基于整合药理学平台分析“独活-桑寄生”治疗KOA的分子机制

目的：采用整合药理学平台分析“独活-桑寄生”治疗膝骨性关节炎(Knee osteoarthritis,KOA)的作用机制。方法：通过药学理数据库查找出“独活-桑寄生”药对的活性成分及作用靶点,并找出从数据库平台查找出KOA的疾病靶点,利用软件分析出药对和疾病的交集靶点及其相应的活性成分,构建药物-成分-KOA网络图。并基于交集靶点构建蛋白互作网络(PPI),应用平台及软件进行GO和KEGG富集分析。结果：筛选出“独活-桑寄生”有效成分11个,作用靶点149个,KOA靶点353个,分析得到药物-疾病的交集靶点39个,根据度值排名靠前的为IL6、VEFA、CCL2、IL1B、CXCL8、MMP9等,通过GO分析发现,涉及的范围包括细胞因子活性、细胞因子受体结合、受体配体活动、肽链内切酶活性、生长因子受体结合等;KEGG富集分析表明主要涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17、NF-κB等信号通路。结论：“独活-桑寄生”药对KOA的治疗作用可能主要通过调节IL6、VEGFA、CCL2等靶点,涉及的通路主要为AGE-RAGE、TNF、IL-17、NF-κB等。     

基于整合药理学平台预测黄芩-黄连对溃疡性结肠炎的作用靶点

目的:基于网络药理学,预测黄芩-黄连药对治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis, UC)的有效活性成分及其潜在的作用机制。方法:以"黄芩-黄连"药对为检索词,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中按条件查找,逐步筛选出相应活性成分及潜在作用靶点;然后在GeneCards数据库中查找出UC的疾病靶基因;通过软件分析,得出活性成分与靶点之间,以及疾病各靶点蛋白之间的相互关系,并通过GO和KEGG富集分析获得黄芩-黄连药对治疗UC的潜在作用靶点和通路。结果:通过查找有效成分,分析出黄芩-黄连药对中有效活性成分共51个,其中与UC密切相关的靶点共136个;通过GO富集分析得到2 226条与生物过程相关的条目,采用KEGG通路富集分析得到165条潜在信号通路。结论:磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和AKT蛋白酶b (PI3K-AKT),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)可能是黄芩-黄连药对治疗UC调控的主要通信号通路,涉及的靶点包括肿瘤蛋白53(TP53)、丝/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子JUN、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,为实验验证该药对治疗UC的作用机制提供了证据。     

太子参-牡丹皮药对治疗糖尿病心肌病网络药理学机制探讨

目的：探究太子参-牡丹皮药对治疗糖尿病心肌病的作用机制。方法：利用网络药理学方法,借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Pubchem网站、Swiss Target Prediction数据库预测活性成分候选靶点。通过Disgenet和GeneCards数据库筛选出糖尿病心肌病的靶点基因,利用Venny图取中药与疾病的交集靶点,通过STRING数据库建立蛋白互作网络图,并通过Cytoscape 3.9.0软件对网络图进行优化,筛选出核心靶点。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO分析和KEGG富集分析。结果：中药共筛选出19个活性成分,277个作用靶点,糖尿病心肌病筛选出疾病靶点2424个,通过韦恩图得出交集靶点109个。通过药物-活性成分-靶点网络图分析可得山奈酚、槲皮素、刺槐素、木犀草素对疾病的治疗可能发挥重要作用。通过PPI网络图可知核心靶点为TNF、AKT1、SRC、TP53、EGFR等。根据KEGG分析,预测该药对主要通过干预癌症、MAPK、PI3K-Akt等信号通路发挥对糖尿病心肌病的治疗作用。结论：太子参-牡丹皮药对可通过多种活性成分、多靶点、多途径对糖尿病心...     

基于网络药理学的治伤风颗粒治疗感冒的作用机制探讨

目的应用网络药理学技术探讨治伤风颗粒治疗感冒的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶点信息数据库(DrugBank)检索治伤风颗粒的化学成分及作用靶点;基于GeneCards数据库检索“感冒”的靶点,取药物与疾病靶点交集,应用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络。应用STRING数据库建立蛋白质互作(PPI)网络,应用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选共得到治伤风颗粒有效成分146种,药物靶点280个,疾病靶点1 418个,提取出两者的共同靶点117个。将药物与靶点导入Cytoscape软件,分析得出槲皮素、山奈酚和木犀草素等为中药中度值较高的活性成分,无水咖啡因为西药中度值最高的活性成分。STRING数据库分析得出IL-6、AKT1、INS、VEGFA、MAPK8等属于感冒的关键靶点。GO分析显示生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3个方面的富集条目。KEGG通路富集分析筛选得出TNF信号通路、IL-17信号通路等20条信号通路,并绘制了“通路-靶点”关系图。结论基于网络药理学分析筛选出了治伤风颗粒治疗感冒的活性成分、作用靶点和通路,初步得出了其作用机制,为该药的深入研究提供了一定的依据。     

