TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法检测幽门螺杆菌

目的建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测幽门螺杆菌(HP)的方法。方法针对HP cagA基因设计特异性引物和探针,建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异性、灵敏度和重复性。用该法对肝癌、肝硬化患者腹水及全血,猪、金黄地鼠、猴、犬、兔、豚鼠、大鼠、小鼠的全血、粪便、肠共1 201份标本进行检测,同时作常规细菌分离和测序分析。结果本方法特异性为100%,最低可检测2.2×101copies/μL的质粒DNA。标准曲线表明其具有良好线性关系,回归方程为:Y=-3.306X+38.633,相关系数(r)为0.999,扩增效率为100.648%。批内相对标准偏差(RSD)为0.19%～1.2%,批间RSD为0.14%～3.4%,RSD均<5%。上述1 201份标本用本法检出HP阳性130份,常规细菌分离法仅检出2份HP阳性。测序结果表明,与GenBank中收录的HP序列同源性为99%～100%。结论建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法特异性和灵敏度高,重复性良好,适用于HP感染的检测。     

TaqMan探针法荧光定量PCR检测脑脊液细菌方法的建立及应用

目的 建立TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法,用于脑脊液标本细菌的快速检测.方法 针对细菌的16S rRNA基因,设计合成细菌的通用引物和革兰阳性菌、革兰阴性菌分型探针,通过构建质粒和制作脑脊液模拟标本来研究引物和探针的检测特异度和敏感度.结果 两种革兰分型探针只对相应的细菌可以检测到荧光信号,乙肝病毒DNA、白色念珠菌及人基因组DNA检测结果均为阴性,此方法最低可以检测到10个拷贝的质粒DNA以及102CFU/ml的金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌.结论 TaqMan探针法荧光定量PCR检测细菌的特异度和敏感度高,检测快速,对脑脊液细菌的早期诊断有重要意义.     

嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及应用研究

目的 建立嗜肺巴斯德菌的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法.方法 针对嗜肺巴斯德菌16SrRNA基因设计特异性引物和探针,建立嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异度、敏感度和稳定性.对2008～2011年采集的1 680份样本进行检测.结果 嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法具有高度特异性,对多杀巴斯德菌、产气巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌均无交叉反应,检测灵敏度达22拷贝.标准曲线显示备浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.488,PCR效率为100％.荧光定量PCR检测1 680份样本,检出137份嗜肺巴斯德菌阳性.该方法可直接从样本中特异性地检出嗜肺巴斯德菌.结论 TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、稳定的特性,适用于嗜肺巴斯德菌的快速检测.     

肺炎链球菌TaqMan实时荧光定量PCR的建立及临床应用

目的：建立TaqMan实时荧光定量PCR检测肺炎链球菌的方法,应用于临床儿童社区获得性肺炎（CAP）标本的快速筛查。方法根据 GenBank公布的肺炎链球菌自溶酶基因（lytA）设计引物和探针,建立实时荧光定量 PCR,并对体系进行优化;同时以痰培养法做双盲对照,应用于1504份 CAP患儿标本检测。结果 TaqMan实时荧光定量 PCR菌液的最低检出限可达18.75 cfu/PCR,无交叉反应,特异度好;对1504份儿童CAP标本检测,141份肺炎链球菌实时荧光定量PCR阳性,其中140份肺炎链球菌痰培养阳性,该方法灵敏度为100％,特异度为99.93％。从样品处理到结果报告仅需2.5 h。结论 TaqMan实时荧光定量PCR快速、简便、灵敏度高、特异度强,可用于儿童CAP中肺炎链球菌的初筛和指导抗生素的的合理使用。     

实时荧光定量PCR技术运用于肝癌患者基因检测

目的探讨实时荧光定量PCR SYBR Green I探针技术在研究肝癌患者中基因表达情况的可行性。方法运用实时荧光定量PCR SYBR Green I技术,检测肝癌患者癌组织及癌旁组织RAP1GAP基因表达情况。结果实验组和对照组有明显的统计学差异。结论Real-time PCR技术检测目的基因的表达是非常方便快捷准确的方法。     

