猫主要过敏原Fel d 1的T细胞抗原表位分析及三维结构模拟

目的:预测猫主要过敏原Fel d 1与MHC Ⅰ、MHCⅡ类分子的结合力获得T细胞优势抗原表位,并模拟Fel d 1的三维结构,为猫主要过敏原的改造及其临床研究等提供依据.方法:从Uniprot数据库中得到猫主要过敏原Fel d 1的氨基酸序列,通过在线软件NetMHCⅡ2.2对Fel d 1氨基酸序列进行MHCⅡ抗原表位分析,使用软件SYFPEITHI分析MHC Ⅰ的抗原表位,再通过在线软件Swiss-Model预测Feld1的三维结构,以Ramachandran图评估三维结构的稳定性.结果:运用生物学软件分析得到Fel d 1上两个高值MHCⅡ抗原表位区域分别为22～43、80～95,MHC Ⅰ抗原表位优势区为17～30、56～84、91 ～103.Ramachandran图显示Feld 1的空间构象稳定.结论:本研究有助于确定Fel d 1的T细胞优势抗原表位及其三维结构模型,为Fel d 1抗原性改造提供理论依据,及将来的临床研究奠定基础.     

苹果过敏原Mal d4蛋白抗原表位预测及交叉反应分析

目的:预测苹果过敏原Mal d 4蛋白B细胞和T细胞抗原表位,探讨Mal d 4蛋白与其同源蛋白之间的交叉反应性.方法:以苹果过敏原Mal d 4蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件HNN预测二级结构;运用DNAStar和Bcepred软件预测其B细胞抗原表位,用NetMHCⅡ、NetMHCⅡpan、Syfpeithi及Propred软件综合预测T细胞抗原表位;采用Clustal X1.83、Swiss-Model软件比对同源序列和模拟空间构象.结果:该蛋白二级结构以无规则卷曲为主.B/T细胞共同抗原表位的区域为53～61、85～93.苹果Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃、草莓中的前纤维蛋白氨基酸序列同源性达88%以上,空间构象相似.结论:苹果过敏原Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃和草莓的前纤维蛋白之间可能存在交叉反应,其优势抗原表位区域可能为53～61、85～93,是后续过敏原改造的重点,为继续深入开展苹果过敏原基础性研究提供理论依据.     

T淋巴细胞抗原表位的预测

Ｔ淋巴细胞抗原表位，就是抗原蛋白中经抗原提呈细胞处理由主要组织相容性抗原分子提呈给Ｔ淋巴细胞受体的多肽片断。确定Ｔ淋巴细胞抗原表位，对于研究细胞免疫的机理、过程及研制针对病毒的亚单位多肽及基因疫苗具有重要意义。随着对ＭＨＣ分子构象的阐明，ＡＰＣ细胞提呈抗原过程的逐步了解及试验资料的积累，有可能对Ｔ淋巴细胞抗原表位进行初步预测。     

肿瘤抗原MAGE—12的表位及二级结构预测

目的 预测肿瘤抗原MAGE－12的α－螺旋二级结构、B细胞表位和MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位。方法 用Garnier-Robson和Chou-Fasman方案预测肿瘤抗原MAGE－12的α－螺旋二级结构;用Kyte-Doolittle亲水方案预测肿瘤抗原MAGE－12的B细胞表位;用简单基序（simple motifs)和延展基序（extended motifs）对肿瘤抗原MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位进行预测。结果 MAGE－12可以含有较多的α－螺旋;B细胞识别的表位可能在82－93残基（QSDEGSSNEE－QE）或附近和3－14残基（LEQRSQHCKPEE）或附近;发现1个HLA－A2限制性CTL表位为FLWGPRALV（271－279）。结论 用亲水性方案和基序法预测肿瘤抗原MAGE－12的B细胞表位和MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位,为实验方法探索MAGE－12的表位提供有用线索。     

