KCNJ10基因多态性与精神分裂症的关系

目的：探讨KCNJ10基因多态性与精神分裂症的关系。 方法：应用PCR-RFLP方法在90个中国北方汉族精神分裂症患者及其健康父母双亲组成的核心家系中检测单核苷酸多态性（SNP）rs1186679位点的基因型。结果：rs1186679基因型频率的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律;单倍型相对风险分析（HRR）结果显示rs1186679位点与精神分裂症无关联（χ²=0.775, P>0.05）;传递不平衡检验（TDT）结果表明,杂合父母传递给受累子女与非传递等位基因频率分布差异无显著性（χ² =1.025,P>0.05）。结论：在中国北方汉族人群中KCNJ10基因位点上的rs1186679与精神分裂症可能无关联。     

蛋白激酶Cξ亚型基因内SNP功能分析

目的对中国北方汉族人群2型糖尿病易感基因蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因内的5个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphismSNP)标记在疾病发生中的作用进行分析。方法通过生物信息学比对及报告基因活性测定等方法分析PRKCZ基因内5个SNP位点对基因表达的影响。结果PRKCZ基因中rs427811和rs809912位点两种等位基因重组质粒报告基因活性存在明显差异,提示这两个位点可能影响PRKCZ基因表达。结论PRKCZ基因中两个SNP位点可能通过影响基因的表达水平而在中国人2型糖尿病发生中发挥作用。     

广西壮族人群骨桥蛋白基因的单核苷酸多态性研究

目的：分析骨桥蛋白基因单核苷酸多态性（SNP）位点 rs11728697和 rs9138的基因型和等位基因型在广西壮族人群中的分布频率,对比其在不同国家或地区人群间的分布差异。方法利用 SNaPshot SNP 分型技术检测150例广西壮族骨桥蛋白基因 SNP 位点 rs11728697和 rs9138的基因型,对比国际人类基因组单倍型图谱计划（HapMap）上4个人群（欧洲人群、非洲人群、日本人群和中国北京人群）的 SNP 分型数据,分析5个人群的骨桥蛋白基因 SNP 位点 rs11728697和 rs9138的基因型和等位基因频率差异。结果在广西壮族人群中,骨桥蛋白基因 rs11728697位点的 CC 基因型最常见,约为42．7％;C 等位基因的频率最高,约为62．7％。 rs9138位点的 CA 基因型最常见,约为51．3％;C 等位基因的频率最高,约为63．0％。骨桥蛋白基因型及等位基因频率男女组间比较差异无统计学意义（P＞0．05）。广西壮族人群骨桥蛋白基因 rs11728697位点的基因型和等位基因频率与欧洲人群、日本人群和非洲人群的差异有统计学意义（P＜0．05）,而与中国北京人群的差异无统计学意义（P＞0．05）。广西壮族人群骨桥蛋白基因 rs9138位点的基因型和等位基因频率与欧洲人群和非洲人群的差异有统计学意义（P＜0．05）,而与日本人群和中国北京人群的差异无统计学意义（P＞0．05）。结论骨桥蛋白基因 SNP 位点 rs11728697和 rs9138基因型和等位基因在广西壮族人群中的分布频率与不同国家或地区人群相比存在差异,这种差异可能是导致某些疾病在不同国家或地区间发病率和临床表现存在差异的因素之一。     

蛋白激酶Cξ亚型基因及UrotensinⅡ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的采用单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应(singlebaseextension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者(192例)及对照组(172例)进行分型及病例-对照关联分析。结果23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因中的一个位点(rs436045)及urotensinⅡ(UTS2)基因中的一个位点(rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义(P<0.05)。结论上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