TaqMan实时荧光定量PCR检测艰难梭菌

目的 建立特异敏感的实时荧光定量PCR方法,用于艰难梭菌的快速检测;评价基于纯培养艰难梭菌和粪便中艰难梭菌的2种标准曲线;并应用该荧光定量PCR法对急性艰难梭菌感染（CDI）的小鼠进行粪便含菌量检测评价。方法 针对艰难梭菌基因组中16S rRNA序列设计特异性引物和探针,建立一套快速检测艰难梭菌含量的实时荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、灵敏性;绘制艰难梭菌纯菌浓度梯度稀释标准曲线和粪便中同浓度梯度艰难梭菌的标准曲线,比较两者的差异;用艰难梭菌高毒株NAP1/027感染用抗生素处理的C57BL/6小鼠,建立CDI小鼠模型,同时应用该荧光定量PCR和活菌培养法定量检测小鼠粪便中的艰难梭菌含量变化。结果 建立的TaqMan实时荧光定量PCR具有较高的灵敏性和特异性,生成标准曲线的相关系数为0.999 8,斜率为-3.400 4;用纯培养艰难梭菌和粪便中艰难梭菌分别制备标准曲线,结果表明2种标准曲线定量检测结果差异无统计学意义。建立CDI小鼠模型,应用该荧光PCR能有效、准确的检测出粪便中艰难梭菌的含量,可替代费时费力的活菌培养计数法。结论 用纯培养艰难梭菌来制备标准曲线不影响对含菌粪便标本的准确定量检测,荧光定量PCR能准确快捷地检测CDI小鼠粪便中的艰难梭菌含量,比活菌计数更快速和方便,可用于艰难梭菌感染小鼠模型中小鼠肠道内艰难梭菌定植的定量检测。     

建立检测产气肠杆菌的TaqMan荧光定量PCR和普通PCR方法

目的 建立敏感、特异的普通聚合酶链反应(PCR)方法和TaqMan 荧光定量PCR方法对产气肠杆菌进行快速检测。方法 以产气肠杆菌组氨酸脱氢酶基因(hdc)为靶基因设计引物以及TaqMan FAM探针,建立对产气肠杆菌进行检测的普通PCR方法和TaqMan 荧光定量PCR方法,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 普通PCR和TaqMan 荧光定量PCR方法均能对产气肠杆菌进行特异检测;普通PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为 100 copies/l和1.0105 cfu/g,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为33 copies/l和1.0104 cfu/g;TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;在稳定性评价试验中,普通PCR方法的重复性良好,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品检测Ct值的组内差异为0.15%~0.98%,组间差异为0.55%~1.63%。结论 本研究建立的检测产气肠杆菌的普通PCR方法和TaqMan 荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于产气肠杆菌的快速检测。     

基于TaqMan探针的幽门螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的探讨基于TaqMan探针的幽门螺杆菌23SrDNA基因片段的实时荧光定量PCR检测的有效方法。方法根据幽门螺杆菌23SrDNA序列设计引物和探针,构建质粒标准品,建立实时荧光定量PCR体系并进行方法学评价,并对2012年5月至10月收集的100份临床样本进行检测同时应用免疫组化及银染方法进行比较分析。结果建立了检测23SrDNA的实时荧光定量PCR方法：107-102copies/ul范围内均有＂S＂型扩增曲线,最低检测浓度为102copies/ul,标准曲线相关系数为1。对临床其它消化道病原体不出现特异性的扩增曲线。对100份样本进行检测,实时荧光定量PCR能检出31份阳性,而免疫组化方法能检出25份阳性,银染方法能检出28份阳性。结论实时荧光定量PCR方法可成功检测幽门螺杆菌,且该方法具有灵敏度和特异性高及重复性好等优点。     