T淋巴细胞抗原表位的预测

Ｔ淋巴细胞抗原表位，就是抗原蛋白中经抗原提呈细胞处理由主要组织相容性抗原分子提呈由给Ｔ淋巴细胞受体的多肽片断。确定Ｔ淋巴细胞抗原原位，对于研究细胞免疫的机理，过程，对于研制针对病毒的亚单位多肽及基因疫苗具有重要意义。随着对ＭＨＣ分子的构象的阐明，ＡＰＣ细胞提呈抗原过程的逐步了解及试验资料的积累，有可能对Ｔ淋巴细胞抗原表位进行初步预测。     

T淋巴细胞抗原表位的预测

Ｔ淋巴细胞抗原表位，就是抗原蛋白中经抗原提呈细胞处理由主要组织相容性抗原分子提呈给Ｔ淋巴细胞受体的多肽片断。确定Ｔ淋巴细胞抗原表位，对于研究细胞免疫的机理、过程，对于研制针对病毒的亚单位多肽及基因疫苗具有重要意义。随着对ＭＨＣ分子构象的阐明，ＡＰＣ细胞提呈抗原过程的逐步了解及试验资料的积累，有可能对Ｔ淋巴细胞抗原表位进行初步预测。     

嗜肺军团菌MompS抗原二级结构分析及表位预测

目的分析嗜肺军团菌MompS抗原的二级结构并预测其B细胞表位,初步判断其活性多肽所在区域。方法联合运用多种方法对MompS的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位。结果 MompS存在多个潜在抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位分布于三个区域：M1（353-546）、M2（1-215）、M3（216-399）。体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫血清发生抗原特异性反应。结论应用DNA Star和胞外区在线分析软件能够成功预测MompS抗原的B细胞表位,M3区域可用于后续的活性肽表位筛选区域。     

人Fas抗原表位预测

采用可及性和可塑性方案,结合抗原性方案、二级结构方案及综合位点预测方案对人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位进行预测,结果显示：人Ｆａｓ抗原Ｂ细胞表位可能位于Ｎ－末端残基５１－７８,１０２－１１０,１４５－１５７等区域内或附近。由于残基１０２、１２０位有２个潜在的Ｎ－糖基化位点（Ａｓｎ－Ｘ－Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）,对表位的形成有一定影响,人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位可能位于５１－７８,１００－１５７区域内。     

钩端螺旋体抗原表位预测、重组、表达及免疫原性分析

目的应用生物信息学方法预测两种钩端螺旋体外膜蛋白的表位，结合基因工程手段进行表位重组、表达和免疫原性分析。方法用预测程序ProPred和ANTIGENIC预测LipL32和OmpL1的表位，应用PCR技术合成重组表位基因片段，克隆PCR产物构建重组质粒，测序验证。在BL21（DE3）中诱导表达融合蛋白。纯化该融合蛋白，免疫BALB／c小鼠，显微镜凝集试验（MAT法）测定抗体效价。结果在LipL32和OmpL1中各预测到2个既具有MHC结合肽特性又具有B细胞表位特征的肽段。PCR合成的重组表位基因序列中没有出现移码和碱基置换。纯化后融合蛋白纯度〉90％。融合蛋白产生的抗体效价为75．79，融合头（运载蛋白）抗体效价为10．62。结论重组表位具有一定免疫原性。为相关蛋白的表位重组和亚单位疫苗等方面的研究打下了良好的基础。     

MD-2的B细胞抗原表位预测

目的 利用生物信息学预测髓样分化蛋白-2（myeloid differentiation protein-2，MD-2）的B细胞抗原表位，为MD-2特异性抗体的制备提供实验基础。方法 采用多种生物软件和互联网服务器，以单参数（亲水性、抗原性、可及性及可塑性）预测为基础，二级结构预测初步筛选，抗原指数最终确定的方法预测MD-2的B细胞抗原表位。结果 96～110序列（RGSDDDYSFCRALK）的亲水性和抗原指数（AI=0．043）显著高于其他候选片断；65～76序列（YIPRRDLKQLYF）和107～117序列（ALKGETVNTTI）的A1分别为0．0063和0．0036。结论 96—110序列（RGSDDDYSFCRALK）是MD-2的B细胞优势抗原表位。     

