistance determining regions, RRDR）位点突变间的相关性。方法：收集2013年2月至2013年12月国内19家医院的首次复治肺结核患者的Mtb, 进行利福平药敏检测;使用PCR技术检测Mtb的rpoB基因RRDR位点突变。结果：来自全国12个省19家医院共141例患者的141株临床菌株获得药敏结果, 而RRDR位点测序分析显示首次复治结核患者中有53%（75/141）对利福平耐药。RRDR DNA测序共检测到72株Mtb存在rpoB耐药突变区突变, 其中71株的突变发生在RRDR, 主要突变位点分别为531位（42株）、526位（11株）和516位（10株）。有75株Mtb对利福平耐药, 其中70株（93.3%）检测到rpoB突变, 69株的突变发生在RRDR;除了2株L511P、H526N突变的Mtb对利福平敏感, 70株rpoB突变株均对利福平耐药。对于复治结核患者, 检测RRDR突变判断利福平耐药有较高的特异度。结论：首次复治肺结核病患者对利福平耐药率较高, Mtb耐利福平与rpoB基因RRDR突变密切相关, RRDR突变检测可以用于快速鉴定复治肺结核病患者的Mtb利福平耐药。     

PCR-SSCP方法用于痰标本中结核分支杆菌耐药基因的检测

目的探讨采用直接检测结核病人痰标本中rpoB基因和KatG基因突变。评价该方法检测结核分支杆菌对利福平（RFP）和异烟肼（INH）耐药性。方法用PCR-SSCP技术分析，对35例耐INH（或含耐异烟肼）、63例耐RFP（或含耐RFP）的肺结核病人痰标本和20例非结核性肺部疾病组痰标本进行rpoB和KatG基因突变的检测。结果以结核分支杆菌H37RV为对照，63例耐RFP痰标本中57例PCR扩增阳性，其中46例SSCP图谱与H37Rv标准株有差异。rpoB突变率为65．2％。35例耐INH肺结核病人痰标本有20例扩增阳性。15例SSCP图谱与H37Rv标准株有差异，突变率为42．8％。20例非结核病人痰标本rpoB基因和KatG基因扩增均为阴性。结论PCR-SSCP技术有望成为结核分支杆菌耐药性检测的重要方法之一。     

结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药基因突变快速检测方法的建立

目的建立结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药基因突变的快速检测方法。方法根据结核分枝杆菌标准株H37Rv序列，自行设计覆盖rpoB、katG、inhA基因突变区的系列寡核苷酸探针，并检测临床样品中结核分枝杆菌的基因突变情况，以此来判断耐药结果。结果在56个利福平耐药菌株中，有50个菌株都在rpoB基因上榆出有突变，利福平耐药突变检出率为89．3％（50／56）；有30个利福平敏感菌株rpoB基因上都未检出突变。有58个异烟肼培养的耐药菌株中有47个在katG或inhA基因上检出有突变，异烟肼耐药突变检出率为81．0％（47／58）；有30个异烟肼敏感菌株katG或inhA基因上未检出突变。结论用膜芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性，具有较高的特异性和敏感性，可用于临床结核分枝杆菌耐药性的检测。     

耐利福平结核分枝杆菌 rpoA、rpoB、rpoC和rpoZ突变的研究

目的：了解结核分枝杆菌rpoA、rpoB、rpoC和rpoZ突变特征及其与利福平耐药的关系。方法对140株临床分离结核分枝杆菌进行利福平敏感性试验,并对耐利福平株分别进行rpoB耐药决定区及rpoA、rpoB、rpoC及rpoZ全基因测序。结果140株结核分枝杆菌中57株对利福平耐药。57株耐利福平结核分枝杆菌中,52株（91.2%）存在突变,其中50株为rpoB基因突变,2株为rpoC突变。在rpoB 765、1001、1156位及rpoC 51位发现新的突变位点。结论结核分枝杆菌对利福平耐药主要与rpoB和rpoC基因突变有关。     

中国部分地区结核分支杆菌耐利福平、异烟肼和链酶素耐药基因的检测

目的研究我国部分地区耐利福平（RFP）、异烟肼（硼）和链酶素（SM）结核分支杆菌临床分离株rpoB基因、KatG、rpsL基因突变情况，评价其耐药分子机制。方法采用PCR和聚合酶链反应．单链构象多态性（PCR-SSCP）对373株结核分支杆菌临床分离株（其中敏感株148株，耐RFP、INH、SM株共225株）rpoB基因、KatG和砒基因进行检测。并对其中19株SSCP阴性的耐RFP株用双脱氧末端终止法进行测序分析。结果安徽省、北京市、上海市、河北省、河南省、辽宁省、吉林省结核分支杆菌耐RFP临床分离株rpoB基因突变率分别为90％、91％、90％、91％、90％、93％、91％；KatG基因突变率分别为69％、63％、71％、68％、67％、68％、65％，rpsL基因突变率71％、69％、74％、68％、70％、61％、76％，分别为经统计学处理不同地区间无显著性差异（X^2=0．46，P＞0．05）。同时rpoB基因敏感株均无突变，特异性为100％；KatG基因有3株发生突变，特异性为98％。19株SSCP阴性耐药株中经测序6株在531位密码子TCG→TIE，1株526位密码子CAC→TAC，7株发生在516位密码子GAC→GTC，5株未改变。结论我国不同地区耐利福平、异烟肼和链霉素的rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变率大致相同，rpoB基因、KatG和rpsL基因突变分别是耐RFP、INH和SM结核分支杆菌耐药性产生的主要分子机制，PCR-SSCP可快速检测结核分支杆菌RFP、INH和SM耐药性。