Taqman-探针荧光定量PCR鉴定副溶血弧菌方法的建立

目的 建立一种Taqman荧光定量PCR鉴定副溶血弧菌的方法。方法 以副溶血弧菌标准株(ATCC-VPJS421)和其它常见致病菌标准株为研究对象,通过Gene Bank获取toxR基因的序列,采用生物信息学软件设计特异性PCR引物及Taqman探针,在SLAN 96P荧光定量PCR仪进行扩增检测,评价该检测方法的特异度和灵敏度。结果 ①设计的引物能够扩增出特异性条带; ②扩增体系中0.5 μl探针的扩增效果优于1.0 μl探针; ③Taqman-探针荧光定量PCR检测方法对副溶血弧菌toxR基因的检测灵敏度为10^-1 mg/L; ④在检测粪肠球菌、金黄色葡萄球菌、腐生葡萄球菌、霍氏肠杆菌、铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、溶藻弧菌、创伤弧菌、梅氏弧菌和弗尼斯弧菌等10种常见致病菌时未出现阳性扩增,特异度为100%。结论 成功建立Taqman探针荧光定量PCR鉴定副溶血弧菌的方法,该方法特异度、灵敏度均较好,适用于副溶血弧菌的快速检测,具有良好的应用价值。     

Sensitively and quickly detecting Vibrio vulnificus by real time recombinase polymerase amplification targeted to vvhA gene

Vibrio vulnificus (V. vulnificus) is a Gram-negative bacterium living in warm and salty water. This marine bacterium could produce hemolysin (VVH), which often causes serious gastroenteritis or septicemia when people contact to seawater or seafood containing V. vulnificus. Timely diagnosis is regard as essential to disease surveillance. In this paper, we aimed at developing a quick and sensitive method for the detection of Vibrio vulnificus using real time recombinase polymerase amplification (real time RPA). Specific primers and an exo probe were designed on the basis of the vvhA gene sequence available in GenBank. Target DNA could be amplified and labeled with specific fluorophore within 20 min at 38 °C. The method exhibited a high specificity, only detecting Vibrio vulnificus and not showing cross-reaction with other bacteria. The sensitivity of this method was 2 pg per reaction (20 μL) for DNA, or 200 copies per reaction (20 μL) for standard plasmid. The detection limit (LOD) stated as the target level that would be detected 95% of the time and estimated was 1.58 × 10² copies by fit of the probit to the results of 8 replicates in different concentration. For quantitative analysis of the real time RPA, the second order polynomial regression was adopted in our study. The results showed the correlation coefficients were raised above 0.98, which suggested this model might be a better choice for the quantitative analysis of real time RPA compared to the routine linear regression model. For artificially contaminated plasma samples, Vibrio vulnificus could be detected within 16 min by real time RPA at concentration as low as 1.2 × 10² CFU/mL or 2.4 CFU per reaction (20 μL). Thus, the real time RPA method established in this study shows great potential for detecting Vibrio vulnificus in the research laboratory and disease diagnosis.     

弗氏枸橼酸杆菌TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应检测方法的建立

目的 建立针对弗氏枸橼酸杆菌的TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应(real time-PCR)检测方法。 方法 针对弗氏枸橼酸杆菌的特有序列设计引物和TaqMan探针,扩增目的基因建立标准曲线,确定检测方法的灵敏度;对20种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌进行检测,评价该检测方法的特异性;使用牛奶模拟标本评价方法在实际检测工作中应用性。 结果 TaqMan real time-PCR检测方法对弗氏枸橼酸杆菌重组质粒的检测灵敏度为1.0101拷贝／反应体系;该检测方法在检测30种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增。该检测方法对牛奶模拟样本中弗氏枸橼酸杆菌检测下限为1.0102cfu/ml的菌量;通过对1.0107、1.0105和1.0103三个浓度质粒标准品的重复检测,确定本方法的组内变异系数为1.90%~3.91%;组间变异系数为1.52%~1.69%。 结论 本研究建立的TaqMan real time-PCR检测方法可作为检测弗氏枸橼酸杆菌灵敏、特异、快速的方法。     

