COL2A1基因新发突变导致先天性脊柱骨骺发育不良的遗传分析及产前诊断

摘要:目的?对1例先天性脊柱骨骺发育不良(SEDC)患儿进行基因检测和蛋白质功能预测，确定其致病原因，为家系遗传咨询及产前诊断提供依据。方法?应用高通量测序法对先证者454个骨病相关基因进行检测，对检出的可疑基因突变进行Sanger测序检测，对父母进行验证并对胎儿进行产前诊断。结果?该患儿检出COL2A1基因c.3589G>A(p.Gly1197Ser)杂合错义突变，其父母均未携带该突变，先证者为新发变异，家系中胎儿产前诊断结果提示胎儿未携带与先证者相同的变异。Polyphen2、Mutation Taster软件对其蛋白质功能预测的结果为有害。结论?COL2A1基因c.3589G>A变异是该SEDC家系先证者的致病原因。     

X连锁隐性遗传脑肌酸缺乏综合征1型1家系基因检测与产前诊断

目的 分析脑肌酸缺乏综合征(cerebral creatine deficiency syndrome, CCDS)1型1家系的致病基因突变情况,并进行产前诊断。方法 采集先证者及其父母外周血提取基因组DNA,采用靶向捕获方法对基因组全部外显子区域进行测序,经比对分析发现可疑变异位点,采用Sanger测序法进行验证。明确致病变异后,采集母亲羊水,进行产前诊断并随访。结果 先证者存在SLC6A8基因(NM＿005629) c.1631C>T错义变异,该突变可导致其编码的544位脯氨酸被异亮氨酸代替;先证者母亲存在SLC6A8基因c.1631C>T杂合变异;先证者父亲SLC6A8基因c.1631C>T位点为野生型。Sanger测序显示,胎儿SLC6A8基因c.1631C>T位点为野生型。出生后随访3个月,发育正常,未见CCDS 1型表型。结论 SLC6A8基因c.1631C>T错义变异是该CCDS 1型家系的致病原因,基因诊断和产前诊断可有效降低生育CCDS 1型患儿的风险。     

一角膜营养不良家系的TGFBI基因突变*

摘要:目的对一角膜营养不良家 系的致病基因进行检测,明确该家系角膜营养不良的致病基因突变位点。方法采集先证者及其家系成员外周血标本，提取基因组DNA,采用全外显子组测序筛查先证者致病基因及突变位点，并通过Sanger测序对 先证者及其家系成员DNA样本进行验证。结果全外显 子测序结果显示，先证者5号染色体上的转化生长因子β诱导基因(TGFBI)4号外显子发生c.370 C>T(p.R124C)杂合突变,8号外显子发生c.1007 A>T(p.E336V)杂合突变。Sanger 测序验证 发现患者父亲及家系其他患者TGFBI基因也发生c.370 C>T(p.R124C)杂合突变,患者母亲及家系其他正常成员未见TGFBI基因发生突变。TGFBI基因c.370 C>T(p.R124C)突变与疾病表型共分离。结论TGFBI 基因e.370 C>T(p.R124C)杂合突变 是导致该家系角膜营养不良的致病原因。     

1个糖原累积症家系的分子诊断与产前诊断

目的对1个糖原累积症(glycogen storage disease,GSD)家系进行基因突变分析,并对该家系中的一高危胎儿进行产前分子诊断。方法采集该家系先证者及其父母外周血,采用二代测序方法查找先证者致病基因及突变位点,Sanger测序进行突变验证。确定先证者及其父母基因型后采集羊水标本,采用PCR扩增及直接测序方法进行产前分子诊断。结果该家系先证者为G6PC基因c.648GT纯合突变。双亲均为G6PC基因c.648GT杂合突变。胎儿携带与父母相同的c.648GT杂合突变。结论建立了对GSD进行分子诊断和产前分子诊断的方法,并成功应用于1个GSD家系。     