人分化抗原5C5蛋白分子的三维结构预测

蛋白质三维结构的预测问题一直是当今生物学领域的一个重大课题。其中用THREADING法来构建无明显序列同源性的蛋白质的三维结构是一个行之有效的方法。本文通过对一种含有亮氨酸拉链的蛋白质5C5用THREADING法进行结构预测，展示了该方法的有效性，同时结合其他信息分析，初步探讨了5C5蛋白质可能的生物学意义。     

刺苋花粉泛过敏原Profilin的抗原性评估与三级结构分析

目的 克隆刺苋花粉中Profilin蛋白基因,分析同源序列中不同性质氨基酸对抗原性及j级结构的贡献.方法 基于生物信息学分析已知泛过敏原Profilin的氨基酸序列并获得核心代表序列,以之为基础设计合成引物,采用Touchdown PCR技术从刺苋花粉的cDNA池中进行基因克隆,并经菌落PCR和双酶切验证;采用生物信息学软件MULTIPRED及SWISS-MODEL在线软件对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟.结果 从刺苋中获得两个序列不同的泛过敏原基因,分别命名为PRF7和PRF23.蛋白质三级结构显示:PRF7与已知的泛过敏原Profilin存在少数氨基酸的筹异,其空间结构与抗原性没有明显变化;而PRF23与北方豚草花粉泛过敏原Q64LH0之间相似程度较低,而空间结构也呈现明显的筹异;尽管Q64LH0与PRF23的伞序列抗原性均值差异无统计学意义,受一些区段上不同性质的氨基酸改变的影响,PRF23在这些区段上的抗原性显著低于Q64L-HO的抗原性.结论 基于Q64LHO和PRF23同源氨基酸序列的抗原性评估及三级结构分析,获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息,映射了南方花粉过敏症发牛率较低的原因所在,也为过敏原遗传改良过程中进行氨基酸置换指明了方向.     

Computational prediction and identification of HLA-A2.1-specific Ebola virus CTL epitopes

Ebola virus (EBOV) is known to cause a severe hemorrhagic fever resulting in high mortality. Although the precise host defense mechanism(s) that afford protection against EBOV is not completely understood, T cell-mediated immune responses is believed to play a pivotal role in controlling virus replication and EBOV infection. There have been no reports on mapping of MHC Class I-binding CTL epitopes for EBOV till to date. In this study, we identified five HLA-A2-binding 9-mer peptides of EBOV nucleoprotein (NP) using computer-assisted algorithm. The peptides were synthesized and examined for their ability to bind to MHC class I molecules using a flow cytometry based MHC stabilization assay. Three of the EBOV-NP peptides tested (FLSFASLFL, RLMRTNFLI and KLTEAITAA) stabilized HLA-A2. The ability of the HLA-A2-binding EBOV-NP peptides to generate peptide-specific CTLs was evaluated in HLA-A2.1 transgenic mice. Epitope-specific CTL responses were confirmed by cytotoxic assays against peptide-pulsed target cells and interferon-gamma ELISPOT assay. Each of the EBOV-NP peptides induced CTL responses in HLA-A2-transgenic mice. Interestingly, all the three peptides were conserved in three different strains of Ebola (Zaire and Reston and Sudan). Taken together, these findings provide direct evidence for the existence of EBOV-derived NP epitopes that may be useful in the development of protective immunogens for this hemorrhagic virus.     

24例脑肿瘤病人三维脑电地形图与CT、MRI的对照研究

目的：对比研究脑肿瘤患者三维脑电地形图（３Ｄ）和二维脑电地形图（２Ｄ）的变化及临床应用价值。方法：以ＣＴ、ＭＲＩ结果对照，对２４例脑肿瘤患者进行３Ｄ、２Ｄ和常规ＥＥＧ对比分析。结果：与影像学检查一致、基本一致和不一致者：３Ｄ分别为１４、５和５例，２Ｄ为５、１３和６例，ＥＥＧ为９、９和６例。结论：３Ｄ和ＥＥＧ检查结果与影像学一致率高于２Ｄ。２Ｄ的根本缺陷是采用平面圆代表立体的大脑，不能准确显示病变与范围     

蛋白质结构预测的方法学评述

过去几年里,在蛋白质结构预测方面,人们努力发展新的方法与算法,本文较为详细地综述了这些算法;在二级结构方面,对Chou-Fasman方法、GOR方法、Lim方法、神经网络算法进行了讨论;在四级结构预测方面,对基于蛋白质结构认识的结构预测、从头预测方法等进行了综述.总之,在蛋白质结构预测方面仍存在不少困难,但这些困难正在逐步解决.     