新疆维、汉人群CD14基因单核苷酸多态性的连锁不平衡和单倍型分析

目的 研究CD14基因-159、-1359、rs2569192 3个单核苷酸多态性(SNP)的发生频率在新疆维吾尔族(维族)、汉族人群是否存在连锁不平衡关系及其单倍型组成.方法 应用SNaPshot SNP分型技术对新疆地区维族、汉族300例(维、汉族各150例)健康个体CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点进行基因分型,分析3个位点间的连锁不平衡关系,计算它们构成的单倍型.结果 CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点基因型频率分布符合H-W平衡.新疆维族和汉族的等位基因发生频率差异无统计学意义(P＞0.05).通过对这3个SNP位点两两间进行连锁不平衡分析,发现连锁不平衡系数|D'|值都为1.3个SNP主要组成4种单倍型:TGC、CTC、CGG、CGC,维、汉族单倍型频率比较差异无统计学意义(P＞0.05).结论 新疆地区维、汉人群CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点呈完全连锁不平衡.TGC是维、汉族人群的主要单倍型.为新疆地区维、汉族人群CD14基因3个SNP的群体遗传学资料,并且为寻找与CD14相关疾病单倍型奠定了基础.     

广西壮族人群骨桥蛋白基因位点rs4754多态性研究

目的分析骨桥蛋白基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs4754的各等位基因和基因型在广西壮族人群中的分布频率,以及对比其在不同种族中的分布差异。方法采用SNaPshot SNP的分型技术检测150例广西壮族人群骨桥蛋白基因SNP位点rs4754基因型,并对比国际人类基因组单倍型图谱计划(HapMap)上欧洲人群、非洲人群、日本人群以及北京人群的骨桥蛋白基因SNP分型数据,分析这几个人群的骨桥蛋白基因SNP位点rs4754的等位基因和基因型频率差异。结果在广西壮族人群中存在骨桥蛋白基因rs4754多态性,骨桥蛋白基因rs4754位点的等位基因和基因型频率在广西壮族人群中与在欧洲人群、非洲人群、日本人群及中国北京人群中差异均具有统计学意义(P<0.001或P<0.01)。结论骨桥蛋白基因SNP位点rs4754等位基因和基因型在广西壮族人群中的分布频率与其他地区人群相比存在差异,不同种族间骨桥蛋白相关疾病临床表现及发病率的差异可能是种族间的差异导致的。     

冠心病患者L-选择素基因多态性分析

目的观察中国汉族人群L-选择素（L-selectin,SELL）基因4个单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）与冠心病（coronaryarterydisease,CAD）的相关性。方法应用荧光标记单碱基延伸及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测SELL基因rs964555,rs2205848,rs4987318和rs2298900的基因型。结果对照组和CAD组间4个SNP的基因型频率和等位基因频率无统计学差异（P〉0．05）,由rs964555,rs2205848和rs2298900构成的单倍型以CAT型为主,各单倍型频率在两组间无统计学差异（P〉0．05）。结论本研究中SELL基因的4个SNP与CAD的易感性无关。     

慢白激酶Cζ亚型基因及Urotensin Ⅱ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的 采用单核苷酸多态性（single mucleotide polymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域（1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法 通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应（single base extension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者（192例）及对照组（172例）进行分型及病例－对照关联分析。结果 23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cζ亚型（PRKCZ）基因中的一个位点（rs436045)及urotensin Ⅱ（UTS2）基因中的一个位点（rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义9P＜0．05）。结论 上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

广西壮族人群IL-27基因位点rs4740与rs181206多态性研究

目的分析广西壮族人群中白细胞介素27(IL-27)单核苷酸多态性(SNP)位点rs4740和rs181206的各基因型及等位基因型的分布频率,并对不同种族间的分布差异进行分析。方法利用SNa Pshot SNP分型技术检测150名广西壮族人IL-27基因SNP位点rs4740和rs181206的基因型,与国际人类基因组单倍型图谱计划(Hap Map)上的四个人群(欧洲、非洲、日本和中国北京人群)的SNP分型数据做对比,分析IL-27基因SNP位点rs4740和rs181206的基因型及等位基因频率在以上五个人群之间的差异。结果在广西壮族人群中可发现白介素基因rs4740和rs181206存在多态性,广西壮族人群白介素基因rs4740位点的基因型和等位基因频率与非洲人群、日本人群的差异有统计学意义(P<0.05),而与欧洲人群、中国北京人群的差异无统计学意义(P>0.05);广西壮族人群白介素基因rs181206位点的基因型和等位基因频率与欧洲人群、非洲人群、日本人群以及中国北京人群的差异均有统计学意义(P<0.05)。结论广西壮族人群中白介素SNP位点rs4740和rs181206基因型及等位基因型的分布频率与其他地区人群相比存在差异,这种差异可能导致某些疾病在不同地区间的发病率和临床表现存在差异。     

