基于网络药理学研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学技术研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点、建立"药对-活性成分-疾病-作用靶点"网络,探讨黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄连-黄柏药对的化学成分,借助人类基因数据库获取溃疡性结肠炎的相关靶点...     

基于网络药理学及分子对接研究三七总皂苷治疗肾纤维化的作用机制

目的：本研究利用网络药理学及分子对接技术预测三七总皂苷入血成分的抗纤维化作用机制,探讨其药效物质基础及作用途径。方法：检测并确定三七总皂苷的主要入血成分为潜在活性成分,采用PharmMapper系统,结合CooLGeN及GeneCards服务器筛选成分的潜在靶点;通过DAVID平台进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用STRING数据库和Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及“入血成分-靶点-通路-疾病”网络;使用Autodock Vina软件对入血成分与潜在关键靶点进行分子对接。结果：确认三七总皂苷入血成分20个,得到入血成分治疗肾纤维化的潜在靶点31个,涉及细胞内信号转导、凋亡、增殖、基质分解等生物过程和PI3K-AKT、Rap1、HIF-1、FoxO等8个显著相关信号通路。网络分析表明,AKT1、SRC、CASP3、NOS2、EGFR等是抗肾纤维化的关键靶点。分子对接结果显示,入血成分人参皂苷Rh2、丙二酰人参皂苷Rb1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rg2、人参皂苷Rb3、人参皂苷Rb2、人参皂苷Rg3等与主...     

基于网络药理学探讨人参三七药对抗动脉粥样硬化的作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨人参三七药对抗动脉粥样硬化(AS)的分子机制.方法 计算机检索TCMSP数据库,获得人参三七药对的化合物成分和对应的靶点,利用Uniprot数据库将靶点信息进行基因标准化处理;检索GeneCards数据库获得AS疾病靶点;利用Venny2.1.0获得两者交集靶点,将交集靶点导入STRING数...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨石菖蒲治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制.方法:以"石菖蒲"为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络.利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个...     

基于网络药理学探讨三七抗肿瘤转移作用机制

目的利用网络药理学方法探讨三七抗肿瘤转移的作用机制。方法检索TCMSP筛选三七的有效成分及靶点, 运用GeneCards数据库筛选抗肿瘤转移相关靶点, 将有效成分靶点与疾病靶点进行Venn分析, 得到三七抗肿瘤转移的关键靶点。借助Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络。运用STRING数据库构建PPI网络。借助Bioconductor对靶点基因进行KEGG信号通路和GO生物过程富集分析。结果从三七中筛选出活性成分119个, 符合条件的有效成分8个, 对应162个相关靶点, 与抗肿瘤转移有关靶点121个, PPI网络筛选出关键靶点30个, 包括AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6等。GO功能富集分析主要涉及细胞因子受体结合、血红素结合、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素蛋白连接酶结合、类固醇激素受体活性等生物过程, KEGG通路富集分析得到与三七抗肿瘤转移相关的信号通路149条, 主要涉及AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路, 以及乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染等多种病毒感染及多种肿瘤。结论三七可通过人参皂苷f2、人参皂苷...     

基于网络药理学方法探讨六君子汤抗肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法研究六君子汤抗肺癌的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)获得LJS活性成分,采用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点,并检索Online Mendelian Inheritance in Man等疾病靶点数据库,以获得LJS抗肺癌的作用靶点。借助String数据库和Cytoscape 3.2.1软件构建PPI网络,筛选degree值排名前10的靶点。采用Metascape平台对LJS抗肺癌作用靶点进行KEGG通路分析。结果:从LJS中筛选出178个活性成分,59个与LJS抗肺癌相关靶蛋白。KEGG通路富集结果显示其参与调节PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、白介素17信号通路等信号通路。结论:LJS通过"多成分-多靶点-多通路"方式发挥抗肺癌作用。     

