胶质母细胞瘤铜死亡相关lncRNA预后模型的构建

目的 采用生物信息学方法分析胶质母细胞瘤差异表达的铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)并构建预后模型。方法 计算机检索TCGA数据库下载胶质母细胞瘤的RNA-seq数据及其临床信息,应用单因素Cox分析和LASSO回归筛选铜死亡相关lncRNA,并计算风险评分=基因系数×基因表达量,以风险评分中位数分为低风险组和高风险组;将胶质母细胞瘤样本随机分为测试组和训练组,再进行整合生物信息学分析。结果 共下载胶质母细胞瘤样本169例,对照样本5例,共表达分析发现791个铜死亡相关lncRNA,其中正相关lncRNA有753个,负相关lncRNA有38个。单因素Cox分析发现22个显著差异表达的lncRNA(P<0.05),LASSO回归分析筛选9个差异表达的lncRNA;多因素Cox回归分析显示风险评分增高是胶质母细胞瘤预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,无论是训练组,还是测试组,高风险组总体生存期和无进展生存期显著缩短（P<0.05）。ROC曲线分析显示模型对1、2、3年生存期具有良好的预测价值（P<0.05）,而且风险评分预测效能显著优于...     

基于多个lncRNA表达量的风险模型预测胶质母细胞瘤患者预后的研究

目的 构建基于长链非编码RNA(lncRNA)的风险模型;研究其预测胶质母细胞瘤(GBM)患者预后和指导临床管理的价值。方法 从肿瘤基因组图谱计划(TCGA)和GSE16011中的GBM转录组表达数据,筛选出在GBM中异常表达的lncRNA。通过单因素Cox回归分析鉴定出与GBM患者生存相关的lncRNA。采用LASSO回归进一步筛选目标lncRNA,最终构建基于lncRNA表达量的风险模型。用KaplanMeier生存曲线评估不同风险组患者在预后方面的差异。整合风险模型和临床病理特征构建列线图,并通过校正曲线和决策曲线分析验证其在实际临床管理中的价值。结果 鉴定出26个肿瘤中差异表达的lncRNA,并筛选出8个与预后相关的lncRNA。通过LASSO回归分析最终确定了7个候选lncRNA,并成功构建基于lncRNA的风险模型。在TCGA和GSE16011数据库中,高风险患者的生存时间显著差于低风险组;同时该模型在预测患者预后方面有良好表现。风险模型和临床病理特征构建的列线图能个体化地预测GBM患者预后,以及指导临床治疗决策。结论 基于lncRNA构建的风险模型能够作为预测GBM预后的生物标志物;并为研究GBM发生发展的潜在机制提供新的思路。     

长链非编码RNA SNHG6在胶质瘤组织中表达及临床意义

目的探讨长链非编码RNA SNHG6(LncRNA SNHG6)在胶质瘤组织中表达及临床意义。方法选取2009年2月—2014年2月在新乡市中心医院接受手术治疗的胶质瘤患者94例,同期,选取留取因颅脑外伤或癫痫而行手术治疗的正常脑组织37例,实时荧光定量PCR检测胶质瘤和正常脑组织中LncRNA SNHG6表达,所有胶质瘤患者均于院外随访,随访截止时间2019年2月28日,记录患者总生存时间,生存分析采用Kaplan-Meier法,影响预后的风险因素分析采用Cox比例风险回归模型。结果LncRNA SNHG6表达量胶质瘤组织中为(1.88±0.17),正常脑组织中为(1.01±0.13),两者比较,差异有统计学意义(t=28.230,P 0.001);不同WHO分级、KPS评分和术后复发的胶质瘤组织中LncRNA SNHG6相对表达量比较,差异有统计学意义(P 0.05); Kaplan-Meier生存分析结果显示,两组中位生存时间和累积生存率比较,低表达组均高于高表达组,差异有统计学意义(χ~2=9.562,P=0.002); WHO分级、KPS评分、术后复发和LncRNA SNHG6相对表达均是影响胶质瘤患者预后的风险因素(HR=2.365、2.028、2.188和2.038,P 0.05)。结论胶质瘤组织中LncRNA SNHG6表达量升高,且与胶质瘤恶性程度及不良预后有关,可作为患者预后评估的风险因素。     