应用单核苷酸多态性技术筛查2型糖尿病易感基因

目的利用单核苷酸多态性(SNP)标记,在中国北方汉族2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23、1q24.3-25.1及1q42.12-42.13)内寻找疾病易感基因位点以及与疾病相关的单倍型.方法通过公共SNP数据库和对样本库全基因测序寻找SNP位点的途径,在定位区域内选择了33个候选基因中的124个SNP位点,用测序法对236例北方汉族散发2型糖尿病患者及152例正常对照个体进行SNP基因分型及病例-对照关联分析,并对具显著性差异的SNP位点进行单倍型分析.结果124个SNP位点中有4个SNP位点的分布频率在病例组和正常对照组存在显著差异(P＜0.05),分别为sAC基因中的rs203849(P=0.005,OR=1.60)和rs203826(P=0.016,OR=1.60),PANK4基因中的rs7535528(P=0.028,OR=1.45)和CASP9基因中的rs884363(P=0.043,OR=1.37).在这4个SNP位点构成的组合型中发现,有2种组合型的频率分布在病例组与对照组之间差异有显著性(P＜0.001).此外,对sAC基因的单倍型分析发现,有4种单倍型与疾病发生相关.结论sAC、PANK4和CASP9基因为中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因,这3个基因可能在2型糖尿病易感性上有协同作用.     

Searching for a schizophrenia susceptibility gene in the 22q11 region

Objective To investigate a genetic association for schizophrenia within chromosome 22ql 1 in a Chinese Han population.Methods The PCR-based restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis was used to detect three singlen ucleotide polymorphisms (SNPs), rs165655 (A/G base change) and rs165815 (C/T base change) present in the ARVCF(armadillo repeat gene deletion in velocardiofacial syndrome) locus, and rs756656 (A/C base change) in the LOC128979(expressed sequence tags, EST) locus, among 100 Chinese family trios consisting of fathers, mothers and affected offspring with schizophrenia. Genotype data were analyzed by using linkage disequilibrium (LD) methods including haplotype relative risk (HRR) analysis, transmission disequilibrium test (TDT) and haplotype transmission analysis. Results The genotype frequency distributions of three SNPs were all in Hardy-Weinberg equilibrium (P＞0.05). Both the HRR and the TDT analysis showed that rs 165815 was associated with schizophrenia (22=6.447, df=- 1, P=0.011 and X^2=6.313, df=1, P=0.012, respectively),whereas the other two SNPs did not show any allelic association. The haplotype transmission analysis showed a biased transmission for the rs165655-rs165815 haplotype system (X2=17.224, df=3, P=0.0006) and for the rs756656-rs165655-rs165815 hapoltype system (X^2=20.965, df=7, P=0.0038). Conclusion Either the ARVCF gene itself or a nearby locus may confer susceptibility to schizophrenia in a Chinese Han population.     