基于网络药理学的“人参-黄连-三七”药串治疗2型糖尿病胰岛素抵抗合并非酒精性脂肪肝的机制

目的:应用网络药理学的研究方法筛选“人参-黄连-三七”药串治疗2型糖尿病胰岛素抵抗合并非酒精性脂肪肝的作用靶点及相关信号通路,通过动物实验明确其疗效与作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取“人参-黄连-三七”的主要化学成分以及相关作用靶点;使用DisGeNET筛选胰岛素抵抗与非酒精性脂肪肝的相关靶标基因;通过韦恩软件筛选出药物与疾病的共同作用靶点;构建“疾病-靶点-成分-药物”网络、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析对有效作用靶点进行分析;以db/db小鼠作为动物模型,检测小鼠血糖、胰岛素水平,并通过肝脏HE染色及免疫组织化学法进行进一步的实验验证。结果:通过筛选得到“人参-黄连-三七”药串有效成分39种,有效作用靶点125个,其中作用于胰岛素抵抗与非酒精性脂肪肝的相关靶点27个;分子功能共富集211个条目,生物过程共富集2317个条目,细胞组分共富集105个条目;KEGG通路富集共富集到119条信号通路,其中包括AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号通路、PPAR信号通路、PI3K/AKT信号通路等。通过动物实验验证“人参-黄连-三七”药串水煎剂能够有效降低db/db小鼠血糖,改善胰岛素抵抗,减轻肝脏脂肪变性。与模型组比较,中药组小鼠血糖、胰岛素抵抗指数下降(P<0.05),肝脏NAS评分较模型组明显下降(P<0.05),免疫组织化学染色结果显示,中药组小鼠肝脏PI3K、p-AKT表达水平较模型组明显上升(P<0.05)。结论:“人参-黄连-三七”药串能够有效改善db/db小鼠胰岛素抵抗并减轻非酒精性脂肪肝病变,其作用机制可能与调控PI3K/AKT信号通路有关。     

基于参七汤的人参-三七药对治疗心肌梗死疗效的荟萃分析及网络药理学研究

目的：系统评价参七汤治疗心肌梗死（MI）的临床疗效，通过网络药理学阐述人参-三七药对对心肌梗死的作用机制。方法：检索国家知识基础设施数据库（CNKI）、中国生物医学文献数据库（CBM）、中国学术期刊数据库（CSPD）及中文科技期刊数据库（CCD）、PubMed、CochraneLibrary、Embase数据库自建库至2022年12月发表的相关文献，经文献筛选、质量评估、数据提取进行Meta分析，查询中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取并筛选人参、三七的活性成分及其靶点，从GeneCards、OMIM、DRUGBANK、TTD数据库获取心肌梗死的相关靶点，将获得的数据导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，使用Cytoscape 3.7.1构建成分-靶点网络和成分-靶点-通路网络，通过Metascape数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，最后利用AutoDock 4.2进行分子对接验证。结果：共纳入9项研究，650例患者.与西医常规观察组比较，参七汤联合常规观察组可减少左室舒张末期内径、低密度脂蛋白，提高射血分数及临床总有效率。网络药理学提示人参-三七作用于MI的活性成分有26种，包含高丽槐素、原阿片碱、槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇等，人参-三七作用于MI的潜在靶点有102个，包含XDH、VCAM1、TNF、TGFB1等，人参-三七调节MI的生物学通路为AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT信号通路、核因子κB信号通路、HIF-1信号通路、cGMP-PKG信号通路,分子对接结果显示人参-三七的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与靶点ADRB2结合较好。结论：参七汤联合西医常规治疗可提高心肌梗死后心室重构的临床疗效，推测人参-三七主要通过调节线粒体功能、氧化应激、钙稳态、炎症反应以及抑制细胞凋亡等治疗MI，为进一步的实验研究提供一定的理论支持。     

基于分子对接和网络药理学研究人参治疗冠心病的作用机制

目的 基于分子对接和网络药理学探讨人参治疗冠心病的作用机制.方法 借助中药系统药理学技术平台(TCMSP),以化合物口服药物生物利用度(oralbioavail-ability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)为标准,筛选出人参的化合物以及治疗冠心病的作用靶点.通过String平台构建人参的靶点蛋白相...     