1例植物固醇血症的家系调查及致病基因突变研究

目的探讨1例植物固醇血症家系及其致病基因突变。方法对1例诊断为植物固醇血症的患者及其家系成员进行家系调查;通过PCR扩增先证者及其家系成员基因组DNA中ABCG5及ABCG8基因的所有外显子及其侧翼序列,采用Sanger测序法对PCR产物进行基因测序;采用Polyphen2及Mutation Taster生物信息学软件预测突变的致病性。结果 Sanger测序法发现先症者及家系成员中存在多个基因突变,其中ABCG5基因发现3个突变,分别为外显子1 c.64CT(p.Q22X)杂合无义突变、外显子10 c.1336CT(p.R446X)杂合无义突变、外显子13 c.1810CG(p.Q604E)杂合错义突变;ABCG8基因发现4个突变,分别为(ATG前)-19TG纯合突变、外显子2 c.161AG(p.Y54C)纯合错义突变、外显子13 c.1895TC(p.V632A)纯合错义突变、外显子4和5间的内含子g.12902TC纯合突变。Polyphen2及Mutation Taster软件预测ABCG5基因中c.64CT及c.1336CT为致病突变,其他基因突变均为非致病性的多态性位点。结论 ABCG5基因c.64CT及c.1336CT复杂杂合突变是该植物固醇血症家系的基因发病机制。     

1例肥厚型心肌病家系的产前诊断和遗传分析

目的对1例肥厚型心肌病(HCM)家系的孕妇进行产前诊断和遗传分析,探讨HCM致病基因突变与临床表型的联系。方法搜集该先证者及其家系成员临床资料,提取先证者外周血DNA、羊水细胞DNA、经培养的羊水细胞DNA,二代测序(NGS)筛查先证者的致病基因位点,PCR扩增产物直接测序验证HCM致病候选基因MYH7和MYBPC3的可疑致病突变序列,并检测羊水细胞潜在的致病突变。用遗传学数据资料和Mutation taster、PolyPhen-2、ANTHEPROT等生物信息学软件预测突变的致病性。结果测序结果显示先证者存在MYH7 c.1988GA(p.Arg663His)和MYBPC3 c.151GA (p.Ala51Thr)杂合突变,其父亲表型正常且未检出异常突变,其表型正常的母亲仅携带MYBPC3 c.151GA杂合突变。胎儿仅存在MYH7 c.1988GA杂合突变,而MYBPC3无异常变异。突变效应预测和蛋白质结构功能分析显示这2种错义突变分别影响蛋白质的疏水性和抗原性,且遗传学数据资料显示MYH7 c.1988GA为明确致病性突变。结论先证者MYH7 c.1988GA为新发致病性突变或由于其父母为生殖嵌合所致,MYBPC3 c.151GA突变可能促进HCM的发生。胎儿虽然仅携带MYH7 c.1988GA,但其表型可能仍为HCM。     

1例罕见Melnick-Needles综合征患者基因变异分析

目的 研究1例Melnick-Needles综合征家系的致病基因并为该家系提供遗传咨询依据。方法 采集先证者即1例不明原因骨骼发育异常、身材矮小的青年女性患者及其父母外周血标本,提取基因组DNA,采用家系全外显子组测序(Trio-WES)筛查先证者致病基因及突变位点,并通过Sanger测序进行验证。结果 先证者位于X染色体上的FLNA基因有一杂合变异位点：NM＿001110556.2:c.3562G>A(p.A1188T),父母均为野生型。根据ACMG指南,提示FLNA基因的c.3562G>A突变为1个致病突变位点,与X连锁显性遗传疾病Melnick-Needles综合征相关。国内未见该致病位点报道。结论 确诊1例罕见Melnick-Needles综合征,致病FLNA突变c.3562G>A在国内为首次报道,为患者及家属遗传咨询提供了依据。     

应用全外显子组测序技术鉴定1个白化病家系致病基因HPS1

目的采用全外显子组测序鉴定1个常染色体隐性遗传白化病家系患者的致病基因,探讨其发病机制。方法采集先证者及其家系成员外周血并提取其基因组DNA,对先证者进行全基因外显子组测序,并结合序列变异生物信息学分析方法,鉴定其致病基因,利用Sanger测序对基因突变位点验证。结果全外显子组测序结果显示,先证者HPS1基因存在由c.1276_1279dupGGAG(p.Asp427fs)移码突变和c.398+5GA剪切位点变异组成的复合杂合突变,而其表型正常的父亲为c.1276_1279dupGGAG(p.Asp427fs)杂合突变,表型正常的母亲为c.398+5GA杂合突变。结论该白化病先证者由HPS1基因c.1276_1279dupGGAG和c.398+5GA复合杂合突变导致,此患者被诊断为Hermansky-Pudlak综合征1型。外显子测序技术可以快速准确地筛查白化病候选基因,并明确其具体临床亚型,有利于临床医师积极干预患者潜在并发症以及改善患者生存质量。     