基于网络药理学分析外用应急软膏治疗寻常型银屑病的机制

目的 探讨网络药理学分析外用应急软膏治疗寻常型银屑病作用机制的价值,为临床提供参考。方法 依托中药药理学平台（TCMSP）筛选外用应急软膏主要药物的活性成分和作用靶点;通过检查人类基因信息数据库（GeneCards）和人类孟德尔遗传研究平台（OMIM）选取疾病作用靶点。以R语言绘制韦恩图;运用STRING平台搭建蛋白互作网络（PPI）;构建药物-化合物-靶点-疾病互作网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集通路分析。结果 获得365个化合物和2 201个靶点,并得到99个靶点与寻常型银屑病密切相关,富集分析得到133个GO功能条目和149条KEGG信号通路。结论 外用应急软膏药物活性成分可通过白细胞介素-6(IL-6)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、蛋白激酶B1(AKT1)等多个靶点调节糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、肿瘤坏死因子（TNF）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等多条信号通路发挥抑制炎症反应,修复皮肤屏障的作用。     

基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病合并失眠的作用机制

目的 基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病(GERD)合并失眠的潜在作用机制。方法 通过在线数据库筛选小柴胡汤的活性成分、药物靶点以及GERD和失眠的疾病靶点;取药物靶点和疾病靶点的交集,利用STRING数据库分析交集靶点的相互作用;通过Cytoscape软件构建和分析“活性成分-靶点”“药物-活性成分-共同靶点-疾病”、蛋白质相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过BioGPS对核心靶点进行基因定位,结合Cytoscape构建“成分-靶点-通路-器官/组织”网络;使用AutoDockVina进行主要活性成分与核心靶点的分子对接。结果 小柴胡汤治疗GERD合并失眠的主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、黄芩素等多种化合物,关键靶点包括丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、白细胞介素-1B(IL-1B)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白53(TP53)等,与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症应答、信号转导等生物过程相关,涉及的通路包括癌症途径、AGE-RAGE信号...     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制探讨

目的 采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果 筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子（TNF）等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论 芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹栀逍遥散治疗失眠障碍的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接分析丹栀逍遥散治疗失眠障碍的相关成分、靶点及通路,探讨其作用机制.方法:检索TCMSP数据库,获取丹栀逍遥散中各药物的活性成分及其靶点,在UniProt数据库中规范靶点名;在GeneCards、OMIM、TTD3个数据库中检索失眠障碍相关基因,筛选复方与疾病的交集靶点,将其导入String数据库,导出蛋白互作关系,并使用CytoscapeV3.8.0构建疾病-药物-成分-靶点网络和核心蛋白互作网络;利用Metascape平台分别对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将核心成分与核心靶点进行分子对接验证.结果:共获得丹栀逍遥散活性成分102种,对应靶点147个,与失眠障碍交集靶点52个,其中核心成分12种,核心靶点7个;GO富集分析共得762条结果,其中主要涉及神经递质水平调节、肾上腺素受体活性以及突触膜的组成部分等;KEGG通路富集分析共获得61条通路,主要涉及:神经活性配体-受体相互作用通路;分子对接结果显示核心靶点与核心成分均能形成稳定结合.结论:初步获得丹栀逍遥散治疗失眠障碍的关键成分、关键靶点和关键通路,为临床使用和进一步研究提供参考.     

丹参-莪术药对治疗癌性厌食的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究丹参-莪术治疗癌性厌食（cancer-related anorexia,CA）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库、Uniprot数据库、PharmMapper数据库并结合相关文献筛选出靶点基因,并运用Genecards数据库、OMIM数据库对CA的对应靶点进行获取筛选。使用String数据库构建疾病与药物的交集靶点的蛋白互作网络,并将结果导入cytoscape3.8.2软件进行可视化分析。再将从String数据库得出的交集基因通过Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG富集通路分析。采用Autodock软件进行分子对接,并利用pymol软件进行可视化处理。结果：共得到丹参靶点126个、莪术靶点54个,共同靶点25个,CA靶点1893个,疾病与药物交集靶点14个。蛋白互作结果显示MAPK1、ESR1为核心靶点。GO富集分析中生物学过程主要涉及细胞对有机环状化合物的反应、类固醇激素介导的信号通路、类固醇激素反应等;KEGG富集通路主要涉及Estrogen signaling pathway、TNF signaling pathway等。分子对...     

基于网络药理学探讨合欢皮-远志药对的抗抑郁作用

目的:利用网络药理学方法分析贾跃进老中医常用药对合欢皮-远志的抗抑郁机制.方法:检索CNKI、TCMSP等数据库,获取各药物活性成分及相关靶点;利用GEO等数据库获得抑郁症的疾病靶点,筛选药物-疾病交集靶点;使用CytoscapeV3.8.0创建疾病-药物-成分-靶点网络及蛋白互作关系网络,并对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析;选择关键成分与关键靶点分子对接.结果:收集到合欢皮-远志药对活性成分54种,关联靶点708个.主要生物过程有:细胞过程、信号过程、对刺激的反应等;主要通路有:TNF信号通路、神经营养素信号通路、NF-κB信号通路等.结论:初步获得合欢皮-远志抗抑郁的作用机制,为临床应用和进一步研究提供一定理论参考.