lncRNA RGMB-AS1在脑胶质瘤预后评估中的价值

目的 探讨长链非编码RNA（lncRNA）RGMB-AS1在脑胶质瘤病人预后评估中的作用。方法 选取2014年9月~2017年6月经术后病理检查证实的脑胶质瘤140例（低级别64例,高级别76例）,另选取颅脑损伤内减压术中切取正常脑组织25例为对照。实时荧光定量PCR法检测lncRNA RGMB-AS1的表达水平,以RGMB-AS1表达量的中位数为截断值,分为高表达组和低表达组。用Kaplan-Meier法比较总体生存期（OS）和无进展生存期（PFS）,用Cox比例回归风险模型分析影响胶质瘤病人预后的因素。结果 140例胶质瘤中,lncRNA RGMB-AS1高表达70例,低表达70例。胶质瘤组织lncRNA RGMB-AS1的相对表达量明显高于对照组（P<0.05）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示年龄≥50岁、术前KPS评分<80分、WHO分级Ⅲ~Ⅳ级、lncRNA RGMB-AS1高表达是胶质瘤病人PFS和OS的独立影响因素（P<0.05）。lncRNA RGMB-AS1高表达胶质瘤病人PFS和OS较低表达病人均明显缩短（P<0.05）。无论是高级别胶质瘤,还是低级别胶质瘤,lncRNA RGMB-AS1高表达病人PFS和OS较低表达病人均明显缩短（P<0.05）。结论 lncRNA RGMB-AS1表达水平与脑胶质瘤病例级别呈正相关,lncRNA RGMB-AS1高表达脑胶质瘤病人生存期较低表达病人明显缩短。这提示lncRNA RGMB-AS1表达水平可作为脑胶质瘤病人预后评估指标。     

胶质瘤自噬相关长链非编码RNA的生信分析

目的 探讨胶质瘤自噬相关长链非编码RNA(lncRNA).方法 应用生信分析方法,首先检索CGGA和自噬基因列表来自人类自噬数据库(HADb),构建自噬相关lncRNA共表达网络;第二,多因素Cox回归分析胶质瘤预后相关的自噬相关ln-cRNA,并根据预后lncRNA计算风险评分,将胶质瘤分为低危组和高危组,采用生存曲...     

胶质母细胞瘤lncRNA-ROR的表达及其临床意义

目的探讨长链非编码RNA重编程调节因子(lncRNA-ROR)在胶质母细胞瘤(GBM)中的表达情况及其与病人预后的关系。方法选取2015年6月～2019年6月手术切除的GBM组织145例,取同期颅脑损伤内减压术切除非肿瘤脑组织56例为对照,采用qRT-PCR法检测lncRNA-ROR的相对表达量,根据lncRNA-ROR平均表达水平分为高表达和低表达。术后随访24个月,记录无进展生存期和总生存期。结果 GBM组织lncRNA-ROR表达水平明显低于对照组(P<0.05)。多因素Cox回归分析显示lncRNA-ROR低表达是GBM生存预后不良的独立危险因素(P<0.05)。生存曲线分析显示,lncRNA-ROR高表达组2年累积无进展生存率(40.12%)与2年累积总生存率(48.56%)明显高于低表达组(分别为16.25%、19.85%;P<0.05)。结论 GBM组织lncRNA-ROR呈低表达,与病人不良生存预后密切相关。这提示检测lncRNA-ROR对GBM病人预后具有一定评估价值。     