一个Rett综合征合并努南综合征家系的基因诊断

目的：对1例发育迟缓患儿及其家系进行基因检测,了解其基因突变的类型和遗传模式,以对其进行临床诊断。方法：提取先证者及其家系成员的外周血DNA,利用高通量测序技术对先证者进行基因筛查,结合临床表型资料,寻找候选基因致病位点,结合Sanger测序技术对先证者及其家系成员进行致病位点验证。按照美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG）变异分类指南判断致病性。结果：高通量测序结果发现, 先证者MECP2基因、PTPN11基因存在杂合错义变异,分别为第4号外显子c.398G>A,p.Arg133 His及第3号外显子c.188A>G,p.Tyr63Cys。Sanger测序结果显示,MECP2基因变异遗传自母亲,导致Rett综合征;PTPN11基因变异遗传自父亲,导致努南综合征（Noonan syndrome, NS）。这2个错义变异均为致病性变异,与先证者及其父母的临床表型相一致。结论：本研究通过高通量测序发现1例发育迟缓患儿存在2个不同基因的致病性变异,导致同患2种不同的遗传性综合征,提示遗传性疾病患者中可能同时存在2种或以上的疾病表型,需加以重视。     

一例肥厚型心肌病家系的产前诊断和遗传分析

摘要：目的：对1例肥厚型心肌病（HCM）家系的孕妇进行产前诊断和遗传分析，探讨HCM致病基因突变与临床表型的联系。 方法：搜集该先证者及其家系成员临床资料，提取先证者外周血DNA、羊水细胞DNA、经培养的羊水细胞DNA，二代测序（NGS）筛查先证者的致病基因位点，PCR扩增产物直接测序验证HCM致病候选基因 MYH7 和 MYBPC3 的可疑致病突变序列，并检测羊水细胞潜在的致病突变。用遗传学数据资料和Mutation taster、PolyPhen-2、ANTHEPROT等生物信息学软件预测突变的致病性。 结果：测序结果显示先证者存在 MYH7 c.1988G＞A（p.Arg663His）和 MYBPC3 c.151G＞A （p.Ala51Thr）杂合突变，其父亲表型正常且未检出异常突变，[JP2]其表型正常的母亲仅携带 MYBPC3 c.151G＞A杂合突变。胎儿仅存在 MYH7 c.1988G＞A[JP]杂合突变，而 MYBPC3 无异常变异。突变效应预测和蛋白质结构功能分析显示这2种错义突变分别影响蛋白质的疏水性和抗原性，且遗传学数据资料显示 MYH7 c.1988G＞A为明确致病性突变。 结论：先证者 MYH7 c.1988G＞A为新发致病性突变或由于其父母为生殖嵌合所致， MYBPC3 c.151G＞A突变可能促进HCM的发生。胎儿虽然仅携带 MYH7 c.1988G＞A，但其表型可能仍为HCM。     

Ⅰ型肢根型点状软骨发育不良家系的遗传学分析

目的分析1个Ⅰ型肢根型点状软骨发育不良家系过氧化物酶生物合成因子7(peroxisomal biogenesis factor 7,PEX7)基因突变情况,探讨其致病原因。方法采集先证者留存羊水样本,先证者父母及其外祖父母、舅舅和50例体检健康者外周血,提取基因组DNA,进行全外显子组测序及生物信息学分析,采用Sanger测序法进行验证。结果先证者母亲及先证者外祖母存在PEX7基因c.45₅2dupGGGACGCC位点杂合突变,先证者父亲存在PEX7基因c.527-1G>C剪接位点杂合突变,先证者存在PEX7基因c.45₅2dupGGGACGCC位点和c.527-1G>C剪接位点复合杂合突变;先证者舅舅及先证者外祖父、50例体检健康者2个位点均为野生型。PEX7基因c.45₅2dupGGGACGCC位点突变为已报道的致病性突变;c.527-1G>C剪接位点突变未报道,为可能致病性突变。结论 PEX7基因复合杂合突变可能是该家系Ⅰ型肢根型点状软骨发育不良患儿的致病原因。     