实时荧光定量-聚合酶链反应检测食品中金黄色葡萄球菌方法的研究

目的利用实时荧光定量-聚合酶链反应（real-time PCR）技术,建立食品中金黄色葡萄球菌（金葡萄）污染的快速敏感特异的检测方法。方法以金葡菌的IFemB/I基因作为靶序列,设计一对引物和探针,以金葡菌菌株提取核酸DNA作为模板,优化引物和探针的浓度比和Mgsup2+/sup浓度,以金葡菌和10种相关细菌考核检测体系的灵敏性、稳定性和特异性。并初步应用于样品的检测。结果本研究建立的反应体系在引物和探针的浓度为0.8 mol/L、0.6 mol/L,Mgsup2+/sup浓度为3.5 mmol/L时,具有良好的特异性和敏感性。在10株相关菌株的检测中,除金葡菌出现很好的阳性外,其余菌株均为阴性。在纯菌条件下,最低检测限为44 cfu/ml。稳定性分析表明:同一样品重复检测3次IC/It值的变异系数均5％。检测样品结果显示real-time PCR方法较传统方法敏感、快捷、简便。结论该方法特异性强,稳定性高,操作简便快捷,适应食品微生物检验发展需要,具有较大的推广及应用价值。     

副溶血弧菌TaqMan双重实时-聚合酶链反应检测方法的建立

目的建立副溶血弧菌TaqMan实时-PCR和毒力基因TaqMan双重实时-PCR筛检的实验室检测方法。方法根据副溶血弧菌ItoxR/I基因的保守序列设计引物和TaqMan探针,建立检测副溶血弧菌的实时-PCR方法;根据副溶血弧菌耐热直接溶血素（thermostable direct hemolysin, Itdh/I）和耐热相关溶血素（thermostable related hemolysin, Itrh/I）基因的保守序列设计引物和探针,建立检测致病性副溶血弧菌毒力基因的双重TaqMan实时-PCR方法。对所建立的副溶血弧菌实时-PCR检测方法进行灵敏度和特异度评价。结果副溶血弧菌的检测下限为10sup2/sup拷贝/l,Itdh/I和Itrh/I双重实时PCR的检测下限为10sup2/sup拷贝/l。针对ItoxR/I基因建立的副溶血弧菌实时-PCR方法对11种其他弧菌和肠道细菌的染色体无扩增。结论建立的方法能够特异和敏感地检测副溶血弧菌,并能确定致病性副溶血弧菌的毒力基因,能作为副溶血弧菌的灵敏和快速检测方法。     

TaqMan MGB 探针实时荧光定量-聚合酶链反应检测人粒细胞无形体Msp2基因方法的建立

目的 建立敏感、特异、实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative, FQ-PCR)方法, 用于人粒细胞无形体病的检测。 方法 根据无形体特异外膜蛋白 Msp2基因为靶基因设计引物以及TaqMan MGB探针, 建立FQ-PCR方法,并对湖北省随州和河北省张家口地区的蜱标本进行了检测。 结果 本研究建立的TaqMan MGB探针具有良好的特异性,建立的FQ-PCR标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.99),灵敏性评估发现每个20 μl PCR反应管中只要有35个拷贝的目的基因即可被检测到,即最低检出浓度为2拷贝/μl,并且具有较好的重复性。共检测蜱标本426只,其中豪猪血蜱253只,共49组,阳性7份。 结论 本研究建立的FQ-PCR方法具有很高的特异性和敏感性, 可用于人粒细胞无形体感染的快速检测。进一步证实了豪猪血蜱可能是粒细胞无形体的媒介宿主。     

A TaqMan-based quantitative real-time PCR assay for identification of the goose circovirus

Goose circovirus (GoCV) is a potential immunosuppressive virus that poses a great hazard to the goose industry and has been shown to be widely distributed throughout China. We have established a fast, sensitive and highly specific TaqMan real-time quantitative PCR detection method for this virus. Specific primers and probes were designed against the conserved regions of the genomic GoCV Rep gene. The results showed that the assay was highly specific and sensitive for GoCV and did not cross-react with other non-targeted waterfowl viruses. The established method will be helpful for epidemiological detection and may be effective in the prevention and control of the disease.     