人脑胶质瘤lncRNA PIK3CD-AS2表达及临床意义

目的 探讨lncRNA PIK3CD-AS2 在人脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 计算机检索TCGA和GTEx数据库关于PIK3CD-AS2在胶质瘤和正常脑组织中表达的RNA数据,应用生物信息学方法分析PIK3CD-AS2表达与胶质瘤病人预后的关系。收集2010年9月至2015年6月我院手术切除的胶质瘤组织127例以及2018年1月至2019年10月颅脑损伤内减压术中切除的正常脑组织38例,qRT-PCR检测PIK3CD-AS2表达量。127例胶质瘤病人随访至2020年6月或病人死亡,分析PIK3CD-AS2表达与胶质瘤病人预后的关系。结果 生信分析和临床病例分析结果显示,与正常脑组织相比,胶质瘤组织PIK3CD-AS2表达显著升高（P<0.05）;胶质瘤WHO分级越高,PIK3CD-AS2的表达水平也越高（P<0.05）;PIK3CD-AS2高表达是胶质瘤病人预后不佳的独立预测因子（P<0.05）,PIK3CD-AS2高表达病人总生存期显著低于PIK3CD-AS2低表达病人（P<0.05）。结论 PIK3CD-AS2在胶质瘤中高表达,可作为胶质瘤病人的预后标志物。     

lncRNA NEAT1在人脑胶质瘤的表达变化及其与病人预后的关系

目的 探讨长链非编码核糖核酸（lncRNA）NEAT1在人脑胶质瘤中的表达水平及其临床意义。方法 收集武汉大学人民医院神经外科2008年4月到2013年4月收治的65例脑胶质瘤标本及同期因颅脑手术切除的正常脑组织27例。65例胶质瘤中,WHO Ⅰ~Ⅱ级26例,Ⅲ~Ⅳ级39例。根据胶质瘤组织lncRNA NEAT1表达水平,将65例胶质瘤分成lncRNA NEAT1高表达组（n=38）和低表达组（n=27）。应用RT-PCR检测lncRNA NEAT1的表达水平,用Kaplan-Meier法进行生存分析,用多因素Cox比例风险回归模型分析lncRNA NEAT1的表达水平与病人预后关系。结果 胶质瘤组织lncRNA NEAT1的表达水平（2.893±0.296）显著高于正常人脑组织（1.000±0.297;P=0.001）。WHO Ⅰ~Ⅱ级胶质瘤lncRNA NEAT1的表达水平（2.160±0.270）显著低于WHO Ⅲ~Ⅳ级胶质瘤（3.627±0.312;P=0.005）。lncRNA NEAT1高表达组病人术后生存期明显缩短（P=0.033）,术后5年累积生存率显著低于lncRNA NEAT1低表达组（P=0.033）。lncRNA NEAT1表达水平高、病理级别高、KPS评分<80分以及复发时间<3个月是影响胶质瘤病人术后预后的独立危险因素（P<0.05）。结论 lncRNA NEAT1在人脑胶质瘤组织中表达水平明显增高,其表达水平与胶质瘤病人预后显著相关。     

lncRNA SNHG16在人脑胶质瘤组织中的表达及其与病人预后的关系

目的 探讨长链非编码RNA（lncRNA）SNHG16在人脑胶质瘤组织中的表达及其与病人预后的关系。方法 实时荧光定量PCR检测104例2013年9月至2015年1月本院病理科冻存的胶质瘤组织和2018年4月至2019年1月颅脑损伤内减压术中切除的40例正常脑组织lncRNA SNHG16的相对表达量。以SNHG16表达量的中位数为截断值,将胶质瘤病人分为高表达组和低表达组。随访截止时间为2019年6月,记录总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。结果 胶质瘤组织SNHG16相对表达量明显高于正常脑组织（P<0.001）;高级别胶质瘤组织SNHG16相对表达量明显高于低级别胶质瘤组织（P<0.001）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示,SNHG16高表达是胶质瘤病人OS和PFS缩短的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示高表达组OS（中位数25个月,四分位数18~34个月）和PFS（中位数15个月,四分位数9~18个月）较低表达组（OS中位数35个月,四分位数20~42个月;PFS中位数19个月,四分位数12~20个月）明显缩短（P<0.05）。结论 人脑胶质瘤SNHG16呈高表达,与病人不良生存预后和肿瘤进展有关。     

Prognostic and clinical implication of IL-6 expression in glioblastoma multiforme