基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制

目的:基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选人参、黄芪活性成分和靶基因。使用人类基因数据库(Gene Cards)获得肺癌相关基因。使用Cytoscape构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。使用STRING下载蛋白与蛋白相互作用(PPI)数据,利用插件Centi Scape筛选PPI核心基因。使用R软件进行关键靶基因基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共筛选17个人参,16个黄芪活性成分,50个人参,95个黄芪治疗肺癌的靶基因,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。筛选出38个PPI核心基因。GO功能富集显示人参-黄芪生物学过程和功能集中在核受体功能、转录相关功能、泛素化、细胞凋亡等。KEGG通路富集显示,人参-黄芪治疗肺癌主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路。结论:通过构建"药物-成分-靶点-疾病"网络,从多成分、多靶点、多通路阐释人参-黄芪作为对药治疗肺癌的作用机制,为后续深入研究提供一定参考。     

基于网络药理学探讨甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制

目的：研究基于网络药理学探讨甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子机制生物信息学分析工具库（BATMAN-TCM）及文献搜索获取甘草、小麦、大枣的活性成分及作用靶点,从GeneCards数据库获得抑郁症靶点,获得药物疾病交集靶点,通过String在线平台数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并利用Cytoscape软件进行可视化及拓扑学分析筛选核心基因,应用DAVID数据库完成基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集分析。结果：共筛出中药活性成分94个,有效靶点49个,药物疾病交集靶点48个。PPI网络发现ALB、CASP3、VEGFA、MYC、CCND1、ESR1、CTNNB1、AR等可能是关键靶点。GO功能富集分析得到181个生物过程,主要涉及雌激素反应、胆碱能突触传递等。KEGG通路富集分析发现46个通路,主要集中在癌症相关通路、甲状腺激素信号通路、PI3K/AKT信号通路、Wnt信号通路等。结论：本研究为甘麦大枣汤的药效物质基础的进一步研究提供了理论基础,同时为其在抗抑郁方面的应用提供了参考依据。     

基于网络药理学研究巴戟天抗抑郁的分子作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨巴戟天治疗抑郁症的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP数据库)筛选出巴戟天的活性成分和对应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM等数据库筛选出抑郁症的潜在靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-疾病-靶点的可视化网络;以STRING数据库对关建靶点构建蛋白互作网络分析;最后进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从巴戟天中筛选出有效成分20个,得到可作用于抑郁症的靶点22个。GO分析富集得到65个生物学功能,KEGG通路分析富集得到48条信号通路。结论巴戟天通过多靶点、多通路发挥对抑郁症的治疗作用,其作用机制可能与胆碱能突触、神经活性配体-受体相互作用、甲状腺激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等相关。     

基于网络药理学探讨益智仁-乌药治疗糖尿病肾病的有效成分及作用机制

目的基于网络药理学探讨益智仁-乌药治疗糖尿病肾病的有效成分及作用机制。方法运用多个在线数据库查找并筛选益智仁和乌药的活性成分、益智仁和乌药活性成分作用的相关靶点、糖尿病肾病相关的基因;通过UniProt数据库查询靶点对应的基因名;运用Cytoscape 3.2.1构建益智仁-乌药药对化合物对应靶基因网络;运用韦恩图筛选活性成分对应靶点与疾病相关基因的交集基因,并将交集的基因构建蛋白互作关系(PPI)网络;最后用DAVID的数据库对交集的基因做GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,并将GO与KEGG的结果进行可视化处理。结果共筛选出10个潜在活性成分和相应的108个靶蛋白;益智-乌药药对潜在活性成分靶点与DN的相关基因共有36个交集基因;交集蛋白之间相互作用关联度排名前十的包括:AR与NCOA2、NCOA2与PPARG及NR3C1与NCOA2等;分子功能(MF)的条目有15条、细胞成分(CC)的条目有12条、生物过程(BP)的条目有48条及信号通路有19条(P<0.05)。结论益智仁-乌药通过多成分、多靶点及多环节的协同作用治疗DN。     