类志贺邻单胞菌实时荧光TaqMan PCR快速检测体系的建立

目的建立针对类志贺邻单胞菌的高灵敏、高特异的实时荧光TaqMan聚合酶链式反应(PCR)快速检测体系。方法根据类志贺邻单胞菌23S rRNA基因的一段特异性序列设计引物及TaqMan探针,利用实时荧光PCR检测平台探讨该检测体系的灵敏度;用30种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌评价该检测体系的特异性。结果实时荧光TaqMan PCR快速检测体系对类志贺邻单胞菌重组质粒的检测灵敏度为1×102拷贝/反应体系;对类志贺邻单胞菌基因组的检测灵敏度为3×10-2pg/反应体系;该检测体系在检测30种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增,整个反应在2 h内完成。结论本研究建立的实时荧光TaqMan PCR检测体系可作为类志贺邻单胞菌灵敏、特异、快速的检测方法。     

肺炎衣原体Taqman探针实时荧光定量PCR检测法

目的针对Cpn0308基因建立检测肺炎衣原体的Taqman探针实时荧光定量PCR(FQ-PCR)方法。方法根据肺炎衣原体包涵体膜蛋白Cpn0308基因序列设计引物和Taqman探针,建立Taqman FQ-PCR检测体系,对反应体系进行优化,进行灵敏度、特异性、重复性评价;并与商品化肺炎衣原体核酸检测试剂盒检测临床标本进行对比分析。结果肺炎衣原体Taqman FQ-PCR方法的引物浓度300 nmol/L,探针浓度200 nmol/L,Mg~(2+)4.0 mmol/L为最优反应条件;灵敏度为8.36×102copies/μL;该法对常见几种呼吸道病原菌及沙眼衣原体无交叉反应;重复性试验中4个浓度变异系数均小于3%。自建方法与商品化试剂盒对呼吸道感染组、心血管疾病组及正常对照组标本检出率分别为10%vs 10%(χ~2=0.167,P0.05),44.44%vs 40.74%(χ~2=0,P0.05),6.67%vs 3.33%(χ~2=0,P0.05),各组阳性率间差异无统计学意义;2种方法的总阳性率(16.54%vs 14.96%)比较差异无统计学意义(χ~2=0.071,P0.05)。结论本研究建立的Taqman探针实时荧光定量PCR检测肺炎衣原体的方法灵敏度好,特异性高,重复性好,可应用于临床肺炎衣原体核酸检测。     

登革病毒TaqManMGB实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立登革病毒TaqMan实时荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床。方法根据1～4型登革病毒3’端非编码区的一段高度保守序列,设计一套型通用的引物和TaqManMGB探针,以4个血清型登革病毒标准株为标准,以日本乙脑病毒和丙肝病毒作阴性对照,以包含登革病毒2型标准株（DENV-2NGC株）3’非编码区349bD片段的质粒DNA作标准品,对引物和TaqManMGB探针的特异性、灵敏度进行分析,从而建立登革病毒实时荧光定量PCR检测方法。用该法对登革病毒野毒株和10份登革病毒患者血清进行检测。结果TaqMan实时荧光定量PCR检测的1～4型登革病毒标准株及野毒株均为阳性,日本乙脑病毒和丙肝病毒均为阴性;检测灵敏度可达到每反应2个基因拷贝;检测的10份登革患者血清样本中,8份检测结果为阳性。结论TaqManMGB实时荧光定量PCR方法是一个快速、特异性强、敏感性高的检测登革病毒的方法,适用于登革病毒的临床早期诊断。     

氨基糖苷类药物耐药基因armA实时荧光定量聚合酶链反应检测方法的建立

目的建立一种快速、准确检测细菌中arm A耐药基因的Taq Man实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative-polymerase chain reaction,real-time PCR)方法。方法根据arm A基因设计特异的引物及探针,在多种常见致病菌中检测其特异性;使用阳性质粒标准品评价该方法的灵敏度;使用粪便模拟标本验证该方法的应用性。结果本方法特异性好,建立的arm A耐药基因real-time PCR方法标准曲线,确定其对质粒标准品的灵敏度为4.07×101拷贝/ml。应用该方法对粪便模拟标本进行检测,其检测下限为1.3×104cfu/ml。结论本研究建立了arm A耐药基因荧光定量PCR检测方法,有望在耐药基因监测中推广使用。