Interleukin-6 (IL-6) is frequently produced in gliomas and has been implicated as a mediator of growth control in several human neoplasms. In this study, IL-6 expression was examined in 11 surgically resected glioblastomas and a cell line U87MG by immunohistochemical staining and quantitative real-time RT-PCR. The relationships between IL-6 expression level and clinical presentation, survival, imaging findings, age and preoperative Karnofsky performance status were analyzed. The median survival times were 16 months in patients with negative IL-6 expression and 7 months in those with positive IL-6 expression (P = 0.075). Three of these patients with a relatively longer survival time (> 1 year) did not express IL-6 in the tumor. Relatively more severe peri-focal edema on imaging was also noted in the glioblastomas with IL-6 expression. IL-6 was also found in the cytoplasm of endothelial cells of newly formed vessels and infiltrating inflammatory cells. These preliminary results implicate IL-6 expression as a possible prognostic indicator in glioblastoma. This cytokine may also play a role in tissue edema, angiogenesis and inflammation of this tumor, but whether IL-6 expression promotes malignancy is uncertain.     

IL-11基因甲基化水平与原发性胶质母细胞瘤预后的关系

目的检测IL-11基因在原发性胶质母细胞瘤(GBM)中的甲基化水平,分析其与原发性GBM预后的关系。方法采用亚硫酸氢盐测序法(BSP)定量检测IL-11基因在36例原发性GBM及8例正常脑组织标本的甲基化水平。将病人术后生存时间,绘制成Kaplan-Meier生存曲线,并进行log-rank检验分析。将IL-11基因甲基化水平与术后病人生存时间进行相关性分析。结果 IL-11基因平均甲基化水平在原发性GBM与正常脑组织无显著性差异(P0.05)。在原发性GBM病例中,长生存期(≥16个月)病例平均甲基化水平高于短生存期(12个月)病例(P0.05)。生存分析显示:IL-11基因甲基化阳性病例的术后生存时间明显长于甲基化阴性病例(P=0.001)。相关性分析显示:IL-11基因甲基化水平与术后生存时间高度相关,但与病人年龄、性别等临床病理特征无明显相关性(P0.05)。结论 IL-11基因高甲基化水平与原发性GBM病人术后长生存期密切相关。     

Identification and characterization of sex-dependent gene expression profile in glioblastoma

Glioblastoma (GBM) is the most lethal primary tumor in the human brain and lacks favorable treatment options. Sex differences in the outcome of GBM are broadly acknowledged, but the underlying molecular mechanisms remain largely unknown. To identify the sex-dependent critical genes in the progression of GBM, raw data from several microarray datasets with the same array platform were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. These datasets included tumorous and normal tissue from patients with GBM and crucial sex features. Then, the differentially expressed genes (DEGs) in female and male tumors were identified via bioinformatics analysis, respectively. Functional signatures of the identified DEGs were further annotated by Gene Ontology (GO) and pathway enrichment analyses. Venn diagram and functional protein–protein interaction (PPI) network analyses were performed to screen out the sex-specific DEGs. Survival analysis of patients with differences in the expression level of selected genes was then carried out using the data from The Cancer Genome Atlas (TCGA). Here, we showed that ECT2, AURKA, TYMS, CDK1, NCAPH, CENPU, OIP5, KIF14, ASPM, FBXO5, SGOL2, CASC5, SHCBP1, FN1, LOX, IGFBP3, CSPG4, and CD44 were enriched in female tumor samples, whereas TNFSF13B, CXCL10, CXCL8, CXCR4, TLR2, CCL2, and FCGR2A were enriched in male tumor samples. Among these key genes, interestingly, ECT2 was associated with increased an survival rate for female patients, whileTNFSF13B could be regarded as a potential marker of poor prognosis in male patients. These results suggested that sex differences in patients may be attributed to the heterogeneous gene activity, which might influence the oncogenesis and the outcomes of GBM.     