基于网络药理学研究甘草-石榴皮复配抗紫外线致皮肤光损伤的保护作用机制

目的:应用网络药理学的方法及工具研究甘草-石榴皮复配的潜在协同保护皮肤光损伤作用机制,为中药复方现代化及新药创新发现提供依据。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库结合所查文献,获得甘草-石榴皮复配后的活性成分及所对应的靶标;将所得靶标输入蛋白质数据库(UniProt)中,查询靶标对应的基因名称。通过检索疾病相关网站CTD数据库,GeneCards数据库以及OMIM数据库,获取防晒相关靶标;通过在线String数据库分析作用靶标之间的相互作用关系,筛选出预测的核心作用靶标。利用DAVID数据库,进行预测靶标的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件做网络图;利用在线网站Draw Venn Diagram将疾病靶标与药物预测靶标之间的关系用Venn图呈现;利用R Studio软件绘制GO富集和KEGG通路富集分析图。通过GOLD软件进行活性成分与核心靶标之间的分子对接。结果:收集到甘草-石榴皮复配活性成分16个,包括甘草素、甘草苷、山柰酚、槲皮素等。主要涉及蛋白激酶B1(AKT1),白细胞介素(IL)-6,血管内皮生长因子A(VEGFA),肿瘤坏死因子(TNF),抑癌基因(TP53)这5个核心靶点,涉及乙型肝炎,癌症信号通路,弓形虫病,美国锥虫病,肿瘤坏死因子信号通路等通路发挥防晒作用。结论:该研究基于网络药理学的方法,初步探究了甘草-石榴皮复配后的皮肤光保护作用靶标与通路,进一步印证了中药多成分、多靶点治疗疾病的特点,为中药复方的现代化研究提供一定的科学思路。     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-...     

基于转录组学与网络药理学探讨补中益气丸治疗慢性阻塞性肺疾病的机制

目的探索补中益气丸治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的分子机制。方法在TCMSP中获取补中益气丸活性成分及靶点;以GEO数据库为主,OMIM数据库为辅获取疾病靶点,使用R软件映射出药物-疾病共同靶点。通过Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-共同靶点-疾病网络图,以及基于共同靶点的PPI网络拓扑分析图。使用R软件对共同靶点进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并利用KEGG通路富集分析结果构建通路-靶点网络图。最后对活性成分及靶点进行分子对接验证。结果共获得163个补中益气丸活性成分及225个可用于后续分析的靶点,1313个COPD靶点,映射得出药物-疾病共同靶点20个。分析得出补中益气丸治疗COPD主要有槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分;涉及δ-阿片受体1(OPRD1)、白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素10(IL-10)、表皮生长因子受体(EGFR)、窖蛋白1(CAV1)、热休克蛋白B1(HSPB1)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8(CASP8)等作用靶点。GO分析提示主要与氧化应激反应相关;KEGG分析提示主要与肿瘤坏死因子、Toll样受体、低氧诱导因子-1、叉头盒O、Janus激酶-转录激活因子等信号通路有关。最后,分子对接结果证实了活性成分与靶点具有较好的结合能力。结论补中益气丸治疗COPD的分子机制可能是以抗炎与抗氧化应激为核心,兼顾调节免疫、低氧耐受、气道黏液高分泌与保护血管内皮细胞多方面。     