1例男性乳腺癌患者的临床特征及基因突变分析

目的对1例异时性男性乳腺癌和结肠癌患者及其家系成员进行基因突变分析,以明确病因,便于指导临床风险管理决策。方法采用全外显子测序技术对先证者外周血样本进行基因突变分析,结合表型资料,确定候选基因的可能致病位点。应用Sanger测序技术对先证者及其家系成员候选突变位点进行共分离验证。结果在先证者BRCA2基因第11号外显子中发现c.64026406delTAACT (p.Asn2134fs)杂合突变,该突变在乳腺癌信息中心(BIC)、ClinVar数据库中已有报道,为乳腺癌致病性突变。Sanger测序证实其儿子也为该突变的携带者,而其患结肠癌的母亲未检测到该突变。结论 BRCA2基因c.64026406delTAACT突变是该先证者乳腺癌的致病突变位点,而先证者及其母亲所患结肠癌可能为散发。     

SERPINB7基因突变长岛型掌跖角化病一家系3例临床研究

目的总结一家系3例SERPINB7基因突变长岛型掌跖角化病患者及先证者父母SERPINB7基因突变情况。方法采集该家系3例掌跖角化病患者(先证者及其姐姐、叔叔)及先证者父母的外周血,提取基因组DNA,采用高通量测序法检测皮肤病相关基因各外显子编码区域的序列变异情况,对致病性变异经PCR-Sanger测序验证,并与100例健康者进行比较。结果先证者及其姐姐、叔叔临床表现为双手掌、双足足底红斑基础上角化过度。基因测序显示,先证者及其姐姐、叔叔SERPINB7基因携带c.336+2TG和c.522dupT位点复合杂合突变,先证者父亲携带c.522dupT(p.V175Cfs*45)杂合移码突变,先证者母亲携带c.336+2TG(splicing)杂合剪切突变;100例健康对照均未见c.336+2TG(splicing)杂合剪切突变和c.522dupT位点杂合移码突变。结论 SERPINB7基因c.336+2TG和c.522dupT位点的复合杂合突变可能是该家系3例长岛型掌跖角化病患者的致病原因。     

一例Ⅰ型神经纤维瘤病患者的NF1突变检测及家系分析

目的 对1例临床拟诊为Ⅰ型神经纤维瘤病(neurofibromatosis type 1,NF1)患者进行致病基因突变研究. 方法 提取先证者及其家系成员外周全血基因组DNA,通过目标捕获二代测序技术(targeted next-generation sequencing,TNGS)对先证者Ⅰ型神经纤维瘤蛋白基因(neurofibromin 1,NF1)的全部编码区外显子及其侧翼序列进行高通量测序检测可疑突变,并用Sanger测序法进一步验证;对其家系成员NF1相同突变位点进行Sanger测序检测. 结果 基因检测发现先证者NF1第45号外显子1个已知致病突变c.6790_6791insA(p.Tyr2264Ter),有类似临床表现的父亲和姐姐检出相同突变,表型正常的母亲和妻子未检测到此突变,其4岁儿子也检测出该突变. 结论 NF1的c.6790_6791insA(p.Tyr2264Ter)突变存在与该家系NF1的发病密切相关.     