胶质母细胞瘤MGMT基因启动子甲基化与蛋白表达

目的 研究新发胶质母细胞瘤中肿瘤不同部位MGMT基因启动子甲基化及其蛋白表达关系及区域差异性.方法 在30例新发胶质母细胞瘤肿瘤不同部位采取2～4块标本,其中5例在术中神经导航引导下采取.甲基化特异性PCR(MSP)法检测标本中MGMT基因启动子甲基化状况,免疫组化法(IHC)检测组织切片MGMT蛋白表达情况.结果 43.56%(44/101)检测肿瘤组织中出现MGMT基因启动子甲基化,免疫组化检测(阴性,细胞弱着色＜10%或细胞无着色;弱阳性,10%≤细胞着色≤50%;强阳性,细胞着色＞50%)发现MGMT蛋白表达情况分别为阴性(32.67%),弱阳性(43.56%),强阳性(23.76%).MGMT基因启动子甲基化与其蛋白表达无明显相关性(x2=2.905,P=0.088).在肿瘤不同取材部位组织之间57%的患者(17/30)MGMT蛋白表达水平与37%患者(11/30)启动子甲基化存在不均一性.结论 MGMT基因启动子甲基化可能不是MGMT蛋白表达的惟一调节因素.同一肿瘤不同取材部位组织MGMT蛋白表达与其基因启动子甲基化水平不均一性的结果 质疑了单一取材标本的检测结果 及其对临床治疗方案选择的指导意义.     

胶质母细胞瘤组织RBM8A表达与病人预后及替莫唑胺化疗敏感性的关系

目的 探讨胶质母细胞瘤（GBM）组织RNA结合基序8A（RBM8A）蛋白表达与病人预后及替莫唑胺（TMZ）化疗敏感性的关系。方法 选取2015年6月至2020年6月手术切除的GBM组织130例及颅脑损伤减压术中切取的非肿瘤脑组织20例（对照）,用免疫组化法检测组织RBM8A表达。术随访时间3~50个月,中位随访时间为12个月。结果 GBM组织RBM8A高表达率[86.15%（112/130）]明显高于对照组[20%（4/20）;P<0.05]。随访期间死亡98例,失访2例;多因素Cox回归分析显示,RBM8A高表达是GBM病人生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,RBM8A高表达GBM病人中位无复发生存时间和总生存时间均明显低于低表达病人（P<0.05）;RBM8A低表达GBM病人中,TMZ化疗病人无复发生存时间和总生存时间均明显高于未化疗病人（P<0.05）;TMZ化疗与RBM8A高表达GBM病人无复发生存时间和总生存时间无明显关系（P>0.05）。结论 GBM组织RBM8A呈高表达,与病人不良生存预后有关。检测RBM8A有助于评估GBM病人对TMZ化疗敏感性。     

Immunohistochemical evaluation of O6‐methylguanine DNA methyltransferase (MGMT) expression in 117 cases of glioblastoma

Temozolomide (TMZ) is an oral alkylating agent which is widely used in the treatment of glioblastoma (GBM) and is composed of astrocytic and/or oligodendroglial tumors, and the evaluation of O⁶‐methylguanine DNA methyltransferase (MGMT) expression is important to predict the response to TMZ therapy. In this study, we conducted immunohistochemical analysis of 117 cases of Japanese GBM including 19 cases of GBM with oligodendroglioma component (GBMO), using a scoring system for quantitative evaluation of staining intensity and proportion of MGMT, and performed survival analysis of these patients. Immunohistochemically, 55 cases (47%) were positive for MGMT with various intensities and proportions (total score (TS) ≥ 2), while 62 cases (53%) were negative (TS = 0). The distribution of MGMT expression pattern was not affected by any clinicopathological parameters such as the histological subtype (GBM vs. GBMO), age and gender. The survival analysis of these patients revealed that the minimal expression of MGMT (TS ≥ 2) was a significant unfavorable prognostic factor (P < 0.001) as well as resectability (P = 0.004). Moreover, multivariate analysis showed that minimal MGMT expression in GBM was the most potent independent predictor for progression free survival (P < 0.001) and also overall patient survival (P < 0.001). This is the first report employing the scoring system for both staining intensity and proportion to evaluate immunohistochemical MGMT expression in GBM. In addition, our results emphases the clinicopathological values of the immunohistochemical approach for MGMT expression in glioma patients as a routine laboratory examination.