Single Nucleotide Polymorphisms in CAPN10 Gene of Chinese People and Its Correlation With Type 2 Diabetes Mellitus in Han People of Northern China

To investigate the distribution of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in CAPN10 gene in Chinese population and their relation with type 2 diabetes mellitus in Han people of Northern China. Methods CAPN10 gene was sequenced to detect SNPs in different nationalities of China. Five SNPs were chosen to perform case-control study and haplotype analysis in 156 normal Han people of Northern China and 173 type 2 diabetes. One SNP was also analyzed with transmission-disequilibrium test (TDT) and sib transmissiondisequilibrium test (STDT) in 68 type 2 diabetes pedigrees (37Tpeople). Results A total of 40 SNPs were identified in length of 8 936bp, with an average of 1 in every 223bp. The SNPs in CAPN10 gene did not distribute evenly and the SNPs in Chinese were different from those reported in Mexican American. There was no significantly statistical difference in the allele frequency of the 5 SNPs between case and control, and the haplotype frequencies in the two groups were not significantly different. No positive results was found in TDT and STDT analysis. Conclusions The SNP distribution of CAPN10 gene differs in different nationalities. The studied SNPs in CAPN10 gene may not be the major susceptibility ones of type 2 diabetes mellitus in Han people of Northern China.     

中国人CAPN10基因单核苷酸多态性的分布及其在北方汉族2型糖尿病人群中的关联分析

目的 检测始发现于墨西哥裔美国人群中的2型糖尿病易感基因CAPN10的苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP)在中国人群中的分布,并探讨其与中国北方汉族人群2型糖尿病的关联关系。方法 对27份取自中国不同民族人群DNA标本进行测序,以确定CAPN10基因中的SNP位点分布;选择其中5个位点,用单碱基延伸（single-extension,SBE)法对156例北方汉族正常人和173例2型糖尿病患者DNA标本进行SNP分型及病例－对照关联分析;对文献报道的易感基因CAPN10中的3个阳性位点进行单体型分析,并对其中1个位点在68个2型糖尿病家系（377例）中进行传递不平衡检验（transmission-disequilibrium test,TDT)和同胞传递不平衡检验（sib transmission-disequilibrium test,STDT）。结果 在所检测的8936bp长度范围内共检出40个SNP,平均约223bp1出现一个SNP,各多态性在基因中呈不均匀分布;中国人CAPN10的SNP与文献报道的墨西哥裔美国人群中该基因多态性存在较大的差异;所选择的5个SNP位点等位基因频率分布在正常人群和2型糖尿病患者间的差异无统计学意义（P＞0.05);上述3个阳性位点单体型频率在两组人群间差异无统计学意义（P＞0.05);TDT和STDT均无统计学意义（P＞0.05)。结论 CAPN10基因SNP具有民族差异;所检测的几个位点可能不是中国北方汉族2型糖尿病的主要易感基因位点。     

染色体20q13区域SNP与中国人2型糖尿病的相关性

目的采用单核苷酸多态性(SNP)标记,在以往所发现的中国汉族2型糖尿病相关基因定位区域(20q13)内寻找疾病易感基因位点。方法选取70例散发糖尿病病人及其正常配偶作为研究对象,通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内11个候选基因的21个SNP位点,用等位基因专一性实时PCR方法进行分型,并做病例—配偶对照关联分析。结果21个SNP中有8个在中国人群中为常见SNP位点。病例—配偶对照关联分析结果显示,PRex1基因的SNP位点rs3936192的等位基因频率在2型糖尿病组和正常对照组间有显著性差异(P=0．0280)。结论上述SNP位点可能与中国汉族2型糖尿病相关,为进一步研究这一位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

肥胖与KCNJ11基因多态性在中国汉族人群糖尿病视网膜病变发生中的作用

 目的  确认在中国汉族人群中KCNJ11基因多态性是否为糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)的独立危险因素,探讨其与肥胖的交互作用对DR的影响。 方法  以580名2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者为研究对象(475名非DR患者和105名DR患者),利用iPLEX技术进行KCNJ11 rs5219的基因型测定,DR的确诊由经验丰富的眼科医师根据非散瞳眼底数码成像的图像分析来判断。通过构建单因素、多因素回归模型来研究肥胖或KCNJ11基因多态性与DR的关系及两者间的交互作用。结果  KCNJ11基因多态性是DR的独立危险因素。而KCNJ11 rs5219等位基因为G的肥胖患者(BMI≥28.0 kg/m2),发生DR的风险更高(等位基因分析:P<0.05,基因型分析:P<0.01)。结论  在中国汉族糖尿病患者中,KCNJ11基因多态性与DR显著相关,并与肥胖有交互作用。     