应用高通量测序技术对远端肾小管酸中毒家系进行基因诊断

目的对2例远端肾小管酸中毒家系进行基因突变分析。方法收集远端肾小管酸中毒患儿病历资料,应用高通量测序技术对患儿基因组DNA进行突变筛查,Sanger测序方法对患儿及家系成员进行验证,对可疑突变进行生物信息学预测。结果测序结果显示病例1患儿携带ATP6V0A4基因c.1185delC和c.1418CT复合杂合突变;病例2患儿携带ATP6V0A4基因c.639+1GA和c.2227CT复合杂合突变; 2例患儿的突变均分别遗传自父母。c.1418CT和c.2227CT突变均未见报道,经生物信息学预测为有害突变,根据美国医学遗传学与基因组学会遗传变异分类指南均归类为可能致病性变异。结论发现ATP6V0A4基因2个新的备选突变位点,为基因检测和诊断治疗提供借鉴。     

1个X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系的TRAPPC2基因突变分析

目的确定1个迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因。方法收集先证者及家系的临床资料,提取先证者及亲属外周血DNA,用高通量测序技术对先证者的COL2A1、COL1A1、MATN3、TRAPPC2、FGFR3等189个骨骼相关基因的外显子编码区测序,对发现的致病突变进行Sanger测序验证,并对家系其他成员进行该突变的检测。结果在先证者TRAPPC2基因第5外显子上发现了1个移码突变c.271_275del CAAGA半合子缺失,为X-SEDT的致病性突变,同时发现患者母亲为该突变的携带者,而患者父亲和妹妹未检测到该突变。结论用靶向二代测序和Sanger测序结合的方法确定了1个X-SEDT家系的移码突变c.271_275del CAAGA半合子缺失,为临床遗传咨询提供了分子依据。     

1个表皮松解性掌跖角化症家系角蛋白9基因检测及产前诊断

目的分析1个表皮松解性掌跖角化症(epidermolytic palmoplantar keratoderma, EPPK)家系角蛋白9(keratin 9, KRT9)基因突变情况,并进行产前诊断。方法收集EPPK家系6例患者及家系所有表型正常成员外周血,提取DNA,采用PCR扩增KRT9基因第1～7外显子,并采用Sanger法进行基因测序检测KRT9基因突变。明确KRT9基因突变后,采集先证者羊水进行产前诊断并随访。结果 6例患者均检测到KRT9基因第1外显子存在c.487CT(p.R163W)杂合突变,该突变可导致其编码的第163位精氨酸被色氨酸代替(p.R163W),家系中表型正常成员该位点均无突变;先证者羊水产前诊断结果示胎儿未携带致病突变c.487CT,新生儿出生后随访12个月,未见EPPK表型。结论 KRT9基因c.487CT(p.R163W)杂合突变是该EPPK家系的致病机制,基因诊断和产前诊断可有效降低生育患病儿的风险。     

FOXRED1基因新突变鉴定分析和产前诊断

目的 对1个线粒体复合体Ⅰ缺乏症家系进行全外显子组基因测序分析,探讨FOXRED1基因突变情况,并进行产前诊断。方法 采集表型正常、有3次不良生育史夫妻外周血,提取基因组DNA,进行全外显子组测序,筛选出致病性突变位点,采用Sanger测序法进行验证,对未报道的可疑致病突变进行生物信息学分析。明确致病突变后,于孕18周采集胎儿羊水进行产前诊断并随访。结果 患者存在FOXRED1基因c.811-1G>C(splicing)杂合突变,患者丈夫存在FOXRED1基因c.1052G>A(p.R351H)杂合突变。FOXRED1基因c.811-1G>C(splicing)杂合突变为未报道的致病性突变,c.1052G>A(p.R351H)杂合突变为未报道的疑似致病性突变。Sanger测序结果显示,胎儿FOXRED1基因c.811-1G>C、c.1052G>A位点均为野生型。出生后随访6个月,婴儿发育正常,未见相关异常表型。结论 FOXRED1基因c.811-1G>C(splicing)和c.1052G>A(p.R351H)复合杂合突变为患者多次不良生...     

腓骨肌萎缩综合征患者MFN2基因突变检测的研究

目的 对1个腓骨肌萎缩综合征核心家系的致病突变进行鉴定和遗传学分析.方法 采用全外显子组测序技术筛选先证者中的致病突变,用Sanger测序技术检测核心家系中致病突变位点的基因型,并对其进行生物信息学分析.结果 先证者MFN2基因存在单碱基杂合突变c.1090C>T p.R364W,母亲与妹妹均为该位点单碱基杂合突变,且...