不同结合状态硫酸软骨素多糖链对体外二维三维培养背根节神经突起生长影响研究

目的构建鸡胚背根节细胞3D生长模型,观察CSPG对不同浓度的琼脂糖水溶胶培养基对鸡胚背根节神经突起生长的影响。方法①利用多肽缩合剂1’1羰基二咪唑介导CS-B长链与琼脂糖凝胶共价结合。②分别配制0.5%、0.75%、1%、1.25%、1.5%的SeaPrep琼脂糖凝胶溶液和共价结合了CS-B多糖长链的琼脂糖凝胶溶液。取孵育9~10天后鸡胚背根节加入上述凝胶溶液加培养液培养。③培养24小时之后在24 h、48 h7、2 h、96 h进行观察拍照。观察各时间点神经突起生长情况。结果①鸡胚背根节神经突起在1.25%的琼脂糖凝胶溶液中开始呈3D生长,在小于1%的琼脂糖溶液中只能2D生长。②在同一时间点,呈2D生长的背根节突起和呈3D生长的背根节突起在突起长度方面没有统计学差异(P>0.05)。③3D生长的DRG神经突起在共价结合了CS-B的琼脂糖凝胶中生长长度明显短于普通琼脂糖水凝胶(P<0.05),并且可观察到部分突起长出短而直的成束突起。但是对于呈2D生长的DRG突起长度在两种培养基中却未见差异(P>0.05)。结论鸡胚背根节神经元周围突起生长长度在3D培养中与在2D培养中有没有明显的差异。硫酸软骨素能够有效抑制呈3D生长的神经节突起生长,并且影响到神经突起的生长方式。但是在2D培养基中,未能看到上述的抑制作用。     

氨基酸非键作用指数用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量预测研究

目的 预测SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位.方法 从分子的三维空间结构出发,基于静电、立体、疏水这三类与生物活性直接相关的非键作用方式,经主成分分析技术(PCA)得到了一种新的分子结构表达方法--氨基酸非键作用指数.利用该指数结合偏最小二乘(PLS)算法对152个HLA-A*0201限制性CTL表位进行了定量构效关系(QSAR)建模,再使用该模型对SSX-1和SSX-4抗原HLA.A*0201限制性表位进行预测.结果 预测出8个活性值大于7的九肽表位.结论 通过对SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位的预测,从而为SSX-1和SSD-4抗原HLA-A*0201限制性表位的实验探测和鉴定打下了基础.     

经阴道三维超声诊断不全纵隔子宫和弓形子宫的价值

目的探讨经阴道三维超声对不全纵隔子宫和弓形子宫的诊断价值。方法对宫腔镜和腹腔镜联合检查后确诊的不全纵隔子宫和弓形子宫各30例患者的经阴道二维和三维超声图像进行分析比较。结果宫腔镜和腹腔镜联合检查确诊的各30例不全纵隔子宫和弓形子宫中,术前经阴道二维超声准确诊断24例不全纵隔子宫和22例弓形子宫,诊断符合率分别约80．0％和73．3％;经阴道三维超声对不全纵隔子宫和弓形子宫的诊断符合率均为100％,二者比较差异有统计学意义（P〈0．05）。结论经阴道三维超声能获得二维不能获得的冠状切面,可直观、准确地显示子宫外形轮廓及宫腔内膜形态。为诊断提供量化标准,明显提高了对不全纵隔子宫和弓形子宫的诊断符合率,可作为两者首选的检查方法。