基于网络药理学探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症作用机制

目的 应用网络药理学方法探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症的作用机制,为临床应用玄参-麦冬药对提供依据。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医药整合药理学研究平台（TCMIP）收集玄参、麦冬的化学成分,结合TCMSP、SwissADME数据库及文献筛选活性成分,利用Swiss TargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM、GeneCards、DrugBank数据库获取焦虑症的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;利用STRING数据库建立活性成分-疾病共同靶点蛋白相互作用（PPI）网络,采用Cytoscape3.8软件对PPI网络进行MCODE聚类分析,得出关键靶点;利用DAVID6.8数据库对活性成分-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析,通过活性成分-靶点-通路网络筛选核心活性成分,用分子对接模拟核心活性成分与关键靶点的结合强度。结果 共筛选出玄参-麦冬药对37个活性成分,潜在靶点471个,焦虑症相关靶点753个,活性成分-疾病共同靶点42个,对其PPI网络进行MCODE聚类分析得到4种类簇,筛选出关键靶点14个。GO和KEGG富集分析显...     

基于网络药理学探讨桂芍配伍治疗骨关节炎的作用机制

目的运用网络药理学技术研究“桂枝—白芍”药对治疗骨关节炎的主要活性成分和靶点,进而探讨桂芍治疗骨关节炎的潜在作用机制。方法通过检测网络数据库平台(TTD、DrugBank和GeneCards)数据库构建骨关节炎疾病靶点;通过检测TCMSP、HIT数据库筛选桂枝—白芍药对活性成分及靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分—靶点网络图,并对靶点进行KEGG及GO富集分析。结果从“桂枝—白芍”药对中共筛选出17个有效成分,与骨关节炎相关作用靶点40个,KEGG与GO富集分析显示“桂枝—白芍”药对主要与癌症、免疫、炎症以及细胞衰老、凋亡等信号通路有关。结论本研究利用网络药理学的方法,初步揭示了“桂枝—白芍”药对对于骨关节炎的主要活性成分、治疗靶点及相关信号通路,为进一步深入研究其作用机制提供了参考。     

“香附-郁金”药对治疗乳腺增生病的药理机制

目的:应用网络药理学分析对“香附-郁金”药对治疗乳腺增生病的作用机制进行探讨与分析。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对香附、郁金的有效活性成分进行筛选,并提取其作用靶点,再利用GeneCards数据库获取乳腺增生病相关基因。映射疾病靶点与药物靶点,通过STRING在线数据库构建关键蛋白之间所产生的相互作用关系图;Cytoscape 3.8.0建立“药物-有效成分-作用靶点”网络图,并对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共获得“香附-郁金”药对33个活性成分,包括异鼠李素、槲皮素、豆甾醇等,与疾病潜在靶点取交集后得到88个共同作用靶点,包括ESR1、EGFR、PGR等,GO分析得到104个分子功能、41个细胞组分和1262个生物过程,KEGG通路分析主要涉及119条通路,主要相关通路为PI3K/AKT信号通路。结论:“香附-郁金”药对治疗乳腺增生病多成分、多靶点协同发挥作用机制,可能通过调节人体内激素内分泌水平,从而发挥治疗乳腺增生病的作用,为临床应用奠定了良好的理论基础。     

基于网络药理学的茵陈五苓散防治肝纤维化机制研究

目的:通过网络药理学方法探索茵陈五苓散防治肝纤维化的作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索茵陈五苓散的主要活性成分;通过检索CTD数据库选肝纤维化的疾病靶点;匹配药物-疾病靶点,应用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;运用STRING软件构建蛋白质互作用(PPI)网络,并将结果可视化;使用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果:获取茵陈五苓散防治肝纤维化主要活性成分46个,作用靶点84个;网络数据表明,茵陈的活性成分具有最大的总度值;GO功能富集分析和KEGG通路分析获取GO条目35个,信号通路14条。结论:茵陈五苓散可能是通过Fc epsilon RI等信号通路调控IL6、TNF与PTGS2等靶点减轻炎性反应并减少细胞外基质沉积发挥抗肝纤维化作用的,而中药茵陈与活性成分槲皮素可能在这之中发挥主要作用。