KPNB3基因多态性与精神分裂症的关系

目的：证实中国人群KPNB3基因与精神分裂症的关系。方法：采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法，检测中国汉族精神分裂症患者和其健康父母双亲的组成的304个核心家系成员位于KPNB3基因上的2个单核苷酸多态性 （SNPs）rs2588014和rs626716。利用拟合优度χ²检验分析基因型分布频率是否符合Hardy-Weinberg平衡定律，应用UNPHASED软件包进行2个SNPs的传递不平衡检验（TDT）、单倍型分析和连锁不平衡程度的测量。结果：rs626716和rs2588014等位基因和基因型频率分布，患者组和其父母组比较差异均无显著性，符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。 传递不平衡检验（TDT）结果显示，rs626716位点杂合子父母传递给患病子女的等位基因存在传递不平衡性（χ²=9.31，P =0.002 3）；rs2588014位点杂合子父母的2个不同等位基因传递给患病子女的致病等位基因概率未偏离50% (χ²=3.44，P=0.064)。单倍型分析显示，在患病子女中rs2588104(C)- rs626716(C) 单倍型传递与未传递的频率分布比较差异有显著性（χ²=9.8，P =0.006 8）。结论： 在中国北方汉族人群中，KPNB3基因多态性可能与精神分裂症的发生有关。     

单基因变异与中国北方汉族2型糖尿病遗传易感性研究

目的在东亚和西非人群中分别进行的全基因组关联研究筛查出KCNQ1基因的rs2237892,AP3S1基因的rs3756555,MAN2A1基因的rs2015698为2型糖尿病易感位点,ALDH7A1基因rs2306617则与肥胖存在关联,而这些位点的作用尚未在中国北方汉族人群中进行探讨,本研究的目的是在中国北方汉族2型糖尿病患者中对这些可能的易感位点进行复制研究。方法应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱对KCNQ1基因的rs2237892,AP3S1基因的rs3756555,MAN2A1基因的rs2015698,ALDH7A1基因的rs2306617在无血缘关系的537名2型糖尿病患者和510名对照者中进行基因分型。结果 rs2237892和rs3756555位点的C等位基因显著增加2型糖尿病遗传易感性(P=0.002,P=0.003)。该显著性关联在调整年龄、性别和体质量指数(body mass index,BMI)后仍然存在(OR=1.51,95%CI:1.17～1.95,P=0.002;OR=1.48,95%CI:1.14～1.92,P=0.003)。未能发现rs2015698和rs2306617与2型糖尿病存在关联。通过对对照人群研究发现,调整年龄、性别和BMI后,rs2237892位点CC基因型空腹血糖显著高于其他2基因型(P=0.020);与其他两基因型相比,rs3756555位点CC基因型BMI略有降低(P=0.050)。结论 KCNQ1基因和AP3S1基因遗传变异与中国北方汉族2型糖尿病遗传易感性相关。     

中国北方汉族人群APOD基因多态性与精神分裂症的关系

目的：探讨中国北方汉族人群载脂蛋白D（APOD）基因多态性与精神分裂症的关系。方法：应用PCR-RFLP方法检测291个核心家系(精神分裂症患者及其健康父母)APOD基因上rs2280250位点基因型,应用SPSS 12.0统计学软件处理数据,并进行统计学分析。结果：①rs2280250位点基因型A/A、A/G和G/G在患者组和父母组中频数分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（χ²=0.178,df=1,P=0.673;χ²=0.597,df=1,P=0.440）;②传递不平衡检验（TDT）显示,杂合子父母传递给受累子女的等位基因未偏离50%（χ²=0.030,P=0.862） ;③单倍体相对风险分析（HHRR）表明,rs2280250位点等位基因在患者组和父母组的频数分布差异无显著性（χ²=0.055,P=0.815）。结论：APOD基因上rs2280250位点与中国北方汉族人群精神分裂症无关联。